1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
3CD6N 3CC7N 5DM7L 3CMEN 1Q81O 1VQ9N 1VQPN 4WFAL 5HL7L 5DM6L 2QA4N 3CC4N 1YJ9N 1Q82O 1YJNN 3CC2N 3I56N 1KC8O 1VQMN 3CF5L 1YITN 1ILYA 3CCQN 4IO9L 4U67L 4WCEL 5JVHL 3PIOL 1VQON 1QVFM 1N8RO 1K8AO 4UY8O 1K9MO 1NJIO 1KD1O 1VQ4N 5MLCQ 3CMAN 2ZJRL 3CPWM 1KQSM 1S72N 2ZJQL 1VQ6N 2ZJPL 1M90O 1JJ2M 1VQ8N 1M1KO 3DLLL 3CCRN 4IOAL 1YHQN 1W2BM 3CCJN 1VQ7N 5GAHP 1VQ5N 3CCEN 4IOCL 2QEXN 1K73O 1QVGM 1Q86O 3G71N 4WFNL 3CCMN 1VQLN 1VQKN 3CCSN 3OW2M 3CCUN 3G6EN 1YI2N 4WF9L 2OTLN 1OVYA 5GADP 3I55N 3CCVN 5H1SQ 3CXCM 4WFBL 3CCLN 1VQNN 3J7ZO 5GAEP 5GAGP 3G4SN 1YIJN 2OTJN 1Q7YO 1YJWN 3PIPL 5JVGL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AAQA 1X9WA 2PYJA 4CJVA 1U2VA 5DK5A 1LW2A 3NH2A 2QA4N 3LALA 4CHOA 2XHBA 1A5WA 4OO1J 3ZSVA 4CK2A 4LF8K 4NCAA 2HBMA 2D1KA 4CGHA 1RT5A 4H0PA 2UU9K 5AQLA 4DR2K 4CJQA 1KVCA 1J5EK 5KRTA 4K41A 3TSPA 1U49A 4CGJA 1WSGA 1TL1A 1NK6A 2IOCA 4NXMK 4LC9B 3TARA 1C1BA 4IOXA 2QI2A 4AF1A 2OPRA 1KD1O 4J8FA 3SV3A 1XQSC 4X64K 1WUAA 4DV4K 4FJ5A 3EO3A 3O1BA 4CEFA 4KH5A 4C1NK 1X3MA 3HZ6A 5LJVA 4BRQA 3JYTA 3AVJA 3DLGA 5KGWA 3E01A 1BWFO 4DFKA 1NOYA 3AVMA 5AQZA 4PL8A 2IGIA 3DOKA 3M8PA 3VEWA 4IG3A 1SKWA 3RRHA 4A2AA 4WE1A 3AVCA 5KGXA 3AVBA 1X3NA 4YHHK 3CCEN 3E9PA 4J2BA 2Q0UA 3IMXA 3VTIA 4B9LA 1KVBA 5CZ1A 1N36K 2UXCK 4CIFA 4OGEA 3ULDA 5HLFA 4GV9A 2CH6A 4W5RA 3ZSYA 3V9UA 1NKEA 1IBLK 4LF5K 4B9MA 4JKHA 4JNEA 4FVUA 2YNIA 3F9KA 3N4QA 4JKFA 2O8EB 1XHXA 1YIJN 4B1UB 4I9QA 3HRGA 4DR4K 4O0JA 3RTVA 4B1VA 3PIPL 3ZT1A 4BDZA 3OYEA 3CM5A 3VTHA 2OZSA 4DTPA 1HKCA 1LV5A 4H5RA 3VEVA 2IVPA 1RTIA 1Q82O 3QB0A 4BRLA 4DQ8A 3LWMA 4FPAA 5KI6A 5AR0A 1KXPA 1TGOA 1DKGD 3DYAA 1RT2A 2QM1A 4X62K 2E1ZA 1NK0A 1HPZA 3F5TA 3AVLA 4R79A 4FJGA 1VSLA 4O4GA 2P9NB 3K57A 4FJXA 2ZQBA 1WBBA 3SUQA 3S3NA 5T7BA 1CZBA 3LDLA 3ZT4A 2ZE2A 3QESA 5HRRA 3K5NA 3CPWM 3V1QA 4IWVA 1TUYA 2XY6A 3TPQA 3FZKA 5CE3A 1VSIA 4C8LA 2VG6A 1CXUA 3K5OA 3LPTA 3LPUA 3CCRN 4PKGA 5AJ3K 3L8BA 1NGBA 3Q7CA 3ENBA 1R59O 4FJJA 3OBYA 4FZXC 3VQDA 5GAHP 