1VDSA

The crystal structure of the tetragonal form of hen egg white lysozyme at 1.6 angstroms resolution in space
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The crystal structure of the tetragonal form of hen egg white lysozyme at 1.6 angstroms resolution in space
rcsb
total genus 42
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vdsA00
3P4ZA 1LMAA 1DPWA 4HSFA 3EXDA 5EBHA 2G4NA 1OUCA 3WVXA 1OUGA 1GFTA 2LZTA 1NKHA 1LZNA 1VDTA 2Q0MX 4FDYA 4WLTA 4YOPA 1MLCE 1NDMC 3A92A 3G3AB 4H91A 1QTKA 4LT3A 3TXBA 1LZTA 1SQ2L 1GFUA 1IWYA 1GB0A 1D6QA 2YDGA 4N8ZA 3IJVA 3A91A 2HEEA 3CT5A 1DZBX 4NSHA 1LZAA 4ET8A 4NGVA 5LVGA 1W08A 3M3UA 3WVYA 4ZEEA 207LA 2A7FA 1B7NA 4PJ2C 1HELA 2EKSC 4HTKA 4P2EA 1LHIA 3CSZA 4EOFA 1G7JC 1B5ZA 3CT0A 1H6MA 1GFKA 1JPOA 5FEKA 2HUBA 5JENB 1KXYA 1TDYA 4NWEA 5DN5A 1FBIX 4H93A 1EL1A 4GLVA 3W6BA 4H94A 1YAQA 3A90A 2ZIKA 4YEOA 2EIZC 3WXTA 5KXPA 4ML7A 3WYHA 4DD9A 1IP7A 4LYTA 5LA5A 4HV2A 1KIRC 4HV1A 4WO9A 3TXFA 4GCBA 1CJ7A 5F9XA 4OW1A 5I5QA 3WXUA 1GDXA 5LVKA 5D5CA 2IHLA 3VWOA 1HNLA 1OUHA 1B5VA 4DDBA 1LZYA 2DQCY 2MEBA 4J7VA 1QSAA 4RW2A 1NF5A 3A95A 4HP0A 4ET9A 1LZCA 2BQFA 2Z18A 3MGWA 4GLAA 2HEAA 2XBSA 2BQHA 5FSTA 1LJIA 4II8A 5I53A 5IDDA 3TXJA 1UIAA 1KXWA 6LYTA 4WM5A 1XSFA 1YAOA 1DKKA 4NG8A 1IORA 4UWVA 4J1BA 5KXMA 3T6UA 1JEFA 5D5FA 2MEDA 1IOQA 1LSDA 1UCOA 2BQCA 4TTDA 3WL2A 4H8ZA 3EMSA 1OUDA 1REXA 5K7OA 1GB2A 4HPIA 1LYOA 5KXRA 5E4PA 4C3WA 1LJNA 1CNSA 2YBLA 4KXIA 5HNLA 1GEZA 1GE3A 5KXOA 1AT5A 1BB7A 2DQGY 1DI3A 4NWHA 1JWRA 2IFFY 1LAAA 2D91A 1LHKA 3TXEA 1LSGA 2AUBA 1LZ1A 4IJ4A 4ANRA 2LYOA 1LZ6A 4NGJA 4CFPA 4ETEA 4ETBA 1LHMA 3N9EA 1JIYA 3KAMA 1D0KA 4U3XB 1GBWA 4XN6A 1LCNA 5LYMA 4PRQA 1YKZX 1JHLA 1HF4A 1IC4Y 1LSFA 2CWIA 4KL7A 3LZ2A 4LT1A 1LZEA 2ZYCA 4DD3A 1HENA 4PHIA 3AB6A 1V7SA 2MEFA 3ZVQA 1DI4A 3WU7A 5KXWA 2DQAA 3AJNA 1YAPA 4H9HA 