1VHN | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	305
structure length	305
Chain Sequence	VKVGLAPMAGYTDSAFRTLAFEWGADFAFSEMVSAKGFLMNSQKTEELLPQPHERNVAVQIFGSEPNELSEAARILSEKYKWIDLNAGCPVRKVVKEGAGGALLKDLRHFRYIVRELRKSVSGKFSVKTRLGWEKNEVEEIYRILVEEGVDEVFIHTRTVVQSFTGRAEWKALSVLEKRIPTFVSGDIFTPEDAKRALEESGCDGLLVARGAIGRPWIFKQIKDFLRSGKYSEPSREEILRTFERHLELLIKTKGERKAVVEMRKFLAGYTKDLKGARRFREKVMKIEEVQILKEMFYNFIKEVE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Thermotoga maritima
publication title	The 1.59 A resolution crystal structure of TM0096, a flavin mononucleotide binding protein from Thermotoga maritima. pubmed doi rcsb
molecule keywords	putative flavin oxidoreductase
total genus	110
structure length	305
sequence length	305
ec nomenclature
pdb deposition date	2003-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01207	Dus	Dihydrouridine synthase (Dus)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.1200.80	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A	Putative flavin oxidoreducatase; domain 2	1vhnA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vhnA01

4CNPA 5EPDA 3IVTA 1TCDA 2YW4A 2NX9A 2ZRXA 5I3HA 3U2OA 3LXCA 2YCEA 3S5YA 1ZNNA 5AN7A 1SUXA 2BTMA 4RZ5A 2VFEA 4UFIA 4IQLA 4O14A 1KLZA 4WX2A 1XUUA 3W7RA 4UR7A 4U4MA 1UASA 5D2TA 2W0UA 3TKFA 2C16A 1GVRA 2WNZA 3O16A 5EMUA 2GQAA 1SFJA 4O52A 3G18A 4FXRA 4FX8A 3USBA 2P1FA 2V2CA 3W86A 3TFXA 2C1HA 3IIXA 4DBEA 4L4MA 4N9DA 4FO4A 3M44A 3HB9A 2E6DA 4LVGA 4FXSA 3A23A 2R91A 3W7QA 1NF0A 3UPBA 3ABRA 2ZZ3A 3EB2A 3GXNA 4OT7A 2X30A 4LV9A 3NQVA 4LS0A 1YTDA 5G2WA 2NWRA 4AWUA 4P61A 2B7PA 4NXKA 3W1RA 4JY9A 3MBDA 1ICQA 1JVNA 1QNVA 4KFOA 1KTNA 4GWEA 1SU5A 2B7OA 3GR8A 4O11A 1T8XA 3DKJA 5AHNA 5DCBA 1FWNA 1KTCA 1SFLA 1G4TA 3W1QA 1B9BA 2YSWA 8TIMA 3E12A 3G1DA 1WBJA 3MO7A 4RR4A 1ME8A 3CC1A 1TREA 4PL2A 4MZ8A 1GYNA 2ABAA 1EB3A 4ZQOA 4FX7A 4ZQRA 3LRLA 4OU1A 3P60A 5I3JA 3WJWA 3LCWA 2A7RA 2GVGA 3SZ8A 1WOBA 3FKRA 4LUIA 1R2RA 1P1XA 2G95A 2Y7DA 1A5CA 1LBLA 3C3NA 3DKLA 1B4KA 3OHIA 5HWJA 5EBUA 2Y70A 4O19A 3TC7A 1JULA 1TQJA 3LCFA 4HKPA 5KZDA 4K7VA 1H61A 3W7KA 1I8JA 2VFIA 3G1YA 2Y89A 2OZ0A 5AHMA 