1UH8A

Crystal structure of rhizopuspepsin at ph 8.0
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
AGVGTVPMTDYGNDIEYYGQVTIGTPGKKFNLDFDTGSSDLWIASTLCTNCGSRQTKYDPNQSSTYQADGRTWSISYGDGSSASGILAKDNVNLGGLLIKGQTIELAKREAASFASGPNDGLLGLGFDTITTVRGVKTPMDNLISQGLISRPIFGVYLGKAKNGGGGEYIFGGYDSTKFKGSLTTVPIDNSRGWWGITVDRATVGTSTVASSFDGILDTGTTLLILPNNIAASVARAYGASDNGDGTYTISCDTSRFKPLVFSINGASFQVSPDSLVFEEFQGQCIAGFGYGNWDFAIIGDTFLKNNYVVFNQGVPEVQIAPVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords hizopuspepsin I
publication title Effect of pH on the structure of rhizopuspepsin.
pubmed doi rcsb
total genus 87
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 3.4.23.21: Rhizopuspepsin.
pdb deposition date 2003-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1uh8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1uh8A02
2Q63A 3K1WA 5P2VA 2Q64A 1J71A 1MEUA 2PQZA 3O9IA 1MTRA 4NPUA 1IDBA 2G20A 1Z1HA 3PSGA 5P3EA 1LF3A 4Q5MA 5P83A 3NR6A 3BUFA 3BUGA 3IGBA 3EL4A 5P3LA 4Z4XA 4Y3DA 3PBZA 4YA8A 2PH8A 4ZPGA 4Y53A 2XFIA 2WEDA 4OBDA 5P4JA 4YCTA 1SDTA 3T7PA 5P7CA 4D85A 5P0HA 1AM5A 2O4NA 1HIHA 1B6JA 1K2CA 5P4AA 2WECA 1MT9A 1GVXA 5P0MA 4A6CA 3BHEA 4GB2A 5P1FA 5OYTA 4FM8A 2I1AA 5P0TA 5P6FA 1ER8E 1RQ9A 5P1RA 3O9FA 4FRJA 5JFUA 5P7VA 5P1SA 2OHLA 3GI4A 5P7FA 1YTHA 3KDDA 4EXHA 1HBVA 5P5DA 5OZTA 1HVJA 2QMPA 5P3UA 1B6MA 5P4NA 1QBUA 4YDGA 5OZAA 5SY3A 5P2AA 4J1FA 2PH6A 2VS2A 3VLAA 4I0DA 6FIVA 5P36A 1HIIA 5P1IA 5P1PA 5P2YA 3OU3A 4FM7A 4NJVA 1C6ZA 3CYXA 3K5GA 1LS5A 1DAZC 4LXKA 3OOTA 2O4KA 3VF5A 3LIQA 3EXOA 5SZ9A 1ZAPA 3FSMA 5P22A 5KAOA 5P55A 5P6YA 2ZE1A 4Y5PA 1AZ5A 2VKMA 4D83A 3G70A 5AH6A 5P7BA 4Y5MA 4B1DA 4HA5A 1W5WA 3GI6A 5IVQA 4YD7A 5P46A 2ANLA 2AVQA 5KQXA 3PCWA 3L38A 5OYRA 5P0ZA 2ZHVA 5APRE 5I3XA 1META 5P41A 5P2MA 1U8GA 4DJVA 3UPJA 5P6TA 5P5NA 3Q6YA 5P4KA 5P2NA 5P6BA 5P38A 5P0CA 5P3KA 1AJXA 