4NHSA 5APEA 3TMUA 1B7MA 4H9EA 3WW6A 1UC0A 1HFXA 4BAFA 2HEBA 3WUNA 2BQGA 1LSZA 4J0LA 5LVJA 3CSRA 1QTEA 2DKVA 2YSSC 4HJVA 4CFOA 1IC5Y 4DC4A 1YANA 1JISA 2BQBA 2F4AA 5FDJA 1UIDA 4WG7A 1YQVY 1GB6A 2ZNXY 2ZQ4A 4NHPA 1W6ZA 4NEBA 1I1ZA 2Z19A 3TMWA 2BQMA 1IP1A 5C6IA 4C5FA 1LJJA 4B4EA 154LA 1LZ5A 4KT3A 5F81A 3CQLA 3P65A 1UA6Y 1JSFA 1JKCA 1GBZA 1OQMA 4NGKA 4H92A 4R6CA 4DD7A 3AGHA 5DLAA 4BAPA 1B5YA 2EQLA 3W6AA 5APCA 4WOAA 1JTPL 4H8YA 2YBNA 1F6SA 1HSWA 1GAZA 1I56A 3A3RX 1NDGC 1GB7A 1LMCA 2Z37A 5IHGA 4WM6A 1XGUC 2EPEA 2G4QA 1F0WA 1RE2A 5APFA 5LYZA 1BB4A 5C6LA 1P2CC 4GCFA 4XJFA 1YL0X 2DQDY 4HJZA 2XBRA 3FE0A 4N1CC 4Z3MA 1GB9A 3CT1A 4L41A 4OWCA 4WLXA 4OWEA 1GB8A 1LJGA 1LHLA 1LZ4A 1HERA 2FBDA 2DQIY 1VDQA 2ZILA 2ZWBA 1VATA 4N1EI 1HFZA 1XEIA 1PZYA 1ZVHL 4XJHA 4CJ2A 1YAMA 1NMMA 3OK0A 2I26L 1N4FA 2MEIA 3QY4A 1D6PA 1LJHA 2HEDA 3TXIA 3WUAA 1D0MA 2Z12A 1GBSA 3LYMA 5KKIA 2BQIA 4LGKA 4WM2A 3WH1A 1IEEA 1B7LA 1DKJA 4TSBA 1G7IC 1IX0A 1IOSA 4H8XA 3WW5A 1GF7A 2BQKA 1LSYA 1GB3A 1GFJA 1GB5A 4DD0A 3AZ6A 4DDCA 1YKYX 1B0DA 4WMGA 1B2KA 1IO5A 1BVKC 4NHIA 2Y8PA 1V7TA 1T3PA 3K3TA 3ZEKA 2BQDA 4H9BA 5II3A 5L3IA 1IC7Y 1LJ3A 4XADA 2PC2A 3WPJA 1XFPL 4IASA 2HTXA 3D3DA 4RLNA 4PPOA 134LA 1UUZC 4G4HA 5FCPA 1DQJC 3ATNA 4OOOA 4ETCA 1NQIA 1GFHA 2CGIA 5LIOA 2N5ZA 1FN5A 4OOTA 193LA 3ATOA 4NIJA 1XEKA 3AZ7A 4NGWA 2W1XA 4DD2A 1WVUA 1HMLA 4FJRA 4PGJB 1C7PA 1GFRA 1HEQA 4LFPA 3W6EA 2H9JA 4UWNA 1BQLY 1LKSA 4EMNA 1WQNA 1GXXA 7LYZA 1UICA 1OUEA 2C8OA 5LAGA 4YF2A 5LAFA 132LA 3WUMA 4WG1A 1I20A 1JKBA 5B05A 4W94A 1NBYC 2DBTA 1G7HC 1FKVA 1B7PA 1GF8A 4N0JA 1GEVA 2Z2FA 3AGIA 4B0DA 3P64A 5LINA 1HSXA 1IY4A 4GN3A 1D9UA 1LMQA 4G4BA 9LYZA 3E3DA 2YBJA 1YILA 1LTMA 2B5ZA 1WQMA 1LJEA 4DDAA 2BPUA 2CJLA 1PS5A 1IR7A 3N9CA 1GE0A 208LA 1Z55A 2BQLA 2HU3A 4GCEA 4H9FA 4NFVA 5KXXA 3OJPA 4J1AA 1A4VA 1IIZA 1FKQA 4TUNA 3CB7A 