1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
1VQMN 2ZJRL 4WFAL 1YJWN 5GADP 2ZJQL 5JVHL 1S72N 1VQLN 4WF9L 3PIOL 3OW2M 1Q7YO 1VQ8N 1YITN 4IOAL 1ILYA 4WCEL 1NJIO 3CCSN 4WFBL 3CMAN 1K8AO 3CMEN 5GAGP 1VQPN 1YHQN 1YIJN 1W2BM 2QA4N 1Q82O 3CC4N 1OVYA 1VQ7N 1YJNN 1KD1O 1VQ9N 1VQKN 3CCJN 3DLLL 3CCVN 4IO9L 3I56N 3CCUN 5HL7L 1VQNN 3CD6N 5GAHP 2QEXN 4WFNL 3CCEN 3CC7N 3G4SN 3J7ZO 3CCLN 3I55N 5MLCQ 1JJ2M 3CPWM 3CXCM 3CF5L 1Q81O 3CCQN 3CCMN 5JVGL 4U67L 3G71N 3CCRN 1M90O 2OTJN 4UY8O 1VQ5N 1VQON 1KC8O 1QVGM 5GAEP 1K73O 5H1SQ 3PIPL 5DM6L 4IOCL 1YJ9N 1M1KO 2OTLN 3CC2N 3G6EN 1K9MO 1KQSM 1Q86O 1N8RO 2ZJPL 1YI2N 1VQ4N 1VQ6N 5DM7L 1QVFM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EKUA 3S9HA 2HHVA 5TKWA 2HMPA 3ZSOA 4DFMA 1BU6O 2HBMA 4ICLA 3HTVA 1S22A 1X9WA 3V1RA 1DT9A 2ZM6K 4B1UB 3SPZA 4H03B 3ULEB 4BWJA 4AHUA 2I5JA 1U45A 2CGKA 4KHSA 4CGJA 2KZZA 3QIPA 1K8KA 3NHGA 4KPYA 3OS0A 1S5JA 4CEAA 3ZSZA 1OVYA 4DQQA 2HHQA 3SJHA 1N36K 4A57A 1T8EA 4J2EA 3LDPA 1RBVA 3H6EA 3VPZA 3VESA 4CJTA 2F9WA 1WBBA 2HBJA 3D45A 2QWNA 2A5XA 3R3LA 1RDUA 2OYQA 4F3OA 1LW2A 1KRPA 2LSNA 3P31A 4CHQA 4C8NA 4BQZA 1SKWA 1W7AA 3V81A 3S3NA 2YJEA 3CYMA 4OPJA 2PBDA 4CJ3A 4O0JA 4BDZA 1IKYA 4OKKA 4PA1A 4DTJA 4ILHA 4BC4A 3HYFA 1XC9A 4BROA 3DXMA 3DOLA 3V1OA 4FWQA 1FKPA 1YAGA 1R59O 1U49A 1JJ2M 5BN9A 1RGIA 2HF4A 3MN6A 4Z4HA 2VWKA 4JI7K 3CCQN 2BGGA 4Q0BA 5AQHA 1QS4A 4JS4A 5KGWA 1DLOA 5AQYA 3C6UA 3D0PA 3AARA 4CCHA 1NGDA 3DLBA 1QQCA 3AVLA 4B1WB 4B1YB 3DYAA 4RW9A 4K42A 3E9LA 4RG8A 1BQMA 3QEWA 3SAGA 3C65A 1REVA 1MWMA 3MWTA 4CFAA 1K73O 5GAEP 4YHHK 1LOTB 4BR2A 3SQ1A 5BRDA 1WOQA 2Z1IA 4JKBA 4F8RA 3VF2A 1SV5A 1ATNA 4EFHA 4WYBA 2F8SA 3C6AA 2EX3A 1ASWA 4BRPA 2IVNA 2ZJRL 5AQIA 3VQ5A 2ZJQL 1Z6RA 4WF9L 3TPQA 4CI6A 1EQYA 1JLBA 3AY9A 2HB5A 2D4WA 3H1QA 3VEXA 3DWLA 3HRGA 4DTXA 3LAKA 4JI4K 1Q7YO 4KHWA 1RT1A 4MLHA 1LV5A 3NAEA 2E2PA 4W5QA 3CMEN 4C8OA 4FWNA 3OHRA 1QE1A 4FM2A 4FO0A 2JLEA 4LSNA 2Y1IA 1HNIA 3NF8A 1YJNN 4E7KA 4K25A 3LDOA 3QDKA 4CJQA 1HQEA 1SKRA 5KPZA 3KKRA 4CJFA 2YHAA 4CZJA 