1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
1VQ4N 3I55N 1YJ9N 1VQMN 1VQLN 3CC4N 1ILYA 1NJIO 5H1SQ 4WCEL 3G71N 1KC8O 3CC7N 1VQPN 4IOAL 1KQSM 4WFAL 1YHQN 1S72N 4WFBL 3G6EN 3CD6N 5JVGL 3CCRN 1VQ6N 4UY8O 3G4SN 3CCQN 3J7ZO 1Q82O 2OTJN 1KD1O 1N8RO 3CCUN 1YJWN 5DM7L 4WF9L 1VQ5N 1VQKN 1Q81O 2QA4N 1OVYA 3CCSN 1M90O 1VQ9N 3I56N 3CC2N 5HL7L 1QVFM 5GAGP 5GAEP 5GAHP 5DM6L 3CXCM 2ZJQL 1QVGM 3CCEN 5MLCQ 1YITN 1VQ7N 1JJ2M 1Q86O 1YI2N 1M1KO 1Q7YO 3CMAN 3CCLN 4IOCL 1VQ8N 3CCJN 1VQON 2QEXN 2ZJRL 1VQNN 5GADP 4IO9L 3PIPL 1YIJN 1K9MO 3CCMN 5JVHL 1K73O 3CMEN 1YJNN 1K8AO 4U67L 3DLLL 3OW2M 4WFNL 3CF5L 2OTLN 3CCVN 3CPWM 3PIOL 2ZJPL 1W2BM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QB0A 1Z6RA 1O13A 1FW6A 4I2PA 1XMOK 1KVBA 4CJSA 3RMBA 2G8KA 1EKEA 1GOAA 3KKRA 4KH5A 3THYA 1J5EK 5M1NA 2WONA 3GOIA 4BWMA 4OPAA 2E1YA 4DLGA 3MXMA 3ZX0A 1X3NA 2O8FB 3UKRA 1TUUA 3HP6A 5A2QO 2O4IA 1ZBFA 2NRRA 2UUBK 1LWCA 4BRGA 2HHVA 3KLGA 5M1KA 3D2EA 3CG7A 1N8RO 1GOCA 1ATNA 4Z4CA 2RN2A 4KV8A 4CK1A 3MXJA 5FRNA 2P9UA 4BRPA 2CGKA 2UXCK 1N33K 4CJUA 3JS6A 3BY5A 5AR0A 3TTCA 4KHSA 4FJHA 3SMSA 3V1QA 4M3WA 4BVPA 4MFBA 5AZJA 3T1YK 3ZEUB 4IO8A 2VQEK 4DR2K 1LCUA 1NKCA 1J53A 5ELZA 3THXB 2VGNA 4FWPA 4EIAA 1K6YA 1JCGA 3QDKA 3CYMA 3BDPA 3VA3A 3EE8A 2V51B 5AJ3K 4DFJA 3TAGA 3RR8A 1A5VA 3DRSA 5C42A 2HMIA 1DLOA 4F2SA 3NGIA 3LALA 2OTLN 3CCVN 3A5OC 3P5JA 3SUNA 3ZT2A 4BRKA 4CBXA 4XH4A 2RKIA 4BRAA 1QZ6A 2W41A 2WFBA 5JS2A 1OH5A 3WXJA 2IVNA 4CGHA 1B9DA 3HO1A 4NYNA 4JLHA 3JSMA 2WBNA 5BPMA 4R79A 3DMJA 4H5WA 1BOTO 5AZIA 2BDPA 4PY5A 3VF4A 1NGJA 3KHYA 3ENBA 4CZGA 2XY8A 3CCRN 3LZJA 2Q1NA 3VQEA 1QE1A 3ZETB 1KAYA 1DT9A 4ZTFA 3VQ5A 2UXBK 1LWEA 2KQ2A 2FBXA 5CZ2A 3SUOA 3OS1A 3L4IA 4PL7A 2E1ZA 1QSSA 4DTRA 2E6MA 3BF3A 5JICA 1SKRA 2BE2A 3ZSZA 2PY5A 1WBDA 4DV2K 4BR4A 1QVFM 5DMRA 