2V7YA 2W41A 1Q9XA 1C0UA 4O44A 4B8CA 1KTQA 3VQPA 4E7LA 5FPNA 4R5PA 5GINA 2VYPA 4QCLA 3EZ5A 3LDNA 3TAQA 1TV6A 3O1WA 5JLFA 5JICA 1VRTA 2GX9A 1NGCA 2IVOA 3OTOK 4MO5A 4PWDA 2P9KB 3LP3A 3TWHA 4X66K 3G4SN 1IV0A 2YNHA 3C94A 1BU6O 3TTCA 5AQHA 2E1YA 1JLEA 5AQRA 4M41A 4GV3A 3NVKA 2D0AA 4FJ9A 4KREA 1KLMA 3PY8A 3CERA 5KRSA 3WXJA 5LMNK 3DJCA 3KLHA 2QWLA 3HO1A 1E4GT 1KRPA 3PX6A 4E7KA 4JI0K 2UUAK 1S9EA 1BGXT 4CESA 3OHRA 4RTFD 4CF0A 1HYSA 1BI4A 4CI6A 4OLAA 2P9UA 4KHYA 3L3VA 3PIOL 3WNEA 3R8EA 3LDSA 2Q36A 2UUCK 4BRNA 1WSHA 4CFAA 3OY9A 3GL1A 2F9TA 4EP4A 4B8AB 3NGIA 2Q3SA 1NK7A 1S6PA 1TKTA 3DXMB 3OYJA 3MX2A 4CZGA 3HXMA 3SBTA 3HBTA 4BWMA 1REVA 1EXQA 3LP2A 3MWTA 1RT6A 4FJNA 1ASUA 3CJ1A 4BR5A 3VF6A 4BR9A 5F2RA 2HHXA 3T69A 1NGIA 4Z4IA 3QEXA 4KHWA 1HKGA 2ZGZA 4YORA 4CIGA 3NE6A 2CGKA 1HNVA 4CVNE 2PFUA 3AV9A 1U47A 2VQFK 2H3GX 1UA0A 3WEEB 1IO2A 1NLVA 3BZKA 3UKUB 3PO5A 3WXMB 3SUPA 3KD5E 3CCMN 4ISGA 1NGHA 3AVFA 3CFPA 1SS6A 3THWB 3C7NA 3ENOA 3QBWA 4W5OA 4B08A 2E8AA 3ALYA 4IDHA 1I3AA 1WBDA 1MWMA 3VQBA 4J2AA 1QQNA 4KHQA 3D0PA 3MXMA 1GLJO 3H6EA 4FWQA 1HR0K 3NVMA 4IBNA 1HUXA 4PKIA 4Y0WA 3CQYA 5GAGP 2OTJN 4DUZK 1UWBA 1SQKA 4B1WB 1HNWK 1T6DA 1SV5A 3V9XA 2KFZA 3U4LA 2KZMA 1RTHA 1TKXA 3KLIA 4ISFA 3WUHA 3BDPA 2O4IA 1NU0A 3O3HA 1RT1A 2ZM6K 1HNXK 1KVAA 3TSQA 3SUOA 2QTDA 3OYIA 2P51A 2YCHA 3LM2A 4DV6K 4W5TA 4CBWA 4MDAA 3VGLA 5B8HA 3CCQN 4ZTJA 3VQ9A 1QZ5A 4DG1A 2RKIA 4RW7A 4JKEA 4BR4A 1EWQA 1SL0A 2O4GA 2FSNA 2NRWA 1RT7A 4KB1A 3HPHA 4UY8O 5IT9O 2DFFA 3RMCA 3F9MA 3SMSA 5LJWA 5AZJB 2E5LK 3SQ1A 4A5AA 2E2NA 1MDUB 2NRZA 2YKNA 4CJWA 3NDKA 4FJMA 1RT3A 3BEXA 2CH5A 4Z4FA 1JJ2M 3CJCA 4CGDA 4CF9A 4DQSA 1S1UA 3LANA 2YNGA 4BQLA 5J2MA 1BA1A 2V7ZA 3RR8A 1U4BA 1TYQA 3M8QA 2HMPA 3L0QA 2E88A 4O5BA 2NRXA 3T7ZA 3SUNA 4Z94A 3ZETA 3OYBA 1VQ7N 2P9SA 4LF7K 4JI6K 4NYFA 3TAPA 5BRHA 5C10A 3MN9A 3PSFA 4NXNK 4KHPK 2HHQA 3MECA 3VQ7A 2F96A 1VRUA 4BR7A 2RPIA 3WQUA 3KK3A 3M5RA 2VG7A 1T8EA 4M3YA 4LD0A 2O8EA 1NNEA 4BVOA 3CCUN 1X9JA 3MEGA 1OVYA 2NNWA 1YTAA 4CZIA 4OPKA 4FCYA 5BN8A 1I39A 