1VQ8L

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 30
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 30
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq8L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vq8L01
3G6EL 1K73M 3CC2O 3CC4L 1VQNL 3I55L 3CCQL 3CMEL 1YJNL 1YITL 1S72L 1VQOL 1KC8M 3CXCN 1VQPO 1VQ8O 1VQMO 1VQ7O 3CCJO 3G71L 2OTLO 1KQSK 1K8AP 1YJ9L 1VQ9L 3CC7L 1VQLL 1VQ5O 3CCML 1YI2L 1Q7YP 1Q86M 1QVFN 1KD1M 3OW2K 1NJIM 1YJWL 1VQ4O 1QVFK 3CCVO 3CMAO 2QEXL 3CPWN 1VQKO 2QA4L 1VQ6L 2OTJL 1Q82M 1VQNO 1JJ2N 3I55O 3CCQO 1M90M 3CCUL 1N8RM 3CCLL 3CXCK 1YHQL 3G4SL 3CCSO 1M1KM 3CCEO 1K73P 1W2BN 3I56O 1W2BK 3CC7O 1Q81M 1K9MM 3CCRO 3CD6O 1YIJO 3G6EO 1KC8P 1VQPL 1VQ8L 1VQML 1VQ7L 3CCJL 2OTLL 3CC4O 3CPWK 2QA4O 3CMEO 1YJNO 1YITO 1JJ2K 1S72O 1VQOO 1Q86P 1KD1P 3CCLO 1NJIP 1VQ4L 3G71O 3CC2L 1K8AM 3CMAL 1YJ9O 1VQKL 1VQ9O 1VQLO 3CCMO 1YI2O 1Q82P 1Q7YM 1YJWO 1M90P 1N8RP 3CCSL 1M1KP 2QEXO 1KQSN 1VQ6O 3CCEL 2OTJO 1VQ5L 3I56L 3CCUO 1QVGN 1Q81P 1K9MP 3OW2N 1YHQO 3G4SO 1QVGK 3CCRL 1YIJL 3CD6L 3CCVL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G6EL 1K73M 3CC2O 3CC4L 1VQNL 3I55L 3CCQL 4QDLA 3CMEL 1YJNL 4XTKA 1YITL 5DS5A 1S72L 1VQOL 5DS4A 3CXCN 1VQPO 1KC8M 1VQ8O 4WJ0A 1VQMO 1VQ7O 3CCJO 3G71L 2OTLO 1KQSK 1K8AP 4W8KA 5FCLA 1YJ9L 5DLJA 1VQ9L 3CC7L 1VQLL 1VQ5O 3CCML 1YI2L 1Q7YP 1Q86M 1QVFN 1KD1M 3OW2K 1NJIM 1YJWL 1VQ4O 1QVFK 3CCVO 3CMAO 2QEXL 3CPWN 1VQKO 2QA4L 1VQ6L 2OTJL 5DQTA 1Q82M 3NKDA 1VQNO 1JJ2N 3I55O 3CCQO 2YZSA 3CCUL 1M90M 1N8RM 3CCLL 3CXCK 1YHQL 3G4SL 3CCSO 1M1KM 3CCEO 1K73P 1W2BN 3I56O 1W2BK 3CC7O 1Q81M 1K9MM 5DS6A 3CCRO 3CD6O 1YIJO 3G6EO 1KC8P 1VQPL 1VQ8L 1VQML 1VQ7L 3CCJL 2OTLL 3CC4O 3CPWK 2QA4O 3CMEO 1YJNO 1YITO 1JJ2K 1S72O 1VQOO 1Q86P 1KD1P 3CCLO 1NJIP 1VQ4L 3G71O 3CC2L 4N06A 1K8AM 3CMAL 1YJ9O 1VQKL 1VQ9O 1VQLO 3CCMO 1YI2O 1Q82P 1Q7YM 5DQZA 1YJWO 1M90P 1N8RP 3CCSL 1M1KP 2QEXO 1QVGK 1KQSN 1VQ6O 3CCEL 2OTJO 4P6IC 3GODA 1VQ5L 3I56L 3CCUO 1QVGN 1Q81P 1K9MP 3OW2N 1YHQO 3G4SO 3CCRL 3CD6L 1YIJL 3CCVL
chains in the Genus database with same CATH topology
3G6EL 1K73M 3CC2O 3CC4L 1VQNL 3I55L 3CCQL 4QDLA 3CMEL 1YJNL 4XTKA 1YITL 5DS5A 1S72L 1VQOL 5DS4A 3CXCN 1VQPO 1KC8M 1VQ8O 4WJ0A 1VQMO 1VQ7O 3CCJO 3G71L 2OTLO 1KQSK 1K8AP 4W8KA 5FCLA 1YJ9L 5DLJA 1VQ9L 3CC7L 1VQLL 1VQ5O 3CCML 1YI2L 1Q7YP 1Q86M 1QVFN 1KD1M 3OW2K 1NJIM 1YJWL 1VQ4O 1QVFK 3CCVO 3CMAO 2QEXL 3CPWN 1VQKO 2QA4L 1VQ6L 2OTJL 5DQTA 1Q82M 3NKDA 1VQNO 1JJ2N 3I55O 3CCQO 