1UIVA

Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding protein nika from escherichia coli (nickel liganded form)
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIRADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 154
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uivA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uivA01
5F7VA 2Y7IA 3IOVA 3O6HA 1Y3QA 4EQ9A 4PQJA 4TLLB 2ONSA 4JSDA 2VHAA 3MAMA 4LA9A 1B3HA 3N94A 2ZYKA 3VFJA 2UVGA 3IL1B 3N26A 1B7UA 2RCAA 5CMBA 5A5XB 3C4MA 4FATA 2X26A 1SQYA 3MVWA 1MXYA 3FXRA 3IORA 4LVQA 1LBBA 3UORA 4KYEA 5JK4A 5ICQA 1PB7A 4IO3A 1LGBC 4R9GA 1JVYA 3RUMA 4NWDA 4GL0A 2PVUA 3FGSA 2CZLA 4H65A 1Y20A 3OO6A 4UACA 4XXUA 2F34A 2I6EA 2AL5A 4FAJA 3MP8A 4F2OA 3EQ1A 4I8CA 4K3FA 1UQWA 2GRVA 1R6ZA 1MY1A 2RINA 4GXAA 2XXUA 4MBPA 4U1ZA 1VSOA 2XXTA 3G3JA 3ZKLA 1T0KA 2Z23A 2V84A 3ILTB 4G77A 1H44A 3K1PA 1B5HA 3FVNA 3BBRA 1XVYA 1MQHA 5K2XA 3AXFA 3PMXA 1TXFA 5TP9B 4ZEKA 5TPAA 1EZ9A 4ZE8A 3FUZA 1MM7A 5ELVA 3OO8A 1H45A 4GRKA 4OXVA 3K6VA 4NF4B 4R6HA 4QFPA 2Y7PA 4EQBA 1MXUA 2E0SA 3LR1A 2RC7A 3H06B 2OZZA 3FJGA 1IXIA 1AIVA 4X1DA 4QFNA 5LOMA 1NNFA 3SKPA 4PFTA 2ZYNA 4WEDA 5DVFA 4GIZA 4OERA 1RYXA 5KCJA 1JW1A 1B1XA 3UA8A 3IOUA 3VDFA 2B3BA 4P0IA 2XX9A 3CFZA 3PPPA 3FASA 1NKXA 4L17A 3MVXA 3GXAA 1R9QA 3OEKA 3LBSA 1RYOA 1KWHA 2QS4A 4OZ9A 1YTVA 3U8QA 1BP5A 5ITOA 1DPPA 3T9HB 2Q89A 2ONRA 1IIWA 2DOJA 1QKBA 4NF5B 3KEIA 4XKNA 2UYEA 1GGGA 4NE4A 1M5DA 1PB9A 1P99A 1BKAA 1MY4A 5H8FB 2F6GA 2PBWA 3M3LA 1M5EA 3EHUA 4Q5TA 4ZDMA 1NMUA 2RF1A 4IO2A 3KGCA 5HBCA 2Q2CA 1N84A 3TCGA 3USDA 1FQDA 4WXJA 2XX7A 4C1UA 4G2ZA 2V93A 4AQ4A 4Q30B 2F35A 3FVOA 4FEDA 3IJOB 3QIMA 2F6PA 3O6PA 2ZNTA 1VFEA 1NNKA 2V3QA 3OSRA 4KI0E 2UYFA 1JQFA 