1UIBA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Fluctuations in free or substrate-complexed lysozyme and a mutant of it detected on x-ray crystallography and comparison with those detected on NMR.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1uibA00
2DBTA 1GHLA 3J4GA 1B9OA 2ZNWY 4DD0A 1GFVA 4R0FA 1G7LC 1GF9A 4KT3A 1JEFA 1HHLA 5HQ1A 1CJ9A 3KAMA 5I4WA 4CGEA 1JITA 1DI3A 4H90A 2BLYA 4QDNA 2Z19A 2BAAA 1GF0A 1GE3A 2XJWA 2YVBA 4WM3A 5KXZA 7LYZA 4XJDA 134LA 1CJ8A 1GDWA 1KXWA 2BLXA 3P64A 3WPJA 1BGIA 4LYMA 4WMGA 1IP1A 4OWAA 1D9UA 1QUSA 2FBDA 3A6CY 1NWGA 4UWUA 5LYTA 4NIJA 1AM7A 1GB3A 1LJKA 1EL1A 1UACY 3OK0A 5APDA 4HP0A 4LT1A 4BS7A 1NF5A 1IO5A 1OUDA 4N0JA 1HEWA 3OJPA 4FJRA 1FDLY 3ZVQA 1YAQA 4WM1A 5F9XA 2YBHA 4TSBA 2LHMA 4ANRA 1WQMA 1KIRC 3AGIA 1IR7A 4D9ZA 4WLYA 4AXTA 2HEDA 2Q0MX 1VFBC 4H94A 4W94A 4N8ZA 1DPXA 1IORA 2W1XA 4RW2A 1LZ1A 1DI5A 1LSBA 1IX0A 1G7IC 1XSFA 1GFTA 4OWEA 4YENA 4LYOA 1YAMA 4LZTA 2I26L 1I56A 4LGKA 4TUNA 1LSZA 2LYZA 2AUBA 4IASA 4LYTA 3AW6A 1HEMA 1HMKA 2DQDY 4GCCA 4PRUA 5D5CA 3WXUA 5L3IA 4HJYA 1QDTA 4HJVA 4CJ2A 5LIOA 1BB3A 3W6DA 5KXLA 1P2CC 4RW1A 2MEIA 2PC2A 5E9RA 2F2NA 2C8PA 1HENA 2ZQ3A 5HMVA 4B1AA 2BQFA 133LA 1GF6A 208LA 4XJGA 4NSIA 3ZVQB 4B4IA 3B0IA 4DYGA 5B07A 3MGWA 4NHPA 1GFEA 5LA5A 1NBYC 5AMYA 1LHHA 3E3DA 3RU5A 4N1EI 4WM4A 4MR1A 1REYA 2YBMA 3A95A 4A7DA 1OUJA 5DLAA 5A3EA 1BWIA 1LSMA 1XEJA 4WO9A 3WMKA 1NKHA 3M18B 3WL2A 1CKFA 1UA6Y 1C08C 2ZWBA 1LZAA 5LA8A 3TXKA 3EMSA 2HEAA 1B5VA 4MCKA 1GBYA 1B7OA 1D0MA 1GF5A 1LSYA 1GB9A 5LXWA 1G7JC 5KXOA 1IP5A 3G3BB 1HNLA 2YBNA 1YROA 1HEPA 1ZVHL 4L41A 4WG7A 1OUGA 5B06A 3RZ4A 1GB8A 2YBJA 4HTNA 4TX7A 1NDMC 1XGRC 1B7NA 3WPKA 2Z39A 1LAAA 2IFFY 1IOCA 5LINA 1D0KA 3W6EA 4J1AA 2Z2FA 1BWHA 3A3QA 3GXKA 5KXXA 1WTNA 5E4PA 1LTMA 1XEIA 2CJLA 1JSFA 1B7QA 3A34A 2H9JA 1AZFA 3WPLA 1I20A 3ZEKA 1VDQA 5APCA 3WU8A 1IOQA 1LZ9A 4YF2A 1QTKA 1JKCA 2BPUA 3TXEA 4KXIA 1LMAA 1DXJA 1LJHA 1IIZA 1GE1A 2G4NA 2MEFA 2WARA 3LZ2A 1CKCA 4N5RA 4R6CA 4WM2A 4XYYA 3QNGA 4DDAA 4G9SA 1IOSA 1QQYA 4H91A 2MEEA 1DKKA 