2YZSA 3CCUL 1M90M 1N8RM 3CCLL 3CXCK 1YHQL 3G4SL 3CCSO 1M1KM 3CCEO 1K73P 1W2BN 3I56O 1W2BK 3CC7O 1Q81M 1K9MM 5DS6A 3CCRO 3CD6O 1YIJO 3G6EO 1KC8P 1VQPL 1VQ8L 1VQML 1VQ7L 3CCJL 2OTLL 3CC4O 3CPWK 2QA4O 3CMEO 1YJNO 1YITO 1JJ2K 1S72O 1VQOO 1Q86P 1KD1P 3CCLO 1NJIP 1VQ4L 3G71O 3CC2L 4N06A 1K8AM 3CMAL 1YJ9O 1VQKL 1VQ9O 1VQLO 3CCMO 1YI2O 1Q82P 1Q7YM 5DQZA 1YJWO 1M90P 1N8RP 3CCSL 1M1KP 2QEXO 1QVGK 1KQSN 1VQ6O 3CCEL 2OTJO 4P6IC 3GODA 1VQ5L 3I56L 3CCUO 1QVGN 1Q81P 1K9MP 3OW2N 1YHQO 3G4SO 3CCRL 3CD6L 1YIJL 3CCVL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G6E L;  1K73 M;  3CC2 O;  3CC4 L;  1VQN L;  3I55 L;  3CCQ L;  3CME L;  1YJN L;  1YIT L;  1S72 L;  1VQO L;  1KC8 M;  3CXC N;  1VQP O;  1VQ8 O;  1VQM O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  3G71 L;  2OTL O;  1KQS K;  1K8A P;  1YJ9 L;  1VQ9 L;  3CC7 L;  1VQL L;  1VQ5 O;  3CCM L;  1YI2 L;  1Q7Y P;  1Q86 M;  1QVF N;  1KD1 M;  3OW2 K;  1NJI M;  1YJW L;  1VQ4 O;  1QVF K;  3CCV O;  3CMA O;  2QEX L;  3CPW N;  1VQK O;  2QA4 L;  1VQ6 L;  2OTJ L;  1Q82 M;  1VQN O;  1JJ2 N;  3I55 O;  3CCQ O;  1M90 M;  3CCU L;  1N8R M;  3CCL L;  3CXC K;  1YHQ L;  3G4S L;  3CCS O;  1M1K M;  3CCE O;  1K73 P;  1W2B N;  3I56 O;  1W2B K;  3CC7 O;  1Q81 M;  1K9M M;  3CCR O;  3CD6 O;  1YIJ O;  3G6E O;  1KC8 P;  1VQP L;  1VQ8 L;  1VQM L;  1VQ7 L;  3CCJ L;  2OTL L;  3CC4 O;  3CPW K;  2QA4 O;  3CME O;  1YJN O;  1YIT O;  1JJ2 K;  1S72 O;  1VQO O;  1Q86 P;  1KD1 P;  3CCL O;  1NJI P;  1VQ4 L;  3G71 O;  3CC2 L;  1K8A M;  3CMA L;  1YJ9 O;  1VQK L;  1VQ9 O;  1VQL O;  3CCM O;  1YI2 O;  1Q82 P;  1Q7Y M;  1YJW O;  1M90 P;  1N8R P;  3CCS L;  1M1K P;  2QEX O;  1KQS N;  1VQ6 O;  3CCE L;  2OTJ O;  1VQ5 L;  3I56 L;  3CCU O;  1QVG N;  1Q81 P;  1K9M P;  3OW2 N;  1YHQ O;  3G4S O;  1QVG K;  3CCR L;  1YIJ L;  3CD6 L;  3CCV L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G6E L;  1K73 M;  3CC2 O;  3CC4 L;  1VQN L;  3I55 L;  3CCQ L;  4QDL A;  3CME L;  1YJN L;  4XTK A;  1YIT L;  5DS5 A;  1S72 L;  1VQO L;  5DS4 A;  3CXC N;  1VQP O;  1KC8 M;  1VQ8 O;  4WJ0 A;  1VQM O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  3G71 L;  2OTL O;  1KQS K;  1K8A P;  4W8K A;  5FCL A;  1YJ9 L;  5DLJ A;  1VQ9 L;  3CC7 L;  1VQL L;  1VQ5 O;  3CCM L;  1YI2 L;  1Q7Y P;  1Q86 M;  1QVF N;  1KD1 M;  3OW2 K;  1NJI M;  1YJW L;  1VQ4 O;  1QVF K;  3CCV O;  3CMA O;  2QEX L;  3CPW N;  1VQK O;  2QA4 L;  1VQ6 L;  2OTJ L;  5DQT A;  1Q82 M;  3NKD A;  1VQN