1VQ8O

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 36
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq8O00
3CC7L 3CD6L 1Q81P 3CMEO 3CCMO 1YJNO 1Q7YP 1VQ8L 1KD1P 1YI2L 1K9MP 1YI2O 1K73M 3CCJL 1VQKO 3CXCK 2OTLO 3CCUL 1YJWL 1Q82P 1VQ7O 1KQSN 1S72L 1W2BN 3G6EO 1VQOL 1JJ2K 3CCLL 3I55L 3CPWN 3OW2K 1Q82M 1YITO 1N8RP 1YJ9O 1VQNO 3G71O 1VQ6O 3CMEL 3CCML 1YJNL 1QVFK 3CC2O 1M1KP 1K73P 1N8RM 1Q86P 1K8AM 1M1KM 1NJIP 1VQPO 1VQKL 2OTLL 1YHQO 1Q86M 1VQ7L 1VQ5L 1VQ5O 3G6EL 3CCVO 1QVGK 1NJIM 1W2BK 1VQ4O 1VQ9O 1KC8M 1VQML 1VQMO 1YITL 1M90M 3CCQO 1YJ9L 3CCSO 3G71L 1VQNL 1VQ6L 2QEXO 3CC2L 1K8AP 1VQLL 1VQLO 3I56L 3CCRO 3CXCN 3I56O 1YIJL 2OTJO 1YIJO 1VQPL 3G4SL 3G4SO 2QA4O 1KC8P 1JJ2N 1YHQL 3OW2N 3CMAO 1M90P 3CCEO 3CC4O 3CCVL 1VQ9L 1KQSK 1VQ4L 1QVFN 3CPWK 3CC7O 3CD6O 3CCQL 3CCSL 2QEXL 1VQ8O 1Q81M 1Q7YM 3CCRL 3CCJO 2OTJL 3CCUO 1YJWO 2QA4L 1KD1M 1QVGN 1K9MM 1S72O 1VQOO 3CMAL 3CCLO 3I55O 3CCEL 3CC4L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC7L 3CD6L 1Q81P 3CMEO 3CCMO 1YJNO 1Q7YP 1VQ8L 4XTKA 1KD1P 1YI2L 1K9MP 1YI2O 1K73M 3CCJL 1VQKO 3CXCK 2OTLO 3CCUL 1YJWL 1Q82P 1VQ7O 1KQSN 1S72L 1W2BN 3G6EO 1VQOL 1JJ2K 3CCLL 3I55L 3CPWN 3OW2K 1Q82M 1YITO 1N8RP 1YJ9O 1VQNO 3G71O 1VQ6O 3CMEL 3CCML 1YJNL 1QVFK 3CC2O 1M1KP 4QDLA 1K73P 1N8RM 4P6IC 5DLJA 1Q86P 1K8AM 1M1KM 5DQZA 1NJIP 1VQPO 1VQKL 5DS5A 2OTLL 1YHQO 1Q86M 1VQ7L 1VQ5L 1VQ5O 3G6EL 3CCVO 1QVGK 1NJIM 1W2BK 1VQ4O 1VQ9O 1KC8M 1VQML 1VQMO 2YZSA 1YITL 1M90M 3CCQO 1YJ9L 3CCSO 3G71L 1VQNL 1VQ6L 2QEXO 3CC2L 1K8AP 1VQLL 1VQLO 5DS4A 3I56L 3CCRO 3I56O 3CXCN 1YIJL 2OTJO 1YIJO 1VQPL 3G4SL 3G4SO 2QA4O 1KC8P 1JJ2N 1YHQL 3GODA 5DQTA 3OW2N 3CMAO 1M90P 3CCEO 3CC4O 3CCVL 1VQ9L 1KQSK 1VQ4L 5FCLA 3NKDA 1QVFN 3CPWK 3CC7O 3CD6O 4WJ0A 3CCQL 3CCSL 2QEXL 1VQ8O 4W8KA 5DS6A 1Q81M 1Q7YM 3CCRL 3CCJO 2OTJL 3CCUO 1YJWO 2QA4L 1KD1M 1QVGN 1K9MM 1S72O 1VQOO 3CMAL 3CCLO 3I55O 3CCEL 3CC4L 4N06A
chains in the Genus database with same CATH topology
3CC7L 3CD6L 1Q81P 3CMEO 3CCMO 1YJNO 1Q7YP 1VQ8L 4XTKA 1KD1P 1YI2L 1K9MP 1YI2O 1K73M 3CCJL 1VQKO 3CXCK 2OTLO 3CCUL 1YJWL 1Q82P 1VQ7O 1KQSN 1S72L 1W2BN 3G6EO 1VQOL 1JJ2K 3CCLL 3I55L 3CPWN 3OW2K 1Q82M 1YITO 1N8RP 1YJ9O 1VQNO 3G71O 1VQ6O 3CMEL 3CCML 1YJNL 1QVFK 3CC2O 1M1KP 4QDLA 1K73P 1N8RM 4P6IC 5DLJA 1Q86P 1K8AM 1M1KM 5DQZA 1NJIP 1VQPO 1VQKL 5DS5A 2OTLL 1YHQO 1Q86M 1VQ7L 