2DQGY 3P65A 4H8ZA 193LA 4XJBA 5I4XA 2FYCA 1EQ4A 3A8ZA 3LYZA 4HJZA 1FN5A 5K7OA 1KXXA 2D4IA 4RLNA 5FELA 1JISA 4TSCA 4LFXA 1D6QA 2EIZC 1XFPL 4HPIA 4E3UA 1ZMYL 1UIDA 1LZRA 3AB6A 5ILFA 1IP3A 4ETEA 4ML7A 3B0KA 3N9EA 4KL7A 2HU3A 2DQIY 4ZIXA 1GF8A 1IWXA 1QUTA 1GE4A 1LZTA 2DQFC 4N1CC 5B1FA 5L9JA 8LYZA 4LYCA 1HMLA 4ET8A 2CGIA 1IWUA 1JJ0A 2XBRA 4NHIA 5FDJA 1EQEA 1NQIA 4DD9A 3CQLA 3TXJA 4DDCA 1WTMA 5B05A 3TXBA 5KKIA 3K3TA 1GB5A 1D6PA 1GXV2 4HV2A 2B5ZA 2Z2EA 1XGTC 3CT5A 4H92A 4X3BA 2ZILA 1RJCB 3LN2A 4H9EA 2YBLA 1TAYA 4WG1A 3A91A 1UIBA 4NSHA 3P4ZA 1GBXA 1GD6A 4IATA 1JKDA 1TCYA 3CSZA 4YOPA 4QY9A 2DQCY 3AW7A 5LYZA 5KXSA 1T6VL 1I1ZA 4XN6A 3TMVA 1B7SA 1AT5A 4OW1A 1HFXA 1JSEA 1PZYA 3IWRA 5B1GA 2CDSA 3AYQA 1B7PA 1GF7A 1B2KA 1O23A 1TEWA 1HFZA 1OUHA 5FEKA 3EBAB 2MEGA 1KIQC 1LJNA 1V7SA 1XGQC 1YILA 3LYOA 5KXRA 4Z3MA 1IP2A 1LMCA 2ZYCA 4NWHA 1WQOA 4KPMA 3LHMA 4G4HA 1WQRA 3A96A 5LVHA 1HELA 1J1OY 1BB7A 1HERA 5A3ZA 1H87A 1UIHA 1UIGA 2ZIJA 4NEBA 2GV0A 1ZVYB 1BB5A 1GBWA 1GXXA 4YEMA 1BB6A 1D0LA 4NGLA 1FLYA 1QSWA 2ZQ4A 2YDGA 3A92A 1B5YA 3CSQA 4PJ2C 4NGIA 3TXIA 3P66A 5D5FA 4W96A 5APEA 1JIYA 1GE2A 4ET9A 2LZTA 2BQJA 5KXYA 1GFRA 1GEZA 1IP6A 2W1LA 4J0LA 1JTTL 4XJIA 1HEQA 4H9CA 4DD2A 4DDBA 1LKRA 1YL0X 2BQGA 1LYZA 3AZ7A 1KIPC 1VEDA 1FKQA 4WO6A 4NSJA 4DT3A 1OUIA 1B5WA 4H8XA 1IEEA 1IY4A 3AGHA 4XENA 4NGZA 2G4QA 4DC4A 1JTPL 4HTQA 4TWSA 2MEAA 3A6BY 4WL6A 2HECA 4NY5A 3HBHA 4CFPA 5HNLA 1TDYA 1GEVA 2Z37A 2Z12A 5LVJA 2RSCA 4EOFA 1LZCA 2MEDA 3CSRA 4OOTA 1LSNA 4H1PA 1LZSA 4OWCA 1UIEA 6LYTA 1GFJA 3TMXA 4ZFPA 2FBBA 1W08A 4P2EA 4ETBA 1FLUA 2ZNXY 1T3PA 1MELL 2DQHY 1IWZA 4GN5C 3CT0A 3LZTA 1HFYA 1LYSA 1LHIA 2XBSA 5I54A 5F81A 2HEBA 4M4OA 1NHEA 1W6ZA 3QY4A 1LPIA 4GCBA 1KXYA 4GLAA 3WYHA 3ATOA 2EKSC 2F4AA 4DD7A 4RLMA 1IC5Y 3J6KA 1LZGA 1CKGA 4GCDA 1IR8A 4PPOA 1C7PA 1J1PY 4HPEA 4NGJA 1QDRA 5DN4A 1GF3A 3B72A 1IC7Y 2Y8PA 2MEBA 1IP4A 1REMA 1LSAA 1C45A 4BAPA 4C3WA 1FKVA 1C43A 1LZNA 1NBZC 1YKYX 4NWEA 1LZYA 1LYYA 4B0DA 1H6MA 135LA 3A94A 4H8YA 1LSPA 4Z41A 1F0WA 4I8SA 2LZ2A 1CJ7A 1WQNA 4NFVA 1F6SA 