3RMDA 3WQUA 3E1YA 3HM9A 4JKBA 2VWBA 1BQNA 1IG8A 3T69A 4LFAK 3OYMA 1BIZA 1VSLA 3U9ZA 1X9MA 3M5RA 4A61A 4AHVA 1TKTA 2WOMA 2HMPA 4CI6A 3AVBA 3BZCA 3KK3A 3T7ZA 1UWBA 3VOVA 1SKWA 3L2VA 3F5TA 3FZFA 4RW9A 4DS5A 5F1XA 3H1VX 3W3DA 3LDPA 4ISFA 3WQTA 4A2AA 4AHCA 3OYKA 2NUBA 3JAMO 2Q0RA 5BR8K 1V4TA 3A5NC 1GLBG 4DR3K 3I0SA 3L2RA 3VPZA 3V9SA 4JRQA 4FCYA 4DQSA 4KREA 3DLLL 1XNRK 1HJRA 2W40A 3O8MA 3PO4A 1JL1A 3SK3A 5E84A 3LZIA 2QWNA 3OYFA 4FLVA 3D7EO 4CHZA 4Z4IA 1QHTA 2OPPA 4BRDA 1NMDA 4BDPA 4C1NI 3SJJA 4PKHA 1VQLN 3LDQA 3D0PA 4J2EA 3U3GA 4BE1A 4DG1A 3TPQA 3WXMB 3L3VA 2P9KA 1KC8O 3ISNC 4IOAL 1FJGK 5AQQA 5DK5A 1RT4A 4DSFA 4JS5A 3AVAA 3H3OB 3DOLA 3ZSWA 3KJVA 2UU9K 3AGKA 5AQZA 4LF6K 4GV9A 1IKXA 2XRIA 4Z4EA 5D3GA 4AILC 1DTQA 3KWGA 2V52B 5DM7L 3IAYA 4BRQA 4X64K 4WF9L 3EKUA 1X9JA 1SV5A 2Z1HA 3V6DA 2RE2A 3N4PA 3OBYA 4CJVA 4DQIA 3J80O 4BRNA 3VETA 1X3MA 4JI7K 4NLCA 3KIOA 2Z1GA 2V7ZA 1S5JA 3QINA 4B1UB 5FPMA 3NH2A 4FPBA 4E89A 3SV3A 2YNHA 4M3XA 3ZX3A 4CEAA 3DLKA 2OZMA 3NCIA 2Q97A 5HRRA 4XEIA 3EZWA 1NGCA 4I2QA 3P31A 3F2KA 3M3ZA 3IKMA 4CGJA 3K5MA 3AVJA 1NU0A 1NK6A 2PYLA 4JYAK 3OS0A 4YOTA 4DTUA 5GADP 1RDUA 3CQYA 1TKXA 4YFUA 3UB5A 4Z94A 2I7NA 2IAJA 4E1NA 5KTQA 5AQUA 4JKGA 4LY7A 1JKHA 4CZEA 4F9OA 4TSXA 4DFPA 1FKPA 4FJMA 4L8RB 3JXUA 3DOKA 4W5NA 4QS7A 3IG1A 3AO3A 3DLEA 3K59A 1ZBHA 3GBTA 4C23A 3FZMA 4PQUA 2VG5A 3J8AA 1SQKA 3NMUA 4NLBA 4FLUA 4A59A 4BRIA 3ULEA 1VSIA 5JLFA 4QCLA 1OH6A 2P9SA 1HYSA 4JHDB 3VGLA 3WEEA 3SAFA 1KSPA 4J2DA 2E2PA 4KI6A 3OBWA 3VEYA 4FJXA 1JCEA 3HSTB 2GUPA 1WSIA 4N47A 1EO1A 4M7YA 4K43A 1KLMA 2AP1A 4FJ9A 2YHXA 1ASUA 2OYQA 4W5TA 3QMLA 2NZTA 3RRGA 4JD2B 3CC2N 3H08A 1SZ2A 1U49A 3RR7A 3KLEA 3A5LC 2IVPA 4I6MA 3CXCM 3J81O 2ZJQL 4WYBA 3RSEA 2P51A 3NH1A 2V7YA 3D2FA 4B1VA 3H45C 4DU3A 3SLCA 2YI1A 2YNIA 2QKKA 4CGIA 4FO0A 4E7HA 4CGGA 