1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
3CCVN 2OTJN 1YJNN 1YITN 4WFBL 3CCRN 3PIPL 1JJ2M 1VQ9N 2QEXN 3CCSN 1VQLN 1VQKN 1ILYA 3CC4N 1W2BM 1M1KO 1Q86O 3CD6N 1K73O 1VQ6N 3CMEN 2ZJQL 4WCEL 5GADP 2ZJRL 3CCLN 1VQNN 3CPWM 1N8RO 1YIJN 5H1SQ 2OTLN 3OW2M 2QA4N 5MLCQ 3G4SN 1VQPN 4IOAL 5DM6L 1Q7YO 5GAEP 3CXCM 1VQ8N 3CCEN 3I56N 1KC8O 1YI2N 2ZJPL 3CCUN 5HL7L 1Q82O 4WF9L 1M90O 3CCJN 4UY8O 5GAHP 3I55N 3CC7N 3CMAN 1YJ9N 5GAGP 4IOCL 1YJWN 1VQON 1VQMN 1OVYA 4U67L 3J7ZO 4WFAL 1VQ7N 5JVGL 1Q81O 3CCQN 3G71N 1QVFM 1K8AO 1VQ5N 1QVGM 1KQSM 3G6EN 1NJIO 3CC2N 1K9MO 3CF5L 4IO9L 3DLLL 1KD1O 4WFNL 5DM7L 5JVHL 3CCMN 1S72N 3PIOL 1YHQN 1VQ4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1HA 3LDNA 2E20A 4ID5A 4DUZK 4AILC 5EXWA 3ZSRA 4JD2B 3HP9A 2RN2A 1VQ9N 3P83D 2Z1IA 3LL3A 4DTXA 1S1XA 1W0HA 1RBRA 5M1PA 3ZSVA 4DTOA 4EFHA 2OPSA 2NUBA 2YHWA 1KAXA 1RCHA 4BVPA 2NRWA 3ULDA 4LFAK 5E26A 1K73O 2GWJA 3MX2A 1KVAA 4KFBA 1OKJA 3CCLN 4BDPA 3E9PA 1TVRA 4JKDA 3MEEA 2G8UA 5C12A 2FXUA 2KQ2A 4CEFA 2QA4N 5AR0A 1I3AA 1TAUA 2KHOA 4DSEA 2A1RA 3O5BA 3OHRA 3KLHA 3QETA 5KPRA 3RMAA 3RRHA 4FM1A 4FJXA 3DXMA 4GVEA 4JKAA 3F73A 4DWIA 3AVIA 4E7IA 4DU4A 4HTLA 1CZAN 4JAXA 4BACA 4XH1A 5GIPA 5AZJB 1BIZA 3OYAA 1QHAA 5CYMA 3TAPA 4FJHA 3MEDA 4KTQA 2Q31A 3DJCA 4NYNA 5BPMA 3RTVA 1WB9A 4FJKA 3ASMA 1OH5A 2IIRA 3TTFA 3A5LC 4H0TB 4CEZA 3CJ1A 5HBMA 3VQBA 1V4SA 4DV5K 3TAQA 2IGIA 1WSGA 3Q7CA 2RPIA 2BE2A 3O3HA 2OZSA 2AJQA 5CZ1A 2WONA 4HCCA 3KKSA 3VQPA 3TU5A 3NDKA 4OGEA 4DB3A 4CD1A 4FM0A 4DKWA 3OBYA 1I39A 4LFBK 4LY7A 3CC2N 3KJVA 4GV3A 2PZSA 1NKCA 2KLAA 2FBTA 3DLEA 5AJ3K 3DRSA 5CY4A 4WFNL 1W7AA 3FZLA 3PO5A 2VGNA 3MXMA 3PIOL 2IS3A 3C7NA 1JLAA 1J6ZA 1EWRA 4YORA 3CCVN 2F9WA 2F4VK 3ZT4A 1QTMA 3VERA 5I9EB 2ZGZA 2D4WA 2FSKA 3ZX2A 1HJOA 4BDZA 1K8KB 2VGMA 3DLRA 4BRFA 3KTQA 3HVTA 4YHHK 3RR7A 1RDBA 2RHKA 2I7PA 5EX5A 3B8AX 4ISGA 1ZBFA 3AAQA 5KGXA 5AQTA 3QDKA 1XC3A 3IDHA 2NRXA 2P9SA 4LC9B 2HBKA 5C2DA 4N56A 1N8RO 1LOTB 2YHXA 4DMNA 2O4IA 4H0OA 1VQPN 1U6ZA 2OANA 4ELVA 4FM2A 4B08A 1SL0A 4Y0WA 