1VLIA

Crystal structure of spore coat polysaccharide biosynthesis protein spse (bsu37870) from bacillus subtilis at 2.38 a resolution
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
367
structure length
358
Chain Sequence
AAFQIANKTVGKDAPVFIIAEAGINHDGKLDQAFALIDAAAEAGADAVKFQMFQADRMYQKDPDVSIFSLVQSMEMPAEWILPLLDYCREKQVIFLSTVCDEGSADLLQSTSPSAFKIASYEINHLPLLKYVARLNRPMIFSTAGAEISDVHEAWRTIRAEGNNQIAIMHCVAKYPAPPEYSNLSVIPMLAAAFPEAVIGFSDHSEHPTEAPCAAVRLGAKLIEKHFTIDKNLPGADHSFALNPDELKEMVDGIRKTEAELKQGITKPVSEKLLGSSYKTTTAIEGEIRNFAYRGIFTTAPIQKGEAFSEDNIAVLRPGQKPQGLHPRFFELLTSGVRAVRDIPADTGIVWDDILLKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE (BSU37870) from Bacillus subtilis at 2.38 A resolution
rcsb
molecule keywords Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Bacillus subtilis
total genus 106
structure length 358
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03102 NeuB NeuB family
A PF08666 SAF SAF domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vliA01
3.90.1210.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain 1vliA02
1OHLA 3VNDA 5FF0A 1P4CA 5I3JA 2E5CA 1PE1A 3A23A 2VFIA 3G1FA 2GJLA 4GBUA 1A5CA 1XKYA 3RF9A 4GUFA 4JTKA 2PC4A 3KVJA 4GE8A 1EUNA 2B7QA 3I7QA 4O1AA 2CLKA 1LRQA 4N6EA 4QQ3A 2BLEA 1EWEA 4FXRA 3HMJG 5K2ZA 2JKPA 5C55A 3UWZA 1WBJA 5LNRA 4XKYA 4PH6A 4UIOA 3L9CA 3UPBA 4PFMA 3M5XA 3C56A 2V2DA 5AYYA 5FF3A 1TTIA 2B0MA 2NV2A 3CIWA 1IXQA 4DPQA 3G1HA 3W23A 2W0UA 3PB2A 4JEQA 4JYDA 3W1NA 4O0ZA 3DHFA 4BR1A 3SGUA 2VEIA 2F84A 1EEPA 3UWYA 3P67A 4I9AA 3ZFHA 1QR7A 1KLYA 5D02A 3SW6A 1VLWA 2R91A 1SSGA 2QJHA 3IVSA 5G2WA 2JGYA 3R5EA 3NO5A 4X3ZA 2ZRZA 2V2HA 4I7VA 1TPWA 8AMEA 2ZA3A 4Z08A 2EPHA 3W85A 1G4TA 2XN1A 2J9YA 4JGDA 5DY2A 3WK3A 5F4SA 2QJGA 2Y7DA 3QW4B 1TPDA 3LRLA 1GZGA 3TJLA 5CZSA 2RDTA 1TRDA 1LBLA 1CX9A 