1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
1VQ8N 3CCVN 4WFAL 2ZJQL 3CCQN 1Q82O 3CC2N 1VQ6N 2OTJN 3CCMN 1KD1O 1N8RO 1VQNN 4U67L 3G71N 1YHQN 5GAEP 3G4SN 3CD6N 5DM7L 5GAHP 1NJIO 2QA4N 2QEXN 1M1KO 3CXCM 4IOCL 1VQ4N 1YJ9N 1VQ9N 4WFBL 3I55N 3OW2M 5JVGL 3CCRN 5GADP 3G6EN 3PIPL 4IOAL 1OVYA 1Q86O 3CCJN 5MLCQ 1Q7YO 5JVHL 1VQ5N 1YJNN 1VQON 5GAGP 1K8AO 3CCSN 3CPWM 1S72N 3CCLN 2ZJRL 1JJ2M 5HL7L 2ZJPL 1Q81O 1YIJN 1M90O 1ILYA 3PIOL 4UY8O 1KQSM 3CCUN 3CC4N 4WF9L 1QVGM 4IO9L 3I56N 3CF5L 1VQ7N 3CCEN 3CMAN 5H1SQ 1K9MO 3J7ZO 3DLLL 3CMEN 1KC8O 4WFNL 3CC7N 1VQLN 1YITN 1W2BM 1VQMN 1QVFM 1K73O 1VQKN 2OTLN 1YJWN 1VQPN 4WCEL 1YI2N 5DM6L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO3A 2G8HA 4O8KA 4JS5A 4CJFA 5KGXA 4CJ4A 1NGDA 1NGAA 3E01A 5JS2A 4CZGA 4FZXC 4CEDA 4BG8A 1HPMA 4H0XB 1RDCA 5AQJA 2Q1NA 3AVBA 1QSYA 3SAFA 1KXPA 2ASOA 2VGNA 3DRRA 4Z94A 2VG6A 3M6GA 4NB4A 1QQMA 4DLEA 2RKIA 1X3MA 3MN9A 1U47A 4HUEA 5AQMA 3SZ2A 2HBLA 4L3QA 3RRGA 3BF3A 2OPPA 5CHIA 4CW7B 4CK3A 1QSSA 4DQQA 1N36K 1VSKA 4DQPA 2P9LA 2UU9K 4DV3K 1R59O 3VETA 3OYIA 3OYEA 1GLBG 4YOWA 3PIPL 1DT9A 2E2OA 4JYAK 4XH4A 4BROA 3SK3A 4BVPA 4O4GA 1VQ5N 3HM8A 4M63C 3GOIA 3TARA 4KRFA 4BRNA 3ID6A 4FLYA 4FJ9A 1C6VA 3H46O 5HL7L 2UUAK 2FF3B 2RE2A 1Q81O 3DLEA 4I6MB 4YDUA 2YX6A 3CPEA 5LMUK 3DRSA 3KHYA 3F9KA 3LDOA 4CVNE 3CFPA 1HPZA 1W97L 3CQYA 3HT3A 4FJHA 2GWKA 4BWJA 3F5TA 4WF9L 2OPSA 1GLJO 2HB5A 3ALYA 4H0YB 4ELVA 3MMVA 3SUNA 3O80A 1EP4A 5AZIA 1BCMA 3KLIA 3O5BA 3ZT3A 4WFNL 4DQSA 5BPLA 4FJ8A 2I5JA 5GINA 2YHYA 3LANA 5ELZA 3F73A 2IOCA 4M7YA 1GLLO 1WSIA 2HHHK 4DR1K 4JLHA 2GEMA 3C94A 4DF8A 3MEGA 4BE1A 2Q3SA 4LFBK 1BUPA 1F21A 3D2FB 1NK0A 5HRSA 3VTHA 4LF5K 3VQ5A 1BDGA 3NH1A 3ENOA 3V4IA 3LDPA 1KRPA 5LJVA 1KVAA 3FZMA 4R5PA 4F2RA 4NCAA 1J6ZA 5DK5A 3VQEA 2P9SB 3V9WA 4CCHA 3NDKA 4XH5A 3VQBA 4KHWA 3B8AX 1XNRK 1NJIO 1IBLK 3L2WA 5AQKA 1FKOA 1U45A 3KTQA 1REVA 3WT0A 3THXB 1OH7A 3CJ7A 3UKUB 3HXMA 3NCIA 2HHQA 4AHVA 2H3GX 4H5VA 4EHUA 2RPIA 2FLOA 4Y1DA 1EWQA 5AQTA 4JKEA 4YY3K 2P9PA 4J8FA 5FRNA 4JKHA 4IDKA 