1UIEA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRGGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the stability of mutant lysozymes at position 15 using X-ray crystallography.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1uieA00
1GE0A 1AT5A 3TXGA 2YBHA 5D5FA 5KXRA 4G4BA 1DZBX 5APFA 5KKJA 5ILCA 1IY3A 4H9CA 4CJ2A 1C7PA 1IR9A 4B0DA 6LYZA 4WM1A 1DKJA 3ZEKA 4XJGA 1BB5A 5DN4A 5LINA 2AUBA 4J1AA 1OUAA 1BB7A 3WPKA 4H91A 2YDGA 1NDGC 1LSFA 3AYQA 4BAFA 2BQLA 1GAZA 5KXYA 1CNSA 1IIZA 4HTQA 2MEBA 1B7OA 1HENA 3IJVA 5I4WA 1B5XA 5LVGA 2ZNWY 3RT5X 5LVJA 4OOTA 3EO5A 4CGEA 1LJIA 3AGHA 1BB4A 2ZIKA 3FE0A 4LYOA 2BLXA 2YVBA 4DC4A 2Z37A 3BKHA 1IWWA 2F2NA 3N9AA 1IOQA 4HTNA 1NKHA 2HECA 1WVVA 1G7MC 3W3EA 4LT0A 1FLUA 1N4FA 3F6ZA 1QTEA 3WU8A 2BQDA 1OUEA 3AZ7A 4H9FA 2BQOA 4DD7A 1KIRC 4LYZA 2Z18A 4AXTA 5KKIA 1ZV5L 1BWHA 1GE4A 208LA 1LHJA 1C46A 1DI5A 2Q0MX 1LYYA 3LZTA 1LZ6A 3WMKA 1LZNA 2LHMA 1IOSA 2HUBA 4BADA 4ETDA 4RLNA 1IC4Y 3WUNA 1IWYA 4NWHA 3CSRA 4J1BA 5FDJA 5F9UA 3A92A 4NGOA 1IR7A 2WARA 3A6BY 4ANRA 1UIFA 1ZVYB 1C08C 5B06A 1FLYA 1B7MA 4HSFA 3W6CA 2I6ZA 4XENA 4LFPA 4WO9A 1GB0A 1E8LA 1EQEA 4XYYA 1GFUA 3KAMA 1GF0A 1HC0A 1LZCA 4DWXA 4GCCA 1OUCA 4ZFPA 1H87A 3A8ZA 2YBJA 3HFMY 4GN3A 4HV1A 4NIJA 1LMCA 153LA 1IY4A 1B5YA 1I1ZA 1V7SA 2ZIJA 1CJ7A 4OWBA 4GN5C 4CFPA 1QDTA 3AW7A 3MGWA 4UWUA 4XJFA 1DXJA 1GFEA 2LZ2A 3OJPA 1IP1A 1HSWA 1WQPA 2LYOA 4WLYA 5HQ1A 4OWHA 4M4OA 3RW8A 4DD1A 5KXTA 1LMPA 2DQIY 1IP7A 1HSXA 4NHSA 1HMLA 1D0LA 2IHLA 2F30A 1WTNA 1A2YC 3P4ZA 5I53A 4NSIA 1LSAA 3WU9A 1J1XY 1BVXA 4RW1A 2EPEA 1IP3A 1B5UA 4Z98A 1KXWA 2CJLA 5E4PA 1B7PA 1FN5A 1G7JC 1YQVY 1XGTC 3CT1A 3N9EA 5AMYA 1GB5A 1WQQA 2Z2FA 1WVUA 5LXWA 1AM7A 1LSGA 4MSTA 1BWJA 4CHXA 1LYOA 2MEGA 4ZEEA 4WL6A 4WM6A 4UWNA 5LVIA 1VATA 5KXWA 1LCNA 4OW1A 1IC5Y 4WM3A 1LSMA 1CKCA 1DKKA 3QY4A 1IP2A 2B5ZA 1IOCA 1YAOA 3ZVQB 1UCOA 5APCA 1F0WA 4ET9A 1IP4A 4ZIXA 1EQ5A 3TXFA 4ET8A 1BGIA 1OUGA 4XJDA 4H8XA 5LAGA 4B49A 3B72A 4L41A 4NY5A 1GWDA 1C45A 1IR8A 1LHHA 1IOTA 3CQLA 4FDYA 1SLYA 4YM8A 1B7QA 2MEAA 