1VQ5O

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 34
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq5O00
1VQPL 1W2BK 1YITL 1KQSK 1VQ6L 3CCVO 1JJ2N 1VQKL 3CCQL 3CCEO 1N8RP 1VQ5O 3CCLO 1YJWO 1QVFK 3I55L 1YJ9O 3CC4O 3CC2L 3CCSL 1JJ2K 1K73P 3CMAO 3G71O 1KC8M 1VQMO 3CXCN 1YJNO 3CCVL 3CCEL 1Q81M 2OTJO 3CMEO 1VQNL 2QA4L 1KC8P 1NJIM 1YJWL 1KD1M 1Q82P 3CXCK 1VQ7O 3CCUO 1VQOO 1K73M 2QEXO 3G6EO 1Q81P 1M90M 3CCMO 3I56O 1M1KP 3CC7O 1K9MP 1QVGK 1NJIP 1KD1P 3CCJL 1S72L 1K8AM 1VQ4O 1YIJL 1VQLL 1VQ8O 3G4SO 1M90P 1Q82M 1VQOL 1K8AP 1VQ5L 3G6EL 1M1KM 1K9MM 1YI2O 3CCLL 1YHQO 1YJ9L 3CC4L 1VQ4L 3CMAL 1VQPO 3G71L 1YITO 1VQML 1YJNL 3CCQO 1Q7YM 2OTJL 3CCRO 3CMEL 1YI2L 3CC2O 1VQ9O 1VQ7L 3CCUL 1Q7YP 2QEXL 2OTLO 3CCML 3I56L 3CC7L 1Q86M 3OW2N 3CD6O 1VQNO 2QA4O 3CPWN 3CCRL 1VQ8L 1VQ6O 1VQKO 3G4SL 1VQ9L 1Q86P 3OW2K 1W2BN 1KQSN 2OTLL 3CPWK 3I55O 3CCJO 1N8RM 1YHQL 1S72O 3CD6L 3CCSO 1YIJO 1VQLO 1QVGN 1QVFN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQPL 1W2BK 1YITL 1KQSK 1VQ6L 3CCVO 1JJ2N 1VQKL 5DLJA 3CCQL 3CCEO 1N8RP 1VQ5O 5DS5A 3CCLO 1YJWO 1QVFK 3I55L 1YJ9O 3CC4O 3CC2L 3CCSL 1JJ2K 5FCLA 5DS6A 1K73P 5DQTA 5DS4A 3CMAO 3G71O 1KC8M 1VQMO 3CXCN 1YJNO 3CCVL 3CCEL 3NKDA 1Q81M 2OTJO 3CMEO 1VQNL 2QA4L 1KC8P 1NJIM 1YJWL 1KD1M 1Q82P 3CXCK 1VQ7O 4W8KA 3CCUO 1VQOO 1K73M 2QEXO 3G6EO 1Q81P 1M90M 3CCMO 3I56O 1M1KP 3CC7O 1K9MP 4P6IC 1QVGK 1NJIP 1KD1P 3CCJL 1S72L 1K8AM 1VQ4O 1YIJL 1VQLL 1VQ8O 3G4SO 1M90P 1Q82M 1VQOL 1K8AP 1VQ5L 3G6EL 1M1KM 1K9MM 1YI2O 3CCLL 1YHQO 1YJ9L 3CC4L 1VQ4L 4N06A 3CMAL 1VQPO 3G71L 1YITO 1VQML 1YJNL 3CCQO 2YZSA 1Q7YM 2OTJL 3CCRO 3CMEL 1YI2L 3CC2O 1VQ9O 1VQ7L 3CCUL 1Q7YP 2QEXL 2OTLO 3CCML 3I56L 3CC7L 1Q86M 3OW2N 3CD6O 4QDLA 1VQNO 2QA4O 3CPWN 3CCRL 4WJ0A 1VQ8L 1VQ6O 1VQKO 3G4SL 1VQ9L 1Q86P 3GODA 5DQZA 3OW2K 1W2BN 1KQSN 4XTKA 2OTLL 3CPWK 3I55O 3CCJO 1N8RM 1YHQL 1S72O 3CD6L 3CCSO 1YIJO 1VQLO 1QVGN 1QVFN