4PY5A 1DTQA 5J2QA 4LFBK 1LWCA 4KB1A 4BGAA 4CJLA 3C94A 3OTOK 1NGBA 5KTQA 1HJOA 3HVRA 2X6SA 3CCLN 5MLCQ 4CW7B 4IDKA 3CPWM 3VEOA 2OZSA 1Q81O 1T05A 5J2PA 3T1YK 4YOVA 4QS7A 2QWOA 1HPMA 3B8AX 4U67L 4BR5A 4JI8K 2E6MA 3F73A 1X9JA 2V7ZA 5CZ1A 3LL3A 4RW7A 3VF4A 1UWBA 3SQ0A 3B6PA 4FVMA 2HBKA 1TK0A 4PUOA 2XRIA 4CE9A 4DHYA 2D0CA 4JKFA 3J8AA 5JICA 2Z1HA 4FOEA 3T7ZA 3KK1A 2QWPA 2VWBA 4N47A 4FM1A 1T44A 1CZ9A 3WEEB 3RMAA 1NK7A 4R79A 1X1PA 5GADP 1TK5A 4FJXA 4C23A 3NGYA 3P1GA 1IKVA 5ADXA 3TAPA 1JLGA 3NBPA 4FJKA 3HPOA 3PIOL 2IGIA 1RT4A 2IDOA 4L3QA 2F96A 1W97L 3F9MA 4CJPA 4FL9A 2GV9A 4E7IA 1HKGA 1Z26A 1BA1A 3F9KA 1G15A 3VQAA 2JWLA 1WSIA 3SUPA 4HTLA 1ESVA 2ASPA 3OYNA 3IAYA 3KK3A 1N5YA 4JS5A 2W41A 2GWJA 2CH6A 4DR6K 3CQ8A 1EP4A 4BG8A 1XHXA 3EZ5A 5HROA 1YTUA 5AQOA 4JNEA 3L2UA 2NRHA 3LAMA 3SLCA 3HXMA 4LY7A 2XHBA 4GV9A 4FK0A 3IMXA 2Q2RA 4I9QA 5C2DA 5J1EA 2HHUA 3CIPA 2A41A 1GLDG 3CCUN 4BRAA 3ZT4A 4AQYK 2RE2A 1WNSA 2OCEA 1NMDA 1BIUA 3RVCA 4KB0A 4H5WA 1S9GA 1VSHA 3LDQA 4BR9A 4XH1A 1RDWX 4O4GA 4ZHRA 2ZF5O 1S1TA 3FR0A 3P38A 4XH4A 4M42A 2VGMA 4CJ7A 1Z25A 3OS2A 4K0KK 1BWFO 3BF1A 1C0UA 5KPRA 2DTUA 3K9KA 3NE6A 3V9UA 1WB9A 1NOZA 3QMLA 3LDLA 2OPSA 2KTQA 2FF6A 2ETJA 1CLQA 1VSIA 1HUXA 4CEFA 4B8CA 4HCBA 4CIFA 1KC8O 3V1QA 3KHYA 1T3VA 4JI0K 3NGZA 4DLGA 2ZJPL 1JLEA 4CIEA 1YI2N 1Y97A 1LAWA 1OKJA 1YXQA 1TYQA 2VCPA 4JN4A 3BZKA 3MX2A 4OO1J 1KTQA 4C1NK 4ELUA 4C8KA 2NLXA 4CZLA 3HOSA 3VQDA 4IOAL 4OGEA 3QEPA 1ILYA 4FJ9A 4M41A 3VGMA 4CJSA 5AFUA 4E7LA 1Q9XA 1KVBA 1C0MA 1W2BM 5JLHA 5KQDA 3O9TA 2QA4N 4NCAA 3AVFA 1VSJA 3SUNA 2O8FA 2FBTA 3WXLA 4BC3A 3ULDA 1BHLA 3J81O 4DWIA 4ELTA 2O8EB 4R5PA 1A5XA 3WT0A 5JMVA 2YX6A 3G10A 4CHYA 4IKFA 5KRTA 1LAVA 3QETA 4JV5K 2Q0UA 1MA9B 2A6AA 3MWPA 1Q8IA 1RDCA 1UA0A 4IO8A 3T1AA 3U9ZA 5AQPA 3K2PA 3TARA 1KAZA 4DFPA 3KKSA 4YY3K 3ZX3A 3SAHA 3DAWA 1S1WA 3D2FB 3MN9A 3QFUA 3SMPA 3QESA 4B9MA 5E41A 2F7TA 1C1CA 3CF5L 5AZIA 2BDPA 4E3SA 4FWOA 2WBNA 3NDKA 2KQ2A 4FJ7A 4KREA 3LDSA 3QEXA 3IKMA 4B3SK 2QXFA 3P5JA 2OTJN 3RWUA 1NGFA 2VGNA 4M3RA 4QS9A 