1UIVA

Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding protein nika from escherichia coli (nickel liganded form)
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
b'DEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIRADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 154
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uivA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uivA01
3HHGA 3IJXB 1P1QA 3F11A 4GVOA 2OK2A 1YPNA 3JYRA 3UP9A 4EXKA 3FVKA 3USDA 1A8EA 1DPPA 2A5TA 4EQ7A 3T93B 3QYTA 3OENA 3OO9A 1FTLA 3CG1A 3FJ7A 3SEWA 4OZ9A 2DE3A 1UTHA 1TWYA 4JBZA 3ZS6A 4EQBA 1VSOA 4GFRA 4JSDA 3KSXA 3QK6A 4P11A 1FW0A 5A5XB 1MRPA 3HO7A 1LFIA 2V93A 3DP8A 1DPEA 2O1LA 5AA1A 1QUJA 4DCYA 1Y4TA 2LAOA 5ICQA 1NFTA 2B3BA 2B4MA 1N76A 5I84A 1B5JA 3I3VA 1B51A 5H8HB 3PGFA 1KWHA 4G77A 2F6GA 1BP5A 2ABHA 3KN8A 3MP6A 3CR9A 3BKIB 3QUJA 3FIRA 3TODA 3ODBA 3TMGA 2UVJA 1JW5A 3EHUA 3UN6A 1MXVA 3UIFA 3TCGA 4WEDA 4ELQA 1MDP1 4LVQA 3DRKA 4YKJA 1LLSA 1JEVA 3TELA 1OVBA 3N94A 2FA7A 4Q5TA 1B46A 3Q26A 4NEDA 1B6HA 3H6VA 2F7BA 2IA4A 4XXUA 5AA2D 1MG1A 4FAJA 4KYEA 1EH3A 4R74A 4RYAA 3H6TA 4BDRA 1JW4A 4GLIA 4JSOA 2A5SA 3TEPA 4PFTA 3E4RA 5TP9A 4JDFA 2OWSA 4QFNA 2DP8A 3G7WA 1SYIA 2VHAA 2Y84A 1R1NA 1B4HA 5KDTB 3IJOB 4R2BA 3LSWA 1MM6A 2I48A 3S9EA 4Z0IA 1MQJA 1R6ZA 3K6XA 5LOMA 1MS7A 3BBRA 3G3IA 4ELRA 3SKPA 4F18A 2ZXTA 2RC7A 3FV2A 3DM0A 4GQOA 3S4UA 4FECA 3PMVA 1M5DA 2VOZA 3H6UA 2F5XA 3D4CA 1VR5A 3LC8A 4QFKA 1B4ZA 4IGTA 4XKPA 2PX1A 4R9FA 3IORA 3U94A 3SEXA 3M8UA 2CMOA 2XXTA 4F19A 1LAFE 3FTOA 3RT6B 2P1SA 2XXXA 1Y3QA 3PUXE 4LP2B 5I59B 4ESXA 3B6WA 4R72A 2Y7PA 3MZBA 1SQYA 3HV1A 3TZAA 3MP1A 3W9WA 4R75A 2O7UA 1DOTA 3CVGA 5KCJA 1ANFA 3CI8A 5EHSA 1B3HA 3VV5A 4LQ2A 1FTKA 