5P4VA 5P48A 1IIQA 2WF1A 3INFA 3ECGA 4Y56A 3NU3A 5P1XA 4AMTA 5KQZA 1GVTA 5ENMA 5P5UA 3CIDA 2R3WA 3VFBA 2AQUA 5P06A 1CPIA 3L5DA 1BVEA 5P5WA 1BWBA 4Y9WA 2ZDZA 5P05A 5HCTA 3R2FA 2FNTA 5P4PA 1LYAB 4UPJA 3PWRA 2QNNA 1TCXA 2O40A 1GNNA 5P51A 5C9FA 2FXDA 5P04A 4DQGA 3SA6A 4KE0A 4M8XA 4CPRA 4HLAA 5AHBA 2QMFA 3O9AA 1E82E 1RPIA 2ZJHA 5P0OA 1MVPA 3TL9A 3T6IA 3VF3A 3UFLA 3UDPA 4B0QA 4Y3PA 5P76A 2JJIA 1APUE 1MIQA 1SDUA 4I8WA 5OZ9A 1TW7A 5OYWA 2IGYA 1OHRA 2ER7E 1HVSA 3HVPA 5P81A 4Y4DA 3VV7A 2V16C 3HZCA 4J5JA 3IXOA 5KR1A 1W6IA 5P5JA 1AVFA 2G1NA 5KQFA 5P8UA 2P4JA 5SXNA 2AIDA 1UPJA 5P0BA 3UHLA 2AVOA 4J1CA 4J17A 3S43B 2QI5A 3IVIA 4K4QA 2BPYA 1SGZA 2OF0A 5P2XA 5OZPA 1A9MA 4IVSA 4F74A 5OZJA 1YM4A 3UQPA 5P68A 1LYWA 2QK5A 4YE3A 1PSNA 1B11A 4Y5KA 2VIEA 1TQFA 4Y48A 5P6QA 5P3AA 4H3JA 5OZGA 1XN2A 2A4FA 2HAHA 4B1CA 3U7SA 3QVIA 1FFFC 4KE1A 1HTGA 2NR6A 5P7ZA 4KB9A 4RROA 2ER9E 2OHKA 5P0YA 5P6WA 2IENA 3D20A 1BDQA 2XYEA 2ZHSA 4LXMA 5DR8A 4LAPA 3ER3E 5P37A 4OD9A 4IVTA 4WY6A 5P1KA 2ZYEA 3HW1A 5PEPA 4CPQA 3PMUA 1T6EX 1B6KA 5P82A 2AOEA 3PHVA 4EJKA 3OADA 4YBIA 5P8CA 2B8LA 2IQGA 3UCBA 5P58A 3NDTA 5DQ5A 4DQBA 4R8YA 2AVVA 4I11A 3S85A 3SACA 3APRE 5HDUA 4FAFA 3EM4A 1OEWA 1GVUA 1LV1A 5P7YA 2ZHUA 2WF0A 4LL3A 1MRWA 2VJ7A 1F7AA 3CYWA 5P6ZA 4ER1E 5OZRA 1C6XA 3BXSA 1EPPE 5P27A 4ZE6A 3MSJA 3U6AA 3EKTA 4CPUA 4YOAA 3OK9A 1MERA 3S45A 3DV5A 4I12A 4B00A 3R1GB 1PSAA 2BPZA 3S7LA 3JW2A 4CPXA 1M43A 3S53A 5AGZA 5P4BA 4J1IA 5ER2E 5P0RA 4R95A 4Y4ZA 2G69A 5P2ZA 4FGXA 1E5OE 4YCKA 5HTZA 1FQ7A 5IVTA 3S56A 5DQCA 5P8QA 4DJWA 3PGIA 4J1EA 5P7UA 1D4IA 5P19A 2V10C 3SKGA 1SBGA 4Y38A 3D1YA 1OEXA 5P5AA 4DJYA 3EM6A 5HE4A 5P3PA 1FMUA 1GKTA 5P4LA 5P0IA 2F80A 4LC7A 4GJ8A 5P4HA 4RCFA 4Y57A 4Y4JA 4HVPA 4MC2A 4Y3TA 2BKTA 2B7ZA 5OYSA 4OBFA 4DPIA 3GW5A 2G27A 2BPXA 4OBGA 1HVKA 5OZMA 5P7WA 5P29A 4DUSA 5P5ZA 5P2CA 3CICA 3FV3A 2MIPA 5P6AA 4WY1A 2RENA 