4HCBA 3L0QA 1IKWA 3CQ8A 3SJHA 3EN9A 3DLGA 1GLDG 3HOTA 2Y1IA 3WNGA 5IT9O 1U2VA 4IFEA 1N34K 5C25A 4CESA 3SMPA 1WNSA 1NM1A 4CZLA 4GV9A 1BGXT 1VK0A 3B6PA 3HYFA 4LF6K 4WYBA 1RTJA 4M45A 1YIJN 4CGFA 4GVEA 1KSPA 3CQXA 2YNIA 1U49A 4CD3A 1JLGA 3ZETA 5BREA 3EYZA 3BEXA 3MN7A 3CJCA 3NFAA 4B3RK 4DQIA 4JI8K 2E2QA 4W5OA 2WONA 3P5JA 3QEWA 4CHQA 5EY4A 3C6AA 1KC8O 2KFNA 2P9UA 1NKCA 1O13A 4OPKA 3CYMA 5TKWA 1VQKN 5EX5A 3K5LA 1WSGA 4FOEA 3WQUA 4AHCA 2O8DB 3H3NO 2CGLA 3TAFA 3HSCA 1ZBUA 5I9EB 1HQEA 4CJRA 3CCVN 2D5RA 2VG7A 1TGOA 3TANA 4BRIA 2XY8A 3VOVA 4B9UA 5HLFA 1RTIA 2YHWA 2YHAA 5BPNA 3OYDA 4AQYK 3PO4A 4X65K 5JMVA 2WBNA 4PQUA 4A61A 4CZFA 1ASVA 2A40A 2NRHA 5GAEP 4H5WA 3FZLA 3VESA 3L3UA 3CD6N 4BRAA 1QZ6A 1TKXA 1NWKA 1JCFA 1LW0A 4CJEA 2Q0UA 2HHTA 4BRPA 1RFQA 2VWKA 3NHGA 1ZBIA 4Z4CA 3Q7BA 2GBZA 1HYVA 3H1QA 2O8CB 5AQNA 4IEEA 3HBTA 3M8QA 1TV6A 4EIAA 4DFKA 4KREA 3SQ0A 2KFZA 4BRQA 3ZSRA 3AAPA 4M3WA 3SYZA 4O8UA 1NBWA 4CBXA 1U6ZA 4BR5A 3PSIA 3R1XA 3VF6A 1K8AO 2ZGZA 3D7EO 1NG9A 1QTMA 4OGEA 4QCLA 4H0TB 4KV8A 1WAFA 3U3GA 4XH1A 3LP1A 2QWRA 4JKBA 2E6MA 2P1JA 2KW4A 4FW2A 4Y1CA 1C0FA 4NLCA 4AH9A 4B3TK 2E5LK 3L4IA 4BY9C 3CMAN 1TYQA 3OBYA 3L2QA 4H4OA 3IDHA 1JLFA 2OPRA 3QBWA 4N5SA 3EE8A 1TK0A 3BF1A 3DLLL 4FXDA 4FJ5A 4X66K 3IAYA 3DLKA 4W5RA 2YHBA 4CJPA 4OPHA 3TAEA 1U48A 3SAHA 1T8EA 2NUBA 3NAEA 2FSJA 5CZ1A 3V9ZA 5EU7A 3O4QA 4CIEA 5C2DA 4NO7A 4WQ5A 3THYB 4EZ6A 1N32K 3WXIA 3CETA 1W7AA 4BC5A 3ENHA 4ID5A 5AQLA 4BR9A 3NGZA 1QSLA 1U04A 3AO1A 4OO1J 3IMXA 2XY5A 3KLGA 3CCQN 2E4LA 4CF9A 4DU4A 5HROA 3ZSVA 1A5XA 4J2AA 4IJNA 5K14A 1CLQA 1LV5A 1N8RO 1RDWX 1DGKN 3RVCA 1C0TA 1Q9YA 1NGHA 2QWLA 3V1QA 1HJOA 4CD1A 2YV0X 4R79A 2QA4N 4EZ9A 4DF4A 1C0UA 4K43A 2QEXN 4CJ5A 1VQ4N 5CR4A 4CE9A 3SMSA 5GIOA 2P9LB 1BQMA 3HRGA 2V51B 5CYMA 1DEJA 1VSDA 3T7ZA 2D0AA 3WNHA 3CM5A 4O0IA 4LSLA 1CZBA 4EHTA 4G9ZA 2FC0A 4GY2B 4DS5A 4KHSA 3O9UA 4H0VB 2WOMA 2UXBK 4ISGA 1HKBA 3AGKA 5EOYA 4DSKA 4QS9A 2FSKA 3SLCA 1VQON 1IG9A 1NKEA 3OYLA 2Q36A 4I2QA 3DOKA 4W5NA 1LWEA 1XWLA 3THXA 3MDQA 5HRRA 2AP1A 4NYNA 3VPZA 