1VIJA

Hiv-1 protease complexed with the inhibitor hoe/bay 793 hexagonal form
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1vijA00
2P3CA 3HAWA 1ENTE 1HIHA 5P75A 5P6KA 5SY3A 3LZYA 3PVKA 4DPIA 3KM4A 5P8TA 2WEBA 3OK9A 3KT2A 1GNOA 4Y4ZA 1FMBA 5P88A 3ZKIA 5KQXA 5P7PA 5P6HA 1FMUA 4YD5A 5P0AA 4PEPA 5P7XA 3APPA 1XN2A 5FIVA 2BPWA 5P0JA 3ZL7A 4OBDA 4ZSPA 2O40A 1XE5A 1HVKA 4FRKA 3QRSA 3TTPA 5P8SA 4PZXA 3Q6YA 3GW5A 1ZSFA 2ZGAA 5C9DA 4COEA 5P3IA 2QI3A 3WB5A 4FLGA 1VIKA 2I4DA 3EKWA 4Y50A 2QHZA 3TPLA 3ZPTA 2AVMA 2VIJA 1ODYA 3L3AA 5P3ZA 2A1EA 3K4VC 3CIDA 1BDQA 3SKFA 2G22A 5P34A 1DPJA 3PBDA 3EKVA 4MC9A 4I0HA 5P7SA 1B6LA 4YOBA 1KJ7A 1KJHA 5P2VA 3VF7A 3ZKXA 2Z54A 1LF3A 1B5FA 4NJTA 4DVFA 3OUDA 4FIVA 1D4KA 3I8WA 2EWYA 2I4UA 3O9LA 3QAAA 4Y58A 2VJ7A 4CPRA 3IVIA 1W50A 4TRYA 3U6AA 4Y3SA 3T7PA 2J9JB 4Y48A 5OZGA 1DIFA 1ZP8A 5P7QA 1ZTZA 5P5UA 3ZKSA 1SH9A 5P58A 2ZE1A 3UQRA 3K5CA 1CZIE 1B6MA 4ZPEA 1IDBA 4FRJA 4XX3A 1AAQA 2ZJMA 4NKKA 3U7SA 5OZOA 4B1DA 1HIIA 2Q55A 5P0GA 4Y3PA 4EXGA 1IIQA 1M43A 3PSUA 3UCBA 4Y5GA 5HU1A 5P2KA 4AMTA 4I0DA 1T6GA 5JFUA 3EL1A 4ER4E 5ER2E 2HB3A 5P28A 1AIDA 3SKGA 3UDMA 3T3CA 1MERA 2RENA 4DPFA 5OZYA 3VEUA 4ER1E 2HM1A 1D4IA 5OZMA 4AZYA 5P5ZA 2Q15A 4R5NA 5P3AA 3LNKA 1DP5A 4YDFA 2QMDA 2QI4A 5DGUA 1A8GA 3UDYA 4JECA 5P5YA 4B0QA 3HDKA 5P7ZA 3BC4A 5B18A 3VYFA 4Q1YA 3GGXA 3KDBA 5P7RA 2J9KA 3WZ7A 3OADA 3PCZA 4EP2A 5OYZA 5HDVA 1FFIC 1NPWA 3PRSA 2G1SA 5P3LA 3NSHA 4LXKA 2CENA 4EXHA 5P79A 4FCOA 1FB7A 1B5FB 2P3DA 4Y3TA 5P6TA 1B11A 5E5KA 5P36A 3GI0A 2R5PA 5P64A 5P1YA 4Y38A 2Q64A 5OZBA 2IGXA 4QGIA 5P49A 5P7VA 4ZSMA 3KT5A 5P2JA 2G1YA 3OUAA 3BRAA 2G94A 3S45A 3M9FA 3LINA 3PSYA 5P6AA 2Q5KA 1B6JA 2O4SA 5P22A 1B6KA 5P8RA 5P8UA 3SA5A 2NNPA 3KFPA 