1UTBB

Dntr from burkholderia sp. strain dnt
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
YALNTLQTALTTRDSFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLSEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPERFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title Development of a Bacterial Biosensor for Nitrotoluenes: The Crystal Structure of the Transcriptional Regulator Dntr
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp.
molecule tags Transcription regulation
total genus 61
structure length 227
sequence length 227
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
B PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbB02
3IO4A 3VLUA 3MPKA 5A5XB 4OHNA 2O7UA 4N13A 3CSBA 3PMWA 2GH9A 2I6EA 1B5IA 3U93A 2XXWA 2I4CA 4ZS9A 3OENA 2M8CA 4PFWA 1ZTYA 3PD8A 3O6IA 4F31B 1NNTA 4BDNA 1D3KA 2UYEA 1UIUA 2ALUA 1AMFA 1JEVA 3MUQA 4ZZEA 3MVXA 3FATA 4GL0A 5AA4B 4NEDA 1IIWA 1LFHA 2I49A 2HCAA 1IXCA 3N5LA 3MZBA 3TZAA 1MY2A 1JQFA 1JW5A 3VVFA 2I0BA 4JSOA 4X1DA 4XKPA 1US5A 2ZYNA 3LSLA 1N7XA 3VVEA 5I2KB 3ZKLA 2DE3A 3T9HB 1AIVA 1R1NA 4GOTA 2Z8FA 2O7IA 2P1SA 2QMXA 3U8QA 1I6QA 1QJMA 2XHDA 4OFOA 4MLQA 3T66A 2Q9TA 4IB2A 5FHNA 3LUYA 3ZSFA 3CRBA 1XS5A 3RQTA 2O1LA 4ZE9A 1B5JA 1PBPA 1J1NA 2ZNSA 1Y4CA 4KD5A 1MQDA 4XIGQ 4F19A 2V3TA 1MDP1 3H4ZA 1P1OA 1QULA 1AH5A 4GRKA 4O3BA 3QUJA 4F2OA 1XHYA 4PQJA 2CMOA 3TKDA 2VD2A 3FVKA 4IO5A 3K00A 4H8JA 1VR5A 2H4IA 2YPNA 1LB9A 4F3PA 1B3FA 1IITA 3FJMA 3S9NC 4XKNA 2G29A 1WVJA 1UTBA 4IO7A 3A3UA 4NF5A 2Z22A 5EYFA 3SKPA 5I59A 5F7VA 3O6HA 4FE8A 2DSFA 1O7TA 1NH8A 1AL3A 1DOTA 5FTHA 3E4RA 3RT8A 2RF1A 1URDA 3K1MA 3QAXA 1RYOA 3PPRA 3THIA 2NUVA 3PUYE 1OMPA 1GVCA 2QL3A 3U1OA 3HO7A 2OK2A 3FZVA 4GFRA 3D4GA 3DELB 3SETA 2PVUA 4DDDA 2DXRA 4R73A 3N6TA 