1URDA

X-ray structures of the maltose-maltodextrin binding protein of the thermoacidophilic bacterium alicyclobacillus acidocaldarius provide insight into acid stability of proteins
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
QTITVWSWQTGPELQDVKQIAAQWAKAHGDKVIVVDQSSNPKGFQFYATAARTGKGPDVVFGMPHDNNGVFAEEGLMAPVPSGVLNTGLYAPNTIDAIKVNGTMYSVPVSVQVAAIYYNKKLVPQPPQTWAEFVKDANAHGFMYDQANLYFDYAIIGGYGGYVFKDNNGTLDPNNIGLDTPGAVQAYTLMRDMVSKYHWMTPSTNGSIAKAEFLAGKIGMYVSGPWDTADIEKAKIDFGVTPWPTLPNGKHATPFLGVITAFVNKESKTQAADWSLVQALTSAQAQQMYFRDSQQIPALLSVQRSSAVQSSPTFKAFVEQLRYAVPMPNIPQMQAVWQAMSILQNIIAGKVSPEQGAKDFVQNIQKGIMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords MALTOSE-BINDING PROTEIN
publication title X-Ray Structures of the Maltose-Maltodextrin-Binding Protein of the Thermoacidophilic Bacterium Alicyclobacillus Acidocaldarius Provide Insight Into Acid Stability of Proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Maltose-binding protein
total genus 119
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1urdA01
2ZXTA 3SEVA 5A5XB 2H25A 1BP5A 4F3SA 3DP4A 4TQUQ 4PFUA 1ZU0A 4ND9A 4TLLB 3DM0A 5CMMA 3U92A 1H43A 2I6EA 1MM7A 4BDNA 4POWA 3K6VA 1POTA 4KYSA 2QS2A 4F18A 3TTLA 2VOZA 2F34A 1OQHA 4DLDA 2ZYMA 2F6PA 4KPTA 2M8CA 1AOVA 1IXIA 4XKQA 4KD5A 4IY5A 2DSFA 3B6QA 3ILTB 3M3KA 1A55A 1UTBB 1LFIA 5DVJA 1JW5A 1B3GA 3CSGA 3VVEA 2DWAA 4N07A 1UTHB 4N13A 1MXVA 4YMAA 2A5TA 4JDFA 1VFDA 1R6ZA 5L9SA 1WDNA 3O2AA 2O68A 1B5HA 4EXKA 2XX9A 3H4ZA 3FVOA 2O1MA 3MUQA 3H7MA 4GXAA 3QAXA 2XXTA 4GL0A 3OO6A 4X48A 5TPAB 1MH4A 3EHTA 3MVZA 1YTVA 4F1VA 4PFYA 1ZKBA 1JVXA 1MQIA 1SI0A 3KEIA 2OCUA 3IOWA 2XX7A 4F3PA 3W9WA 2DYXA 1TFAA 4R9FA 4NE4A 3G7WA 2ALUA 2YPNA 1B05A 2Y7PA 4ZEIA 4JWYA 1AH5A 1IXHA 3VDFA 3G3IA 1Y4TA 3G3HA 4OVJA 4PFTA 3KG2A 1IUDA 3ONMA 2QPQA 4EXLA 3VV5A 2AL5A 3SEYA 