1UIVA

Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding protein nika from escherichia coli (nickel liganded form)
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIRADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 154
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uivA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uivA01
2XX7A 5L9OA 4XKRA 1R6ZA 3FJMA 3IB2A 4MLVA 1VR5A 1USYE 2DE4A 4O3CA 3EQ1A 1BTJA 5DVFA 1IXHA 5K2YA 4F31B 4NF8A 2AYSA 5IAIA 1M5BA 2XHDA 3PUYE 1MY0A 3HPIA 4G2ZA 2PT1A 1AOVA 1O63A 3I5OA 3IL1B 5FHNA 1VFDA 1N7WA 1GV8A 2G93A 1F9BA 3RGYA 3FUZA 1TT1A 2ABHA 4Q5TA 1SDXA 1T0KA 1B58A 5ICQA 2HCAA 3EF7A 2F8DA 2D21A 4P0IA 3BKIB 4IO3A 5KCJB 3LSLA 1JEUA 1POTA 1MQHA 4YB7A 1M5FA 4DXCA 1MQJA 1B40A 1Q35A 3LSWA 2PYYA 3ILUB 3G3HA 4LA9A 2NXOA 3VDFA 3CIJA 1US5A 1ZLQA 1BIYA 4QF9A 2QSXA 1MY3A 5ELVA 3RNNA 1B5IA 2Z8EA 1JW1A 3OO9A 3C9HA 4FE8A 4H0WA 3PUZE 2DVZA 4OESA 1CB6A 5F7VA 3TEPA 4BDLA 4EXKA 2UVGA 3N6TA 4RY1A 5ITPA 1LB8A 1MXWA 3O6HA 3MC2A 3O6GA 1B0LA 1D4NA 3EHUA 4C1UA 3SETA 3C33A 3IK6B 3K01A 1B6HA 3SDFA 1AH5A 3K2DA 3SESA 2P1SA 2XX8A 3EPEA 4POXA 4EQ9A 3E3KA 1GR2A 1POY1 4NWDA 4YMBA 3LUYA 4XKNA 4LQ2A 1Y1ZA 2HXWA 1B3FA 1OQGA 3I6VA 1PB8A 2G29A 1JVYA 3OELA 4F39A 1UTBA 2Z23A 1N0TA 3D4GA 3V89B 3FVGA 1NNFA 4POWA 4U21A 5H8NA 1B46A 3ILTB 2OLBA 2QPQA 1B2HA 3GXAA 2PX1A 1NMUA 3VLWA 3TELA 3LVUA 4GLIA 5CBRA 5IKBA 1NNTA 4MBPA 1LB9A 2F35A 3OD7A 4NF6A 1JEVA 4NF4B 3W15C 3MUQA 4YKIA 3THIA 2I4BA 5TU0A 3FV2A 3UGWA 3FXRA 1R1NA 1FW0A 3G3IA 2VD3A 4LZ5A 3MVWA 3Q26A 1FTLA 2DE3A 3KJTA 4LQ5A 4X1DA 5CRYA 3FJGA 2R6GE 4JBZA 3S2VA 1MY2A 2DVCA 4FEBA 2XXUA 4LP2B 1MM7A 2QS1A 2XXXA 1Y3NA 4MFIA 3V5AA 1FTOA 3O2AA 1MDP1 5DVJA 3W9WA 1LAGE 4F3PA 4KYEA 1S7YA 2YPNA 4KCDA 4UACA 1SYHA 4RPOA 1M5DA 2F36A 4N13A 5AA4B 2X7PA 2A5SA 1AL3A 2O68A 3U8QA 2XXRA 3VE1B 5KZTA 3N26A 3M8UA 1M5EA 4XKPA 2Q2CA 2DOJA 3K1PA 3M3KA 4LONB 3V8XB 4K3FA 2HZKA 3CRBA 3KFMA 3Q27A 1LCFA 