1VQ5L 1VQ5O 3G6EL 3CCVO 1QVGK 1NJIM 1W2BK 1VQ4O 1VQ9O 1KC8M 1VQML 1VQMO 2YZSA 1YITL 1M90M 3CCQO 1YJ9L 3CCSO 3G71L 1VQNL 1VQ6L 2QEXO 3CC2L 1K8AP 1VQLL 1VQLO 5DS4A 3I56L 3CCRO 3I56O 3CXCN 1YIJL 2OTJO 1YIJO 1VQPL 3G4SL 3G4SO 2QA4O 1KC8P 1JJ2N 1YHQL 3GODA 5DQTA 3OW2N 3CMAO 1M90P 3CCEO 3CC4O 3CCVL 1VQ9L 1KQSK 1VQ4L 5FCLA 3NKDA 1QVFN 3CPWK 3CC7O 3CD6O 4WJ0A 3CCQL 3CCSL 2QEXL 1VQ8O 4W8KA 5DS6A 1Q81M 1Q7YM 3CCRL 3CCJO 2OTJL 3CCUO 1YJWO 2QA4L 1KD1M 1QVGN 1K9MM 1S72O 1VQOO 3CMAL 3CCLO 3I55O 3CCEL 3CC4L 4N06A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC7 L;  3CD6 L;  1Q81 P;  3CME O;  3CCM O;  1YJN O;  1Q7Y P;  1VQ8 L;  1KD1 P;  1YI2 L;  1K9M P;  1YI2 O;  1K73 M;  3CCJ L;  1VQK O;  3CXC K;  2OTL O;  3CCU L;  1YJW L;  1Q82 P;  1VQ7 O;  1KQS N;  1S72 L;  1W2B N;  3G6E O;  1VQO L;  1JJ2 K;  3CCL L;  3I55 L;  3CPW N;  3OW2 K;  1Q82 M;  1YIT O;  1N8R P;  1YJ9 O;  1VQN O;  3G71 O;  1VQ6 O;  3CME L;  3CCM L;  1YJN L;  1QVF K;  3CC2 O;  1M1K P;  1K73 P;  1N8R M;  1Q86 P;  1K8A M;  1M1K M;  1NJI P;  1VQP O;  1VQK L;  2OTL L;  1YHQ O;  1Q86 M;  1VQ7 L;  1VQ5 L;  1VQ5 O;  3G6E L;  3CCV O;  1QVG K;  1NJI M;  1W2B K;  1VQ4 O;  1VQ9 O;  1KC8 M;  1VQM L;  1VQM O;  1YIT L;  1M90 M;  3CCQ O;  1YJ9 L;  3CCS O;  3G71 L;  1VQN L;  1VQ6 L;  2QEX O;  3CC2 L;  1K8A P;  1VQL L;  1VQL O;  3I56 L;  3CCR O;  3CXC N;  3I56 O;  1YIJ L;  2OTJ O;  1YIJ O;  1VQP L;  3G4S L;  3G4S O;  2QA4 O;  1KC8 P;  1JJ2 N;  1YHQ L;  3OW2 N;  3CMA O;  1M90 P;  3CCE O;  3CC4 O;  3CCV L;  1VQ9 L;  1KQS K;  1VQ4 L;  1QVF N;  3CPW K;  3CC7 O;  3CD6 O;  3CCQ L;  3CCS L;  2QEX L;  1VQ8 O;  1Q81 M;  1Q7Y M;  3CCR L;  3CCJ O;  2OTJ L;  3CCU O;  1YJW O;  2QA4 L;  1KD1 M;  1QVG N;  1K9M M;  1S72 O;  1VQO O;  3CMA L;  3CCL O;  3I55 O;  3CCE L;  3CC4 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC7 L;  3CD6 L;  1Q81 P;  3CME O;  3CCM O;  1YJN O;  1Q7Y P;  1VQ8 L;  4XTK A;  1KD1 P;  1YI2 L;  1K9M P;  1YI2 O;  1K73 M;  3CCJ L;  1VQK O;  3CXC K;  2OTL O;  3CCU L;  1YJW L;  1Q82 P;  1VQ7 O;  1KQS N;  1S72 L;  1W2B N;  3G6E O;  1VQO L;  1JJ2 K;  3CCL L;  3I55 L;  3CPW N;  3OW2 K;  1Q82 M;  1YIT O;  1N8R P;  1YJ9 O;  1VQN O;  3G71 O;  1VQ6 O;  3CME L;  3CCM L;  1YJN L;  1QVF K;  3CC2 O;  1M1K P;  4QDL A;  1K73 P;  1N8R M;  4P6I C;  5DLJ A;  1Q86 P;  1K8A M;  1M1K M;  