2P1SA 4DXCA 1H3DA 2Y7IA 3VFJA 2I4CA 5TP9A 3THIA 3OENA 3KZGA 4F39A 2AYSA 1HSJA 3ODBA 4X1DA 5CI5A 3N26A 4GWOA 4JBZA 2DE4A 5EYFA 4O3AA 3VXCA 3DP6A 1S50A 3I5OA 4IO3A 1MXWA 1DMBA 4NF4A 3PU5A 1B2HA 1OLCA 2NXOA 1VSOA 3GLBA 5I56A 3MJNA 3UORA 5AA3A 1JVYA 4U4XA 4JWOA 4QSDA 3O6IA 3S9MC 2XXYA 4FORA 3TZAA 3CVGA 4RK2A 4C1UA 1I6BA 4P11A 3OSQA 3UGWA 2R9JA 3W15C 1JW1A 3T22A 1NH7A 2DOJA 1M5BA 4EF2A 3G3GA 2DE2A 3O28A 4ZECA 3EHUA 4U1OA 4THIA 3LUYA 1DPPA 3C34A 3MZBA 3FATA 4NWCA 1A54A 3FVNA 2QS3A 5I59B 3TTNA 4ZEKA 2UVIA 3B6TA 1USYE 4MF3A 3TUSA 2Q2CA 1NKXA 1I6AA 4YZZA 1T0KA 1O63A 1IXGA 1B32A 1SD3A 4XKNA 3H6UA 3VXBA 1MH3A 1LAFE 4F2OA 4OZ9A 4G8NA 1NNFA 5DVFA 1RYXA 1NNPA 1DTGA 3CFLA 1M5CA 3P7IA 2DE3A 5HPQA 2D21A 2ZMBA 4GFRA 3H03A 2AL4A 3IR1A 2NVUB 1PBPA 4LZ5A 3U94A 1ZJLA 1SW5A 4F29A 1YPNA 5CMKA 1UQWA 4QRZA 1JEVA 4U21A 3RT6B 3FIRA 4RYAA 1B51A 1SYHA 4E0XA 1SYIA 3MP8A 2V3TA 1XVXA 5FHOA 1O64A 4ELOA 3T9XB 5I57A 2AIXA 3SDFA 4F22A 3DP8A 3O9PA 1Y20A 1D3KA 4R72A 4GXSB 3DLNA 2PT1A 3CFXA 2NWJA 5H8NA 1IITA 4YAHX 4Q8RA 2YJPA 1B46A 2XXQA 4NF5A 3A09A 3A3UA 2QSXA 3LSLA 5KCJA 1OVTA 1LGBC 4FAJA 2I49A 5CRYA 2OWTA 1P1UA 1P99A 3RGYA 2P2AA 3E4RA 3MW0A 4EQ7A 2KLFA 1OMPA 3K2DA 3T9VA 3K1PA 2F36A 3FD3A 2VD3A 4KYDA 4WXJA 1OQGA 1PB8A 1D9VA 4JSDA 1GR2A 1WODA 1LB8A 1MQDA 2PX1A 2A5TB 3QK6A 2RC9A 3QXMA 3SEUA 3O29A 4HS7A 5I2NA 3JZJA 2A5SA 3TAJA 5ICQA 4PQJA 3MVYA 3OELA 3RLFE 3TELA 2ONRA 1IIWA 4YU0A 4OESA 2I4BA 2E1SA 1Q1KA 4HCYA 4KQPA 4NMYA 3C31A 1NNTA 3U72A 3T66A 4ELRA 2PYYA 4HW8A 1R9QA 1MXUA 3KFMA 1A8EA 3M3LA 3UK4A 4R6HA 1US5A 5F7VA 4YKKA 3UN6A 4GRKA 1M5EA 2OJTA 3FVGA 1MY3A 3I6VA 4ZEFA 5H8SA 3IOVA 5K2XA 5TU0A 4BDOA 3BBRA 1FTJA 1MY0A 2WKYA 1N76A 2Y7WA 3OO8A 1LCFA 1XVYA 3FV2A 1SBPA 3ZKLA 5TP9B 1Y1ZA 1LB9A 2GH9A 4EQ9A 1B5IA 3H06B 3K0VA 5FTIA 2PT2A 3WAEA 4DE8A 1NMUA 3C32A 4TLMB 1IZ1A 1QW0A 5DEXA 