The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
332
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structure length |
280
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Chain Sequence |
SEFDYELPPELIAQEPVEPRDASRLMVLHRKTQRIEHRIFREIIEYLEPGDLLVLNVSKVIPARLYARKASIEILLIERLEEGIWKCLVRPGQKVKKGTELVIDEDLSAVCLGRGEDGTRILKFQPQDDRLIFEKGTAGLHFTPELIEKLKKKGVQFAEVVLHVHEEFYQVPKETVRKLRETRERGNRIVAVGTTTVRTLETIARLPEQEEYVGKTDLFIYPPFEFKLVDALVTNFHLPRSTLLMLVAAFAGKDFVMEAYREAVKRRYRFFSFGDAMLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase (QueA) from Thermotoga maritima at 2.0 A resolution reveals a new fold.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
|
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Thermotoga maritima
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| total genus |
96
|
| structure length |
280
|
| sequence length |
332
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.4.99.17: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase. |
| pdb deposition date | 2004-06-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02547 | Queuosine_synth | Queuosine biosynthesis protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | QueA-like | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | QueA-like | QueA-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VKY A; 1YY3 A; 1WDI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E16 B; 1BTX A; 1CSO E; 1XXD A; 3D65 E; 3PLP A; 2O8T A; 1KLT A; 2I6Q A; 2ZPQ A; 3MU1 A; 1O2S A; 1IQF A; 1WQS A; 3PRD A; 4FU8 A; 2AGG X; 4P00 A; 2WPH S; 3GCN A; 4MNW A; 4U01 A; 4ASU D; 1K1O A; 2F9B H; 4CRG A; 3AW1 A; 1T4V H; 4JYT A; 4CH2 B; 1EOL A; 3BTF E; 4UDW H; 1O36 A; 1CE5 A; 3F2H A; 1FIZ A; 2Z9I A; 3RXU A; 2YMS B; 1CHO F; 1GMD G; 2QF0 A; 2J5U A; 4Y11 E; 1BBR H; 2FDA A; 1NFU A; 1GBM A; 5CHB A; 3P95 A; 2PV9 B; 1Y59 T; 3H5C B; 3PMH B; 4Z6A H; 4H42 U; 2EEK A; 2K1Q A; 1F0T A; 1P2N A; 5CMX H; 1EB1 H; 1HAV B; 2XBV A; 3PTB A; 3SJI A; 1FDP A; 1KMH B; 1LVM A; 1CT2 E; 1N6Y A; 1SQR A; 3LT3 A; 4JYV H; 4AYV B; 2R0L A; 3ATW A; 3ZV9 A; 3V12 A; 2TGA A; 3T5F H; 5C1X A; 5B6O A; 