5T3FA 4G4CA 3RNXA 1HEPA 1RFPA 1LJKA 2BQEA 3ZVQB 2LZ2A 4NGYA 3LHMA 3TXDA 1C43A 1OUFA 5KXSA 5HLLA 1IOTA 1GBYA 3CSQA 3A96A 1IOCA 1EQEA 1LHHA 4WO6A 3TXGA 4NG1A 1BHZA 2XJWA 4QGZA 5ILFA 4Z98A 2BQOA 1QDRA 1IP3A 4XENA 4NGIA 4NSIA 5KXKA 4B4JA 3W6FA 4DD1A 3TMVA 1EQ4A 4B1AA 2WARA 5DL9A 2W1MA 1GF9A 1NBZC 4MCKA 1FLUA 1HHLA 2DQEY 1IP4A 1GBOA 2MEHA 4LZTA 5J7CA 1REYA 1AT6A 3A8ZA 1UBZA 1LSCA 1BB3A 4WM4A 2FBBA 1WTMA 3TXKA 4QY9A 1GF0A 3HFMY 1IR8A 4D9ZA 3HBDA 4LYCA 4I8SA 1OP9B 5HMVA 1OUJA 1IWWA 3QNGA 5A3ZA 5KXLA 1LSEA 1LMTA 1ALCA 4NGOA 1FLQA 1QDTA 1SLYA 1TEWA 1T6VL 3A94A 1BVXA 2FYDA 3D9AC 3AW6A 1ZMYL 1LYZA 2BAAA 1DI5A 3BKVA 1IWVA 1GE1A 1B5XA 1JJ0A 1JJ1A 1GBXA 2HU1A 4KPMA 3TXHA 1LSMA 5HNCA 3RZ4A 1BWHA 1NWGA 3WU9A 2Z2EA 1LPIA 1AKIA 4NSGA 1KXXA 3B0OA 1VFBC 3RW8A 1HEMA 2BLYA 133LA 4N9RA 4TX7A 1LKRA 1LSPA 1IP2A 1IR9A 1F6RA 1VEDA 4AXTA 4M6DA 4WM1A 1REZA 3W6DA 4WL6A 2ZNWY 5B06A 4Z41A 5LYTA 1LYSA 1KIQC 1WVVA 1IWZA 1J1OY 2C8PA 3W3EA 2NWDX 1IP6A 3AW7A 1OUBA 1E8LA 3P68A 1YROA 1GF5A 1B5UA 1JTOL 1LJ4A 4BADA 4LT0A 1JITA 5A3EA 3ULRA 3AYQA 4UWUA 1CKGA 2LHMA 4E3UA 1GD6A 2W1YA 3EBAB 2D4KA 3G3BB 2Z38A 1UACY 4TWSA 5KXNA 2F2NA 1WTNA 1VDPA 1AZFA 1JKDA 1WQQA 1AM7A 1RI8B 1WQOA 194LA 4WL7A 5KKJA 3A3QA 4HPEA 1GAYA 1LZSA 1YIKA 2MEGA 3A67Y 1CKFA 1A2YC 2F4GA 3AGGG 1B5WA 5HMJA 3T36A 1FDLY 1CJ6A 1B7SA 4ETDA 1UIBA 1IP5A 3FI7A 1LZRA 5FELA 1JSEA 1QUSA 2BQAA 1GF6A 5KXYA 5I54A 3M18B 4DYGA 1GF4A 1EQ5A 1F10A 1DXJA 2DQJY 1HEWA 5I4YA 4YENA 1HMKA 3A34A 1UIFA 4DT3A 5LA8A 1G7LC 1C08C 4ZIXA 5L9JA 4N5RA 4A7DA 1REMA 4BS7A 1VAUA 1LHJA 1XGTC 4RLMA 1J1PY 1CJ8A 2Z39A 4RW1A 1IY3A 3LYZA 4PRUA 4NHQA 4AGAA 4NHTA 1QUTA 1TCYA 2ZYPA 4H90A 4QEQA 3WMKA 4B4IA 1UIEA 4HJYA 4M4OA 4G49A 2LYMA 2D4IA 4H1PA 1GE4A 5LVIA 4GCDA 5I4XA 4XJIA 1CKHA 3GXRA 3WPLA 2YBIA 4XYYA 5L3HA 4LYBA 1HEOA 1TAYA 1MELL 4HTQA 1RJCB 1TBYA 4G9SA 