1URDA

X-ray structures of the maltose-maltodextrin binding protein of the thermoacidophilic bacterium alicyclobacillus acidocaldarius provide insight into acid stability of proteins
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
QTITVWSWQTGPELQDVKQIAAQWAKAHGDKVIVVDQSSNPKGFQFYATAARTGKGPDVVFGMPHDNNGVFAEEGLMAPVPSGVLNTGLYAPNTIDAIKVNGTMYSVPVSVQVAAIYYNKKLVPQPPQTWAEFVKDANAHGFMYDQANLYFDYAIIGGYGGYVFKDNNGTLDPNNIGLDTPGAVQAYTLMRDMVSKYHWMTPSTNGSIAKAEFLAGKIGMYVSGPWDTADIEKAKIDFGVTPWPTLPNGKHATPFLGVITAFVNKESKTQAADWSLVQALTSAQAQQMYFRDSQQIPALLSVQRSSAVQSSPTFKAFVEQLRYAVPMPNIPQMQAVWQAMSILQNIIAGKVSPEQGAKDFVQNIQKGIMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Structures of the Maltose-Maltodextrin-Binding Protein of the Thermoacidophilic Bacterium Alicyclobacillus Acidocaldarius Provide Insight Into Acid Stability of Proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTOSE-BINDING PROTEIN
molecule tags Maltose-binding protein
total genus 119
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA01
3MVXA 4P0IA 5AA3A 4R73A 4JWYA 1ZLQA 3TUSA 4H6DA 3K6VA 3R7XA 1BP5A 2G29A 4F18A 4OQOA 4ZEFA 3FVGA 4U4SA 2AL5A 4UA8A 2DYXA 1R6ZA 3IJXB 3LSLA 1IEJA 4IO7A 1EZ9A 3LSWA 2VOZA 3JZJA 5FHNA 3UK4A 2HQ0A 3FIRA 5HPQA 3K6WA 4LP2B 5I56A 3KFMA 3GBBA 5IKBA 1DPPA 4RPNA 4JDFA 2O84X 4WKMA 3KN3A 4E0XA 3PUWE 2O7IA 2UXAA 3QXMA 3PPNA 3KZGA 4QSDA 3D4CA 4PP0A 5HM4B 2OWSA 4FAJA 4NF8B 3CG3A 2UVHA 4OXVA 4F3PA 2F6GA 4NF4A 4F3GA 3KG2A 4AB6A 1FCKA 1DTGA 4FEBA 1O63A 4JBZA 4LA9A 1JW1A 3SEVA 3FVOA 2V3UA 1USYE 2RKMA 1BLFA 2F6PA 4GLIA 4DCXA 5TPAA 1S50A 3C4MA 4LQ2A 3ECRA 2F36A 1FTMA 1B4HA 1PB8A 3TCHA 1VFDA 2GRVA 4R6YA 1ZBMA 1Q1KA 1B5JA 5CMMA 2YPNA 2NOOA 5H8SA 3M3KA 5CM6A 3FJMA 2RC9A 2XXTA 5AA4B 3CVGA 2ZNUA 1CE2A 2XD3A 3TQLA 2I3VA 5H8HA 4YB5A 3MPKA 4IO5A 4GXSB 5DYHA 4GF8A 4R6HA 