2B3BA 1Y3PA 4NWDA 4NF4B 4M1VA 4FEBA 4OTEA 1URGA 4H67A 4X1BA 1GTKA 3IAZA 5I56B 4LQ5A 1FTMA 1GV8A 3PPPA 4NF6A 4MBPA 1MQHA 1XHYA 1P1QA 1FQEA 1A40A 4R73A 5AA2A 3OO7A 3PUXE 4QSEA 2DWJA 1ZTYA 1P1OA 1KWHA 5CMCA 2O7IA 2HXWA 4IO4A 1RYOA 2LAOA 3MP6A 2CZLA 4RK9A 3TEPA 3WAFA 4XXUA 4G77A 4ZEBA 1LAXA 3KSXA 2F97A 1FCKA 4OMBA 2PBWA 4MLQA 4Q5TA 2XXXA 2Y84A 1EZOA 3PMWA 4QFNA 1DTZA 3T9HB 5AA1A 4ZE8A 4L17A 1H44A 1BLFA 5F1QA 4Q0CA 4OXVA 3V5AA 3O6GA 4EQBA 2HFBA 3F11A 2Z8FA 3VLWA 2Z8DA 2F7AA 1PEBA 4YKPA 3IB1A 2Q88A 5H8QA 4IO2A 3K6WA 4O3BA 3MC2A 1MXYA 5LOMA 1B0HA 4NTLA 3AXFA 4OEVA 4NF8A 4XKPA 4F1YA 1MRPA 4H5GA 2QMXA 3K1MA 1OLAA 1ANFA 4GQOA 4LZ7A 3TCHA 1JQFA 2B3FA 2W7YA 1LAGE 3LSWA 3V8XB 1VFEA 3CR9A 1BIYA 1A99A 3KBRA 4ECFA 2I0BA 3R7XA 3TTMA 4ZEDA 1LLSA 3RPWA 2H98A 3IB0A 4OERA 4ZDMA 3BKIB 3TFLA 4P0GA 3W9VA 3IJXB 3OSRA 3LBSA 3K6UA 3FJ7A 2XX8A 1LSTA 2ONKE 5ITOA 5KDTA 5I57B 1OVBA 5M2VA 1Y9UA 4YB5A 4ZZAA 1QUIA 1B4HA 1B7ZA 3VVDA 2O1LA 5JTYA 4U1ZA 4AQ4A 4ISUA 2XXHA 1URDA 5AA4A 3MBPA 5H8NB 3KGCA 3FXUA 4G68C 1B40A 5J1DA 2V3QA 2H4IA 4G2ZA 4WEDA 4YMBA 2UVGA 2QS1A 3TMGA 1B3FA 4NF5B 1SW1A 3GZGA 5KCJB 3EPEA 5B7DA 1H45A 1ZIUA 4JB7A 3K00A 2DXRA 4DXBA 2RF1A 1B7UA 2XXIA 3HO7A 3PUZE 5EHMA 4R2FA 2OZZA 3FGSA 2DXYA 1ZBMA 3EQ1A 4RJZA 2OK2A 2ZNTA 2G29A 1FW0A 3Q26A 1BTJA 1FTOA 3PV0E 3IB2A 3MZ1A 4R75A 2I48A 3Q25A 5JEIA 2FNCA 4YICA 1BKAA 3OEMA 5I58A 1JW4A 5L8DA 4GVOA 1HSEA 2ONSA 4ELPA 3CIJA 2D5WA 2HCAA 5I2NB 3RT8A 2I3WA 2ZNSA 3VE1B 1WVJA 3TPAA 4MLVA 4H5FA 4Q30B 1D4NA 4I1DA 4R9GA 3U1OA 2F35A 2ANJA 4XIGQ 2HQ0A 1Z7NE 4WEPA 3SKPA 1EZ9A 1QUJA 3G3FA 3OD7A 4H6DA 1LFGA 3K4UA 3MVXA 3JV9A 4PP0A 1MDP1 2ZYKA 1DOTA 4H1XA 1MXXA 4BDQA 1UIVA 1FTKA 2REJA 4F3BA 3FXRA 4PE5B 3SERA 4KCCA 4F1UA 3QUJA 4I62A 3PPOA 1O7TA 1TWYA 3MZ9A 1CB6A 4RNSA 3RUMA 1EH3A 4IO7A 3QIMA 3CSBA 5CM6A 2GFEA 3USDA 4LZ8A 3PPQA 5H8FA 