1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
1YJ9N 1VQON 4U67L 5GAEP 3CCVN 1K9MO 3CCLN 5JVHL 1Q7YO 5GADP 1YI2N 3I55N 1VQKN 2OTJN 2ZJPL 5DM7L 3G4SN 3OW2M 3CC7N 4WCEL 3CF5L 3CCQN 1M1KO 1VQMN 3CXCM 3G6EN 3CCJN 4IOCL 4IOAL 3CPWM 5MLCQ 4WFBL 1VQ9N 4WF9L 5DM6L 1OVYA 3CC4N 3PIOL 1S72N 5GAGP 5GAHP 1VQNN 1KD1O 3CC2N 1ILYA 1VQ7N 2QA4N 3G71N 3I56N 1W2BM 1N8RO 1NJIO 1VQ6N 3CCUN 1VQ8N 3J7ZO 1Q86O 4IO9L 4WFNL 1Q81O 1QVFM 1M90O 1JJ2M 3DLLL 5JVGL 1VQ4N 1VQ5N 5HL7L 3CCRN 3CMAN 1YHQN 1YITN 1YIJN 2ZJRL 1KC8O 1Q82O 1K8AO 1VQPN 5H1SQ 1KQSM 1VQLN 3CCEN 1YJNN 4WFAL 3CCMN 1YJWN 4UY8O 2ZJQL 3CCSN 1K73O 2OTLN 3CMEN 3CD6N 2QEXN 1QVGM 3PIPL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WN7A 3WNEA 2HBMA 1NGDA 4H0PA 5BN8A 3D2FB 3QMLA 5AQIA 3AVNA 3WNGA 3O3GA 3KD5E 4CZHA 5JVHL 3SCXA 1KVCA 3A5NC 4MFBA 3SAHA 2GWJA 3LL3A 1DT9A 4GV6A 3TAEA 5DM7L 3H45C 2YNGA 4J8FA 4DQ8A 3OYBA 4X62K 1NJYA 5BREA 4QAGA 4E7LA 3SUNA 3DLBA 3L8BA 3J8AA 1K8KA 3KIOA 3RRGA 4KREA 1VQ9N 3EL2A 3ULEA 3L2UA 1VSHA 3AVHA 4DFJA 4JD2B 4HCCA 4B9UA 3VQPA 1C1CA 3SQ1A 1X9MA 4B9LA 3HOSA 3TABA 4YDUA 4CJ7A 4CHOA 1VQ7N 4H0VB 4BVOA 4AHCA 4JAXA 4ISGA 2WBNA 2AP1A 3WQUA 5AQTA 3OYDA 3M8RA 1NK6A 1UA1A 3AAPA 1LW0A 3NF8A 3O5BA 2HNZA 2DFFA 1JJ2M 3HXMA 4CEQA 1VSFA 3DLKA 1VQ4N 3TTFA 1VQ5N 2QWLA 4OGEA 4DV0K 3TAPA 2HMIA 3R3LA 2OPRA 3OJSA 4CZEA 4H5NA 4CHNA 5KI6A 1CXUA 3TSPA 5CHIA 1BQNA 3TU5A 2HF4A 4BREA 1RDCA 4A61A 2QWRA 3ZLJA 4CK2A 1NMNA 4G9ZA 3THXA 4F3TA 1BIZA 4Y1DA 2UUBK 2YV0X 4O0IA 1JCFA 3RR8A 2ETJA 1SL2A 4CJEA 3OYIA 4CJPA 5FPNA 2NUBA 3HTVA 5CR4A 4CHQA 3L3UA 5ADXA 1FKOA 4IDHA 1KVBA 3SUQA 4BRAA 3P1GA 2ASMA 4DSLA 1GOCA 5GAEP 3RVCA 2FLOA 3AO2A 1X1PA 3ZETB 3QESA 1QHTA 2QWPA 4JYAK 4FXDA 5GADP 4FJ5A 3WEEB 4FJ9A 1XMOK 3I55N 4LF7K 3T1YK 3IMXA 5C2DA 4KI6A 4KI4A 3FGUA 1NKEA 4LSLA 3TSQA 3A2FA 3CJAA 3AVJA 2YHWA 3ZSOA 