3W0LA 4I9LA 1KAZA 4NCBA 1CZ9A 2OCEA 2IIRA 4M3RA 3QFPA 1IG8A 3A5NC 5AZIB 1TVRA 5BR9A 4IEIA 4IKFA 1SS6A 4M3TA 4AILC 3BY5A 3VQ9A 3OYAA 1C1BA 4KB0A 3QEXA 2FBXA 3V1OA 5LMNK 4YOUA 4H8KA 3LL3A 2VGMA 3KK7A 3VN5A 4OPJA 3U4LA 3DLBA 3NGIA 4B1XB 4RTFD 1ZC6A 3E9PA 5EXWA 2E2PA 1IBMK 5AQGA 1VHXA 1VQ8N 2Z1JA 3AV9A 3SPYA 3QBXA 2YJEA 3FFKB 3TR8A 4FJIA 1TKTA 3CJBA 5KI6A 2D0BA 3MXMA 1HYSA 1RBTA 5C15A 5F2RA 4JI3K 4U67L 1WLJA 2FBVA 2YNFA 2GUPA 1MU2A 4A59A 2JLEA 3I8DA 3CJ1A 4LY7A 2O8DA 4B8AB 4BRDA 5JS1A 2DFEA 3K5OA 1BOTO 5F1XA 1SAZA 4WQ4A 3S3NA 2OZMA 1SL1A 4FCYA 4LD0A 1RT7A 4E1JA 2JWLA 2P9PB 3OW2M 1WSHA 3U3YA 5C10A 5GADP 3G6EN 1NJYA 5C24A 4DSIA 1T44A 4FJXA 1NLVA 2VYPA 1OVYA 4N56A 4JI1K 3TSUA 1NKBA 3PV8A 3HPGA 4HVJA 1YJNN 2JGUA 3FLCO 3FZKA 3HI0A 4CGJA 5FLXO 4DLGA 4YOXA 2XO7A 1L5UA 4GKKK 4BRCA 4FPAA 2VWJA 2ZJRL 3O3FA 5AQUA 4FO0A 3ZX0A 3QNOA 4ZTJA 3DAWA 2YHXA 2HSTA 4UY8O 1KQSM 3CCUN 1X9JA 2O8CA 4CJLA 3S41A 4C8MA 1NGCA 2F9TA 4B9VA 2G8VA 3DJCA 3ISNC 4DV1K 3L6QA 3QIOA 3MX2A 5FPMA 3O3GA 4FM0A 4CIFA 3DLRA 3KK1A 4CFAA 2ZM6K 3CMEN 3MN6A 4DV6K 3AVHA 2G8UA 4FJJA 1W2BM 3SNNA 1QVFM 4GV3A 3V9XA 3V6DA 2P9IB 3NVMA 1YF5L 3C6UA 4PKIA 4XEIA 3KD5E 2QKBA 1ASWA 4I7FA 4FYDA 3VQ4A 3RMAA 4CK2A 4DTUA 4U7BA 3WEEA 1RTHA 1L3SA 5HOOA 4IFYA 1Q82O 2HOEA 4CBUA 1X1PA 2CH5A 1TAQA 2NRRA 3OJSA 4JHDB 2R7YA 5AQFA 1JCGA 4FLXA 3RMBA 3G71N 1WBBA 3ZT0A 4O5BA 2W6KA 2ZE2A 1ATNA 1KLMA 2NNWA 3CFOA 4FSVA 3THYA 4BACA 4C8NA 4IG0A 2BH1A 4H5RA 1KTQA 1VAZA 2GELA 4Y0WA 4C1NI 1UWBA 3SQ4A 1KLNA 3RTVA 3O4WA 1V4TA 4WE1A 4WFBL 3OYKA 1I3AA 1MWKA 1QQNA 4W5QA 3V9UA 4KHUA 3SUPA 4BE0A 1SZ2A 1P90A 2XY7A 2FF6A 3C95A 3ENBA 3QERA 2DPNA 4NLBA 1NU0A 4E89A 5GAGP 3GE1A 4FLTA 1V4SA 4YOVA 1JJ2M 4JI7K 1MDUB 4FPBA 2GV9A 4CFDA 3B6OA 3HTVA 5KRSA 1M90O 2D1KA 2NLXA 2KKZA 1XHXA 2E2NA 1TYQB 3UIQA 4BRLA 4KH6A 1QZ5A 5AFUA 4DR2K 4CZIA 3OYBA 4DSEA 3L3VA 1J9AA 4JKAA 1RBRA 1CXQA 2D0OA 4OKEA 4JEPA 5BRFA 4DV4K 4DU1A 5KPZA 2NRXA 4CEBA 4FL9A 4KHPK 3CIPA 1JL2A 1ZBLA 2UUCK 4DCHA 3O08A 4ELUA 1HRHA 3EY1A 1KVCA 1DTQA 1G99A 4WCEL 1EETA 