1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
3CCMN 1KQSM 3J7ZO 1Q82O 3CC2N 1Q86O 5JVGL 3CCQN 2ZJRL 1YITN 1YI2N 1VQKN 1M1KO 2ZJQL 3I56N 1QVGM 1VQ8N 1QVFM 1Q81O 3DLLL 3CMAN 4WCEL 1VQLN 3CCUN 2OTJN 3CCSN 1VQ6N 4IOCL 3CCVN 3G71N 1VQ5N 5GAHP 1W2BM 1VQ4N 4U67L 1OVYA 3CD6N 4IOAL 3CC4N 4WF9L 5DM6L 5MLCQ 5DM7L 4WFBL 3PIPL 3G4SN 5H1SQ 1Q7YO 1K9MO 3CCEN 1YIJN 1VQ7N 1YJNN 5HL7L 5GADP 3I55N 2ZJPL 3G6EN 1YJWN 1N8RO 1JJ2M 1VQNN 4WFAL 1K73O 3CMEN 1S72N 3CC7N 2QEXN 1VQ9N 3CCJN 1VQMN 1YJ9N 1K8AO 1KC8O 1YHQN 1KD1O 5JVHL 3CXCM 4IO9L 3CF5L 2QA4N 1NJIO 3OW2M 1ILYA 3PIOL 3CCRN 5GAEP 3CCLN 4WFNL 1VQPN 5GAGP 1M90O 3CPWM 1VQON 2OTLN 4UY8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KA 2Q1NA 2NRRA 5EXWA 1F21A 3AVJA 1Z05A 3VEYA 4LH4A 3KKRA 3L0QA 1VSDA 5M1OA 4OKKA 1NBWA 1U6ZA 2PBDA 3EKUA 4Y0WA 5CYMA 3VQ4A 4BDPA 3DOLA 3KLFA 1WOQA 3MK6A 4DTPA 3FZLA 1U2VA 3RMBA 4I2PA 4M3ZA 1BUPA 3KD5E 4GKJK 3IAYA 3K9JA 2YI1A 2D0BA 3LDLA 3EEQA 4MDBA 2PYJA 1JCFA 4JKBA 1NGFA 3U9DA 4BRMA 4DV3K 2QWQA 3SMSA 1KSPA 3TANA 1HPZA 3OYKA 1BA1A 4E1JA 4FW2A 4FL9A 4EAHD 4DV0K 2PYLA 4Z4IA 3AVHA 3WEEB 5AQMA 3V1QA 3CYMA 2F8SA 3ZSWA 5GAHP 3RWUA 2YNGA 4KB1A 3D2FA 3VENA 4F8RA 4CJSA 1BL3A 4BC4A 1ZBFA 4CW7B 1OVYA 5BPMA 3OYLA 4CEAA 1KRPA 4QOZB 2IVOA 1HX1A 4PKIA 2DY4A 4PKGA 2BUPA 2KQ2A 3CJCA 4EFHA 5H1SQ 1U48A 4OPJA 4QS7A 3L3VA 4MLEA 2Q31A 5J2PA 1RT6A 1IKWA 2OZMA 4CZEA 3V9SA 4CFDA 3WNHA 4G1QA 2HMPA 3ZT1A 4CJ7A 3ZLJA 5FDLA 3F73A 3ZYYX 3DM2A 1YJWN 2O8EB 2QXLA 5AQWA 3BEXA 1OH6A 1S72N 3HVTA 4YOWA 4RW7A 1VQ9N 3RTVA 1K8AO 2QW9A 2RF2A 3VQCA 2J4RA 1RTDA 1RDCA 1K8KB 5JVHL 1OH7A 4AHTA 2F4VK 2OPRA 1GLBG 4NYNA 3NH2A 2VWJA 4U7BA 1U2VB 4OPKA 3TABA 3VQEA 1HNXK 4BVOA 3CCMN 1I3AA 4FM0A 3TSPA 5KPZA 3AO1A 1SS6A 5BRDA 2YCHA 3QBWA 4LF8K 3LAMA 1LAWA 4Z4EA 1L3VA 4CIGA 3OYAA 4H5WA 1TGOA 4FWMA 3V1OA 3NH1A 4FWSA 4DMNA 5KGXA 2YHBA 5CYQA 4YNQA 3KJVA 3KTQA 3ALYA 3D2FB 2EWSA 4KV8A 3DAWA 3CJ9A 1QHAA 4JNEA 3O4QA 4ISFA 4NCBA 1KTQA 3MCPA 1QS4A 3OYIA 4F2SA 4DR4K 3NF8A 3CCVN 1IKXA 3UIQA 1I94K 1VAZA 