1V0MA

Xylanase xyn10a from streptomyces lividans in complex with xylobio-deoxynojirimycin at ph 7.5
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces lividans
publication title Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
total genus 131
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v0mA00
1KXHA 1OT2A 3PZVA 1RD6A 4UFJA 2WM0A 3VOCA 4OKDA 1V3JA 1FP9A 2J79A 3WDIA 5A6JA 1MWOA 3VDCA 1QNOA 4AZHA 1PPIA 4H41A 2YL8A 1IZKA 2C0HA 4PTVA 2FH6A 1TVNA 3EDJA 4QCEA 3WUEA 4ZENA 4HU8A 1CYGA 1QI5A 1W9VA 3IAPA 1NOFA 4W7WA 2FHBA 4GQRA 3OG2A 1KXVA 1GQLA 1OGSA 4X0NA 1H11A 3CUJA 2BY0A 1LF1A 4NSBA 4E2OA 1PAMA 1UD6A 2ZICA 3U7BA 2WMKA 1LL6A 2EEXA 3PZNA 1E5NA 4TOQA 3A47A 2CEQA 4OBSA 1V02E 3W0KA 1EDTA 1V6VA 4BF7A 5E0FA 5A8PA 2WSPA 3WQ5A 1VJZA 1KCLA 3WF0A 4OUEA 3WMCA 2DSVA 4XV0A 1V0LA 4CCEA 4UOQA 4TVCA 2VRKA 4AZCB 2RGMA 3WQ6A 4M24A 3SCNA 2W4XA 1XH1A 4RE3A 1CPUA 1E0WA 5AYBA 1GONA 1HL8A 3L2LA 3EDKA 4JKLA 3AIEA 3AZRA 3PZOA 2ZUTA 5BCAA 3CZJA 5DT5A 5A94A 2WMIA 1M04A 2OWWA 5M17A 1CLVA 3HMCA 2CCRA 3WDJA 1US2A 2F8QA 3VNZA 3RCNA 3VGFA 1CGYA 2JF6A 2WK2A 1C92A 1JDDA 2VTFA 4MDOA 5E6ZA 1NOWA 1BLIA 1BYCA 3II1A 5JIWA 1V3KA 4MJ2A 2JF7A 2VUYA 4ZXLA 2PWFA 1VFMA 2VURA 3BAXA 1G1YA 3VU2A 4F66A 2WWCA 2DT1A 2YA0A 3MKKA 3N18A 1OSEA 3ARTA 2GK1A 2VO5A 3LPFA 2CKRA 3CPUA 3BAYA 3CUIA 2F61A 1EH9A 4AYSA 4CU7A 4HMDA 2IUZA 3FAXA 1E71M 2EPMX 4UZSA 3UESA 1XH2A 3L4ZA 3THDA 2WHKA 1E6RA 3ARYA 4WSJA 2XWDA 1KQZA 3KZSA 4LX4A 1OIFA 4QLJA 3CUFA 2OYLA 4XZBA 1E3ZA 5IHSA 1QI2A 1CZ1A 1G01A 1UR0A 1OIMA 4ZEPA 3WEZA 3K4DA 5D8WA 3L4VA 3T0AA 1KR1A 1OM0A 3WKZA 4PBGA 3M6DA 3T0BA 4YHEA 1CDGA 3AZTA 4RE4A 2VZTA 1JG9A 2J7BA 3PZMA 5AY7A 3WH5A 1XSJA 3VD9A 4FF5A 4UQBA 4J3UA 2J7CA 3FXYA 3QHMA 4UOZA 4AISA 3T08A 1VIWA 1ISWA 1S46A 