2NRTA 4CJSA 4CBXA 2PBDA 1GLEG 1DEJA 4H4OA 1WSEA 5F1XA 3O9SA 1FXXA 2I7PA 3MEEA 3WXKA 4I2QA 3R9PA 4OKKA 3KZBA 4PY5A 2HHSA 1DTTA 3OS2A 1ZBHA 4BRDA 4HUEA 3K5MA 3NH0A 4CJ4A 2W42A 3RRGA 5C12A 4DQQA 4DV2K 2Z1GA 2B5JA 3SAHA 3I56N 3PO4A 4G9ZA 3EY1A 2QKKA 4E89A 3QMLA 1YITN 3FR0A 5AQOA 1BCMA 4LY7A 4CK1A 1JXBA 4FK2A 1SUQA 3MN5A 3ZT0A 4KH6A 4F3OA 4FPBA 3EYZA 4KHSA 1K8AO 1LOTB 4CF2A 1WN7A 3UKUA 5AZIB 5AQQA 2OPSA 1TYQB 4B9UA 4BACA 3VERA 4E1NA 4YOWA 1NGGA 3K59A 3RMBA 2HSTA 2OYQA 3O80A 1JLGA 4ILJA 5F0XA 3SAFA 3AO3A 4YDUA 1J6ZA 4B1ZA 3ZSWA 4CJRA 2O8DB 2O8CA 3UB5A 2E6MA 3BZCA 1P90A 2F7TA 3MEDA 2P5OA 1NKCA 1TAUA 3M6GA 4H5NA 4CEDA 1MA9B 3FGUA 3IAYA 4E0DA 4CD3A 4L8RB 1QTMA 1L3SA 3G71N 4WFNL 2OANA 3P38A 3C95A 5BRFA 2KFNA 3BY5A 4DCHA 1B9DA 3NGZA 4JHDA 3VEOA 1EQYA 3SV4A 4HTLA 2YV0X 4KAZA 4DKWA 2FBXA 2IDOA 4DF4A 4OLBA 5C25A 4J2EA 1RT4A 1O13A 3QEVA 1BL3A 4CE9A 1MWKA 5DM7L 1BUPA 4DSJA 1Q81O 4A62A 3KK1A 1RCHA 1LWCA 2HOEA 5I9EB 2FBTA 3ULEA 1YJNN 3CC2N 2KLAA 5AZIA 1NJWA 4FK0A 3ZSXA 3DWLA 5E26A 5HBMA 4DS5A 1ILYA 4LF6K 4DF8A 3THXB 3C0BA 3AGKA 2VQEK 4H5VA 1OH7A 1S1WA 3HK2A 4OGCA 1N8RO 3QICA 3CYMA 1K8KA 1Z26A 3H08A 5JLHA 2HHWA 4DTSA 2ATQA 1HPMA 3CG7A 1D8YA 1R0AA 5E41A 2A42A 4Z4GA 3KVGA 2OPPA 4N56A 3MXJA 1VSHA 3O4WA 4XH4A 2EHGA 3C7NB 4GKKK 2YJEA 3MK6A 4FWOA 1RDAA 3CJAA 4CZMA 3QLHA 5KPTA 4HHTA 4K8ZA 1NMDA 4O8KA 4M3UA 3OS0A 1SAZA 2YHXA 3LAKA 1RGIA 1C6VA 3EL2A 3QNOA 4FXDA 1HRHA 1LW0A 3U3GA 2Y1IA 4KO0A 3J7YP 4CF8A 2P9PB 4DU3A 1ZBFA 3IUCA 4M3XA 3ASMA 2V51B 4DV5K 1VQ5N 2FF3B 2X78A 3OYKA 1RNHA 2V52B 4AILC 3MXIA 5ELZA 1RBSA 3P5JA 3OA9A 3TAFA 3F2KA 4DV0K 3K0SA 1T44A 3HM9A 3THVA 2NUBA 5CHIA 3OW2M 1TL3A 2B4JA 4WF9L 3JSMA 2D5RA 5H1SQ 3VQQA 3RMAA 3ZT2A 5HP1A 2DTUA 5FRNA 4KKOA 4FJLA 3Q7BA 1G15A 2QW9A 3AVKA 3HM8A 2B6AA 5AZJA 1XNQK 1N33K 3V1RA 2WOMA 1Q7YO 3IKMA 3HJFA 4J2DA 2RHKA 3CD6N 2P9UB 3LDQA 2GWJA 1JLCA 2HHTA 1GOCA 2YI1A 5EY4A 4BREA 2ZWHA 5J2NA 4JK9A 2Q0RA 4BRFA 4DS4A 4KTZA 4C23A 2O8CB 1XC3A 1JXEA 4JKCA 1O1WA 1EETA 1QHTA 3P39A 1IBMK 2Z1HA 1NK8A 1HMVA 