5HRPA 4GMJB 2A42A 1NGIA 3QICA 4W5OA 2ATQA 3O1WA 2V51B 4JS5A 4I7FA 4CHQA 4JI4K 3THYA 4BACA 1NK7A 4M3WA 1EX4A 3HSCA 1TKTA 5IWAK 4KI4A 2XO7A 3AVGA 2E6MA 3H45C 3Q7CA 2NRVA 2GUPA 4DU3A 1YUWA 5GIOA 5D3GA 5BREA 1YF5L 1JJ2M 2FF3B 2DPNA 3P83D 4WFAL 2QK9A 4WQ4A 4C8KA 1LCUA 1JCEA 4FYDA 2V52B 3ATUA 3BF3A 3MX2A 3TWHA 3DYAA 4W5NA 2YHYA 1LOTB 4CHPA 3AO4A 1RTIA 1IH7A 2HNDA 2F8TA 1C6VA 4JKCA 2KFNA 1VSJA 3LALA 4IFVA 1BOTO 4JAXA 1T44A 4BGBA 4PL8A 3PSFA 3ASMA 1JL2A 4KI6A 4E7LA 1NU0A 2AP1A 3K0SA 2A6AA 1KVCA 1LWEA 4OLAA 4LSNA 2G8WA 4R5PA 2FSNA 1BO5O 4DQSA 4GVMA 1YITN 3SI6A 1ZBUA 4CEZA 4MFBA 1EO1A 3KK7A 3D45A 4JKDA 4NXMK 4JI3K 4CBXA 1OH5A 4DV2K 4FPBA 3MXJA 4CVNE 3L2QA 3M8QA 3G25A 2P9UA 4I6MA 4WE1A 3RR7A 4KHNA 4B9MA 1SL0A 4LF4K 1BWFO 2ZQBA 4FZZA 4XEIA 3ZSZA 2P5GA 4C1NK 3FR0A 3THYB 3QEIA 1GLFO 1RBSA 4OLBA 3Q7BA 2NNWA 4CJWA 3FGUA 3W3DA 3P31A 2I7PA 5EVZA 1SQKA 1CZBA 1DGKN 5CY4A 3E1YA 2CGKA 1IBKK 3T69A 1YTUA 1JCGA 1WSGA 1U47A 4BVPA 3AY9A 3DI6A 1LV5A 3L2VA 5BR9A 1N34K 1EETA 3KLHA 3OY9A 2Z1JA 2I5JA 2OZSA 1QQMA 3SAHA 4Q0BA 1YJNN 1XNQK 3M8PA 3ZT2A 1RFQA 3AO3A 2A1SA 3A5NC 3UE5A 2AJQA 3I0SA 1S6QA 3THWA 3P38A 3CCJN 4YY3K 3S9HA 4XIUA 2O8FB 4AF1A 3OYDA 2E20A 1O13A 3SJHA 2UXCK 4AM7A 4E7IA 3RMCA 1P8ZA 4DTJA 4B3SK 3TAMA 3NH0A 4H5TA 1ASWA 3TAEA 2P9KB 3MEDA 4EP5A 4PHTX 4WFNL 3T1AA 3ID8A 1Z25A 1RT3A 4OGCA 3VGLA 3DJCA 3CFPA 4AHRA 1IG9A 4J2AA 4CGHA 4CJUA 1HNWK 5HP1A 5AZJB 3AA5X 4BRKA 3MN5A 3EY1A 3ITHA 3ENOA 2P9UB 4ZTJA 3SUOA 4I6MB 4E7HA 4H03B 3K5OA 4CJ4A 2VWKA 5C15A 5AQOA 5AQZA 1UA1A 3OYCA 4OKJA 4DFKA 1O1WA 3QMLA 2G8KA 4CEEA 3BUZB 1T7PA 2A3ZA 1Q81O 3DLLL 3AVCA 5AQJA 1NK6A 4CK3A 3VOVA 5JLHA 1E4FT 2BE2A 3HP9A 1XC3A 4IKFA 1RDBA 1W9HA 3OYJA 3HM9A 4DTNA 1RGIA 3MXIA 3TAPA 3K59A 2VQFK 1VQ4N 1FKPA 4A62A 3EKSA 2ZWHA 4L8RB 1VHXA 3H1QA 5J1EA 2CGJA 2G8IA 2NUBA 3EYZA 4KH5A 3H3OB 1HQEA 2QWPA 1XI1A 4CJPA 1GLJO 4O8UA 4KHPK 4JI7K 4FLXA 2BGGA 3NVMA 3NE6A 4W5TA 4BG9A 3CI5A 4RW6A 2WTUA 3IRXA 4YORA 3ZETA 3VF4A 4CCHA 3L3UA 1TAQA 4Z4GA 4BRFA 4JKEA 3F5TA 5JICA 4FJXA 2UUCK 