5P8RA 4ER4E 4JECA 2Q3KA 4H1EA 5P65A 5P2FA 3IAWA 1ODWA 5P0GA 4JP9A 4Y4TA 3QAAA 2CEJA 3KFRA 4GMIA 6APRE 1LF4A 1BV7A 1E81E 1HEFE 3EKPA 3RTHA 4RCDA 5HD0A 5P7QA 4B05A 4RVJA 5OZ5A 1EBKC 4YD5A 2EWYA 2P3AA 1LEEA 1FQ5A 3NU4A 4RLDA 3RU1A 4ZSQA 5E5JA 4ZSPA 5P0PA 2AOFA 4J0TA 4BEKA 4RCEA 3UFNA 3QBHA 4FE6A 1W5VA 3LPIA 5P10A 3ZMGA 2NMYA 1HVHA 5P4TA 5OZEA 2I4XA 1A94A 4Y3FA 5P7GA 5COPA 2G94A 4FS4A 3TOGA 2V00A 4I0ZA 5ENKA 5P6HA 5F00A 4Q1YA 5AH9A 4Y3HA 5P6NA 1D4HA 5P0NA 3R0WA 1VIJA 3OUDA 5OYZA 5P35A 1A30A 4Y44A 5P26A 3SM2A 5P44A 5P50A 5P8DA 3AIDA 5P08A 4Y3GA 1HSHA 3I6OA 1LYWB 1A8GA 3I8WA 5DGUA 5P02A 3IVHA 3EL0A 2IRZA 2FGVA 2B7FA 1N49A 1CMSA 3OGPA 3S7MA 3KFPA 5FIVA 1BXQA 5P88A 5P73A 2NTRA 2G24A 3H5BA 2F3EA 5P31A 3VG1A 5P6JA 3QN8A 5P8SA 1AXAA 3WZ8A 4B72A 3EC0A 2A1EA 5P15A 5P1QA 4OD9B 2BKSA 1ZJ7A 5JODA 4GJAA 3VV8A 4RRSA 5HDZA 2V0ZC 4ZPFA 1KJGA 5P78A 3KFNA 4NJSA 3OUAA 5P2SA 3OADB 5P0SA 3INDA 5OZWA 1BXOA 3OU1A 2Q55A 4DJUA 2HS2A 5P8NA 5BS4A 3SA3A 3NUJA 4A4QA 4TVGA 3FNSA 3FNUA 5P3GA 5P62A 3NWQA 1IDAA 5HVPA 4OC6A 1EC1A 3PJ6A 5IVRA 2VA6A 4YDFA 5P3RA 3EKYA 4GJ9A 5DR3A 3QRMA 5KOSA 1HTRB 3NWXA 2FS4A 4I1CA 3VUCA 3BC4A 1FLHA 4J0VA 4L7HA 4Y5EA 2J9JA 5P4SA 1EEDP 3SKFA 4Z2ZA 4GJ7A 4OBKA 1G2KA 1MT8A 5P1EA 4APRE 2BBBA 4MC1A 4EQJA 2QHCA 2ZJLA 1FMBA 1XL5A 2BQVA 3OXWA 2QNQA 1K1TA 5P52A 3LITA 3ST5A 5P3FA 3KDBA 2QMDA 3NU9A 2I4QA 1GNMA 1HVLA 5P28A 5P2TA 3T3CA 4GJ5A 4HDBA 1NH0A 5DR4A 3VYEA 2FNSA 4Y4BA 5P5XA 4F73A 4J0YA 5P1DA 4LHHA 4Y3SA 3KT5A 2Q54A 2QHYA 1HRNA 3WSJA 2PK5A 5P1GA 1M0BA 3DCRA 2I0DA 3VF7A 1ZSFA 3QVCA 2VJ6A 3OAGA 5P6LA 4J0PA 5F01A 5E5KA 5P4ZA 2OHQA 2QAKA 2PMAA 5P2UA 5P89A 1KJ7A 5P4CA 5P2BA 2ZJKA 3L58A 4B1EA 4L6BA 1B5FA 3ZKGA 1PSOE 5P2LA 2VIJA 2AOJA 2P83A 5P0FA 5P60A 4Y39A 3SA9A 4ZPEA 2R9BA 3UDQA 5P5RA 2F81A 2HIZA 3O9LA 4ZIPA 2IDWA 3T7QA 1W50A 3S8IA 4PZXA 3MXDA 2OHNA 5P85A 5P3VA 3EL5A 5OZOA 