1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
4WF9L 3CCVN 1W2BM 4IO9L 2ZJPL 2QEXN 5HL7L 5DM6L 5DM7L 1YI2N 1VQ4N 1VQLN 3CC7N 3CPWM 1JJ2M 3CMAN 3PIPL 1VQ8N 3CCQN 1K73O 4IOAL 1NJIO 1VQ5N 5H1SQ 5JVHL 1YIJN 2ZJQL 5GAEP 1YJWN 5MLCQ 3I55N 3CCSN 1VQKN 3CMEN 1QVGM 2OTJN 3PIOL 3G6EN 1VQ7N 5JVGL 1VQON 3CXCM 1VQ9N 3DLLL 1VQPN 1KD1O 1YHQN 3CC2N 3CCMN 1VQ6N 1N8RO 1Q82O 4U67L 1YJNN 3G71N 3I56N 3CD6N 4WCEL 1YJ9N 1KQSM 3CCLN 1VQNN 2ZJRL 3G4SN 5GAHP 3CF5L 3J7ZO 2QA4N 1YITN 4WFNL 1QVFM 4WFBL 3OW2M 1M1KO 1M90O 3CC4N 4WFAL 4IOCL 1Q86O 1Q81O 1K8AO 3CCRN 3CCJN 1KC8O 5GADP 1OVYA 1S72N 5GAGP 1ILYA 4UY8O 1K9MO 1VQMN 1Q7YO 3CCEN 3CCUN 2OTLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6AA 4CGJA 4C8LA 3AVAA 4I7FA 3THVA 1RFQA 2QI2A 1TAUA 4H5WA 2DFEA 1KAYA 3GDQA 4BE2A 1NGIA 4AM7A 2O8DA 1S5JA 1QQMA 2OCEA 3CMAN 3VN5A 2O8BA 1VQ8N 3FFIA 3KLFA 2VWBA 3C95A 3CQ8A 4DV5K 3VTIA 3D45A 2OYQA 4K0KK 4B9UA 2NRVA 1RCHA 5HRNA 3TARA 4DR6K 1L3TA 3P39A 1EO1A 1HNZK 5H1SQ 4Z4CA 4FLXA 5GIOA 5JLFA 1XNRK 2DY4A 2IDOA 4BDZA 2B4JA 4DR5K 4OGEA 1I3AA 4HCBA 3NVMA 1F21A 5AQQA 1EKEA 3CMEN 5AQFA 2D1KA 2NRTA 1QVGM 4MDBA 4CZIA 2A40A 4Z4HA 4AHSA 4FWOA 1BQMA 1JLQA 1TL1A 3HOTA 1Q82O 2ITGA 3G71N 1CZ9A 5DK5A 4O0IA 3CCLN 4KHQA 3TAFA 4JI7K 4NLCA 1Q9XA 3THWB 3P1GA 1Z25A 1FJGK 5BN9A 2O8FB 3L4QA 1MU2A 4A2BA 4L8RB 3HO1A 1YVNA 1ZBUA 4MO4A 1M90O 2F8SA 3ATVA 4DTJA 4FJLA 2Q0RA 2HNZA 2EWSA 3L2VA 1S1WA 1VRTA 1QTMA 3VF2A 2NRXA 3KJVA 2HHSA 3E9LA 3VQ5A 2YNFA 3FZHA 4JKGB 3DXKB 1SQKA 3L2RA 4LD0A 2AP1A 1RT4A 5AQSA 4E7IA 1P90A 4V19S 1K8KB 4OLAA 3Q7CA 1JXEA 2CH6A 5M1KA 4JI1K 4ILJA 3TAGA 5AQNA 2YV0X 1Y64A 1GLBG 4E7LA 1GLDG 3BZCA 1RDDA 3HK2A 3FR0A 3K5NA 2HHUA 1X9MA 3A5OC 4K25A 1K73O 3AGKA 3KK3A 5EY4A 5M1FA 3GBTA 3SQ2A 3KLHA 4CK2A 1Z26A 1J5OA 1IKYA 3EN9A 1BL3A 3UKUA 3GL1A 3OYKA 2GWJA 1HPZA 2E6LA 3I8DA 3CCSN 3WUHA 3FZKA 3JSMA 2HBJA 4JYAK 1QHAA 2P9PB 4X64K 4MO5A 4EIAA 4DFMA 1DTTA 2OANA 4CZGA 4BR9A 1JXBA 3CXCM 2CGLA 4FVMA 3THWA 3OYAA 4BRPA 3NGIA 3CC2N 4ID5A 1GLFO 4CJSA 3TAPA 1N8RO 4JI3K 