4KPYA 2QEXN 3FZHA 5K14A 3VQPA 1L5UA 2ZM6K 4IO9L 1B92A 1NGEA 3MCAB 5CYMA 1TGOA 1HLUA 1MWKA 3DXMA 3BZKA 1RBTA 1LAVA 4RW7A 3CPWM 3K5LA 4EAHD 1NK4A 1KRPA 2HOEA 3LDOA 1RT5A 5LY3A 4F4KA 3OVNA 3EEQA 4YOXA 2O8EA 2HVHA 4CFCA 3L0QA 1RILA 1UOCA 4MO5A 4DR4K 4XH1A 4OKKA 1CXQA 1D9FA 1VQMN 2NRTA 5BRFA 4BGBA 3EN9A 3EY1A 1WUAA 4BC4A 4JAXA 2KLAA 2O8DB 4WFAL 3CHWA 1I94K 4GV6A 1BCOA 1CZAN 3RVCA 3KK2A 3O5BA 2YNGA 4K41A 4GY2B 1VQ6N 4B8CA 3OYEA 3PLAA 2A5XA 2PBDA 4M3YA 3MAQA 1XNQK 3V4IA 5KGWA 1HR0K 4NXNK 2ZD1A 4IBNA 2F9TA 3M1FA 1GLCG 4IFYA 4JK9A 5AQHA 4CEOA 4LH4A 4LF7K 4ILGB 3O4QA 2R7YA 2HB5A 4JI6K 3PX4A 3WXIA 3CFRA 1W9HA 4C8OA 2P1JA 3V1RA 3CCSN 3I56N 3HT3A 2P9SB 1RTJA 4CHNA 3V81A 1SKSA 4ELTA 3DM2A 5EX5A 4DMNA 1LAWA 4FJGA 3TU5A 2LSNA 2G8UA 3K2PA 1ASWA 4MLEA 5AQJA 3WXLA 5IT9O 2A42A 2HNYA 4BR5A 4DF8A 1IG9A 3H3NO 3VESA 1S22A 1JLCA 4CF0A 1Z26A 3S41A 4DTNA 1T44A 4RTFD 3TSUA 2B4JA 1DEJA 3ALYA 4E7IA 3KWIA 3TTDA 2UUAK 3VQCA 4NYFA 5HLFA 1KVCA 3SQ1A 1WAFA 1WSJA 4DQRA 4AM6A 3QESA 4DSKA 3ZSOA 3ZT1A 2HHTA 3NBPA 3OYIA 1K73O 3CMEN 4O55A 1U6ZA 5AQWA 1NOZA 1NJYA 4DCHA 2HNDA 4E7LA 1SAZA 1G15A 4CGDA 3P4IA 4LFCK 2D1KA 4FK4A 1VRTA 2VWJA 4KKOA 3VA0A 3C6TA 1RT1A 1BI4A 1C1BA 3AVHA 3V9XA 1SL2A 2YNFA 3CQ8A 4B9TA 4WCEL 4Y1DA 1S72N 2HW3A 2PFUA 3VN5A 4M3ZA 3SQ4A 3O3GA 3WNEA 3AAQA 3AARA 4NCBA 4UY8O 3CJ7A 3CCQN 4A5BA 1C0GA 4MQ3A 5JS1A 2NNWA 5LMNK 4L3QA 4H8KA 1ZBIA 1QQMA 1XMQK 2JWLA 5CYQA 3CCUN 3S3NA 4M3RA 4BREA 5BPLA 3NHGA 4C8KA 3OJSA 3V9WA 4R5PA 4CJ7A 3LDLA 4O4GA 3LM2A 1NGGA 2KKZA 3RTVA 2FXUA 4BC5A 2GBZA 3T3FA 2JWKA 1A5XA 4BE0A 4WQ4C 2KZZA 4KTQA 4OKEA 4HCBA 1RDDA 4NCAA 3CCEN 2GUIA 3H46O 3FR0A 2Q2RA 3THWB 4IZ9A 3VEOA 3UKUB 1U2VA 2P9LA 1TK8A 3CCLN 5EU7A 2E20A 1W7AA 4DS4A 2HSTA 4ISEA 3DLHA 3DYAA 3ZLJA 4FLWA 1NK5A 2YCHA 1RDBA 1SS6A 4CJEA 1S1UA 4AM7A 1D9DA 2IIRA 