4U2YA 1H0GA 3EDDA 5A1AA 2D3LA 2UY3A 1DWJM 1HJWA 3VPLA 2WPGA 2BV9A 1XD0A 1Q6DA 1MQPA 3PTKA 3WSUA 4Z2IA 4B3LA 4QFUA 1H49A 2VX5A 3GBDA 2EBNA 4WKFA 3WH9A 3CLWA 4OBRA 1JL8A 2ZX9A 3MMUA 1B2YA 2CBJA 1ZJAA 3MMDA 3VIPA 1KXQA 3AFBA 4D6IA 1UHVA 4NI3A 4LGXA 4M81A 1W3KA 4AD3A 2PC8A 1NOUA 1UKQA 2WMIB 4J3XA 2DT0A 3OLIA 3SCRA 3BXWA 3A4XA 5JBDA 2V3FA 1JYXA 4TVUA 1W2VA 1U33A 3BMWA 3T0DA 5CG0A 2J78A 4JHOA 1GOOA 2PB1A 1E5JA 1GW1A 3KL5A 1HJXA 2CPUA 4A3HA 4OOZA 1Q6GA 4V28A 3D5HA 1G5AA 1TUXA 3AMLA 4HMEA 3B9DA 3T09A 2GJPA 5KZ6A 4Z2HA 5A8NA 2QV4A 3MSDA 2YA2A 3AS1A 4AXNA 2VT0A 3T2PA 2X1IA 2A3BA 1UOKA 3WNPA 1ZBWA 2D23A 1J11A 3VINA 4B9YA 4WK9A 4KGJA 5ABHA 4DWSD 4PCSA 4TXEA 3O2LA 1X1NA 1ZB5A 2OWXA 5I5RA 1W91A 3K8KA 1HN1A 1MQQA 2O9TA 2ZUMA 1LJYA 1B0IA 3TTOA 2XFRA 2E9MA 3ARPA 4QCFA 6TAAA 2YDSA 1XCWA 1M7XA 2VX6A 4M56A 4LPCA 4HZ6A 5CGTA 4A3YA 3ZJ6A 3OLEA 1BVZA 2FDMA 4U3AA 1EQPA 2GJRA 1JF5A 2DIEA 1QVBA 1XH0A 1EXPA 1VEPA 2G3JA 2XSBA 4JFSA 4UNIA 6CGTA 4Z2LA 4J7RA 2D0FA 3RIKA 1OT1A 3HN3A 2XWEA 4CD7A 5A2CA 3N9KA 2GJXB 2XJ7A 3WEOA 1J0YA 2ZXBA 4DWSC 2XVNA 4UQ9A 3U57A 2QLYA 4AC1X 3L4WA 3PTQA 4YPJA 1ISXA 3ALFA 3W26A 4IUGA 1YQ2A 3KL0A 1KFWA 3VMOA 4GZIA 4DUWA 1LG1A 2IXUA 3AI0A 4HA1A 1WO2A 2DIJA 1HJVA 3AXHA 1NWTA 2VL4A 4HA3A 4AD1A 3SCQA 4FLRA 1WZMA 4UZUA 4W84A 3CHFA 3VIKA 3UG5A 2JFEX 2AMGA 2X2YA 2JIWA 2WVVA 2D20A 3NSMA 4PMRA 2W5FA 4CD5A 5CZKA 1NWRA 2WANA 5I24A 3L2MA 1HJSA 1UKSA 3IJ7A 1U2YA 5TD4A 5E0CA 5A6MA 3AS3A 2BFGA 3ZJ7A 5LA0A 3VDBA 4OOUA 3ARXA 2CKSA 3OZOA 1V6YA 2VQTA 1V6XA 4PTWA 2DQXA 3OIHA 2O9OA 3AIQA 1BF2A 4GINA 2YOCA 2Y2WA 3SUWA 1B30A 1E6XM 1ISVA 3NDYA 5A3HA 1Q6FA 1CXFA 4N0RA 1CGTA 5A6BD 1JYNA 2E9LA 1ZJBA 4UFHA 3OLGA 5JBFA 1KXTA 1UKTA 1WDSA 4D1JA 3WFZA 1E4LA 2YIHA 4J3TA 1CXLA 4W8AA 7TAAA 2D1ZA 1UYQA 