1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
1S72N 5GADP 3CCEN 1KQSM 2OTJN 3CCQN 1YHQN 2ZJPL 4IOCL 3CCSN 4U67L 4IO9L 5MLCQ 5HL7L 3CCUN 1YITN 1Q82O 1VQ6N 3CCRN 1NJIO 1YI2N 5JVHL 3G71N 4WCEL 1VQ8N 1VQ5N 1YIJN 3I55N 3OW2M 1QVFM 1QVGM 1VQNN 1VQLN 5GAEP 5GAHP 3G4SN 3CC4N 1VQON 4IOAL 1VQKN 1M90O 3I56N 2OTLN 2QA4N 1KD1O 4WFNL 3CCLN 5DM6L 5GAGP 1VQ4N 5JVGL 4WFBL 1OVYA 1VQ7N 1ILYA 3CC2N 3CCJN 1W2BM 4WFAL 3CMAN 3J7ZO 1VQPN 1K73O 1JJ2M 4WF9L 1Q86O 1M1KO 3CMEN 1K8AO 1N8RO 1YJNN 1YJWN 3G6EN 1VQMN 3CPWM 1K9MO 3CD6N 1KC8O 1YJ9N 5DM7L 2QEXN 3CF5L 1VQ9N 3CXCM 3CC7N 3CCVN 4UY8O 3CCMN 3PIOL 3PIPL 2ZJQL 2ZJRL 1Q7YO 1Q81O 3DLLL 5H1SQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K0SA 3VQEA 1GLCG 4B9TA 4CK1A 5KQ8A 3V1RA 3RSEA 3VOVA 3CI5A 3V6DA 5JLHA 4LF4K 1KCFA 1YF5L 4ZHRA 1REVA 4KH6A 1TKZA 3LDOA 3D2EB 4JKDA 2HNYA 4F9OA 3AARA 3KKRA 4CZKA 3TSPA 4EAHD 4CJ5A 1NJIO 1IKWA 3HJFA 1KVBA 3DLBA 3RR8A 2CGLA 3O9SA 5KRSA 1SKRA 1VQ8N 2A3ZA 1LCUA 3R6MA 1CXUA 2YHBA 4CI6A 1YIJN 4J2DA 4M3UA 2OCEA 3ZSRA 1BI4B 1JCEA 3I55N 3D0PA 5JICA 4HWIA 4M7YA 4K8ZA 1S1WA 2GUIA 5TKYA 4CJUA 5DMRA 4JK8A 5J1EA 1J6ZA 1A5XA 4IZ9A 5LL6Z 1BO5O 4CHNA 4FWMA 1ATRA 4CHYA 3MN9A 5AQXA 3L2UA 2OTLN 4I9QA 2I5JA 1VSJA 4A2BA 4JI3K 4NXNK 1OH5A 4FW2A 3OYAA 1C0FA 4FOIA 4BC3A 2HHQA 3ZT2A 3RWUA 4FM0A 2DFHA 4GNIA 2OPRA 4WFAL 3MX2A 4DF4A 2QK9A 4CVNE 5AQGA 1EQYA 4DFJA 5AFUH 1HX1A 2A40A 1RDCA 3HM8A 4I2QA 3OYJA 3O80A 4BVOA 4CFAA 1HNIA 3TAMA 3QBWA 3QO9A 2Q3SA 4H4OA 3C95A 3IDHA 5ADXH 3HOSA 2FSNA 3SBGA 1NK5A 1P90A 3OBWA 1S3XA 4Q0BA 4DG1A 1C1AA 3DXKA 3LDQA 3CFOA 1WB9A 1X9SA 4KFBA 3UKUB 4L8RB 4M3RA 4NXMK 1BOTO 1RCHA 1X3MA 3SAHA 3A5MC 5T7BA 3WT0A 3J7AP 3B6PA 1EWQA 3GG4A 2D4WA 2QWRA 3ENHA 3VF4A 5FPEA 4BRKA 4RWTA 4X62K 1BI4A 1G15A 5B8HA 4JKGB 5AFUA 1Y64A 3TAGA 3DLEA 3DMJA 3R9PA 2O8EA 1GLEG 1VSMA 3A8YA 3C94A 1MWMA 3VEXA 3VQDA 4DTPA 4J2BA 5FPNA 4ID5A 2VG7A 1WOQA 3OYKA 4ISGA 1Q9XA 3CJ1A 3AVMA 3T19A 4JHDA 1BL3A 4CHPA 2CGKA 1NGAA 4YDUA 4FJ8A 5E26A 4AHCA 4ICLA 4Y0WA 1EWRA 4YNQA 2IVOA 4GV9A 1S9EA 