4JHDB 3DXKB 4M41A 1RT6A 4R79A 3CCQN 4AILC 4DSJA 1XC9A 1VQMN 1IG9A 3CXCM 4CERA 4BDPA 2G8UA 3HT3A 4BY9C 1S1UA 2GTDA 3L2RA 1EWQA 2V7YA 1TUYA 3MCPA 2BGGA 4JHDA 4H5VA 4UQGA 4E1NA 4GV9A 5AQQA 2Q0RA 1GLEG 4DQSA 1GOAA 5EU7A 3ZEUA 3PIOL 4ELTA 4M3RA 1IO2A 4CI6A 2W40A 3FLCO 1L3UA 2D4WA 4PKIA 3OYJA 3AA3A 3BDPA 3T1AA 1SKRA 1WSIA 5C15A 3KLGA 4J2BA 4CZIA 3FFKB 1LWEA 4NCBA 4CZJA 5FROA 3SAFA 3J7ZO 1BDGA 3U3GA 5AQRA 4HUGA 2O8DA 3S3MA 3C65A 4N47A 3VERA 3LAMA 4DFPA 2Z1HA 4N76A 4G1QA 3KK2A 2GBZA 3EKUA 1U04A 2GV9A 1XHXA 4FO0A 2RE2A 3PX4A 1WUAA 3VTHA 4CEEA 2BH1A 4OLAA 1JL1A 3CFPA 4BC2A 3WXIA 3QEWA 2ASOA 1U48A 4DFKA 3HM8A 1L3VA 4BR7A 1VQLN 3HSCA 1SV5A 3SV4A 1ITGA 1SZ2A 1B9FA 3MWPA 3M8QA 4C8NA 3GDQA 5AFUH 3THWA 2GWKA 1YT3A 3CQYA 3SK3A 2OPQA 3CFRA 4PKGA 3NHGA 1K73O 3C7NB 4MO4A 4M42A 4YDUC 1QVGM 2HHWA 3H3OB 3KKSA 3HRGA 4GNIA 4JI8K 2DY4A 3L4QA 3VQ8A 4I6MB 2I7NA 3AARA 3P83D 1K9MO 3THWB 1BISA 4FWNA 4PUOA 1QQOA 4TSXA 1TKDA 4PWDA 3K59A 1D4XA 4AM7A 3VGKA 1HKCA 4E0DA 4H4OA 3UE5A 3HBTA 3QEVA 3QNOA 3LANA 3MDQA 3ID6A 5SWMA 1P90A 1Q18A 4FL9A 2ZJPL 4KH6A 4N5SA 4FLVA 4K41A 3O9RA 2E2QA 4CF1A 4ID1A 5TKWA 5C10A 2P9NB 2QK9A 1GOBA 2I7PA 2JLEA 4RG8A 3HPOA 2PY5A 2CGJA 1M1KO 3ITHA 3MMVA 3OHRA 4KBOA 1XMQK 1RT5A 3WNFA 2WC9A 4W5OA 1RTIA 2WONA 2HW3A 1NGIA 3JSMA 4CGJA 4RW6A 3KLIA 2UXBK 4CHZA 1LCUA 3ZSZA 3CJ9A 4FYDA 4CF9A 2FC0A 2KZMA 3VEOA 1S72N 5E41A 4BRIA 4CJTA 4AM6A 1SKSA 4IFVA 3CJ7A 2YJEA 5SZTA 3S3NA 4CIGA 4PHTX 2DPNA 4LH4A 1X9JA 1OH5A 4Z4HA 4AH9A 4E3SA 2VGMA 3KWGA 4O8KA 4B9SA 4C23A 1L3TA 4FJKA 3NF9A 4CGFA 3K5MA 3CJCA 1ZXOA 1O1WA 1VRUA 3MWTA 2ZF5O 1WBBA 4OKJA 3UKUA 3LWMA 3TAGA 3QFPA 3TAMA 1BOTO 4K8ZA 1HKBA 4CEDA 4CJQA 5AQVA 5C24A 1WSFA 4CJRA 4CJ4A 1GLLO 4JI2K 3BF3A 1D9DA 1CZAN 4HTLA 1KFSA 4JKGA 3MN5A 3V4IA 2HB5A 4CJ5A 3HVTA 4JK8A 2F4VK 4FOEA 1NGBA 1XI1A 4JNEA 1Z05A 1JKHA 3G25A 3VF2A 