1TQ7 B; 3SZN A; 2TIO A; 4DW2 U; 5EQS A; 1FIW A; 1ESB A; 1SB1 H; 4U32 A; 1CT4 E; 1WTG H; 1ZSL A; 2A31 A; 3SNE A; 3UNR A; 1BB0 B; 1TPP A; 1GI7 B; 2VIQ A; 1GL1 A; 4JZD H; 1BMA A; 2WPJ S; 2ZU4 A; 3U1I B; 3D49 H; 1NU7 B; 1O2N A; 1LPK B; 4NWK A; 1ABJ H; 1XUJ A; 2JIZ D; 2OD3 B; 2YMS C; 3RC5 A; 3LH3 A; 1FY3 A; 1QHR B; 3TIU A; 2QY0 B; 3ZZ8 A; 1BJU A; 2KX4 A; 1CA0 B; 2GD4 B; 3QGJ A; 4K3J A; 1C5V A; 1FX0 B; 1ZTJ A; 2KCA A; 3A89 A; 4YTA A; 1MU6 B; 3OYP A; 1B0F A; 3KYF A; 2PR3 A; 4FUJ A; 4ABJ A; 2WPL S; 4BAQ B; 3TLO A; 1UVS H; 1BTP A; 2TRM A; 1SGY E; 1ELG A; 1OHH D; 2L74 A; 3PMA B; 4ISL A; 1NS3 A; 1TBZ H; 1IQI A; 3GY6 A; 3ODD A; 2G52 A; 1HJ9 A; 2O8U A; 4OM9 A; 1HXF H; 5C5N A; 2F43 B; 4CRF A; 4JYU H; 4Y6D A; 1TRN A; 5J4Q A; 3STI A; 1UO6 A; 5L2Z H; 1GBT A; 4ASH A; 1WUN H; 4Y76 A; 1EJA A; 2LNC A; 3DFJ A; 3SJ8 A; 1VR1 H; 3A81 A; 1O31 A; 4BXS A; 5GWZ A; 1C1T A; 2J38 A; 2W3I A; 1W0J D; 6GCH F; 3AAS A; 2RFK C; 4DIH H; 1KLI H; 1SGC A; 1O2Q A; 1VIT H; 3EYD A; 3BTQ E; 3VXF H; 4Z1M D; 1CA0 C; 1OWE A; 1SGE E; 1SOZ A; 1UK3 A; 1C5W B; 1NZQ H; 2G8T A; 1QTF A; 2V0B A; 3ZZA A; 2JET B; 3SJK A; 1GMH G; 2ZGC A; 1UVT H; 1LPG B; 2QXG A; 4WVP E; 2A1D B; 1S84 A; 3A83 A; 1V2P T; 3HGN A; 2GV6 A; 1GI8 B; 3RXJ A; 1QBO A; 4YOJ A; 1EPT C; 2BDG A; 2NU3 E; 3RU4 T; 1Z8R A; 5HIY A; 1Z8J B; 4BTU B; 1UMA H; 4X0W U; 2HOB A; 3A7Y A; 3M5N A; 3BSQ A; 3NRL A; 4NFE A; 3UFA A; 4CBO A; 2C8Y B; 2FES H; 4DOQ A; 4E05 H; 5HGG A; 3GY5 A; 1KXC A; 2BDI A; 2VWO A; 3I78 A; 1NBM E; 2Q6D A; 1JXP A; 2YNB A; 3GY3 A; 3KN2 A; 1AND A; 2H9T H; 3LH1 A; 1UTL M; 1NBM D; 5DP6 A; 5HYO A; 4JK5 A; 3Q00 A; 2BDB A; 2H5D A; 1MTN B; 3P8N A; 1FJS A; 4YT6 H; 1O2G H; 2ZHF H; 3M7Q A; 3OTJ E; 3QTV H; 2HNT E; 1B0E A; 2OQU A; 2CF9 H; 3TPI Z; 1DIT H; 1G37 A; 3UQV A; 2R3U A; 4INL A; 1C5R A; 1MCV A; 1UHB A; 5A09 A; 2IPH A; 5C17 A; 2A4G A; 1IAU A; 2P8O B; 4GLY A; 5DKM A; 1YBW A; 1COW D; 2WHX A; 2ZU2 A; 2KCO A; 1CBW C; 3ZZ4 A; 1OWK A; 4Y79 A; 3M5L A; 3OX7 U; 3ZVF A; 3A84 A; 3PWB A; 4IMZ A; 1AVW A; 1BIT A; 1O2L A; 2GDE H; 1L1J A; 1KXD A; 2Q6F A; 3MH7 A; 3MH5 A; 5GXP A; 3U1J B; 1EAT A; 3E0P B; 2ZDL A; 1E37 B; 3CS0 A; 1OWD A; 