4UQGA 4H4OA 5FRMA 1DTTA 1C0GA 1BU6O 4KH5A 1O1WA 4JHDA 3PX0A 4BRDA 4RWTA 3SAFA 1S6PA 3LDOA 2OYQA 4C1NK 4B3MK 3CCJN 3VMFB 1X1PA 4QCLA 3I55N 4IFVA 5F0XA 4KPYA 4FJ7A 1RDCA 4Z4HA 5FDLA 1LW0A 3VQ4A 4KHUA 3TI0A 3SUNA 3T3FA 1NNEA 3VTIA 4JKBA 4BRCA 2FBVA 5I42A 4E7KA 3TAFA 2HHSA 1OVQA 4E89A 3AVGA 4RW6A 1SAZA 3AO2A 4CHNA 1VSJA 5LMNK 2BDPA 2O8DA 1KVBA 2YKNA 4U7BA 3OYJA 3NCIA 4CZHA 5C15A 2X74A 1KAYA 4PKIA 1C1AA 4X65K 1IBLK 3UKUA 3ZT0A 2P1JA 1T05A 4NYFA 4IO9L 3CQXA 3SAHA 3DLLL 1ZBSA 4KV8A 4DHYA 3O9TA 4FZYA 2KFNA 3NVMA 1REVA 3ID8A 2QWQA 3L6QA 3OYFA 1B92A 2XY5A 5JS1A 2CH5A 2O4GA 2Q2RA 5ADXH 4QS8A 3MMVA 3HSCA 5IWAK 5CE3A 3HRGA 4W5TA 3VEXA 2ZWHA 3CC4N 3VQDA 4L3QA 1IG9A 3CJBA 2UXDK 5AQUA 4C8OA 4FWLA 1VAZA 3ALYA 3OJUA 4DFPA 3WXIA 4C8NA 4CGJA 3SNNA 3QIOA 1Z6RA 1TKZA 4K0KK 2F8SA 1KXPA 2P9PB 2G8FA 1D8YA 3I33A 4IEEA 3C95A 3LPTA 3NF7A 3SPZA 4CGGA 3QNOA 2O8FB 5FPEA 1BHLA 2V7YA 4OKJA 3DMJA 4O0IA 3H46O 1B9FA 2DFEA 3P38A 4EHUA 4Z0UA 4CZJA 3K9JA 4BGBA 4BRNA 4M3ZA 1FJGK 4CJLA 3DOLA 4DTUA 3A2FA 1XC9A 4FLYA 4CJUA 4FSVA 3S3OA 4FLVA 4OX9K 1S1WA 5GAGP 4DV4K 1IKWA 3O4NA 5M1NA 1HNIA 3LZJA 1RT6A 2HW3A 3VESA 4MO5A 4MO4A 5K14A 3G71N 3PX6A 4A62A 2W41A 4RG8A 3CHWA 5CHIA 3A8YA 2JWKA 1TL3A 3L4IA 1A5VA 1IG8A 3O3FA 1WUAA 3HL8A 1K9MO 1WNSA 5LMUK 1KD1O 4DR6K 3V81A 5DM7L 4G9ZA 2HSTA 5J2MA 3ZT3A 4FJ5A 3H08A 5AQLA 3LP1A 3NH0A 4FYDA 1QQNA 3D7EO 2YCHA 3H1QA 1CZBA 1BO5O 3WEEA 3PIPL 1JJ2M 3R8EA 5M1OA 4Z4CA 4JS4A 4FJIA 5E41A 4DR2K 1LW2A 3DLKA 3KLEA 3DAWA 3O6WA 1LAWA 4BC5A 3NMUA 3CYMA 1VHXA 4CHQA 2WC9A 3SV4A 3ZT1A 3CMEN 4LF7K 4DF8A 3TSPA 3VOVA 2OPPA 3M8QA 1X9SA 2GX9A 2E2PA 3E66A 2HHWA 1NGCA 4FW2A 2VWJA 4IFEA 3L2RA 3OW2M 4OVLA 3F2KA 1RT2A 4GY2B 4DSKA 4BR7A 4Y1DA 2E1ZA 2FBXA 4BQZA 5J2QA 4JD2A 1WSHA 3TAGA 1RTHA 4IKFA 1KTQA 5AQWA 4BE2A 4CJ4A 1GOAA 4KH6A 3LDQA 1I94K 4PWDA 3G10A 3I8BA 4OLBA 3V4IA 5KRSA 3AVNA 2HBMA 1RDAA 3ZX0A 3DYAA 4UY8O 4YDUC 4B3RK 4DLGA 4BVOA 3VQCA 3J7AP 5GINA 3M8SA 5C25A 4XIUA 1L3SA 4CBUA 3VGMA 1Q9YA 3OBWA 4IO8A 4MDBA 1LAVA 3U4LA 5CR4A 4DV0K 5LL6Z 1NLVA 