1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
1YJ9N 1YHQN 3CCLN 2ZJRL 2ZJPL 3CPWM 5MLCQ 1VQ9N 1VQ4N 5DM7L 5H1SQ 5GAGP 3CCSN 1W2BM 4WFAL 1M90O 3CMAN 1JJ2M 1KC8O 4WF9L 1K9MO 3CCVN 1K8AO 4WFBL 5DM6L 3I56N 1KD1O 1VQ5N 3G71N 5GAEP 3CCEN 1QVFM 1KQSM 2OTJN 3CCJN 1VQ7N 1Q82O 1NJIO 1ILYA 3J7ZO 3CC4N 5JVHL 1N8RO 5GAHP 1YITN 4IOAL 4WCEL 3CMEN 3CD6N 5JVGL 3G6EN 3DLLL 1QVGM 1Q81O 1YIJN 1YJNN 3CCMN 1YI2N 1VQPN 4UY8O 3CF5L 1VQ8N 1Q86O 1VQON 1K73O 3CCUN 2QEXN 3CXCM 4IO9L 5GADP 4IOCL 3CC7N 1VQLN 1VQKN 3CCQN 1OVYA 4WFNL 3CC2N 1S72N 5HL7L 3CCRN 3PIOL 1M1KO 1VQMN 3PIPL 3OW2M 2OTLN 4U67L 2ZJQL 1VQNN 3I55N 3G4SN 2QA4N 1YJWN 1VQ6N 1Q7YO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 3LDPA 1HNVA 4HTUA 1FK9A 3D7EO 4JKDA 4CFAA 4N41A 5GAGP 4RW4A 4BC5A 2HHQA 5KQ8A 5IT9O 3RVCA 3FE1A 1JL2A 1BDGA 3ZEUA 3MEEA 4YOWA 2UU9K 4PY5A 1Q8IA 1C0GA 1WSFA 3H45C 3SQ0A 4H0VB 3IG1A 3CFRA 4RWTA 3CYMA 4JK9A 4FZYA 4WQ4C 4CZGA 1X9SA 4O0IA 1RDAA 4W5TA 4E7HA 1A5WA 4G1QA 2V51B 1TK5A 3LDQA 2P9KB 4O4GA 4DCHA 1T6DA 4N47A 1T05A 1VK0A 1EETA 4WE1A 4CZJA 4DU3A 3TARA 5BN9A 1YIJN 3TSPA 2I7PA 4BRQA 2IAJA 1C1BA 1GOCA 3LPTA 1RT5A 2JWLA 1QS4A 2RKIA 3NVMA 3AVNA 3UKRB 3ZSXA 3VERA 4CJEA 4DTRA 5LL6Z 5HRPA 2EHGA 1SS6A 3H3NO 4ZHRA 3DJCA 1WUAA 4FLWA 4K41A 4BC3A 1RGIA 2E1YA 2P9PB 3U6FA 4PL7A 3TAQA 3TAEA 3RSEB 3OYJA 3QO9A 1S1UA 4HCBA 4M3XA 1M1KO 4W5QA 3A5NC 3UIQA 3ZX0A 5AQUA 4KO0A 2CH6A 2X6NA 1A5VA 1NGCA 2OPQA 5C15A 3ULDA 4DB3A 2O4IA 3NFAA 4CGFA 5MLCQ 1IH7A 1JCEA 5EU7A 1T8EA 3K2PA 3QBXA 1TKDA 3SPYA 1OH8A 3SBGA 4M41A 4JS4A 3CMAN 4BDZA 3E9OA 4JKHA 3ZT2A 4DV7K 4J8FA 4MLHA 4N76A 4B1ZA 1JLFA 4CJKA 3WQTA 4LF4K 4CGHA 4CJ3A 4J2AA 3S3MA 4BGBA 4DQIA 4BQLA 1BL3A 1KQSM 2OA8A 4C8NA 5J2MA 1UWBA 4XH5A 4E0DA 4F4KA 2KZMA 2R7YA 3QMLA 4RG8A 2QWRA 4BR9A 3QESA 2IVNA 4OKJA 3CC4N 4PKHA 3C7NA 2OYQA 4PA1A 1GOBA 2NZTA 3IS9A 1JLGA 3D2FA 4C23A 4EAHD 5LMNK 1S9GA 4YDUA 2P5GA 2HF4A 4NXNK 2OPPA 5BR9A 3GL1A 1U2VA 5GIOA 4M7XA 3U8XA 3U9ZA 4CZKA 5BREA 4JN4A 2EWSA 1VQON 3UKUB 3DLBA 1REVA 1HNIA 1EWRA 3WT0A 