3SSJA 3A24A 2FJKA 1R2TA 4AF0B 3W7PA 3F1QA 4NJHA 5HNRA 4R7JA 3PSVA 3PWAA 4NQ1A 4UMAA 2DU2A 1RV8A 1AL7A 3FFSA 3M5VA 3GZ3A 4NU7A 1F7BA 1A53A 4JX4A 3HPZA 3LOTA 4JDYA 2R94A 5DN1A 4PFMA 2QCMA 1DQWA 3AO0A 3MBFA 1G7UA 1OK6A 4CCEA 2WJZA 3TQVA 1OX6A 1CX9A 1VRDA 3W7GA 2QJGA 5HULA 4K8EA 1BTMA 5KZEA 3NOEA 3UY7A 1ME7A 3W1PA 2CLOA 3TCEA 5D05A 1X1ZA 2TSYA 1W3TA 1KW1A 1TMHA 2IQTA 4TMBA 4EWND 5MHBA 4DF1A 1A5SA 4GXMA 4DEFA 1GT8A 3KVMA 1TB3A 5IBXC 3O63A 3W7HA 4YLWA 1XXXA 5G1TA 3N9RA 5AFDA 1FCQA 2NUYA 2ZDRA 3ABSA 4YMZA 3UWZA 1TV7A 3S42A 1JUBA 1EP3A 4RK8A 2NV2A 4UTTA 3KX6A 1DVJA 4BI5A 1DOSA 3GX9A 3QC3A 5FF0A 1W5QA 3G8EA 3NEVA 1HL2A 1P5BA 4K39A 4RZ4A 3W7CA 3UWWA 3B8DA 3KRZA 1ZY9A 4MYXA 2ZRZA 2WOQA 4M5PA 3RLVA 3S1XA 4UTLA 2AQWA 4AXKA 5CPLA 2EHHA 3S1WA 3W2LA 1LRTA 3TDFA 4I7WA 5G4WA 5FF7A 4C1LA 3RNDA 3JRKA 2CFFA 4DPPA 5D30A 1TTPA 3MYOA 3W87A 5CPOA 4TO8A 1DBTA 5DCDA 3G0XA 3BPWA 4N9BA 4E38A 2GQ8A 3E96A 5F2MA 3PSWA 4A21A 5EA9A 1EX5A 1ZAIA 3W2JA 2X16A 1W5MA 4UTWA 2A7PA 4L4LA 2FTPA 2J6XA 3L21A 3Q58A 2Y62A 4HN4A 1LROA 3TXZA 1VR6A 1OFEA 3KRUA 1UUOA 3FYOA 4MYAA 1QFEA 3L68A 3S0CA 1LBMA 2QDGA 4DO5A 3K30A 1VC4A 3QQ1A 1QAPA 3F03K 4ORMA 3TQ0A 3VE9A 4EF8A 4XTDA 1O4UA 3GVGA 3BARA 2JGYA 3KVKA 1JJKA 4RCXA 5FEPA 4JIPA 1I2PA 4LU0A 5F1VA 3MHFA 5U4NA 1K8ZA 1QR7A 1XDLA 1M7OA 2B7QA 4EOUA 5C2XA 3FEMA 4N6FA 1HO1A 1VGAA 4WD0A 3CIWA 3PBWA 4JYEA 1PL9A 4I9AA 4NVTA 2Y7FA 5TIMA 2X1UA 3BLIA 2ZA1A 3NQAA 1OX4A 2QAFA 4XQ6A 3W7EA 6ALDA 5I3GA 3NVTA 5CPMA 2ZFAA 4RX0A 5K3VA 5EY5A 4UFLA 1JCXA 3T4CA 5K4XA 1RR2A 4PC8A 2C13A 2J9ZA 4Z1DA 1TTIA 3IGUA 3DENA 3CEUA 2A1YA 3B0PA 3NQGA 4ZQPA 3UZ5A 2QCCA 1SQ7A 1OFBA 2NWSA 3GAYA 4MJZA 4NUWA 3NZRA 4XTIA 3TAKA 4XZ9A 2H6RA 3GDTA 3BO9A 3QYQA 1FCVA 3DHDA 2QCDA 3A22A 3RK8A 1I2NA 3NGJA 3LXAA 4O50A 1WYIA 3EWYA 3LTPA 4LY8A 4I7UA 4BFAA 3BW3A 1OFRA 3LBCA 1H7XA 5FEWA 1TTQA 5H91A 5FEZA 1DJNA 2I14A 1AW5A 4AH7A 3DFNA 3PUDA 3HG4A 1G6CA 3W70A 2Q8LA 1VPXA 4WY0F 1O94A 3N2MA 2DZTA 1KM2A 4ALDA 1BWLA 5U7SA 1LTDA 4RXFA 4RXGA 1TPDA 1WAUA 1SW0A 1TPVA 3GKAA 3EX2A 1QPOA 4IXXA 1KFKA 4J9JA 2WSYA 1ZAHA 1XM3A 4X22A 1JCYA 1DKWA 1EPXA 1YADA 1G69A 2BZNA 3LV6A 3O05A 3HGOA 4CQ8A 2VFFA 