2R0K A; 1D3P B; 3LKW A; 3TNS A; 2C8W B; 2P3F H; 1Y3V A; 1ZZZ A; 3P8G A; 3ZV8 A; 1C5Q A; 1RTK A; 7GCH F; 1C5X B; 2D2D A; 2QXJ A; 4ACB A; 2QIQ A; 2CK3 D; 3PLB A; 2BMG B; 4X6O A; 1IQG A; 3AK5 A; 3URD A; 1LHE H; 1GBF A; 1Z71 A; 1Z1I A; 1GJA B; 2HRV A; 3H7T A; 3VB6 A; 3GS9 A; 1YCP H; 1BTZ A; 4FET A; 1YPG H; 2F9U A; 3L6P A; 2FI4 E; 3HPT B; 5EXN A; 3VGC B; 2PWX A; 1GHY H; 2HVY B; 3KQ5 A; 5FBE A; 9LPR A; 4OS4 A; 1SMF E; 1EQ9 A; 4B73 A; 2VGC B; 5EJZ A; 5GPI B; 4MVN A; 1UJ1 A; 1TIO A; 2F91 A; 1RGQ A; 2BLW A; 8GCH G; 3FP7 E; 1K0H A; 1LPZ B; 4ZH8 A; 3NZI A; 3DD2 H; 1O34 A; 3SU3 A; 4BAK B; 1V2U T; 1RIW C; 3RLW H; 1J16 A; 2BD5 A; 1OPH B; 5DGJ A; 1ZPZ A; 3RXI A; 4BAM B; 5JPM H; 1SFQ B; 2C8X B; 3K65 B; 5FPT A; 1GHB F; 3RXS A; 4F55 A; 3BTH E; 3SU6 A; 2FXR A; 2VIW A; 4A6L A; 3PTN A; 2WYJ A; 5T1V A; 1OYQ A; 1BUI A; 1V2Q T; 3A7X A; 1EUF A; 4I8G A; 1TOM H; 1ETS H; 4ISO A; 2FX4 A; 1KLJ H; 2Z6B D; 1LHC H; 1THS H; 5HM9 A; 4BAO B; 2BB4 A; 1QY6 A; 3OFN D; 1W13 U; 1D3T B; 4TWW A; 2J9N A; 3T25 A; 3U8O H; 1O2U A; 1NRO H; 3LGY A; 3RU4 E; 3HK3 B; 1HAP H; 1P8V C; 2THF B; 4Q4L A; 4Y0Y E; 1AQ7 A; 4ZRO A; 1DXW A; 2BQW B; 2C90 B; 1VZQ H; 3P8F A; 3KF2 A; 1Z1J A; 3U9A H; 1MKW K; 2QAA A; 3K6Y A; 5PTP A; 5EW2 H; 2QXI A; 1A46 H; 3S69 A; 1BRU P; 3SUF A; 3RXQ A; 5E0J A; 1MQ5 A; 5JBT A; 1A0J A; 4A92 A; 1NT1 A; 4GCH F; 4LOY H; 2ZNK H; 1SGF A; 1W14 U; 6CHA B; 1EX3 A; 1YPH C; 5B6L A; 2OC8 A; 2WZQ A; 4X8U H; 5F8T A; 3RXR A; 1C5N H; 1B7X B; 1C2J A; 3C27 B; 5A8X A; 2J98 A; 2BY6 X; 3A82 A; 1UTO A; 4GUX A; 4M7G A; 5DN6 D; 1NRN H; 1AE5 A; 2BTC E; 5ETX A; 2ANM H; 1RRK A; 4FOU C; 4FUD A; 1QRW A; 3EQ0 H; 1DWC H; 4GHT A; 1TON A; 4U2W A; 1G3B A; 2ZFR H; 4WH8 A; 3K9X B; 2FPZ A; 3SGQ E; 1EZQ A; 1NM6 A; 2OTV A; 1G2M A; 1Z8I B; 1LTO A; 1EKB B; 1D6W A; 5DSF A; 1GI6 A; 4BTI B; 5GCH F; 2TBS A; 3PYH A; 1S0R A; 4HI3 A; 2DUC A; 2OK5 A; 1Q3X A; 4MQA A; 2VNT A; 2BXT H; 3QDZ B; 3PMJ A; 4BTT B; 1JMO H; 3E3T A; 1QRZ A; 3RP2 A; 4B75 A; 3TVJ B; 1ELC A; 1S6F A; 4WMF A; 3QUM P; 3C1K A; 3MU4 A; 2FOD A; 3MHW U; 2F83 A; 1EST A; 2Z3C A; 3BTW E; 3FAO A; 3ZZ3 A; 1GHA F; 1GVZ A; 3PM3 A; 2Y5G A; 2F9V A; 4TPI Z; 