1LZGA 4NGLA 1HC0A 1QQYA 1C46A 1BGIA 3WPKA 2D6BA 1LSAA 4YEMA 4TSCA 1GE2A 1INUA 1DPXA 2DQHY 3HBHA 5FHWA 3LYOA 5E9RA 3A93A 5HQ1A 3IWRA 1JJ3A 1H87A 1JTTL 3EO5A 5APDA 1BWIA 3SP3A 2HEFA 1GHLA 5M1YA 5I4WA 1GFVA 2RSCA 5B1GA 1WQPA 4H9CA 2I25L 5IELA 4LYZA 2H9KA 2MECA 1B7RA 3B0IA 4MR1A 1IWXA 1OUIA 6LYZA 1LJFA 1QIOA 1GFAA 4GN5C 2F30A 3QE8A 4XJGA 4OWBA 5F16A 3N9AA 1LSNA 3AZ4A 1IWUA 4O34A 4W96A 5KXZA 4OWAA 2DQFC 5DM9A 1UIGA 3TMXA 1BWJA 1J1XY 2X0AA 4IATA 4YM8A 153LA 4I0CA 1UIHA 2LYZA 2ZIJA 4XJDA 1D0LA 2I6ZA 1LZBA 1CJ9A 2A7DA 3J4GA 3B72A 5B07A 3LZTA 1LMPA 1B9OA 1B7QA 5AMYA 1GFGA 1GWDA 1GDWA 1XGRC 1YL1X 2HECA 1XGPC 2BQJA 2YBMA 3HBEX 4CGEA 1FLWA 1CKCA 1LZ8A 1LMNA 4B49A 135LA 4HTNA 4GN4A 1LZ9A 4DWXA 1C45A 1LYYA 4LFXA 1QSWA 3IJUA 3BKHA 4XJBA 5KY1A 1LSBA 1IVMA 1RCMA 1BB6A 3F6ZA 4CHXA 5ILCA 5B59A 2FYCA 2CDSA 2YBHA 1ZV5L 2H5ZA 4MSTA 4R0FA 4WLYA 4Z46A 4WM3A 3P66A 3W6CA 1C10A 2BQNA 1KIPC 4NGZA 4X3BA 4LYMA 1GXV2 1G7MC 1YKXX 1FLYA 4RDSA 3B0KA 1WQRA 2MEAA 3A6BY 3A6CY 3LN2A 4H9AA 4OWHA 2VB1A 3WU8A 1CKDA 4H9IA 2W1LA 1LZDA 2G4PA 2D4JA 1GF3A 1O23A 2XTHA 5LXWA 3WULA 1JKAA 2BLXA 2ZQ3A 3AZ5A 1ZVYB 1XGQC 4ETAA 1JUGA 1HFYA 8LYZA 1B7OA 4LYOA 1GPQC 1LOZA 2GV0A 5LVHA 4NSJA 5DN4A 3B6LA 1VDSA 1XEJA 3LYTA 1OUAA 2YVBA 1NHEA 1IWTA 1LMOA 3GXKA 5B1FA 5C6JA 3RT5X 5F14A 1GFEA 5KXTA 4NY5A 3RU5A 5F9UA 4GCCA 4ZFPA 4WLDA 1BB5A 4LT2A 3J6KA 2MEEA 4QDNA 5KJ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARPA 1QSBA 3WVXA 1GFTA 1VDTA 4WLTA 4H91A 191LA 1G0QA 1GFUA 1D6QA 3NY8A 163LA 206LA 2A4TA 1L92A 1OVJA 3M3UA 1P3NA 3JR6A 3WVYA 4PJ2C 4HTKA 243LA 1G7JC 1JPOA 3FA0A 2HUBA 1L54A 1L07A 5DN5A 137LA 3A90A 2ZIKA 4ML7A 4DD9A 1KIRC 1L51A 1CJ7A 5I5QA 3WXUA 5D5CA 1L53A 1L35A 1OUHA 1T97A 4J7VA 1QSAA 4RW2A 1L37A 1L24A 6LYTA 4UWVA 3F9LA 4J1BA 1LSDA 3HUKA 3EMSA 1REXA 5K7OA 5KXRA 4EPFA 2YBLA 1GEZA 1BB7A 