2CZFA 3LM7A 3EWUA 4WY0A 3PS7A 3W1MA 3LGEA 4DQWA 5L6UA 1OYAA 1XBVA 1Z48A 1GZGA 2QJHA 1YDOA 4UFJA 1TYGA 3BW2A 3KXQA 2QUUA 1K7EA 4Y90A 5AHFA 2CLMA 3RFAA 1N7KA 1VYSX 2P10A 3IIOA 5SWUA 4Z1BA 2WV8A 2BLEA 5F2GA 3MJYA 3L65A 1EP1A 3LLFA 1EA0A 5BMXA 1IIHA 3DXIA 5AYXA 2BXVA 3B4UA 4K6AA 3T55A 2FLIA 3M9YA 3ATZA 3V1PA 3M47A 4CCCA 4IMFA 3MUXA 3A9IA 4H6KA 1U83A 5D04C 4MUZA 3E02A 3TIMA 4IPJA 4O8RA 4HNTA 3CM4A 1F05A 2B7NA 1GG1A 3CEPA 3LCHA 4O1BA 4DELA 3QSRA 3NL2A 2QUTA 1T0OA 3JR2A 4BWLA 1W37A 4MFDA 3G8RA 4O54A 3PBVA 5F4WA 5DY3A 1F73A 4QQ3A 1HO4A 4FIQA 1KFLA 4HPJA 3W1AA 1HG3A 2J27A 1XFBA 4GJ1A 4DF0A 1FXPA 1XI3A 3I65A 3T78A 5EL1A 1JCNA 1VQTA 3TW6A 3QZEA 4QNEA 2JBMA 1O95A 4JTGA 4PH6A 4R33A 3W9ZA 5T26A 2V2DA 2JKEA 3PULA 1JCJA 3VI2A 3MW7A 4O1CA 5K9DA 1M7PA 5HUOA 1Q3NA 3R5EA 3TR2A 4S1FA 3BLFA 1MZHA 1H60A 4LC6A 1WDWA 3P62A 4JTEA 2ZZ7A 2E6YA 2OX1A 3STEA 2V82A 5CGQA 1P0NA 3PAJA 4FIRA 4I7VA 4UCGA 3L5AA 3W7JA 1VCGA 1EIXA 2QCDB 3EX6A 1JQVA 1XBZA 1TRDA 1L6WA 1F5ZA 3B04A 3M0ZA 1I4NA 3F4WA 4DO6A 3OVRA 3GLCA 2W6RA 4IX0A 3U6WA 5F2IA 2AGKA 4QJ1A 4IWWA 4IUOA 3BW4A 3NQDA 4LC8A 4UNKA 5KSWA 3FA5A 2EAWA 2VELA 1VS1A 5G4EA 3NQFA 4QSHA 3EWWA 1CI1A 4JTHA 3DAQA 3THQA 5A5WA 4Z1AA 5BOOA 2ZA2A 3IVSA 1KBIA 2A6NA 3I7QA 3W6YA 1LRNA 3IGXA 2EPHA 1V5XA 2A6LA 2Z6IA 4UIOA 2F84A 3N14A 4XKYA 1W54A 4K37A 3G3DA 2H90A 3NQ8A 5LNSA 4LV4A 2R14A 4WY0B 4UR8A 1OG0A 1UCWA 1VLIA 3HO8A 3MP5A 4CNOA 1FDYA 3EX1A 2HTMA 4NNBA 1VCFA 1O5XA 4UMCA 2PE4A 1ICSA 2ZRVA 4HPXA 1QO5A 1L6SA 3TQKA 3P82A 3CLMA 3BK0A 4AHOA 3G0UA 3E0IA 3ATYA 3EWBX 4BF9A 2YPIA 3VNDA 4O16A 3FIGA 4XUGA 4UTMA 4O53A 4MY1A 3P7YA 2JK2A 3P5YA 3FOKA 4P2VA 1FWWA 3TJLA 4MJMA 3TSDA 1C29A 3QRHA 3B06A 2X1RA 3KVJA 3M16A 2CLFA 2CLEA 2WKJA 2JKAA 1LYXA 3P81A 2Y7EA 3GXTA 3W1TA 5G2IA 1VZWA 5HJLA 4LRTA 3DGRA 4JIQA 1S5VA 5LNUA 2ZQ0A 2DZXA 1H1ZA 2OT0A 1BEUA 1F74A 3GDRA 1TPUA 5AHEA 1ONRA 1OABA 1JCMP 3QMSA 5LSMA 2C0AA 4K36A 3ZFHA 4WXYA 1FCUA 4KFPA 3QFEA 1IXPA 1F6PA 2E1DA 3W7MA 4TX9A 5I3KA 1IIGA 2EF9A 1S5WA 5DBUA 2CLLA 2V0TA 2GJNA 3LRMA 5AOUA 5EYWA 4O10A 4UUIA 3LB0A 3TW7A 3DFTA 1Z44A 1IGSA 1IXNA 4A22A 1TPWA 4ZQNA 1AW1A 2B4GA 4JICA 2GPTA 3WJYA 2QR6A 2D73A 2VEIA 