4UTTA 2A85A 4QIUA 4IX2A 1QPQA 5G1YA 3RDNA 4FNRA 3BG5A 5AHLA 2ZFAA 4ALDA 5LHFA 2YFNA 3TE9A 5IBXC 1DQWA 2ZTKA 4KFPA 1OFDA 4LUIA 2Y6ZA 1MZHA 3PUDA 3P82A 3B0UX 1R2SA 5K9CA 3CC1A 3C3NA 4LV4A 1QNVA 4X2RA 1ONRA 3GDRA 1H7WA 2CWNA 3CQ0A 5F1UA 2Q3RA 3FOKA 2ZDRA 1H60A 2E5BA 3HPSA 1XBYA 1WV2A 4MFEA 2EF9A 3W7MA 2ISSA 4WY0B 4Y6GA 3GDKA 3UD6A 1GVQA 4MJZA 4JTHA 4Z0JA 4M7TA 5L9FA 1K7XA 1QCWA 3C2FA 5CZJA 4UTMA 1LTDA 2J6XA 1YPIA 3DI1A 1MEHA 4LRSA 4HKPA 1ZY9A 5F1VA 1QO2A 1YXYA 3GLCA 4O15A 4Z1CA 4BI7A 3BO9A 3GX9A 2E6DA 1KV8A 1EWDA 4LY8A 1TPEA 3QEZA 1H1ZA 1G4PA 3TMLA 2FPTA 3Q94A 3CEUA 3M16A 4IMFA 4NNCA 4POCA 1FDZA 3NQVA 3W70A 2TRSA 4KFOA 3QH2A 4CNPA 5GVJA 3W22A 1FWTA 4R33A 5D33A 4NQ1A 1UASA 3KFTA 2NWSA 4OV9A 5DBUA 1OX4B 4WXYA 1GT8A 1XCFA 1ME7A 1TTPA 3PBUA 3KRZA 1C29A 5K4XA 4A3UA 3UYCA 4RXGA 3O6DA 4NJJA 4WY0F 4IMCA 2OT1A 5D32A 2WPBA 2V0TA 2J88A 4JDYA 1JUKA 1XUUA 3PG8A 3S5OA 3LXBA 3LOTA 2XFWA 5EYWA 1SUXA 1XBZA 4XUGA 3G8RA 3W72A 1EA0A 5LHEA 4NX5A 3A22A 2Y7GA 1C89A 3UWQA 2O7SA 3M5YA 4PODA 3GNDA 4JXCA 2A6NA 2ZA1A 1IGSA 1O4UA 2V2CA 3USBA 4PA8A 3E9AA 2NX3A 3ATYA 5K9DA 3FFSA 3NPUA 3QJAA 3TROA 5IM51 1TPVA 4OHQA 1RQHA 3LCGA 1PHWA 2OT0A 5DXXA 1JCNA 2VENA 1EKLA 3GIYA 1HG3A 2CFFA 1Q6LA 4A21A 3L5AA 3LXAA 4O52A 1TSIA 3NQCA 5AOUA 1IXNA 2C18A 2O7QA 4L4MA 4LVBA 1RQEA 4UFKA 1W3TA 1UUOA 1KFCA 3BV4A 3PM6A 1QMLA 1Q6RA 2YGYA 3EWYA 4UNLA 5LNWA 2RDUA 4UMAA 1G4SA 2QKFA 3DAQA 5HR6A 4J9JA 4RV8A 3W7IA 3A5VA 2HTMA 4JTSA 3GDMA 3MI6A 2BSLA 2RH9A 1P1XA 1LRTA 3BVJA 3M1ZA 1A5BA 3CLMA 3H54A 3R13A 4AEOA 3CTLA 5LGXA 1X6UA 3QC3A 4IQLA 2OMAA 1KM6A 4UTHA 5G2IA 1GG0A 1GWJA 1FCBA 4O1DA 3SGZA 2JK2A 1I4NA 1G67A 2GVLA 2V8ZA 3EXTA 1JCXA 4IMGA 4MFDA 4AVFA 2J9XA 2I9EA 5AB3A 3L0NA 1XL9A 3BLEA 1G7VA 3H53A 5CPMA 2JKEA 3N34A 7MSIA 3GR8A 3TA6A 3KRSA 4M6QA 3TCEA 2YPIA 3W84A 2WOQA 2E6FA 3CEPA 