4U22A 4TLLB 4P11A 3H3GA 4YKPA 2RCBA 3DP8A 1SW1A 3V83A 1NH7A 4O3CA 2XXQA 5KCJA 3OO7A 1NL5A 2UYFA 1LGBC 1HSEA 2R9JA 4I1DA 3PMVA 3JYRA 1R9QA 1B2HA 2Q88A 2R6GE 5BWJA 1IEJA 4YB6A 1JVYA 2FNCA 2I3WA 4O3AA 2D3IA 3O9PA 1TFAA 4F29A 2AYSA 1O64A 2XX7A 3PMXA 3KEIA 3WAEA 1MXUA 3SDFA 3UORA 4P0IA 1LAFE 1B3GA 1H44A 3BBRA 1MQGA 3FJGA 4XKRA 5JK4A 3IB0A 1MPCA 4F1VA 4EUOA 1H43A 3FV2A 4GF8A 5I59B 1UTHA 3LSXA 3FJ7A 4YU0A 1JNFA 1A40A 2I48A 3PUWE 2XX8A 4I62A 5CC2A 5CI5A 4JWXA 2Q89A 5DVIA 1OVTA 5DVJA 1M5BA 3IO6A 1ZMGA 1XVYA 2Z8DA 2ZXTA 4H0WA 1NNKA 4ND9A 4G8MA 2PYYA 1P1QA 4BDMA 4FJPA 3CR9A 3FASA 4LATA 3OO6A 4OEUA 1B46A 5I56B 2PX1A 4GD5A 2UVJA 3T22A 5CMKA 1LB8A 5KDTA 1DMBA 3V8XB 3FVNA 4WKMA 3Q29A 3MWBA 5AA2B 4PE5B 2QJEA 1SDXA 5ITOA 2H5YA 3KJTA 1FTLA 1FQDA 3G3KA 3MVWA 4IGRA 4GXAA 3FVGA 1SVXB 3UK4A 2XXHA 1UIVA 4HW8A 3RLFE 1MRPA 3C31A 2ESNA 3IR1A 3OELA 4ELOA 3O29A 2OLBA 4ZE8A 2QMWA 4JWOA 4NF8A 5L8DA 3N26A 2LAOA 3OOAA 1LCTA 3TFLA 2O6AA 3BKIB 2XXPA 3QUFA 3EHTA 3DP4A 2A5TB 2YJPA 4WEPA 2QS2A 2F34A 2Y84A 3PV0E 3S4UA 4H6DA 3SEVA 2NVUB 1FQCA 2Q8JA 1B3HA 3UP9A 5A5XA 2KLFA 2QRYA 3T9UA 1ZU0A 1P1UA 3T9VA 4U23A 1YPNA 3TPAA 3Q27A 2F7BA 1Q35A 1FCKA 1JEUA 2O69A 4LA9A 4RXLA 3EF7A 3VV5A 1BIYA 1PB7A 4POXA 1MG1A 2OWSA 4OVJA 4FAJA 4F2QA 4KCDA 4N07A 4MF3A 2ZNTA 3TTMA 2V3UA 5AA4A 1IXHA 2XXUA 5DYHA 3OO8A 4F3SA 2ZMBA 1HSJA 4UACA 3GZGA 1B7ZA 2HFBA 5EHMA 2UVHA 4RPNA 1B32A 2AIXA 2Y7PA 2QS4A 3T96B 3MBPA 4AQ4A 4ONYA 5I2KA 2V93A 1RYXA 4FATA 2PBWA 3H6WA 4ZEIA 5TPAB 4F22A 5FTIA 2XXRA 2RC8A 4OMBA 1N76A 4RPOA 4BDQA 1DPEA 3EHUA 5HM4B 1SD3A 4F1YA 5AA2D 1MXZA 3GBBA 3PUZE 1FTMA 3Q26A 2DE4A 1GV8A 1S50A 2HZKA 1B3LA 1BP5A 1CB6A 1ZBMA 1QVSA 3N6UA 4OFJA 1PBQA 1F9BA 4DXCA 3D4CA 3QK6A 4YZZA 3B6WA 2DP8A 2Q2AA 3VDFA 3KSJA 4XKQA 4U1ZA 1Y1MA 