5B7DA 2GHAA 4GD5A 4IO3A 3DLNA 4YU0A 1NNTA 1NH7A 3EN3A 4G4PA 5CMKA 1B58A 3MVZA 4X1BA 4OESA 1A99A 3KOTA 2G29A 2UVHA 1NNKA 2NVUB 1AH5A 3H3GA 4NF6A 4F29A 1FQEA 2Z8DA 2NUVA 3QIMA 4U23A 3FUZA 1XC1A 1GGGA 4F3BA 1A8FA 4MF3A 3ZSFA 4BDNA 3RN8A 5AE4A 2YPNA 3R6UA 4NWCA 4R73A 2RCBA 3H6WA 3UORA 3OEMA 3KG2A 1BTJA 1DTZA 5L9OA 1LCFA 3TKDA 1MQDA 4EUOA 1D9VA 1D9YA 1QUIA 3O6GA 1FQCA 1Z7ME 4H1XA 3FVOA 1Q1KA 1HSJA 1AMFA 4HCWA 4QF9A 3H03A 3LR1A 4I62A 1DMBA 3L6GA 4NF5A 3BFTA 4YB6A 3H4ZA 4G8MA 4DXCA 3TTNA 1AL3A 4YMAA 1SD3A 2QS1A 2I0CA 3ILUB 4H5FA 3KFMA 1MPDA 3MVXA 1VFDA 1EZPA 5I2NB 3O29A 4ESWA 4YAHX 2V84A 2QPQA 2I4BA 3PD8A 2Q8JA 5J1DA 5CBSA 5I56B 1H43A 1MXZA 1JQFA 1PB8A 5DT6A 3C32A 3MZ1A 2HFBA 5I57B 2O51A 3GBBA 1RYXA 4FJPA 3RYBA 4JXIA 5EYFA 3FXQA 3MAMA 4EF1A 1NNPA 2Z22A 3OSRA 3VLUA 3HN0A 2HAUA 1USYE 4G8NA 2V3TA 3TTKA 1OLCA 1HSLA 4OFJA 1O64A 3C33A 3JZJA 1Y4CA 3UGWA 4LATA 1XT8A 4OVJA 1QJMA 4I1DA 2Q88A 1B3GA 3VLVA 1I6QA 2PT2A 1N3XA 2GRVA 4MLQA 4YB5A 4X1DA 1LB9A 3DELB 4L17A 3G3JA 1L5TA 4OXVA 4YKKA 5A5XA 3ECRA 1S9TA 4UACA 1JW1A 4K3FA 4ZZAA 2ONSA 5DEXB 1SBPA 2DSFA 3W15C 3U92A 1VFEA 2HXWA 3PPPA 3T9HB 2AL5A 4U4XA 4AB6A 1B3EA 2ZYKA 3RTFB 4OQOA 4IO4A 1MXUA 4KYSA 1Y1ZA 2RINA 3T96B 1H76A 4H6DA 1SVXB 4ND9A 3K1PA 1Y20A 4ZDMA 4F2OA 2YJPA 2PT1A 2F97A 4XIGQ 5CMBA 1M5CA 3ZKLA 3TDJA 2RC9A 4YMBA 1POY1 3TFLA 1Z7NE 2Y7KA 4HS7A 1MPCA 1I69A 3K6UA 3IB0A 4WKMA 3PMXA 4OTEA 1B9JA 3CG3A 1URDA 4TQUQ 3MC2A 1N04A 1Y3NA 5CC2A 1Y9UA 3K1MA 3V8XB 1D3KA 2Z23A 2ALUA 1B3LA 4OHNA 1NH8A 4X48A 5DYHA 2F36A 4MBPA 2AYSA 1MPBA 3IOTA 4KR5A 4KHZE 4LZ5A 1II5A 3TCHA 3SEVA 2ONKE 4U1OA 3B7DA 4R6KA 3GLBA 1N84A 5BWJA 1FQDA 2OLBA 1MY2A 1QKBA 1FTMA 3TYHA 4DZ1A 5KDTA 3PU5A 5H8SA 3RY3A 1LB8A 4Z7EA 2F7CA 1N7WA 4ZEFA 3FJMA 