1VQ6O

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 33
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq6O00
1JJ2N 3G4SO 3CPWK 3I56O 1KD1M 3CC4L 3CCJL 1VQLL 1Q81P 1VQPL 1QVGN 1Q7YM 1K9MM 3CCLO 3CC4O 3CCJO 1VQLO 1VQPO 3CCML 1JJ2K 3CCSO 3CCEL 1Q82M 3G4SL 1YJNO 3I56L 1Q7YP 3CMEL 1K9MP 3CCUO 3CD6O 3CCEO 1YJWO 1K73P 3CC7O 1VQNO 1NJIP 3CXCK 3CCLL 3CMEO 1S72O 3CCSL 2QEXL 1VQ9O 1KC8M 1YJNL 1Q86M 1VQ8L 3CCUL 3CD6L 1QVFN 1VQ6O 1KD1P 3G6EO 1VQ7L 1YJWL 2QEXO 3CC7L 1VQNL 2QA4O 1VQ8O 1S72L 1Q86P 3CCRL 1VQ5O 1QVGK 1VQ4L 1VQ7O 1VQ9L 1M90M 1Q82P 1QVFK 1YHQL 3CCRO 1VQ6L 1VQOO 1K8AM 3G6EL 3CCQO 1VQ4O 1W2BN 3OW2N 3CMAO 2QA4L 1YJ9L 1YHQO 1Q81M 1VQ5L 1YIJL 3G71O 3I55O 1K8AP 1YI2L 3CCVL 1YJ9O 1VQMO 1KC8P 1W2BK 1VQOL 3CCQL 3OW2K 1M1KM 1YIJO 1YITO 2OTLL 3CMAL 1YI2O 3CCVO 1KQSN 3CC2O 1VQKL 1N8RM 3G71L 3I55L 3CPWN 2OTLO 1M1KP 3CXCN 1K73M 2OTJL 1M90P 1VQML 1NJIM 1VQKO 1YITL 1KQSK 1N8RP 3CCMO 2OTJO 3CC2L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ2N 3G4SO 3CPWK 3I56O 4W8KA 1KD1M 3CC4L 3CCJL 1VQLL 1Q81P 1VQPL 1QVGN 1Q7YM 1K9MM 3CCLO 3CC4O 3CCJO 1VQLO 1VQPO 3CCML 1JJ2K 3CCSO 5FCLA 3CCEL 1Q82M 3G4SL 1YJNO 3I56L 1Q7YP 3CMEL 1K9MP 3CCUO 3CD6O 3CCEO 1YJWO 1K73P 3CC7O 5DS4A 5DLJA 1VQNO 1NJIP 3CXCK 3CCLL 3CMEO 2YZSA 1S72O 3GODA 3CCSL 2QEXL 1VQ9O 4XTKA 1KC8M 1YJNL 1Q86M 4P6IC 1VQ8L 5DS6A 3CCUL 3CD6L 1QVFN 1VQ6O 1KD1P 3G6EO 1VQ7L 1YJWL 2QEXO 3CC7L 1VQNL 2QA4O 1VQ8O 1S72L 1Q86P 3CCRL 1VQ5O 1QVGK 1VQ4L 3NKDA 1VQ7O 1VQ9L 1M90M 1Q82P 1QVFK 1YHQL 4WJ0A 3CCRO 1VQ6L 1VQOO 1K8AM 3G6EL 3CCQO 1VQ4O 1W2BN 3OW2N 3CMAO 2QA4L 1YJ9L 1YHQO 1Q81M 1VQ5L 1YIJL 3G71O 3I55O 1K8AP 1YI2L 3CCVL 1YJ9O 1VQMO 1KC8P 1W2BK 1VQOL 3CCQL 3OW2K 1M1KM 1YIJO 1YITO 2OTLL 3CMAL 1YI2O 4N06A 3CCVO 1KQSN 3CC2O 1VQKL 1N8RM 3G71L 3I55L 3CPWN 2OTLO 1M1KP 3CXCN 1K73M 2OTJL 1M90P 1VQML 1NJIM 5DS5A 1VQKO 1YITL 5DQZA 1KQSK 1N8RP 3CCMO 4QDLA 5DQTA 2OTJO 3CC2L
chains in the Genus database with same CATH topology
1JJ2N 3G4SO 3CPWK 3I56O 4W8KA 1KD1M 3CC4L 3CCJL 1VQLL 1Q81P 1VQPL 1QVGN 1Q7YM 1K9MM 3CCLO 3CC4O 3CCJO 1VQLO 1VQPO 3CCML 1JJ2K 3CCSO 5FCLA 3CCEL 1Q82M 3G4SL 1YJNO 3I56L 1Q7YP 3CMEL 1K9MP 3CCUO 3CD6O 3CCEO 1YJWO 1K73P 3CC7O 5DS4A 5DLJA 1VQNO 1NJIP 3CXCK 3CCLL 3CMEO 2YZSA 1S72O 3GODA 3CCSL 2QEXL 1VQ9O 4XTKA 1KC8M 1YJNL 1Q86M 4P6IC 1VQ8L 5DS6A 3CCUL 3CD6L 1QVFN 1VQ6O 1KD1P 