4G4PA 3IL1B 2ZYNA 3T9XB 3H6WA 2ALUA 3K00A 3K2DA 4DCYA 3EQ1A 4KCDA 2VD3A 1OQGA 2XD2A 2XXRA 5I59B 1BKAA 1MPCA 1NNTA 5CMKA 3WAFA 1P1WA 1PB9A 5I84A 1XVXA 4NTLA 3R26A 5L9SA 3TQWA 1SYHA 3IAZA 1TFAA 3VE1B 3MZBA 3DLNA 3FXRA 1MQDA 4BDQA 4G68A 5HBCA 3H06B 1YTVA 4NWDA 2PT1A 3N6TA 5AE4A 3G3GA 2UVGA 3C35A 4ELOA 3RQTA 4XXUA 4MLVA 4GL0A 4H65A 3H6UA 1FQFA 4OMBA 5J1DA 2X7QA 2QRYA 4KD5A 1KWHA 1PBQA 2I4BA 4OESA 3S9MC 4GL8A 1P1NA 1ZJLA 3VVDA 2I58A 3H6TA 3KN8A 5CMBA 2O69A 3FASA 3QAXA 2R9JA 3T93B 2HAVA 1L5TA 2XXYA 4BDMA 1LBCA 3HHFA 1SQYA 3CG1A 1QKBA 3PUXE 4EF1A 2QS1A 5H8NB 4JSDA 4EF2A 2F8DA 5EYFA 1H3DA 1SI1A 1JNFA 3FJGA 3QIMA 3B6TA 1ELJA 2F7AA 4JSOA 2XXUA 1UTHB 4IGRA 1YCJA 3FJ7A 1MM7A 5L8DA 3W9VA 1SDXA 4U23A 5ELVA 1IXIA 1MG1A 2Z8DA 3IOWA 3G3IA 2RINA 3BFUA 4P0GA 5CI5A 1MH4A 3O6GA 2G93A 5AA2A 3E13X 2QPQA 1N3XA 4G2ZA 4WEDA 1NNFA 2ZYMA 4YB7A 2V93A 1J1NA 3OMBA 4RPOA 4HS7A 3SERA 3OO9A 4ZDMA 4PFWA 4BDNA 1ZMGA 5H8FA 3A3UA 3K6XA 1UTBB 3MW0A 2ZNSA 1MPDA 4KHZE 3C33A 1QUIA 3TPAA 4M4GA 1GV8A 2OCUA 3SDFA 1HSEA 3HCQA 5I57B 3MP6A 3OSQA 1B5IA 4PFTA 3S9LC 3Q29A 4MBPA 4N07A 2HXWA 2D21A 1N76A 2F97A 4R9GA 1R9QA 2ESNA 3K1PA 4OTEA 1A55A 2HZLA 4H8IA 2V84A 2X7PA 4N13A 3P7IA 1FTKA 2GFEA 4X1BA 2IEEA 1LAFE 2FA7A 4QRZA 1A40A 4U2RA 1B4ZA 3MC2A 1N3WA 3VLVA 1AMFA 3SEUA 1ZKBA 3H03A 3IJOB 4POXA 4PFUA 4YICA 4BDRA 1FQEA 3H6VA 4GWOA 1IXCA 4H5GA 3UGWA 3KGCA 4KQPA 1SBPA 1Y4CA 3Q26A 3C31A 4OENA 4C1UA 3M3FA 2UYFA 3PUZE 4TQUQ 2O51A 4NF6B 4F2OA 4KYEA 1B58A 4HTGA 4ZZAA 3MP1A 3FGSA 3ZKLA 3PD8A 3V5AA 3I5OA 1QULA 1LGBC 1IZ1A 3SEWA 2H4IA 1IQ7A 5EHSA 4QSEA 2PYYA 4GOTA 1SW5A 4EQBA 4IO2A 3SEYA 1QJMA 4Q5TA 4MH5A 3MZ1A 3KOTA 1II5A 4KYDA 5AA2D 4F22A 4GVOA 1NFTA 5A5XB 4C1TA 3F11A 2THIA 4QHQA 2DXRA 4G8HA 1LCTA 4L17A 2DWIA 1MXWA 4OFJA 2OBGA 1LFHA 3OOAA 3DP8A 3ODBA 2DWJA 3KEIA 3PPOA 2DVZA 5BUUA 4IB2A 4OWDA 1B0HA 