3QUFA 3EHSA 3TPAA 4KQPA 5H8NB 2O7IA 2X7PA 3Q27A 1ZBMA 1MQGA 2I4CA 3O6HA 4ONYA 1JEUA 3DP6A 5ITPA 2V3QA 2O1MA 1IXIA 1MXYA 4H67A 1JVXA 3C34A 5L8DA 2H99A 4GL0A 5AA4A 3RLFE 4QFOA 3FXRA 1CB6A 2DS9A 2QL3A 2Q2CA 2F8DA 3RQTA 4IO6A 2F35A 3K1NA 2PBWA 2HCAA 5I59A 3I6VA 4FATA 1P1UA 4TLMB 2UXAA 3MVWA 3DRIA 2RC8A 1OMPA 1M5FA 1B52A 4ZECA 5FHNA 4C1TA 2PVUA 3KGCA 2GFEA 3GXAA 1IEJA 1MM7A 5ITOA 3PUWE 2NWJA 3IL1B 4TOZA 2R6GE 3O2AA 2XXHA 3KN7A 1SI0A 4N07A 1ZMGA 3U8QA 1H45A 4MH5A 5IKBA 3AXFA 1MQHA 1ZKBA 4BDMA 1BLFA 3O66A 5CMCA 2HQ0A 3LSXA 4QRZA 5FHMA 1H3DA 3BFUA 4GXAA 2DWIA 3MPKA 3T9VA 1OVTA 3N6UA 1MH3A 4DIGA 4EXLA 1B0HA 1YTVA 3O6IA 1URGA 1ZJLA 5ICTA 2REGA 4RJZA 3U93A 1P99A 1POTA 4ZEIA 2DYXA 3N6TA 2H98A 1LAGE 5DTBA 3OD7A 1M5BA 3SERA 2AL4A 1TXFA 5HM4B 3OO7A 4OFOA 1OQHA 4IO7A 5AA4B 1UTBA 4GXSB 3OO6A 3MBPA 4U2RA 3FJGA 1P1NA 2QMXA 4G2ZA 1NKXA 3S9NC 4NF8B 4QSDA 2ONRA 4M1VA 3O97A 3VVEA 2VD3A 3EF7A 3SDFA 3Q25A 4H65A 3U1OA 3VFJA 3K00A 2IEEA 4M4GA 1XOCA 5JTYB 3G3FA 4QSCA 5I2NA 2R9JA 1DSNA 4AB5A 2E0SA 1R9LA 1LBBA 1MY1A 3OXNA 1MXXA 3DRJA 2ESNA 2WOKA 2F6PA 5I56A 2FNCA 5I58B 1IXCA 3PUVE 1LFHA 1N3WA 3KEIA 4F3GA 5I57A 4KD5A 3PUZE 3E3KA 4OYVA 4ZS9A 1NMUA 1XHYA 3S9LC 4G8HA 4ZEBA 2CZLA 4Q8RA 4LQ5A 3W9VA 1N0TA 2VGQA 4BDOA 1B7ZA 1HSEA 2I6EA 3JV9A 2UYEA 4HCYA 5FTHA 1Q35A 1EU8A 3EQ1A 4PETA 2XX8A 4GRKA 1P1WA 1PBPA 4PP0A 1QKAA 3O6PA 1ATGA 1UTBB 2FYIA 3K2DA 3K0VA 1T0KA 3SETA 4O3AA 4YB7A 3E13X 2R71A 1LGBC 2HZLA 4QFPA 1BKAA 4G68B 2QS3A 1B0LA 3IO4A 3IK6B 5K2XA 4RA1A 5CBRA 4O3CA 5DEXA 3V83A 3PPNA 3O9PA 1NNFA 1RKMA 3RT8A 3I5OA 4E0XA 1IXGA 4RNSA 3K6WA 3VVDA 4IGRA 1J1NA 1US4A 3PV0E 3KBRA 2Q2AA 2DE2A 3IB2A 1GTKA 3K6VA 2ZMBA 3MW0A 3IX1A 3LSFB 3SEYA 4U4SA 2UYFA 3PPOA 3THIA 2I3WA 4PFUA 1MXWA 