1GE0A 4HSFA 1IP7A 4EMNA 2MEHA 1LJEA 1JPOA 1GBOA 1LJIA 1LJGA 1XEKA 1YAPA 4GCEA 3TMWA 1LSGA 2DKVA 3GXRA 1EQ5A 1B7RA 1JTOL 1N4FA 1HSXA 4LT0A 132LA 1OUEA 1LMOA 5M1YA 3F6ZA 3HBEX 1LZ8A 2D91A 2FYDA 2ZIKA 5KXNA 1SLYA 1UC0A 4G4BA 4I0CA 4OOOA 1LOZA 4NG8A 4DD3A 5KXTA 3HBDA 1BVKC 1FLQA 1YIKA 1IOTA 3G3AB 1VDSA 1MLCE 4NGVA 4O34A 4CFOA 4GCFA 4OWHA 4U3XB 4GN3A 4NGOA 3N9AA 1ALCA 3AGGG 4LFPA 2DQEY 4ZEEA 4XADA 3TXDA 1HSWA 3FI7A 5C6IA 1G7HC 3D9AC 4B4EA 2YBIA 5HLLA 1IR9A 5KY1A 3WUMA 4LYBA 1UIFA 1IC4Y 1PS5A 1REXA 3ATNA 4HV1A 4YEOA 2BQEA 2IHLA 4PHIA 3TXHA 3QE8A 3WXTA 1FLWA 3W6BA 1WQQA 2D4JA 1SQ2L 2BQBA 2YSSC 1DZBX 5IHGA 1IWYA 5L3HA 1VDPA 5KXKA 5KXPA 1WVUA 4H9IA 1XGUC 4HTKA 4PRQA 4LYZA 1J1XY 3TXGA 2N5ZA 154LA 1A4VA 2HEFA 3B0OA 5ILCA 1GDXA 1YQVY 1LZ6A 2W1MA 5KJ9A 1RI8B 3CB7A 3ULRA 1LHLA 4ETCA 5F14A 5LVIA 1JJ1A 4WM5A 3IJUA 4GN4A 4H9BA 3WVXA 5KKJA 3M3UA 3TMUA 5B59A 3A90A 3N9CA 2I25L 1BWJA 2LYOA 1LCNA 1YAOA 4J1BA 4YM8A 1UIAA 4H93A 4WLTA 1JJ3A 3FE0A 1LJJA 2HEEA 2Z18A 4Z46A 2D6BA 1NMMA 4DD1A 3WW5A 1RE2A 2HU1A 4G49A 4NHSA 1REZA 4C5FA 1RFPA 9LYZA 2BQNA 3BKVA 3D3DA 1DI4A 1DQJC 1LHMA 2X0AA 4QEQA 3LYTA 3W6AA 1IY3A 3WUAA 1BVXA 4H9FA 1LYOA 1OUAA 1LHJA 4ETDA 1HC0A 1DPWA 1XGPC 1B7MA 1FBIX 1GB2A 1IWWA 2HUBA 2NWDX 1JKAA 153LA 1GFUA 1AKIA 3RNXA 3EO5A 5C6LA 1QIOA 4AGAA 1GWDA 3T36A 4CHXA 1BB4A 1LJ4A 2BQLA 1IWVA 1F10A 5DL9A 3CT1A 5LVKA 1LMNA 4MSTA 4NHTA 2BQHA 5KXMA 5I4YA 5FSTA 1GB7A 1CKDA 1JKBA 1LZ5A 4IJ4A 4WL7A 3W6FA 3WH1A 2Z38A 2BQMA 3BKHA 4WLXA 4FDYA 5F9UA 4GLVA 5II3A 2D4KA 5HNCA 1F6RA 2F30A 4UWVA 4NHQA 1HEOA 1LMPA 1B5UA 1GFGA 1LHKA 207LA 4QGZA 1TBYA 2DQAA 3A3RX 1ZV5L 2BQCA 2VB1A 4WOAA 1UCOA 2ZYPA 3A93A 5IDDA 1B5ZA 1GBZA 1JUGA 1LSEA 1UICA 5T3FA 4H9AA 2A7FA 3RT5X 1B5XA 1LZEA 1V7TA 4M6DA 1IVMA 1INUA 1GAYA 1LZ4A 2BQIA 4NG1A 4BADA 1BHZA 4H9HA 1DKJA 2BQAA 5C6JA 6LYZA 5JENB 1QTEA 2BQKA 1YKXX 3AZ4A 1OQMA 4NGYA 5EBHA 5F16A 1LKSA 3WU9A 1JHLA 1GFKA 1VAUA 1GPQC 5J7CA 5LVGA 1VATA 4PGJB 1OUCA 3A67Y 1VDTA 3RW8A 1Z55A 4ETAA 4G4CA 1LJFA 5FHWA 3WULA 4WM6A 1WQPA 194LA 2LYMA 3VWOA 