1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
1YJNN 1VQ9N 1NJIO 1VQ4N 1VQPN 3CMAN 1VQLN 3CC7N 1OVYA 4IOCL 5GAEP 1YIJN 3J7ZO 4UY8O 5JVHL 4WF9L 4WFAL 5H1SQ 3CMEN 1VQNN 5HL7L 1JJ2M 1VQ5N 1KQSM 2ZJQL 1YI2N 3G71N 1M90O 1VQ7N 1VQ6N 5JVGL 3CCLN 3CCEN 1N8RO 1QVGM 4IO9L 3CC4N 5GAGP 1W2BM 4IOAL 5DM6L 4WFBL 1KC8O 1YJWN 4WCEL 5MLCQ 3CCVN 1KD1O 2ZJRL 1ILYA 1K8AO 3CF5L 1S72N 3G4SN 1Q7YO 1M1KO 4U67L 1YITN 3CXCM 3CCUN 2QA4N 1VQMN 2OTLN 3CPWM 3OW2M 3PIPL 1YHQN 5GADP 2QEXN 1Q86O 3DLLL 2ZJPL 5DM7L 5GAHP 3PIOL 3I56N 3G6EN 3CCQN 1QVFM 3CCSN 3CCRN 1K73O 4WFNL 3CCMN 1VQ8N 1Q82O 1Q81O 1K9MO 1VQKN 3I55N 1YJ9N 3CCJN 3CC2N 2OTJN 1VQON 3CD6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AO2A 4DU4A 2HW3A 5TKWA 5KI6A 2QWMA 3HM9A 1VQ4N 1VRTA 4CESA 3DOKA 3WXIA 3KIOA 4CEOA 1MA9B 3VEYA 3ZT0A 4ELTA 3TAGA 4FLVA 4LSNA 1HX1A 5F2RA 2D0CA 3THXB 4NYFA 2E2NA 3N4PA 4DV6K 4E0DA 5JLFA 1YI2N 3K5LA 1HJOA 1KCFA 3RRHA 3KKRA 4E19A 3CCLN 4KHQA 1WSGA 4F9OA 3MN9A 2P9LB 4BG9A 5EVZA 3AVMA 4FWMA 1SKWA 1NK8A 4OPHA 2P9IA 3OJSA 4CEBA 4BVOA 3E9OA 3NH1A 3P31A 4M3RA 3TU5A 1MWMA 3AY9A 1NWKA 2PBDA 1R59O 3V9ZA 2WBNA 4CZMA 3FZLA 4GV6A 5MLCQ 2UXBK 5M1KA 3U4LA 2WTUA 3CF5L 4ID5A 1QZ6A 4YDUC 4BC5A 3ZSRA 4PKIA 4BDPA 4H8KA 3KLEA 3EZWA 3CXCM 3HSTB 1BG3A 1ZXOA 3G25A 4I6MA 3I0RA 4GKJK 4EAHD 2FBVA 4JI6K 5AR0A 1J5OA 5GADP 3NF9A 1VSEA 4OPAA 3MXJA 1EWRA 4PHTX 1BWFO 3VEVA 2QTDA 3B6OA 2DFHA 5AJ3K 3M1FA 2GV9A 1H1VA 2VCPA 3CCSN 2GBZA 4CHZA 3NMUA 2UXCK 4IXCA 4CJKA 4HCBA 4N5SA 4M3YA 3KZBA 1Q82O 5AQXA 2ATQA 3KK2A 4GW6A 3NVMA 3KD5E 5KGWA 3CETA 1Q9XA 3O4QA 1YJNN 1OH7A 3TTFA 2YHBA 1GLAG 4CJ4A 3WNHA 3AVAA 3HJFA 2NRZA 3FLCO 3D0PA 1SZ2A 3WNEA 3RMBA 3OA9A 3KJVA 3THYB 3AAPA 5KRSA 3T1AA 2KFNA 1WUAA 5HRSA 3HPOA 4UY8O 1CLQA 4AH9A 4WE1A 1HYSA 4H4MA 4JKGB 1VQ5N 2FBXA 3G71N 3R9PA 4HTLA 3QESA 4FVUA 3U9DA 2P9UA 2EX3A 