4KH2A 3ZQ9A 1PX8A 1E6NA 3GTNA 2J8GA 3SURA 3WDRA 2A3AA 4PMNA 1SFSA 1PJ9A 1V3LA 4RE2A 4X9YA 4F9JA 1KB3A 1W9XA 4NF7A 4H8UA 2BXZA 3AYSA 5JBEA 4J3SA 5BXSA 1GVIA 4AZCA 3ZSTA 3DYOA 1QBAA 3OB8A 5I77A 1J0HA 1O6IA 4AZGA 2EPNA 4AZ5A 3PN8A 3ZR5A 3EDFA 3ARZA 5I2UA 3B9EA 2D0GA 1QI0A 1M01A 4DM2A 2ZXAA 4ZFMA 4AMCA 4U2ZA 4JL2A 2ZX7A 4BQ5A 4QLLA 3ARQA 3MO4A 4CU6A 1WAWA 1AQHA 1HF6A 2FH8A 4LQ1A 3ZIZA 3NCOA 3J7HA 5BXRA 1E1FA 2W67A 2BHZA 1Q6CA 1H09A 3HU7A 5LA1A 2XUCA 3AHZA 3W53A 4PSRA 1HKIA 2WBGA 3WH6A 3CZLA 4CVWA 4AZBA 5A6AA 4EK7A 2VR5A 1RH9A 2W62A 2VC9A 4BQ3A 2A3HA 1JXKA 4BQ2A 2B31A 1UZ4A 1FFRA 1UUQA 1XSKA 4E8DA 2G4FA 4BQ4A 4BZYA 1JZ7A 3TONA 2J7HA 1TR1A 2VOTA 1H3GA 1J0IA 3T2OA 4Q22A 4P8UA 1FA2A 2DSKA 2DEPA 1B3VA 5DT7A 5FD0A 2J62A 1CGWA 2Y5EA 1GORA 4KRUA 1FFQA 3CUHA 3L4TA 2WLZA 1E55A 4PTXA 2C8NA 2VCCA 3TP4A 5I3DA 2UY2A 1UD2A 5HXMA 2WYSA 3RJXA 3OLDA 4GZEA 2D3NA 4WKAA 3RJYA 1UQYA 1W9BM 3GZAA 1BG4A 3I3BA 3KWXA 4OJYA 1NQ6A 1QW9A 1QBBA 1WE5A 3SCSA 1QNPA 4F9DA 2WMHA 1QW8A 3CHDA 1WZLA 1LL4A 2HISA 1FOBA 2WSKA 3TTQA 5BRPA 2J25A 2Q8XA 1Q6EA 4M80A 2E40A 2W63A 1K9TA 2UWFA 4IPLA 4QP0A 2GSJA 1VAHA 1FH8A 4P7OA 3AMKA 1VBUA 1EO7A 2XGBA 2YBUA 4ATDA 3DECA 4XZWA 3LPOA 2CXGA 2XM1A 4DWSB 3VIFA 2WVTA 4JZ5A 4PRWA 3O6AA 3ZJ8A 3RO8A 3WL1A 4PUEA 3E1F1 1XD1A 1GQIA 3CHEA 3OA5A 3MUY1 3U5UA 2ZUWA 5GQBA 8A3HA 3OZPA 1HL9A 4J3VA 2BVDA 3VIIA 3WELA 3VDHA 1E40A 1UR9A 2XHYA 3AS0A 4P7NA 1J0ZA 3BC9A 3FW6A 3K8MA 3WDQA 2O9PA 3MANA 3TA9A 1W9UA 2YDRA 2O92A 4K68A 1XRVA 5EBAA 3WDPP 3RM9A 1ZBCA 4KRTA 4J3WA 2BVTA 1LG2A 1Q4NX 3WF4A 3F5LA 3VDAA 1C3FA 4MB4A 3UG3A 2DSUA 1E6SM 4RL3A 2Y8VA 1IZJA 2YDQA 2DPEA 2J4GA 1QI4A 1OWQA 3ECQA 4D72A 2YJQA 1GNXA 3VIJA 3UETA 4KMQA 1VF8A 5BWFA 2G3MA 1PBGA 1GHRA 1EOKA 1NARA 3CHCA 2CIPA 5CJ5A 1J12A 