4D83A 4DQHA 5P4NA 5P38A 5P8VA 3D3TA 1EC2A 2G1RA 5P0UA 2WHHA 2QI1A 4YE3A 5P3HA 4GJ7A 3Q5HA 5P84A 5P87A 1SMEA 5P0MA 5P1NA 2R5QA 5OZ6A 1W6HA 3ER5E 5COOA 9HVPA 2QZWA 2PK6A 3R2FA 5P4OA 3L5FA 1NH0A 3RTMA 2XFKA 3NU9A 2CEJA 3VSXA 1G2KA 2RKGA 5P5PA 1K2BA 5P67A 5P0CA 3G70A 3AIDA 5P0EA 4TRWA 2QP8A 2VA7A 5P54A 1ZSRA 3TOHA 5P3KA 4Y3AA 5P77A 5HDUA 2UPJA 2OHMA 3EXOA 1HVHA 1G35A 5P2AA 3IN3A 2QD6A 4EQ0A 4U7VA 3FX5A 2V0ZC 5P00A 3SA9A 2V13A 4HEGA 2I1AA 3LITA 4DJRA 1LYWA 1EAGA 1HRNA 1GNNA 3TPJA 4K9HA 4QJ9A 4RVJA 1AVFA 2BPVA 2FDPA 4OBKA 4TVGA 5P30A 2ANLA 1LYAB 1LZQA 3OXVA 5P6QA 1SBGA 4RZ1A 4DJWA 2NR6A 3OADB 2WF1A 1FG6C 2OHUA 2FS4A 5P33A 2PH6A 4RRNA 1BVEA 3ZLQA 3ST5A 3VFAA 3H0BA 4HVPA 5OZJA 2I0DA 3UDNA 1TZSA 4K4RA 5P69A 1EEDP 2JJJA 3CKTA 1XE6A 1T7JA 2NTRA 3QBHA 1A94A 4Z22A 4L7JA 5HCOA 2NMYA 5P7WA 2IQGA 2VNNA 1RV7A 5OYSA 5P6FA 5KR2A 4B72A 5P63A 2NXMA 3INHA 3NU4A 1XL5A 4Y4EA 4Y56A 4TRZA 5P60A 1K6TA 2AOIA 3EM3A 4APEA 5P26A 4DUSA 4PPHA 4E43A 5P37A 2APRA 4J1CA 1W5YA 3K4VA 1C6YA 1HOSA 5P0YA 1DAZC 4YOAA 5P5QA 5APRE 3HBOA 5P01A 1TCXA 5AH6A 3VFBA 1PPME 5OYRA 5P1IA 5P48A 4RROA 3S54A 1ZPAA 3QRMA 4RCFA 4RVXA 5P7GA 4ACXA 5P3GA 3B7VA 3APRE 2AOJA 2NXDA 1C70A 3OXXA 5P6VA 5OZSA 2FNSA 3KMYA 5P27A 2BPYA 3LHGA 1HXBA 4EWOA 3PI5A 5OZ1A 2VJ9A 5I3VA 5P3XA 2OHNA 2QI0A 5DQ4A 1LYWB 1DW6C 1EBWA 3IGBA 4J0VA 4Y3XA 1A30A 4M8YA 4LP9A 3OOTA 1SDUA 4LBTA 2HB4A 1BDLA 5HU0A 4DQGA 4BFBA 3BUGA 1D4HA 4YCTA 4OBZA 5HE4A 4A6BA 3VCMA 2F3EA 3UHLA 3C9XA 1ME6A 3S85A 1AJVA 2HS2A 5P2DA 3DOXA 3EM4A 8HVPA 5OZNA 5P2LA 4Y4JA 5P4RA 2QI7A 2P3BA 5TOLA 1K2CA 4Y3GA 5P65A 4EJDA 3OQDA 4I0ZA 3VG1A 4Q5MA 5I3XA 3OOZA 5P4CA 3S56A 2PYNA 4H3IA 4F75A 3PHVA 5P2EA 5P81A 2XYEA 5PEPA 4WY1A 4Y53A 4DJXA 3GGVA 4R95A 5P6MA 