5AQSA 4FLWA 4I9QA 4M42A 1BISA 4B9MA 1EWRA 2G8KA 3IRXA 1UA0A 4CJQA 2BE2A 4DFPA 4TSXA 2E1YA 3O1BA 3O3HA 4RCHA 5JLFA 4DR4K 3AARA 3A2FA 1VQNN 1HQUA 2V7ZA 2I7NA 3J8AA 3KVGA 4CJ7A 1YVNA 3M5RA 4CZEA 3UB5A 4M3YA 2HHVA 3AVNA 1SKSA 4FJKA 4HUGA 2HBMA 4KH5A 3M8RA 1IV0A 3FZHA 4BQZA 1QQCA 3KJVA 4N47A 4F8RA 3OYMA 3I0RA 1JLBA 3QO9A 5JVGL 2KQ2A 3C6TA 5M1NA 3ZCMA 2E1ZA 3O1WA 2GUIA 3K9KA 1T6DA 2XY6A 4MO4A 4BR7A 2QTDA 4E1NA 4ZTFA 3I0SA 4RW4A 3UKRA 1RT3A 4DSJA 4BRHA 1S72N 4JI5K 2ASMA 4IG3A 3ZEUA 3O9TA 4QAGA 4A5BA 1J5OA 1Q9XA 4CZMA 4YNQA 3LDQA 3QMLA 1GOCA 3E1YA 4KHNA 3T1AA 4AHTA 3CJ9A 4YHHK 1S22A 1NK8A 3PX0A 3O9RA 4PUOA 1OH5A 3LDLA 4DUYK 4G1QA 5C42A 3F9MA 1C0GA 4FLZA 4CEQA 2KHOA 4O55A 1JL1A 3SCXA 3OYFA 2OPQA 3TSQA 4PA1A 3SPZA 1XHZA 4F2SA 3BP8A 3S3OA 4CHNA 1DTTA 5I3UA 1WN7A 3ITHA 4BREA 2HNZA 2HF4A 3H3OB 3LPUA 2HHSA 3RRHA 3JSMA 3THVA 2FBYA 2P5OA 3AVGA 1IH7A 2ZJQL 1IKYA 1CXUA 1NGBA 3CHWA 1IKVA 3K5MA 3IKMA 4L8RB 2ITMA 2UUBK 4KAZA 2O8FA 2BUPA 2NZTA 1TUUA 5CZ2A 3OHRA 3H45C 4KTQA 4GV6A 2F4VK 4BRMA 1XNQK 1NGEA 3J7YP 4PL7A 3G4SN 3WUHA 1ZBHA 2KLAA 4O44A 4PKHA 1RGIA 3ZX3A 4KH4A 2P9IA 3OYGA 2YNHA 1EXQA 2Y1JA 1T05A 1DKGD 1M1KO 4KHQA 5LL6Z 4QS7A 1YXQA 4JI4K 4H5NA 4LFAK 2JWKA 3ZX2A 3L4QA 1VQ9N 4E3SA 3GG4A 4JI0K 3QIPA 4JHDA 4K8ZA 2F96A 4FLUA 3CCJN 1GLCG 5MLCQ 3MXIA 3M8SA 1S1UA 4JKGA 4CFCA 1NJWA 3C7NA 2W41A 3OJUA 3CPWM 1C1CA 4MO5A 3CCLN 3RR8A 1WUAA 3TAMA 1W0HA 3OVNA 2VG5A 4F9OA 3QNNA 5AQWA 4BG9A 3PLAA 1HKGA 2NRWA 3VF4A 1KAXA 5AQOA 2Q97A 5HRNA 3HVRA 2ATQA 1FKPA 2W40A 4Z4FA 3BUZB 4W5TA 4NXMK 4KPYA 3VQQA 5AQVA 3SAGA 3VQ8A 4YOTA 3J7ZO 3R9PA 4FWOA 4FZZA 4CJ3A 3K58A 2HBJA 3K5NA 2YNGA 1BO5O 2WFBA 4FWSA 2HBKA 3NVKA 4BRFA 1H1VA 3NGYA 1NOZA 3WEEB 1B9DA 4IFVA 4CBWA 2G8IA 3WXJA 2FSNA 1HNVA 1EQYA 1HLUA 1LOTB 1S6PA 4Z4EA 4CGGA 3PY8A 3CCMN 1RCHA 3KKSA 3N4QA 4OX9K 2ASPA 2IVPA 3TPQA 2X74A 5KQDA 2X78A 2XHBA 3T1YK 3ATVA 1JKHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ8 N;  3CCV N;  4WFA L;  2ZJQ L;  3CCQ N;  1Q82 O;  3CC2 N;  1VQ6 N;  2OTJ N;  3CCM N;  1KD1 O;  1N8R