1URDA

X-ray structures of the maltose-maltodextrin binding protein of the thermoacidophilic bacterium alicyclobacillus acidocaldarius provide insight into acid stability of proteins
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
QTITVWSWQTGPELQDVKQIAAQWAKAHGDKVIVVDQSSNPKGFQFYATAARTGKGPDVVFGMPHDNNGVFAEEGLMAPVPSGVLNTGLYAPNTIDAIKVNGTMYSVPVSVQVAAIYYNKKLVPQPPQTWAEFVKDANAHGFMYDQANLYFDYAIIGGYGGYVFKDNNGTLDPNNIGLDTPGAVQAYTLMRDMVSKYHWMTPSTNGSIAKAEFLAGKIGMYVSGPWDTADIEKAKIDFGVTPWPTLPNGKHATPFLGVITAFVNKESKTQAADWSLVQALTSAQAQQMYFRDSQQIPALLSVQRSSAVQSSPTFKAFVEQLRYAVPMPNIPQMQAVWQAMSILQNIIAGKVSPEQGAKDFVQNIQKGIMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Structures of the Maltose-Maltodextrin-Binding Protein of the Thermoacidophilic Bacterium Alicyclobacillus Acidocaldarius Provide Insight Into Acid Stability of Proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTOSE-BINDING PROTEIN
molecule tags Maltose-binding protein
total genus 119
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA01
1B3FA 3FATA 1PB9A 1ZIUA 3U92A 2XD3A 1XC1A 4QFPA 2DYXA 3PUZE 1FQBA 3IOVA 2I0CA 3FXRA 3IOTA 2P2AA 4IO6A 1H3DA 1NH7A 3G3KA 3H7MA 2UVJA 3OMBA 3RY3A 2H4IA 3USDA 4KYEA 1OVTA 3CSBA 1O64A 3UGWA 1MQGA 1Y4CA 1MG1A 1PDAA 4YMAA 4G68A 3UA8A 5B70A 1AH5A 4KYSA 3MP6A 1ELJA 4YB5A 1Y1ZA 5FHNA 1LAXA 2OWTA 1ZKBA 3ODBA 1IXGA 4EXKA 3I6VA 1VE4A 3KN7A 2O68A 3DM0A 4GF8A 4P0GA 1PBPA 1N3WA 4F3SA 2DE4A 3LSXA 4P0IA 3SEVA 3RLFE 3FJMA 2ESNA 1T0KA 3P7IA 2O1MA 3RUMA 1P1QA 3Q26A 1IITA 3PMXA 1A55A 2XXYA 3PUWE 1YAEA 1WVJA 5BUUA 2I49A 1R9LA 3FVKA 4P11A 3DELB 1M5FA 1B2HA 2F5XA 3MP8A 4FEDA 3B6TA 3TQLA 1JVXA 2DXYA 2I4BA 4R2FA 1MM7A 4G8MA 1N84A 5H8FA 3G3JA 4WEPA 4TLMB 1IXHA 4BDOA 3PGFA 4OYVA 1N0TA 5KCJB 4FORA 2D5WA 5JTYA 1GR2A 3N5LA 3CFXA 4G8HA 1I6QA 3TAJA 2DXRA 1KWHA 4NF8B 1SYHA 