1E80E 1PPLE 1MEUA 4YD3A 2QZKA 4CPQA 5P8IA 3VF3A 5DR3A 4U8WA 1ZLFA 4QJ7A 5C9FA 4AA8A 1OHRA 3L5EA 4FE6A 5P8HA 2BBBA 5P1SA 2PH8A 5P0HA 1Z1HA 5P3NA 2F8GA 1NPVA 1OEXA 5P46A 1BVGA 2FIVA 1K1UA 1ZJ7A 5P83A 2VIYA 4DH6A 2QNNA 5IVRA 1Z8CA 2JJIA 3I7EA 5P3VA 1YTIA 5P0DA 1APTE 5P1TA 4DQEA 5P7TA 5DPZA 4S1GA 4Y51A 3UQPA 4NJVA 4RLDA 3L5CA 4KE1A 5P8CA 5P0IA 1IVQA 3QROA 2AOEA 1D4YA 5P14A 2PWRA 2G21A 2SAMA 1EPRE 4Y3QA 4I8ZA 5P2CA 3R4BA 3LZVA 2HB2A 1IDAA 4L7GA 3QVIA 4Y4WA 3UDPA 1EPNE 3FNSA 5P3JA 5UPJA 4OBZB 3TLHA 3T6IA 4DI2A 1HTEA 1Q9PA 3MSLA 5P5OA 3TPPA 3N4LA 4ZE6A 1IVPA 2PSVA 2I4WA 3SA6A 3HLOA 3WB4A 4RRSA 1NPAA 2P3BB 4Y3JA 4Y3RA 3EKQA 1D4LA 2HPEA 2QU2A 2QD8A 4H3GA 5P7IA 1HXWA 2WEDA 2AZ9A 3LIZA 4OC6A 3GI6A 5COPA 2WF3A 5BS4A 3KYRA 5P5CA 1W5WA 2G26A 4A4QA 5P1RA 1IBQA 5P4HA 4MC1A 4QJ8A 4DJYA 5P17A 3UTLA 3MXDA 2WF2A 5IVQA 3QN8A 3OY4A 3EC0A 3EL0A 1WBMA 5P5SA 1JLDA 1TQFA 5OZFA 5HE7A 3ZKGA 4DQCA 3LIXA 2WL0A 5OYYA 2QU3A 5KR0A 5P3YA 5P86A 5P6ZA 1G6LA 5SXNA 1BDRA 1RL8A 5P50A 3OTSA 5P2QA 5CONA 1FMXA 4FAEA 3O9IA 1EPQE 2BJUA 5P12A 1MPPA 2RMPA 4I0GA 1HPVA 3LIYA 5P2BA 3PWRA 1T7IA 5P1CA 2BB9A 1QBRA 1WBKA 3FKTA 4J1KA 2O4PA 4MC2A 4IVSA 5P02A 3S7LA 4BEKA 2IENA 4YHQA 2XFJA 5OZEA 1J71A 4YD7A 1K6CA 3DCKA 4FRIA 1K6PA 3DV5A 3KDDA 1BXOA 5P6GA 5P80A 1RPIA 5P6WA 1HIVA 2B60A 5P7YA 4HDFA 5P8DA 4YBFA 5P11A 4GJAA 4X2LA 5P32A 5P2XA 2QK5A 1EC3A 3S2OA 2JYSA 3CYXA 1KZKA 4CMSA 5DR7A 4FL8A 5KR1A 4Y5PA 2AOFA 1HVLA 5P6NA 3G6ZA 5P1KA 5P4ZA 4Y3YA 3OXWA 1YTGA 2ER9E 4QJAA 3K5DA 3SACA 2R38A 2IL2A 3NDUA 4Y44A 5P76A 5P1LA 2I4VA 4R92A 2PSUA 3BXSA 1LV1A 2OF0A 5C9BA 2P83A 2AZBA 3S7MA 3T11A 5P09A 5P29A 4OBHA 4Y45A 5P4XA 5P1HA 1ODXA 2VKMA 4J1IA 5P4UA 4D8CA 2PMAA 5KOQA 4NJSA 4EJ8A 3EBZA 3UDJA 1Z1RA 