O;  1VQN N;  4U67 L;  3G71 N;  1YHQ N;  5GAE P;  3G4S N;  3CD6 N;  5DM7 L;  5GAH P;  1NJI O;  2QA4 N;  2QEX N;  1M1K O;  3CXC M;  4IOC L;  1VQ4 N;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  4WFB L;  3I55 N;  3OW2 M;  5JVG L;  3CCR N;  5GAD P;  3G6E N;  3PIP L;  4IOA L;  1OVY A;  1Q86 O;  3CCJ N;  5MLC Q;  1Q7Y O;  5JVH L;  1VQ5 N;  1YJN N;  1VQO N;  5GAG P;  1K8A O;  3CCS N;  3CPW M;  1S72 N;  3CCL N;  2ZJR L;  1JJ2 M;  5HL7 L;  2ZJP L;  1Q81 O;  1YIJ N;  1M90 O;  1ILY A;  3PIO L;  4UY8 O;  1KQS M;  3CCU N;  3CC4 N;  4WF9 L;  1QVG M;  4IO9 L;  3I56 N;  3CF5 L;  1VQ7 N;  3CCE N;  3CMA N;  5H1S Q;  1K9M O;  3J7Z O;  3DLL L;  3CME N;  1KC8 O;  4WFN L;  3CC7 N;  1VQL N;  1YIT N;  1W2B M;  1VQM N;  1QVF M;  1K73 O;  1VQK N;  2OTL N;  1YJW N;  1VQP N;  4WCE L;  1YI2 N;  5DM6 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EO3 A;  2G8H A;  4O8K A;  4JS5 A;  4CJF A;  5KGX A;  4CJ4 A;  1NGD A;  1NGA A;  3E01 A;  5JS2 A;  4CZG A;  4FZX C;  4CED A;  4BG8 A;  1HPM A;  4H0X B;  1RDC A;  5AQJ A;  2Q1N A;  3AVB A;  1QSY A;  3SAF A;  1KXP A;  2ASO A;  2VGN A;  3DRR A;  4Z94 A;  2VG6 A;  3M6G A;  4NB4 A;  1QQM A;  4DLE A;  2RKI A;  1X3M A;  3MN9 A;  1U47 A;  4HUE A;  5AQM A;  3SZ2 A;  2HBL A;  4L3Q A;  3RRG A;  3BF3 A;  2OPP A;  5CHI A;  4CW7 B;  4CK3 A;  1QSS A;  4DQQ A;  1N36 K;  1VSK A;  4DQP A;  2P9L A;  2UU9 K;  4DV3 K;  1R59 O;  3VET A;  3OYI A;  3OYE A;  1GLB G;  4YOW A;  3PIP L;  1DT9 A;  2E2O A;  4JYA K;  4XH4 A;  4BRO A;  3SK3 A;  4BVP A;  4O4G A;  1VQ5 N;  3HM8 A;  4M63 C;  3GOI A;  3TAR A;  4KRF A;  4BRN A;  3ID6 A;  4FLY A;  4FJ9 A;  1C6V A;  3H46 O;  5HL7 L;  2UUA K;  2FF3 B;  2RE2 A;  1Q81 O;  3DLE A;  4I6M B;  4YDU A;  2YX6 A;  3CPE A;  5LMU K;  3DRS A;  3KHY A;  3F9K A;  3LDO A;  4CVN E;  3CFP A;  1HPZ A;  1W97 L;  3CQY A;  3HT3 A;  4FJH A;  2GWK A;  4BWJ A;  3F5T A;  4WF9 L;  2OPS A;  1GLJ O;  2HB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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