1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
5HL7L 4WF9L 1W2BM 2QEXN 1M90O 1K8AO 3CCEN 2ZJPL 3CF5L 3OW2M 1ILYA 1Q7YO 3DLLL 5DM7L 5GAHP 4WFBL 4WCEL 1VQ8N 1JJ2M 3CMAN 4WFAL 1VQPN 1VQMN 3CCJN 1YIJN 4WFNL 3CXCM 1Q82O 3I56N 4IO9L 1QVFM 3CC7N 1Q81O 2ZJRL 1K73O 5JVHL 2QA4N 2OTJN 4U67L 3PIPL 1YHQN 5DM6L 1YJ9N 3G4SN 5GAGP 1VQON 3CCRN 3G6EN 1Q86O 1VQNN 1KQSM 3CD6N 3CMEN 1OVYA 3CCLN 4IOAL 1VQKN 1KD1O 1YI2N 1VQ7N 3CC2N 5H1SQ 1YJWN 1YITN 1QVGM 5GAEP 3J7ZO 3CCMN 4UY8O 3CPWM 4IOCL 3G71N 5MLCQ 3CCSN 3CCVN 3CCUN 5JVGL 2OTLN 1VQ6N 1S72N 1NJIO 3PIOL 1VQ9N 1YJNN 1M1KO 1K9MO 2ZJQL 3CC4N 3CCQN 1VQ5N 3I55N 1KC8O 1VQLN 1VQ4N 5GADP 1N8RO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1YA 1NG9A 3BP8A 4A61A 4IG3A 2ASMA 1GLCG 4I9LA 4H4OA 4E89A 3CYMA 4ID1A 3H1VX 4CFCA 3SUPA 5AFUH 1A5XA 3CHWA 5AQQA 5GAHP 4CFDA 2G8KA 3ZETA 1ATNA 2Z1HA 3ZT4A 1UA1A 3CETA 3OYBA 4IDHA 5HRSA 1XUPO 2Q0UA 1HNVA 3CERA 3MXJA 4BGBA 4K8ZA 4Z0UA 2YNHA 5TKYA 4FYDA 1Q9XA 3VETA 2NRHA 2DTUA 3C65A 1GOBA 3WNGA 3O3FA 4CIGA 4NO7A 4KHPK 2P9NA 2VQEK 1NJWA 1NM1A 3MN9A 2YV0X 3LALA 3OTOK 3VQ4A 2QWPA 4LF8K 1GLEG 3VEVA 1SV5A 4ISGA 4WQ5A 1I39A 4FLXA 5I3UA 4ICLA 2GTDA 3S3NA 5AQLA 3QEPA 3OYDA 4CEEA 5EU7A 3WXKA 2CGLA 4OO1J 2JWKA 5AZIB 4RW6A 1TAUA 3DLHA 3O9UA 3AO1A 1J5OA 4BR7A 5K14A 5TKWA 3O5BA 3QFUA 4NXNK 1HPZA 3VQ9A 3M1FA 4B9SA 2J4RA 3CCMN 4FW1A 4M3YA 4PA1A 4CJ7A 1CZ9A 3OYJA 2HNDA 3NGYA 2QKBA 1TYQA 2P9SB 4EAHD 5FROA 4YOTA 4BACA 4O5FA 3AVBA 1O13A 4CZHA 1LW0A 1BWFO 2NRVA 1GLLO 2YNIA 1YAGA 4Z4FA 1VQ6N 3MWTA 1NMDA 2QWOA 1O1WA 2QWNA 3D2EB 1MWMA 1S1XA 1NGHA 5HRNA 3IG1A 2PY5A 3F9MA 2IVOA 4CZIA 2E20A 3EYZA 1C6VA 3THYA 2BE2A 4BR0A 5KQ8A 4KB1A 3AGRA 2ASPA 3ZSQA 3CCEN 1TUUA 3OW2M 5CR4A 1KLNA 4XH5A 3FZFA 4KHUA 1WBBA 4BROA 4R5PA 5LMUK 1KAYA 4DHYA 2P9KB 4DTNA 1VQ8N 4J8FA 3WXJA 2X6NA 2HF3A 1EO1A 3PO5A 1GLJO 3L4QA 3DLRA 1OH8A 4XEIA 2BTFA 4FWPA 3BDPA 4ELTA 5AQRA 1HNIA 2NZTA 3K58A 5J2MA 2E2OA 2OZSA 2HMPA 5AZJA 1KFSA 4JHDA 2UUCK 3T19A 5A2QO 3AGKA 3OVNA 3F5TA 1EETA 1YXQA 5LL6Z 2WBNA 5JS1A 1L3VA 