O;  1JJ2 N;  3I55 O;  3CCQ O;  2YZS A;  3CCU L;  1M90 M;  1N8R M;  3CCL L;  3CXC K;  1YHQ L;  3G4S L;  3CCS O;  1M1K M;  3CCE O;  1K73 P;  1W2B N;  3I56 O;  1W2B K;  3CC7 O;  1Q81 M;  1K9M M;  5DS6 A;  3CCR O;  3CD6 O;  1YIJ O;  3G6E O;  1KC8 P;  1VQP L;  1VQ8 L;  1VQM L;  1VQ7 L;  3CCJ L;  2OTL L;  3CC4 O;  3CPW K;  2QA4 O;  3CME O;  1YJN O;  1YIT O;  1JJ2 K;  1S72 O;  1VQO O;  1Q86 P;  1KD1 P;  3CCL O;  1NJI P;  1VQ4 L;  3G71 O;  3CC2 L;  4N06 A;  1K8A M;  3CMA L;  1YJ9 O;  1VQK L;  1VQ9 O;  1VQL O;  3CCM O;  1YI2 O;  1Q82 P;  1Q7Y M;  5DQZ A;  1YJW O;  1M90 P;  1N8R P;  3CCS L;  1M1K P;  2QEX O;  1QVG K;  1KQS N;  1VQ6 O;  3CCE L;  2OTJ O;  4P6I C;  3GOD A;  1VQ5 L;  3I56 L;  3CCU O;  1QVG N;  1Q81 P;  1K9M P;  3OW2 N;  1YHQ O;  3G4S O;  3CCR L;  3CD6 L;  1YIJ L;  3CCV L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3G6E L;  1K73 M;  3CC2 O;  3CC4 L;  1VQN L;  3I55 L;  3CCQ L;  4QDL A;  3CME L;  1YJN L;  4XTK A;  1YIT L;  5DS5 A;  1S72 L;  1VQO L;  5DS4 A;  3CXC N;  1VQP O;  1KC8 M;  1VQ8 O;  4WJ0 A;  1VQM O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  3G71 L;  2OTL O;  1KQS K;  1K8A P;  4W8K A;  5FCL A;  1YJ9 L;  5DLJ A;  1VQ9 L;  3CC7 L;  1VQL L;  1VQ5 O;  3CCM L;  1YI2 L;  1Q7Y P;  1Q86 M;  1QVF N;  1KD1 M;  3OW2 K;  1NJI M;  1YJW L;  1VQ4 O;  1QVF K;  3CCV O;  3CMA O;  2QEX L;  3CPW N;  1VQK O;  2QA4 L;  1VQ6 L;  2OTJ L;  5DQT A;  1Q82 M;  3NKD A;  1VQN O;  1JJ2 N;  3I55 O;  3CCQ O;  2YZS A;  3CCU L;  1M90 M;  1N8R M;  3CCL L;  3CXC K;  1YHQ L;  3G4S L;  3CCS O;  1M1K M;  3CCE O;  1K73 P;  1W2B N;  3I56 O;  1W2B K;  3CC7 O;  1Q81 M;  1K9M M;  5DS6 A;  3CCR O;  3CD6 O;  1YIJ O;  3G6E O;  1KC8 P;  1VQP L;  1VQ8 L;  1VQM L;  1VQ7 L;  3CCJ L;  2OTL L;  3CC4 O;  3CPW K;  2QA4 O;  3CME O;  1YJN O;  1YIT O;  1JJ2 K;  1S72 O;  1VQO O;  1Q86 P;  1KD1 P;  3CCL O;  1NJI P;  1VQ4 L;  3G71 O;  3CC2 L;  4N06 A;  1K8A M;  3CMA L;  1YJ9 O;  1VQK L;  1VQ9 O;  1VQL O;  3CCM O;  1YI2 O;  1Q82 P;  1Q7Y M;  5DQZ A;  1YJW O;  1M90 P;  1N8R P;  3CCS L;  1M1K P;  2QEX O;  1QVG K;  1KQS N;  1VQ6 O;  3CCE L;  2OTJ O;  4P6I C;  3GOD A;  1VQ5 L;  3I56 L;  3CCU O;  1QVG N;  1Q81 P;  1K9M P;  3OW2 N;  1YHQ O;  3G4S O;  3CCR L;  3CD6 L;  1YIJ L;  3CCV L; 
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
#similar chains, but unknotted
...loading similar chains, please wait...
#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...