5OZQA 3O9CA 1AZ5A 3LPJA 5P8PA 1GVUA 5P1DA 5SZ9A 5KQYA 3PLLA 3BGCA 3EKYA 5P2HA 2V12C 1F7AA 3O9AA 4Y5KA 4Y5MA 5OZHA 3ZKNA 5P7FA 3SFCA 5P8MA 3KN0A 1CMSA 1N49A 2Z4OA 1HBVA 3VV7A 1E82E 4J5JA 2QMFA 3TKWA 5P31A 3H5BA 4J17A 2ZJIA 3SABA 3CMSA 2VJ6A 1C6XA 4R91A 3OUDB 3BUFA 4K4QA 3UDHA 4FSEA 2VNMA 5HDXA 2AOHA 3O9LB 1D4SA 4UPJA 5P4KA 2ZHVA 5P18A 5COKA 3SA7A 2VS2A 1IZIA 2IEOA 5P5XA 4ZSRA 5P72A 3OWNA 1TCWA 4Y6MA 4LAPA 1HVSA 3HD8A 2HC0A 3D20A 4OBFA 3A2OA 5OZ7A 5P6YA 2H6SA 3BXRA 5P57A 3GGUA 3DUYA 5E5JA 5P8NA 4I0IA 5P59A 2FGVA 2V10C 3ZMGA 5ISKA 2QMPA 3DK1A 4FM7A 3UF3A 2UXZA 5P7AA 1YTHA 1FF0C 2WJOA 3FSMA 3JVWA 5P3DA 4Y5CA 2G24A 4OD9A 5P6XA 3URIA 4RCEA 4Y5EA 2R9BA 1BXQA 3EKXA 5JFPA 3VF5A 4ZIPA 1LYBA 3SA8A 4Y41A 5OYXA 2ZYEA 2B7FA 5P7CA 1GKTA 4GYEA 1GVTA 3VSWA 1HTRB 4D85A 3BVBA 2P4JA 5P3OA 1FG8C 3PSGA 2ZHSA 3PLDA 4YA8A 4LL3A 5OZ5A 5P3QA 3O9BA 2QMGA 5P61A 4LXMA 2R3TA 3QP0A 5P70A 1MT9A 5P3TA 3VLBA 5P7JA 5KOSA 4YCKA 2QHYA 5AGZA 1FQ4A 4Y5LA 2ER7E 3S43A 1MSNA 4F74A 5P42A 3RTNA 3I2LA 3DV1A 3PMUA 4JOOA 1SIVA 3GI4A 5P1OA 1FQ7A 5P1QA 4EJLA 5P41A 3LPKA 1TW7A 4Y37A 2AVSA 5P20A 4YD4A 4LHHA 4Y4BA 3GGAA 2G69A 5P1XA 2PQZA 4KUPA 2XYFA 3VV6A 3R0YA 1W6IA 2OHTA 3TPRA 1MESA 5P13A 3OQ7A 4GJCA 5P7DA 3TL9A 3BGBA 4D88A 1HSGA 5P5FA 4L6BA 1HVRA 4F76A 3MWSA 2I0AA 5P04A 2QZXA 4AUCA 3LZUA 4L7HA 2F3KA 4Y3HA 5DQ2A 1FFFC 4HZTA 1ODWA 4OBGA 2H6TA 4EYRA 1EPME 3QS1A 5P2UA 3RSXA 5P6OA 1BBSA 4OD9B 1KJ4A 4R8YA 4FS4A 3R1GB 4X7IA 1HPOA 2VA5A 1LYBB 2O4LA 5I3WA 5P82A 1T3RA 3NU6A 3HAUA 1QBTA 1OEWA 3QIHA 1SGZA 4JPEA 1FLHA 4Y5AA 5SY2A 5P0BA 5P7HA 1K1TA 1PPKE 4GJ6A 4EJKA 1HTGA 5OZXA 1YM4A 1U8GA 5DQ5A 3NLSA 1MVPA 2PK5A 4J1EA 5P5NA 1LEEA 5P6SA 2FNTA 3SA3A 5P68A 5OZTA 3T7XA 5P5GA 4I8WA 5AHBA 