1H7OA 3G24A 1HUVA 3R12A 3ZWTA 2ZZ5A 1KV8A 2NXIA 1WXJA 3NL6A 3NQEA 3JS3A 1ZFJA 4LVBA 4N4PA 4WQ6A 4JX5A 3E9AA 2QCHA 5D09A 3DI0A 3M7WA 1X7FA 4JGDA 4AB4A 1T99A 2Q8ZA 2XN1A 3WJSA 4HT3A 3SECA 3STFA 2Z2UA 1SZEA 2WNQA 4KWWA 3NQ7A 3HGSA 3IGSA 4EIVA 1JUEA 5LHFA 3HOJA 5AC7A 4NJGA 3KHJA 5IBXA 2ZA3A 4ADSA 3UXAA 3LDVA 4CQ9A 1W5OA 5KMYA 1N55A 5E93A 1EEPA 3IVUA 2E77A 3W71A 1I45A 3I7SA 4GE8A 4BI6A 2V8ZA 3Q2DA 4OWGA 5KZMA 4JDBA 2A2IA 3DFOA 4PODA 3NPUA 3VCRA 3SFKA 1LOQA 2YX0A 2YW3A 1T96A 3LHUA 2OJPA 5D2WA 2DZSA 3NQ2A 2VFHA 3N34A 3S1VA 1XBXA 3PBYA 2O7QA 2LLEA 5KITA 2VOMA 3ANYA 5KTLA 2J88A 2OCZA 5HINA 1H7PA 1U5JA 4NZFA 3TFCA 2ZZ6A 4A3UA 4PA8A 3HGJA 3C61A 3GDLA 3AJXA 4O1DA 3LX9A 3WFAA 3QM3A 4POCA 3N73A 4HNVA 5F2LA 1KM3A 4WZHA 1QMLA 3Q94A 4QNWA 1XC4A 3NZ1A 4ONVA 3C56A 5E0KA 1PHQA 2ZZ1A 1WQ5A 1L2UA 3ZR4A 5I3FA 3I6RA 5AYYA 5CG7A 3NR0A 1H62A 4LVAA 4IJBA 1LOLA 3LCLA 2R8WA 5E1QA 1TIMA 3P8JA 1YPFA 2Y7GA 5D02A 4OQVA 4UTTC 4JTSA 3GXPA 3ZWSA 1KM1A 1H5YA 2EGZA 1KFEA 3IV3A 1S5TA 4R34A 2J24A 3LERA 2WSRA 1FXQA 1MXSA 1LP6A 3I7RA 1QWGA 3L0KA 4LWWA 2J9XA 1J5TA 3QMRA 3UWVA 3TV8A 2ZZ4A 4M7SA 1TTJA 2XN2A 2VC6A 4A2SA 4IXHA 3NNTA 4ZQCA 4FHAA 4N2YA 3HPXA 3BVJA 3VKJA 3PUEA 3B03A 4MIMA 2FPYA 2BSLA 2A7NA 4M6PA 3OBKA 3TX9A 5TBOA 3UPWA 4R53A 3H53A 3V75A 3C52A 3TROA 5BMWA 3NPVA 1WV2A 2VXNA 3L9CA 1Z42A 5FF2A 4IMGA 3G3MA 5DLCA 1XUZA 4ML9A 2V5LA 3R13A 4NX5A 3HPSA 2Y6ZA 4UTWC 1DQXA 1AG1O 3QPZA 4YCPA 2FDSA 1GTHA 3LHZA 4NJKA 4OV4A 3C8FA 3OA3A 2CU0A 4QAIA 1B57A 5FF3A 2ATSA 3A21A 2E09A 3E49A 4JTKA 3R2GA 3W84A 1X6UA 3PG8A 4BR1A 4TIMA 3CU2A 4FEZA 4MPQA 3MP3A 1FDJA 2V5BA 2WQPA 3BGJA 4FNSA 5AHIA 2NV1A 3UWUA 3QW4B 4IX2A 1ML1A 1GOXA 4Q4KA 3C4UA 1J4EA 2CW6A 1Q6RA 2GQ9A 4N02A 4NNCA 1ZAJA 3C0JA 4TR9A 1P0KA 2FPVA 3VFLA 5K9CA 3QSTA 3OG3A 4ADTA 3CT7A 3O07A 3W2MA 1K7FA 1GVOA 3W7NA 4CQAA 3O06A 4NJIA 3ABOA 3LHVA 3W85A 1NAL1 4RKAA 4UTUA 3LCXA 1RD5A 5C5YA 1KA9F 1LRQA 4AAJA 4JS3A 2YYUA 3QF0A 1GEQA 2G97A 2I9EA 4WOZA 3P80A 2X2GA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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Chord Diagram

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