1MY4A 2REJA 5ICQA 1ZJLA 4G8NA 1VFEA 3IORA 4LONB 4OQOA 4R72A 1Y1ZA 3W15C 4G2ZA 3IK6B 3O28A 4DLDA 4JSDA 4Q0CA 3TYHA 1JW1A 3K6VA 4FORA 3OSRA 1A7LA 3PD9A 3HHGA 1IUDA 2F35A 1B7HA 2FYIA 3QIMA 3CIJA 3K01A 4U21A 4RJZA 2F7AA 2HZLA 1YTVA 3L6GA 4DCXA 1N84A 3BFTA 4ISUA 3VVDA 1MY3A 2XX9A 2F5XA 4NTLA 1MY0A 4NE4A 1ATGA 3LR1A 3S9MC 3B7DA 1LAXA 1NFTA 5EHSA 4LVQA 3MW0A 4GQOA 2X26A 5ISUA 3O66A 3EHSA 3PU5A 2NWJA 4YKKA 4LZ8A 3CFLA 3VXBA 1B7UA 3FIRA 5TU0A 4F1UA 3RPWA 3R26A 3UA8A 3ODBA 1GGGA 3C9HA 2GHBA 5K2YA 4R6YA 1URSA 1D9VA 4RNSA 4JBZA 5I2NB 5DTBA 4NWCA 3RGYA 3KOTA 1EZ9A 2Z23A 1FQAA 3B6QA 1QUKA 2A5SA 1N3WA 3IJXB 1SYIA 3KJ7A 1FQFA 3K1PA 4KQPA 4RK9A 5TP9B 5H8FB 3EPEA 2H25A 3GBAA 5JEIA 4GWOA 4ZECA 1B51A 3TTKA 3KGCA 1ZKBA 1XOCA 4ZEDA 3C32A 3HPIA 4YKJA 3H06B 3BFUA 2ZYKA 1FTKA 3O97A 4F18A 3RTWB 4JWYA 4G68C 3M3LA 2V25A 2NXOA 5M2VA 1LLSA 2AL5A 3W9VA 3E3KA 1ZLQA 5I58B 1B6HA 2PMSA 5IKBA 4ZEBA 3PUXE 4QSDA 1SW4A 2F78A 2H98A 4NWDA 3RN8A 5CBSA 2UVIA 3OO9A 5I56A 4G8HA 1WDNA 3CVGA 3AXFA 3H6TA 1DPPA 3TODA 3UIFA 3MQ9A 2FA7A 4MBPA 5AA2A 1S7YA 2XD3A 3S9EA 1LFIA 4U4SA 3SEXA 2ONSA 1FQBA 4BDOA 5CMBA 1MH4A 4E0XA 4DXBA 1SYHA 4EQ7A 3K6XA 2QS3A 1FW0A 1WODA 3SEWA 4PFUA 3IB2A 1XVXA 1A99A 5H8HB 1H45A 2VOZA 2THIA 2DYXA 4BDRA 2O1MA 2V84A 2P0SA 5LOMA 1TT1A 4H1XA 3RTFB 4QSCA 3JZJA 3CI8A 1Y3NA 4FIMA 3IOWA 5ITPA 2UVGA 2A5TA 3FXUA 3KOSA 1FTJA 3QYTA 4OETA 1A8FA 4JXIA 4GIZA 5JTYB 4H5GA 1I6BA 2XXXA 1T0KA 4EQ9A 4LP2B 3H03A 2Y7KA 1LAGE 2DWJA 4EXLA 4GXSB 3RT6B 4JDFA 1I6AA 1BLFA 2UXAA 4QRZA 4TOZA 4EF2A 1B0HA 3Q25A 1QW0A 1A54A 2O68A 3KN8A 3T9XB 3OD7A 4R6KA 4OXVA 4EQBA 3U92A 1MPDA 1URGA 1PB9A 1IXIA 1YAEA 5H8NB 3U94A 3A3CA 5DT6A 4IY6A 1TWYA 4KR5A 1EU8A 3C34A 4MFIA 3CG3A 2GFEA 2ONKE 2H9BA 4DZ1A 2Z8EA 2F97A 3C4MA 1OLAA 2XXVA 1B9JA 