1NJXA 3DLRA 4CEQA 2FSNA 3H46O 3VF2A 4IO9L 2O8DB 1NGBA 3ZSYA 1NJZA 3NHGA 3QEVA 1IG9A 1RTDA 1NK6A 4JI7K 2B4JA 1X1PA 1FKPA 2XY8A 4IOXA 1MA9B 4CZIA 3ZETB 3ZLJA 4EFHA 4E1JA 4Z4GA 3A5OC 3VQ8A 1U45A 1C0FA 3HOTA 3CQXA 5FDLA 3TANA 5AQJA 1VQMN 4YOVA 3ULEB 1DT9A 5ADXA 2KTQA 1G15A 4JEPA 4DR5K 2GWKA 1KFSA 1YVNA 2O8FA 5AR0A 3OYDA 2KQ2A 4DQ8A 1Q7YO 1YXQA 4CK1A 2IIRA 1IBMK 3OYAA 3AY9A 3OS2A 4JKGA 4CGGA 1DTQA 1VQ4N 1TGOA 3AVFA 3TAPA 3L2VA 4YOTA 5J2QA 2KW4A 4FJGA 2VG5A 5KPTA 1RBUA 4YOUA 1P90A 4DQSA 1QQOA 2HHVA 1N33K 1KCFA 2G8UA 3TR8A 3K57A 4MQ3A 1RDWX 4ICLA 3B6PA 5C12A 3CJBA 1L3UA 3VEZA 4GY2B 3AVGA 4DFPA 1XQSC 3CCJN 2Q31A 4DTMA 3THYA 3AVCA 5CY4A 5HBMA 4CF2A 3P39A 5BPLA 1C1CA 3QINA 2WOMA 4H5RA 4JS5A 4WQ4A 3O4NA 3SV3A 1XMOK 4CJLA 3AVIA 1LWCA 1N8RO 3NVKA 1MWKA 2E88A 4CEEA 4LH4A 1IKVA 1XUPO 4M42A 3VEVA 3MWTA 3EZWA 5AQVA 3O8MA 5JVGL 4LF6K 3QFPA 4BE1A 1C0MA 5JS2A 4DTOA 3DM2A 4Z4EA 4BR7A 4FJXA 4B1VA 1X9MA 2QTDA 4K8XA 1XMQK 4EZ6A 4K25A 3K59A 5AFUH 3ENBA 1TK0A 5LJWA 3FFIA 4DS5A 3VPZA 4XIUA 4DR6K 3LDNA 2W40A 2G8FA 1EP4A 3OBYA 4IEEA 4MFBA 4IZ9A 4X65K 2YNIA 4J2BA 2VQFK 4BRAA 4ISEA 5E41A 1LCUA 1NGDA 1HQEA 3ALYA 1XHXA 1LV5A 3L8BA 4DR1K 1O1WA 3CG7A 1NBWA 2P1JA 2CGJA 4B9UA 3V9SA 3RR7A 4DWIA 2YHYA 3OYCA 4E7KA 5ELZA 3QEXA 2ATQA 4B9SA 1BOTO 2OTLN 4U67L 4BDYA 5K14A 2UYTA 4OPAA 3NGYA 3QLHA 1YJWN 2D0AA 1VQ6N 1BQMA 4BC2A 4JKEA 3KWGA 4HUEA 4B3OA 4WQ5C 2VWKA 4BVPA 3T1YK 4A57A 3AVAA 4FYDA 3ITHA 2ZE2A 3NF9A 2ZM6K 1IBKK 3OYGA 3RRHA 2HHWA 1HLUA 4CGDA 3WNGA 1UAXA 1B9DA 5DK5A 3ID6A 3PSIA 4OGCA 3HYFA 1KVAA 3LPUA 3WQUA 4DV4K 1KSPA 4DQPA 2ASOA 2QWLA 3FZMA 5GAEP 3GG4A 2IOCA 4B8AB 3LP3A 3P5JA 1HKCA 3HO1A 3LANA 4DS4A 3AVHA 2W6LA 1QQNA 4FJJA 1YTUA 4DV6K 4CIEA 2YJFA 4BRHA 4L3QA 5HRSA 4M3TA 4OLAA 3OYFA 1V4TA 1HR0K 4R79A 4CF1A 5EX5A 4AHRA 4CFBA 3WNHA 1VSLA 2Q36A 2FBTA 4KREA 1SAZA 1XNQK 2QM1A 3FZLA 4KV8A 3M8PA 2QKBA 1E4FT 3OTOK 2ZWHA 3L3VA 4NB4A 4A2BA 3NH2A 1BCOA 3CXCM 4FOIA 1T3VA 4DSLA 4RW6A 4B8CA 4GV3A 3FR0A 1YAGA 1L3TA 2VG6A 2F9WA 1HUXA 3CC2N 4CZMA 1TV6A 3A5LC 5I9EB 