1LSCA 1GFAA 1CKHA 2BQOA 4DWXA 2I6ZA 1A2YC 1G7MC 5DN5A 1YANA 1GB6A 2H9KA 1C10A 1JWRA 2H5ZA 5LAFA 5I5QA 1GB0A 1CJ6A 4LT3A 3P68A 3W3EA 1WVVA 3LYMA 1B7LA 3HFMY 5LAGA 1RCMA 1LZBA 2EPEA 1UUZC 3WUNA 1GBSA 2MECA 1YKZX 3EXDA 1GFHA 3T6UA 1AT6A 1LMTA 3W6CA 5IELA 3IJVA 1GF4A 2F4GA 2BQDA 4XJFA 3WW6A 5DM9A 1E8LA 1HF4A 5KXWA 3WU7A 1CNSA 3AJNA 4LT2A 2EQLA 3AZ6A 1OUBA 1BQLY 1LSDA 4WLDA 1LSFA 4BAFA 4NGWA 3B6LA 1QSAA 5I53A 4N9RA 4II8A 4B49A 5FCPA 2DQJY 1LMQA 3SP3A 4NGKA 4OWBA 1YL1X 3AZ5A 1OP9B 4XJHA 1GAZA 3TXFA 1OUFA 2CWIA 4Z98A 2HTXA 2G4PA 4TTDA 4J7VA 1B0DA 1UBZA 5APFA 5HMJA 2C8OA 1NDGC 4UWNA 2A7DA 3WVYA 4B4JA 2XTHA 1IWTA 1C46A 1LJ3A 5LYMA 1LZDA 2W1YA 4NSGA 4RDSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GHLA 1L01A 4CGEA 1JITA 2LZMA 1DI3A 4H90A 2Z19A 2XJWA 1L19A 1KXWA 1P46A 3WPJA 2FBDA 5LYTA 1I6SA 1UACY 5APDA 4LT1A 174LA 1IO5A 1OUDA 3OJPA 5F9XA 1G0LA 1WQMA 1SSYA 169LA 214LA 2HEDA 2B6WA 1DPXA 1LSBA 1G7IC 4LYOA 4LZTA 4LGKA 3AW6A 4GCCA 5D5CA 3WXUA 2F32A 2MEIA 208LA 1L44A 3B0IA 4N1EI 4EJ4A 1XEJA 113LA 3M18B 1UA6Y 1C08C 1L77A 2ZWBA 3EMSA 125LA 1DYAA 1B7OA 1T8FA 3G3BB 1HNLA 4WG7A 1ZVHL 4EKPA 1L02A 5B06A 1SSWA 1L70A 1LYEA 4HTNA 1NDMC 218LA 1IOCA 4J1AA 3A3QA 5KXXA 1WTNA 2RB2X 1JSFA 1L33A 1B7QA 184LA 2H9JA 1AZFA 1I20A 3WU8A 4YF2A 2BPUA 1LMAA 1D9WA 4XYYA 4WM2A 4DDAA 1T8AA 1IOSA 1QQYA 232LA 2MEEA 3C7ZA 3LYZA 4HJZA 1L18A 222LA 2EIZC 1XFPL 4I7QA 4ARMB 4ETEA 1L52A 4KL7A 2DQIY 1GE4A 1LYGA 5L9JA 1C6DA 1HMLA 1LGUA 4LYCA 2XBRA 5FDJA 3CQLA 2B6XA 4PJZA 1CU3A 1QUDA 173LA 102LA 4HV2A 3ODUA 1XGTC 4DQ7A 2ZILA 4ARLA 2YBLA 111LA 112LA 1OVJA 1JKDA 1TCYA 1JTMA 2DQCY 3AW7A 5KXSA 1L98A 1JSEA 3IWRA 210LA 1B2KA 181LA 1L13A 1KIQC 236LA 1L22A 1YILA 5KXRA 246LA 1IP2A 1P2RA 3A96A 3DNAA 5LVHA 1BB7A 1HERA 167LA 1UIGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DBT A;  1GHL A;  3J4G A;  1B9O A;  2ZNW Y;  4DD0 A;  1GFV A;  4R0F A;  1G7L C;  1GF9 A;  4KT3 A;  1JEF A;  1HHL A;  5HQ1 A;  1CJ9 A;  3KAM A;  5I4W A;  4CGE A;  1JIT A;  1DI3 A;  4H90 A;  2BLY A;  4QDN A;  2Z19 