1TFDA 4PFYA 3KN7A 4OERA 1MQIA 3TUSA 1MQJA 1OQGA 4QFPA 2ZNUA 5H8SA 3FXQA 4KHZE 4QSEA 2Y7RA 5TPAA 1KWHA 3K0VA 3TCHA 3G3JA 3M8UA 1NNPA 2ZYOA 4GLIA 2F8DA 3IL1B 5B70A 4RY1A 3CFZA 4AB5A 3VXCA 3IOUA 2GRVA 3KBRA 4I8CA 5H8QB 1LAHE 3C33A 1M5DA 2QPQA 5L9OA 4BDLA 2F36A 2H99A 1DTGA 4YB5A 3ONMA 5I57A 4QHQA 1N3XA 3HHFA 2OBGA 1O63A 4KYEA 1ELJA 4QFNA 3V5AA 3H6VA 3MPLA 3OEKA 3ZS6A 4NF4A 4R6HA 4YKIA 3HV1A 1PDAA 3P7IA 3I5OA 4E0WA 2Q2CA 4C1UA 2G93A 4XTCQ 1MXVA 3LSFB 4U4XA 3K4UA 1Y3PA 3HCQA 5DVFA 3TELA 2DS9A 1OQHA 3PPQA 2I58A 1MPBA 3MAMA 1HSLA 1OVBA 3KZGA 1SQYA 2HEUA 4RYAA 5I84A 4ESWA 3K6WA 1LSTA 2OZZA 4DXUA 1XT8A 3FD3A 4RA1A 2XXIA 1OIBA 4X1BA 5CMMA 1VSOA 1LBBA 1UQWA 2HXWA 3TMGA 4G68B 3IB1A 4EDPA 5FHMA 1IQ7A 5L9MA 3MP6A 3TCFA 1ZIUA 4ZEFA 1GR2A 1Y3QA 4G77A 3G3GA 4YB7A 4LUBA 5DEXA 3TTLA 1MXWA 2R71A 3TDJA 4ELRA 3FUZA 2RINA 4ELQA 4M1VA 1MM7A 3DM0A 5I57B 4DCYA 2XXYA 1NNFA 1B4HA 1MXXA 1NMUA 4L17A 1Z7NE 3MZ9A 2B3BA 3QSLA 2DVCA 1N0TA 4HTGA 4NF4B 5I2NA 2DVZA 2PT1A 4EF1A 3PPPA 1MM6A 3VLVA 4WEDA 2F6PA 2B65A 1FQEA 2V3QA 3ILTB 4ECFA 5TP9A 3LC8A 5H8FA 2OWTA 1DTZA 1IZ1A 3CG1A 5F1QA 3T93B 3R6UA 4YMAA 5FHOA 1AOVA 1BTJA 4ELPA 3SESA 1S9TA 4Q8RA 2VGQA 1GTKA 3ZKKA 3VE1B 4KFQA 5AA3A 1D9YA 2CZLA 1EH3A 5I58A 2DE2A 3TQWA 2I3VA 3IJOB 2PT2A 2AL4A 4QF9A 1B1HA 4OENA 1L5TA 2ABHA 1USYE 4C0RA 4PP0A 2D21A 5DEXB 4KCCA 5HPQA 3VFJA 4NF6B 1EZOA 3PPOA 1N7WA 4YAHX 3FGSA 1B3EA 5CBRA 4N6PA 3MVZA 4R75A 4IO6A 4H65A 1MDQA 4IO4A 2XD2A 4OEVA 2DWAA 4X9TA 1D4NA 2IA4A 3MVYA 1M5CA 4LZ7A 4IY5A 3C36A 1R6ZA 3PUVE 3K02A 3VLWA 3TAJA 5L9SA 3RNNA 3KSXA 1DSNA 3TTNA 2XXTA 3MC2A 2O84X 4BLAA 1XC1A 2DQVA 4GVOA 5H8HA 4IO2A 5ICTA 5ELVA 3N94A 4JB7A 2X7PA 1US4A 1FTOA 2IEEA 4QFOA 2X7QA 3TEPA 5BUUA 1ANFA 1JVXA 3C35A 1MH3A 4OESA 4POWA 1H76A 2RCAA 2VP1A 