3G6EO 1VQ7L 1YJWL 2QEXO 3CC7L 1VQNL 2QA4O 1VQ8O 1S72L 1Q86P 3CCRL 1VQ5O 1QVGK 1VQ4L 3NKDA 1VQ7O 1VQ9L 1M90M 1Q82P 1QVFK 1YHQL 4WJ0A 3CCRO 1VQ6L 1VQOO 1K8AM 3G6EL 3CCQO 1VQ4O 1W2BN 3OW2N 3CMAO 2QA4L 1YJ9L 1YHQO 1Q81M 1VQ5L 1YIJL 3G71O 3I55O 1K8AP 1YI2L 3CCVL 1YJ9O 1VQMO 1KC8P 1W2BK 1VQOL 3CCQL 3OW2K 1M1KM 1YIJO 1YITO 2OTLL 3CMAL 1YI2O 4N06A 3CCVO 1KQSN 3CC2O 1VQKL 1N8RM 3G71L 3I55L 3CPWN 2OTLO 1M1KP 3CXCN 1K73M 2OTJL 1M90P 1VQML 1NJIM 5DS5A 1VQKO 1YITL 5DQZA 1KQSK 1N8RP 3CCMO 4QDLA 5DQTA 2OTJO 3CC2L
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JJ2 N;  3G4S O;  3CPW K;  3I56 O;  1KD1 M;  3CC4 L;  3CCJ L;  1VQL L;  1Q81 P;  1VQP L;  1QVG N;  1Q7Y M;  1K9M M;  3CCL O;  3CC4 O;  3CCJ O;  1VQL O;  1VQP O;  3CCM L;  1JJ2 K;  3CCS O;  3CCE L;  1Q82 M;  3G4S L;  1YJN O;  3I56 L;  1Q7Y P;  3CME L;  1K9M P;  3CCU O;  3CD6 O;  3CCE O;  1YJW O;  1K73 P;  3CC7 O;  1VQN O;  1NJI P;  3CXC K;  3CCL L;  3CME O;  1S72 O;  3CCS L;  2QEX L;  1VQ9 O;  1KC8 M;  1YJN L;  1Q86 M;  1VQ8 L;  3CCU L;  3CD6 L;  1QVF N;  1VQ6 O;  1KD1 P;  3G6E O;  1VQ7 L;  1YJW L;  2QEX O;  3CC7 L;  1VQN L;  2QA4 O;  1VQ8 O;  1S72 L;  1Q86 P;  3CCR L;  1VQ5 O;  1QVG K;  1VQ4 L;  1VQ7 O;  1VQ9 L;  1M90 M;  1Q82 P;  1QVF K;  1YHQ L;  3CCR O;  1VQ6 L;  1VQO O;  1K8A M;  3G6E L;  3CCQ O;  1VQ4 O;  1W2B N;  3OW2 N;  3CMA O;  2QA4 L;  1YJ9 L;  1YHQ O;  1Q81 M;  1VQ5 L;  1YIJ L;  3G71 O;  3I55 O;  1K8A P;  1YI2 L;  3CCV L;  1YJ9 O;  1VQM O;  1KC8 P;  1W2B K;  1VQO L;  3CCQ L;  3OW2 K;  1M1K M;  1YIJ O;  1YIT O;  2OTL L;  3CMA L;  1YI2 O;  3CCV O;  1KQS N;  3CC2 O;  1VQK L;  1N8R M;  3G71 L;  3I55 L;  3CPW N;  2OTL O;  1M1K P;  3CXC N;  1K73 M;  2OTJ L;  1M90 P;  1VQM L;  1NJI M;  1VQK O;  1YIT L;  1KQS K;  1N8R P;  3CCM O;  2OTJ O;  3CC2 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JJ2 N;  3G4S O;  3CPW K;  3I56 O;  4W8K A;  1KD1 M;  3CC4 L;  3CCJ L;  1VQL L;  1Q81 P;  1VQP L;  1QVG N;  1Q7Y M;  1K9M M;  3CCL O;  3CC4 O;  3CCJ O;  1VQL O;  1VQP O;  3CCM L;  1JJ2 K;  3CCS O;  5FCL A;  3CCE L;  1Q82 M;  3G4S L;  1YJN O;  3I56 L;  1Q7Y P;  3CME L;  1K9M P;  3CCU O;  3CD6 O;  3CCE O;  1YJW O;  1K73 P;  3CC7 O;  5DS4 A;  5DLJ A;  1VQN O;  1NJI P;  3CXC K;  3CCL L;  3CME O;  2YZS A;  1S72 O;  3GOD A;  3CCS L;  2QEX L;  1VQ9 O;  4XTK A;  1KC8 M;  1YJN L;  