4C1NI 1VQ5N 4CJPA 4CEDA 4RW9A 5AZJA 5DK5A 3DWLA 3CM5A 3QMLA 1ZC6A 3FFIA 3RMCA 3SLCA 2B4JA 3ZT2A 4ZTJA 1WSFA 4WQ5A 5JMVA 3CCMN 5ADXA 3AA4A 4CFAA 4BR9A 4RW8A 3SZ2A 3M1FA 5KPTA 2HF3A 3EE9A 4DF4A 1BI4B 2EWSA 3LM9A 4Q5VA 2HBLA 1O13A 2JWLA 4MLHA 2QKBA 3O4QA 3QFUA 4NCGA 3SMSA 3CJCA 5T7BA 4BR2A 3A5OC 4H5VA 4ILJA 2G8VA 1LV5A 5GADP 3CETA 3NBPA 4CEBA 3EY1A 3LDLA 3SYZA 4A2AA 4H5WA 4E7LA 4CHPA 4EIAA 3AA3A 4BDYA 3T7ZA 4BRAA 4I6MB 1HKCA 2HNYA 5FPNA 2KZZA 3KWGA 3VEZA 4KKOA 1QZ6A 3AO4A 4CK1A 1XMQK 1SKRA 1RBTA 4YOWA 4DSJA 4IJNA 4BWJA 3DLBA 5LY3A 2XY8A 3S3NA 2IC3A 1K8KA 2GUIA 5KQDA 3TWHA 3VQ5A 1CZ9A 4FWRA 1HJRA 4HCBA 4DQIA 2E2OA 3C6TA 3V9UA 1HNWK 1GLBG 1NGBA 5GAHP 4DUYK 3PY8A 1XNRK 2Q0RA 4CD3A 2YNFA 1RT7A 2IVOA 1OVYA 1XWLA 3P5JA 4ELUA 1BDGA 4B1ZA 4FWSA 4WFAL 3T1YK 2QWOA 2YJFA 5BN8A 3WUHA 1IO2A 1U47A 3OYKA 4CEOA 5EY4A 3GG4A 2GV9A 3PSFA 3D6RA 3OS0A 3V9ZA 3U3YA 3HPOA 3KLGA 1OH7A 1VSFA 3ZEUB 2BANA 3THYB 3WNEA 4BRQA 4CJRA 2Y1JA 3MAQA 1YJNN 2DY4A 4IZ9A 2W42A 2A41A 3MDQA 4CHOA 5AQSA 3GDQA 1P8ZA 1ZBUA 1ILYA 3A5MC 3WXLA 1S3XA 1UA1A 1NK7A 4BRHA 3NAEA 1T8EA 3AO3A 1U49A 3VEYA 2FSNA 4PA1A 5BR8K 4CJEA 2F7TA 4O5FA 2GBZA 2HHXA 2NZTA 4WQ5C 4FJ9A 4CEQA 3OVNA 3NF6A 3B6OA 3CXCM 1HNZK 2ZD1A 1NM1A 2E8AA 3OYLA 2QXFA 4FOEA 3H6EA 2UUBK 4PHTX 1UWBA 3ZSQA 4DV7K 1EETA 3IRXA 3S3MA 4KTWA 4N47A 1XMOK 4M41A 3HK2A 3CJ9A 4M3TA 4Q0BA 4J8FA 3HT3A 1NGAA 4DV2K 2QWLA 1T7PA 2P9PA 3SBTA 2JGUA 4CZKA 1GLEG 3THXB 4IOXA 2O8FA 3IKMA 3EE8A 3QESA 2Q97A 2Q3SA 3R6MA 3ATUA 4O0JA 1Q81O 1BQNA 3SK3A 3THVA 1RT1A 4KI4A 1HQUA 1RDUA 4DG1A 4MQ3A 1KQSM 3LWMA 4A5AA 1JLBA 3O3GA 2B5JA 1EQYA 4DTRA 3K2PA 3SI6A 3KWIA 2G8KA 2HHTA 4CZMA 1NK0A 3J81O 4FLXA 3I8DA 1R0AA 4FL9A 3KKRA 4I2QA 4B9SA 4PY5A 1BQMA 2UUAK 4KRFA 4DLEA 3CI5A 2UYTA 3SJJA 4BRPA 4CFBA 4FLWA 3S41A 4YFUA 4WFBL 4HUFA 4GV9A 2IVPA 1S6QA 2R7YA 3RR8A 1Q8IA 5BREA 3VQAA 1SL1A 2D0CA 1BG3A 2Q1NA 4LF6K 3CJAA 4FW1A 4EP4A 3F5TA 3FZMA 4BRIA 3BZCA 4FZZA 3I0SA 4W5QA 4C8KA 2ZF5O 3SUOA 5DMRA 5HLFA 4CGFA 2PYJA 1X3NA 4QS7A 4QS9A 3AA2A 1E4GT 1NGEA 4BC4A 