1RDCA 4BE2A 3SI6A 4LF9K 2G8IA 3TWHA 3QO9A 4YOUA 3HP9A 5KRTA 2KFNA 5EVZA 5EXWA 3NVMA 3SZ2A 1NNEA 3H1QA 4JK7A 4OGEA 3CJBA 3CF5L 3J7YP 3QNOA 4LF8K 5AFUA 1Q9YA 4CF9A 1U04A 4FJ5A 3ZSRA 4OGCA 2E88A 4Q0BA 4CHOA 3AV9A 3N4QA 2ZWHA 2ATQA 1RDWX 5J1EA 3TR8A 1HNIA 4CK2A 1OKJA 2G8HA 3A8YA 3DWLA 1HNVA 3G6EN 4K25A 1QSYA 2F8SA 4BRHA 4K8ZA 3C7NB 4Y0WA 3VEZA 3ID6A 1G99A 2FF6A 3NE6A 5KPTA 1NBWA 1LW2A 3ZT4A 3J7ZO 3HXMA 2OCEA 2CH6A 4UQGA 4ILHA 2P9NA 2ZE2A 5J2MA 5HOOA 1HQEA 1RTDA 1CZ9A 3QEIA 4FVUA 5LMUK 3DLGA 1C6VA 4DSIA 2E2NA 3CM5A 4CJRA 1Y64A 4RG8A 2F8TA 2P9IA 1VQ9N 5ADXA 3SUQA 4FLTA 2FF3B 3M8QA 2P9PA 5HRSA 1IV0A 3G0ZA 3TABA 2KTQA 3THYB 4ISGA 3LWMA 3EYZA 1IKWA 4KHPK 1J54A 3HBTA 1Q8IA 4BQLA 1BO5O 2GWJA 4DV6K 3VENA 1GLDG 3JYTA 4FW2A 4CJ3A 4HUEA 3UKRB 3A5MC 4W5RA 3L2QA 3Q7CA 4BR7A 3CPEA 2E2OA 1O1WA 3D2EB 3WNFA 4BWJA 3OYHA 1YT3A 1DKGD 3ZT0A 4WFNL 3L2WA 1GLFO 4KO0A 3IDHA 4M63C 1EWQA 1REVA 2P9UB 1TVRA 5C2FA 4BRFA 3OS2A 1OVQA 3RRHA 2CGLA 3IRXA 2GWKA 2QI2A 1C1AA 1J9AA 2FSKA 1QQCA 4IKFA 1NLVA 4CD3A 5FROA 1NG9A 1TL1A 4DV1K 5AZJB 4YOVA 3LP3A 4FWMA 3MWTA 4E7KA 3VEWA 1TK0A 5AQKA 3SPYA 3HPHA 5GIPA 1S6PA 3KD5E 5AQIA 3MCPA 4QS8A 3HM8A 1T6DA 3AGRA 1BA1A 2ASMA 2HHWA 4FM0A 4CZFA 4CFAA 4BC2A 1WSGA 5AQTA 5BREA 3NF6A 3UIQA 4BROA 2BH1A 1IH7A 4DU1A 2I5JA 1EX4A 1KFSA 4V19S 1NGIA 4E19A 3O4WA 4CJ5A 3IMXA 3LPUA 1J5OA 4CZKA 4GW6A 4H4OA 1YVUA 2YHWA 1HKBA 4O44A 1YI2N 4E0DA 5I42A 4DTXA 1BDGA 1WSHA 4Z4HA 3OYGA 4JKCA 1NJXA 4DSLA 3MWPA 3VGKA 1HPMA 1VRUA 1JL2A 2OA8A 2XY5A 2W42A 4HHTA 3C65A 5AQLA 4CBWA 3VTHA 2XY7A 1JXEA 5AQPA 5AZIB 3MN9A 3CCJN 3LWLA 2ZF5O 4CF1A 4AHTA 1NM1A 1I3AA 2YV0X 3LL3A 4ID5A 1WLJA 1NK9A 4OLBA 4CERA 3LP0A 5EOYA 1JXBA 2F7TA 1EP4A 3D6RA 3DAWA 3G25A 1NK7A 1S9EA 1D8YA 2D0BA 5J2QA 3VERA 4KB1A 2O8BA 2PZSA 2OANA 4FWRA 3T1HK 4RWTA 3QNNA 3MN5A 3K9JA 