1FLWA 4H92A 4WLXA 3WPLA 1C43A 1HERA 1AT6A 1GF5A 1GFVA 1VDSA 3A90A 1LMQA 1YKYX 1G7IC 5J7CA 2ZNXY 1HEQA 4WLDA 5B05A 3T36A 2VB1A 2BQNA 1QUTA 3J6KA 1LKRA 1JTPL 2I26L 4GLVA 1JITA 3ZVQA 1UIGA 3E3DA 4DD0A 1O23A 3B0IA 1GFTA 4N5RA 1LZSA 5C6IA 1NDMC 1HEWA 5KXKA 2HU1A 5LVKA 4NGJA 1LJHA 2BQFA 1ALCA 1D0KA 2DQGY 2MEIA 1WQMA 1GEVA 3BKVA 4H9HA 1GB8A 4H8YA 5APDA 4WOAA 4N9RA 4M6DA 1XGRC 2N5ZA 5L3HA 1NWGA 3AZ6A 1NHEA 2XTHA 1DQJC 1TCYA 1UUZC 4HPEA 4G49A 3TXHA 1REXA 1NQIA 3TMWA 2DQFC 1CKGA 5K7OA 1FKVA 3CSQA 3AGGG 2PC2A 4LYCA 2MEDA 1F10A 2MEEA 4O34A 5EBHA 1MELL 4YEOA 3WU7A 3A93A 5FSTA 3AW6A 1GBSA 1GXXA 1UC0A 2H5ZA 4OOOA 1YANA 1EL1A 1QDRA 1REYA 4II8A 1LMOA 2DQAA 4QY9A 2HEEA 4NGVA 5I54A 8LYZA 4AGAA 5E9RA 3P65A 2H9KA 4DDCA 5APEA 1LHMA 1LZBA 6LYTA 1B5WA 4PGJB 1ZMYL 2DQDY 3B0OA 5HMVA 3ATNA 1IC7Y 3TXBA 1LZGA 4H9BA 2X0AA 4N1CC 2D91A 1GE1A 1LJGA 3WVYA 1JKAA 1LMAA 2BQKA 1XSFA 2CDSA 4H90A 4FJRA 2BQHA 2D4IA 2LYZA 2G4NA 1YAQA 1JISA 3B0KA 3A91A 1DI4A 1NF5A 2Y8PA 3HBHA 3QE8A 4B4EA 4OWCA 2EKSC 1LJ4A 4C3WA 4TTDA 5B59A 3CB7A 3P64A 4LYTA 5FEKA 4UWVA 1XEKA 1GFHA 4PJ2C 4X3BA 4R6CA 5L9JA 1LJJA 1XGQC 1INUA 1CKDA 1LSCA 2YBLA 4NHIA 2GV0A 1IWZA 4GCDA 1BB3A 2BQJA 4EMNA 1D6QA 3M3UA 3LYMA 4GN4A 1JJ0A 1P2CC 3CT5A 2ZQ4A 1GDXA 1BWIA 1YKXX 3TXKA 1LPIA 4BAPA 1IWVA 4H93A 3WUMA 1YILA 1C10A 1RFPA 4NEBA 3TXJA 194LA 5L3IA 1TEWA 3TMXA 1LYSA 1F6RA 1YIKA 2DBTA 5KXPA 4ETBA 4ETCA 5II3A 5F14A 1GB2A 5FHWA 5KXMA 1GF6A 4TSBA 2CGIA 4LFXA 3A6CY 1CKHA 1LSNA 2BLYA 1HHLA 1LZ5A 3W6AA 4IATA 2BAAA 2FBDA 1VDTA 1GDWA 5ILFA 4H94A 4NGWA 4LT3A 3GXKA 1WTMA 4YEMA 2W1XA 1GE2A 2FBBA 4NHQA 4WM4A 1LHIA 1LYZA 2W1YA 3LYOA 4XJBA 3WXTA 1GE3A 1LZ9A 1TBYA 1LSYA 4H9IA 3W6BA 3LYZA 4B4JA 4GLAA 1A4VA 1GB7A 1UACY 2EIZC 1RCMA 1UBZA 1HMKA 1KIPC 1VAUA 5HNLA 1LSPA 4PHIA 1OUJA 4DDBA 4G4CA 5D5CA 4DD2A 1IWTA 1T6VL 3AZ5A 3W6EA 3B6LA 5IHGA 3ATOA 3GXRA 5LYTA 2D4KA 1GF3A 1QQYA 1NBYC 3IJUA 1BB6A 4HPIA 5C6JA 1HNLA 1CJ8A 1KIQC 1HELA 1OUIA 3N9CA 5F9XA 1IP6A 5T3FA 1J1PY 2DKVA 4NWEA 3TMVA 5C6LA 5LA5A 2F4GA 5KXOA 1BVKC 1IO5A 133LA 1FLQA 