1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
1KD1O 2ZJPL 1VQ9N 3CCQN 1Q81O 4UY8O 1OVYA 3CCRN 3OW2M 1YJWN 4WFAL 3CCUN 4IOAL 1K9MO 1Q86O 3G4SN 1VQNN 3G6EN 1VQLN 3CXCM 4U67L 1VQMN 3CCVN 5DM6L 1YIJN 2ZJQL 5GAEP 1YJNN 4IOCL 3CMAN 1M90O 4WFBL 1N8RO 3DLLL 3PIOL 1S72N 3J7ZO 5GADP 1Q82O 1M1KO 3CC4N 3CCSN 5MLCQ 1KQSM 3CMEN 1QVFM 3CCEN 1YITN 5GAHP 1VQKN 4WCEL 5DM7L 1YHQN 2QA4N 1JJ2M 3CD6N 1YI2N 3I55N 3G71N 1QVGM 3CC2N 2QEXN 1VQ4N 1VQ7N 1VQON 5JVGL 1VQ6N 3CCLN 3CPWM 3CCMN 1ILYA 2ZJRL 4WF9L 5GAGP 5JVHL 3CCJN 5HL7L 3CC7N 1NJIO 3I56N 1K73O 2OTJN 5H1SQ 3CF5L 1KC8O 4IO9L 1W2BM 4WFNL 2OTLN 1YJ9N 3PIPL 1VQPN 1Q7YO 1VQ5N 1VQ8N 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZJPL 1XWLA 1Z25A 4KHNA 4RCHA 3CCQN 3R9PA 4K8ZA 2QWQA 2YCHA 1OVYA 2KKZA 2OZMA 5C25A 4YDUC 4G9ZA 4ILGB 3UIQA 4F9OA 1Q86O 4BRKA 1KVCA 4IBNA 3DRSA 3J8AA 4DR7K 1VRTA 3AVGA 3O9SA 3I8BA 3CCVN 1VK0A 5DM6L 1FW6A 4AHRA 4CK2A 3EE8A 4O0IA 3D6RA 5GINA 1OVQA 3CMAN 4CJVA 2P9PA 3SV4A 1RDWX 3SUPA 2NZTA 3EEQA 1X9MA 4DR6K 1SV5A 2NRWA 2E2PA 3BF3A 3DLLL 4B1ZA 2NRZA 4JI0K 3A0IX 3R1XA 3LDPA 1Z26A 3WXLA 4JHDA 2HHVA 3CCSN 5E84A 3HRGA 5MLCQ 2P1JA 3VGMA 3FFIA 2UXCK 4X66K 1IG9A 2BGGA 3HO1A 1L3VA 4GV6A 4YOTA 3PX6A 1T44A 4LY7A 2E4LA 2D0CA 4IOXA 3QB0A 1KXPA 1VHXA 3AGRA 2QWPA 1B92A 2ZM6K 3H6EA 2E2OA 3PO5A 3M8SA 1KAYA 1C0TA 3VA3A 3B6OA 3O5BA 1QS4A 1EWQA 1JLFA 3VEWA 1C1BA 5GIOA 1RT3A 3LAMA 5CR4A 1J6ZA 4HCCA 4ELVA 1NMNA 4J2AA 1NKEA 2XY8A 1Y64A 3RWUA 1LW2A 5F1XA 2G8HA 2W40A 4KHPK 1RT2A 2YHAA 4DB3A 5J2QA 2OANA 3LPTA 2I7NA 5KPRA 4E89A 3AARA 3HK2A 3QDKA 1QHTA 4O5FA 2Q2RA 3VQ7A 2IGIA 1Q9XA 3AVIA 3CCRN 4BRGA 4DQRA 1FKPA 4IG3A 3ATUA 3SQ4A 4DUZK 4DTUA 1W97L 4CJWA 4LC9B 1CXUA 5LMNK 3T69A 3D2EB 1CZ9A 3AVBA 2PYLA 4M3WA 1YJNN 3CHWA 3QIPA 4A62A 4ID5A 2QWMA 4DU4A 1W9HA 3KK2A 5FROA 4DR5K 4OKJA 3V6DA 3VQAA 2QWRA 4DHYA 3OYFA 3THVA 1HNVA 4JD2A 1WLJA 