2QJEA 1URDA 3DLNA 2F35A 1JNFA 2Q89A 3KOTA 2OK2A 4OEVA 3MBPA 4H5GA 3RN8A 3M3FA 1IXCA 2UVGA 3C33A 4BDQA 2DE3A 1NMUA 4IY5A 4MH5A 3KZGA 4MFIA 1JW5A 3R26A 3OO6A 3OO7A 2I58A 3MPLA 4ZEDA 1ZLQA 3SEXA 1QVSA 1P1WA 5K2YA 4R6HA 3M3LA 2I0BA 4ZS9A 4FAJA 5I58A 1MY1A 1NNPA 2XXWA 3BFUA 4PFUA 3KGCA 4TOZA 2OJTA 3T66A 4KCDA 4G2ZA 3MPKA 3RTWB 4U22A 4OEUA 3GZGA 1ZTYA 3VVFA 4G4PA 1B9JA 1OQGA 2IEEA 1SYIA 2UYEA 2H25A 3ZKKA 4ELQA 1UTBB 3HO7A 1LCTA 4OETA 4IO5A 1USYE 1MXVA 4QFOA 3SETA 3IORA 4R9GA 1Y3NA 1BKAA 4DDDA 1N7WA 2HQ0A 5DVIA 2ZMBA 4YZZA 2WKYA 3PD9A 5CBRA 1LFIA 2RC7A 2QS4A 4YKIA 3RPWA 2H99A 3PV0E 1B1HA 2V93A 4DLDA 3EHSA 1B7UA 4EQBA 2X26A 3WAEA 2R6GE 4H5FA 4RXLA 1FCKA 4ZEIA 3U93A 3A3CA 2QL3A 3B6WA 4F2OA 5LOMA 4ZZEA 3SESA 1I6AA 3EN3A 3RTFB 2RCBA 1POTA 4H0WA 2DOJA 1Q1KA 2CZLA 1B46A 1NL5A 3CIJA 3MJNA 4JSOA 3KG2A 1H45A 3OO9A 1B5JA 1YTVA 3QYTA 1H76A 1DTGA 1LGBC 2UVIA 2Y7PA 3IR1A 3PPPA 2B3BA 3OSRA 2I4CA 5F1QA 4G68C 4PFWA 3K00A 2V84A 5ICQA 3K6VA 1UIUA 2PMSA 3O29A 1PC3A 1VFEA 4BLAA 4KHZE 4PP0A 4BDLA 1NNKA 2NUVA 4GXAA 3U8QA 2ZYOA 2X7QA 3OD7A 1S9TA 2HEUA 4HS7A 5I56B 3S9EA 3PUXE 1N3XA 2F6GA 5TU0A 4OZ9A 3PD8A 1H43A 3V5AA 4DIGA 1N76A 1ZJLA 4NF6B 2IA4A 2KLFA 2B65A 2O1LA 3FGSA 4Z7EA 3LUYA 4DCXA 4JBZA 1MDQA 1MY4A 2Y7IA 4QFKA 1XOCA 4QHQA 3GLBA 3O2AA 4I8CA 3JZJA 3TODA 1MXYA 1QUJA 3FV1A 3TTLA 2XHDA 4IGRA 1TFAA 3O66A 4LQ5A 2RF1A 1D9YA 5CRYA 3KSXA 4BDRA 1PBQA 2E0SA 2DE2A 3TQWA 2ALUA 2CMOA 3VV5A 4AB5A 1B51A 2Q2AA 1Y9UA 2ONRA 2RC8A 1M5DA 2AIXA 3ILUB 5I59B 3EQ1A 3OO8A 5L8DA 1WODA 4KI0E 5CMCA 2UXAA 3C35A 4FECA 2PYYA 4DXBA 4GL8A 4MLQA 4JWYA 3E3KA 4YICA 3H06B 2V25A 3EHTA 3V83A 3KOSA 3C31A 1BLFA 4EF1A 3TFLA 3MVWA 1FTLA 2DSFA 4F1YA 1AL3A 4RYAA 2Q8JA 2P1SA 4NF4A 3CFZA 4F31B 5I58B 1Y20A 3FVGA 4OFOA 3N26A 1QW0A 4LQ2A 1FQEA 2O84X 2ZYKA 3OXNA 2RINA 1Y1MA 3VDFA 3RGYA 3SEYA 3O6GA 1EU8A 4NF5B 