1W6ZA 4YF2A 1JUGA 1ZVHL 2MECA 1QTKA 2Z39A 4LT1A 2YBMA 1QSAA 1LZRA 4YENA 3QNGA 1I56A 4WG1A 2ZWBA 2HEAA 4TUNA 1MLCE 1LMNA 4Z41A 1B7SA 4HP0A 5FCPA 1XFPL 3HBEX 4KT3A 1FKQA 1GEZA 2HEBA 5HMJA 3W6DA 3FI7A 1YAMA 4OWAA 3WUAA 4H1PA 1XEJA 1YAPA 1GFAA 1LZAA 2EQLA 4NSJA 2BQEA 5KXSA 3ULRA 4BS7A 4DD9A 5KY1A 5JENB 4NHTA 5DL9A 1D0MA 1D9UA 9LYZA 1UICA 2H9JA 3D9AC 4LGKA 5LVHA 1PS5A 4N0JA 1JTTL 1GFKA 1LOZA 134LA 4H9AA 2DQEY 5A3EA 1JIYA 5LIOA 4I8SA 1OUBA 1LJEA 3EBAB 3LZ2A 4HV2A 5LAFA 1UIDA 1GHLA 2A7DA 3A95A 4J7VA 135LA 1B9OA 1DPWA 1F6SA 3WH1A 1KXXA 5KXZA 3VWOA 1IVMA 1YROA 3TXEA 5KXLA 2BQIA 1AKIA 4EOFA 3TXDA 2BQMA 4GCBA 4ETEA 2FYDA 2F4AA 1UIEA 4YOPA 3A67Y 4MR1A 4XJHA 4C5FA 1JPOA 4DDAA 2ZQ3A 4NSHA 1OUDA 2BQGA 1RI8B 2IFFY 4HJZA 4XADA 1IX0A 1OP9B 1REMA 2MEFA 2Z2EA 4QDNA 1GBWA 5KXXA 132LA 3LYTA 1VFBC 1I20A 3TMUA 5A3ZA 3A3RX 3SP3A 5B1GA 1W08A 2YBIA 1QIOA 5F16A 1LZEA 1B0DA 4RLMA 4KXIA 1LSBA 2ZYCA 4Z3MA 1DPXA 1GFRA 3G3BB 3HBDA 4ML7A 1KXYA 1LJ3A 4DT3A 1LZDA 1B7LA 1JJ1A 5LYZA 1HEMA 1FDLY 2RSCA 2XJWA 5KJ9A 2XBRA 1IP5A 3OK0A 1G7HC 1JWRA 1B7RA 4NGLA 1HF4A 4P2EA 3WVXA 2I25L 4NGZA 2DQJY 3M18B 1B7NA 3P66A 1RJCB 3CSZA 1DI3A 4E3UA 1JKBA 3WYHA 1IORA 1LZYA 1GPQC 4WG7A 2BQBA 5LA8A 4Z46A 2HEDA 4NG8A 3J4GA 3D3DA 5IELA 1JHLA 4GCEA 3AB6A 2C8OA 1H6MA 5DM9A 4PRQA 2YBNA 2BQCA 207LA 4G4HA 1B5ZA 4NHPA 2W1MA 1GBZA 3AJNA 1NMMA 4NG1A 5DLAA 1GXV2 4KPMA 1LZ4A 2W1LA 4MCKA 1GF7A 1T3PA 2A7FA 7LYZA 1YKZX 1HEOA 4TSCA 1HFYA 3AZ4A 4NSGA 4WM2A 1OQMA 2HTXA 1LZTA 4B4IA 2Z38A 4OWEA 1REZA 2G4PA 4N1EI 3RU5A 2C8PA 5HNCA 1G7LC 2MEHA 2BQAA 1OUFA 4I0CA 1LJFA 1YL0X 4N8ZA 4NGKA 4RW2A 1B2KA 4TWSA 4WL7A 1LMTA 1Z55A 2D6BA 2ZYPA 2Z12A 1JTOL 1PZYA 1TAYA 2CWIA 4LYMA 3WL2A 4IJ4A 1GFGA 1LSEA 1B5VA 2HU3A 1IWXA 3CT0A 1WQRA 1UIBA 1XEIA 1GB9A 1IEEA 5I4XA 1NBZC 1LZ8A 4GCFA 2ZILA 3IWRA 3A96A 4PPOA 193LA 1BQLY 3WXUA 1GBOA 1AZFA 1GF9A 5I5QA 3K3TA 4LZTA 5FELA 3A34A 5M1YA 2BPUA 1SQ2L 1VEDA 3A3QA 3A94A 5IDDA 5LYMA 1WQNA 4LT2A 2HEFA 4H9EA 1VDQA 2FYCA 2LYMA 2LZTA 2DQCY 4QGZA 4HJVA 4WO6A 4DYGA 4CFOA 1QUSA 4D9ZA 1LAAA 