1QQNA 1EWQA 1T7PA 3HPHA 2O8CA 4DS5A 3VN5A 1IO2A 3T1AA 3M8QA 3SAFA 3KK1A 5C24A 5GAGP 5SZTA 1Z26A 2BANA 4DV0K 3ZT0A 3K5MA 3TAGA 3NVMA 2CH6A 4CJ5A 2KW4A 2XY5A 1VQ7N 3NF9A 3SV4A 1YITN 4FO0A 1W7AA 1LAVA 2NRWA 2FBXA 4KB0A 1LOTB 5M1QA 1LWCA 3Q7BA 5AQSA 3PSFA 4FLTA 4CBXA 4NCAA 3ASMA 3DXKB 3QEVA 2V7YA 4F3TA 1RDCA 3RVCA 2YNGA 3P31A 4CEBA 3ITHA 4UQGA 3PIOL 4GVMA 4DQIA 1T03A 4F9OA 1IH7A 5AQOA 3DM2A 4M3XA 5LY3A 1VQ5N 4C8NA 3B8AX 4NB4A 4E1JA 4FVUA 4EZ9A 3V1QA 1X3NA 3DXMA 3KVGA 4B8AB 4X64K 1L3UA 4LFAK 1ZBHA 1QZ6A 5C15A 3ZSXA 2F96A 1HRHA 4OJRA 5FRMA 3DLLL 1Y64A 3AV9A 4CF1A 5AQJA 5DM7L 4NYFA 2KZMA 1RBSA 3O3HA 1BQMA 4AQYK 3BZKA 4BC3A 4KH5A 1YTAA 5ADXH 2R7YA 3RSEA 5KI6A 1S1TA 3AVFA 4ZTFA 3OS1A 4DLGA 2NRTA 4Q5VA 1JCGA 4DFJA 2I5JA 5KGXA 4CEFA 1JL2A 3TAEA 3I56N 2Y1JA 3TTCA 3KK2A 2VQFK 4RG8A 1QVFM 3T1YK 4DQSA 1SL1A 5M1KA 3M6GA 4IJNA 2NRRA 3L8BA 4CBWA 3OYGA 3HP6A 3M3ZA 3V1RA 4MLEA 4CZMA 3CQ8A 4FLWA 4CHOA 2OCEA 4B9LA 4KHSA 3T3FA 1KVAA 2HBMA 3MDQA 1BA0A 4CJQA 4JI0K 1Z6RA 2P5OA 3PV8A 2O8BA 4YNQA 3L3VA 4CF0A 2NUBA 1Q8IA 5HBMA 2E6MA 3FE1A 3QEWA 3O4WA 3P5JA 5AQXA 2KHOA 4KI6A 4M7XA 1NK8A 1VHXA 4RCHA 2RF2A 1BU6O 4DR4K 3NCIA 1WB9A 1M1KO 1NKBA 3OJUA 2ZJQL 4PKGA 1I3AA 3SMPA 2YX6A 3U4LA 3CFRA 3HI0A 1WSEA 2WTUA 1S6PA 5DK5A 4PKHA 3MCPA 3U3GA 4Z4EA 4B1WB 5LJWA 3T7ZA 1GOAA 3VA0A 1DEJA 2F7TA 4JKAA 4QS8A 4DV4K 2O8DA 2P9PB 3PX4A 3ZCMA 2VYPA 4HHTA 1XC3A 4WFBL 3GOIA 3MN5A 4KREA 5AFUA 1HX1A 3THXB 4BRKA 4LH5A 1KVCA 2HHSA 2IS3A 1N34K 5J2NA 1VQPN 4BRPA 4I6MB 4AHSA 3NFAA 4M7YA 1IG9A 3CJCA 2WOMA 1JLGA 4WQ4C 5KQDA 2A6AA 3C6AA 4CEDA 3SQ0A 4B9QA 1HJOA 4JN4A 3PX0A 1T44A 2KZZA 3UKRB 5EVZA 3THWA 3ALYA 3MXMA 5B8HA 2A1SA 4YDUA 3RR7A 3LPTA 4DCHA 1GLDG 3DOKA 2WFBA 4J2AA 2QA4N 3JSMA 3BF3A 3S3OA 3O9TA 4KPYA 2YCHA 3O1WA 4IWVA 2G8FA 4ILHA 4IZ9A 1VQNN 2HBJA 5FRNA 4N76A 1S22A 2KQ2A 2QWQA 1Z05A 1ESVA 2GX9A 1BQNA 5CY4A 3BF1A 5KRSA 2E2PA 2QWRA 4B3TK 3OYNA 5AJ3K 3RWUA 3GBTA 3J7ZO 1YT3A 1IG8A 2GBZA 3AO4A 3MEDA 3A0IX 4FLUA 4JK7A 3OYMA 2FXUA 4MQ3A 5M1FA 3HT3A 1VSHA 3CCUN 4KH6A 1QQOA 