3VVDA 5I57B 3FZVA 3BFUA 1B3EA 3RT8A 1EU8A 2HQ0A 2B4LA 4Z7EA 3IJOB 4ECFA 5M2VA 3IR1A 4ZEFA 5LOMA 3PD9A 2X7QA 3LSXA 2ZYOA 1FCKA 3GBAA 4YB6A 4F22A 4ZZEA 3OEKA 2F6GA 3EHTA 3B6TA 4O3BA 4NMYA 1QKBA 3HN0A 3KGCA 4ELQA 2D3IA 1YCJA 2YLNA 4OYVA 2OK2A 1LFGA 2Q88A 4BDMA 4NF4A 4E0WA 4ZE8A 4QFKA 2WOLA 1UTHA 1YTVA 2M8CA 2REJA 2Z22A 3FD3A 1WDNA 3K4UA 3OMBA 3QUJA 5TP9B 4ESWA 1B4HA 1MQIA 3U93A 5I58A 5I56A 1MDQA 3PMWA 1GVCA 1FQFA 4R9GA 1DTGA 3WAFA 1FQAA 3C32A 5CC2A 4BDOA 3G3GA 2AL5A 3L6HA 4H67A 3RT6B 1JETA 3ZS6A 1DMBA 2GRVA 3BBRA 3Q25A 1I6AA 1PDAA 1SW2A 2B3BA 3TCGA 2D5WA 3TTLA 3MQ9A 4QRZA 3IOVA 2E1SA 3MVZA 4BLAA 4KYSA 3TFLA 2V3TA 2I58A 4I62A 3SERA 3TTKA 4JWOA 2UYFA 3U92A 2UVHA 3FASA 4F29A 5DTBA 3MJNA 2Z8DA 1Y3PA 3ODBA 3PPRA 1D9YA 4KPTA 3RN8A 4F2OA 3N5LA 4KFQA 4ZEIA 4R9FA 1HSLA 3ZKKA 3MW0A 4F1VA 4OFOA 1QUIA 1QUKA 3PPOA 2XXYA 3VLVA 3FVKA 1MM6A 3K6VA 4U4XA 5BWJA 4F18A 5DVIA 5HM4B 3E9XA 2O7UA 3FVOA 1MY4A 4EUOA 1P99A 1MPBA 4BDRA 3U1OA 2HAUA 1PB9A 4G68B 3U72A 3MVXA 1OMPA 3O29A 4PE5B 2ALUA 4GL8A 3I3VA 4U23A 1DPPA 1NNPA 2Q89A 2I3VA 4GL0A 4YKKA 3RPWA 2ANJA 4G8HA 1B3HA 4ESXA 1TXFA 2B65A 3M3LA 4NF8B 3CFXA 5BUUA 1SW1A 4DXUA 2THIA 2GH9A 3MVYA 1TWYA 4RXLA 2O1LA 1ZTYA 2PVUA 2ZYNA 5AA2A 1B5JA 1LCTA 1FTJA 4TLLB 3RTFB 5I2KA 3TAJA 1JW5A 4R6KA 5FTIA 3FXUA 3VVFA 1R9LA 4GFRA 2X26A 3MZ1A 4NF5A 1EZOA 2UXAA 4U1ZA 1MH4A 3OO8A 4HW8A 4R2FA 4ZEKA 1ZIUA 4HCYA 3O6IA 1URGA 3UORA 1S9TA 2DXRA 1A8FA 1SYIA 4PFUA 3JV9A 2F6PA 3Q29A 2E0SA 4IB2A 1VSOA 5DEXB 3KG2A 1IZ1A 3H6TA 2XXHA 4MLQA 4NTLA 4PQJA 4R6YA 3VV5A 4FJPA 1Y1MA 4BDNA 1XT8A 4G77A 1N04A 3CG1A 3OO6A 2DWJA 2ZXTA 3B6WA 1ZKBA 3PPPA 2OCUA 2ONRA 1PC3A 3GBBA 4Q30B 3O28A 3TCFA 1DSNA 3TPAA 2ZNUA 4G8MA 1MXXA 1QVSA 4FECA 5CMKA 3QIMA 1FQDA 4OTEA 1B9JA 1B3GA 2F78A 3K6XA 4G68A 5DT6A 4GIZA 5B7DA 3FTOA 1ATGA 1B5HA 4XKQA 1SVXB 1TFAA 1ZMGA 3LC8A 5TPAA 5I58B 1GGGA 5I56B 1I6QA 4PFWA 2HAVA 1FQBA 2IEEA 2V84A 3FGSA 3LSFB 3P7IA 4RJZA 3KBRA 4YAHX 4JSDA 