3SUUA 2XPKA 1QNRA 5JIPA 1DTUA 3AISA 2GUYA 5CPTA 1X6LA 5CGMA 1BQCA 5FIPA 1B3XA 2D24A 1UH3A 3AYRA 1KGXA 2DDXA 4CD6A 4W85A 4TUFA 1E9LA 2WVUA 2CYGA 1XGZA 4MAVA 4PMOA 5M3WA 1H1NA 3WUBA 1GOMA 2DGAA 4S3JA 1DWGM 4GO8A 1JZ2A 1UWQA 4CCCA 1MW0A 3GH5A 2X8RA 5E6YA 1RPKA 2WZIA 5IDIA 1JZ4A 5D9NA 1E4NA 3WQVA 3W37A 1ITCA 1O7AA 4MADA 2EXOA 1LLOA 3SCVA 1A47A 3DYMA 5LA2A 2E8YA 3WMSA 2PWHA 1B1YA 3W24A 2XIIA 3WF1A 5I6SA 4AIOA 2G3IA 1D7FA 3GXDA 2WMFA 1AQ0A 4MNKA 1I1WA 1W9DM 2Y8KA 2GJXA 2ZUSA 1UKPA 1GUVA 4JFVA 4URIA 2YLLA 4FK9A 3SCWA 3W81A 5CQ1A 1IV8A 2OSWA 1E56A 3CGTA 1CEOA 2VRQA 1UD4A 4AIUA 2O9RA 3OBAA 4UR9A 3BGAA 3UERA 3GNOA 3VNYA 4B9ZA 3W6MA 1EA9C 4MNLA 1C91A 3K8LA 5IHRA 2J74A 2GVYA 3T2QA 2A3EA 1KQYA 1VEMA 2V3DA 3PTMA 1HJQA 3WF2A 1K9EA 1OGGA 1VENA 3VGEA 3APGA 1WDPA 5AC4A 3W38A 5A95A 4AD4A 4HPHA 4D6FA 2FGZA 4AWEA 5CXPA 1GCYA 3BAJA 1D2KA 2CNCA 1GQKA 2PWDA 2X05A 1V6UA 1C8QA 5IFTA 1QPKA 2D2OA 4D6JA 2WMGA 1UA7A 1QI3A 4LYPA 7CGTA 1MFVA 1MW2A 1CTNA 3POHA 4MB1A 4AZ6A 5DMYA 3CMJA 2VZUA 3WDHA 3B9AA 1B3YA 5IFPA 1D3CA 1RP8A 4CKQA 3WH7A 4QLKA 2JE8A 3MSGA 4X0VA 2F2HA 3SIMA 5M03A 3M46A 4ML4A 1NP2A 3SUVA 1EO5A 2G41A 1V3HA 2GDVA 3WH8A 1G9HA 1IT0A 4S3KA 1L8NA 3D3AA 3FY1A 2XTKA 2HVMA 1H0IA 3W27A 4D1IA 5CLTA 3CBWA 4HOZA 4BCEA 1MW3A 3WQ4A 5A2BA 2XGIA 3RMEA 1NP0A 2PI6A 3A4AA 2BHUA 1FH7A 3VD7A 2FGLA 5C8BB 1HIZA 2ZUNA 1VJSA 3EBVA 3AXXA 2WVSA 3IAQA 2WMJA 1W1YA 1ZBKA 2YLAA 4FMVA 3WY1A 3PHAA 5CLWA 3WD1A 2YL6A 1J9YA 1GVYA 2VZSA 1AMYA 1BYBA 1XC6A 2Y24A 3A6OA 4JHZA 5IXEA 3WD4A 2WW5A 4Q7NA 3CIVA 4V27A 3WBAA 2QF8A 1JZ3A 5EMYA 2ZX5A 2NW0A 5A69A 3OGSA 5M5DA 4PSPA 2XSAA 1E3XA 1HJUA 1NWSA 4FLOA 1J18A 3VUPA 3VGHA 3IJ8A 1BVNP 1QNQA 1MW1A 2ZXQA 3ARSA 2DT3A 3I3EA 3N1AA 3IK2A 3BCFA 1W2PA 1KGUA 2EPOA 4W7UA 3AMGA 5DO8A 1MQRA 