3KZGA 3LSLA 2RCAA 2D3IA 5AA3A 1EZ9A 3RYAA 3FV1A 1IZ1A 3FZVA 1H44A 3CSBA 2DXRA 3P7IA 2QJEA 2XXWA 3MUQA 4R6HA 5L9SA 2RF1A 1MQIA 4F1VA 2AIXA 2P0SA 1TFDA 1MY4A 3VVFA 3RPWA 1IUDA 2ANJA 3FVGA 4F31B 1FQFA 1FQBA 4JWOA 4ZE9A 2XXUA 4ZZEA 2Y7RA 2V25A 5TPAB 4F1UA 2DQVA 4YICA 1A55A 2OBGA 3MWBA 2O69A 4N6PA 1IXHA 1MY0A 1FTOA 4LZ7A 3E9XA 1I6AA 3M3KA 1MY3A 2OJTA 2Q89A 2XD2A 3PD9A 4IB2A 4OMBA 2Z8EA 4XKRA 3FASA 1SW5A 1B2HA 3A3CA 3OEKA 1JETA 5JK4A 4E0WA 3B6QA 2ZYMA 5HPQA 3TTMA 3C4MA 3SEUA 1XVYA 1MDQA 2QS2A 4XKQA 3C31A 5H8NA 1RYOA 5F1QA 1LAHE 1IIWA 2Y7WA 4KI0E 2GH9A 5AA2B 2B4LA 2DWAA 3H7MA 4F2QA 3UK4A 3TQWA 1Y3PA 2PMSA 1B32A 2OCUA 2PYYA 3OMBA 4DDDA 2DVZA 5M2VA 4LONB 4IO5A 1FQAA 3T9XB 3CHGA 4FORA 1B5HA 3PPQA 4H5GA 2HEUA 3A3UA 1B05A 3HSTA 4JWYA 4GWOA 4F1YA 2QS4A 1LCTA 1PEBA 2D5WA 3Q28A 1QULA 3A09A 1AIVA 4ISUA 3L6HA 2WKYA 3S2VA 2F34A 2QSXA 4R6YA 2XXIA 2XD3A 3H06B 4YZZA 3RNNA 3RTWB 3LUYA 5IAIA 3TTLA 3UA8A 2BJJX 3DP4A 1SW4A 4WXJA 2NOOA 1LBCA 3C9HA 1GV8A 1B7UA 3D4GA 3PAMA 2DE4A 4NWDA 4F3SA 2DVCA 1B5IA 4DCXA 4OENA 3FVNA 3V89B 4XKNA 3GBAA 2XX9A 3FXUA 4OEVA 1B3FA 2H25A 3IOVA 5TU0A 1O7TA 1TFAA 3IR1A 3KJ7A 3S9MC 3FD3A 4IY6A 4IY5A 1USYH 2M8CA 1O63A 4RK2A 4NTLA 5I2KA 1B40A 5FTIA 4GIZA 4EF2A 1SDXA 4RPOA 2OZZA 3M3LA 4NF4A 4BLAA 1B1XA 3CIJA 3G3HA 4NF8A 2ZNSA 3TUSA 4ECFA 1ZIUA 4OEUA 4RPNA 4NMYA 5BUUA 2H9BA 1JVYA 5ISUA 3WAEA 5JTYA 3HPIA 4R2FA 2A5TB 3ONMA 3EHTA 4H8IA 4C0RA 4OFLA 4LUBA 4TLLB 1S50A 3Q29A 4PQJA 4U1ZA 5CM6A 4FEDA 2O84X 4P0IA 1A40A 1UTHB 4JB7A 1TT1A 2P2AA 2X26A 5H8QA 4UA8A 4GL8A 4PFWA 2Z8FA 4P0GA 2XXVA 5I58A 2OWTA 2REJA 3ILTB 3R7XA 3T22A 4FEBA 2W7YA 1MH4A 3KOSA 5K2YA 3IOWA 4DE8A 2XXRA 1OQGA 2G93A 3DRHA 1CE2A 1A54A 2I0BA 2RKMA 3IO6A 4GOTA 1UIVA 5CMMA 3QXMA 4QSEA 