4DQQA 3RWUA 3O3GA 2PY5A 4E1MA 4L8RB 3E9LA 3KLFA 4DMNA 2HBMA 4IKFA 4BRGA 4FWMA 5AQFA 3QDKA 3NAEA 4E7JA 1J6ZA 2HW3A 4XEIA 2YX6A 3THWA 1SKSA 3VESA 2DTUA 1WSHA 1NK9A 3ATVA 3VEXA 4B9MA 2FBXA 2D0CA 3VTIA 1N6QA 2OCEA 4FW1A 4JKCA 5M1FA 1KC8O 1KAZA 1WOQA 4CJRA 2IC3A 4C8LA 4KTQA 4QS9A 1WAJA 1V4SA 4B9QA 5CZ1A 1RT7A 5JLHA 1EXQA 2YV0X 3K5LA 5AQIA 4CIFA 3TAGA 2Z1JA 1ESVA 2Z1HA 4FOEA 1ZYQA 3CJ7A 1C6VA 3MXMA 3GDQA 3KK7A 2Z1IA 2UXDK 3U3GA 2ETJA 3BZKA 3DXMB 3HJFA 3NGIA 4ILJA 2GELA 4HUFA 2KHOA 2XY7A 3SBTA 3QEIA 5FRMA 3V9UA 3DRRA 3QIOA 4DHYA 2YKMA 4DUZK 4AHTA 1LWFA 4KHSA 3F73A 1IV0A 1Q81O 4DUYK 3U9DA 2PBDA 5AQZA 1TAQA 3VQ4A 4BRKA 3KK1A 1IJJA 4UY8O 4DF8A 3LZJA 1VQ8N 3RMBA 1RCHA 2E6MA 4PL8A 3B8AX 3CJCA 3DMJA 1NKEA 3CCUN 2FSJA 1NKCA 4I6MA 3HL8A 2UXBK 4E7IA 2QWQA 1JCFA 3DYAA 4CJTA 1D4XA 3JYTA 2WBNA 1B9FA 3TSUA 1QZ5A 2E8AA 4XH1A 3M8QA 2HOEA 5HRNA 1S72N 4DU1A 3PIOL 3WNFA 3TTFA 1LAWA 1U48A 1VSIA 2FBYA 3OVNA 3T7ZA 3OYHA 1G99A 3PIPL 2A42A 5J2NA 1QE1A 3VA3A 2ZGZA 3DWLA 4KFBA 1GLJO 3L4QA 3CFPA 3ZT3A 2NRTA 1BCMA 1YHQN 4WQ5A 2ZJRL 3CPWM 1R59O 2FLOA 4KKOA 1YVUA 3V6DA 3HT3A 1ZBSA 3CIPA 4BVOA 1KAYA 1HYZA 2E4LA 3QERA 1CLQA 1HPZA 4CFCA 3CCVN 4FM1A 3QB0A 2Q97A 4LH5A 1NK8A 1YF5L 4B1YB 4FK0A 3ZYYX 4DR3K 1HMVA 5HLFA 3I56N 3VENA 2P9IA 3H1VX 1HX1A 3JXUA 4LF9K 5FLXO 3MX5A 2O8BB 4FPBA 3L4IA 3SK3A 3OYBA 2GX9A 3VGLA 2F7TA 1NJWA 4C8OA 1ILYA 2P9LA 4JK7A 1A5XA 3OYEA 1WNSA 3VGKA 1WLJA 4CJFA 5HRRA 3S9HA 4CZEA 1R0AA 4CEBA 4CEAA 2YHWA 3AVJA 5F1XA 1VSFA 4M63C 3THVA 4DSKA 1C0TA 2P9UA 2ZD1A 1QVGM 1GLFO 2RF2A 1ITGA 4QOZB 3CJ9A 2QWPA 3ZSOA 2E2NA 1J9AA 4MDAA 4Z4CA 5EOYA 4H5VA 1Z6RA 4KBOA 1Q86O 3W3DA 3F5TA 3LDSA 3IRXA 3I0SA 4CE9A 5E84A 5TKWA 4DV5K 2Q3SA 4YHHK 5FPEA 4JHDB 4JI8K 3KIOA 4CECA 3NF7A 5BRHA 3BP8A 3Q7CA 1GLBG 3A2FA 4YOYA 4Z4FA 4H4OA 5FRNA 4CHNA 2GBZA 4OPKA 1TYQB 2D5RA 1W7AA 4BRPA 1QSLA 3V81A 1U47A 2UUBK 2IGIA 4JLHA 3AO3A 1TUUA 2A1RA 4AHSA 3IAYA 3AVLA 3TSQA 4DTJA 5CYQA 4B3RK 3THXB 3I55N 2QA4N 2CGKA 3BUZB 3D2EA 3VQQA 4CZLA 3KLHA 4GVMA 5KGWA 5EY4A 2EX3A 4DFKA 2XO7A 