4HCWA 3DP6A 5CMCA 1JETA 4OFLA 3E9XA 2E1SA 5JTYA 1NKXA 2HAVA 2QS1A 1POTA 1Z7ME 3O2AA 1QUIA 2Y7IA 2RC9A 3M3FA 5AE4A 3CSGA 2RC7A 3HN0A 1SBPA 3O6GA 2HAUA 3I6VA 1A8EA 4U2RA 2VD3A 4RK2A 3TCGA 4HCYA 3RUMA 3DLNA 4DIGA 3S9LC 1B40A 1Q1KA 5J1DA 1VFDA 3KFMA 3G3IA 3TTRA 3K1NA 1OLCA 1MQHA 1RKMA 3L6HA 1B1XA 3EN3A 5IAIA 1LBCA 3IOVA 1SI0A 5H8NA 2W7YA 3M3KA 1N04A 4ESXA 4OWDA 4QFLA 3PPNA 4F3BA 1MS7A 3MP1A 5KZTA 1MY1A 3W9WA 3LBSA 2OJTA 2F7CA 3IX1A 4XXUA 4LQ5A 1UTBB 2DWIA 3S2VA 3Q28A 4NF5B 4R74A 1PEBA 4R9GA 4IO3A 4R9FA 3IAZA 5H8QA 3A09A 5CM6A 3G3FA 3FV1A 3FXRA 1TXFA 4GL8A 3HSTA 3OXNA 1A55A 4U1OA 2DOJA 2I4BA 5K2XA 4H8IA 1II5A 3K2DA 5AA1A 5CRYA 3LSWA 4FEDA 1Y4TA 3WAFA 2O51A 3H7MA 2GHAA 1SI1A 4AB6A 4KYDA 4I9DA 5KCJB 4H5FA 4C1TA 1B05A 4G4PA 4KPTA 4EXKA 3OMBA 2QSXA 2F6GA 2P2AA 4KI0E 4FECA 1LCFA 2B3FA 1P1NA 3MJNA 4QFKA 2HQ0A 1MXYA 1YCJA 4PETA 3KN3A 3K6UA 4LZ5A 3U72A 1B58A 1Y9UA 3RY3A 1POY1 1I69A 4MH5A 1PC3A 3R7XA 2ONRA 3G3HA 4H67A 3MP8A 1QKAA 3EQ1A 3FVOA 1SW5A 1M5EA 3H6UA 3MZ1A 1LFGA 4NMYA 2YLNA 4HS7A 4TLMB 2BJJX 4F39A 4G68A 4MLVA 1EZPA 1UTHB 3UN6A 1P99A 3G7WA 3B6TA 1VE4A 3E13X 1QUJA 4OTEA 2NOOA 1B4ZA 3PGFA 5B7DA 1QKBA 4X48A 2D5WA 3I3VA 3OEMA 2OCUA 4ZZAA 1R9LA 4Q30B 2ZYMA 4KYSA 4Z7EA 1M5FA 2DWHA 2Y7WA 4DE8A 4P0GA 1P1WA 2I0CA 3GXAA 4Z0IA 3TQLA 1JW4A 3SERA 4OZ9A 5KDTB 4F3GA 4PFTA 4R2FA 4ZDMA 3ECRA 3UGWA 4TQUQ 3IOTA 4YICA 3CFXA 3KG2A 3SEYA 1B52A 4LQ2A 4FEBA 3ILUB 1BKAA 4R2BA 1B5HA 4Q5TA 3USDA 3QXMA 1SW2A 2RKMA 4M4GA 4OYVA 5HBCA 1CE2A 4NF8B 3JV9A 3V89B 2REGA 2WKYA 4K3FA 1USYH 3SEUA 4IGTA 2E0SA 1B0LA 1H3DA 3GLBA 3OSQA 3F11A 4NF6A 2ANJA 4ZEKA 2VHAA 4YMBA 4THIA 1PB8A 4WXJA 2DXYA 1Y20A 4UA8A 1IXGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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