2O68A 2WOPA 4I9DA 3CFXA 3K02A 2H4IA 3U72A 3G3GA 4U21A 2ZYOA 4U22A 4THIA 1S7YA 5I2KB 1QUKA 4AQ4A 4FE8A 1R9QA 1I6BA 4BDQA 2XXPA 4NF4B 1OIBA 5CRYA 1LAXA 4G68A 4F3PA 5ELVA 5F7VA 2HAVA 4KFQA 1IQ7A 4N13A 2E1SA 1SW1A 2QMWA 4MFIA 1US5A 3VDFA 3N5LA 1XVXA 3R26A 2XXYA 3IOUA 3WAFA 3O28A 2VD2A 5CI5A 5H8QB 3N26A 4C1UA 1FCKA 2I58A 1LSTA 1PC3A 2XX7A 1GVCA 1JNFA 4RY1A 3KN3A 5TP9B 1PBQA 4NE4A 2Q9TA 4G68C 3VXBA 1D4NA 2UVIA 3PPRA 3OELA 3VXCA 1UQWA 4OWDA 2KLFA 2VP1A 4R9GA 4FIMA 4ZEKA 3PMWA 3K4UA 1QVSA 2ZNUA 3KJTA 2V3UA 3MQ9A 1A7LA 3CSGA 2NXOA 4O3BA 3CFZA 2F78A 3OO8A 3TTRA 1NL5A 4Q30B 1YCJA 1M5EA 3QSLA 2DXYA 3GZGA 5TPAA 4F22A 2XXQA 5EHMA 1LFGA 4WEPA 4DXBA 3M3FA 3MJNA 1IITA 1ZLQA 4KPTA 2ZNTA 3C35A 1SYHA 3FGSA 2YLNA 3MPLA 4PFYA 4LZ8A 1AOVA 3V5AA 4ELOA 1OLAA 2DOJA 2Y7IA 5JEIA 1B7HA 1XS5A 2X7QA 2D21A 5DVIA 3MVYA 4H0WA 4ZE8A 3PUYE 4EDPA 2THIA 2DWJA 4KCDA 4HW8A 5KCJB 3DRGA 1DTGA 3G3KA 5AA2A 3IAZA 2B65A 1N7XA 3CRBA 4OERA 3OOAA 3DRFA 4OETA 5HBCA 4YKPA 5H8FA 4YKIA 4HTGA 1B1HA 3VE1B 1YAEA 2DWHA 4BDLA 4I8CA 3C36A 3T9UA 4MLVA 1QW0A 5L9MA 2I49A 3ZKKA 1PB7A 4NF6B 2F7AA 2H5YA 3TCFA 3QAXA 1WDNA 3LVUA 3FATA 4PE5B 1PB9A 3K01A 4LA9A 1EZOA 3IB1A 1ELJA 3T66A 4XTCQ 1ZU0A 4ZEDA 4JWXA 1GR2A 2QRYA 3MP8A 2GHBA 4KYDA 1P1OA 4IO2A 3RGYA 5KZTA 3OSQA 3MZ9A 3TQLA 4Q0CA 4NF5B 5B70A 1VE4A 5DVJA 2O6AA 1Y1MA 4EQ9A 3RUMA 3TAJA 3CFLA 1SI1A 4QFLA 4POWA 2I3VA 4KCCA 3B6TA 4POXA 5H8HA 5DVFA 4ELPA 2ZYNA 4DLDA 5H8FB 2WOLA 4F39A 3VLWA 3HHFA 1ZTYA 4H8JA 3SESA 1PDAA 2XHDA 1F9BA 3HCQA 4DXUA 3KSJA 4QHQA 1WODA 5FHOA 1URSA 1UIUA 2B3FA 3EPEA 3LBSA 4X9TA 4GF8A 2HZKA 1FTJA 4RXLA 1SW2A 4RK9A 1BIYA 1WVJA 2UVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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