1JL2A 2A42A 3KWIA 3TABA 2GTDA 4IOXA 2YV0X 3OS1A 4H03B 3EZ5A 1HRHA 3T69A 3CM5A 3KK7A 1VQ7N 4BRDA 1SAZA 3LDLA 4AF1A 3M1FA 4QS9A 1IBKK 4CF8A 4IEEA 3MEGA 2P9LA 4OGEA 3V81A 3BDPA 3THXA 2KFNA 2ASOA 3VN5A 3SUNA 1YJWN 1VSKA 3V1QA 5HRRA 4R5PA 1YT3A 3L0QA 3SNNA 4BC2A 3WXKA 1JLQA 2KZZA 3IRXA 3P83D 3THWA 2KW4A 2YJEA 4BE2A 4DLGA 1KTQA 2ZJRL 1GOAA 1NGEA 3ULEB 4BQZA 4DV4K 4GW6A 3FFKB 2UXCK 4CIFA 3LP0A 3MXMA 3D2FB 3UB5A 1SS6A 3KWGA 4FJ7A 4DV7K 2ZJPL 4BRMA 1CZBA 3HSCA 4CW7B 5HRPA 1HQUA 2XO7A 4E0DA 4AQYK 2CGJA 1C1BA 1RBTA 1YAGA 3VQ8A 4JKCA 2VQFK 4B1YB 2HF4A 1DT9A 2O8EB 3T7ZA 1WN7A 3G71N 3FZKA 5F2RA 4W5TA 4EZ9A 3O9RA 4BRNA 1NGCA 1BISA 4CJTA 2GBZA 3JSMA 4H0OA 5HLFA 4GMJB 3HVTA 1TKDA 1UAXA 4KRFA 1U4BA 4MO5A 4B1WB 2UXBK 2HSTA 4UQGA 3D45A 5AQYA 2FBYA 4MLHA 4DSFA 1ZXOA 2Z1IA 4DCHA 5AQVA 4JRPA 1D5AA 2IIRA 2NRRA 4JHDB 2O4IA 1VSLA 3SMSA 2RF2A 2FLOA 4RW9A 5AQSA 2F4VK 4H5TA 3ISNC 1ATSA 1KLNA 1XHZA 3LWMA 4FJJA 4IFYA 3ZSXA 3SQ0A 2F8TA 3CCLN 2A6AA 3CPEA 4DTJA 3H46O 4FLTA 3CJBA 3BP8A 4FWOA 4DTUA 1J9AA 3OJSA 5AQWA 4CBUA 3J7ZO 2F7TA 4B8CA 1NKEA 1Y97A 3FFIA 3U8XA 3L2WA 1I39A 5DK5A 4CF9A 3SAGA 3PSFA 2NRHA 2Y1IA 2W6LA 3P31A 2QWOA 3G6EN 3D2FA 3QEIA 4QCLA 4Z4CA 2V51B 4B8AB 4C1NK 1QZ5A 3U9DA 3W0LA 1ZBUA 1OH8A 2QI2A 1CXQA 3C0BA 2KQ2A 5KGXA 4Z4HA 1K8KB 1RBSA 3MAQA 5AQRA 2E2OA 5HRNA 1S9GA 3NF6A 1QE1A 3OVNA 3VGKA 3OS0A 2X74A 4RW8A 3HYFA 4BRAA 3ZX0A 4CJRA 2EHGA 1UA0A 1O13A 1DKGD 1XHXA 1FXXA 2KZMA 4FPAA 4IDHA 4BDYA 3U3GA 1VQ6N 3L2QA 3NAEA 3CJCA 5HRSA 2KLAA 4DTOA 2A41A 4FJHA 3VQ6A 4OPKA 5AQLA 3QNOA 4DV3K 3S3NA 1NGGA 4DTRA 4DR6K 3A5LC 4E1MA 4CEEA 1ATNA 3AVNA 3O1BA 2OANA 5GAHP 4GVMA 2ZF5O 3PX0A 2NRXA 2VWKA 2PYJA 1LV5A 3LP2A 3EKUA 4Z0UA 4CJ3A 3N4PA 1RDAA 4AILC 1ASUA 2HHUA 5I42A 4M3TA 4A5BA 2KFZA 2O8DA 2RPIA 3P4IA 3M5RA 3AA5X 4LY7A 3TTDA 2Z1JA 3DXMB 5GAGP 4C8MA 4WFBL 4HCCA 2F9TA 2HBMA 3O3HA 2UU9K 2XRIA 1ZBHA 3C7NB 1VSDA 2IOCA 3F5TA 1FKOA 5KGWA 4X64K 5CHIA 1HUXA 4H0YB 4JKAA 4PWDA 4JI0K 5BR8K 4K25A 1TKXA 4FLXA 1Q8IA 1C1CA 3O6WA 4KB0A 1YJNN 3K9JA 3R8EA 1A5WA 1K9MO 