1XUPO 3HJFA 1LOTB 4BRLA 1D5AA 4DTXA 3KTQA 3B6OA 1YAGA 4B1UB 4BGBA 3GE1A 1H1VA 3L2VA 4CGDA 1RT4A 1S6QA 3AO4A 3QO9A 3NGIA 3KZBA 3C0BA 3LDNA 3SMPA 3ZEUB 3D7EO 1DKGD 3CQXA 2VQFK 1NK0A 1DLOA 4FM1A 1U4BA 3G10A 1JLBA 4I2QA 3VENA 2X6SA 1YVNA 1S3XA 2HOEA 4LD0A 1WSGA 2OANA 5GIOA 5MLCQ 5C0YA 1HRHA 3QB0A 5AQWA 3ZSQA 2XY6A 4Y1CA 2ASPA 3CC4N 1JLAA 4FSVA 3JAMO 1R0AA 4BQZA 3VF4A 4FK0A 5AZIA 1V4SA 3C7NA 1U45A 1C1BA 4ILHA 5F1XA 1BQMA 1GLAG 4H0YB 3I56N 5AJ3K 3LP3A 4BC3A 2HBLA 3KLHA 3J81O 3SJJA 2OPPA 3FR0A 4FWKA 4ILJA 3AVAA 1NGJA 3VMFB 1RCHA 3LPTA 4KHSA 1WB9A 1IBLK 2E6MA 3DOKA 3VQ9A 2E4LA 2V52B 2VQEK 3TI0A 2P9KB 1KFDA 5C12A 4Z4EA 3O9QA 1FKPA 3G0ZA 3CCRN 5F0XA 1X3NA 5KTQA 4I6MA 2QXFA 4CEBA 4CJUA 4BRQA 4DLEA 3ZSRA 2OZMA 3VETA 1BI4A 3O9SA 1BIUA 4CZMA 4JN4A 1LWCA 2FBYA 4Z4CA 4FK2A 4NXMK 4YHHK 3OY9A 4LF6K 2DFHA 3VQEA 3MXMA 2P9IA 3MEEA 3NH2A 2ZJQL 4UY8O 4DU4A 4BRMA 4KB1A 4H8KA 3CD6N 5BR9A 1HMVA 3OYEA 4DS5A 4DV2K 3K0SA 3QIOA 3RSEB 3O4NA 4O55A 3TSUA 4WE1A 1N6QA 4DTSA 4FJLA 4B9VA 4DR1K 3DWLA 5E26A 3I8DA 3OYFA 1RBRA 4E7HA 1DEJA 3SLCA 4FJ7A 2B4JA 3IAYA 4CJLA 3AVLA 3THXB 4DG1A 4DTPA 3VQAA 5CE3A 4XH1A 3LM9A 3P4IA 3CPEA 5KRTA 3O80A 2YHYA 2F7TA 3DMJA 3CCJN 3ALYA 1XWLA 1KTQA 2GEMA 3CYMA 3VEXA 1X9SA 2B6AA 4BRDA 3EKSA 4WFBL 4DUYK 4N56A 2QKKA 4PQUA 3ZETA 4JLHA 3QEPA 4QCLA 3IKMA 2CH6A 2DFEA 4GV3A 4CIFA 4FJNA 4Z0UA 4FZYA 3RMBA 1TKZA 4CF8A 4BACA 4KHUA 4BE0A 4CIEA 2IAJA 4W5NA 4WQ5A 3C6TA 5IT9O 3KK1A 2YNHA 2YNIA 4PL7A 1VRTA 1A5XA 1MDUB 5FRNA 4NLBA 4OVLA 3VQ7A 2VG5A 3ULDA 4JI3K 3LDSA 5LL6Z 3OBYA 2NRZA 3LDOA 3O4QA 4IG0A 2FSKA 4CEZA 2E1YA 1TKTA 5AQJA 2P9UA 1TYQB 2YI1A 4DQPA 4NYNA 3Q7CA 3NVMA 4NB4A 3O8MA 5LJVA 4H0OA 3NAEA 3C94A 4BR2A 3BUZB 3OYGA 4DV5K 3LAKA 4QS9A 4GKKK 4ILGB 5AQLA 3AVBA 1XQSC 3OYLA 3AO1A 3VF6A 1HPZA 3CCLN 2QWMA 2UXDK 1GLCG 2HF3A 3KKRA 1RBUA 4I7FA 3E1YA 1EX4A 1C0UA 