3PMWA 2E0SA 5CBSA 3C36A 1NNKA 3OEMA 3CRBA 1MXUA 1EZOA 1B46A 1MY4A 3VFJA 3LUYA 4TLLB 1Y1ZA 2GHBA 3VXCA 3IOUA 1P1OA 4OEUA 1B32A 2Q88A 2AL4A 2A5SA 4F19A 3EPEA 1GVCA 4F31B 3VVEA 1LLSA 1M5BA 5I56B 3TZAA 3RPWA 1POY1 2AYSA 3IB1A 4ESXA 2HAUA 4Z7EA 2YJPA 3O9PA 5F1QA 2XX7A 1XC1A 4YMAA 4RY1A 3I6VA 2CMOA 3K6UA 2REJA 2DWAA 3T22A 4YAHX 3K02A 3SESA 2XXQA 1P1QA 1UIUA 2FYIA 3IB2A 4KFQA 2WKYA 4XIGQ 2Y7PA 4PE5B 4GRKA 4ZEDA 1T0KA 5DVIA 1A54A 3CSBA 1MY2A 3LC8A 2XXXA 5I58B 2D3IA 2O7UA 4AB5A 1FQBA 1SI0A 1OLAA 1QUKA 1JQFA 3KN7A 3JV9A 4KCCA 1M5CA 1JVYA 1B2HA 3S2VA 4H5FA 1HSJA 1IIWA 3O66A 1XOCA 2PBWA 2QS2A 2XXPA 4DE8A 3PMXA 2O6AA 2OLBA 2X26A 3QUJA 1LAHE 4KI0E 5L9OA 3A3CA 2Z8FA 3MVWA 3QK6A 1B3FA 3O97A 4NF5B 1PB7A 3IK6B 2HEUA 2H98A 4NF8A 2F7BA 3OSRA 3IR1A 4BDLA 3BFTA 2OJTA 4YKPA 3N5LA 3TTNA 1Y20A 3U72A 4Z0IA 3OEKA 4QF9A 1LFIA 5KDTB 1OLCA 2ZMBA 2REGA 4IO4A 2I0CA 1RYXA 1ZTYA 2NXOA 4MFIA 4R75A 2QMXA 1QUJA 3SEXA 3C32A 3RN8A 2W7YA 4OFLA 3IB0A 1MQIA 4ECFA 3RTFB 2Z8EA 4HW8A 4I8CA 5AA4A 2F78A 1US4A 1NMUA 4IO6A 1N7XA 3PUYE 1VE4A 1PC3A 4DXUA 4G8MA 4ZE8A 1S7YA 1MXZA 4LZ8A 2DQVA 2RCBA 1NH8A 3QUFA 4RJZA 4F3BA 2DWHA 4DIGA 3B6QA 4I9DA 4R6KA 1SVXB 4XTCQ 1LB9A 2NVUB 1JW5A 1XHYA 3LBSA 3TELA 2F35A 4OVJA 3RUMA 2AIXA 5I59A 1BIYA 3GZGA 2M8CA 4FEDA 2Q89A 3ONMA 4YU0A 2P2AA 3MJNA 1D3KA 2RC7A 4U1ZA 5EHMA 1MY0A 3KBRA 1Z7ME 1URDA 4ZECA 3V89B 2DXYA 1FW0A 1B0LA 1O7TA 3U8QA 3L6GA 4R2BA 4OETA 2OZZA 3KSXA 1B7UA 3UA8A 2DVCA 1JW4A 3MPLA 3IOTA 1TT1A 4X48A 3H3GA 4GIZA 5DVJA 3FUZA 2O1MA 4DZ1A 1XS5A 3FVKA 3DP4A 3U93A 3MVZA 1ZIUA 1MQGA 1Y3QA 2I3WA 2R6GE 2BJJX 1B3EA 5AA2B 4WEPA 4ZS9A 2PX1A 3TMGA 3HPIA 2A5TA 1XT8A 3S9NC 4ESWA 1USYH 4H67A 2DE2A 3Q28A 3T9VA 3RT6B 5ICQA 5H8NA 1B3HA 3E3KA 1FQDA 4C0RA 1B7HA 3TKDA 4Q8RA 4XKRA 2CZLA 5JTYA 1UTHA 1DSNA 5KCJB 3K0VA 5FHOA 3WAEA 4F1VA 4QFNA 5I2KB 1OIBA 4LZ5A 