3GDTA 2CLEA 1W3NA 3LTPA 2NV1A 2PRHA 4E0CA 3AJXA 4QNWA 2A6LA 4Q33A 3DFTA 3NDOA 3LHZA 4JNMA 5K9XA 5KZMA 1EUAA 2ZQ0A 3M0ZA 3NYZA 2OX1A 5KINA 3LERA 3CIXA 3PUEA 4YWIA 4XTDA 2WV8A 2ZZ3A 2Y88A 3L2IA 4PCFA 1H7OA 2FPVA 1KTNA 4A2RA 2YW3A 3PUOA 4HIBA 1TTQA 3W1AA 1SO3A 3MWAA 5K3VA 2C19A 1GZIA 2FJKA 3BGGA 2KZHA 3LHTA 3EX1A 3KOFA 3I6RA 3RLVA 3S42A 1G69A 3STFA 1XFBA 4QM1A 2H8XA 3WJXA 2A7NA 4UTWA 3LHYA 1Q6QA 3BW3A 4NNBA 2V5LA 5BMWA 3MYOA 3N9SA 1DV7A 5FEPA 6AMEA 5FF7A 3HB9A 2LLEA 3F4NA 3NQ7A 4RCXA 1FBAA 4N9DA 1LZOA 1ME9A 3MJYA 5KSWA 1RVGA 4JTEA 3NPXA 4O4WA 1AMKA 1TQXA 2VFHA 3GAYA 3G22A 1OYBA 3ZR4A 3EXRA 1ICQA 3N73A 3S9YA 3NQMA 1JULA 4IMEA 1K3UA 2VEPA 2C16A 4K36A 1TPH1 3HF3A 4O1BA 5MSIA 3E49A 4Z1DA 4UUIA 2J27A 3LHWA 1EPXA 4WXZA 2QCCA 4LTSA 2QUVA 3W9ZA 3JRKA 4JS3A 2ATSA 3T4CA 2TSYA 2QUTA 2WNZA 3R2GA 2YSWA 5F2MA 2QCDA 3M47A 3F03K 1TYGA 2ZZ4A 1FWWA 1W5OA 2XN2A 3R8RA 1AL8A 1JJKA 1F76A 2OZ0A 4KWVA 3HO8A 3HG3A 1C8AA 4CQ8A 3EKLA 4JYEA 1SO4A 1EX5A 2DZUA 3GNNA 4MY9A 1N55A 4FNTA 1NF7A 4ZQPA 3T7VA 2YYUA 4LC8A 2JGQA 1THFD 2W79A 2NX9A 1DHPA 4ADTA 3L67A 1VRDA 1PS9A 4GUIA 5F2IA 1JCJA 4IMDA 4XKYB 2UV8G 3V1PA 3UY8A 2A0NA 1JCYA 3KXQA 3TIMA 1VCFA 3KVMA 2PE4A 1LYXA 3EEGA 5C54A 2CLFA 3B0PA 1VCVA 3W7OA 2ZRVA 4XWUA 1SW0A 4K8EA 2Y62A 4MLJA 2DZWA 3C2RA 3B0VC 5TQLA 1EIXA 1P0NA 4M6VA 3STEA 5CG7A 1FWNA 5FESA 3NG3A 4MYXA 1JABA 4AHQA 2D73A 5EY5A 5E93A 2ZZ5A 1GPWA 4LVGA 1F5ZA 3NPWA 5AC6A 3FEMA 3W2LA 3QF0A 3W7DA 3INPA 5DN1A 3E0IA 1GYLA 1I2OA 3NQGA 3IIPA 4JIPA 4LT9A 1F73A 4GFSA 4EF9A 3PY2A 5TBOA 1QOQA 5I3GA 4HT3A 4N9BA 3UZJA 3W73A 2DP3A 1B57A 4BK9A 8MSIA 3G1DA 1VH7A 2X30A 4NUWA 5G5IA 3QMRA 2H6RA 1JRBA 4UCGA 1ALDA 4UTJA 1SW3A 1WQ5A 4XZ9A 2YW4A 2QCFA 2V30A 1MO0A 3NL3A 3SZ8A 1VGAA 1R30A 3HG5A 3P8JA 4IGHA 5CPLA 4UTKA 3FKKA 5F2LA 2YXGA 3R89A 4I7WA 1DJQA 4FNUA 2NXIA 3HG4A 