2CGJA 1YTAA 1RT3A 2YNHA 3D2EA 1T03A 3CD6N 3JYTA 4KO0A 1DT9A 3CERA 2XY5A 1FKOA 4B1ZA 1WOQA 3I0SA 4CD1A 1YITN 4Z4GA 2NUBA 4WFNL 1BA0A 4AHTA 2YHYA 3V81A 3WXIA 2O4GA 1QSSA 2FBVA 4M3TA 3A8YA 3OYIA 3K59A 4C8OA 3AARA 3OYEA 4A59A 3EE9A 2NRHA 2QK9A 3BF3A 4H0XB 2A5XA 2G8IA 4AF1A 2QWLA 3ZT2A 2QWNA 5AQTA 4H8KA 3ZSVA 2FBTA 5AQPA 3O3FA 5KRTA 2JWKA 1K8AO 4ISEA 3LDQA 5LY3A 1RT6A 1S1XA 4H5RA 3K2PA 3R1XA 1VQMN 3SQ0A 3CM5A 2E2NA 1S9GA 3ULEA 1XQSC 1ZBLA 2VWKA 1A5XA 4DU1A 1KAXA 4IKFA 1NGDA 3K5MA 4IFVA 3VGLA 1Z6RA 2D0CA 2F9WA 3VGMA 2Y1IA 1NOYA 1QHTA 4DV2K 4LF6K 3KK1A 2BDPA 4K43A 3ZYYX 3OS2A 3PO4A 3O80A 4Q0BA 2WC9A 1NK9A 1LAWA 3SUNA 3CQXA 4KH4A 3RMDA 2BANA 4FSVA 1I39A 4JI0K 3L0QA 3OVNA 4IOAL 2QWRA 2FC0A 4PUOA 1JL1A 4KTQA 4IWVA 5CYMA 2KZZA 4HCCA 4M42A 1GLCG 1YIJN 3O3HA 3SJJA 2D0PA 3TAEA 3GE1A 4M3YA 3V1OA 4J2EA 3BDPA 3G25A 2Q1NA 4RCHA 3HOSA 4HWIA 1LOTB 2PY5A 4NCAA 3KWGA 5B8HA 4CIGA 1YHQN 5IT9O 2DFHA 3HL8A 4E89A 4M41A 4DG1A 5J1EA 4BR2A 2A42A 4FXDA 2YHBA 2ZJRL 2G8UA 2I5JA 3AO3A 3L3UA 1BCOA 3SJHA 4CF8A 1HX1A 3DLEA 1UA1A 1NMDA 3HPGA 5J2MA 2KFNA 3IS9A 3M1FA 1W0HA 4WQ5A 3OYNA 3TSQA 1VAZA 3VQ8A 2B6AA 4DR4K 2XO7A 4BRAA 1EWQA 2UXCK 3LPTA 1NWKA 3O9QA 4CHPA 5T7BA 5HP1A 3RSEA 2NZTA 3UKRB 1XWLA 1RBTA 3I8BA 3MX5A 5F1XA 3L2WA 2OPPA 1MA9B 4WF9L 2A3ZA 3VPZA 1FXXA 3L3VA 5DMRA 5CE3A 4M3RA 2HBKA 4BACA 2XY7A 4N41A 1TK5A 3MEDA 1RDAA 4B8CA 1N33K 3SPYA 4DU4A 4YHHK 4GV6A 3QEVA 5DM7L 1R0AA 4BR0A 3DXKA 2ZE2A 1YI2N 3WNGA 1W9HA 4BC2A 3KLEA 2YNGA 3HT3A 1OH8A 1K8KA 1GLEG 4CEFA 3CM6A 4CD3A 3IAYA 4Z0UA 4FCYA 5I42A 4DFJA 1GLJO 1N34K 1JLGA 4LF5K 3T1AA 4C1NK 3OY9A 3C0BA 3SI6A 1VQ5N 4FWSA 5JVHL 1T44A 5AQLA 3FE1A 3U8XA 3ZSQA 2OPRA 1N5YA 3IUCA 4FJIA 3E9PA 1HYZA 4BRCA 3MWTA 2BE2A 4H03B 4YDUA 2RN2A 4U7BA 4CJKA 1J53A 3QB0A 3SV4A 3DRRA 3E1YA 3JS6A 3U4LA 1HQUA 1WAFA 3MN5A 1VSKA 4W5TA 1NMNA 1YJNN 5K14A 3I56N 1GOCA 3K9JA 4JI2K 1P8ZA 3SZ2A 3LP0A 1TVRA 4EHUA 1NKEA 4J8FA 3KHYA 4M3UA 3AVKA 4KHPK 1IKWA 4CJLA 3AVGA 4JHDB 3EZWA 1LWFA 2FBXA 2Q2RA 3H46O 4WFBL 4K8XA 4HUFA 1S6PA 5JS1A 