A;  2BAA A;  1GF0 A;  1GE3 A;  2XJW A;  2YVB A;  4WM3 A;  5KXZ A;  7LYZ A;  4XJD A;  134L A;  1CJ8 A;  1GDW A;  1KXW A;  2BLX A;  3P64 A;  3WPJ A;  1BGI A;  4LYM A;  4WMG A;  1IP1 A;  4OWA A;  1D9U A;  1QUS A;  2FBD A;  3A6C Y;  1NWG A;  4UWU A;  5LYT A;  4NIJ A;  1AM7 A;  1GB3 A;  1LJK A;  1EL1 A;  1UAC Y;  3OK0 A;  5APD A;  4HP0 A;  4LT1 A;  4BS7 A;  1NF5 A;  1IO5 A;  1OUD A;  4N0J A;  1HEW A;  3OJP A;  4FJR A;  1FDL Y;  3ZVQ A;  1YAQ A;  4WM1 A;  5F9X A;  2YBH A;  4TSB A;  2LHM A;  4ANR A;  1WQM A;  1KIR C;  3AGI A;  1IR7 A;  4D9Z A;  4WLY A;  4AXT A;  2HED A;  2Q0M X;  1VFB C;  4H94 A;  4W94 A;  4N8Z A;  1DPX A;  1IOR A;  2W1X A;  4RW2 A;  1LZ1 A;  1DI5 A;  1LSB A;  1IX0 A;  1G7I C;  1XSF A;  1GFT A;  4OWE A;  4YEN A;  4LYO A;  1YAM A;  4LZT A;  2I26 L;  1I56 A;  4LGK A;  4TUN A; 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 4H9H A;  1DKJ A;  2BQA A;  5C6J A;  6LYZ A;  5JEN B;  1QTE A;  2BQK A;  1YKX X;  3AZ4 A;  1OQM A;  4NGY A;  5EBH A;  5F16 A;  1LKS A;  3WU9 A;  1JHL A;  1GFK A;  1VAU A;  1GPQ C;  5J7C A;  5LVG A;  1VAT A;  4PGJ B;  1OUC A;  3A67 Y;  1VDT A;  3RW8 A;  1Z55 A;  4ETA A;  4G4C A;  1LJF A;  5FHW A;  3WUL A;  4WM6 A;  1WQP A;  194L A;  2LYM A;  3VWO A;  1LSC A;  1GFA A;  1CKH A;  2BQO A;  4DWX A;  2I6Z A;  1A2Y C;  1G7M C;  5DN5 A;  1YAN A;  1GB6 A;  2H9K A;  1C10 A;  1JWR A;  2H5Z A;  5LAF A;  5I5Q A;  1GB0 A;  1CJ6 A;  4LT3 A;  3P68 A;  3W3E A;  1WVV A;  3LYM A;  1B7L A;  3HFM Y;  5LAG A;  1RCM A;  1LZB A;  2EPE A;  1UUZ C;  3WUN A;  1GBS A;  2MEC A;  1YKZ X;  3EXD A;  1GFH A;  3T6U A;  1AT6 A;  1LMT A;  3W6C A;  5IEL A;  3IJV A;  1GF4 A;  2F4G A;  2BQD A;  4XJF A;  3WW6 A;  5DM9 A;  1E8L A;  1HF4 A;  5KXW A;  3WU7 A;  1CNS A;  3AJN A;  4LT2 A;  2EQL A;  3AZ6 A;  1OUB A;  1BQL Y;  1LSD A;  4WLD A;  1LSF A;  4BAF A;  4NGW A;  3B6L A;  1QSA A;  5I53 A;  4N9R A;  4II8 A;  4B49 A;  5FCP A;  2DQJ Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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