3GL1A 1DGKN 3TAEA 4CZLA 4M3UA 3DI6A 1KFSA 3MX5A 4CE9A 1JL1A 1JCEA 4JK9A 4OKKA 3CPEA 4HVJA 5A2QO 4N41A 2D5RA 4NXNK 2Q36A 4AHCA 4O8KA 5AFUH 2HHUA 1BIUA 2PBDA 1Q7YO 2P9LB 4KH4A 1ITGA 2CGLA 3L3UA 4N76A 3WT0A 2ASPA 2V7ZA 2UUCK 3A5NC 2ETJA 1HNVA 4CERA 3KK1A 4KHWA 2E1YA 4FWOA 1QHTA 5D3GA 4OO1J 3J7YP 2YJEA 1Q18A 4A5BA 2D0BA 3VQQA 1QSSA 2I5JA 4JK7A 4OJRA 5BRHA 4CZIA 2E6LA 1TKTA 4DTJA 3MECA 1JCGA 2E5LK 3T1HK 5J2NA 3ZSXA 2OCEA 4DV6K 3K5OA 4O4GA 5FROA 1HYSA 1K6YA 1VK0A 3Q7BA 1SQKA 4GMJB 3V9WA 2HNDA 3OTOK 3OYMA 1HNXK 1HMVA 3D2FB 4YOXA 2FBYA 4X66K 4M42A 4OLAA 3ENOA 4KI6A 3MXJA 3IS9A 1VRTA 2HVHA 4CIEA 4DR4K 1MA9B 2VQFK 4E1JA 1YITN 3O1WA 1NK4A 3QIPA 4NLCA 4ISFA 1ZBHA 4DQPA 1ASVA 2XHBA 3DRRA 1L5UA 2P9UB 4CZGA 3QBWA 4A2BA 1VQKN 1NJXA 4C8MA 2BUPA 4DFKA 4PKGA 2PYLA 5SWMA 4CESA 2CGKA 1VQ6N 1S9GA 3DRPA 2A1SA 3DOKA 1JLGA 3OYEA 1X9WA 3K5MA 1C0MA 2VQEK 4CIGA 2J4RA 4IOAL 4JKGB 1BI4A 1WOQA 3IMXA 4YDUA 3WXJA 3R1XA 3VF6A 1N34K 5DM6L 3QBXA 5FLXO 4CGDA 4DQ8A 1C6VA 1YUWA 2HVIA 1U2VB 1HKGA 4Z4IA 1YI2N 1JXBA 1WSJA 3T69A 1L3VA 5FPDA 3CCUN 1TGOA 5FRNA 5AQIA 3P4IA 3U8XA 4F3TA 1M90O 4LH4A 3GOIA 2VWKA 4OGCA 3R3LA 4DU1A 3SQ4A 1Z25A 1HRHA 3WXKA 1YJWN 3HPGA 1SL2A 3F9KA 1Z26A 2YV0X 1GLDG 4CJTA 1YTUA 4XH5A 4M7YA 4BR0A 2VWBA 3GBTA 1VSDA 2IOCA 3ID6A 3AARA 3VEVA 3BEXA 1RBSA 2P51A 1H1VA 4O44A 1RNHA 3KD5E 4ZHRA 3LM2A 4JNEA 4CJQA 3K9KA 1FKPA 3E9LA 1N36K 3HO1A 4AQYK 1JLEA 4XEIA 4V19S 2YI1A 4FK2A 2HMIA 4QAGA 3TAMA 1YT3A 1OH8A 3VQ7A 2BGGA 1SUQA 2Z1GA 2YHAA 3T19A 1YVUA 3TSQA 4IFYA 3JYTA 3UKRB 4KHNA 4A57A 2GELA 3CQYA 4DFMA 1KRPA 3C6AA 3VQ6A 2VG5A 2O8BB 1JXEA 3U9DA 1EP4A 1WLJA 2E88A 1NK8A 4YOTA 3HJFA 3CCSN 4K8XA 3ZETB 2W40A 3DXKB 3FR0A 2G8WA 2QWMA 1NJWA 3K0SA 5JLHA 3SMPA 1JLCA 4BE1A 2BTFA 4DQRA 4FZXC 3AO5A 5AFUA 4R5PA 4H0PA 1RBUA 4IDHA 3ZEUA 3THYA 1E3MA 4EAHD 3AVAA 3AVFA 3O1BA 2RE2A 1W9HA 4YOVA 5F2RA 5MLCQ 1DLOA 3D45A 5HROA 4C8LA 4BY9C 4B8AB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 3CCV N;  2OTJ N;  1YJN N;  1YIT N;  4WFB L;  3CCR N;  3PIP L;  1JJ2 M;  1VQ9 