1FW6A 1WSJA 1NJXA 3NGYA 3SUQA 3HYFA 1XHXA 3FFKB 4CFDA 1C0FA 5AQWA 2OPSA 3LDPA 3HM8A 2HNYA 2GWKA 3OYHA 3K5LA 4Z4FA 3IMXA 3TAMA 3SAHA 4RW6A 2O8DB 3DOKA 4F3TA 4MLEA 2JLEA 1BISA 3ZCMA 1NGFA 4CF2A 3EKUA 1HKGA 2GEMA 3HPOA 3OBYA 4AHUA 2PYJA 4KHNA 4CJPA 1RT2A 2P5OA 2YJEA 4HTLA 4DTNA 1XC9A 3CC7N 4IBNA 1RBUA 4DTSA 3EEQA 4IG0A 3PIPL 4FWKA 5KTQA 1A5VA 3LANA 1TV6A 4AHRA 1B9FA 2GUPA 1HYSA 1QS4A 5KGWA 2ITMA 2BGGA 1ZC6A 4WE1A 5M1OA 1HKBA 3O9SA 4BQLA 4DR7K 3M8SA 1ZBFA 3SK3A 4JKAA 2VCPA 1QQCA 4FLTA 4DWIA 3AVJA 1J6ZA 4BRFA 4AILC 3NF6A 3ENBA 4XH1A 1S1VA 1R59O 1S1UA 2W6KA 4OPJA 4FWRA 4IJAA 1C1AA 4WCEL 1RDUA 4FW1A 3M5RA 1WBBA 4OKKA 5GAHP 3IRXA 5FPMA 3FLCO 2VYPA 4LF8K 5E41A 2HHHK 1N36K 1RTJA 1TK0A 3EE8A 1EQYA 1M1KO 4GNIA 1ITGA 4ILGB 4FWLA 3K57A 4CF1A 4PWDA 1Q86O 2KTQA 3PX0A 2KQ2A 2VQEK 3E9OA 3LP1A 1DKGD 3E66A 1XMOK 1Q81O 3RRGA 3B6OA 1S22A 1SL2A 3QBXA 3ITHA 3NBPA 4A61A 4BVOA 4FOIA 5AFUH 1BIUA 3MN6A 4L3QA 1HNVA 4BDYA 3OBWA 4I6MA 4E7KA 4DMNA 3AO1A 1WSHA 3CCUN 2WFBA 3ZX0A 4DV7K 1XC3A 3M3ZA 3CCVN 3SNNA 1LCUA 5CZ1A 3OYGA 2ZJPL 2ZWHA 3NAEA 1NK7A 1GOAA 3EKSA 3T19A 1JL2A 3AVMA 4W5OA 3L2QA 2OZSA 4LSNA 2A1RA 2V7ZA 2DFFA 4JK8A 3SYZA 5HROA 4E7JA 1L3SA 1VSHA 4DQ8A 3M8PA 3VGKA 2KKZA 1SKRA 1MWMA 3OYFA 3TPQA 4OGCA 3P5JA 3F9KA 3HXMA 1CZBA 3SBGA 3CFRA 4JKHA 1D9DA 3ZT0A 1SV5A 1NGJA 4XIUA 3S9HA 2VWJA 5D3GA 3MN9A 1HJRA 4O44A 1ATRA 1J9AA 3DLBA 5AZJA 3QFPA 4CZLA 1KD1O 3KD5E 3AA4A 1DEJA 3CCMN 4FWNA 3EY1A 4RW7A 3VQ9A 2Z1GA 1RBRA 4YNQA 1YJ9N 1RDCA 3HVTA 4FW2A 3WEEA 1VQNN 2FSNA 3ALYA 3RMBA 2KHOA 3TTDA 1WB9A 3ZT3A 3DI6A 4CZHA 5M1NA 3A5LC 4DSKA 5C10A 1HNWK 3BF1A 3HVRA 1UAXA 3C6HA 1BI4A 1CXUA 1JCEA 4M45A 3QERA 1XI1A 3H08A 4IOCL 2ATQA 1U49A 1IBMK 3VOVA 3JAMO 4ELUA 2XY6A 4DSEA 5FROA 2O8CB 3R9PA 3U3GA 3CCRN 3IG1A 4BC5A 1OVYA 1S72N 3QNNA 4DTRA 3V4IA 2FSKA 1CLQA 4M3XA 3TWHA 4BGAA 4JK9A 4BRLA 3NMUA 1VSLA 2I7NA 3V1QA 1ASWA 2GV9A 5AZIB 2IIRA 3LZIA 4PHTX 4B9QA 5KI6A 4OX9K 3M6GA 5DM6L 3L8BA 2FF6A 4CEAA 5EU7A 4B08A 2EX3A 2RF2A 2RE2A 1T6DA 2F9TA 1VQLN 2HOEA 3OS0A 4CBXA 