1VQ7L

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq7L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vq7L01
2QA4L 3CMEO 3CCML 1K73M 1VQ5L 3G4SO 1YJWO 1VQ8L 3CCLL 3CD6L 3CCQL 1Q7YM 1NJIP 1S72O 1VQ4O 1VQPO 1KD1P 3CCJL 1N8RP 1VQNL 3G71L 3CCVO 2QEXO 3CC4L 1JJ2K 2OTJO 1YIJO 1YJ9O 1KC8P 1KQSN 1VQML 1VQLO 2OTLL 3CMAL 2QA4O 3CCMO 1K9MP 1NJIM 1VQKL 1VQ5O 3CC7O 1M90P 1VQ9L 1VQOO 3CCLO 3CD6O 3CCQO 3CCEL 1KD1M 3G6EL 1N8RM 1YI2L 3CCJO 1YJNL 3CCSL 1YHQL 3CPWN 1QVGN 1VQNO 1Q86P 1QVFK 1Q82P 1KC8M 1Q81P 3CCUO 3OW2K 1VQ6L 3CCRL 3G4SL 1K9MM 2OTLO 3CC2L 1S72L 1M90M 1W2BN 1VQ4L 3CMAO 3CXCN 1YITL 1VQ8O 1VQ9O 1M1KP 3I56L 3G6EO 3CCVL 1YI2O 1K8AP 3I55L 1VQ7L 1Q86M 1YJNO 1Q82M 3CCSO 1YHQO 1Q81M 3G71O 3CMEL 3CC4O 1VQ6O 3CCRO 3CPWK 3CC7L 1YJWL 1QVGK 1K73P 1VQMO 1VQOL 3CC2O 1M1KM 1VQPL 1Q7YP 1VQKO 1KQSK 1QVFN 1YITO 1JJ2N 3OW2N 3CCEO 1W2BK 1K8AM 3I56O 3CXCK 2QEXL 3CCUL 3I55O 2OTJL 1VQ7O 1YIJL 1YJ9L 1VQLL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P6IC 2QA4L 3CMEO 3CCML 1K73M 1VQ5L 3G4SO 5DS5A 1YJWO 1VQ8L 3CCLL 3CD6L 3CCQL 1Q7YM 1NJIP 1S72O 1VQ4O 1VQPO 1KD1P 3CCJL 1N8RP 2YZSA 1VQNL 3G71L 3CCVO 4XTKA 2QEXO 3CC4L 1JJ2K 4N06A 2OTJO 1YIJO 1YJ9O 1KC8P 1KQSN 1VQML 5DLJA 1VQLO 2OTLL 3CMAL 2QA4O 3CCMO 1K9MP 1NJIM 1VQKL 1VQ5O 3CC7O 4W8KA 4QDLA 1M90P 1VQ9L 1VQOO 3CCLO 3CD6O 3CCQO 3CCEL 1KD1M 3G6EL 1N8RM 1YI2L 3CCJO 3GODA 1YJNL 3CCSL 1YHQL 3CPWN 1QVGN 5FCLA 1VQNO 1Q86P 1QVFK 1Q82P 1KC8M 1Q81P 3CCUO 3OW2K 1VQ6L 3CCRL 3G4SL 1K9MM 2OTLO 3CC2L 1S72L 1M90M 1W2BN 1VQ4L 3CMAO 5DQTA 3CXCN 1YITL 1VQ8O 1VQ9O 1M1KP 3I56L 3NKDA 3G6EO 3CCVL 1YI2O 1K8AP 3I55L 1VQ7L 1Q86M 1YJNO 1Q82M 3CCSO 1YHQO 1Q81M 3G71O 3CMEL 3CC4O 1VQ6O 4WJ0A 3CCRO 3CPWK 3CC7L 1YJWL 1QVGK 1K73P 1VQMO 1VQOL 3CC2O 1M1KM 1VQPL 1Q7YP 1VQKO 1KQSK 1QVFN 1YITO 1JJ2N 3OW2N 3CCEO 1W2BK 1K8AM 3I56O 3CXCK 5DS4A 5DS6A 2QEXL 3CCUL 3I55O 2OTJL 1VQ7O 1YIJL 1YJ9L 5DQZA 1VQLL
chains in the Genus database with same CATH topology
4P6IC 2QA4L 3CMEO 3CCML 1K73M 1VQ5L 3G4SO 5DS5A 1YJWO 1VQ8L 3CCLL 3CD6L 3CCQL 1Q7YM 1NJIP 1S72O 1VQ4O 1VQPO 1KD1P 3CCJL 1N8RP 2YZSA 1VQNL 3G71L 3CCVO 4XTKA 2QEXO 3CC4L 1JJ2K 4N06A 2OTJO 1YIJO 1YJ9O 1KC8P 1KQSN 1VQML 5DLJA 1VQLO 2OTLL 3CMAL 2QA4O 3CCMO 1K9MP 1NJIM 1VQKL 1VQ5O 3CC7O 4W8KA 4QDLA 1M90P 1VQ9L 1VQOO 3CCLO 3CD6O 3CCQO 3CCEL 1KD1M 3G6EL 1N8RM 1YI2L 3CCJO 3GODA 