2IFFY 3HU8A 3N9EA 4XN6A 1D0KA 211LA 1LCNA 1QS9A 2CWIA 4KL7A 4LT1A 1LZEA 1DI4A 1QT6A 4H9HA 4H9EA 3WW6A 1HFXA 4BAFA 1QT3A 108LA 1LSZA 1L11A 4HJVA 2F4AA 3DN3A 3SB7A 1QT8A 5C6IA 4C5FA 4I7SA 4KT3A 1L83A 3P65A 4LDEA 159LA 5DLAA 3C7WA 4DQ7A 1CVKA 1F6SA 1I56A 4LDLA 1NDGC 3G3XA 1GB7A 1LMCA 1L0KA 5IHGA 130LA 1XGUC 188LA 1L95A 2DQDY 2XBRA 4L41A 4OWCA 2ZILA 173LA 1VATA 246LA 3G3WA 1YAMA 1SWYA 2I26L 1N4FA 2MEIA 114LA 4LGKA 1KY1A 1IEEA 1L06A 3WH1A 3DNAA 1B7LA 236LA 3GULA 3WW5A 4W51A 1LSYA 247LA 1SX7A 1YKYX 1B2KA 1IO5A 2Y8PA 3ZEKA 1IC7Y 2PC2A 1C6BA 151LA 5FCPA 1L72A 224LA 2CGIA 5LIOA 4OOTA 1DYBA 1XEKA 1GFRA 1HEQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P4Z A;  1LMA A;  1DPW A;  4HSF A;  3EXD A;  5EBH A;  2G4N A;  1OUC A;  3WVX A;  1OUG A;  1GFT A;  2LZT A;  1NKH A;  1LZN A;  1VDT A;  2Q0M X;  4FDY A;  4WLT A;  4YOP A;  1MLC E;  1NDM C;  3A92 A;  3G3A B;  4H91 A;  1QTK A;  4LT3 A;  3TXB A;  1LZT A;  1SQ2 L;  1GFU A;  1IWY A;  1GB0 A;  1D6Q A;  2YDG A;  4N8Z A;  3IJV A;  3A91 A;  2HEE A;  3CT5 A;  1DZB X;  4NSH A;  1LZA A;  4ET8 A;  4NGV A;  5LVG A;  1W08 A;  3M3U A;  3WVY A;  4ZEE A;  207L A;  2A7F A;  1B7N A;  4PJ2 C;  1HEL A;  2EKS C;  4HTK A;  4P2E A;  1LHI A;  3CSZ A;  4EOF A;  1G7J C;  1B5Z A;  3CT0 A;  1H6M A;  1GFK A;  1JPO A;  5FEK A;  2HUB A;  5JEN B;  1KXY A;  1TDY A;  4NWE A;  5DN5 A;  1FBI X;  4H93 A;  1EL1 A;  4GLV A;  3W6B A;  4H94 A;  1YAQ A;  3A90 A;  2ZIK A;  4YEO A;  2EIZ C;  3WXT A;  5KXP A;  4ML7 A;  3WYH A;  4DD9 A;  1IP7 A;  4LYT A;  5LA5 A;  4HV2 A;  1KIR C;  4HV1 A;  4WO9 A;  3TXF A;  4GCB A;  1CJ7 A;  5F9X A;  4OW1 A;  5I5Q A;  3WXU A;  1GDX A;  5LVK A;  5D5C A;  2IHL A;  3VWO A;  1HNL A;  1OUH A;  1B5V A;  4DDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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