3VQBA 3I0RA 3T1AA 1RNHA 3AVMA 4KH4A 4C1NK 2UXDK 4FZXC 4O8UA 1BUPA 3TU5A 3P31A 4B9TA 4E3SA 1BI4A 1QVFM 4RW6A 3DMJA 2KTQA 1GLDG 2P5OA 4CF2A 4CHOA 3LAKA 5GAHP 4BRMA 4DQIA 2E1YA 3M6GA 1XUPO 4PY5A 1HR0K 4C8KA 4JN4A 3FZFA 2HHUA 5AQIA 4YOXA 2ZD1A 3GDQA 3V9SA 1MWKA 4E1NA 1NWKA 4PL7A 2QTDA 4LFCK 4JRQA 1BQMA 4KHSA 4A5AA 3O08A 3RRHA 1QQMA 3F2KA 3P38A 5HOOA 4FZYA 3CC7N 3RSEB 3IUCA 2PAVA 1KTQA 4FXDA 3HSTB 4FK4A 1HUXA 3HOTA 4FW1A 1KC8O 1SL0A 4Z4IA 3E9LA 3AVFA 1RBTA 4FJMA 4B3OA 1VQ5N 4J2BA 4I2PA 1GLJO 1ZBFA 4H0OA 4Z4CA 2PBDA 3O3GA 3H1QA 3BZCA 5AQYA 4FJIA 4CJ3A 3HXMA 5BN9A 3F73A 2UXBK 4CZKA 1N34K 1YVNA 1W7AA 4MDBA 2O8DB 2BE2A 4OKEA 3V9XA 4CEOA 1IV0A 4BACA 4BE1A 3TTFA 3HTVA 3TWHA 3V81A 3V1OA 2V7ZA 1KLNA 3S3OA 3B8AX 3FGUA 1VQLN 4QCLA 1NKCA 3CXCM 3VQPA 3NH1A 1X9SA 1YIJN 2ZJQL 4BC4A 3SJJA 2E8AA 2UUAK 4HTUA 1W0HA 3SAGA 1NBWA 5BRDA 3VGLA 3J80O 5C42A 2X6SA 4FLZA 3VQEA 3RR8A 2J4RA 2Q0UA 4CGJA 1J54A 3CETA 5HRNA 4XH4A 4CGIA 2GWKA 4IWVA 1FKOA 4C8OA 1S1UA 3ZSVA 2QWNA 4W5TA 4IJAA 3ZETA 2P51A 4BRHA 4WQ4C 3ZSOA 1BIZA 3THXB 2QKBA 4NYNA 3PUFA 1NK8A 4W5NA 4CJQA 4M63C 4BRDA 1JJ2M 1QQNA 2NRTA 3DXKB 1IJJA 2QEXN 3HZ6A 1NMDA 3CYMA 5FPDA 1TKZA 3MN9A 3SQ0A 5AQMA 4Z94A 4NCAA 3SI6A 2LSNA 4DSFA 3M8PA 2O8CB 4BGBA 3DLRA 4CHZA 2KZZA 3C65A 3ZSYA 5AQXA 1FXXA 3CJ7A 3PSIA 2HHWA 3VQ6A 3ENBA 1TAUA 1WBDA 2P9UB 5CZ2A 1TAQA 3ATVA 1TV6A 1C1AA 4JKDA 3VTIA 5AQJA 3H3OB 3DLHA 4JI8K 3RMAA 2BH1A 5T7BA 1VQ8N 4N5SA 1NJWA 4H5NA 1KD1O 1VQ9N 3TTDA 2IIRA 3BY5A 3KD1E 3AO3A 3FE1A 5KPZA 1VSHA 2P9SB 1NGBA 2FXUA 3THYB 2G8UA 2QM1A 3OA9A 4KTQA 1REVA 1SL1A 4CJRA 1LAVA 3VA0A 5J2PA 3AO4A 3H1VX 1JLQA 1T8EA 3L8BA 4C1NI 4NO7A 3IS9A 1KAXA 4JK8A 3VQ9A 2G8KA 4CF1A 4DFMA 1ASVA 1X9WA 5CYMA 1VQNN 3D2EA 1RT5A 5C15A 3SNNA 3L2UA 3DLGA 4WQ5A 2OZSA 4DV1K 3LDOA 4CE9A 3AVJA 3L4QA 3KLHA 1KCFA 4IFVA 5GAEP 4JNEA 2HBLA 3WXKA 1JLCA 3WNFA 3HM9A 1ASWA 5AZIB 4FLUA 