4WQ4A 1ASVA 2CGJA 5C2FA 5J2PA 3U8XA 4A2BA 1KVBA 3D7EO 3O6WA 4GNIA 3ENBA 5AQYA 1K9MO 1K8KB 5BN8A 4E7KA 2Q36A 3CCQN 4AH9A 2X6SA 2IOCA 4BRDA 4CJPA 3V9UA 3GDQA 1F21A 1EWRA 3QB0A 4DR7K 4CJEA 2HHHK 4JI5K 3O8MA 5LJVA 2QEXN 4DR3K 4CF2A 1DTTA 1S6QA 4A57A 3WEEA 2DFFA 4JKGA 4OGCA 1VSDA 1DKGD 3EE8A 3RRHA 3LM2A 2FBVA 4E1NA 3OYIA 3SAHA 1U49A 1BI4A 4DR1K 1WSIA 1A5VA 3K9JA 3O4QA 3ZSZA 4CFBA 4BR9A 2YI1A 4CZFA 3RR8A 4OLBA 3WXIA 2W42A 4DU3A 5KPRA 2W6LA 3SYZA 4FL9A 5KGWA 4B3RK 3AVMA 4F2RA 2Q97A 3GG4A 4FLYA 3L4IA 3TAFA 2AJQA 3SCXA 3QINA 3SBGA 4KHNA 3ENOA 4ILGB 3EE9A 4JD2A 3HO1A 1EX4A 1NJYA 4LFCK 3HP9A 4YOVA 3VQAA 3NVKA 1ZBIA 1ASUA 3LP3A 4EP5A 3K5LA 2OPQA 3L3UA 3C6UA 3CJ1A 5HRRA 1NGAA 3AA5X 2D1KA 4CFAA 2CH5A 4HCBA 2Y1IA 2P9IB 4MO4A 3G25A 3S41A 1J6ZA 5HRPA 1JKHA 2DPNA 3O1BA 1VSKA 4F2SA 3K2PA 3K9KA 1XNRK 3NMUA 2IC3A 4H03B 4KI4A 3ZEUB 1WAJA 2Q3SA 1D8YA 1NKCA 1HMVA 5BPLA 1UWBA 5F2RA 4W5TA 1NJZA 1P8ZA 4OPHA 1BISA 5C2DA 1YJNN 2F8SA 1RT5A 4G1QA 4FZYA 4M3ZA 3UKUA 3VENA 3W0LA 4BC2A 4JRPA 3P39A 1T6DA 2HVHA 3U6FA 4FWLA 5DMRA 3MK6A 2YHYA 3TANA 1J5EK 1RBUA 1NGIA 3U3YA 1W2BM 4FWNA 3HPOA 1J9AA 3JXUA 1LWEA 4O5BA 3NAEA 2FF3B 4EHTA 4C23A 2B4JA 5AQIA 3ZLJA 3KD1E 5CHIA 3S3MA 2YHWA 4ILJA 4DQQA 5AQMA 3K0SA 4B1YB 3OJSA 3O9SA 4DG1A 1VK0A 4PQUA 3DYAA 1G15A 2W41A 4WQ5C 4MFBA 2YJFA 2ZE2A 4BREA 4XH4A 3T69A 4CHZA 1L3SA 4DSFA 5ADXA 3HPGA 4GMJB 4KV8A 5T7BA 4OPJA 4LD0A 1X3MA 5I42A 3O9QA 1GOCA 2QTDA 1FW6A 4JKDA 1U47A 1HPMA 1NGGA 4M3TA 4XIUA 1WUAA 2UUBK 4FJ8A 1P90A 3ZETB 1U48A 1TK0A 3EO3A 1SL2A 2ZJRL 3CJ9A 4JI1K 3OYHA 1WSFA 3AVKA 2Q0RA 3QERA 4A5AA 2UXCK 4M41A 3AVCA 3U9DA 5EXWA 5C0YA 1YVNA 3DRRA 5DM6L 1QZ5A 2ITGA 1QSSA 3V4IA 4ZHRA 3TSUA 1SL0A 4LFBK 2P9NB 4JI4K 4BVPA 1WN7A 1KD1O 4IBNA 2NLXA 2G8IA 4JI3K 3P1GA 1NGDA 2XY6A 2IAJA 2QWLA 3HL8A 4JRQA 3TI0A 1C0GA 4HUEA 3L2UA 5C25A 2EWSA 1HQEA 2Q1NA 4CEOA 1WSJA 4FJ7A 1XC9A 3QNNA 4DV6K 4E3SA 1OH5A 4CK3A 1N32K 4MDBA 4Z4CA 4JS5A 5JVGL 4Z4IA 3BUZB 4YOWA 3CQYA 4DUYK 4JI6K 4E7IA 1NJIO 1LV5A 3AVLA 2KTQA 4C1NI 2PBDA 3WQUA 2BUPA 3TSPA 