3E3KA 2G29A 3V83A 2XXQA 2I0CA 3ECRA 3N6UA 5DEXB 3W9WA 1GV8A 1EZPA 3SEUA 2DXRA 4QF9A 2DWAA 3G3IA 3H4ZA 4ELRA 5H8QA 4LUBA 4QRZA 2DQVA 4E0WA 2GHBA 3RLFE 5AA2D 1QW0A 3VV5A 1QJMA 2PYYA 5I2KA 1MS7A 1IQ7A 4X1BA 2F5XA 2I3VA 2QSXA 1Z7ME 3OENA 3K1MA 1JEUA 3SEVA 4OESA 2LAOA 5AA2B 3K2DA 1CE2A 5I2NA 1FTLA 3THIA 3WAFA 4F1VA 2OCUA 3EPEA 2QJEA 1D9VA 5CBRA 5CRYA 2DE4A 1ZLQA 4GF8A 3KJ7A 1SD3A 4DLDA 3TYHA 2XD3A 3G3GA 4NF6B 1SW4A 1IUDA 2RC9A 5I84A 4R74A 2HEUA 4GQOA 1OVTA 4G68B 5L9MA 4YKJA 4ZEIA 1MQIA 2Y7RA 3H6UA 4R72A 2GH9A 1MPCA 4GFRA 1FQAA 3S4UA 4IB2A 4FJPA 2D3IA 3C35A 1POY1 4U21A 1SI0A 1TFAA 1M5BA 4U23A 4M4GA 4U2RA 4R6KA 2ONKE 2UVJA 3T9UA 2Z8DA 5L8DA 1Y9UA 2ESNA 2F7BA 3IR1A 4XIGQ 4GOTA 2FNCA 3LSFB 3RYBA 3JV9A 3TPAA 3V5AA 4DXCA 3I5OA 4FE8A 1QKAA 4DXUA 2GFEA 3VVFA 4EDPA 3ZSFA 4JDFA 2QL3A 2DWJA 2ZNSA 3JZJA 4OFJA 1MH4A 3CSGA 3D4CA 4Q8RA 1IXCA 2H5YA 3MPKA 1ZIUA 3DP8A 3PD9A 3TCHA 4GLIA 3T22A 2D5WA 3K6XA 2I49A 4RPOA 5I58B 5FHMA 2RC8A 3MZBA 1B3GA 3QUJA 4OMBA 1QUKA 3TKDA 1N7WA 3SEWA 1MY3A 1NH8A 4JWOA 3PAMA 1GTKA 3IJXB 4F22A 4PETA 1Y3NA 4ZE9A 3R26A 5L9SA 1B4ZA 4MLVA 4GD5A 3IAZA 4H6DA 4H0WA 3KN8A 3H6WA 1D3KA 3S9EA 2Y84A 3PU5A 3TQWA 3LUYA 4O3BA 3F11A 3PUWE 5FHNA 4TOZA 3VVDA 2XHDA 1GR2A 1B05A 2Y7KA 3FD3A 3FXQA 3IO4A 1SVXB 2CMOA 3SETA 4PFWA 3G3KA 2XXVA 1USYE 1LFHA 5H8HA 4EUOA 4G4PA 1MDQA 2DP8A 2B3FA 4MF3A 1A40A 1LCTA 3UP9A 1D4NA 2QMWA 5TU0A 3KN3A 3EHTA 1LB8A 4RY1A 1AH5A 1Y1ZA 2VOZA 3K6UA 4DXBA 5I56A 1URSA 3H6TA 2QS2A 3DRHA 1BTJA 1WVJA 5CMCA 1B5IA 1Q35A 3A3UA 3MQ9A 1FTJA 3CIJA 1Y4CA 1A8FA 5I57B 4WEPA 2WKYA 3C9HA 1QVSA 1A8EA 3O2AA 1UIVA 3RGYA 3TDJA 4ELPA 4YB5A 2NUVA 3Q26A 4C0RA 4EF2A 2D21A 1B5JA 4YMAA 3HO7A 3R6UA 3T66A 1OQGA 1MY2A 3R7XA 2O69A 5AA4A 5KDTB 