3KJTA 5EHSA 1LAHE 3GXAA 3N94A 5DEXB 1N7XA 4OETA 4FIMA 1MPCA 1URSA 3PGFA 1SW4A 4KFQA 1L5TA 4ONYA 5H8HA 4ZE9A 3U8QA 1ZLQA 4NF6B 4OEUA 1I6QA 1Y1MA 3PUWE 4POXA 5AA2B 3SESA 1MG1A 1VR5A 2Q9TA 2FYIA 4FJPA 2F78A 3S9NC 3PD8A 4EDPA 1SW2A 1JEUA 3HSTA 2NUVA 1N0TA 3MWBA 2DQVA 1EU8A 1Y3QA 2Z8EA 3R26A 4QFPA 4Z0IA 1B6HA 4LATA 1N7WA 5ISUA 1QULA 1XC1A 2UVJA 5KZTA 3HHFA 1ZMGA 1MPDA 1MY4A 3V83A 5H8QB 4PFWA 2QMWA 2DWIA 2VP1A 4F19A 4FEDA 1AL3A 2HZKA 3HPIA 4YKJA 5CMBA 1LBCA 4TOZA 4NF8B 2X7QA 4IGTA 4RY1A 3CI8A 4DXUA 5DVIA 5IKBA 3RQTA 3SEWA 1Y3NA 1QVSA 3PPNA 2DP8A 4ZZEA 3Q28A 3TQWA 3L6GA 4ESWA 4R2BA 4ESXA 2UVHA 2GHBA 4YB7A 2DWHA 3TODA 3TTRA 4KR5A 5DTBA 1XS5A 2HAUA 4N6PA 3UIFA 3TCGA 3K1NA 1EZPA 5I2KA 2NOOA 4FECA 3U93A 3TCFA 3RNNA 2V84A 1M5FA 1IQ7A 5CBSA 2R6GE 2UYEA 3E13X 3KSJA 2ZNUA 3CG3A 5KDTB 3DELB 1B9JA 3PMXA 3GBBA 4H65A 4KCDA 3RY3A 5JTYB 5AA4B 1NL5A 2IEEA 4M4GA 3KOTA 2I3VA 3D4CA 1II5A 2RC7A 1B52A 1MY1A 1P1NA 4KYEA 4GIZA 5HBCA 1B5JA 4LVQA 1QJMA 3BFTA 4FATA 1SQYA 1NH8A 3JYRA 3HCQA 4LONB 3FJMA 3HN0A 2V25A 1D9YA 3QYTA 3OMBA 4EUOA 3H6VA 3OO9A 2I0CA 4JSOA 1UIUA 1IEJA 3TYHA 5I58B 1B4ZA 3OOAA 4OHNA 5K2YA 3KN3A 3N5LA 3H3GA 1POY1 3R6UA 2O84X 3TKDA 4EF1A 3C33A 4LUBA 4QFLA 3LSFB 4UA8A 2HZLA 2XD2A 4OENA 2RINA 4QSCA 2UYFA 4QFKA 3PD9A 3RTWB 3S4UA 4XKRA 4OFOA 2RCAA 3FZVA 3RTFB 4BDLA 1B3LA 1YCJA 1JNFA 1N04A 3O66A 3OEKA 1XOCA 1PB9A 3TDJA 1R9LA 4MH5A 2XXWA 1VE4A 1CE2A 4GL8A 3S2VA 3MQ9A 2BJJX 2Y7RA 5HM4B 1TXFA 2H99A 3RN8A 3G3JA 3PUYE 2E0SA 1QKBA 4G4PA 3OXNA 4IO6A 3EHSA 1Q35A 1B58A 4DZ1A 3LR1A 1YAEA 1LFHA 4QFOA 5H8FB 2PMSA 1USYH 2O7UA 3PPRA 1MY2A 1N3XA 5DT6A 3E9XA 2P0SA 2QJEA 3FVKA 5H8HB 1FTLA 2YLNA 4G8MA 5FHNA 1FQDA 5FTHA 3ZSFA 2F7CA 1AIVA 1MQGA 4U22A 3QSLA 4P0IA 4JWXA 2FA7A 4G68A 3IORA 2GRVA 1MM6A 1J1NA 1B3EA 5A5XA 1N84A 2F5XA 3Q27A 4FE8A 3HHGA 4ELQA 1US4A 4O3CA 4YB6A 3N6TA 