3MN6A 4H5RA 3G4SN 1T6CA 5AQKA 2NRTA 3VPZA 2CH5A 3MN7A 1ZBIA 4CFDA 4JI0K 2E5LK 2G8WA 1QZ6A 1IKYA 4X65K 3PX6A 3ISNC 1C6VA 3OTOK 3ZX2A 1QZ5A 3O3HA 4KPYA 5E84A 4CEFA 5AFUA 4BGAA 3AA2A 1S1WA 3FZLA 4JK7A 1SL0A 1J6ZA 4O5BA 4BG9A 3A5MC 5AQZA 3W0LA 3L6QA 4BE2A 2D5RA 3OYNA 1B92A 1S1TA 3O08A 2QW9A 3WXLA 3CC2N 1LWFA 4OX9K 3DJCA 4A2BA 4Z4IA 1WLJA 3VEZA 2EX3A 3NMUA 3MCAB 3KLEA 4A5AA 5K14A 2PAVA 2ITGA 1Q86O 3MECA 1KAZA 4JRQA 2HVIA 1NK7A 3K58A 5FLXO 3VQDA 4H4MA 4WQ4A 1BG3A 2O8FA 4E89A 5B8HA 4EFHA 5J2NA 4JKGB 1GLBG 3CHWA 1IV0A 4FWQA 2CGKA 5BPMA 1K6YA 3TARA 4YNQA 5LMUK 4BROA 1FK9A 2X78A 4CW7B 2Z1JA 1W97L 1YIJN 4EHTA 1U6ZA 5LJWA 3IS9A 2P51A 1S5JA 3A0IX 2O8FB 4O44A 2YCHA 1KQSM 2D0PA 1VHXA 2BANA 3E9OA 1NNEA 2KW4A 3CCSN 5KGWA 3DLGA 3THVA 4OPKA 4BRCA 1SL1A 1RGIA 4IOXA 3C95A 3LP2A 5DMRA 4B9TA 3F9MA 4M3YA 3VOVA 4CHPA 2XY8A 4DWIA 4J2DA 1NK8A 3NGZA 3EE8A 3LWLA 5KPRA 3D45A 2OPSA 5I9EB 3VQ6A 4EIAA 4DU1A 4CZGA 4OKEA 4JKHA 3OBWA 4CFBA 2A41A 3ENHA 4IJNA 4YOWA 2ZQBA 4OJRA 4IFYA 4RTFD 3UIQA 2HVHA 4JV5K 4FZXC 1B9DA 3MX5A 1YTAA 3K57A 3EZWA 4BE1A 4ZHRA 3U8XA 1WSEA 2HBJA 4JI7K 1LV5A 2G8VA 1HYVA 4A62A 1IBKK 4IOCL 4CF2A 4B1WB 3RMCA 3PO5A 1EO1A 4EAHD 1UOCA 3IFRA 3U3YA 2YKNA 3UKUB 4GVMA 1EXQA 3QINA 3HP6A 1SAZA 1V4TA 5ELZA 4KHQA 4JI5K 4KTZA 4B1XB 3NDKA 3SBTA 3UKRB 4N41A 4JI1K 1EWRA 2GUIA 4RW7A 4I9QA 3J7AP 3TPQA 2ZE2A 1W2BM 3JS6A 1NJIO 1HJOA 4DSFA 3SZ2A 3KK7A 1HNWK 4B3MK 4FWLA 4FJIA 3W3DA 1NGCA 3P38A 4CGHA 4CK3A 3CQ8A 1G15A 1T3VA 4JKBA 2RF2A 3PY8A 4B1YB 1TK8A 1I3AA 3M5RA 5CZ1A 4H0TB 4FLXA 3N4QA 4CGIA 3ZX3A 3FZFA 5M1KA 4RW8A 3KJVA 4DKWA 1YJNN 4DR7K 1EETA 5CY4A 1NKCA 3UB5A 1NGFA 2HHVA 1JL2A 3S9HA 3M3ZA 3V9UA 2QKBA 1W9HA 2W6LA 1RBVA 4KTQA 3FFIA 4OPAA 3CM6A 3PIPL 2D0BA 5AQGA 3ZSYA 3O3FA 3EY1A 4L3QA 4CF0A 1KLNA 3MXIA 1JLGA 4EZ9A 2PZSA 3R8EA 3ZSWA 3TR8A 3U4LA 4DV1K 4CJVA 3KD1E 