N;  2QEX N;  3CCS N;  1VQL N;  1VQK N;  1ILY A;  3CC4 N;  1W2B M;  1M1K O;  1Q86 O;  3CD6 N;  1K73 O;  1VQ6 N;  3CME N;  2ZJQ L;  4WCE L;  5GAD P;  2ZJR L;  3CCL N;  1VQN N;  3CPW M;  1N8R O;  1YIJ N;  5H1S Q;  2OTL N;  3OW2 M;  2QA4 N;  5MLC Q;  3G4S N;  1VQP N;  4IOA L;  5DM6 L;  1Q7Y O;  5GAE P;  3CXC M;  1VQ8 N;  3CCE N;  3I56 N;  1KC8 O;  1YI2 N;  2ZJP L;  3CCU N;  5HL7 L;  1Q82 O;  4WF9 L;  1M90 O;  3CCJ N;  4UY8 O;  5GAH P;  3I55 N;  3CC7 N;  3CMA N;  1YJ9 N;  5GAG P;  4IOC L;  1YJW N;  1VQO N;  1VQM N;  1OVY A;  4U67 L;  3J7Z O;  4WFA L;  1VQ7 N;  5JVG L;  1Q81 O;  3CCQ N;  3G71 N;  1QVF M;  1K8A O;  1VQ5 N;  1QVG M;  1KQS M;  3G6E N;  1NJI O;  3CC2 N;  1K9M O;  3CF5 L;  4IO9 L;  3DLL L;  1KD1 O;  4WFN L;  5DM7 L;  5JVH L;  3CCM N;  1S72 N;  3PIO L;  1YHQ N;  1VQ4 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z1H A;  3LDN A;  2E20 A;  4ID5 A;  4DUZ K;  4AIL C;  5EXW A;  3ZSR A;  4JD2 B;  3HP9 A;  2RN2 A;  1VQ9 N;  3P83 D;  2Z1I A;  3LL3 A;  4DTX A;  1S1X A;  1W0H A;  1RBR A;  5M1P A;  3ZSV A;  4DTO A;  4EFH A;  2OPS A;  2NUB A;  2YHW A;  1KAX A;  1RCH A;  4BVP A;  2NRW A;  3ULD A;  4LFA K;  5E26 A;  1K73 O;  2GWJ A;  3MX2 A;  1KVA A;  4KFB A;  1OKJ A;  3CCL N;  4BDP A;  3E9P A;  1TVR A;  4JKD A;  3MEE A;  2G8U A;  5C12 A;  2FXU A;  2KQ2 A;  4CEF A;  2QA4 N;  5AR0 A;  1I3A A;  1TAU A;  2KHO A;  4DSE A;  2A1R A;  3O5B A;  3OHR A;  3KLH A;  3QET A;  5KPR A;  3RMA A;  3RRH A;  4FM1 A;  4FJX A;  3DXM A;  4GVE A;  4JKA A;  3F73 A;  4DWI A;  3AVI A;  4E7I A;  4DU4 A;  4HTL A;  1CZA N;  4JAX A;  4BAC A;  4XH1 A;  5GIP A;  5AZJ B;  1BIZ A;  3OYA A;  1QHA A;  5CYM A;  3TAP A;  4FJH A;  3MED A;  4KTQ A;  2Q31 A;  3DJC A;  4NYN A;  5BPM A;  3RTV A;  1WB9 A;  4FJK A;  3ASM A;  1OH5 A;  2IIR A;  3TTF A;  3A5L C;  4H0T B;  4CEZ A;  3CJ1 A;  5HBM A;  3VQB A;  1V4S A;  4DV5 K;  3TAQ A;  2IGI A;  1WSG A;  3Q7C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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