2WOMA 3O6WA 4LF8K 3IG1A 3T3FA 3M3ZA 4DSIA 1LV5A 4F3OA 4DLEA 3NAEA 1UOCA 4XH5A 4C8OA 4NCAA 3AVLA 3C7NB 3VGKA 4DU1A 1RDUA 3CCVN 5C2DA 4Y1CA 2HNZA 4CECA 1SUQA 1QQOA 3HO1A 3EY1A 4BGAA 3CJ7A 1JLAA 4CF1A 3OYAA 2XY6A 3D6RA 2QWQA 1K8KB 4BQZA 4KHWA 4DR2K 3QERA 2B5JA 3SYZA 3HP9A 1XUPO 3PIPL 4EP5A 2P9SA 3ZT2A 3MECA 4V19S 4JRPA 3C6AA 3SAHA 1YAGA 2QEXN 3AVBA 1KLNA 3PLAA 3LDLA 4H0YB 4L3QA 3IS9A 3VMFB 1JLBA 2P9KB 2NUBA 3C94A 2ASOA 3MN7A 3E9LA 5CZ2A 1X9SA 5AZIB 4YY3K 1HR0K 1K73O 2HF3A 4IBNA 1RDCA 3HBTA 3UKUB 4E7KA 5AQHA 4CBWA 1NLVA 2G8HA 4G9ZA 4BRLA 3K58A 1ZBUA 4A5AA 3SPZA 4RW9A 2QXFA 4CJFA 3UKRB 1X3NA 4OO1J 5CYQA 4JI1K 3MMVA 1GLDG 3TARA 4FLTA 4KFBA 4I7FA 3KK1A 4DLGA 1O1WA 2HHWA 1G99A 2DPNA 4R5PA 1I94K 2E6LA 1LOTB 1X9WA 4ILGB 3CMAN 5JS2A 5BRDA 3CC7N 4I2PA 3AA4A 3SBGA 4FJLA 1YIJN 3VF4A 3AO5A 2DTUA 1L5UA 2XO7A 4B3MK 3VEXA 5AQNA 4J2EA 5KGXA 1IBMK 4Z4CA 3CHWA 1VQ7N 4CERA 3OY9A 2H3GX 4H0OA 3G0ZA 1ASVA 1LW2A 2ASPA 4W5TA 2GWJA 3SMPA 1ATSA 3IMXA 4GV3A 3LP3A 1QSLA 4O55A 4LF7K 3MXMA 4BRKA 1QE1A 2IDOA 3O5BA 5AZJB 1S1VA 5AQPA 3V6DA 1KC8O 4B1XB 2YCHA 3LAKA 4LH5A 4BR4A 1RBTA 4CEZA 3NH2A 1YJWN 4J2DA 1KXPA 4CHQA 4Q5VA 3PSFA 1KVCA 2V7YA 4IJAA 1S72N 3AV9A 3SQ2A 2JWLA 4EHTA 1DEJA 2RE2A 1U47A 3HM8A 4H5RA 4YOUA 2X6NA 3SAFA 1Q8IA 4IDKA 4OKKA 3CJ1A 4JK8A 3DLBA 4CZIA 4DTJA 3QFUA 1YF5L 4FWSA 3DJCA 4BR5A 4OKEA 4CEAA 3OW2M 4M3UA 3E9PA 4KHNA 1I3AA 5ADXA 3ZCMA 3ATVA 3H08A 2Z1JA 3GE1A 4MFBA 2P9PA 3CJCA 2QI2A 2FLOA 3QEVA 3DLRA 3Q7CA 1VSFA 3O4WA 3ZSWA 2VGMA 5GAHP 3EL2A 3RMDA 1BCOA 3NDKA 4E7HA 3HPHA 4DV2K 1Q18A 4M3XA 4HUFA 3VQPA 3THYA 4DHYA 5FRMA 2D4WA 2NRVA 4B9UA 3SUOA 4IFVA 3OYKA 2W41A 5AQMA 1NGJA 5KPTA 1NOYA 2EWSA 3DLGA 1T44A 3U9ZA 3CCJN 4JS5A 1T3VA 4PA1A 1NG9A 3QO9A 2A1RA 2CGLA 3ZSOA 1VSJA 3BEXA 3CQYA 4DV1K 4DQ8A 4GNIA 4DTRA 2QWRA 3MXIA 3LP1A 4RTFD 1DTQA 5AQJA 4CJUA 4WF9L 5JVHL 