2XXWA 5EYFA 3SKPA 1XS5A 4KI0E 4O3AA 1FTMA 3VFJA 4ZS9A 5I84A 4ZEDA 1OLCA 2Y7RA 3BFTA 3MBPA 4E0XA 1A7LA 3PUXE 1XOCA 4GXSB 1RKMA 3CR9A 4F1YA 1B4ZA 1IXIA 3IORA 1HSEA 3F11A 5ISUA 2VP1A 4NF6B 5DYHA 5FTHA 3DELB 2RC8A 4GRKA 4R72A 5FHMA 2H25A 1B1HA 2O1MA 3HHGA 1EH3A 1P1QA 5K2XA 4EDPA 4ZZAA 5L8DA 1QUJA 4I8CA 1MXZA 4AB6A 3H03A 3UN6A 4ISUA 1LGBC 2H98A 2XXIA 3C4MA 2QRYA 1A54A 3KSXA 3PPNA 4H8IA 4R75A 1B7UA 2XD3A 4DE8A 2XX9A 3H4ZA 4M4GA 3DRGA 1JW4A 5I59A 4JWXA 3CFZA 4GOTA 4U1OA 1QKAA 2H4IA 5CBSA 3DM0A 4OETA 2I3WA 1SD3A 1OLAA 2ESNA 4BDQA 2DP8A 2O7IA 1IIWA 1LBBA 4WEPA 3DP4A 2DE2A 1B1XA 4QFPA 1PB7A 3H6UA 1XVYA 4OHNA 4U22A 3MAMA 2RC9A 1Z7NE 1TFDA 1CE2A 3RYBA 3T22A 5H8QA 5J1DA 3K6UA 4OFLA 3PUVE 4GXAA 3PU5A 3RQTA 2DSFA 2UVJA 4Q0CA 3O9PA 3PUWE 1N7XA 4QSCA 3EHSA 3ZSFA 3AXFA 2XXTA 1SW4A 3G3KA 3TQLA 5H8NB 2ZNTA 1J1NA 4R73A 2H99A 3S4UA 3TUSA 4H6DA 4P0GA 4X9TA 3SEYA 1QULA 3K0VA 3OSRA 4NEDA 4EF2A 5AA2D 1JQFA 2QS4A 3KOTA 4F3GA 3G7WA 3H6VA 4QFOA 2PBWA 3GZGA 3PD8A 3RLFE 1HSJA 2RF1A 2I6EA 4AQ4A 4OFJA 1I6BA 3TQWA 3C35A 3ONMA 4IO5A 3TDJA 5JTYA 4H8JA 4FAJA 4HCWA 2F97A 2H9BA 2FA7A 2I0BA 1B0HA 4I1DA 2VD2A 4GD5A 1PBQA 2KLFA 3DRHA 3ECRA 3T93B 3TTMA 5H8FB 5DEXA 3EN3A 1IEJA 3C31A 5I59B 3IB0A 2GHAA 4LUBA 4TQUQ 1Y20A 4R6HA 5AA4A 2I49A 1N3XA 2ZYKA 4EF1A 3T9VA 4RA1A 4XIGQ 3N6UA 3DLNA 1PEBA 1SI1A 4KR5A 3RUMA 1Q1KA 4LVQA 4M1VA 1LAHE 2I4CA 1H3DA 2ZYMA 3V83A 2QL3A 3RY3A 3IO4A 3PMVA 4N07A 4ELRA 3TMGA 2OWTA 2R9JA 4PFYA 2CMOA 3FATA 3H06B 5I2KB 3SEVA 2F7BA 4OEUA 1SI0A 1BKAA 1Z7ME 2ZNSA 3C36A 2V25A 3TZAA 3TCHA 5A5XA 5I2NB 2O51A 4GWOA 4YZZA 3S9LC 5H8SA 1NH7A 1NNKA 3DRKA 1Y4CA 3FJ7A 1ANFA 5F1QA 1IITA 1SQYA 1ZJLA 3KSJA 3S9NC 2OJTA 3DP8A 5JK4A 4HTGA 4LZ7A 1LLSA 1OIBA 3KOSA 4N6PA 4OWDA 3SEXA 5CMCA 1UIVA 1MG1A 5TP9A 3VLUA 2RC7A 4R2BA 3DRIA 4JDFA 1PBPA 2B3FA 2RCBA 4KCCA 1OQHA 4YU0A 1XHYA 3CVGA 3U94A 3DP6A 3M3FA 3FV1A 4I9DA 1MXYA 1NFTA 3PMXA 4WKMA 1OVBA 3TKDA 1IXCA 3L6GA 3FVNA 5AA2B 4H5FA 