5CSUA 1GOWA 3ZT7A 1QHOA 5BXPA 1KBBA 1UD8A 4P8XA 1K9DA 1C8XA 2XFYA 1WZAA 1MVYA 5DEZA 1E72M 1UWRA 3RDKA 4BA0A 1PX3A 4N42A 3BLPX 5AC5A 4GPNA 4AY1A 2WBKA 2YBTA 4AD5A 2X0YA 1YHTA 3KE0A 3DC0A 4PMVA 3W4RA 3ALGA 3ARVA 4Z2GA 3WBEA 4AEFA 3AMDA 4HOXA 3ARWA 1FH9A 3AQUA 1OD0A 1GHSA 3G6LA 4J28A 2TAAA 1CECA 1FHLA 1CLXA 3VM5A 4CUCA 1JAEA 4IM4A 3S6TA 3WL0A 3WD3A 1EGZA 3VGGA 1J10A 5F7UA 1CXIA 3GNPA 3WUGA 5A8QA 3SCUA 2CETA 4R27A 3PZ9A 1JNEA 1SYTA 1W1TA 4ZE5A 2VX4A 2YL5A 1CXEA 1UWTA 5BRQA 5CSYA 2NT1A 2VVSA 3O9NA 1WDRA 2C7FA 4M29A 1VRXA 4Z2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KXH A;  1OT2 A;  3PZV A;  1RD6 A;  4UFJ A;  2WM0 A;  3VOC A;  4OKD A;  1V3J A;  1FP9 A;  2J79 A;  3WDI A;  5A6J A;  1MWO A;  3VDC A;  1QNO A;  4AZH A;  1PPI A;  4H41 A;  2YL8 A;  1IZK A;  2C0H A;  4PTV A;  2FH6 A;  1TVN A;  3EDJ A;  4QCE A;  3WUE A;  4ZEN A;  4HU8 A;  1CYG A;  1QI5 A;  1W9V A;  3IAP A;  1NOF A;  4W7W A;  2FHB A;  4GQR A;  3OG2 A;  1KXV A;  1GQL A;  1OGS A;  4X0N A;  1H11 A;  3CUJ A;  2BY0 A;  1LF1 A;  4NSB A;  4E2O A;  1PAM A;  1UD6 A;  2ZIC A;  3U7B A;  2WMK A;  1LL6 A;  2EEX A;  3PZN A;  1E5N A;  4TOQ A;  3A47 A;  2CEQ A;  4OBS A;  1V02 E;  3W0K A;  1EDT A;  1V6V A;  4BF7 A;  5E0F A;  5A8P A;  2WSP A;  3WQ5 A;  1VJZ A;  1KCL A;  3WF0 A;  4OUE A;  3WMC A;  2DSV A;  4XV0 A;  1V0L A;  4CCE A;  4UOQ A;  4TVC A;  2VRK A;  4AZC B;  2RGM A;  3WQ6 A;  4M24 A;  3SCN A;  2W4X A;  1XH1 A;  4RE3 A;  1CPU A;  1E0W A;  5AYB A;  1GON A;  1HL8 A;  3L2L A;  3EDK A;  4JKL A;  3AIE A;  3AZR A;  3PZO A;  2ZUT A;  5BCA A;  3CZJ A;  5DT5 A;  5A94 A;  2WMI A;  1M04 A;  2OWW A;  5M17 A;  1CLV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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