1YJNL 3CCSL 1YHQL 3CPWN 1QVGN 5FCLA 1VQNO 1Q86P 1QVFK 1Q82P 1KC8M 1Q81P 3CCUO 3OW2K 1VQ6L 3CCRL 3G4SL 1K9MM 2OTLO 3CC2L 1S72L 1M90M 1W2BN 1VQ4L 3CMAO 5DQTA 3CXCN 1YITL 1VQ8O 1VQ9O 1M1KP 3I56L 3NKDA 3G6EO 3CCVL 1YI2O 1K8AP 3I55L 1VQ7L 1Q86M 1YJNO 1Q82M 3CCSO 1YHQO 1Q81M 3G71O 3CMEL 3CC4O 1VQ6O 4WJ0A 3CCRO 3CPWK 3CC7L 1YJWL 1QVGK 1K73P 1VQMO 1VQOL 3CC2O 1M1KM 1VQPL 1Q7YP 1VQKO 1KQSK 1QVFN 1YITO 1JJ2N 3OW2N 3CCEO 1W2BK 1K8AM 3I56O 3CXCK 5DS4A 5DS6A 2QEXL 3CCUL 3I55O 2OTJL 1VQ7O 1YIJL 1YJ9L 5DQZA 1VQLL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QA4 L;  3CME O;  3CCM L;  1K73 M;  1VQ5 L;  3G4S O;  1YJW O;  1VQ8 L;  3CCL L;  3CD6 L;  3CCQ L;  1Q7Y M;  1NJI P;  1S72 O;  1VQ4 O;  1VQP O;  1KD1 P;  3CCJ L;  1N8R P;  1VQN L;  3G71 L;  3CCV O;  2QEX O;  3CC4 L;  1JJ2 K;  2OTJ O;  1YIJ O;  1YJ9 O;  1KC8 P;  1KQS N;  1VQM L;  1VQL O;  2OTL L;  3CMA L;  2QA4 O;  3CCM O;  1K9M P;  1NJI M;  1VQK L;  1VQ5 O;  3CC7 O;  1M90 P;  1VQ9 L;  1VQO O;  3CCL O;  3CD6 O;  3CCQ O;  3CCE L;  1KD1 M;  3G6E L;  1N8R M;  1YI2 L;  3CCJ O;  1YJN L;  3CCS L;  1YHQ L;  3CPW N;  1QVG N;  1VQN O;  1Q86 P;  1QVF K;  1Q82 P;  1KC8 M;  1Q81 P;  3CCU O;  3OW2 K;  1VQ6 L;  3CCR L;  3G4S L;  1K9M M;  2OTL O;  3CC2 L;  1S72 L;  1M90 M;  1W2B N;  1VQ4 L;  3CMA O;  3CXC N;  1YIT L;  1VQ8 O;  1VQ9 O;  1M1K P;  3I56 L;  3G6E O;  3CCV L;  1YI2 O;  1K8A P;  3I55 L;  1VQ7 L;  1Q86 M;  1YJN O;  1Q82 M;  3CCS O;  1YHQ O;  1Q81 M;  3G71 O;  3CME L;  3CC4 O;  1VQ6 O;  3CCR O;  3CPW K;  3CC7 L;  1YJW L;  1QVG K;  1K73 P;  1VQM O;  1VQO L;  3CC2 O;  1M1K M;  1VQP L;  1Q7Y P;  1VQK O;  1KQS K;  1QVF N;  1YIT O;  1JJ2 N;  3OW2 N;  3CCE O;  1W2B K;  1K8A M;  3I56 O;  3CXC K;  2QEX L;  3CCU L;  3I55 O;  2OTJ L;  1VQ7 O;  1YIJ L;  1YJ9 L;  1VQL L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4P6I C;  2QA4 L;  3CME O;  3CCM L;  1K73 M;  1VQ5 L;  3G4S O;  5DS5 A;  1YJW O;  1VQ8 L;  3CCL L;  3CD6 L;  3CCQ L;  1Q7Y M;  1NJI P;  1S72 O;  1VQ4 O;  1VQP O;  1KD1 P;  3CCJ L;  1N8R P;  2YZS A;  1VQN L;  3G71 L;  3CCV O;  4XTK A;  2QEX O;  3CC4 L;  1JJ2 K;  4N06 A;  2OTJ O;  1YIJ O;  1YJ9 O;  1KC8 P;  1KQS N;  1VQM L;  5DLJ A;  1VQL O;  2OTL L;  3CMA L;  2QA4 O;  3CCM O;  1K9M P;  1NJI M;  1VQK L;  1VQ5 O;  3CC7 O;  4W8K A;  4QDL A;  1M90 P;  1VQ9 L;  1VQO O;  3CCL O;  