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQPL 1W2BK 1YITL 1KQSK 1VQ6L 3CCVO 1JJ2N 1VQKL 5DLJA 3CCQL 3CCEO 1N8RP 1VQ5O 5DS5A 3CCLO 1YJWO 1QVFK 3I55L 1YJ9O 3CC4O 3CC2L 3CCSL 1JJ2K 5FCLA 5DS6A 1K73P 5DQTA 5DS4A 3CMAO 3G71O 1KC8M 1VQMO 3CXCN 1YJNO 3CCVL 3CCEL 3NKDA 1Q81M 2OTJO 3CMEO 1VQNL 2QA4L 1KC8P 1NJIM 1YJWL 1KD1M 1Q82P 3CXCK 1VQ7O 4W8KA 3CCUO 1VQOO 1K73M 2QEXO 3G6EO 1Q81P 1M90M 3CCMO 3I56O 1M1KP 3CC7O 1K9MP 4P6IC 1QVGK 1NJIP 1KD1P 3CCJL 1S72L 1K8AM 1VQ4O 1YIJL 1VQLL 1VQ8O 3G4SO 1M90P 1Q82M 1VQOL 1K8AP 1VQ5L 3G6EL 1M1KM 1K9MM 1YI2O 3CCLL 1YHQO 1YJ9L 3CC4L 1VQ4L 4N06A 3CMAL 1VQPO 3G71L 1YITO 1VQML 1YJNL 3CCQO 2YZSA 1Q7YM 2OTJL 3CCRO 3CMEL 1YI2L 3CC2O 1VQ9O 1VQ7L 3CCUL 1Q7YP 2QEXL 2OTLO 3CCML 3I56L 3CC7L 1Q86M 3OW2N 3CD6O 4QDLA 1VQNO 2QA4O 3CPWN 3CCRL 4WJ0A 1VQ8L 1VQ6O 1VQKO 3G4SL 1VQ9L 1Q86P 3GODA 5DQZA 3OW2K 1W2BN 1KQSN 4XTKA 2OTLL 3CPWK 3I55O 3CCJO 1N8RM 1YHQL 1S72O 3CD6L 3CCSO 1YIJO 1VQLO 1QVGN 1QVFN
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQP L;  1W2B K;  1YIT L;  1KQS K;  1VQ6 L;  3CCV O;  1JJ2 N;  1VQK L;  3CCQ L;  3CCE O;  1N8R P;  1VQ5 O;  3CCL O;  1YJW O;  1QVF K;  3I55 L;  1YJ9 O;  3CC4 O;  3CC2 L;  3CCS L;  1JJ2 K;  1K73 P;  3CMA O;  3G71 O;  1KC8 M;  1VQM O;  3CXC N;  1YJN O;  3CCV L;  3CCE L;  1Q81 M;  2OTJ O;  3CME O;  1VQN L;  2QA4 L;  1KC8 P;  1NJI M;  1YJW L;  1KD1 M;  1Q82 P;  3CXC K;  1VQ7 O;  3CCU O;  1VQO O;  1K73 M;  2QEX O;  3G6E O;  1Q81 P;  1M90 M;  3CCM O;  3I56 O;  1M1K P;  3CC7 O;  1K9M P;  1QVG K;  1NJI P;  1KD1 P;  3CCJ L;  1S72 L;  1K8A M;  1VQ4 O;  1YIJ L;  1VQL L;  1VQ8 O;  3G4S O;  1M90 P;  1Q82 M;  1VQO L;  1K8A P;  1VQ5 L;  3G6E L;  1M1K M;  1K9M M;  1YI2 O;  3CCL L;  1YHQ O;  1YJ9 L;  3CC4 L;  1VQ4 L;  3CMA L;  1VQP O;  3G71 L;  1YIT O;  1VQM L;  1YJN L;  3CCQ O;  1Q7Y M;  2OTJ L;  3CCR O;  3CME L;  1YI2 L;  3CC2 