3GXAA 5H8QB 2D5WA 3N26A 2ABHA 2HCAA 1R1NA 1B1XA 3RT8A 3EHUA 4OERA 1OMPA 5B70A 3O2AA 3ZKKA 5TP9B 3UORA 3HHGA 1A99A 3T9UA 4EDPA 1P1UA 1MXYA 1UTBA 3FV1A 1H45A 3M3LA 3UN6A 4FIMA 4QFPA 3PGFA 1A8EA 3D4GA 4N6PA 4ZEKA 1SW1A 1ATGA 2Y7KA 5DEXB 4IY6A 1GTKA 4LATA 4OYVA 3CR9A 4R74A 2VHAA 5I57A 3QYTA 3S9EA 2I0BA 4YKKA 5FTIA 3LR1A 1EZPA 2Q2AA 5CMCA 5B7DA 3PV0E 1ANFA 3HV1A 4ZZEA 4IY5A 1FTJA 2Z22A 3UIFA 3THIA 3MAMA 4ONYA 1H76A 1RYOA 4JWOA 3U94A 4RK9A 4IO3A 1URGA 4YMBA 1LBBA 2PT2A 4EXLA 2Y7IA 1AOVA 3LSFB 2Z23A 4DDDA 3MP8A 4BLAA 2OK2A 3EF7A 4IGTA 5I2NB 1Y3NA 4U4XA 1POTA 4R2FA 2IA4A 1D9YA 2V3TA 3GBAA 3DP6A 5DT6A 3T96B 4LUBA 2DE3A 3CFXA 5K2XA 3H7MA 4RA1A 1PBPA 1AH5A 1TXFA 1UIVA 3LSXA 2NUVA 2XX8A 2XX9A 3M8UA 3VDFA 1B52A 4KPTA 3Q25A 3TAJA 3VVFA 4NF6A 2OWTA 4G8NA 4DLDA 2UYEA 2DOJA 4F2QA 4I62A 5CBRA 1LB8A 1RKMA 1SD3A 1M5DA 1AIVA 2Y7RA 5A5XA 1B05A 3OELA 4FJPA 1B40A 4TLMB 3N6UA 3IO4A 3DM0A 3VV5A 1EU8A 1YAEA 1NKXA 1VFEA 4RYAA 1D9VA 4THIA 4GD5A 4EXKA 1LAGE 3ZS6A 2PVUA 3K4UA 3TDJA 1SW2A 3K1NA 3PPQA 1NNPA 2DSFA 3MUQA 5TU0A 4LZ7A 2QJEA 2GHAA 1I69A 4I1DA 3CSGA 3Q27A 1F9BA 1B6HA 2I48A 3TFLA 2ANJA 4R72A 1FTOA 3TTMA 3SETA 4H1XA 3QSLA 4U21A 1WDNA 3V83A 1FQAA 3MBPA 1SW4A 4PETA 2ONSA 4NF4B 1US5A 4Q0CA 2XXHA 4UACA 1Y4TA 4RNSA 1MDQA 3T9HB 1MPBA 1MM6A 3KOSA 5AA1A 5TPAB 1WODA 1IITA 2H99A 2QMWA 4MF3A 3N94A 1FTLA 4YB6A 2XXIA 4JXIA 2B65A 1VR5A 1MQHA 2GH9A 1B3LA 1VSOA 1A8FA 2QSXA 2Q2CA 3TTLA 3RTWB 1NH7A 4ZE9A 5I58A 4YKJA 2HZKA 4Q30B 3C34A 4BDOA 1H43A 3RNNA 1I6BA 3RLFE 4FE8A 5H8HB 1Y9UA 1Z7NE 3A09A 1DOTA 3MWBA 4R9FA 3TODA 4O3AA 1B9JA 3CI8A 1H44A 3K01A 2ONRA 5FTHA 4H0WA 4YKIA 1N04A 3OO6A 3TTKA 5L9MA 1URSA 4NF5A 4LQ5A 4POWA 1I6AA 1FQCA 3U92A 3PPRA 3MZ9A 4ZEBA 2RF1A 1HSLA 3OD7A 1BTJA 1MH3A 4NE4A 3CFZA 1TFDA 3G7WA 3FV2A 3KJTA 3FXUA 4HCWA 3FXQA 3UP9A 4QFKA 4E0WA 4YZZA 3VXBA 4GQOA 2Q8JA 