5P12A 3EL1A 1EC0A 2VJ9A 3VYDA 5P1JA 2AZ9A 1MRXA 1BAIA 2CENA 1YG9A 4D8CA 2H6TA 5P24A 5P1CA 5P3ZA 3QPJA 2P8HA 4Y5CA 1T6GA 4D88A 5P1HA 3PB5A 2PSUA 2QI7A 5P74A 3PI0A 5OZZA 5P3NA 4FRIA 1FG6C 5OZQA 2QZLA 5P6DA 2V13A 2PWCA 3KN0A 2OHTA 3PEPA 3NYGA 5P4GA 3KYRA 1D4JA 3O9EA 1ZTZA 4QJ6A 4Y3WA 5AH8A 3B7VA 2BPWA 3H0BA 4Z22A 3LPJA 3O99A 5OYVA 3KMXA 1HPSA 5P30A 3KDCA 5P80A 3ZPUA 4GYEA 5CONA 5OZYA 3ZKQA 1ODXA 3ZPSA 4OBZA 3RTMA 3PLLA 3OUDB 4JPCA 5P1TA 4EYRA 5P5GA 5KR8A 4Y3EA 2AZ8A 1HEGE 4J54A 2QD7A 5P1ZA 3QI1A 3VFAA 1HHPA 4K8SA 3CKTA 3KA2A 1CZIE 5P1VA 5P7DA 3MXEA 5P84A 1ZPKA 5COOA 4M8YA 1SH9A 3URJA 1APWE 4EJLA 3UQWA 3TKWA 1Z8CA 3PWMA 4OBJA 1QBSA 1TSQA 5P7PA 4L7GA 3UDMA 3K5CA 1D4LA 1HPXA 2ZHRA 1SMRA 4HDPA 5HDXA 2QI6A 1DIFA 3QIHA 2FDPA 3WZ6A 3G6ZA 3EKQA 3K4VC 1HSIA 5P6MA 5P0DA 5BWYA 4RRNA 5P3BA 1IVPA 1Z1RA 3ZOVA 5KR2A 4XXSA 1HVCA 2WEBA 1IBQA 2G1SA 3DUYA 3OGQA 4H3GA 2BJUA 4Z50A 2NXMA 3OTSA 4YOBA 2WHHA 3EL9A 3OY4A 4Y4UA 4ER2E 4EXGA 4FSLA 5P3MA 1FF0C 5P45A 5P5VA 3D1ZA 2VA5A 1FFIC 1G6LA 5P3HA 5P01A 5P7OA 2PC0A 3SABA 3BRAA 3FX5A 3L5BA 2FLEA 5P2DA 2G1YA 5OZSA 2ZHTA 5C9BA 3PMYA 3SM1A 3VCMA 1EAGA 3L59A 1HOSA 1FKNA 2FMBA 4I0HA 1HVRA 1NPAA 2H6SA 2QU2A 5OZHA 5P4IA 1SP5A 4EJDA 3VLBA 4Y4AA 3O9DA 2RKGA 4ZSMA 3TLHA 5P1UA 1D4YA 5OZ4A 4Q1WA 2QMGA 3UDHA 3INHA 8HVPA 1D4SA 1GVWA 5P3OA 3DM6A 4PHVA 4AZYA 5P6EA 1QBRA 1EPOE 2IL2A 3O9CA 3OUBA 3OQKA 2AVSA 4APEA 3UDKA 3TOHA 3PWWA 3OAGB 1QBTA 5J25A 4Y3NA 2OHRA 1K6CA 4Y3MA 5C9DA 4GJ6A 4FRSA 2AVMA 1GVVA 2Z54A 5P7EA 4FIVA 5P3TA 5OYUA 3UDRA 4DJXA 3TKGA 3PRSA 1KJFA 3FNTA 5P3IA 1KZKA 2WKZA 1B5FB 1Q9PA 2PYMA 3DCKA 2R43A 4CPSA 4DJPA 1C70A 5P8EA 4NKKA 3WB5A 1YTIA 1PPKE 4CPWA 5P2JA 5P8MA 3O9LB 4NJUA 4Y4GA 1ZLFA 3EBZA 3OQ7A 4AUCA 1BDRA 2RMPA 2QP8A 2F3FA 3NLSA 5JG1A 4I0JA 5P5FA 3RSXA 5P8PA 3ZPTA 4YD3A 5P3WA 4DQEA 1PPLE 3NU5A 2JE4A 5P70A 5P66A 2QNPA 5OZ8A 5P5QA 4Y4WA 1TCWA 