2QSXA 3O9PA 3SKPA 4C1UA 2QPQA 1P1NA 4R2BA 4ZECA 3LR1A 2DVCA 4FJPA 1US4A 4X9TA 1VSOA 3SDFA 4MF3A 3VLVA 1LFHA 3FJ7A 4YKKA 3ZSFA 3KFMA 3IJXB 4L17A 3K1MA 3LSLA 2OBGA 3U94A 4QSDA 2GHAA 2E1SA 1YPNA 4U4XA 5AA4A 4OFJA 4RA1A 1B4HA 2GHBA 3C9HA 5DEXA 3HV1A 4F3BA 3E13X 2I6EA 3KSJA 4ND9A 1B3GA 5BWJA 4X1BA 3KBRA 3IO6A 4DCYA 3K1PA 1FQFA 4GOTA 1NNTA 3B6QA 2O69A 2THIA 3CG1A 3C4MA 1HSEA 2V3QA 4U23A 3KN8A 3TMGA 2HCAA 3V8XB 2VHAA 4F29A 3JYRA 2Q2CA 1MQJA 1FTJA 4HTGA 4F22A 4F1UA 3VXBA 1XVXA 1OLAA 1A8FA 1N7XA 2UVHA 3S2VA 5H8NA 4IO7A 1MQDA 2V3TA 3HN0A 4UA8A 3PPOA 2VOZA 1JEVA 3IO4A 1FTKA 2A5TA 2F34A 3DP8A 3TZAA 4N13A 3UP9A 2W7YA 1QUIA 3CG3A 1XT8A 2R9JA 2YJPA 2F7AA 3MC2A 3RT8A 4RY1A 2A5SA 1B7ZA 1Z7ME 3MWBA 5ISUA 4KFQA 1BP5A 1NKXA 2D21A 3U72A 2G93A 3OSQA 4F18A 3D4CA 5TP9A 3EHUA 3ECRA 3VFJA 3TEPA 4QRZA 4BDMA 4XTCQ 1SW1A 1FTOA 1A40A 5K2XA 3QUJA 3UK4A 2NXOA 5IAIA 5HM4B 4NWDA 4JDFA 4H8JA 1A99A 3DP4A 1B52A 3FIRA 3H6TA 1QKAA 4OQOA 4C1TA 1OLCA 2PVUA 1JVYA 3ONMA 4GLIA 3TTNA 3K4UA 3CSGA 1MXZA 5DT6A 5FHMA 3ILTB 3IB1A 5H8QA 3AXFA 1B40A 4OERA 1QUKA 1CE2A 5A5XB 2OZZA 5CMBA 5L9OA 1LSTA 1LLSA 1SI1A 3FJGA 2H5YA 4RPNA 1FW0A 1B0LA 4H8IA 5KDTB 1OQHA 3GBAA 3O28A 1EH3A 2OWSA 2O51A 3IOUA 2F8DA 2PT1A 1LAGE 3D4GA 4GIZA 1Q35A 4GFRA 3OELA 4E0WA 4ELOA 4NWCA 3PPNA 2H98A 2NOOA 4Q8RA 5CBSA 4Q0CA 3SEUA 4F3GA 4ELRA 1AOVA 3IB2A 5ITOA 2O6AA 4Z0IA 2Q9TA 1B3LA 4GXSB 3H4ZA 3FXUA 5I2KB 5KZTA 3TCFA 4ESWA 5F7VA 1MS7A 3MP1A 3KJTA 4OENA 3MUQA 1NNFA 1B6HA 4YB6A 3S9LC 1DMBA 3N94A 1MM6A 4YKPA 4OESA 2ZYMA 1MPDA 3FXQA 2QRYA 4TQUQ 4FIMA 3TDJA 5AA1A 4JWXA 4WEDA 2O7UA 4Q30B 3T9UA 2ZNTA 2ZNSA 1A7LA 4IO4A 4O3AA 1JEUA 3CI8A 3MZ9A 3RNNA 3C36A 3CR9A 1MH4A 4G68B 4Q5TA 3C32A 3PU5A 1DOTA 1MY3A 3MAMA 4ONYA 1LAFE 1GVCA 5ITPA 1OVBA 1MQHA 4LA9A 2F6PA 3IOWA 4GL0A 3MZBA 1D9VA 3N6TA 1B7HA 3TELA 1FQDA 4R72A 5HBCA 4LUBA 