1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
2ZJPL 1Q7YO 1VQ5N 3CCRN 1NJIO 3CCLN 2OTLN 1YITN 4U67L 1S72N 4UY8O 1VQ9N 1K9MO 1VQMN 2ZJQL 4WF9L 3CCQN 4WCEL 3CC4N 1YHQN 1M1KO 1VQ6N 1QVFM 1VQ4N 5GADP 3J7ZO 1YJWN 1KD1O 3CF5L 3CD6N 5GAGP 2ZJRL 1VQLN 3CPWM 5H1SQ 4IOAL 4IOCL 1VQ7N 3CC7N 1VQNN 2QA4N 4WFAL 1M90O 1OVYA 1JJ2M 3CCVN 3G6EN 5HL7L 3CMEN 3G4SN 2OTJN 1YJ9N 3CC2N 1VQPN 5DM6L 1YIJN 5DM7L 3CCMN 3CCSN 3CCEN 5JVHL 2QEXN 5GAHP 1N8RO 1K8AO 4WFBL 3DLLL 1QVGM 3PIPL 1KQSM 1Q82O 4IO9L 1Q81O 1VQKN 5GAEP 4WFNL 1Q86O 1W2BM 3I55N 3I56N 3G71N 1YI2N 1ILYA 3CXCM 3OW2M 3CCUN 3CCJN 1KC8O 3PIOL 1VQ8N 1VQON 1YJNN 1K73O 5MLCQ 5JVGL 3CMAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PX6A 3ZSVA 3FLCO 2OPPA 3SAFA 2Q3SA 2F9WA 3UKRB 3VQ6A 2P5OA 4N47A 2CGLA 4K25A 3L4QA 4DLEA 3EZ5A 4AHTA 1VRTA 1JXEA 4C1NK 2CGJA 3C7NA 1NU0A 1J5OA 3OJUA 1C0FA 1U2VA 3SUQA 3U4LA 4A62A 2VYPA 1QVFM 4FJXA 2E2NA 4BR0A 3J7ZO 3BY5A 2P1JA 3MCAB 4HWIA 3EZWA 4DS5A 3KLEA 3KK7A 3IG1A 1VQLN 4EHUA 2VGNA 3C94A 4KHSA 3P4IA 1T05A 4MDAA 4QOZB 1Y97A 4NB4A 5AZJA 3GDQA 4HTLA 4LC9B 5HLFA 3F9KA 1RBSA 2O8DA 2BUPA 4I2QA 3D2FB 4FPAA 3DXKA 1LWEA 4K42A 2EHGA 4DTOA 1KLMA 3VQEA 2UUAK 5AQKA 4F4KA 2RE2A 3EKSA 3L2VA 3O9UA 5FRMA 3U9ZA 4FZXC 2ASOA 4CGGA 5LY3A 4B3OA 4CGIA 4JKCA 4OVLA 4BVOA 2E5LK 4CIFA 4CK2A 4BR2A 1KVAA 3UKRA 2KTQA 1BU6O 3O1WA 4CIGA 4LH4A 5FLXO 1EO1A 4KI4A 4JI6K 4DFJA 2QI2A 3T19A 3ALYA 3PUFA 4C8MA 1K6YA 2GBZA 3VQPA 1Q81O 4JKDA 2AJQA 1IBMK 3G71N 4JKBA 1N32K 3B8AX 1JL2A 4CHQA 5M1PA 3P39A 3CERA 3TANA 1BHLA 3MAQA 4BGBA 3GL1A 4F2RA 2PFUA 3QO9A 5AQOA 3WEEB 3AO1A 5BPNA 4CGJA 3HXMA 4YOWA 3D2FA 1VSLA 3P31A 3VEXA 4FZZA 4LSNA 3WT0A 1VQ6N 1B92A 4FOEA 1SQKA 3ZT2A 3MX5A 3OYFA 5HP1A 5AQXA 5F0XA 3VERA 4O55A 2E1YA 2NRTA 4EP5A 2QWNA 4LFCK 3C6UA 1WOQA 3DYAA 3HP9A 5BRDA 3V9SA 4B9LA 1W0HA 4CERA 3A5OC 4GW6A 5F1XA 3CCVN 2PAVA 2NNWA 3KHYA 3DLEA 2EWSA 2FC0A 4QS7A 4FLVA 4GKJK 3TSUA 3C95A 4CZJA 2Q36A 4O44A 4E7JA 3O4WA 5AQVA 1U04A 1YVNA 2VWJA 1WN7A 1GLAG 1RBTA 3TAQA 1GLLO 3DMJA 2W40A 2GUPA 