4CRA A; 3F1S B; 4I8J A; 1A5I A; 1GBA A; 3RXD A; 3HAT H; 3BEF B; 1GCD A; 1SGP E; 4KTS A; 1NTP A; 1DY9 A; 5J4S A; 3RUO A; 3DUX H; 1AUJ A; 5CHA B; 2SGA A; 4KTU A; 1V2W T; 3UIR A; 1A5G H; 1C5O H; 2P3U B; 3GIS B; 2HPQ H; 2R2M B; 1BRC E; 3GDV A; 2JH0 D; 3UNQ A; 3M7T A; 1SI5 H; 2NU1 E; 3TU7 H; 4GPG A; 1HAG E; 1AB9 B; 1KTS B; 3E1X B; 1O3F A; 2GCT B; 1C2H A; 2OC1 A; 2FOE A; 2J2U A; 2ULL A; 1OP2 A; 1NRS H; 1ZOM A; 2JJ2 D; 2R9P A; 2OBQ A; 3BG8 A; 3RXG A; 2A7H A; 3UNS A; 3LON A; 1O3P B; 1FY8 E; 2BY7 X; 1HFD A; 1VIT F; 4ZHA A; 2OC7 A; 1BTH H; 1WCZ A; 3LU9 B; 3TIT A; 1DE7 H; 1LHF H; 1V2L T; 4JZF H; 4M9F A; 2B0F A; 2W5E A; 4U30 A; 4NFF A; 5DPA A; 3MOC A; 3BTM E; 1UK4 A; 2VBC A; 4KEL A; 1BDA A; 1P05 A; 1TGN A; 3A7Z A; 1NC6 A; 1Y5A T; 2DE9 A; 3P17 H; 3GCH B; 1GPZ A; 5JBB S; 3O8B A; 1AB9 C; 3F3B A; 2Z3E A; 1GDQ A; 1D4P B; 3U69 H; 1FXY A; 5F53 A; 1C2G A; 3NPS A; 2NU2 E; 1K1L A; 4ZKR U; 2H6M A; 4F49 A; 1ZPB A; 3A8D A; 1W12 U; 1BCU H; 1XM1 A; 2B7D H; 1GMC G; 3RMO H; 3UR6 A; 3SNC A; 1XVM A; 1ZHR A; 1KXF A; 1O35 A; 1VJ9 U; 1JRT A; 5JYI A; 1TAL A; 2LEL A; 3VB7 A; 5LPR A; 2OC0 A; 3SO3 A; 4X8V H; 1ZLR A; 3SOS A; 3U28 C; 3S9C A; 1S0Q A; 2Q1J A; 4FUG A; 4THN H; 1G32 B; 2XBW A; 4WY3 A; 8KME 2; 1F0R A; 1GG6 B; 1OWH A; 3R0F A; 1CA8 B; 1C2L A; 1AZZ A; 1TMU H; 3LOX A; 3ZYD A; 4KTC A; 2AFQ B; 2BZ6 H; 3RXC A; 4D9R A; 3GCH C; 2W6I D; 2Y82 A; 2PTC E; 1H9I E; 3FZD A; 1P03 A; 1GL0 E; 1O3E A; 3QK1 A; 1XUI A; 1TBR H; 2AGE X; 2BOH B; 4O97 A; 1DLK B; 1O3C A; 1S6L A; 2STB E; 3UTU H; 3KCG H; 1MZA A; 4R8T B; 4AFZ A; 2ZG0 H; 2LP6 A; 1NES E; 4Z0K A; 3SUE A; 3SUD A; 3TGJ E; 3O8C A; 1V2R T; 3VB4 A; 1OP8 A; 1A61 H; 2VWL A; 3UWJ H; 4H4F A; 4MNX A; 1QB1 A; 3E6P H; 2ZIQ H; 1SQT A; 3FFG A; 1O2T A; 4FU7 A; 1DXP A; 1GG6 C; 1AY6 H; 4YLU A; 3RDZ A; 1GBE A; 1A4W H; 4OGY A; 1YF4 A; 5FAH A; 3N99 A; 1QJ6 B; 1MTS A; 5BRR E; 1GCT C; 5E2O A; 4JCN A; 1GBL A; 1O39 A; 4AC9 A; 2ZGX H; 1PPZ A; 4Q2K A; 1DAN H; 1YGC H; 1DUA A; 3RXP A; 2BOK A; 4YXW D; 1S82 A; 1KYN A; 1ELD E; 1ZTK A; 3UOU A; 1GMD F; 1X7A C; 2G00 A; 2JJ1 D; 3N7D A; 2GTB A; 1Y8T A; 2P95 A; 2VIO A; 1FAX A; 2XC5 A; 4K60 A; 5KGO A; 2P93 