1EQYA 3CPEA 4QS7A 4H5WA 4OKJA 3QLHA 3VERA 1IKWA 3AVHA 4H5VA 3BEXA 4CGGA 1TYQB 4AHCA 2W40A 3KJVA 1X9SA 3JYTA 3ZSRA 3LL3A 3G0ZA 2RHKA 4BG9A 3AO3A 4DF4A 4ELVA 1JLQA 1C0UA 1BIZA 3M8RA 3BY5A 5AR0A 3KWGA 4DSKA 3WNFA 4QCLA 5AZIA 2KFZA 5KPZA 5LMNK 1NWKA 4HWIA 4M3UA 4KHYA 1L3TA 4Q0BA 4DF8A 3HK2A 3H46O 2X74A 3HSCA 3QO9A 3VF6A 5C42A 3FZHA 3VF4A 3THYB 5FLXO 2FC0A 4AHRA 4NCBA 1NGJA 4BE2A 4CESA 3CM6A 4BR4A 2A5XA 3CCJN 3TTDA 3S9HA 1YIJN 5BRFA 1E4FT 3QICA 2UYTA 3SZ2A 3E9PA 3V9ZA 4FWRA 1XI1A 4PUOA 3D45A 3LWMA 3CG7A 1TUYA 1TL1A 1CZBA 1BOTO 1N5YA 4Z4GA 3OA9A 2OTJN 2AP1A 1S3XA 4W5QA 3IMXA 2P9UB 4X65K 2W6KA 3Q7CA 3OS0A 4CK1A 4A5BA 5C12A 2HHWA 5AZJB 2PYLA 4JHDB 3QBXA 4DV3K 2WUSA 1B9FA 2VGMA 3CM5A 4JLHA 4FM1A 3ZT1A 4JI2K 5AQVA 4O0IA 3SUOA 1YUWA 3UB5A 4IFEA 4AF1A 3PUFA 4CEAA 3VGLA 1SKSA 4MLHA 4CGHA 4IOCL 3PX6A 3AY9A 1WOQA 4DV5K 2F4VK 3DLEA 4DU1A 1CZAN 3TPQA 1T8EA 3AVIA 3VQCA 1N6QA 1BCMA 4CF8A 4EIAA 1U45A 1U4BA 4CJLA 4BDYA 1TV6A 4DQ8A 4DSJA 2HHQA 1A5WA 3VQ6A 5GADP 5GAEP 2XRIA 5GIOA 2HNZA 3NF7A 2Q2RA 4H5RA 1C1BA 3C0BA 1M90O 1BO5O 2CGKA 4K43A 3NDKA 4AHVA 3I8DA 3K59A 3DI6A 3HVTA 3LZJA 3QMLA 2OPPA 4DR5K 3EZWA 3CQXA 1W9HA 4W5NA 3LWLA 5BPNA 1IBLK 4WYBA 4LSLA 4RW9A 3CMAN 1Q18A 3DXMB 4B08A 5D3GA 1FKPA 4ELUA 4DUZK 1Q82O 2I7NA 3BZCA 1WNSA 3B6PA 3AO5A 1QQMA 3DLGA 4IO9L 4ISFA 3CC7N 2VGNA 1NKEA 3RSEB 2VWKA 4H5NA 4CJRA 4DTRA 3JS6A 2VG7A 4G9ZA 3O9RA 4DTMA 2GUPA 4N41A 1NK6A 2UXBK 4CK2A 2D5RA 5M1NA 1DT9A 1RCHA 2GUIA 3NH1A 4FWQA 4ID5A 2UU9K 4FLZA 4QOZB 4CIFA 3L0QA 1NGBA 2QWMA 3ZSWA 4E0DA 1IBMK 3VTIA 3LZIA 1VRUA 1VRTA 3NH0A 2KFNA 4X62K 3DLKA 1KFDA 4FJIA 3QESA 4FXDA 1NBWA 4A59A 3V81A 2D0OA 2JWLA 2VG6A 2ZF5O 3MMVA 3KTQA 2OPRA 2QXFA 1OKJA 4GV3A 4M45A 3HJFA 1J54A 4I9QA 1VSIA 1T05A 3A5LC 4KTQA 4H0YB 2ITMA 3ZX3A 2QK9A 4GVEA 4DQRA 1HKBA 3CFPA 1QTMA 4E19A 4CJ4A 4PWDA 1IKVA 3SBTA 3CJ7A 1UOCA 3SMSA 2HHUA 4RW7A 4KAZA 4FCYA 1VQ4N 3LP0A 4FOEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HL7 L;  4WF9 L;  1W2B M;  2QEX N;  1M90 O;  1K8A O;  3CCE N;  2ZJP L;  3CF5 