2X2GA 4UFJA 5IBXA 4H3DA 5D2YA 4DF2A 1SO6A 4E2BA 2X1SA 1OFOA 3CU2A 3W86A 3G0SA 3KAOA 4Y8FA 3S1UA 3PWAA 2FDSA 3B03A 2C14A 3FRNA 3CHVA 3NQFA 4S2CA 2OCZA 1JCLA 3LLDA 3DKLA 3S1WA 3DFPA 1F6PA 1BWLA 1TJRA 3DFOA 3O6YX 1FCVA 4H6KA 1KA9F 1A5AA 1FUYA 3PAJA 3W1QA 2QF7A 5CGQA 4N4PA 1MSIA 3B05A 1YDOA 5U7SA 4JN6A 4LV9A 1G7UA 4HNTA 4UTLA 3TNOA 1LRNA 1RD5A 4UR6A 1OVDA 3KX6A 1JRCA 2B7NA 4UFIA 2MSJA 1R2TA 5C5YA 4QSHA 3W7LA 2RFGA 2V81A 5AHMA 3NL6A 1I2PA 3MP4A 1LOLA 4IPIA 4CLMA 3AMEA 1HL2A 1DVJA 1KBIA 2OJPA 5AHNA 4WOZA 1VR6A 2FB2A 3CT7A 1NVMA 3TAKA 2YR1A 5DY3A 4K7VA 1TB3A 1OYCA 1TQJA 3SR7A 3TQ0A 4C1LA 2J9ZA 4FXSA 1YTKA 2RDWA 5SWUA 2F7FA 3W88A 4DO6A 1OF8A 2X1UA 3ABSA 4PTNA 3W1PA 3OHIA 4K38A 2RKXA 4NU7A 5CPOA 1O95A 3L66A 3CB8A 3BARA 4L4LA 1H62A 4KFNA 5LSMA 1O5XA 3G1SA 1T96A 5FEZA 1SFLA 2ALDA 2Y63A 2W6RA 3HJZA 3DI0A 3W1MA 4G1KA 4O11A 3DFSA 3LRMA 3IVUA 3RU6A 1F6KA 2VFGA 4HPXA 1V7YA 3NL2A 5KITA 1W54A 4M6PA 4LC6A 3GXNA 3RLUA 2EAWA 5AHIA 3IIXA 4PC8A 4JTIA 4TIMA 1Z41A 3N3MA 1IXPA 2C13A 1BKSA 1T99A 4TU1A 1PHQA 3YPIA 4GUHA 1VZWA 3WK0A 1LBMA 3IGUA 3W07A 1Q3NA 3C2EA 4UXDA 4LVDA 3UZ5A 4XQ6A 1GEQA 3QW3A 4UMCA 4UR7A 1JR1A 1W0MA 5DCBA 1XDLA 3FJ6A 5D04C 5AHFA 2Z2UA 1OF6A 4GXMA 1LOSA 3LXCA 5LZLA 3W2JA 2Z1BA 1WOBA 2PRLA 2G97A 2ZYFA 3QMSA 1A5SA 4Z0SA 1RQBA 5CPNA 3RK8A 1XM3A 1R2RA 1KV5A 1ICSA 1RZMA 4DXVA 3MHUA 3PBYA 3F4WA 2A7RA 1HUVA 4LW7A 2QDGA 4WOQA 4O17A 5BMXA 4NXSA 2Z6IA 3WJWA 1NEYA 3EB2A 5MHBA 1GG1A 3W74A 1YLVA 5C2XA 1X1OA 5LNVA 3DU0A 4WD0A 2VKZG 5LNUA 3LHUA 1SO5A 1OFAA 2FFCA 3EWBX 3OA3A 4NJIA 1KM5A 3PSVA 5G2HA 3LRKA 4LU0A 1ML1A 2X1RA 1S5TA 2LX2A 2AMEA 1OFQA 1WDWA 1B7KA 3FLUA 4N6FA 1ZAIA 1KFEA 4H4IA 2CZDA 1GVOA 7TIMA 1OJXA 4OWGA 4BWLA 4WJEA 1ME8A 3QYQA 2NXHA 3C52A 4FO4A 4NNAA 3B4UA 4FIQA 3ZS4A 4GNJA 1NSJA 1I2QA 5F2GA 3W1XA 2DJLA 4O28A 1QAPA 3NQDA 4K39A 