1GB6A 3G3AB 1YL1X 3P68A 1GF4A 1LSZA 4HJYA 3T6UA 5F81A 4NFVA 1GF8A 1LSDA 1JSFA 3AGIA 3LHMA 3W6FA 1V7TA 2YSSC 3WPJA 1UIAA 1JKDA 3TXIA 154LA 4G9SA 1HFZA 4RDSA 1VDPA 3WW6A 1GAYA 4ETAA 1JSEA 4TX7A 1D6PA 3LN2A 1EQ4A 1LTMA 4J0LA 1LHLA 1LHKA 5HLLA 1XGUC 1GB3A 3WULA 1GBYA 1LKSA 1FBIX 4NGYA 4XJIA 1RE2A 3RZ4A 1JKCA 3WW5A 4QEQA 3EXDA 3EMSA 4W94A 4WLTA 1JJ3A 1GBXA 3RNXA 4PRUA 1HEPA 1GD6A 1WQOA 4XN6A 1UIHA 1BHZA 4HTKA 4WMGA 4A7DA 1JEFA 1HFXA 4KL7A 1LJNA 4NGIA 2XBSA 4IASA 5KXNA 1LJKA 1CJ9A 1QSWA 4H8ZA 1OUHA 1CKFA 4W96A 1IWUA 4WM5A 4DD3A 1GFJA 2DQHY 4LYBA 2G4QA 5B07A 1XGPC 1TDYA 4R0FA 1UA6Y 4U3XB 5I4YA 1CJ6A 2Z19A 4B1AA 2NWDX 1J1OY 1LZ1A 5DN5A 5B1FA 2D4JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYHA 256LA 5APFA 5ILCA 1IY3A 5LINA 1BB5A 2Q9EA 4J1AA 1BB7A 2OU8A 2YDGA 1NDGC 1LSFA 1T6HA 4BAFA 2BQLA 3DN8A 1L42A 1IIZA 2ZNWY 4CGEA 3AGHA 2ZIKA 2YVBA 2Z37A 3BKHA 1IWWA 2F2NA 1NKHA 1L0KA 1WVVA 1FLUA 1DYCA 3F6ZA 2BQDA 1OUEA 255LA 3AZ7A 4DD7A 1CU3A 168LA 4AXTA 1ZV5L 3OE8A 1LHJA 1OV7A 1LYYA 3LZTA 1LZ6A 2LHMA 1IOSA 2HUBA 4NWHA 4J1BA 1C08C 1B7MA 4XENA 1CV1A 4WO9A 1GB0A 1E8LA 4XYYA 1GFUA 1OUCA 229LA 2YBJA 3HFMY 4GN3A 4EPIA 4NIJA 1L82A 3DMZA 4PJZA 4OWBA 237LA 1C60A 4GN5C 3AW7A 1G06A 250LA 2LZ2A 3L2XA 3LZMA 1IP1A 3D4SA 4WLYA 4DD1A 2OU9A 1A2YC 2QB0B 1C6TA 3SBAA 1KXWA 1L55A 1WQQA 2Z2FA 1G0LA 1L86A 4CHXA 1L13A 4OW1A 4DQ7A 1P7SA 1IOCA 1YAOA 3ZVQB 5APCA 4ZIXA 2F32A 4L41A 1PQDA 1SLYA 234LA 2HULA 3OE0A 3DN3A 1B7QA 1CV0A 2MEAA 4WLXA 3DMVA 1L91A 196LA 1C43A 1QT4A 1YKYX 1G7IC 4WLDA 3T36A 221LA 1QUTA 1LKRA 4N5RA 1LZSA 4AQNA 5KXKA 2HU1A 3HU9A 5LVKA 2BQFA 2DQGY 2MEIA 1KY1A 2B6XA 1G0PA 1QT7A 3NYAA 4N9RA 1L14A 190LA 1DQJC 1TCYA 3C80A 4HPEA 4G49A 3TXHA 4I7KA 1L53A 1CKGA 247LA 127LA 1C6JA 2MEEA 4O34A 1MELL 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GE0 A;  1AT5 A;  3TXG A;  2YBH A;  5D5F A;  5KXR A;  4G4B A;  1DZB X;  5APF A;  5KKJ A;  5ILC A;  1IY3 A;  4H9C A;  4CJ2 A;  1C7P A;  1IR9 A;  4B0D A;  6LYZ A;  4WM1 A;  1DKJ A;  3ZEK A;  4XJG A;  1BB5 A;  5DN4 