4CJSA 1RT3A 4B3SK 1L3UA 1CZBA 4M3ZA 4H5TA 1HKBA 3C7NA 3SJHA 4CGGA 4FJGA 3BF3A 4KHYA 2QXLA 1C0UA 4BE1A 1LAWA 2OPRA 2B4JA 4BE0A 2D0PA 4FJ8A 4LF5K 2VG6A 2W6LA 5C15A 4Z4FA 3O8MA 1A5WA 4A59A 3L2WA 4KAZA 1KAZA 3CQXA 4WQ5A 1NKEA 2F9WA 3DLEA 3HYFA 4LFAK 2VG5A 3OYBA 2VQFK 3E01A 2HSTA 3TSUA 3THWB 3ZSXA 1OH5A 4CW7B 2ZF5O 1HYVA 1ILYA 1BHLA 3D2EB 1XI1A 1N33K 5CE3A 2IVNA 2WUSA 2FBYA 3OVNA 4F2RA 4CGFA 5CHIA 3SV3A 3FZFA 2VWKA 5KQDA 3O3HA 4CJ5A 4WYBA 4NO7A 4A2AA 3QIOA 2P9NA 3UKUA 4BG8A 1S1XA 4DCHA 4YDUA 2YHAA 4IEEA 5C24A 3L3UA 4ZHRA 1NJXA 5HLFA 2E1ZA 1SKSA 2LSNA 2F96A 4FW1A 2BGGA 4EZ6A 1S3XA 4YNQA 5HOOA 3EKUA 5E26A 2OPSA 3LDNA 1EO1A 2P9IB 1F21A 2HVHA 4B1WB 4HWIA 1KLMA 4GVEA 5I9EB 1GLEG 1LW0A 3QDKA 3VQCA 3IFRA 3A5MC 3DRRA 2ZGZA 3ASMA 5BRHA 4XH1A 4Z4IA 1WAFA 3IKMA 3WNFA 3SAGA 1RTJA 3JSMA 3WEEA 4K25A 1IKYA 4MQ3A 4I6MB 3KK3A 2V52B 4JD2B 5ELZA 4N76A 1NK4A 3RR8A 3C6UA 4FWRA 3IUCA 4WFAL 4CZEA 3BZCA 3VF2A 2PZSA 4LC9B 1GLBG 1RDWX 1M90O 4QS9A 4GKKK 3ZYYX 4KH5A 5C12A 1RBUA 4ELUA 1RTIA 1VSHA 3NF6A 2XY7A 3O80A 4CEQA 4IO9L 4FLUA 5HRNA 2OPQA 3AA2A 4FPAA 3EKSA 4B9SA 3U6FA 2VG7A 3OBYA 3O3FA 4DQQA 2YNIA 1ZBSA 4AM7A 3MEEA 1YITN 2IC3A 2DFFA 3H1QA 4MO5A 3F2KA 2RF2A 3OYNA 3SZ2A 4WQ4A 3GL1A 2CH6A 5C0YA 1L3SA 2W40A 3LZJA 3VQ7A 3RTVA 3AO1A 5HRRA 1HJRA 1C0MA 3FZKA 3O9QA 3L2VA 4YOTA 1VK0A 2GTDA 4YFUA 4NCBA 3VQ5A 5M1PA 2P9UB 4CBUA 4DR7K 4AHVA 1MU2A 3AGKA 3DXKA 3V81A 4CHPA 2QWNA 4DQRA 3LP0A 1KVAA 3ZEUB 1K9MO 4X64K 1NGFA 2YHYA 3R3LA 4IFEA 4JI8K 4JS4A 4ILJA 2A41A 2E4LA 2Q36A 2PYJA 5M1QA 4CFAA 1NJYA 3DMJA 3RSEA 5AQYA 4IOCL 1R0AA 2QW9A 1QQCA 1T6CA 2YHXA 4JKEA 3K0SA 1VQPN 4IKFA 3C95A 1QTMA 2HBLA 1Z25A 3PX6A 4DTNA 3C6TA 2P9SB 3SLCA 3VQBA 5BREA 4K43A 2VWBA 2Q0UA 4ISGA 1MDUB 3J7YP 5AFUH 3HP6A 5HL7L 4JK7A 1SKRA 1NGIA 2WONA 4PL7A 1RT6A 1VQ6N 2KHOA 1ZBIA 3D2EA 4CD1A 3DI6A 4CFBA 1WLJA 