1QUIA 5I59A 2F7CA 3KZGA 2ZXTA 1QULA 1LSTA 3BFUA 2E1SA 1OVBA 4GWOA 4LQ5A 4F19A 3TTMA 4H67A 3A3CA 5AE4A 3SDFA 3DP6A 1IEJA 3GZGA 4U1OA 1MXZA 1II5A 4E0XA 4YICA 1LFIA 4MFIA 1B9JA 1NH7A 3K02A 4Z0IA 4JBZA 1AL3A 2X7QA 4KPTA 3RNNA 2HZLA 3FJMA 1B3EA 4YU0A 3QXMA 4IO7A 1FCKA 4ESXA 4IGRA 4XKRA 2ZNUA 3FVGA 3OO9A 4OETA 4IY5A 3FXUA 4I1DA 4FORA 4HCYA 4GVOA 5JTYB 3GBAA 1ANFA 3T9VA 3H03A 2I0BA 1DPEA 1VE4A 5H8SA 4U4SA 1Y1MA 4EF1A 3HPIA 1MRPA 3M8UA 1NL5A 3B6QA 3TZAA 3E4RA 3PUXE 5A5XA 4RNSA 4F2QA 2NVUB 1LAFE 2QMXA 3MJNA 4LZ7A 4HTGA 5B7DA 3CFXA 3FV1A 2Z8FA 3IB1A 3KN7A 1DTZA 4LQ2A 2UXAA 1F9BA 1N04A 1N3WA 3KOSA 2WOLA 4OFOA 3TUSA 3IOWA 2PX1A 2H98A 1B40A 1GVCA 3RT8A 2QS3A 1JVXA 3GLBA 2O6AA 3CR9A 1N76A 1LCFA 3TELA 3I3VA 4QFKA 2NWJA 3CRBA 3I6VA 1O63A 3MZ9A 2R9JA 1PB8A 3CVGA 1USYH 2R6GE 4KQPA 4POXA 4P0GA 4IGTA 4KR5A 1H43A 1A54A 3TCFA 1VFDA 4OEVA 4FECA 2XXWA 2YPNA 3RYAA 4RJZA 3LSXA 1LAXA 2HAUA 2Z8EA 3MPLA 2V3TA 1B7HA 1A99A 4OWDA 3K0VA 3ZKKA 3D4GA 4NF4A 5ISUA 2Q88A 3N6TA 4AB6A 2Q2AA 2VD3A 3MWBA 3RPWA 3OXNA 3Q27A 3Q25A 2DE3A 3TTLA 4BDMA 3FVKA 1Q1KA 3ZS6A 1LFGA 3FJ7A 3TQLA 1IZ1A 5DVIA 4EQ7A 1FTOA 4Z7EA 4KYDA 4YB6A 1XT8A 1LAHE 4QSEA 3V89B 1P1WA 3H6VA 3GBBA 1B6HA 2O84X 4LATA 3PUVE 1TFDA 4H5FA 1FTKA 5IAIA 2I48A 3LSLA 4Q0CA 1FQFA 3DRGA 4OENA 3HV1A 2P2AA 4NF8A 3Q29A 3E9XA 2XD2A 3VE1B 3RTFB 3UIFA 3C34A 4BDLA 3PV0E 1HSJA 1A55A 3U1OA 3DRJA 5KZTA 1PEBA 1MDP1 3UK4A 4NF5A 4ZEDA 4H8IA 4PFUA 4NWCA 1H3DA 3RQTA 3U92A 3TTRA 3S2VA 5H8FA 4X9TA 5BWJA 1ZKBA 1DTGA 3TTNA 1YPNA 1US4A 2REGA 1XHYA 1HSLA 3H3GA 1B32A 3L6GA 1SW2A 4DZ1A 3FATA 1P1QA 4H8JA 3IO6A 4JWXA 4YKKA 3DM0A 4ZZEA 2WOKA 4BDOA 3RT6B 2H99A 3PPNA 4HS7A 1QUJA 5ITPA 2ZYOA 1O7TA 5CBSA 3B6WA 1L5TA 3RTWB 2F7AA 3IB0A 3SESA 