1H7PA 3PB0A 1Q6OA 1TJPA 3QRHA 4U4MA 3W7KA 3AO0A 4QAIA 3O8AA 3LTSA 1W5PA 3OIXA 2C6QA 3CPRA 3P5ZA 4PEKA 1ZAJA 1OG0A 3T78A 3JS3A 4MJMA 1TPFA 3P81A 2ZRUA 4ZL1A 1IIGA 4LOCA 3LLFA 3S5NA 1W37A 2FB3A 3UWUA 2R8WA 1LLZA 3EWXA 3U8GA 4EOUA 7AMEA 2PCQA 4OBTA 5KZEA 2VFEA 4JX4A 4RLIA 3F1QA 3TQVA 3BW2A 4P61A 1L6YA 1WX0A 4W9TA 2JBMA 2NUYA 4O14A 4LS0A 1TV8A 2VXNA 2GQ9A 4DBEA 3TXZA 3LCWA 9MSIA 3M9YA 3N2MA 1IXOA 3W7NA 1TMHA 4KKXA 2EKCA 3PS7A 4S2BA 3TW7A 3WJZA 2QCDB 3G0XA 4MZYA 3DZ1A 3PSWA 3P74A 4YXGA 3IVTA 2YX0A 3P80A 3TFCA 1I2RA 2WNNA 3EXSA 4JY9A 3HG2A 3NPVA 1C8VA 3N19B 4NVTA 3W7HA 2QR6A 3TW6A 3R12A 3LCLA 4N02A 3EX3A 1YTDA 5F4XA 3W2KA 1W1ZA 1TREA 4PL2A 5BNKA 2WO5A 2Z0IA 1F2JA 1OX5A 4RZ5A 3P5YA 1O5KA 4BWLC 1AW5A 3G18A 5G4WA 4ZVJA 1DJNA 1AW2A 5BRBA 1KM1A 1EP2A 3G24A 3FYPA 3GZ3A 5HWNA 3A24A 1B4EA 1JVNA 5HNRA 1S5WA 1FQ0A 1KDFA 3OG3A 4K6AA 3W1RA 4O4VA 4MIMA 1KTBA 3NNTA 4X22A 3UQNA 3QQ1A 5E0KA 1LLWA 3BK0A 3G1XA 4MSIA 1FDJA 4NJKA 3WJYA 3E02A 1FCQA 4R34A 3N14A 1QDSA 1B3OA 2DU2A 5I3HA 1HFBA 3GYEA 3FA5A 1TCDA 2BX7A 4K37A 2GQAA 2FQIA 5D09A 3MW7A 5HWJA 3ZWTA 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 3BPW A;  5CKS A;  1XBX A;  3LCX A;  1GYN A;  4DQW A;  1I8J A;  1VQT A;  1LOQ A;  2Y70 A;  4CQ9 A;  5AFD A;  2QDH A;  1MXS A;  5BOO A;  1KDE A;  4JTJ A;  1XXX A;  1FWR A;  5BW6 A;  3W1U A;  4WX2 A;  4R53 A;  5AYX A;  5HJL A;  4BFA A;  3P8I A;  2C0A A;  3L0K A;  4RZ6 A;  3MYP A;  4M19 A;  1UBS A;  5D2T A;  3EX2 A;  4UTI A;  3W7G A;  2NZL A;  5J5R A;  3PF3 A;  2SPG A;  1OAB A;  5KTL A;  1KFL A;  5D2V A;  1QPO A;  4N9E A;  4JD4 A;  3C2O A;  3TXV A;  3WJS A;  3W7P A;  1C9D A;  4YCP A;  1MEW A;  4AXK A;  4DO4 A;  8TIM A;  1KM3 A;  4CCE A;  4DBD A;  1SZG A;  1H7R A;  1SPQ A;  4TR9 A;  1NF0 A;  1M7P A;  1SSD A;  3EKZ A;  3GKA A;  1LCO A;  3KVL A;  