3H6WA 4RPOA 1TT1A 2HEUA 4F2QA 3ZKKA 3H6TA 3KOSA 3IOTA 5L9OA 3CG1A 1TFDA 1B7HA 3C36A 4KI0E 3K6XA 5I84A 2Q2AA 5BWJA 4AB5A 1R1NA 1GVCA 2Y7KA 4GOTA 4F31B 2PVUA 1ATGA 3MPLA 4YKIA 2X26A 1I69A 4GLIA 3M8UA 1S7YA 1DPEA 3IX1A 2F7BA 2H5YA 2H9BA 3FUZA 2RKMA 2ESNA 1B1XA 1NFTA 3VLVA 2F6GA 3MPKA 4Z7EA 3IOUA 2DS9A 2VD2A 1ELJA 4MFIA 3FV1A 1FQAA 1UTBA 4U4SA 3O97A 2X7PA 4OYVA 3N6UA 4E0WA 4OFJA 4H8JA 1PDAA 2QRYA 2V93A 4IB2A 1SI1A 1UTHA 3A3CA 3K02A 4I9DA 3PMVA 4HTGA 1PB7A 5CC2A 2G93A 5CBRA 2DVCA 5I2KB 5ITPA 2IA4A 3M3FA 3EF7A 3QUFA 5JK4A 1MDQA 4H8IA 3E3KA 3KN8A 3MVWA 5TPAA 2Q89A 3V89B 2CMOA 1B0LA 4IO5A 2R71A 4C0RA 4F3GA 1B3HA 4BLAA 2UXAA 5ELVA 1Y4CA 4DCYA 3ILUB 4KHZE 4LA9A 4U23A 4X9TA 2Q8JA 2QS4A 1M5DA 4JXIA 2XXVA 3HV1A 4RPNA 3MAMA 1MS7A 5AE4A 5BUUA 1SDXA 2B65A 3LSXA 3K01A 3ECRA 2XXPA 2DVZA 2HAVA 4QF9A 3I3VA 5ICTA 5IAIA 2QL3A 2ZYNA 3TTKA 3S9LC 2GHAA 3CRBA 4IY6A 2Z23A 3CFZA 4BDMA 3SETA 3UP9A 2O69A 3T96B 2VHAA 3ZS6A 3C9HA 4G8HA 4H0WA 3VLUA 3IO4A 1MXZA 4ZS9A 4DCXA 2F8DA 1S9TA 1QKAA 3TQLA 1AMFA 1SVXB 5L9MA 2Z22A 4LQ2A 3KN7A 3FJGA 2D3IA 4R6KA 1H76A 2XXUA 1B1HA 2RC8A 4QHQA 3UA8A 2V3UA 3FASA 4OWDA 3IJOB 4DDDA 4OQOA 3LC8A 4BDRA 3D4GA 2I58A 1FQBA 2RCBA 1QUKA 2ZYOA 3T9UA 2ABHA 1N3WA 1MQJA 2OLBA 2OWSA 5DYHA 3FXQA 2REGA 2O6AA 4U2RA 3BFUA 4R6YA 4XTCQ 1LCTA 4PETA 4C1TA 3IK6B 3G3KA 4OFLA 1XT8A 1HSLA 5FHMA 2OBGA 1FQCA 4DIGA 4RXLA 1RKMA 4LP2B 2XHDA 5I59A 3L6HA 4K3FA 3S9EA 1LBBA 1IXCA 2THIA 1OIBA 4HCWA 3B6WA 3VVFA 3C35A 1MPBA 1F9BA 4GD5A 4GF8A 2XD3A 3MP1A 1A7LA 1FQFA 1PBQA 3GBAA 3B7DA 1GGGA 2VGQA 2O51A 4RA1A 3EN3A 3IO6A 1NNKA 3O6HA 4UACA 3PUVE 3Q29A 3SEXA 4R74A 3KJ7A 4AB6A 4I8CA 5AA2D 1P1WA 5B70A 1JETA 4IGRA 1A8FA 1Z7ME 1PC3A 3T93B 1DSNA 4NEDA 4WKMA 4G68B 3IL1B 2XXRA 3C4MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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