1VSMA 4LF5K 4DFJA 4GKKK 2D1KA 1ATRA 3EZ5A 2YI1A 1ATSA 3J80O 3V1RA 2E20A 5JICA 1K8KA 3AV9A 1BA0A 3CCEN 3T3FA 3SJJA 2D0BA 4BWMA 1VQ7N 2DFEA 5C0YA 1CXUA 4M3RA 2NNWA 1BG3A 2AA4A 4DKWA 1XNRK 1OVQA 3UB5A 4GV6A 3AA2A 4CBUA 3ENHA 3H1QA 1VQPN 3DRSA 3EEQA 3MCAB 2NRVA 1FXXA 3VQ7A 4CGJA 2YNHA 4JYAK 4FXDA 2XHBA 3FLCO 4CJUA 1QQMA 5C42A 3DXKA 3K5NA 1VQKN 4X66K 2A40A 2P9NB 3VN5A 2WONA 5JLFA 1Y97A 1Z25A 3C6AA 5BRDA 2QK9A 2O8EB 3CCRN 4PKIA 1RFQA 1I94K 5C24A 4FZZA 3BZCA 3D0PA 2Q1NA 1HKGA 3WEEA 4MLEA 2VCPA 1KFDA 1N34K 4BRDA 4BR4A 4YFUA 3TAFA 1RT3A 3D6RA 1OH6A 2OZMA 4H4MA 1YJ9N 3O1WA 4B9VA 4FLYA 3M1FA 3VOVA 4JRQA 1JXBA 4FZXC 1NGEA 3VTHA 2G8KA 3CPEA 4FVUA 4FWRA 1DTTA 5TKYA 1TVRA 3HOSA 1NK0A 5D3GA 4H5NA 4JD2B 4FCYA 4ILGB 3RTVA 2YNFA 1K6YA 2W6KA 2PAVA 3OBWA 3E1YA 3VQEA 4CJ5A 1EX4A 4CHOA 4Q0BA 4IDKA 4ZTFA 4DR7K 1VSJA 4IEIA 4CEDA 4IFEA 3QEWA 3O3FA 2O8CB 1DGKN 2NRZA 1IO2A 4ELUA 4LFCK 1HNWK 3IKMA 3CD6N 1J5OA 4AHUA 3LDLA 1EWQA 5SWMA 3VA0A 3BDPA 3G6EN 4KPYA 2E2OA 1HNXK 2YNGA 3HBTA 1NK4A 1TL3A 2X6SA 3CCMN 4FJ7A 2P51A 3CI5A 2A3ZA 1RDCA 1SQKA 4HUGA 2P9KA 5GIPA 3MDQA 3JS6A 4BRNA 4KI6A 4FJNA 4I9LA 3SUPA 3W0LA 3SI6A 4DF4A 4H0YB 3J8AA 4JNEA 1S6PA 3VMFB 3E66A 2KFNA 1GLDG 5J1EA 5EXWA 1WN7A 3FGUA 4CZHA 1NGJA 3AA5X 1GOAA 3E01A 2G8WA 1HJRA 5AQKA 4QAGA 1BI4A 3HPOA 4JI1K 3EKSA 4DSEA 3OYLA 2P9PA 3AA4A 5M1QA 1VQNN 3LP2A 4IJNA 1HQUA 3L2UA 3RSEA 2YHXA 1SZ2A 5KPZA 2GUPA 3A0IX 2P5OA 2AP1A 3AGKA 4A5AA 1IKYA 2X74A 4DG1A 3SUQA 4KH5A 1T03A 1QZ6A 2JLEA 5KPRA 1MDUB 2HHXA 4DFMA 4FJ5A 3KKSA 5C2DA 1JJ2M 4DV1K 4HWIA 3PV8A 3HK2A 5M1OA 3VQDA 5CYMA 5I42A 1FW6A 1ASUA 4RTFD 4DV2K 5AQOA 4BC4A 2E6LA 2VGMA 3CHWA 4DSFA 3C6TA 4JRPA 3E9PA 2BANA 2OTJN 3GE1A 4KTZA 4ID1A 4ISGA 3TAMA 1WB9A 1NGIA 4FWQA 3SAHA 3HZ6A 3WXIA 2UUAK 4CF9A 2E1ZA 4CHZA 4O8KA 1ZBLA 2IS3A 4BRMA 1WSGA 4WCEL 5F0XA 3CJ1A 3ZSRA 3V1OA 3PLAA 3O3HA 4YORA 3OS0A 3VEWA 3HM9A 5M1KA 4AQYK 2VWBA 2GV9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJ9 N;  1YHQ N;  3CCL N;  2ZJR L;  2ZJP L;  3CPW M;  5MLC Q;  1VQ9 N;  1VQ4 