A; 1SSX A; 1GBK A; 4QT8 C; 3F2G A; 1C4Y 2; 2RG3 A; 4CRB A; 3M3V A; 3AVZ A; 2W26 A; 5F8Z A; 2EA3 A; 1GHW H; 3H7O A; 1Y3Y A; 2NU4 E; 2F4L A; 1AUT C; 5F03 A; 4CRD A; 3ZVB A; 1F0U A; 1VJA U; 1P12 E; 4BAN B; 1XUH A; 1MKX K; 1AKS A; 1TPA E; 1MTU A; 2Z9J A; 1TX7 A; 1ZYO A; 2WV9 A; 3CS7 A; 5ESB A; 2Y5H A; 4D7G A; 1TPO A; 1HAZ B; 3VB3 A; 1CVW H; 4ZXY H; 1FPH H; 4NG9 H; 2AGI X; 3RC6 A; 4ABD A; 1J8A A; 3V7T A; 2KFW A; 4AGJ A; 1YP9 A; 1RS0 A; 3F0P A; 1C1S A; 4YZU A; 1O3I A; 1K1J A; 1J9C H; 1QB9 A; 3RMM H; 3M5M A; 1YY3 A; 1JWT A; 1UVP A; 1QL8 A; 2BD4 A; 3S7K B; 1HLT H; 1SLX B; 2ASU B; 2WPK S; 4XD7 D; 1P9U A; 3ATI A; 5C94 A; 2XCN A; 1WAY B; 3LIW A; 2PW8 H; 1LDT T; 1ELA A; 3ZVA A; 1QUR H; 1GJ8 B; 2KCY A; 4CBN A; 1IQK A; 2OUA A; 2PFE A; 1Y5B T; 2J97 A; 3CP7 A; 9EST A; 3B23 B; 1GJ5 H; 3OEE D; 5DP5 A; 1MQ6 A; 5T6D A; 2A7C A; 4AOQ A; 2ZTY A; 1KXE A; 1C1Q A; 1YYY 1; 4FVB A; 4XOJ A; 2P16 A; 4MPV A; 1P2I A; 4TT3 D; 2Z9K A; 4ZCN A; 3B9F H; 1C5Y B; 4ZMA H; 5IYT A; 1OWI A; 1Q2W A; 2P94 A; 2PKA A; 1AVX A; 1GHX H; 4O03 A; 1WSS H; 1O2R A; 1F5K U; 4DT4 A; 3Q3X A; 1GVK B; 3TJN A; 4F4O C; 4ZKO U; 2RCE A; 3PWC A; 1SFI A; 1O5G H; 2ZDV H; 2VVC A; 3M3S A; 1ELF A; 3KQE A; 1BT7 A; 2DE8 A; 2KAI A; 2SNV A; 1ZJD A; 2VU8 E; 1MD7 A; 2JH5 D; 4SGA E; 1UCY K; 3BTE E; 3ODF A; 2KZ4 A; 1DY8 A; 1E1R D; 1GMH F; 2NU0 E; 4JMY A; 2FOG A; 2A5I A; 1GBH A; 2ZGH A; 3SV7 A; 2BD8 A; 1LHD H; 3OSY A; 3FO8 D; 1OOK B; 1QA7 A; 1UTN A; 2HWL B; 2FTL E; 1EZS C; 2XRC A; 3RXF A; 1OKX A; 3D23 A; 1H8E D; 2XWB I; 4ZHL U; 3KYG A; 4X1S U; 1HUT H; 2C93 B; 5TCA A; 1T32 A; 4UEH H; 3BTD E; 1YWU A; 5C2Z A; 2UUF B; 3EA7 A; 2SFA A; 3ATM A; 5AVD A; 1EPT B; 4IS5 A; 1YC0 A; 2XNI A; 1C4U 2; 1W7G H; 3DSO A; 2CGA A; 1VCQ A; 3FVF B; 4BNR A; 1DX5 M; 3IWM A; 1AFQ C; 1INC A; 1J17 T; 1C2M A; 2G81 E; 1JBU H; 2A0Q B; 3F68 H; 1CGJ E; 4IGD A; 4B2C A; 4H6S B; 2H1U A; 2WUB A; 4TSF D; 4VGC B; 1CQQ A; 4D9Q A; 2ANK H; 2ZDA H; 4WWY A; 5I25 A; 4I31 A; 1FNI A; 2AS9 A; 1FY4 A; 3Q76 A; 4X6N A; 1O3L A; 5TJX A; 2V3M A; 1FZZ A; 1Z6E A; 1QBV H; 7KME H; 4X8T H; 2A2Q H; 1TMB H; 2J94 A; 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