1ZBFA 4IFEA 2BANA 1D5AA 1X3NA 4B1VA 3KZBA 2XY7A 1NK9A 4FPBA 4IG3A 3M6GA 3ATVA 1WAJA 3C7NB 3ASMA 3ZT2A 3FZMA 4IOCL 3Q7CA 1NBWA 2QWLA 3VA0A 1YF5L 2P9NA 3KTQA 2W42A 1TAUA 3MK6A 1LW0A 1QVFM 4YOUA 5C42A 4CK3A 2FBVA 5A2QO 4QOZB 1DEJA 4H5TA 4BR7A 3L3UA 5AFUH 3TAMA 3DRRA 4BC5A 5KQ8A 4BRFA 3ZEUA 2CGLA 1C0FA 4CF2A 2Q97A 2DY4A 3T1HK 2HSTA 3D2EB 3UKRB 5D3GA 1VQ8N 3MCPA 4W5RA 2FLOA 2FBXA 3HM9A 3FFIA 4BDPA 5AQQA 4DS5A 1LWFA 3O6WA 4JEPA 4JHDA 3VQBA 1S6PA 3J7AP 1S9EA 1RBSA 1Q82O 3TAQA 3SV3A 5FPNA 3P4IA 3ZCMA 2O8CB 1F21A 2P9SA 3HSCA 1JCEA 1GLBG 2QWMA 2QK9A 3AVIA 2I7PA 3VF6A 3CM6A 4N5SA 4Z0UA 3L2QA 3RSEA 4DB3A 4RWTA 4LH5A 4KRFA 1FW6A 3CERA 3LWLA 1BISA 4DV3K 5GAHP 2FSJA 4FCYA 2ZGYA 4WE1A 3PO5A 1IKXA 1EKEA 4X64K 1XMOK 2GBZA 3LANA 2HHSA 2IAJA 4EP5A 3U3YA 3L2VA 1NGEA 4A2BA 3CXCM 5AZJA 2D0AA 4U7BA 2P9IB 3VQ6A 2ITGA 4H5NA 2DFFA 2QWQA 1KCFA 3HBTA 3MXJA 1BCMA 3CCMN 4N41A 1T7PA 3L3VA 3QLHA 1D4XA 1JL2A 5BREA 3OYMA 5HP1A 1NWKA 3VERA 2GTDA 2WUSA 3A2FA 3V9WA 4BVPA 1DKGD 3THYB 2D0OA 3KK2A 5H1SQ 4I2PA 1YJ9N 4A62A 2ZWHA 1KQSM 1T6DA 4AM7A 1RBTA 3O1WA 4CD1A 2YNGA 4ISGA 4DUYK 1VQMN 1N33K 4QCLA 4DQ8A 4YDUC 4OLAA 1NKBA 4KTQA 5EXWA 3GOIA 3MXMA 1ATSA 4E1MA 4AHTA 2VQEK 2A3ZA 4J2AA 1WSEA 3MEDA 4WCEL 3CCSN 1S1UA 1IBKK 1K8AO 4DSFA 4EIAA 3CFPA 1RTIA 2YCHA 1QQOA 3SI6A 4GKJK 5B8HA 2AP1A 4CF8A 1CXUA 3THWA 3RMDA 1RT2A 3R1XA 5AR0A 4CFBA 3RR7A 2E2NA 2WC9A 3MEGA 4B3TK 2NZTA 1VQ7N 2BUPA 3WXKA 4H4OA 3EN9A 1VQKN 4H0PA 3QO9A 4KHNA 4GMJB 1WAFA 4IO9L 4B9TA 3QICA 1JLQA 2OANA 1OH6A 4KBOA 2WONA 4BE2A 3KLFA 4DTPA 1K8KB 4LD0A 3JYTA 1JKHA 2P9UA 3O08A 4B08A 1SS6A 4FK2A 4EZ6A 5AQLA 4B9QA 3DRPA 5J2NA 1ASVA 3GE1A 1KSPA 4HUFA 1VSFA 2O4GA 5AQKA 5CYQA 1I94K 4CGDA 1ZXOA 1RDDA 5F0XA 3N4PA 2JWKA 4PL7A 2P9KB 4J2DA 4B1ZA 3GL1A 3ZT0A 2UXBK 2UXDK 2QI2A 3CPEA 1ATRA 4DR2K 1LWEA 4FJLA 4L8RB 4XEIA 3H08A 4LF4K 4M45A 2E20A 3IG1A 5FPDA 1S6QA 1HMVA 2AJQA 4CECA 5AJ3K 4HUEA 4FSVA 4I7FA 4MFBA 4W5TA 1IV0A 2X78A 3O1BA 3OYBA 3W3DA 1HYZA 4O8UA 2Z1GA 3G25A 4JKCA 4RW4A 4HWIA 3CFRA 3DXMB 4JD2A 4MO5A 