5AQRA 3AVNA 3NGIA 1GLEG 1S9GA 4O44A 1ITGA 3K2PA 3EL2A 1TL3A 1KAZA 4CHNA 1D8YA 1LWCA 4OGCA 1NGGA 4PUOA 3J7ZO 3NVMA 2YKMA 3EN9A 3V4IA 4CF8A 5AQPA 4NB4A 2KHOA 3NBPA 1A5WA 3PV8A 5KTQA 3BF1A 2F7TA 1S1WA 2QA4N 4H0VB 2Z1GA 3TSPA 1RT7A 3VF2A 4PKHA 3VEZA 3CC2N 1UA0A 1NK5A 4IKFA 1BIUA 4B3SK 4CGHA 4KHUA 4B9LA 3LP0A 4LF5K 1LCUA 1RT4A 5DMRA 4FLTA 3RR7A 1TKTA 2Q97A 3GBTA 4JEPA 5JVHL 3CCJN 3AA2A 2YHWA 3RSEA 2HNYA 5HL7L 4DFKA 3QMLA 4FWNA 3ULDA 2FF3B 1ZC6A 4ISEA 1YXQA 4DV2K 1A5XA 1ASUA 4K0KK 4I9LA 3CFPA 4B1XB 2ASPA 2BANA 2D4WA 3J7YP 4BWJA 1U4BA 1DTTA 1S3XA 1WSGA 3MECA 4OPJA 1SQKA 3OYNA 1YVUA 2NRVA 3TR8A 5M1NA 3E01A 3ZT3A 3PX0A 4KI6A 4Z4HA 1WNSA 3DYAA 4IJNA 3SQ2A 5LJVA 4AM6A 3DRRA 3VPZA 1WOQA 1YTUA 1YF5L 5BN8A 4F3OA 4E7HA 3QFUA 2IVPA 5LMUK 3HP6A 2FBYA 3L0QA 4NLBA 3OBWA 4OPHA 3BUZB 2ZGZA 2KZMA 3VOVA 4X62K 4V19S 2VCPA 1KRPA 4CZHA 4OLAA 1QZ6A 4FW2A 2A5XA 4JAXA 3OYKA 3AO5A 2ZF5O 2E2QA 3C0BA 5I3UA 4HTLA 4DV0K 1GOCA 4B8AB 3MX2A 3WQUA 1SL2A 4CJ5A 3P39A 4BY9C 4H5TA 3FZKA 3U9ZA 4CW7B 3P5JA 4K25A 2ZGYA 1L3SA 2UUBK 5KQ8A 3F9KA 1YITN 3M1FA 3TAGA 2PZSA 4OJRA 3LM9A 3O9QA 3DXKA 1HX1A 3K5MA 2YJFA 1N33K 3C95A 4FWSA 4IDKA 3HPGA 4DTPA 3U6FA 4LF6K 4FJXA 2A1RA 4FWQA 5FDLA 4BG8A 2RHKA 3ID8A 5LJWA 4BWMA 1QQOA 4BRAA 4JI1K 4DV3K 3I56N 2CGJA 4OKKA 1NGHA 5ADXH 1WSJA 3CFOA 4IO9L 3D0PA 1QTMA 2IAJA 4CBUA 2AP1A 1ZBLA 1BO5O 1ZBHA 3S3NA 4CHQA 3EZWA 4UQGA 3BZKA 2P9SA 3O1WA 3ZSRA 3LWLA 1J5OA 3DOLA 3A8YA 4CZGA 3SPZA 3U3YA 3OTOK 4YHHK 1IBKK 2D5RA 5DK5A 4IXCA 1QSSA 3L4IA 5HROA 2JLEA 2A1SA 3QEXA 1HLUA 4DQQA 4DV4K 2NRHA 2F8TA 1U6ZA 3KK3A 1ZBUA 3OS2A 2XRIA 4RW9A 4WE1A 5AQNA 1QSLA 1KVAA 4AHTA 4ISFA 4W5QA 1EX4A 3U8XA 3NVKA 1XMQK 4FJJA 4H0PA 4CBWA 4CFBA 3CFRA 3MDQA 4OPAA 4Q0BA 2QKKA 4I7FA 1D9DA 4JI6K 3T7ZA 4HVJA 1V4SA 5I9EB 1JLEA 4CFAA 1U2VA 5J2MA 4EIAA 1N8RO 4B1UB 1TK5A 3GE1A 4ILJA 1MWMA 2IC3A 1S72N 1T05A 5GADP 3ENHA 5I42A 