3D0PA 3ZCMA 4I2PA 5KRTA 3J7YP 3SI6A 4CJ5A 4CGFA 5EY4A 3CHWA 1GLFO 2O4IA 3WEEA 1N8RO 1KAYA 3DRRA 3QIOA 1B9FA 1NGBA 2ATQA 1Z25A 1RTDA 3LDQA 3V9ZA 3UKUB 4JI8K 2ZQBA 3QERA 4WE1A 3VESA 3IMXA 4DFKA 3MMVA 4JS4A 3CJ9A 4HCCA 3OVNA 3O6WA 1E4FT 3NH1A 4FK0A 1XUPO 2YKMA 3HT3A 1W2BM 2P51A 1HMVA 3OHRA 4FW1A 3PIOL 4BRMA 1VSDA 5EX5A 3QEVA 3TTCA 1FW6A 3KZBA 1VSHA 5M1QA 2A1RA 1S1VA 3A5MC 2NUBA 4L8RB 2W6LA 5CR4A 3ATVA 4KTZA 4KH6A 2BANA 3ENHA 3F5TA 3O9TA 1TAUA 4JI4K 4JKHA 3ZYYX 2CH5A 3CI5A 1XC9A 4CE9A 1GLJO 3MXIA 1S9GA 3D6RA 3SMSA 4M3WA 5AQSA 1S1TA 3AGKA 3KLFA 3F2KA 4H5TA 5FPEA 4CEFA 1BA1A 1VSJA 3AVAA 2ZGYA 1KD1O 3MN9A 1QE1A 4F3OA 1UWBA 1QSYA 3FE1A 4DHYA 3C0BA 2D0PA 3UKUA 2QXFA 4IEIA 2IAJA 3RSEA 1MWMA 2QWLA 3VEVA 2WBNA 2KLAA 1FKPA 3G4SN 1JKHA 1YJ9N 3VGMA 3QEXA 1X3NA 4WQ4C 4C8OA 1RT2A 2ZGZA 2QKBA 2FSJA 1QSLA 2V7YA 4G1QA 3A5LC 1KSPA 2ITGA 5I9EB 4DR5K 5DM7L 1Q18A 4CZHA 4NLBA 3LANA 5AQIA 1NMNA 2KW4A 5A2QO 2HHVA 4CK1A 4FXDA 4DUZK 1BWFO 2CGKA 4CFDA 5C24A 1NK4A 4LY7A 1VRUA 5AQTA 3SBGA 2YHXA 3PIPL 2Z1IA 4CBUA 3T1YK 2QWRA 4DV2K 4FOIA 3ZSYA 4O0JA 4Z94A 3LP1A 1Q86O 1JLGA 3VQ8A 1MU2A 1QTMA 2BE2A 3OW2M 3K58A 5AJ3K 5TKWA 1SV5A 3OY9A 4ELVA 4H0OA 1RTHA 2G8KA 1NGDA 2O4GA 5AQUA 4NYNA 4FM2A 2YHBA 1IBLK 1KCFA 4NLCA 3ZX0A 1Z6RA 4CF2A 1J6ZA 2H3GX 4CZGA 4AM6A 4BG9A 3V81A 4FLTA 3HPGA 2P9PB 4BQZA 4DKWA 4M3XA 1TYQB 4NYFA 4OPAA 1DT9A 4HHTA 4B3RK 1C0TA 4XEIA 4AILC 3NVKA 3VN5A 4HVJA 3IKMA 4IO8A 3D7EO 1BCOA 1C0MA 2F96A 5IWAK 1ZBIA 2ZJRL 4OGCA 2A41A 4FWRA 3E9PA 1VQNN 2QA4N 1C0GA 3I0RA 5HRPA 1TKZA 1ESVA 3QB0A 3VQQA 1EX4A 4JI2K 2UXCK 4LF8K 3V9XA 3TARA 4N41A 2ETJA 2Q0RA 1WBBA 3LWMA 1N34K 4EHTA 4H5VA 1HRHA 3KK3A 2E6MA 3CJAA 4AH9A 1X9MA 5CE3A 2F8TA 4A59A 3LWLA 4WYBA 3VQ5A 1HPZA 3OYAA 4PKHA 3K5MA 3L2UA 4B9VA 1VK0A 3K5NA 3CJCA 2OPQA 5KRSA 4AHSA 3LM9A 4BRAA 4FJ7A 3VEYA 1NMDA 4H0YB 4CJLA 4ELTA 3FZKA 4GY2B 4YDUC 1YF5L 1O1WA 2D0BA 1NG9A 1SKWA 2P9PA 1TK8A 5CYMA 3VOVA 3HOSA 1NK6A 2VGMA 5J2PA 2E88A 3T69A 1HYSA 3THYB 4LF4K 4BRPA 3O1BA 1IKWA 3QESA 3VTHA 4CGHA 2P9IB 3OJSA 