2A5XA 4B08A 3SJHA 1KC8O 2HF3A 4R79A 4BE1A 4YOTA 1QTMA 1P8ZA 4FLUA 2YNIA 4FLWA 2O8CA 3UIQA 3FZLA 1RT2A 1T6CA 2E1ZA 4ID1A 4JKEA 1JXBA 1IKVA 4BRFA 4BDZA 2W40A 2G8UA 2PYLA 1IJJA 4WQ5C 5GINA 3E01A 4FLVA 3V9WA 5ADXA 3GDQA 3MEDA 2OTJN 3DLRA 2YCHA 1TL1A 3MWTA 3ENOA 1EO1A 1KAXA 5FROA 3CCSN 1RDUA 3NMUA 3THYA 3VTIA 1NK6A 3AY9A 4WYBA 2H3GX 3VESA 3LDPA 4RW4A 3V1OA 4ILHA 4CECA 4XIUA 4M3WA 4IXCA 4KHQA 1N32K 4YOYA 2P9NA 4AHRA 2ITMA 3TAEA 1LOTB 5GIOA 2G8WA 3A5NC 5CE3A 3M8RA 4DS4A 3M8QA 3A2FA 4M45A 2PZSA 3ZETA 4KI4A 1WUAA 3ZCMA 3SUQA 4KO0A 4N41A 2W41A 3HRGA 1U2VA 4CZHA 3BF1A 3K57A 4CZJA 4PKHA 1T03A 4H4MA 3PLAA 3LM9A 4HUEA 2V7YA 4IKFA 3PO5A 4BR4A 4BGBA 4FJ9A 1NMNA 1S5JA 2GELA 1NKCA 3AVGA 4CGIA 4FK2A 2JGUA 3NCIA 4CFCA 4FSVA 4DV6K 1XWLA 4W5OA 4FJLA 1T6DA 5EVZA 3KLFA 1VSIA 3E9PA 4BR0A 4BRPA 3QESA 1RILA 2HNZA 4ISFA 5CY4A 4CK3A 4M3ZA 3LP1A 1XMOK 3ZX3A 4JI2K 2E88A 4YOXA 1NGHA 4C8NA 4CE9A 3J81O 4O55A 3QDKA 2VGNA 4CEQA 2HBJA 3J80O 2GWKA 2FBXA 3MXJA 2PBDA 3DRRA 2HHSA 1MA9B 2P9NB 3CQYA 1R59O 1C6VA 4AHTA 3V9XA 3GL1A 4CJFA 3IKMA 2GUPA 4DKWA 3O4NA 2YNGA 1NK7A 3QLHA 4JKGA 4DU1A 4CZEA 4YFUA 2X6NA 4LC9B 3L2VA 3BUZB 5KRTA 4W5QA 4GV6A 4IO9L 3QEXA 1HJRA 3VQAA 3FZMA 2QKKA 1NMDA 3KZBA 4M3YA 3VGLA 2YNFA 1W97L 2WC9A 4NYFA 1R0AA 3SUPA 4FYDA 4CD3A 3WXMB 1OH7A 4KHSA 3HO1A 3VQQA 2UUCK 1W9HA 3NH0A 1NJYA 5BN8A 3RRHA 4M41A 2F96A 5AQJA 4LFCK 1T3VA 1W0HA 1U47A 5TKWA 3ALYA 5KTQA 4CJEA 4KI6A 4GKJK 5I9EB 1Q18A 3U3YA 2D0OA 3NH2A 4BWJA 1KAZA 5HROA 4NCAA 2Q2RA 2B6AA 4B9VA 1UA1A 2P9SB 4FXDA 4CJQA 3Q7CA 5BPLA 1RT7A 3TSQA 2FBVA 4JNEA 2O8BA 4FM1A 2QXLA 1IO2A 2YHXA 2HMIA 2Y1JA 3AVLA 4DWIA 1QQOA 1KLMA 3EKSA 4FWSA 1T05A 3MXIA 3AV9A 1WSEA 4FPBA 2E2PA 4EZ6A 3H45C 3NDKA 1G99A 2NRTA 5JS2A 2NRZA 3KK3A 1N34K 3WNFA 2HNDA 4I9LA 1RTDA 1IBLK 1DEJA 1K73O 4L3QA 5AQPA 4KHPK 3O1WA 3HVRA 2P51A 5F1XA 3OYDA 3ZX2A 1QQNA 4RW6A 4DQPA 3R3LA 3RMBA 4RCHA 4DQQA 2B4JA 3ZSQA 5CR4A 3CD6N 4J2AA 2NUBA 4N47A 3ITHA 4G1QA 3R1XA 3DLGA 3FZHA 3SQ1A 1NBWA 4CJPA 3RRGA 3AO3A 3ZT1A 1GLDG 4M7XA 2P9KB 3TSUA 3TR8A 