2XXHA 4YU0A 1IUDA 2BJJX 1B1XA 4THIA 4I1DA 4FATA 2XX7A 5CC2A 1PEBA 5CI5A 3BFTA 3S4UA 3Q28A 3RQTA 1D4NA 3EF7A 3SEWA 3RT6B 3IJOB 2DQVA 3Q25A 1B5IA 1XS5A 2VGQA 3M8UA 3QK6A 4NMYA 4RJZA 4I62A 2V3UA 4N07A 4OXVA 4XKNA 3TPAA 4K3FA 3K01A 4NEDA 5HPQA 4QSEA 3H6UA 2XXVA 4F39A 5DVJA 5KCJA 5M2VA 2RC9A 4YKJA 3T22A 1D3KA 3Q29A 3HCQA 4NF8A 1GTKA 4ZZAA 1TT1A 4WKMA 1Z7NE 1EZ9A 4QF9A 3E4RA 1JW1A 5H8FB 2OCUA 1R6ZA 3KEIA 1BIYA 1IEJA 1OMPA 4UACA 2RKMA 2AL4A 2DWAA 1EZPA 3H3GA 5JTYB 2I48A 3PUYE 3G7WA 5CMKA 3F11A 1B05A 3T9HB 1QJMA 2XX9A 2Z8EA 3HSTA 2HZKA 1MXXA 4FEBA 3QIMA 1QKBA 3FVNA 4WXJA 4ESXA 3T93B 4EUOA 5AE4A 5AA2A 4EQ9A 1LAHE 3MVYA 5TPAA 2F78A 3MQ9A 1HSJA 5H8QB 1RYXA 4KD5A 4N6PA 1M5BA 4YMBA 1Y3PA 3PMWA 1R9QA 2F97A 4ZEBA 3W9VA 3FUZA 2XXIA 2QS2A 4BDNA 1UIVA 1M5CA 1UTBA 5J1DA 3GBBA 2I3VA 3OENA 4U21A 4LP2B 4LONB 4RK9A 4KCCA 3JV9A 1H44A 3L6HA 1UTHA 1DPPA 5CMMA 4ZEKA 2HXWA 3IB0A 5FTHA 4XKQA 1B4ZA 1ZMGA 3U1OA 4C0RA 2DWHA 2I3WA 2RCAA 4ZEFA 4R6KA 4EDPA 3O6HA 4LVQA 1RKMA 1EZOA 1NH8A 4RPOA 4R9FA 2LAOA 3TTMA 3K6WA 1DTZA 1A54A 1AIVA 4GVOA 3MVZA 4GRKA 3BBRA 1LB8A 5EYFA 5JEIA 4DZ1A 2AYSA 1A8EA 1IIWA 3R6UA 5L9MA 2Z23A 3OOAA 1PB8A 2DVZA 1OIBA 1II5A 2YLNA 3LBSA 1S50A 2ABHA 5DVFA 3O97A 4O3CA 2XXRA 3VVDA 3T9VA 4KR5A 3K0VA 1R1NA 4HW8A 4F19A 1JQFA 4IY6A 4KYDA 4AQ4A 4ZDMA 1F9BA 5I2NA 5B7DA 1MPCA 4FE8A 1WDNA 4F1VA 5I56A 5I57A 1DPEA 2D3IA 2NVUB 4LZ7A 1HSLA 1IQ7A 3TKDA 3LSFB 1SW2A 1I69A 1TFDA 3ZS6A 3ZKLA 3PPRA 3TTKA 4X48A 4G77A 2Y84A 2Z8DA 3TCGA 4NF6A 2VP1A 3A09A 3EPEA 4OWDA 4R74A 2R71A 2B3FA 3T96B 2XXXA 4U4SA 1GGGA 4G8NA 3FZVA 3PUVE 5DTBA 1TWYA 2ZNUA 5AA3A 2PBWA 1TXFA 1ATGA 2ANJA 1XHYA 3W9WA 3CRBA 5H8SA 1SVXB 4GWOA 3TCHA 1FQAA 1O7TA 3B7DA 4PFYA 4O3BA 5IKBA 1Y3QA 1LBBA 4OTEA 2DP8A 3Q27A 3FASA 5I59A 2XXQA 2ONSA 1M5EA 5ELVA 1B58A 4MLVA 2F36A 2Z22A 3A3UA 3GXAA 1MPBA 4DXUA 4HCWA 4I9DA 