4EFHA 3U8XA 4DV5K 3V4IA 3VA3A 5GAGP 3VA0A 2P1JA 4BC4A 3EE9A 2B6AA 1KRPA 3T7ZA 4B9MA 2Q1NA 4DV7K 3AVJA 3V9WA 3VQAA 2UUBK 4WQ5C 4QCLA 2O4IA 5JS1A 4AQYK 3E1YA 3IAYA 1JLQA 4ISFA 3H3NO 1A5XA 5AQIA 1U48A 3QICA 1RBRA 2G8UA 3SJJA 3C0BA 4NB4A 1HUXA 4A61A 2NRHA 4JEPA 2ITMA 3UIQA 3P38A 1NU0A 3P5JA 3ID6A 5GIOA 5E41A 4B9TA 3MCPA 2ZJPL 3OYJA 1S6PA 5BN8A 3F73A 2W6KA 3FE1A 3CCQN 4JI7K 3CCMN 3NH0A 4JYAK 1XNQK 4JD2A 4JI3K 4BRQA 1WBDA 2YNGA 3EO3A 2HBKA 1ZBHA 4JKFA 2JWKA 3MK6A 5D3GA 5J1EA 1SS6A 1KFDA 3CC2N 2CGJA 1B9FA 5AQWA 5BPNA 4KREA 3ITHA 4KH6A 4CHOA 3FFIA 5LL6Z 1NGBA 2BUPA 3SUQA 1HRHA 1TAQA 4Z4EA 4W5RA 4DTPA 1RT7A 3QIPA 3FR0A 4CK2A 5FPMA 3AVKA 1S9EA 3NF8A 4HTUA 2YI1A 2BANA 1LAVA 2IS3A 1TYQA 2QWLA 2XRIA 3WNGA 4CEFA 4NCGA 4E7IA 2E88A 2P9PB 3ZETA 1KQSM 1W0HA 5AQTA 1D4XA 4C8MA 3NE6A 4FYDA 5JVGL 1HMVA 1TUYA 1WAJA 3RR7A 1ATNA 4DSLA 4B9LA 2HHVA 2NRXA 3K9KA 3A5NC 3TPQA 3CC4N 4M42A 3MN6A 1IJJA 1WNSA 1NGAA 1GOCA 4CF8A 3OYFA 1V4SA 1EX4A 3CQ8A 2CGKA 4CIGA 3D45A 4LSLA 4Z4GA 2ZD1A 2KTQA 5AQRA 2OANA 5EXWA 4K8XA 3JAMO 4L8RB 4JKAA 1WSJA 2XY8A 1TK8A 2ZQBA 2QA4N 3M6GA 1NOZA 4O8UA 4BC3A 4CHNA 3KWIA 3PX0A 4BY9C 1RT4A 3I8DA 1NM1A 3A5OC 4B8AB 3V9UA 3ZEUA 2FSJA 4WQ4C 1EKEA 3DLKA 4KB0A 2FXUA 5DM7L 4FK4A 4B1UB 3TTDA 3VQDA 4CFCA 1BQNA 4PKGA 3KTQA 4FPBA 5F0XA 3CERA 5JMVA 4CGHA 3AO3A 4WFNL 3SUNA 4H0TB 4FJ9A 1S5JA 4KI4A 2QWPA 4JHDB 4A5BA 4G1QA 3L6QA 3VPZA 2GUPA 4H5VA 4CFDA 4N41A 1J53A 1HNIA 2RN2A 4YHHK 1RT1A 2F7TA 2BH1A 3W3DA 4CD3A 2G8VA 4H0PA 4F8RA 1RDAA 3SV4A 4CZLA 4AHRA 2HHHK 3OYCA 1X1PA 1ESVA 4JKBA 2WC9A 2E2PA 4ICLA 5HP1A 3HL8A 4FSVA 1ASUA 5AQGA 3QBWA 3I8BA 3F5TA 5AQQA 2P9NB 4DSKA 3VQQA 1WOQA 4FWOA 3BGRA 4CIEA 3FZMA 1N8RO 4YORA 1WN7A 1ATRA 1BDGA 4FM0A 3T1HK 2UU9K 4IDHA 2VQEK 4QAGA 1T6DA 4YOWA 3OYDA 3KVGA 4DKWA 4CF2A 1JXBA 4ZTFA 1HNXK 3KHYA 3AA3A 2XHBA 3WT0A 3KLHA 3QEPA 1IG9A 