L;  3OW2 M;  1ILY A;  1Q7Y O;  3DLL L;  5DM7 L;  5GAH P;  4WFB L;  4WCE L;  1VQ8 N;  1JJ2 M;  3CMA N;  4WFA L;  1VQP N;  1VQM N;  3CCJ N;  1YIJ N;  4WFN L;  3CXC M;  1Q82 O;  3I56 N;  4IO9 L;  1QVF M;  3CC7 N;  1Q81 O;  2ZJR L;  1K73 O;  5JVH L;  2QA4 N;  2OTJ N;  4U67 L;  3PIP L;  1YHQ N;  5DM6 L;  1YJ9 N;  3G4S N;  5GAG P;  1VQO N;  3CCR N;  3G6E N;  1Q86 O;  1VQN N;  1KQS M;  3CD6 N;  3CME N;  1OVY A;  3CCL N;  4IOA L;  1VQK N;  1KD1 O;  1YI2 N;  1VQ7 N;  3CC2 N;  5H1S Q;  1YJW N;  1YIT N;  1QVG M;  5GAE P;  3J7Z O;  3CCM N;  4UY8 O;  3CPW M;  4IOC L;  3G71 N;  5MLC Q;  3CCS N;  3CCV N;  3CCU N;  5JVG L;  2OTL N;  1VQ6 N;  1S72 N;  1NJI O;  3PIO L;  1VQ9 N;  1YJN N;  1M1K O;  1K9M O;  2ZJQ L;  3CC4 N;  3CCQ N;  1VQ5 N;  3I55 N;  1KC8 O;  1VQL N;  1VQ4 N;  5GAD P;  1N8R O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E1Y A;  1NG9 A;  3BP8 A;  4A61 A;  4IG3 A;  2ASM A;  1GLC G;  4I9L A;  4H4O A;  4E89 A;  3CYM A;  4ID1 A;  3H1V X;  4CFC A;  3SUP A;  5AFU H;  1A5X A;  3CHW A;  5AQQ A;  5GAH P;  4CFD A;  2G8K A;  3ZET A;  1ATN A;  2Z1H A;  3ZT4 A;  1UA1 A;  3CET A;  3OYB A;  4IDH A;  5HRS A;  1XUP O;  2Q0U A;  1HNV A;  3CER A;  3MXJ A;  4BGB A;  4K8Z A;  4Z0U A;  2YNH A;  5TKY A;  4FYD A;  1Q9X A;  3VET A;  2NRH A;  2DTU A;  3C65 A;  1GOB A;  3WNG A;  3O3F A;  4CIG A;  4NO7 A;  4KHP K;  2P9N A;  2VQE K;  1NJW A;  1NM1 A;  3MN9 A;  2YV0 X;  3LAL A;  3OTO K;  3VQ4 A;  2QWP A;  4LF8 K;  1GLE G;  3VEV A;  1SV5 A;  4ISG A;  4WQ5 A;  1I39 A;  4FLX A;  5I3U A;  4ICL A;  2GTD A;  3S3N A;  5AQL A;  3QEP A;  3OYD A;  4CEE A;  5EU7 A;  3WXK A;  2CGL A;  4OO1 J;  2JWK A;  5AZI B;  4RW6 A;  1TAU A;  3DLH A;  3O9U A;  3AO1 A;  1J5O A;  4BR7 A;  5K14 A;  5TKW A;  3O5B A;  3QFU A;  4NXN K;  1HPZ A;  3VQ9 A;  3M1F A;  4B9S A;  2J4R A;  3CCM N;  4FW1 A;  4M3Y A;  4PA1 A;  4CJ7 A;  1CZ9 A;  3OYJ A;  2HND A;  3NGY A;  2QKB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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