3OO7A 4IO2A 3HO7A 4ZEBA 3A3UA 3PAMA 1LBCA 3IAZA 4Z0IA 4NWCA 4HS7A 4IY5A 3B7DA 4DIGA 3HCQA 3HHFA 3T9HB 2RKMA 2VHAA 3PV0E 4KQPA 2DQVA 4OZ9A 4OEVA 5AA1A 4DDDA 5KDTA 4KHZE 2F7CA 4P11A 2DS9A 3KN3A 4YICA 3IJXB 1B7ZA 4YKJA 5HBCA 3IOWA 1EZPA 1UTBB 1ELJA 1MS7A 2WOPA 1XVXA 4PFTA 3IO6A 4THIA 5L9SA 3UK4A 1LFHA 4QFLA 1UIUA 3CFLA 4U2RA 4DLDA 4R74A 4JSOA 1US4A 2RINA 2V3QA 3TODA 1Y3QA 1RYOA 2FYIA 2Q2AA 2QMWA 3E13X 4YKPA 2REGA 3Q28A 1H76A 3A3CA 3T9UA 3QK6A 1MQDA 4QFNA 4ONYA 1P1WA 2XXPA 4IGRA 1LAFE 4LATA 4F3BA 5KCJA 2PMSA 3H7MA 3JYRA 1D9VA 3S9MC 4GF8A 4DCYA 3MP1A 3D4CA 2QJEA 4TOZA 5CM6A 3IOUA 2Q8JA 2HEUA 2UVIA 4JWYA 4OQOA 3USDA 3K00A 4F19A 3OXNA 4RYAA 3K1MA 4ELOA 1A99A 1A40A 4KYDA 1NKXA 2VOZA 3N94A 2W7YA 2Y7PA 4EQBA 1NL5A 5JEIA 4H1XA 4G8NA 3UA8A 4EQ7A 1H44A 2QS2A 3C34A 4QHQA 2DWIA 3FIRA 4WXJA 4IO4A 4RPNA 3O97A 5KDTB 3OOAA 3W9VA 2O84X 4F2QA 4IY6A 4H5GA 4U4SA 1WODA 4RK2A 1BP5A 4C0RA 1II5A 1N76A 3MZ9A 4QSEA 4F1UA 3DRFA 3PPQA 3VXCA 2BJJX 3MZBA 4IO7A 4KD5A 3VVEA 4ZE9A 5A5XB 1MPDA 2WKYA 4FATA 1MY1A 1FQEA 1S50A 3KZGA 2V93A 1A55A 3ZKLA 1M5CA 3FXQA 2GFEA 3QUFA 3H6WA 1YAEA 1RYXA 1SW5A 1MXUA 1DTZA 4G4PA 4RNSA 3R7XA 2NUVA 1H45A 1B05A 1WVJA 1YPNA 2AIXA 3IB1A 4FIMA 3T96B 1XC1A 2R71A 4QSDA 3JZJA 1N84A 1R9QA 1O64A 4H65A 3T66A 5B70A 2F7AA 2YJPA 1A8EA 3DRJA 5H8QB 1DPEA 3H3GA 2P0SA 1FTKA 3CSGA 1MQGA 2HZLA 5H8FA 2ZMBA 2Q9TA 3K1NA 2PT2A 4IGTA 4PETA 1LSTA 3WAEA 2A5TA 3CG3A 3R26A 2Y7IA 1MRPA 4LZ8A 1B7HA 3O6PA 2NVUB 3CI8A 1LAXA 4DCXA 2OBGA 5AE4A 2QMXA 1JNFA 4JXIA 5L9MA 3KJ7A 3TTNA 1D3KA 1B52A 4PP0A 2OWSA 3S9EA 3K02A 4X1BA 3TYHA 2Y84A 4GVOA 3VXBA 4DZ1A 1B51A 5EHMA 1AMFA 2LAOA 3A09A 2O69A 4TLMB 3UIFA 2Y7WA 4MF3A 3KN7A 1IXGA 3OENA 1MH3A 2B4MA 5HPQA 1EZ9A 1P1NA 4UA8A 3PGFA 2RCAA 4EXLA 3RYAA 3SEWA 5EHSA 4C1TA 4MH5A 1URSA 3B6QA 5CI5A 3MP6A 2HFBA 2UYEA 4FEDA 2O6AA 3E4RA 1B32A 2XXQA 3QSLA 2NWJA 1ZU0A 4GQOA 1GTKA 5CMMA 2DYXA 1VE4A 2GHBA 3LR1A 2VGQA 2I48A 1UTHB 3MWBA 2WOKA 1MPCA 