4B3SK 1T6DA 3QFUA 2NRZA 3ZSQA 4BQLA 3THXA 4AM7A 1ASUA 3ZSRA 3TTFA 4Z0UA 2YHAA 1NLVA 3JXUA 3OYNA 4BR4A 5CZ2A 1C0UA 3VQ9A 3CC4N 3CFRA 1RCHA 4CJWA 5KQDA 1VSIA 4YOVA 3M8SA 1U49A 2HBKA 1A5VA 3HSTB 2HHSA 4DCHA 3DRPA 2UUCK 4F8RA 3V1QA 4FJ5A 3HOTA 3CQYA 1EWQA 4DQPA 3K9KA 3T3FA 4CZEA 3ULEB 4J2EA 1S22A 3WXMB 4C8LA 3TAMA 3CC7N 2UXBK 2VG6A 1BUPA 4DV5K 3JS6A 4BGAA 2HHTA 4JKGB 3EO3A 2HMPA 3SLCA 4JKFA 4A2BA 3V4IA 4FYDA 1TL3A 3ZX2A 4CD3A 1TKXA 3AVJA 4BR9A 1I94K 4PQUA 3OYIA 3CC2N 4JKAA 2UXDK 3THYA 4KB1A 1GOCA 4DTNA 5D3GA 2P9IA 4DQ8A 4B3MK 3SQ1A 3T1HK 5BR8K 1LOTB 4BR7A 4FM1A 3ITHA 2HVHA 3THWB 5KTQA 1TL1A 3FR0A 1XNRK 4FVMA 4YOTA 4W5QA 4BR5A 1NGJA 2IVNA 2VG7A 3I0SA 1Q82O 1XWLA 4AHCA 4B1XB 1N33K 3TU5A 1NKCA 3HP6A 4DF8A 1GLCG 4HTUA 1YI2N 3C6TA 4C1NI 1RT3A 2A3ZA 2P5GA 4JKEA 2YHWA 3ULEA 1IJJA 1VQON 1ITGA 1TKDA 3H46O 3PX0A 4ILJA 1YXQA 3ZETB 3TSQA 3SV4A 1Y64A 4DSIA 4JKGA 1HNXK 3T7ZA 3DLHA 1YAGA 4JS5A 1X9SA 5JLHA 3J80O 3M6GA 1IKVA 2O8BB 1EP4A 4M3RA 2ASMA 2X6SA 4BRCA 2VQFK 1XHZA 4IFEA 3HO1A 1NOYA 4ID5A 4QS8A 5CZ1A 1YT3A 4EAHD 1BQNA 1BOTO 4HCBA 1SKRA 1HJOA 2Q1NA 1L3SA 4E1MA 1KVBA 3J81O 1UAXA 3AY9A 3IAYA 5H1SQ 3THWA 1NGGA 5BN9A 3SCXA 1NGCA 3O08A 3OA9A 2IC3A 2HOEA 4FJHA 3VEZA 1E3MA 4H0TB 3SUPA 1RDDA 1U47A 1WBDA 1QQCA 4ICLA 4NXMK 4CEOA 1IO2A 3L3UA 4B1ZA 3OYMA 1G99A 1Z26A 1DTTA 3AO2A 5C2DA 1RTIA 4E1JA 2GTDA 3TAEA 3U3GA 5SWMA 4EZ6A 1YIJN 2NRHA 2DY4A 1RT1A 3CG7A 4W5TA 3PSFA 2QWMA 2KHOA 4CJSA 4B9SA 5HROA 3OS0A 2NRRA 2GWKA 2GEMA 4OGEA 3ZETA 3MWPA 5BPLA 4DR1K 4U7BA 2UYTA 3QLHA 3NF9A 3KKSA 4I9LA 3T1AA 2KZMA 4Y1CA 1TK5A 3LDLA 1HKBA 3WNEA 2XO7A 1D8YA 3CFOA 4GVEA 2YJEA 3BF1A 3VA0A 3R9PA 3P38A 3TSPA 2BGGA 4DB3A 1GLBG 3VTIA 3WXJA 3MEEA 4CFCA 2A6AA 4AQYK 4Q0BA 5AQGA 5LL6Z 3LZJA 4DQRA 2FF6A 1NJZA 3PO5A 1ATSA 1KFDA 4HUEA 3BZCA 4KHWA 4IOXA 3O3FA 3SYZA 1TUUA 1VSFA 2ZWHA 3L0QA 4KPYA 2HF3A 3ID6A 4DMNA 3EEQA 3VQBA 2Q97A 4JNEA 2ZJQL 3Q7CA 3HRGA 3K9JA 4JI7K 3OYGA 3Q7BA 3OYDA 3V9UA 2Q31A 4JK9A 2W41A 1HR0K 3AAPA 3KJVA 2UU9K 4E7LA 3D45A 1WSEA 3O3GA 2WC9A 3VQCA 