1IO2A 1BWFO 4YDUC 2X74A 1HMVA 2HF3A 3CJ7A 2P51A 2W6LA 1HJOA 4A57A 2HVHA 4CHNA 1RNHA 4CJVA 3AVBA 4DLGA 3OYCA 3LWLA 3THYB 1QQOA 3B8AX 5BPNA 1C1CA 4CIFA 3RMCA 1NJIO 3K58A 4G9ZA 4FVUA 1SAZA 3AVFA 4KTZA 2P9KA 4X65K 1QQNA 2ZQBA 1JKHA 2YNIA 4BWMA 4MDAA 5BN8A 1G99A 3ZSRA 2J4RA 3ZX3A 3LAMA 5BRDA 3AO2A 1XUPO 3MEEA 2XHBA 4CVNE 2OTJN 3VF6A 1Q18A 4B9VA 3WQUA 4JKEA 4FLUA 4O0JA 2GX9A 3WNHA 3HSTB 2G8FA 4W5RA 4X66K 3AO5A 1E4GT 2NNWA 4JKFA 4AH9A 4JLHA 2OA8A 4JKDA 1I94K 2HHWA 4OJRA 3RRHA 1NGBA 4BRHA 2HW3A 3NF9A 3V9ZA 3ZETB 1XHZA 3SMSA 1NK5A 3ZEUA 5AZJB 3U6FA 3VQ6A 4O5FA 3KKSA 3KK7A 1JLAA 4WFAL 2VGNA 5LJWA 4BR4A 1HRHA 3KKRA 2QKBA 3CI5A 3DYAA 4NLBA 1T8EA 1ASUA 3HRGA 4BRQA 5M1QA 1VK0A 2UYTA 5GADP 5JICA 3QDKA 3HTVA 3PX6A 4O55A 4EP4A 1BCMA 1GOBA 3QETA 5BR9A 2YX6A 4A5BA 4BQZA 4B1YB 3B6PA 3HBTA 4DLEA 2D5RA 5J2QA 4F2SA 4X62K 4CEZA 3CHWA 4F3OA 2D0BA 2QEXN 4KV8A 4JI8K 2P9UA 5FPEA 3ZSYA 2ZGYA 3VEWA 1EWRA 1HNIA 2F8TA 3VQAA 1W7AA 4B3OA 4F9OA 3CJ9A 4CEDA 4CEOA 4KFBA 3CCQN 2BH1A 5J2PA 2G8WA 4KHYA 1NG9A 4CK3A 1XNQK 3OYLA 4M3WA 3VQPA 2W42A 1X9SA 4Z4EA 3ZT4A 5MLCQ 4FO0A 3NFAA 4KAZA 3THXB 1YAGA 2QW9A 4FLVA 4FJMA 3HM9A 4DV4K 3P38A 3EL2A 3PIOL 1JLEA 4J2DA 3QIOA 5CR4A 2D0AA 1L3VA 1OVQA 3HZ6A 4CEQA 3LP3A 3NDKA 4B1UB 4BWJA 1DTQA 1U2VA 4HUGA 2HVIA 2YHXA 3KK2A 3MMVA 3RVCA 1HNXK 1VSFA 3MCAB 2G8VA 3AAPA 4CI6A 2WUSA 4B9TA 3WXMB 2V51B 3KIOA 1JLBA 3BEXA 5E26A 2QA4N 1LW0A 1RBVA 4GVMA 4EFHA 3VA0A 4CZMA 5ADXH 4CZJA 4OPHA 1BHLA 1NBWA 4E7HA 4XH5A 2D4WA 3VQQA 2O8CA 5AQGA 4LFAK 4H0VB 2AJQA 1D9FA 3NVKA 1X3NA 1K9MO 1NGAA 1TKTA 4CEEA 4CF0A 1RDBA 5KRSA 4DFPA 2HMPA 3QICA 3L4IA 4E1JA 3RR8A 4PKIA 5AQIA 4BRDA 4GKKK 1VSIA 3DLHA 2V7YA 2BTFA 2O4IA 1NNEA 4FLWA 2HBMA 4FLYA 4EZ6A 5HRRA 4JRPA 3R6MA 1TGOA 1OH5A 4MLHA 1WSIA 3NGZA 1CZAN 4FWQA 1X1PA 1JJ2M 4NYNA 5AQUA 3J8AA 1C0UA 4A62A 5C24A 3C7NA 4QS8A 3SQ4A 3R8EA 1WN7A 3QBWA 1WUAA 4B9SA 3N4QA 2ZJQL 3NH1A 4FOEA 1NKBA 1LV5A 3VESA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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