3CD6 O;  3CCQ O;  3CCE L;  1KD1 M;  3G6E L;  1N8R M;  1YI2 L;  3CCJ O;  3GOD A;  1YJN L;  3CCS L;  1YHQ L;  3CPW N;  1QVG N;  5FCL A;  1VQN O;  1Q86 P;  1QVF K;  1Q82 P;  1KC8 M;  1Q81 P;  3CCU O;  3OW2 K;  1VQ6 L;  3CCR L;  3G4S L;  1K9M M;  2OTL O;  3CC2 L;  1S72 L;  1M90 M;  1W2B N;  1VQ4 L;  3CMA O;  5DQT A;  3CXC N;  1YIT L;  1VQ8 O;  1VQ9 O;  1M1K P;  3I56 L;  3NKD A;  3G6E O;  3CCV L;  1YI2 O;  1K8A P;  3I55 L;  1VQ7 L;  1Q86 M;  1YJN O;  1Q82 M;  3CCS O;  1YHQ O;  1Q81 M;  3G71 O;  3CME L;  3CC4 O;  1VQ6 O;  4WJ0 A;  3CCR O;  3CPW K;  3CC7 L;  1YJW L;  1QVG K;  1K73 P;  1VQM O;  1VQO L;  3CC2 O;  1M1K M;  1VQP L;  1Q7Y P;  1VQK O;  1KQS K;  1QVF N;  1YIT O;  1JJ2 N;  3OW2 N;  3CCE O;  1W2B K;  1K8A M;  3I56 O;  3CXC K;  5DS4 A;  5DS6 A;  2QEX L;  3CCU L;  3I55 O;  2OTJ L;  1VQ7 O;  1YIJ L;  1YJ9 L;  5DQZ A;  1VQL L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 4P6I C;  2QA4 L;  3CME O;  3CCM L;  1K73 M;  1VQ5 L;  3G4S O;  5DS5 A;  1YJW O;  1VQ8 L;  3CCL L;  3CD6 L;  3CCQ L;  1Q7Y M;  1NJI P;  1S72 O;  1VQ4 O;  1VQP O;  1KD1 P;  3CCJ L;  1N8R P;  2YZS A;  1VQN L;  3G71 L;  3CCV O;  4XTK A;  2QEX O;  3CC4 L;  1JJ2 K;  4N06 A;  2OTJ O;  1YIJ O;  1YJ9 O;  1KC8 P;  1KQS N;  1VQM L;  5DLJ A;  1VQL O;  2OTL L;  3CMA L;  2QA4 O;  3CCM O;  1K9M P;  1NJI M;  1VQK L;  1VQ5 O;  3CC7 O;  4W8K A;  4QDL A;  1M90 P;  1VQ9 L;  1VQO O;  3CCL O;  3CD6 O;  3CCQ O;  3CCE L;  1KD1 M;  3G6E L;  1N8R M;  1YI2 L;  3CCJ O;  3GOD A;  1YJN L;  3CCS L;  1YHQ L;  3CPW N;  1QVG N;  5FCL A;  1VQN O;  1Q86 P;  1QVF K;  1Q82 P;  1KC8 M;  1Q81 P;  3CCU O;  3OW2 K;  1VQ6 L;  3CCR L;  3G4S L;  1K9M M;  2OTL O;  3CC2 L;  1S72 L;  1M90 M;  1W2B N;  1VQ4 L;  3CMA O;  5DQT A;  3CXC N;  1YIT L;  1VQ8 O;  1VQ9 O;  1M1K P;  3I56 L;  3NKD A;  3G6E O;  3CCV L;  1YI2 O;  1K8A P;  3I55 L;  1VQ7 L;  1Q86 M;  1YJN O;  1Q82 M;  3CCS O;  1YHQ O;  1Q81 M;  3G71 O;  3CME L;  3CC4 O;  1VQ6 O;  4WJ0 A;  3CCR O;  3CPW K;  3CC7 L;  1YJW L;  1QVG K;  1K73 P;  1VQM O;  1VQO L;  3CC2 O;  1M1K M;  1VQP L;  1Q7Y P;  1VQK O;  1KQS K;  1QVF N;  1YIT O;  1JJ2 N;  3OW2 N;  3CCE O;  1W2B K;  1K8A M;  3I56 O;  3CXC K;  5DS4 A;  5DS6 A;  2QEX L;  3CCU L;  3I55 O;  2OTJ L;  1VQ7 O;  1YIJ L;  1YJ9 L;  5DQZ A;  1VQL L; 
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