1AOVA 4ZS9A 2O1MA 3MVYA 2P0SA 5DEXA 1XS5A 4HW8A 4ISUA 4BDNA 2RCBA 1ELJA 3HCQA 3W9VA 1CB6A 3CG1A 2O7UA 2NOOA 4JB7A 1OMPA 4POWA 4JWYA 3U94A 1UTHA 3OELA 2BJJX 3QAXA 2YLNA 1O64A 1B0HA 3VLVA 2XXYA 4RA1A 3PMVA 4MH5A 3MZ1A 1MH3A 3C33A 1MXVA 1WODA 4DIGA 2DVCA 2AIXA 2WOPA 4F1YA 1P1UA 4ZZAA 4R2FA 3CG3A 5TPAB 2VGQA 3G3FA 2H9BA 4F3GA 5AA2A 2O51A 1XOCA 1FQBA 4NMYA 4OFLA 1B7ZA 3UGWA 1ATGA 5CMKA 2XXHA 3TODA 4QSDA 4QSCA 2PMSA 2DYXA 4G8HA 1MXWA 4YMBA 1JEVA 1B3LA 4NF6A 4R73A 4KCDA 3TTKA 4ZEFA 3O6GA 1ZBMA 1JW5A 4F31B 4KFQA 1AMFA 4P11A 1XC1A 1R1NA 3CHGA 1PDAA 3UN6A 3MP6A 1B1HA 3Q28A 1FQCA 1UTBA 1LBCA 5M2VA 5KCJB 3IK6B 1S50A 3MUQA 2QRYA 3MBPA 1PBQA 2AL4A 1N0TA 2ABHA 4N13A 1MY0A 1B3FA 3LC8A 1EZOA 2KLFA 4KHZE 4ESWA 2H25A 1B51A 3O6IA 4I62A 1POTA 1OQHA 1MG1A 2O68A 4RXLA 1PC3A 1S7YA 2DWHA 2Y7WA 1RKMA 3C32A 3VLWA 2V25A 3BKIB 1MQDA 2NXOA 5JEIA 2YJPA 1SYHA 2THIA 4M1VA 2P1SA 4F1UA 4KD5A 1FTMA 2UVIA 5I58A 5K2YA 1Y4TA 2DSFA 1S9TA 2HFBA 4TLMB 3S9LC 1MQGA 3DELB 1P1OA 1NNPA 2F78A 2HZKA 3KG2A 1MPBA 2F97A 2DS9A 3PPQA 2DVZA 4DE8A 4PFYA 1SBPA 1SW5A 4MLQA 4O3CA 5EHSA 1B0LA 3M3KA 3RN8A 1YCJA 3QSLA 3PUYE 4X48A 4DDDA 5H8QB 2W7YA 5FTHA 4PE5B 3DLNA 2DXYA 3VXCA 4XKPA 1B46A 1MM6A 4RK9A 4XKQA 5H8NA 5CM6A 4YKPA 4ECFA 2A5TA 1BLFA 5I2KB 2XXIA 3PMWA 4BDQA 3MC2A 1Y3PA 1ZJLA 1NFTA 5DYHA 2I58A 5DT6A 4IO4A 4OTEA 3K4UA 3QUFA 3G3HA 2XXXA 3OO7A 5I2NB 5F1QA 3IOTA 2PT2A 3PPRA 5CC2A 5HM4B 1R9LA 4KYSA 4WKMA 4QFOA 4YZZA 2XXPA 1YAEA 3C36A 3T96B 4OEUA 1ZMGA 2HCAA 2OK2A 2G93A 2O1LA 4XTCQ 4GXSB 4N07A 1I69A 2M8CA 3HN0A 5I57A 1URGA 3S9NC 4NF8B 4EXLA 3OSQA 1A7LA 1LAGE 4RYAA 1IXHA 3K00A 4F3SA 1UIUA 3O29A 3CFLA 3T93B 1JW4A 1SYIA 4JSOA 3KJTA 3OEMA 3DRIA 2DE2A 3DP4A 3PGFA 3MW0A 2OJTA 1B58A 1SDXA 