4AAJ A;  3L68 A;  3I7R A;  4DPP A;  1SW7 A;  1WOA A;  3M43 A;  3NM1 A;  3G3D A;  3G3M A;  4ZQO A;  3IV3 A;  3EWU A;  2C15 A;  2Y7F A;  3QMT A;  4EF8 A;  2PRM A;  2RHG A;  3TFX A;  5D03 A;  2E77 A;  3TMQ A;  3GKF A;  3B06 A;  4N9C A;  4FF7 A;  5EA9 A;  2P10 A;  3UPW A;  3THA A;  4OU1 A;  1K03 A;  1KFK A;  3FIG A;  1TO3 A;  4O18 A;  3N2X A;  1HTI A;  4JDB A;  4IWW A;  1HO1 A;  1KFJ A;  4RK8 A;  3LDV A;  4M5P A;  2P0O A;  3HBL A;  4JTF A;  1K8X A;  3LCI A;  3IIV A;  2YZR A;  5E1Q A;  5FF2 A;  4LS2 A;  4O10 A;  1FX6 A;  2ZCG A;  3IIZ A;  5D2W A;  4RR4 A;  2HMC A;  4HSO A;  4M7S A;  3LI0 A;  2H3B A;  2CW6 A;  3LV5 A;  3OEX A;  4UFL A;  2B7P A;  3S1X A;  3TC6 A;  2J24 A;  3E96 A;  4JTT A;  4MOZ A;  3DEN A;  2JIA A;  2FIQ A;  4N4Q A;  3DGR A;  1SU5 A;  3P62 A;  4HPJ A;  1R46 A;  4TMC A;  4UTW C;  2ZZ1 A;  1QOP A;  3EX4 A;  4EIV A;  5G4E A;  3IEB A;  1JUE A;  1VPX A;  3W75 A;  1SZN A;  1Z48 A;  2C1H A;  1DKW A;  3UXA A;  3B04 A;  1O94 A;  1ZAL A;  1ZAH A;  4HNV A;  4B5N A;  1SQ7 A;  3NXF A;  1GVS A;  3O1N A;  2R94 A;  5FI8 A;  4MZ1 A;  2HS6 A;  3S0C A;  2Y85 A;  2FLI A;  3C6C A;  3HPZ A;  4LWW A;  3BG3 A;  4FX7 A;  5KZD A;  1S3H A;  3UWV A;  4ORM A;  5FEW A;  4O50 A;  4UFM A;  3STG A;  4MZ8 A;  4DO5 A;  2NX1 A;  1W5N A;  2CZF A;  2EHH A;  2WSR A;  1K8Y A;  3MBF A;  1B9B A;  3O6C A;  4MVA A;  3W7E A;  3QQ0 A;  2I14 A;  4RXF A;  1VHC A;  2H90 A;  2QEZ A;  5LGZ A;  1KM0 A;  1KW1 A;  1B7J A;  1EB3 A;  1IF2 A;  3VE7 A;  1M5W A;  3LX9 A;  3NM3 A;  4LS1 A;  1FY6 A;  3I68 A;  4O8R A;  1A53 A;  2AQW A;  3RFA A;  3L5M A;  3QZE A;  3IRD A;  4HNU A;  9AME A;  2EGZ A;  1I2N A;  3PR2 A;  5HUP A;  2GQ8 A;  2E68 A;  2A1Y A;  2GJN A;  3NLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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