4MLEA 3CF5L 3U6FA 1QQOA 4W5NA 2HMIA 1RDCA 3G25A 4DQQA 2YHYA 2NLXA 3AVKA 3SUNA 3ZT4A 5BPMA 2ZM6K 1ASWA 3EKUA 3NF8A 2WUSA 3K5OA 4BRGA 3RR8A 4BDPA 3PLAA 2GELA 5HRSA 2HBMA 1ZBHA 5C12A 4A5AA 3KWGA 3SJJA 3FFKB 1QS4A 3HSCA 4OLBA 4CFBA 4DSFA 3JSMA 4DTUA 3RMAA 3P83D 1YTUA 3NAEA 2Z1HA 2A1SA 4G9ZA 4DTXA 2G8UA 4KHPK 2G8IA 4HUFA 3E9OA 2VWKA 3CCEN 1T44A 3ZX3A 3E9LA 3NGIA 2JWKA 4J2AA 5EXWA 3DOLA 1IH7A 5CY4A 1JLCA 3G0ZA 1K8AO 3VGLA 4X64K 2YX6A 1J9AA 5C15A 1QSSA 4V19S 2FSNA 1N5YA 3MEGA 1QVGM 5T7BA 4A2AA 5AZIB 3O8MA 1HYVA 5C25A 4KHQA 5CYQA 4CVNE 1VQKN 2YV0X 1TUYA 2HHQA 5AQZA 1ILYA 3KWIA 4BRLA 3ZT3A 1FKOA 4CEBA 4JI0K 4IWVA 1JLEA 4M63C 4YFUA 4CJPA 4LF6K 4KH5A 1NJIO 4RW6A 4PUOA 3MN6A 2ITMA 1S6PA 3RMCA 1LCUA 2RPIA 3S9HA 4U67L 1KTQA 4DUYK 4BREA 4GV6A 4WQ5A 3JYTA 4FM0A 3LP0A 4JD2B 4JHDB 3W0LA 2YI1A 4YORA 4CHPA 2QK9A 4JYAK 2WFBA 3IFRA 4KHUA 4DTSA 1NJWA 3AVCA 3KD5E 2D0AA 4CEZA 3NGZA 3ISNC 4M42A 4QS9A 1NKEA 1XHXA 2QKKA 2D1KA 2OCEA 2P9SB 3F9MA 4IJAA 1JCGA 1Q9XA 3BZKA 4KH4A 4Z4CA 5IT9O 2NRWA 4IOAL 1BGXT 1CLQA 1VQ7N 4I9QA 1TK0A 3HM8A 4OKEA 3AVIA 1DEJA 3TAGA 4JRQA 2QWPA 2Z1GA 4ILHA 5AZIA 3OYBA 4BC3A 3CPEA 4O0IA 2KZZA 3OYCA 4J2DA 4OPKA 3LM2A 3RTVA 2XY8A 4BVPA 1VHXA 3L4IA 3ZT1A 2E2PA 1XQSC 4JRPA 3RWUA 4QCLA 3AO5A 4GV9A 4DV7K 4CZLA 3PY8A 3H1VX 1CZAN 1CZ9A 4NCBA 2G8VA 2FF3B 1WSFA 3C6AA 4H4MA 4EZ9A 3SZ2A 4Z4GA 3CJ7A 3SQ2A 3BUZB 4WFBL 3A2FA 4EIAA 3G10A 3M3ZA 4JD2A 4JHDA 4K8ZA 2O8FB 3QIPA 4YHHK 4NCGA 1G15A 3QEPA 3K5LA 4GKKK 3O4QA 4K41A 3CQXA 2QWQA 1OH7A 2P9SA 3CYMA 3CCUN 3CCJN 1EETA 1V4SA 4KI6A 1NJYA 3SAGA 1NKBA 4FWNA 4MO4A 2Z1JA 5FRNA 3HBTA 1R0AA 1Q7YO 2V51B 3A0IX 4CFAA 2OTLN 3DRSA 3IS9A 5JS1A 1S72N 1RDWX 3H6EA 4K43A 3AVNA 1YUWA 4CJFA 3FZMA 1RBUA 4N76A 2WOMA 3S3OA 4FZYA 1BDGA 1RFQA 3QINA 1DKGD 1T3VA 1ZBSA 3WXKA 4BROA 4Z4IA 1S3XA 1HKGA 4CJ7A 4BRIA 2IS3A 2JWLA 1I39A 3DAWA 4LFAK 4O5BA 2IVPA 2HNYA 2G8FA 3TTDA 4RCHA 4FSVA 4CIEA 4OPHA 3ENBA 2KQ2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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