3G7WA 3ONMA 4ZEBA 3KBRA 2OBGA 3KSXA 1VR5A 2OWTA 5KDTA 1SW1A 4AB5A 4OYVA 2Q8JA 3KSJA 1OLAA 2AYSA 3O28A 3C31A 2VP1A 3V8XB 1P1NA 1IITA 5BUUA 5AA3A 2I4CA 2VD2A 4FEBA 4OVJA 5TP9A 1D9YA 3L6HA 3MP1A 2GHAA 4G8NA 1Z7NE 4QHQA 5ICTA 2HQ0A 4LONB 5DTBA 1NNTA 3ODBA 2OLBA 1LLSA 1N3XA 4FIMA 3K1NA 4IO5A 2H4IA 3HSTA 5L9OA 3LVUA 4F18A 2HAVA 2ZYMA 4HCWA 4IO6A 2ZMBA 3O66A 4F3BA 3KOTA 1UTHB 3N5LA 1B4HA 4DCYA 1J1NA 1EU8A 1ZU0A 3SEXA 2HXWA 2B4MA 2I4BA 2FA7A 3A09A 1XVXA 3K6WA 5JTYA 1H76A 2IA4A 4UA8A 3B7DA 1PBPA 2B4LA 2Q9TA 3O97A 4LP2B 3VVEA 4OQOA 3CSBA 5DVJA 3TMGA 3FTOA 1I6QA 3JYRA 3FV2A 1JNFA 4H5GA 4IY6A 4PP0A 2A5SA 1I6BA 1I6AA 4R2BA 5FTIA 4ONYA 5J1DA 3VLUA 1FQEA 5H8HB 3W15C 1BIYA 3K01A 3LSWA 4TQUQ 1US5A 2RKMA 4YAHX 3P7IA 3DRFA 1EH3A 4BDRA 1JETA 2ANJA 1MXXA 5HPQA 4YB7A 1ZTYA 5EYFA 3TEPA 4KCCA 3HHFA 1UTBB 4NTLA 2F8DA 2DWIA 2V3UA 5I56B 4U22A 3TAJA 4QFLA 4I9DA 4ZECA 1OIBA 3TFLA 5B70A 4U4XA 3BFTA 2UVHA 1TT1A 1DOTA 3VXBA 2ALUA 2PT1A 4C1TA 1B2HA 3O9PA 1DMBA 3B6TA 4EXKA 2B65A 1IXGA 4BLAA 1WDNA 2FYIA 4ND9A 2Z22A 4NEDA 3WAEA 4JXIA 2REJA 3U72A 3OD7A 1OLCA 3T9XB 2QS1A 1URDA 3RY3A 5EHMA 3CI8A 4F39A 4F3PA 4RPNA 5IKBA 1HSEA 5AA1A 4R6YA 2QPQA 5FHOA 4R9FA 5AA4B 4F29A 5I59B 3HHGA 3IX1A 2R71A 5CMMA 4OHNA 1LB9A 1M5CA 4G68C 4O3AA 1N7XA 3MVZA 1FW0A 3OOAA 2X7PA 1B52A 1SI1A 2IEEA 3IB2A 3PUZE 2I3WA 3FIRA 3DRKA 3SERA 3PD8A 3S9MC 3EN3A 2O7IA 3EF7A 4THIA 3FZVA 3PPOA 4LZ8A 3KFMA 4ELOA 4R75A 4N6PA 3SEYA 3U93A 3M3FA 4LZ5A 3OMBA 4DCXA 3ILUB 4YKIA 3QYTA 1MQJA 3H7MA 1MPDA 4RK2A 3EHSA 4GL8A 2XX8A 4G68A 1M5FA 4ELQA 5H8NB 2OWSA 2XXRA 5CI5A 2A5TB 3E13X 3QK6A 1TWYA 2F36A 1DSNA 4G8MA 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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