1LFGA 5KDTA 1WVJA 2LAOA 4G68B 1NL5A 1O64A 4U1OA 1N0TA 1R9LA 4X1DA 1B51A 1PDAA 3OXNA 2XXWA 2H5YA 4F3SA 3TTRA 3TEPA 3BBRA 2F5XA 3G3KA 1OQHA 1UQWA 3B6WA 3VLUA 3PMVA 3HSTA 4F1UA 3SKPA 4ELQA 2QS3A 4F1YA 3HO7A 2R71A 4G68C 1B5HA 1AL3A 2Y84A 2DS9A 5JEIA 3I3VA 3IO6A 3O6HA 1Q35A 3FVNA 2QS4A 3KJ7A 3ILTB 3RGYA 1PEBA 3S4UA 3MVYA 5ICTA 4FATA 4OFOA 5ITOA 2O68A 3IOVA 3O6IA 1IXGA 3IX1A 4OHNA 2VP1A 4F29A 1N84A 3KSJA 1D4NA 2ZYOA 3PU5A 2A5TB 1MQJA 4XKQA 4X9TA 1Y3PA 3B7DA 1LCFA 2YLNA 4G77A 1CB6A 4FORA 3FZVA 1JETA 2V25A 1GR2A 4NWCA 4KR5A 5JTYB 4FECA 1P99A 5H8FB 2VGQA 3PUVE 1LAXA 2I6EA 3CFLA 1MS7A 1XVYA 2O1LA 4MLQA 5M2VA 1B7ZA 3HN0A 4QSCA 4PFYA 1MRPA 3TCFA 2DE4A 3EN3A 3G3JA 3EHTA 1B3GA 4NEDA 1YPNA 3W9WA 4RXLA 2B3BA 2P0SA 3W15C 4ZEIA 5DVFA 3DELB 2H25A 3CIJA 3TCGA 1IXHA 2QL3A 2ZNTA 4H8JA 2I4CA 1M5FA 2PMSA 1MY1A 2ZYKA 4F39A 1Y1MA 3E4RA 4EQ9A 1QW0A 2V3QA 3TYHA 1TWYA 3FATA 3V8XB 4XKNA 4JWXA 1EH3A 2XXVA 4U22A 2I49A 2UVIA 5KCJA 3JYRA 4OZ9A 3AXFA 3IORA 3OO8A 3G3HA 3R6UA 5IAIA 3RY3A 1DMBA 5I2KA 5FHMA 3C9HA 1OVTA 4ND9A 2E1SA 3E9XA 5H8QA 4GXAA 2Q9TA 3K1MA 2XHDA 3PD9A 5F7VA 1I6QA 3GLBA 2RCAA 4PQJA 5CC2A 2P1SA 3BKIB 1GGGA 1SYIA 5K2YA 1IUDA 5TP9A 4EUOA 2KLFA 3ZSFA 2F34A 4XKPA 4GFRA 2HFBA 2B3FA 4OEVA 4K3FA 4P11A 4O3BA 4ISUA 4HCYA 1ZU0A 3O28A 4DXBA 5DEXA 3U1OA 4NMYA 3FD3A 3L6HA 2FNCA 5DTBA 3OO7A 4QFOA 5ISUA 3MQ9A 5CRYA 3VLWA 5KZTA 1A7LA 1QKAA 4WXJA 1MY3A 4ELRA 1N7WA 2F7CA 2ZXTA 5JK4A 4KYSA 3T66A 4RK2A 1DTZA 1B1HA 4O3CA 2DP8A 4LONB 3USDA 4DXCA 3H4ZA 1MXXA 1MXVA 2H9BA 1JVXA 3OENA 1LSTA 2RC8A 3ILUB 3PPPA 5I2NA 2NWJA 1MDP1 4LVQA 2ONKE 4ELPA 1S9TA 4TOZA 4QFLA 3EHSA 1JEVA 5ITPA 1QVSA 2VD2A 1OVBA 3O29A 1DPEA 2UVJA 4M1VA 4EQ7A 3G3FA 4AQ4A 1JEUA 5LOMA 2Y7WA 1M5EA 5BWJA 4JB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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