1Q86 M;  4P6I C;  1VQ8 L;  5DS6 A;  3CCU L;  3CD6 L;  1QVF N;  1VQ6 O;  1KD1 P;  3G6E O;  1VQ7 L;  1YJW L;  2QEX O;  3CC7 L;  1VQN L;  2QA4 O;  1VQ8 O;  1S72 L;  1Q86 P;  3CCR L;  1VQ5 O;  1QVG K;  1VQ4 L;  3NKD A;  1VQ7 O;  1VQ9 L;  1M90 M;  1Q82 P;  1QVF K;  1YHQ L;  4WJ0 A;  3CCR O;  1VQ6 L;  1VQO O;  1K8A M;  3G6E L;  3CCQ O;  1VQ4 O;  1W2B N;  3OW2 N;  3CMA O;  2QA4 L;  1YJ9 L;  1YHQ O;  1Q81 M;  1VQ5 L;  1YIJ L;  3G71 O;  3I55 O;  1K8A P;  1YI2 L;  3CCV L;  1YJ9 O;  1VQM O;  1KC8 P;  1W2B K;  1VQO L;  3CCQ L;  3OW2 K;  1M1K M;  1YIJ O;  1YIT O;  2OTL L;  3CMA L;  1YI2 O;  4N06 A;  3CCV O;  1KQS N;  3CC2 O;  1VQK L;  1N8R M;  3G71 L;  3I55 L;  3CPW N;  2OTL O;  1M1K P;  3CXC N;  1K73 M;  2OTJ L;  1M90 P;  1VQM L;  1NJI M;  5DS5 A;  1VQK O;  1YIT L;  5DQZ A;  1KQS K;  1N8R P;  3CCM O;  4QDL A;  5DQT A;  2OTJ O;  3CC2 L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1JJ2 N;  3G4S O;  3CPW K;  3I56 O;  4W8K A;  1KD1 M;  3CC4 L;  3CCJ L;  1VQL L;  1Q81 P;  1VQP L;  1QVG N;  1Q7Y M;  1K9M M;  3CCL O;  3CC4 O;  3CCJ O;  1VQL O;  1VQP O;  3CCM L;  1JJ2 K;  3CCS O;  5FCL A;  3CCE L;  1Q82 M;  3G4S L;  1YJN O;  3I56 L;  1Q7Y P;  3CME L;  1K9M P;  3CCU O;  3CD6 O;  3CCE O;  1YJW O;  1K73 P;  3CC7 O;  5DS4 A;  5DLJ A;  1VQN O;  1NJI P;  3CXC K;  3CCL L;  3CME O;  2YZS A;  1S72 O;  3GOD A;  3CCS L;  2QEX L;  1VQ9 O;  4XTK A;  1KC8 M;  1YJN L;  1Q86 M;  4P6I C;  1VQ8 L;  5DS6 A;  3CCU L;  3CD6 L;  1QVF N;  1VQ6 O;  1KD1 P;  3G6E O;  1VQ7 L;  1YJW L;  2QEX O;  3CC7 L;  1VQN L;  2QA4 O;  1VQ8 O;  1S72 L;  1Q86 P;  3CCR L;  1VQ5 O;  1QVG K;  1VQ4 L;  3NKD A;  1VQ7 O;  1VQ9 L;  1M90 M;  1Q82 P;  1QVF K;  1YHQ L;  4WJ0 A;  3CCR O;  1VQ6 L;  1VQO O;  1K8A M;  3G6E L;  3CCQ O;  1VQ4 O;  1W2B N;  3OW2 N;  3CMA O;  2QA4 L;  1YJ9 L;  1YHQ O;  1Q81 M;  1VQ5 L;  1YIJ L;  3G71 O;  3I55 O;  1K8A P;  1YI2 L;  3CCV L;  1YJ9 O;  1VQM O;  1KC8 P;  1W2B K;  1VQO L;  3CCQ L;  3OW2 K;  1M1K M;  1YIJ O;  1YIT O;  2OTL L;  3CMA L;  1YI2 O;  4N06 A;  3CCV O;  1KQS N;  3CC2 O;  1VQK L;  1N8R M;  3G71 L;  3I55 L;  3CPW N;  2OTL O;  1M1K P;  3CXC N;  1K73 M;  2OTJ L;  1M90 P;  1VQM L;  1NJI M;  5DS5 A;  1VQK O;  1YIT L;  5DQZ A;  1KQS K;  1N8R P;  3CCM O;  4QDL A;  5DQT A;  2OTJ O;  3CC2 L; 
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