O;  1VQ9 O;  1VQ7 L;  3CCU L;  1Q7Y P;  2QEX L;  2OTL O;  3CCM L;  3I56 L;  3CC7 L;  1Q86 M;  3OW2 N;  3CD6 O;  1VQN O;  2QA4 O;  3CPW N;  3CCR L;  1VQ8 L;  1VQ6 O;  1VQK O;  3G4S L;  1VQ9 L;  1Q86 P;  3OW2 K;  1W2B N;  1KQS N;  2OTL L;  3CPW K;  3I55 O;  3CCJ O;  1N8R M;  1YHQ L;  1S72 O;  3CD6 L;  3CCS O;  1YIJ O;  1VQL O;  1QVG N;  1QVF N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQP L;  1W2B K;  1YIT L;  1KQS K;  1VQ6 L;  3CCV O;  1JJ2 N;  1VQK L;  5DLJ A;  3CCQ L;  3CCE O;  1N8R P;  1VQ5 O;  5DS5 A;  3CCL O;  1YJW O;  1QVF K;  3I55 L;  1YJ9 O;  3CC4 O;  3CC2 L;  3CCS L;  1JJ2 K;  5FCL A;  5DS6 A;  1K73 P;  5DQT A;  5DS4 A;  3CMA O;  3G71 O;  1KC8 M;  1VQM O;  3CXC N;  1YJN O;  3CCV L;  3CCE L;  3NKD A;  1Q81 M;  2OTJ O;  3CME O;  1VQN L;  2QA4 L;  1KC8 P;  1NJI M;  1YJW L;  1KD1 M;  1Q82 P;  3CXC K;  1VQ7 O;  4W8K A;  3CCU O;  1VQO O;  1K73 M;  2QEX O;  3G6E O;  1Q81 P;  1M90 M;  3CCM O;  3I56 O;  1M1K P;  3CC7 O;  1K9M P;  4P6I C;  1QVG K;  1NJI P;  1KD1 P;  3CCJ L;  1S72 L;  1K8A M;  1VQ4 O;  1YIJ L;  1VQL L;  1VQ8 O;  3G4S O;  1M90 P;  1Q82 M;  1VQO L;  1K8A P;  1VQ5 L;  3G6E L;  1M1K M;  1K9M M;  1YI2 O;  3CCL L;  1YHQ O;  1YJ9 L;  3CC4 L;  1VQ4 L;  4N06 A;  3CMA L;  1VQP O;  3G71 L;  1YIT O;  1VQM L;  1YJN L;  3CCQ O;  2YZS A;  1Q7Y M;  2OTJ L;  3CCR O;  3CME L;  1YI2 L;  3CC2 O;  1VQ9 O;  1VQ7 L;  3CCU L;  1Q7Y P;  2QEX L;  2OTL O;  3CCM L;  3I56 L;  3CC7 L;  1Q86 M;  3OW2 N;  3CD6 O;  4QDL A;  1VQN O;  2QA4 O;  3CPW N;  3CCR L;  4WJ0 A;  1VQ8 L;  1VQ6 O;  1VQK O;  3G4S L;  1VQ9 L;  1Q86 P;  3GOD A;  5DQZ A;  3OW2 K;  1W2B N;  1KQS N;  4XTK A;  2OTL L;  3CPW K;  3I55 O;  3CCJ O;  1N8R M;  1YHQ L;  1S72 O;  3CD6 L;  3CCS O;  1YIJ O;  1VQL O;  1QVG N;  1QVF N; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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