4JS4A 3AO4A 3TAEA 1H1VA 3VQAA 5CR4A 4JI8K 1K8AO 4U67L 2HHHK 4F2RA 1SL1A 3EO3A 1ZXOA 2QK9A 4KHYA 3HOTA 2DPNA 3AO1A 3M8RA 4GV3A 4YORA 1UA0A 3KKSA 4K8XA 3O3FA 1OH7A 5E26A 4O5FA 5HRPA 2QWOA 3TSQA 5FPNA 1P8ZA 1ILYA 4ID1A 3L8BA 1C0UA 2AJQA 4AHUA 1RBSA 3G71N 3DXKA 4YOYA 2Q36A 1DTTA 3LP1A 2ZGYA 4KHNA 3L4QA 4LSNA 1HYZA 4PKGA 1ITGA 2VYPA 4CBUA 3THVA 4FJNA 1WN7A 3PSIA 4CK3A 4FJLA 1C1CA 1RBVA 4Z4GA 3ITHA 4J2BA 3O9QA 1Q82O 4AF1A 1BHLA 2IGIA 4OKJA 5JMVA 1YJWN 4CZJA 2FBVA 1N34K 4DHYA 1TYQA 3O9RA 4IJNA 4CEFA 3TSPA 4CZLA 1VQKN 4JKFA 3TARA 1BCMA 3I8BA 4FK0A 2OPSA 1OVYA 2EWSA 5T7BA 1N6QA 4DTSA 5GAGP 4CEZA 3QETA 1JCFA 2FSNA 2VWKA 4GVEA 1C0MA 1HNWK 3MK6A 4DB3A 4IG3A 4CEQA 3HOSA 1KFDA 2NRWA 4FJJA 1NGFA 2O8CA 1N36K 4X65K 1T03A 4CW7B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ4 N;  3I55 N;  1YJ9 N;  1VQM N;  1VQL N;  3CC4 N;  1ILY A;  1NJI O;  5H1S Q;  4WCE L;  3G71 N;  1KC8 O;  3CC7 N;  1VQP N;  4IOA L;  1KQS M;  4WFA L;  1YHQ N;  1S72 N;  4WFB L;  3G6E N;  3CD6 N;  5JVG L;  3CCR N;  1VQ6 N;  4UY8 O;  3G4S N;  3CCQ N;  3J7Z O;  1Q82 O;  2OTJ N;  1KD1 O;  1N8R O;  3CCU N;  1YJW N;  5DM7 L;  4WF9 L;  1VQ5 N;  1VQK N;  1Q81 O;  2QA4 N;  1OVY A;  3CCS N;  1M90 O;  1VQ9 N;  3I56 N;  3CC2 N;  5HL7 L;  1QVF M;  5GAG P;  5GAE P;  5GAH P;  5DM6 L;  3CXC M;  2ZJQ L;  1QVG M;  3CCE N;  5MLC Q;  1YIT N;  1VQ7 N;  1JJ2 M;  1Q86 O;  1YI2 N;  1M1K O;  1Q7Y O;  3CMA N;  3CCL N;  4IOC L;  1VQ8 N;  3CCJ N;  1VQO N;  2QEX N;  2ZJR L;  1VQN N;  5GAD P;  4IO9 L;  3PIP L;  1YIJ N;  1K9M O;  3CCM N;  5JVH L;  1K73 O;  3CME N;  1YJN N;  1K8A O;  4U67 L;  3DLL L;  3OW2 M;  4WFN L;  3CF5 L;  2OTL N;  3CCV N;  3CPW M;  3PIO L;  2ZJP L;  1W2B M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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