1MDUB 4BGAA 4E7HA 3OYMA 1XQSC 4IBNA 4E19A 3DXMA 3O9UA 4XH4A 4FZZA 1YITN 2W42A 3CFRA 4JI5K 5D3GA 1SUQA 4CF1A 1MU2A 3VA3A 4Z4IA 1U04A 1WSHA 4NO7A 4O8UA 1ESVA 4CJ4A 1GLLO 3SK3A 1NJXA 2FSKA 5M1NA 3ZLJA 4IFEA 4I7FA 1VQ5N 4JS4A 4CZGA 2IAJA 3KK2A 1S1XA 3QERA 1RTIA 4JKBA 1JLAA 4FLYA 4FZYA 3WNGA 3OHRA 4K43A 3VGMA 2P9UB 3K59A 1JLGA 4E3SA 4PHTX 3QNNA 4K8XA 2VG5A 3ZEUA 1GOCA 3VQ5A 4K41A 4FK0A 5C2FA 2OPQA 3OBYA 4CIEA 2BDPA 1BU6O 2IC3A 2OPSA 4ZTJA 4FZXC 3SBTA 5E84A 3KK1A 3J7YP 3AVAA 1BIUA 1YUWA 1KVAA 3HPHA 5M1PA 3ASMA 4BRQA 2P9KA 3AVJA 3ZT3A 1RT3A 4FWLA 4B9QA 3LDNA 3HL8A 4XH5A 1BWFO 3A5OC 4OPJA 3U9ZA 3VQ9A 4QOZB 4FL9A 4JN4A 3LPUA 3CCVN 4QAGA 3PIPL 1IKYA 3KKSA 1N33K 2ZJQL 2HW3A 3FLCO 4N56A 4JKHA 2CH6A 5A2QO 4DQ8A 2FBTA 4LSLA 4BR9A 3NHGA 3AVKA 2J4RA 4IOCL 4DR4K 4GKKK 2QWMA 3MECA 4H0TB 4DSLA 3JXUA 5E41A 5EXWA 3OYNA 4BR2A 2VWJA 3MX5A 4LSNA 1JLEA 2P9LB 4DR5K 1VSHA 3M3ZA 2D0AA 3HP6A 3CJ7A 3PX4A 3PO4A 3QETA 5SWMA 2JWKA 1RTJA 4DR7K 2O8BB 3KD1E 4YY3K 1XMQK 3VF2A 1HPMA 3M8PA 1SKSA 1WAJA 1UWBA 3UKRB 3CERA 4CF0A 1JLBA 1NJWA 1Z05A 4FWQA 4DUYK 3D7EO 5BPNA 4DQSA 3P1GA 4CEOA 4IDKA 1RT6A 4FJGA 4CERA 1EXQA 3SYZA 1Q9YA 2VQEK 4DV1K 5FRNA 1CLQA 1KFSA 2VWBA 1BG3A 4DSIA 4IG3A 2F9WA 4KV8A 3OYGA 4FCYA 3NH1A 3VA0A 1XNQK 4Q5VA 1U49A 4Z4EA 2DFEA 3VF6A 1ILYA 3LM2A 4NLCA 4OVLA 3EE9A 4H5VA 1TVRA 3NF7A 4BACA 4LD0A 2QWQA 5J2MA 1RT4A 1L3VA 3AVHA 4OJRA 3QMLA 3SLCA 3VEOA 3EYZA 4E7JA 1VRTA 4JD2A 4FJ5A 4QS8A 1ZBSA 4CFDA 5J2PA 5CZ1A 2BUPA 3CHWA 4DQRA 4HTLA 4W5NA 1KSPA 3OYFA 3K58A 3CFPA 1BQNA 1IG9A 1S6QA 3QEWA 2BANA 2WONA 4PKGA 1S1UA 4FWPA 2YKMA 1J5EK 4GV3A 2G8IA 2GV9A 1E4GT 3P38A 3G0ZA 2ZD1A 4PKIA 4FOEA 1WBDA 4DTSA 5KI6A 2FF6A 1GLJO 4EFHA 3SCXA 3AVIA 5MLCQ 5J2NA 2QKBA 3WXIA 4B1XB 4B3OA 4CGFA 3WQTA 5EU7A 4KAZA 4JI7K 3T1HK 3K5LA 2E6MA 3UKUA 1C0GA 3DOLA 1YI2N 1DLOA 4B9SA 1HYZA 1NOZA 1RT1A 4K0KK 3SPYA 4O5FA 4KHWA 3EN9A 2ZGYA 3RMCA 4N76A 4BE0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1S72 N;  5GAD P;  3CCE N;  1KQS M;  2OTJ N;  3CCQ N;  1YHQ N;  2ZJP L;  4IOC