1POY1 3OEMA 3TUSA 2GFEA 4TLLB 2YPNA 4MBPA 5I84A 2OLBA 4H65A 5CM6A 1QULA 1MDP1 1URGA 4JXIA 1LB9A 4AB6A 3I3VA 2HZLA 1MXUA 5H8HA 3S9NC 2QMXA 2ONKE 4QSCA 5AA2B 1UQWA 4OMBA 5TPAB 3C34A 2FA7A 3TTRA 3UN6A 3G3FA 3IAZA 4PETA 4NE4A 4OVJA 2DWIA 4NF4B 2QMWA 2AL5A 2FNCA 4NF5A 4U2RA 2H9BA 2HFBA 3QUFA 2HAVA 4OHNA 4ECFA 1MY0A 4R6YA 1AMFA 3G3HA 2M8CA 5ICTA 4JWOA 3V89B 1UTHB 3VLWA 3N6UA 1LCFA 3FD3A 3H6VA 4LZ8A 4OFLA 3G3IA 1P1OA 4EF2A 5AA2D 4LZ5A 4DXCA 1SDXA 4ELPA 1MQIA 4R75A 1IXIA 4KPTA 3T9XB 2HAUA 4POWA 1US5A 1B0HA 4GD5A 2VD3A 1S7YA 3VXCA 3KJ7A 3QSLA 1URSA 3R7XA 5AA4B 4PE5B 3O6IA 2Q88A 1YCJA 5DEXB 1XVYA 4DE8A 1P1UA 1VFDA 4F3PA 3E9XA 4IB2A 2Y7RA 3UIFA 4ZE9A 3S9MC 4XKRA 2REGA 3VVEA 1VR5A 4QFNA 3PPQA 1ZU0A 4EQ7A 5L9SA 1J1NA 3BKIB 2ZXTA 2XD2A 3HHFA 1BTJA 1SD3A 1B3EA 4NTLA 4H67A 1ANFA 2VD2A 1RYOA 2DWJA 1LBCA 4E0XA 4M1VA 1B3HA 5DYHA 3IK6B 2Z8FA 4H6DA 2X7PA 2XX8A 1B32A 3CVGA 1IZ1A 3G3GA 5EHSA 3W15C 1JW4A 3QAXA 2REJA 3VLUA 1SBPA 3K1NA 3KN3A 4XIGQ 3DP6A 4X1DA 2Y7KA 5I2NB 1FTMA 5H8NB 4IO3A 4F2QA 2GH9A 2Y7WA 4H1XA 3K02A 4JSDA 1L5TA 5I57B 1Y4TA 5EHMA 1SW4A 3TYHA 4U1OA 2ZYNA 2A5TB 1B5HA 1I6BA 1GV8A 2FYIA 4RK2A 1SW5A 5FTIA 1P99A 3H6WA 4PFTA 4LATA 4HCYA 3LC8A 1SI0A 3K2DA 4ISUA 1FQCA 4IO2A 1SQYA 2F7CA 3FVOA 3OEKA 1MXWA 1PB7A 4POXA 1JETA 5TP9B 4YAHX 2QS1A 5FHOA 1MY2A 4M4GA 1USYH 4XXUA 4ZE8A 2GRVA 4JB7A 3M3KA 1N04A 2XXUA 1MRPA 4GQOA 1CB6A 4KQPA 3I5OA 4QFLA 3MW0A 4PQJA 2XXPA 1LFGA 1ZBMA 5A5XA 3IX1A 4R73A 2UYFA 2NWJA 3LSWA 3VE1B 3L6GA 1MH3A 2PT2A 5KDTA 3QXMA 3SERA 2G29A 3HPIA 3K6XA 3K6UA 3UORA 3PMVA 4RNSA 3MVXA 2F7BA 1DSNA 1NFTA 3IL1B 3CFLA 2PX1A 3HHGA 4XKPA 2XXTA 4EXLA 3WAFA 4U1ZA 2O7IA 5H8HB 3FV2A 2DS9A 3H03A 2QS3A 3MZ1A 5I2KA 5JK4A 1O63A 4YB7A 4IGTA 3THIA 2P0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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