N;  5DM7 L;  5H1S Q;  5GAG P;  3CCS N;  1W2B M;  4WFA L;  1M90 O;  3CMA N;  1JJ2 M;  1KC8 O;  4WF9 L;  1K9M O;  3CCV N;  1K8A O;  4WFB L;  5DM6 L;  3I56 N;  1KD1 O;  1VQ5 N;  3G71 N;  5GAE P;  3CCE N;  1QVF M;  1KQS M;  2OTJ N;  3CCJ N;  1VQ7 N;  1Q82 O;  1NJI O;  1ILY A;  3J7Z O;  3CC4 N;  5JVH L;  1N8R O;  5GAH P;  1YIT N;  4IOA L;  4WCE L;  3CME N;  3CD6 N;  5JVG L;  3G6E N;  3DLL L;  1QVG M;  1Q81 O;  1YIJ N;  1YJN N;  3CCM N;  1YI2 N;  1VQP N;  4UY8 O;  3CF5 L;  1VQ8 N;  1Q86 O;  1VQO N;  1K73 O;  3CCU N;  2QEX N;  3CXC M;  4IO9 L;  5GAD P;  4IOC L;  3CC7 N;  1VQL N;  1VQK N;  3CCQ N;  1OVY A;  4WFN L;  3CC2 N;  1S72 N;  5HL7 L;  3CCR N;  3PIO L;  1M1K O;  1VQM N;  3PIP L;  3OW2 M;  2OTL N;  4U67 L;  2ZJQ L;  1VQN N;  3I55 N;  3G4S N;  2QA4 N;  1YJW N;  1VQ6 N;  1Q7Y O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CM6 A;  3LDP A;  1HNV A;  4HTU A;  1FK9 A;  3D7E O;  4JKD A;  4CFA A;  4N41 A;  5GAG P;  4RW4 A;  4BC5 A;  2HHQ A;  5KQ8 A;  5IT9 O;  3RVC A;  3FE1 A;  1JL2 A;  1BDG A;  3ZEU A;  3MEE A;  4YOW A;  2UU9 K;  4PY5 A;  1Q8I A;  1C0G A;  1WSF A;  3H45 C;  3SQ0 A;  4H0V B;  3IG1 A;  3CFR A;  4RWT A;  3CYM A;  4JK9 A;  4FZY A;  4WQ4 C;  4CZG A;  1X9S A;  4O0I A;  1RDA A;  4W5T A;  4E7H A;  1A5W A;  4G1Q A;  2V51 B;  1TK5 A;  3LDQ A;  2P9K B;  4O4G A;  4DCH A;  1T6D A;  4N47 A;  1T05 A;  1VK0 A;  1EET A;  4WE1 A;  4CZJ A;  4DU3 A;  3TAR A;  5BN9 A;  1YIJ N;  3TSP A;  2I7P A;  4BRQ A;  2IAJ A;  1C1B A;  1GOC A;  3LPT A;  1RT5 A;  2JWL A;  1QS4 A;  2RKI A;  3NVM A;  3AVN A;  3UKR B;  3ZSX A;  3VER A;  4CJE A;  4DTR A;  5LL6 Z;  5HRP A;  2EHG A;  1SS6 A;  3H3N O;  4ZHR A;  3DJC A;  1WUA A;  4FLW A;  4K41 A;  4BC3 A;  1RGI A;  2E1Y A;  2P9P B;  3U6F A;  4PL7 A;  3TAQ A;  3TAE A;  3RSE B;  3OYJ A;  3QO9 A;  1S1U A;  4HCB A;  4M3X A;  1M1K O;  4W5Q A;  3A5N C;  3UIQ A;  3ZX0 A;  5AQU A;  4KO0 A;  2CH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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