4CBWA 4E1NA 5KRTA 1LW2A 1JLGA 4CGGA 1QSSA 5JS2A 4CHZA 1NGBA 3CF5L 3HK2A 3O9RA 3OYFA 5BN8A 4JK8A 1C1BA 3VEXA 4DU1A 4AQYK 4MO5A 4M3XA 3PO5A 1M90O 4KHSA 4H4OA 3BP8A 4NXNK 3RMDA 2I7NA 2O8BB 3KZBA 1WBDA 3AVKA 3A5LC 1NGEA 3D2EA 3HYFA 1TKXA 2ZJRL 3LWLA 2ZGYA 1NGJA 3HO1A 2E6LA 4E89A 3N4QA 3LP2A 3CQ8A 3ULDA 3ZCMA 2QXFA 2NZTA 4BROA 4DS5A 2CGLA 2IAJA 3FFIA 4CI6A 3VA3A 5FPEA 3NGZA 3VEZA 1ZYQA 5I9EB 4YOTA 1VSMA 3CJ1A 1RT4A 4DTOA 2F9TA 3WNGA 3IG1A 1I39A 2E2NA 3KLEA 3E9LA 2OTJN 2YHAA 5AZIB 1FK9A 1RBRA 1BIUA 1XQSC 4LD0A 3AARA 4IOCL 3AVNA 3G71N 4FLZA 3OYGA 4B9NA 1TK0A 4KKOA 1KVAA 4H0PA 1YVUA 4B08A 2FSKA 2HBMA 4BRQA 5HROA 4G9ZA 2VG5A 3ZETB 2P1JA 1HJOA 4HHTA 1A5WA 3LZJA 3DMJA 3CG7A 4HUGA 3LPUA 2LSNA 2HHHK 2D5RA 2WFBA 4O4GA 5AQXA 3KK3A 5M1NA 4CHYA 2DFFA 3VN5A 3VEWA 1IG8A 4DTXA 2HHQA 4DV5K 4B3TK 4JI5K 4E19A 2ZD1A 1T8EA 1CXUA 1LWCA 4MQ3A 4M45A 2XY8A 1OVQA 1JXBA 3WEEA 1NKBA 4DR2K 3C6TA 5T7BA 3DLKA 2QKKA 4IO9L 4BY9C 5KI6A 3SLCA 4NCAA 4B1WB 2YJFA 4JKAA 2ASPA 4CEDA 4DQQA 5AQIA 3QIPA 3D2EB 4HTLA 4WQ5C 5GAEP 3TTCA 4CZHA 1KFSA 1VQON 4ID1A 4BRGA 4JI8K 4DG1A 4IXCA 3O80A 1Q86O 3LAKA 5M1PA 4B9QA 1A5VA 1C0UA 3SMPA 1C0FA 3JYTA 1S22A 1YAGA 2Q0RA 4YFUA 2IS3A 1B92A 5DMRA 3QNOA 2O8EA 4MLHA 2HVIA 3JXUA 1VK0A 5C2DA 1HLUA 4PY5A 2PY5A 1QVFM 5AQNA 2FF6A 1Q8IA 4JEPA 1S9GA 2DFHA 4DV7K 3A8YA 3ZT0A 2YHWA 4MDAA 1MWKA 1NMDA 5C12A 5TKWA 4F2RA 2BH1A 1D4XA 2E2QA 3NF6A 1GLAG 2GEMA 3C6HA 3C94A 4OKEA 4LFCK 3DRSA 4LFAK 1VQ5N 4KBOA 2RHKA 3OJSA 3SV3A 1NLVA 2QI2A 2VG6A 4CFAA 3RR8A 1BU6O 3H6EA 3O3FA 3RRHA 3EE9A 1W97L 3G4SN 4DTSA 1Q7YO 3R9PA 3K9KA 2XRIA 4YDUA 4BRIA 2P9LA 1RBTA 3GG4A 1RBVA 4B1YB 5HL7L 3AGKA 4CF0A 4FWPA 2YV0X 2Z1IA 4ZHRA 2HHSA 4BR0A 4JI6K 4DB3A 1S3XA 1REVA 3ZSOA 3AVLA 1J5EK 1YJ9N 1KC8O 1IKVA 4CZFA 3F9MA 1P90A 3RSEA 2EHGA 1WSJA 3OS0A 4DR5K 4NB4A 1EWRA 5LL6Z 3J7YP 3OYBA 3QERA 3S3NA 1Z26A 2UXBK 1BGXT 5HRNA 5I3UA 4N5SA 1C1CA 3QFUA 2UXDK 3ZX2A 2HNYA 3CETA 5C2FA 2XY5A 4GVEA 2FBVA 3V1RA 3VQ9A 2VGNA 1LW0A 1WN7A 4LSLA 3TARA 4B3OA 1TVRA 2GTDA 2H3GX 5AQQA 2HHVA 