5DQZ A;  1NJI P;  1VQP O;  1VQK L;  5DS5 A;  2OTL L;  1YHQ O;  1Q86 M;  1VQ7 L;  1VQ5 L;  1VQ5 O;  3G6E L;  3CCV O;  1QVG K;  1NJI M;  1W2B K;  1VQ4 O;  1VQ9 O;  1KC8 M;  1VQM L;  1VQM O;  2YZS A;  1YIT L;  1M90 M;  3CCQ O;  1YJ9 L;  3CCS O;  3G71 L;  1VQN L;  1VQ6 L;  2QEX O;  3CC2 L;  1K8A P;  1VQL L;  1VQL O;  5DS4 A;  3I56 L;  3CCR O;  3I56 O;  3CXC N;  1YIJ L;  2OTJ O;  1YIJ O;  1VQP L;  3G4S L;  3G4S O;  2QA4 O;  1KC8 P;  1JJ2 N;  1YHQ L;  3GOD A;  5DQT A;  3OW2 N;  3CMA O;  1M90 P;  3CCE O;  3CC4 O;  3CCV L;  1VQ9 L;  1KQS K;  1VQ4 L;  5FCL A;  3NKD A;  1QVF N;  3CPW K;  3CC7 O;  3CD6 O;  4WJ0 A;  3CCQ L;  3CCS L;  2QEX L;  1VQ8 O;  4W8K A;  5DS6 A;  1Q81 M;  1Q7Y M;  3CCR L;  3CCJ O;  2OTJ L;  3CCU O;  1YJW O;  2QA4 L;  1KD1 M;  1QVG N;  1K9M M;  1S72 O;  1VQO O;  3CMA L;  3CCL O;  3I55 O;  3CCE L;  3CC4 L;  4N06 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CC7 L;  3CD6 L;  1Q81 P;  3CME O;  3CCM O;  1YJN O;  1Q7Y P;  1VQ8 L;  4XTK A;  1KD1 P;  1YI2 L;  1K9M P;  1YI2 O;  1K73 M;  3CCJ L;  1VQK O;  3CXC K;  2OTL O;  3CCU L;  1YJW L;  1Q82 P;  1VQ7 O;  1KQS N;  1S72 L;  1W2B N;  3G6E O;  1VQO L;  1JJ2 K;  3CCL L;  3I55 L;  3CPW N;  3OW2 K;  1Q82 M;  1YIT O;  1N8R P;  1YJ9 O;  1VQN O;  3G71 O;  1VQ6 O;  3CME L;  3CCM L;  1YJN L;  1QVF K;  3CC2 O;  1M1K P;  4QDL A;  1K73 P;  1N8R M;  4P6I C;  5DLJ A;  1Q86 P;  1K8A M;  1M1K M;  5DQZ A;  1NJI P;  1VQP O;  1VQK L;  5DS5 A;  2OTL L;  1YHQ O;  1Q86 M;  1VQ7 L;  1VQ5 L;  1VQ5 O;  3G6E L;  3CCV O;  1QVG K;  1NJI M;  1W2B K;  1VQ4 O;  1VQ9 O;  1KC8 M;  1VQM L;  1VQM O;  2YZS A;  1YIT L;  1M90 M;  3CCQ O;  1YJ9 L;  3CCS O;  3G71 L;  1VQN L;  1VQ6 L;  2QEX O;  3CC2 L;  1K8A P;  1VQL L;  1VQL O;  5DS4 A;  3I56 L;  3CCR O;  3I56 O;  3CXC N;  1YIJ L;  2OTJ O;  1YIJ O;  1VQP L;  3G4S L;  3G4S O;  2QA4 O;  1KC8 P;  1JJ2 N;  1YHQ L;  3GOD A;  5DQT A;  3OW2 N;  3CMA O;  1M90 P;  3CCE O;  3CC4 O;  3CCV L;  1VQ9 L;  1KQS K;  1VQ4 L;  5FCL A;  3NKD A;  1QVF N;  3CPW K;  3CC7 O;  3CD6 O;  4WJ0 A;  3CCQ L;  3CCS L;  2QEX L;  1VQ8 O;  4W8K A;  5DS6 A;  1Q81 M;  1Q7Y M;  3CCR L;  3CCJ O;  2OTJ L;  3CCU O;  1YJW O;  2QA4 L;  1KD1 M;  1QVG N;  1K9M M;  1S72 O;  1VQO O;  3CMA L;  3CCL O;  3I55 O;  3CCE L;  3CC4 L;  4N06 A; 
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