1D9FA 3UE5A 3VGKA 1M1KO 2OTLN 3J7YP 4DQPA 1K9MO 1XHZA 4FLTA 3DOKA 1KFDA 3P39A 4J8FA 5I3UA 4GV3A 4BQLA 1NJWA 3NH2A 4O55A 3ZETA 3KLEA 3KD1E 1XQSC 5IWAK 4A59A 4CIGA 1NJYA 3AVCA 4H0TB 4JKDA 3CI5A 4OPAA 3S3MA 1NK4A 2KFNA 3FGUA 3E9PA 4JI1K 4Z4GA 1VRTA 2NRVA 2VWJA 2E88A 1NJIO 5LY3A 4WFBL 1NK6A 4B3MK 4OKEA 3SPYA 1DTTA 3MAQA 4IFYA 2WOMA 1YHQN 2YNHA 1L3SA 2FXUA 5DK5A 2FBYA 5M1KA 2NUBA 4DTMA 1L3TA 4GVEA 4DSJA 3QINA 2ITMA 4AHSA 1KAYA 5AQMA 3KJVA 1HLUA 3LP2A 3QEIA 3HI0A 1NK8A 4JLHA 3AVJA 4CJRA 3HSTB 4XH5A 1TUUA 2W6LA 5AQFA 3AA3A 2OPRA 3U8XA 3HZ6A 3IDHA 1SKSA 2YKNA 2B6AA 3I8DA 4EHUA 3HL8A 5JS2A 4YDUA 2FSKA 3BF3A 2OPQA 4IEIA 3FFKB 4GY2B 2HNYA 2IS3A 3EE8A 3AA2A 4YOXA 1RTHA 3DJCA 2KFZA 3CJCA 5M1NA 3IUCA 2DFHA 1IH7A 3VENA 5SZTA 4IZ9A 4FLUA 4DSLA 2E2OA 4BRDA 3AA5X 2PAVA 4LH4A 3HPHA 3TTDA 4M3UA 2GX9A 3FZFA 5C24A 4AF1A 3TU5A 4KH4A 3ALYA 5K14A 4OLBA 5FROA 2VG5A 3WXMB 5C15A 4ZTJA 3N4QA 2Q0RA 4FWSA 1ZC6A 1SAZA 1CZBA 5AQJA 4AHCA 3VEYA 4CF1A 4DV1K 3SBTA 3TAGA 4IG0A 1HR0K 5AQGA 1XUPO 3QIOA 3TANA 3KLGA 1GLEG 3DLGA 1ZBUA 1QSYA 1BI4A 4I6MB 1L3UA 3LWMA 4FXDA 4CGFA 3U3GA 4DV5K 2HW3A 1TV6A 1EO1A 5CZ2A 1YIJN 3KIOA 3A5OC 4BRGA 1TKXA 3OYGA 1WN7A 3C95A 4CJUA 4K8XA 3VQEA 4YOWA 1TKTA 2AA4A 1HRHA 3OY9A 4DU3A 3ZSWA 5FLXO 1OVQA 4JAXA 3AVBA 4CF0A 3THXB 3KD5E 1ZBHA 3HP9A 4RW8A 4X65K 3WNGA 1RNHA 5EY4A 4FPAA 4NYFA 2J4RA 3CQYA 3OBWA 2QKKA 2CGJA 4JK9A 1NMNA 1TL1A 3WQTA 2Q31A 1VRUA 3CC7N 3G4SN 2UUBK 3AVKA 2UYTA 3AGRA 3IS9A 4A2AA 5J2MA 4DLEA 1BL3A 1X3MA 1BDGA 1NGAA 1J53A 4FJ5A 4YOTA 4B9UA 5CYMA 4FW2A 4CJ4A 4CGIA 4J2BA 2IVOA 4GW6A 4JRPA 2O8BA 3SAFA 1QZ6A 1VQ5N 1S1XA 1O1WA 4IFVA 1C0GA 3OYCA 3AVMA 2DPNA 3VQQA 1S3XA 3PIPL 4FZXC 2E8AA 2QW9A 1WSGA 2E1ZA 4I2QA 1W9HA 3QERA 1Z05A 3SK3A 1VQ4N 5AQXA 4BDYA 1HQUA 4Z4EA 3OBYA 2GELA 1GOAA 4CEDA 3A5LC 3I0SA 3K5NA 1J54A 4BRKA 3NFAA 4UQGA 1C6VA 3E9OA 2E2QA 3U9DA 4F4KA 4FJIA 4Q5VA 3RMBA 2KLAA 5ADXH 2Z1JA 1HYSA 2QWRA 4CZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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