3AVHA 4BY9C 2PY5A 2W6KA 3EZWA 2WTUA 1K9MO 4B9VA 3HPGA 4DU4A 1GLCG 4IFEA 3D7EO 4CJUA 5FPDA 3TANA 3AVGA 4KV8A 4CEOA 2P9PA 4NB4A 3SCXA 4H0VB 1UA1A 3NF7A 1JL1A 3KWIA 4JI4K 4E1JA 3SK3A 1BIUA 4KI4A 4A57A 1SL1A 3EEQA 3MAQA 4DSLA 3ZSQA 1W7AA 4ILHA 1BO5O 3P83D 4GY2B 3D2EA 4AQYK 3LP0A 3SPYA 1FKOA 3TTDA 3SBGA 1BHLA 4E3SA 3AVIA 2QWOA 3WXLA 2Q2RA 2BGGA 3QETA 2XY7A 1IG8A 5AQNA 2YJFA 5KQ8A 4FWSA 4IZ9A 4W5QA 1JKHA 4B1XB 3D2EB 3I55N 1VSEA 3SQ0A 1K6YA 4JV5K 4CJEA 4IJAA 5BREA 1BQMA 3KD1E 3LAMA 4JKDA 3WT0A 3VQ8A 4IXCA 2F8SA 3CFRA 1VHXA 3KHYA 4I2PA 4B9NA 4ELTA 2JGUA 1LWEA 4JD2B 3SLCA 1XWLA 1YAGA 4NO7A 2KZZA 3LP1A 3QEPA 3HTVA 1OH8A 2G8HA 1NGFA 3VPZA 1XHZA 1GLLO 2HVHA 3UKRA 3CC4N 3FFIA 4M3ZA 3B6PA 3DXKA 1P8ZA 5BPLA 2GELA 2ASOA 4HUFA 2NRRA 1N6QA 3SI6A 4JI5K 1SL2A 3CF5L 3O3GA 1ZYQA 1WNSA 4FJHA 1BISA 1ZBIA 5HROA 4FM0A 5JS1A 3ITHA 3ZSOA 3G10A 4F8RA 4DHYA 3K5LA 1RBUA 2X6SA 5CR4A 3KLEA 4CJ5A 4H0XB 3NF6A 3H45C 4CGFA 4BRCA 2IS3A 3SMPA 2HNZA 3OYNA 3U6FA 1D9FA 4M7XA 4DSKA 3NBPA 1U48A 4BE0A 3DM2A 3MCAB 3L6QA 4PQUA 4CFDA 1YTUA 4LSNA 3P4IA 3VQ4A 3A5MC 3VQEA 2JLEA 4O5FA 4AHUA 1TK5A 2YHAA 2WFBA 3BUZB 4JLHA 4M45A 1E3MA 2E2PA 5AQSA 4EAHD 2DPNA 5GIOA 3P31A 5AQYA 2GWKA 2HHVA 1HYZA 3HI0A 4BG9A 4CK3A 3V1OA 3VMFB 1C0TA 3AAPA 2O8FA 1U04A 4LH4A 3I0SA 3THXA 2P9LB 3T1AA 5HRNA 3CQ8A 5KPRA 3VESA 4BRMA 3ZLJA 1T3VA 4N5SA 3CCLN 1VQNN 4Z4HA 4PA1A 4K0KK 4CZHA 2HF3A 4K25A 3DLEA 4CZKA 1Y97A 2HVIA 3E9OA 3ISNC 2P9IB 2PYLA 3O08A 3GG4A 4I9LA 5JVGL 3T3FA 2W40A 3CC7N 3L2VA 1TAQA 4AHSA 4BRKA 3KK2A 3QIOA 1RBVA 4L3QA 1X9SA 4ZTFA 4CJLA 4H0YB 4CJFA 4EZ6A 3DRSA 3QINA 4KBOA 4AH9A 1YJ9N 4FLYA 3FE1A 4NLCA 3ZX2A 3NMUA 4XH1A 3M8RA 1DT9A 4FOIA 3LM9A 4RW9A 1BI4B 1IJJA 4JKGA 3A5OC 3L4QA 3A5LC 4IO9L 4EP5A 4FWLA 3SJHA 2GV9A 3U9ZA 4OX9K 1VSJA 2BTFA 1U2VB 4KHNA 5KQDA 4DFJA 5FRMA 2CGJA 4HCBA 4IJNA 1RILA 5TKYA 4CCHA 4V19S 1L3TA 4DQPA 4F2RA 2Q31A 4DTMA 1I94K 5MLCQ 4I6MB 3ATUA 4BC5A 1CLQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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