5AA3A 5H8HA 1USYH 2XXVA 4ZECA 3KN8A 1AIVA 2V3UA 4JB7A 3KEIA 4WEDA 2H5YA 4L17A 4OMBA 4ND9A 1OVTA 3OSQA 1DOTA 1SBPA 1URDA 3K6WA 2NOOA 3HV1A 2A5TB 3UP9A 1N3WA 3MPKA 2DWAA 5I2NA 1LFIA 5CMBA 2DXYA 2QS3A 4OERA 4NE4A 3RTWB 5FHOA 1P1OA 4YB5A 1MXVA 2F5XA 1Y4TA 1I69A 4IO6A 4OXVA 3G3JA 2F34A 1BLFA 4XTCQ 3MP8A 3G3FA 4NF5B 4ELPA 5ICTA 3QYTA 1H43A 1JVXA 3QXMA 2P2AA 5JTYB 4Q8RA 1B3LA 4RK9A 4G68C 1NH8A 1L5TA 4DXBA 1Y9UA 3OEMA 1QJMA 1VFEA 2ONKE 2Z8FA 5ITOA 1O7TA 4YMAA 1QW0A 2FNCA 1P1UA 2OZZA 3HSTA 2DWHA 3O66A 4OVJA 3T9XB 3IOTA 4XXUA 1IQ7A 3LBSA 3CSBA 3CHGA 1ZBMA 4ZDMA 1UQWA 3TTRA 4FORA 3SEUA 2XD2A 4F3SA 4X48A 2CZLA 2AL4A 3IX1A 2IA4A 3MPLA 1KWHA 3GLBA 2ONSA 3R6UA 5H8HB 1IUDA 2I0CA 3QAXA 4AB5A 5I57A 5TPAB 4OENA 1FQCA 2Y7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XX7A 4N6DA 3FJMA 4MLVA 5K2YA 4O3CA 5DVFA 1IXHA 4G2ZA 2PT1A 3IL1B 4GX4A 2G93A 1F9BA 2HCAA 4IO3A 3LSLA 1JEUA 1RDYA 1MQHA 1IMDA 3LSWA 2PYYA 3VDFA 3CIJA 1B5IA 2Z8EA 3C9HA 2UVGA 5ITPA 3O6HA 3MC2A 3K01A 1DK4A 1B6HA 3SDFA 3EPEA 1POY1 2P3NA 1B3FA 2PFYA 4F39A 3D4GA 4U21A 3ILTB 1NMUA 4GLIA 5IKBA 1LB9A 2F35A 2CZIA 4YKIA 2I4BA 4HE2A 4LZ5A 3Q26A 5IZ3B 3FJGA 4FEBA 2XXXA 1FJ6A 3O2AA 1FBEA 4KYEA 1SYHA 4RPOA 5AA4B 4N13A 2O68A 3U8QA 2XXRA 5KZTA 3N26A 4R75A 3M3KA 2DOJA 4K3FA 3VVDA 5I57B 3FZVA 3BFUA 2B4LA 4ECFA 5M2VA 1K9YA 1FCKA 4F22A 4YB6A 2F6GA 3B6TA 3HN0A 2PCRA 2YLNA 2OK2A 2Q88A 4BDMA 2FIXA 4NF4A 3PMVA 4N07A 1YTVA 4E0WA 2M8CA 3QUJA 1WDNA 2GQ1A 2BJIA 1FQAA 3L6HA 3ZS6A 4I3EA 1SW2A 2D5WA 3MQ9A 3MVZA 3MJNA 3ODBA 3RN8A 4F2OA 1FBHA 1HSLA 3MW0A 4N8GA 3FXBA 4PGPA 2CZKA 4GWWA 2HAUA 3MVXA 1LEVA 4PE5B 3I3VA 1DPPA 1TXFA 2GH9A 3MVYA 1TWYA 1CNQA 2PVUA 2ZYNA 1B5JA 3RTFB 5I2KA 4R6KA 5FTIA 1R9LA 1EZOA 2OX3A 1ZIUA 4HCYA 2DXRA 1NV1A 3KG2A 2XXHA 1FBCA 3VV5A 4FJPA 2Y5KA 3B6WA 1ZKBA 3PPPA 4Q30B 3GBBA 1QVSA 4FECA 3QIMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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