L;  3CCS N;  4U67 L;  4IO9 L;  5MLC Q;  5HL7 L;  3CCU N;  1YIT N;  1Q82 O;  1VQ6 N;  3CCR N;  1NJI O;  1YI2 N;  5JVH L;  3G71 N;  4WCE L;  1VQ8 N;  1VQ5 N;  1YIJ N;  3I55 N;  3OW2 M;  1QVF M;  1QVG M;  1VQN N;  1VQL N;  5GAE P;  5GAH P;  3G4S N;  3CC4 N;  1VQO N;  4IOA L;  1VQK N;  1M90 O;  3I56 N;  2OTL N;  2QA4 N;  1KD1 O;  4WFN L;  3CCL N;  5DM6 L;  5GAG P;  1VQ4 N;  5JVG L;  4WFB L;  1OVY A;  1VQ7 N;  1ILY A;  3CC2 N;  3CCJ N;  1W2B M;  4WFA L;  3CMA N;  3J7Z O;  1VQP N;  1K73 O;  1JJ2 M;  4WF9 L;  1Q86 O;  1M1K O;  3CME N;  1K8A O;  1N8R O;  1YJN N;  1YJW N;  3G6E N;  1VQM N;  3CPW M;  1K9M O;  3CD6 N;  1KC8 O;  1YJ9 N;  5DM7 L;  2QEX N;  3CF5 L;  1VQ9 N;  3CXC M;  3CC7 N;  3CCV N;  4UY8 O;  3CCM N;  3PIO L;  3PIP L;  2ZJQ L;  2ZJR L;  1Q7Y O;  1Q81 O;  3DLL L;  5H1S Q; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K0S A;  3VQE A;  1GLC G;  4B9T A;  4CK1 A;  5KQ8 A;  3V1R A;  3RSE A;  3VOV A;  3CI5 A;  3V6D A;  5JLH A;  4LF4 K;  1KCF A;  1YF5 L;  4ZHR A;  1REV A;  4KH6 A;  1TKZ A;  3LDO A;  3D2E B;  4JKD A;  2HNY A;  4F9O A;  3AAR A;  3KKR A;  4CZK A;  3TSP A;  4EAH D;  4CJ5 A;  1NJI O;  1IKW A;  3HJF A;  1KVB A;  3DLB A;  3RR8 A;  2CGL A;  3O9S A;  5KRS A;  1SKR A;  1VQ8 N;  2A3Z A;  1LCU A;  3R6M A;  1CXU A;  2YHB A;  4CI6 A;  1YIJ N;  4J2D A;  4M3U A;  2OCE A;  3ZSR A;  1BI4 B;  1JCE A;  3I55 N;  3D0P A;  5JIC A;  4HWI A;  4M7Y A;  4K8Z A;  1S1W A;  2GUI A;  5TKY A;  4CJU A;  5DMR A;  4JK8 A;  5J1E A;  1J6Z A;  1A5X A;  4IZ9 A;  5LL6 Z;  1BO5 O;  4CHN A;  4FWM A;  1ATR A;  4CHY A;  3MN9 A;  5AQX A;  3L2U A;  2OTL N;  4I9Q A;  2I5J A;  1VSJ A;  4A2B A;  4JI3 K;  4NXN K;  1OH5 A;  4FW2 A;  3OYA A;  1C0F A;  4FOI A;  4BC3 A;  2HHQ A;  3ZT2 A;  3RWU A;  4FM0 A;  2DFH A;  4GNI A;  2OPR A;  4WFA L;  3MX2 A;  4DF4 A;  2QK9 A;  4CVN E;  5AQG A;  1EQY A;  4DFJ A;  5AFU H;  1HX1 A;  2A40 A;  1RDC A;  3HM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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