5I42A 1BQMA 2YHXA 1T6DA 3SJJA 4DV4K 4Q5VA 3I8BA 4FK4A 3O8MA 1WUAA 3AA3A 3EZ5A 4YOUA 5CZ2A 4CBUA 4CZLA 4CIEA 1S1UA 3H08A 5AQYA 5E26A 3CMAN 4A57A 3TAGA 3QB0A 4A59A 5BR8K 1LAVA 3IDHA 3SUPA 1VQLN 5J2QA 4I9QA 2OYQA 3C95A 4CE9A 3SQ4A 1S1WA 2WOMA 2R7YA 1XNRK 4J2DA 5AQUA 3MWTA 3AVIA 2P9LB 4OPHA 4XH1A 3L4IA 4M3TA 3CC4N 4JK9A 5DM6L 5C10A 1RT5A 2QM1A 5LMNK 1Y64A 4JYAK 4QAGA 1DKGD 5AQHA 2DFEA 4UQGA 4E3SA 1DEJA 4N56A 4BRPA 3FFKB 1GOBA 4H0XB 2D0AA 3AVAA 1KAYA 3WXIA 1SZ2A 1C0TA 3RSEB 1RT7A 4BQZA 1X9JA 1CXQA 1HUXA 3J7AP 4BE1A 2Z1GA 4Z94A 4FW1A 4B9VA 3LM9A 4DWIA 4LF9K 1A5XA 5KPRA 3CC7N 4N47A 3DLRA 3L2WA 1JLEA 3O9QA 3PO4A 5KTQA 1L3UA 2B6AA 1ZBLA 4BQLA 4NLBA 3CXCM 4W5QA 3B6OA 3LP3A 2E4LA 4M42A 2HBKA 4EIAA 3O6WA 2G8VA 2F9WA 2OTLN 4DR6K 4UY8O 4BR9A 3VA0A 3LM2A 4Y1DA 1FKOA 3DRRA 4KO0A 2OANA 4AHUA 1UAXA 4LY7A 5EOYA 2X6NA 1BI4A 4BE2A 1UA0A 3UKRA 3VF6A 1RNHA 4IDKA 2QWMA 4H0YB 2F96A 4IO8A 4E7JA 1HMVA 1JLCA 2ZF5O 4DSJA 3VQAA 3CPEA 3BDPA 5JS1A 1RT2A 4FLWA 1T6CA 2P9IA 4KHUA 4JI1K 2O8FA 5HRSA 1T3VA 4CJEA 4GV6A 1NGCA 5AQPA 5FPDA 3BF1A 3KWGA 4DR7K 5GIPA 4DKWA 5C25A 3VESA 2P9KA 3I0RA 1NKEA 2FXUA 4CJTA 1N32K 1EWQA 4DFPA 4Y1CA 2O8CB 4FJGA 3V9WA 4AHCA 4NLCA 4M7XA 4NCGA 3VF2A 1L3TA 3T3FA 2ASOA 3VETA 3AA2A 1KLMA 3WNFA 4QCLA 1CLQA 1J5OA 1NGGA 1TKZA 2Q36A 5AZJA 3AAPA 4FWLA 5MLCQ 3CQXA 1NK0A 1OKJA 4FZYA 1MWMA 1TL1A 1NGDA 4WFBL 2FSJA 3P5JA 5M1QA 4H5RA 3PIPL 4FWQA 3V4IA 3QIOA 1YXQA 4J2EA 2HF4A 2X78A 1HR0K 3MEGA 4JD2A 3AO5A 2P9SA 5LMUK 4ISEA 3SNNA 3LP0A 2E5LK 4CZJA 1N8RO 1UWBA 2VYPA 4DFJA 2VCPA 3EZWA 3G0ZA 3O1BA 2ETJA 3O3GA 1EKEA 2QA4N 4RTFD 1BI4B 4BGAA 3O3HA 3LDSA 1ILYA 3UKRB 1X3MA 3FE1A 3KWIA 4FZXC 5TKYA 4BRDA 4IEIA 3ID6A 2PAVA 1ZXOA 1WAJA 3C65A 1NGAA 3D0PA 4DR3K 2P9IB 3D6RA 4HTUA 3TPQA 3CCQN 1Q18A 5KRSA 2ITMA 1TUUA 3CQYA 3QESA 3TAQA 3ENHA 2AA4A 1X9WA 2UUBK 4DQRA 1D9DA 4CJ3A 3HOSA 1C0GA 3FZFA 3L4QA 3WT0A 1ESVA 2IIRA 1J6ZA 3SCXA 1RDWX 4DQIA 4FLUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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