3K5OA 3VGLA 3CG7A 1ASWA 4LSNA 5AQHA 1NLVA 3T1HK 4B9NA 4BVPA 1UWBA 2BUPA 4AHUA 1FXXA 1RBSA 2OZSA 1DTTA 2P9IB 1JCEA 3BZCA 5HOOA 4MQ3A 1SQKA 3CPWM 1IJJA 4I2PA 4NXNK 2P9KA 2XY5A 4M3ZA 1NG9A 4CEOA 3DXKA 4FOIA 4KRFA 2BTFA 3V9ZA 1S9GA 3JYTA 4LFAK 2VG7A 2D0CA 5GAGP 4M7XA 2HNDA 5HBMA 4JKAA 4BDYA 4HWIA 1JLFA 2KHOA 3F73A 2QTDA 4CZLA 3AA5X 4WFNL 1S9EA 3HSTB 2JWKA 4YOVA 1HJRA 4CEAA 4LC9B 1HQUA 3B6PA 5EVZA 5BPLA 1WBDA 4NYFA 3CMAN 4FJ8A 1VSKA 1VSDA 1IKWA 3GG4A 5D3GA 2ZJRL 1TL1A 3ULEB 1VQPN 3M8SA 5AQSA 1FJGK 3VQ5A 2JWLA 4QOZB 3OS2A 4DQRA 3GOIA 4CJFA 4DU3A 1VSJA 3PX0A 3DOLA 3CJBA 2HHUA 1NOYA 3MN9A 4BR5A 1JLEA 1YJ9N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WN7 A;  3WNE A;  2HBM A;  1NGD A;  4H0P A;  5BN8 A;  3D2F B;  3QML A;  5AQI A;  3AVN A;  3WNG A;  3O3G A;  3KD5 E;  4CZH A;  5JVH L;  3SCX A;  1KVC A;  3A5N C;  4MFB A;  3SAH A;  2GWJ A;  3LL3 A;  1DT9 A;  4GV6 A;  3TAE A;  5DM7 L;  3H45 C;  2YNG A;  4J8F A;  4DQ8 A;  3OYB A;  4X62 K;  1NJY A;  5BRE A;  4QAG A;  4E7L A;  3SUN A;  3DLB A;  3L8B A;  3J8A A;  1K8K A;  3KIO A;  3RRG A;  4KRE A;  1VQ9 N;  3EL2 A;  3ULE A;  3L2U A;  1VSH A;  3AVH A;  4DFJ A;  4JD2 B;  4HCC A;  4B9U A;  3VQP A;  1C1C A;  3SQ1 A;  1X9M A;  4B9L A;  3HOS A;  3TAB A;  4YDU A;  4CJ7 A;  4CHO A;  1VQ7 N;  4H0V B;  4BVO A;  4AHC A;  4JAX A;  4ISG A;  2WBN A;  2AP1 A;  3WQU A;  5AQT A;  3OYD A;  3M8R A;  1NK6 A;  1UA1 A;  3AAP A;  1LW0 A;  3NF8 A;  3O5B A;  2HNZ A;  2DFF A;  1JJ2 M;  3HXM A;  4CEQ A;  1VSF A;  3DLK A;  1VQ4 N;  3TTF A;  1VQ5 N;  2QWL A;  4OGE A;  4DV0 K;  3TAP A;  2HMI A;  3R3L A;  2OPR A;  3OJS A;  4CZE A;  4H5N A;  4CHN A;  5KI6 A;  1CXU A;  3TSP A;  5CHI A;  1BQN A;  3TU5 A;  2HF4 A;  4BRE A;  1RDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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