4K8ZA 4CK1A 3K5NA 1K8AO 4FOEA 4JLHA 1I39A 5HRPA 4KBOA 4FWKA 1CZ9A 3WEEB 4F2SA 4DSFA 4OJRA 2PFUA 4CZKA 5IT9O 4DWIA 3QMLA 5BR9A 1BI4A 4O4GA 1DGKN 2A40A 4OGEA 1QQNA 3NGZA 2WFBA 1ITGA 2KW4A 5LJWA 4KB1A 1OH6A 2E5LK 3WXMB 1BISA 4CHYA 3DYAA 1T8EA 3FGUA 5EU7A 4W5OA 2VWJA 1X9JA 1ZBLA 4B1YB 3MDQA 4IEIA 1U2VA 3M8QA 3SQ4A 1JXEA 4C8NA 4CJTA 3ISNC 4GVMA 3B8AX 4CIFA 1RILA 3AARA 2GUIA 2O8DA 3M8SA 3R8EA 3AGRA 3LDOA 4H5WA 1VSIA 2GX9A 3AVFA 4FM2A 4FZYA 2D0BA 4JNEA 2X6SA 4FLWA 4A2BA 1VQLN 4BRNA 2F9TA 4EHUA 4JKDA 1WBBA 1XHXA 5GAEP 1QS4A 3VN5A 2O4GA 4DFJA 2O8BA 3LM2A 3L3VA 4FJHA 4O44A 1VQNN 3AO4A 1VHXA 1LWEA 4HCCA 4CJWA 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4JAXA 2E20A 5FPEA 3TAPA 3NGIA 3TI0A 3PO4A 5AQFA 1EQYA 1JKHA 3HRGA 3D2FA 1NK6A 4FXDA 3OYGA 1JLGA 3G4SN 3BY5A 4Z0UA 4NYNA 2Q2RA 2PY5A 1C0FA 4CJEA 3PV8A 5BR8K 1RT2A 1VRUA 4BQLA 5GIPA 4KRFA 1X9MA 4M63C 4BACA 2Q97A 1KAXA 1TGOA 1J6ZA 3FZHA 4RWTA 1OKJA 1TYQB 1TAUA 4IZ9A 3DLLL 1S1WA 3ZETB 5AQUA 3ZSZA 3WXLA 3D7EO 4CCHA 4FZZA 2ZE2A 3BZKA 4M7YA 5DK5A 3MWPA 4B9VA 4RW6A 4M41A 5KPZA 3GDQA 4DTMA 2P5GA 2HHSA 3LZIA 2UUCK 4BR7A 4LF6K 4ZTJA 3ZT4A 5M1OA 4DSJA 4BRFA 1YT3A 4CK3A 1JCEA 1NK5A 1B92A 1IKVA 3A2FA 5FPDA 3O1WA 4JV5K 3TAEA 3K57A 2YKMA 4BRHA 2I7PA 1NGDA 4O8KA 4RW7A 4DS5A 1ZYQA 4IO8A 1U4BA 3OS1A 3RMCA 3O9SA 2OZMA 4DV3K 3V9XA 2FF3B 2ITGA 3LPTA 4KHUA 3P39A 4JN4A 4FJ5A 1NGHA 4C1NK 3J7ZO 2HHXA 1GOAA 3MCAB 1J5EK 2ZJQL 4FLYA 3IRXA 4DTSA 1RBVA 2OA8A 1ASWA 5M1NA 2NRRA 5EX5A 3TABA 4E1JA 3I0SA 4FJMA 1U6ZA 2HNDA 2HMIA 3O9TA 3VQ9A 4BRCA 3WUHA 4H5NA 1WB9A 3QB0A 4XEIA 3VENA 2PYLA 3MEDA 4FJJA 5J2PA 1X3MA 4RW8A 3QNOA 4PY5A 2IVOA 1C0GA 4ID1A 1EP4A 3DXMB 4I9QA 3CCUN 2YNFA 3RVCA 4PKHA 3VEWA 2D1KA 2X78A 5GINA 4DV4K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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