2I0AA 5I3WA 4Y6MA 4Y43A 4I0IA 3GGXA 5P2HA 3WZ7A 5OZCA 4FM6A 3TPLA 4HEGA 5B18A 1W5XA 4S1GA 4DPFA 4OBZB 4FAEA 2QI1A 2QCIA 5P3YA 2P3CA 4HZTA 3IN3A 4LP9A 5P43A 5P8VA 5OZNA 1IZDA 3OXCA 3NXNA 4Y35A 1T7JA 5P8OA 1GNOA 5P3QA 3I7EA 4Y37A 2WF4A 2FDDA 1MSMA 3NDXA 5P00A 4DI2A 5TOLA 4FCOA 4N00A 5P8IA 2P3BA 5P8JA 4Y5AA 4QJ2A 4Y3RA 5P2RA 1A8KA 3APPA 3HVGA 5P71A 5P5LA 1W51A 3D91A 4FRKA 5P2WA 1LYBA 4R93A 4Y5GA 3DOXA 3PSUA 4A6BA 5P6RA 3D1XA 3Q70A 5OZIA 5P4MA 3ZLQA 1MESA 2QHZA 1K6TA 4Y3YA 5KOQA 2VNNA 3GGAA 3ZL7A 1HTFA 4ZEAA 5P6CA 3KF0A 4Y54A 5P8AA 2R5PA 1NPWA 4GIDA 1YTJA 2WF3A 2JJJA 2FIVA 5COKA 3URIA 2Q15A 4Y3LA 3M9FA 3LZSA 5IS4A 4LBTA 1PPME 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q63 A;  3K1W A;  5P2V A;  2Q64 A;  1J71 A;  1MEU A;  2PQZ A;  3O9I A;  1MTR A;  4NPU A;  1IDB A;  2G20 A;  1Z1H A;  3PSG A;  5P3E A;  1LF3 A;  4Q5M A;  5P83 A;  3NR6 A;  3BUF A;  3BUG A;  3IGB A;  3EL4 A;  5P3L A;  4Z4X A;  4Y3D A;  3PBZ A;  4YA8 A;  2PH8 A;  4ZPG A;  4Y53 A;  2XFI A;  2WED A;  4OBD A;  5P4J A;  4YCT A;  1SDT A;  3T7P A;  5P7C A;  4D85 A;  5P0H A;  1AM5 A;  2O4N A;  1HIH A;  1B6J A;  1K2C A;  5P4A A;  2WEC A;  1MT9 A;  1GVX A;  5P0M A;  4A6C A;  3BHE A;  4GB2 A;  5P1F A;  5OYT A;  4FM8 A;  2I1A A;  5P0T A;  5P6F A;  1ER8 E;  1RQ9 A;  5P1R A;  3O9F A;  4FRJ A;  5JFU A;  5P7V A;  5P1S A;  2OHL A;  3GI4 A;  5P7F A;  1YTH A;  3KDD A;  4EXH A;  1HBV A;  5P5D A;  5OZT A;  1HVJ A;  2QMP A;  5P3U A;  1B6M A;  5P4N A;  1QBU A;  4YDG A;  5OZA A;  5SY3 A;  5P2A A;  4J1F A;  2PH6 A;  2VS2 A;  3VLA A;  4I0D A;  6FIV A;  5P36 A;  1HII A;  5P1I A;  5P1P A;  5P2Y A;  3OU3 A;  4FM7 A;  4NJV A;  1C6Z A;  3CYX A;  3K5G A;  1LS5 A;  1DAZ C;  4LXK A;  3OOT A;  2O4K A;  3VF5 A;  3LIQ A;  3EXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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