3F9QA 4BELA 5P53A 3PI0A 2FGUA 5P44A 3N3IA 4GIDA 2UY0A 5P3CA 3S43B 4Y36A 2RKFA 2NMZA 3NYGA 4WTUA 1F34A 2BQVA 4FM8A 2IKOA 2QHCA 5P2GA 1ZPKA 4I1CA 5P55A 1PROA 3LIQA 1LS5A 1GNMA 5OYVA 3K5GA 1GVXA 5P6BA 2I4QA 1HHPA 4FM6A 1SDVA 2ER0E 4RVIA 5OZWA 1MRXA 1MIQA 5P3PA 1C6ZA 3CKRA 5HCTA 3QRVA 4D89A 4GMIA 3DCRA 2QNPA 2ZJHA 2XFIA 1FGCC 5P47A 4WY6A 5DQ1A 4Q1WA 2Q54A 4I0JA 4DJOA 2B8VA 1HVIA 3BUHA 2FDEA 1ER8E 1A9MA 2QI6A 3NUOA 5P4YA 5DR4A 1IZHA 4NPUA 5P1BA 5KR8A 5P4WA 5P5DA 5OZPA 2V00A 3PM4A 2AVVA 1MTRA 5P4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3C A;  3HAW A;  1ENT E;  1HIH A;  5P75 A;  5P6K A;  5SY3 A;  3LZY A;  3PVK A;  4DPI A;  3KM4 A;  5P8T A;  2WEB A;  3OK9 A;  3KT2 A;  1GNO A;  4Y4Z A;  1FMB A;  5P88 A;  3ZKI A;  5KQX A;  5P7P A;  5P6H A;  1FMU A;  4YD5 A;  5P0A A;  4PEP A;  5P7X A;  3APP A;  1XN2 A;  5FIV A;  2BPW A;  5P0J A;  3ZL7 A;  4OBD A;  4ZSP A;  2O40 A;  1XE5 A;  1HVK A;  4FRK A;  3QRS A;  3TTP A;  5P8S A;  4PZX A;  3Q6Y A;  3GW5 A;  1ZSF A;  2ZGA A;  5C9D A;  4COE A;  5P3I A;  2QI3 A;  3WB5 A;  4FLG A;  1VIK A;  2I4D A;  3EKW A;  4Y50 A;  2QHZ A;  3TPL A;  3ZPT A;  2AVM A;  2VIJ A;  1ODY A;  3L3A A;  5P3Z A;  2A1E A;  3K4V C;  3CID A;  1BDQ A;  3SKF A;  2G22 A;  5P34 A;  1DPJ A;  3PBD A;  3EKV A;  4MC9 A;  4I0H A;  5P7S A;  1B6L A;  4YOB A;  1KJ7 A;  1KJH A;  5P2V A;  3VF7 A;  3ZKX A;  2Z54 A;  1LF3 A;  1B5F A;  4NJT A;  4DVF A;  3OUD A;  4FIV A;  1D4K A;  3I8W A;  2EWY A;  2I4U A;  3O9L A;  3QAA A;  4Y58 A;  2VJ7 A;  4CPR A;  3IVI A;  1W50 A;  4TRY A;  3U6A A;  4Y3S A;  3T7P A;  2J9J B;  4Y48 A;  5OZG A;  1DIF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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