A;  5LIN A;  2AUB A;  4J1A A;  1OUA A;  1BB7 A;  3WPK A;  4H91 A;  2YDG A;  1NDG C;  1LSF A;  3AYQ A;  4BAF A;  2BQL A;  1GAZ A;  5KXY A;  1CNS A;  1IIZ A;  4HTQ A;  2MEB A;  1B7O A;  1HEN A;  3IJV A;  5I4W A;  1B5X A;  5LVG A;  2ZNW Y;  3RT5 X;  5LVJ A;  4OOT A;  3EO5 A;  4CGE A;  1LJI A;  3AGH A;  1BB4 A;  2ZIK A;  3FE0 A;  4LYO A;  2BLX A;  2YVB A;  4DC4 A;  2Z37 A;  3BKH A;  1IWW A;  2F2N A;  3N9A A;  1IOQ A;  4HTN A;  1NKH A;  2HEC A;  1WVV A;  1G7M C;  3W3E A;  4LT0 A;  1FLU A;  1N4F A;  3F6Z A;  1QTE A;  3WU8 A;  2BQD A;  1OUE A;  3AZ7 A;  4H9F A;  2BQO A;  4DD7 A;  1KIR C;  4LYZ A;  2Z18 A;  4AXT A;  5KKI A;  1ZV5 L;  1BWH A;  1GE4 A;  208L A;  1LHJ A;  1C46 A;  1DI5 A;  2Q0M X;  1LYY A;  3LZT A;  1LZ6 A;  3WMK A;  1LZN A;  2LHM A;  1IOS A;  2HUB A;  4BAD A;  4ETD A;  4RLN A; 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 2ZIL A;  3IWR A;  3A96 A;  4PPO A;  193L A;  1BQL Y;  3WXU A;  1GBO A;  1AZF A;  1GF9 A;  5I5Q A;  3K3T A;  4LZT A;  5FEL A;  3A34 A;  5M1Y A;  2BPU A;  1SQ2 L;  1VED A;  3A3Q A;  3A94 A;  5IDD A;  5LYM A;  1WQN A;  4LT2 A;  2HEF A;  4H9E A;  1VDQ A;  2FYC A;  2LYM A;  2LZT A;  2DQC Y;  4QGZ A;  4HJV A;  4WO6 A;  4DYG A;  4CFO A;  1QUS A;  4D9Z A;  1LAA A;  1GB6 A;  3G3A B;  1YL1 X;  3P68 A;  1GF4 A;  1LSZ A;  4HJY A;  3T6U A;  5F81 A;  4NFV A;  1GF8 A;  1LSD A;  1JSF A;  3AGI A;  3LHM A;  3W6F A;  1V7T A;  2YSS C;  3WPJ A;  1UIA A;  1JKD A;  3TXI A;  154L A;  4G9S A;  1HFZ A;  4RDS A;  1VDP A;  3WW6 A;  1GAY A;  4ETA A;  1JSE A;  4TX7 A;  1D6P A;  3LN2 A;  1EQ4 A;  1LTM A;  4J0L A;  1LHL A;  1LHK A;  5HLL A;  1XGU C;  1GB3 A;  3WUL A;  1GBY A;  1LKS A;  1FBI X;  4NGY A;  4XJI A;  1RE2 A;  3RZ4 A;  1JKC A;  3WW5 A;  4QEQ A;  3EXD A;  3EMS A;  4W94 A;  4WLT A;  1JJ3 A;  1GBX A;  3RNX A;  4PRU A;  1HEP A;  1GD6 A;  1WQO A;  4XN6 A;  1UIH A;  1BHZ A;  4HTK A;  4WMG A;  4A7D A;  1JEF A;  1HFX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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