5EX5A 1KQSM 3ZLJA 2GBZA 3TPQA 1NGFA 3LP3A 5F2RA 2HMPA 3QERA 1EP4A 4CJLA 4E1MA 3ZT4A 4K43A 1B9DA 4BRFA 2DTUA 5M1KA 1YI2N 3P1GA 3FZMA 3E66A 4CEFA 2NUBA 1TKDA 4M42A 3C7NA 3PX4A 1CZAN 3EE9A 1Q18A 3SUQA 3CCMN 3KLFA 4CI6A 3ZCMA 4QOZB 3MX5A 3LWMA 1MU2A 1LAWA 1NJIO 5FPNA 2OYQA 4FM2A 5FPMA 4FJLA 3LM2A 4FL9A 5HRRA 1Q9YA 3CF5L 1NK6A 3NFAA 3CG7A 4FM0A 4QS7A 3KLIA 4GV9A 4Y0WA 4RWTA 1KFDA 4R79A 5E26A 4CK1A 2P9NA 3AO1A 4DTOA 2QK9A 4CF9A 4L8RB 3L2RA 4H03B 4Y1CA 1OH7A 3LDNA 3KD5E 3SK3A 1G99A 1D9FA 4BE2A 1IBLK 2D0BA 2XHBA 4LFBK 3OYJA 1N6QA 2X74A 3UKRA 4AH9A 4JI2K 4BQLA 4XH1A 3EZ5A 1C0FA 4MFBA 4KHYA 4B1WB 3M8QA 4GMJB 3VQ5A 4A59A 4KH6A 5AQLA 3ZT2A 5HRSA 2PY5A 2YI1A 1HRHA 3DJCA 2FC0A 3KZBA 1EKEA 3C6TA 4C23A 2QXFA 4CEEA 4B3MK 4E7KA 1GLLO 3MEGA 3PLAA 1BDGA 4YNQA 3SQ1A 4K42A 2O8FA 4CK3A 3AY9A 4DR2K 3HPHA 2ETJA 2P9IB 1GOBA 4WFBL 4EFHA 3Q7BA 3KTQA 3OYHA 3WNHA 2W42A 3WXIA 2V52B 4H0TB 4DTXA 4FK2A 4JKAA 2HBJA 4B9NA 3KWIA 4DUYK 2UUCK 1CZBA 4DR3K 1YUWA 3KWGA 2VWKA 2Z1HA 5BPLA 4ZTFA 5SWMA 3VENA 2YNIA 5ADXA 1LV5A 3QEVA 1NGEA 4ZHRA 4CJKA 1A5VA 5SZTA 5GAGP 2O8EB 4Y1DA 3NDKA 3QIOA 4CERA 2VG7A 1EQYA 1VSDA 4FWRA 1HKCA 4O5BA 4AHUA 3HVRA 4DFJA 2GX9A 4H0YB 2KQ2A 2KLAA 1SKWA 4BDZA 1H1VA 4YFUA 1NK7A 4CD1A 3IRXA 3V9WA 4R5PA 5BR8K 3J7AP 1JLGA 2KFZA 2IS3A 4DWIA 1S1VA 1HJRA 4GVMA 4Q5VA 4AHVA 4E7IA 4WYBA 4CJUA 1RDDA 3OJUA 1XMOK 2HHQA 4CJPA 2F9TA 1YJWN 3VQ8A 3A5LC 1K8KA 4F3TA 3CQXA 4JK9A 4JKGB 5M1PA 3NMUA 4B9UA 1LOTB 4O55A 3PO4A 1WN7A 4LF9K 5C12A 1IKYA 1T3VA 3J81O 1S6PA 2Z1IA 4BR5A 4E7LA 4XIUA 4LFAK 5KGWA 1U45A 4B9VA 1TKXA 2NNWA 3SJHA 2VWBA 4DTRA 2HVHA 4BR7A 3H45C 3MAQA 1NKBA 2JGUA 4YORA 3ZX3A 2F4VK 2O4GA 3O80A 3E9OA 3SBTA 3LZJA 4DKWA 4RG8A 3V9UA 3VERA 5AQZA 1VRUA 4HHTA 2E1ZA 3DLEA 1HJOA 2VG5A 1RFQA 4CZIA 5JVGL 1WB9A 3O8MA 1ZBIA 1TGOA 4DTMA 4JI5K 4XH5A 4C8LA 4DTJA 5M1FA 3CIPA 5EVZA 4BRQA 4E7JA 1BL3A 4M3RA 2VGNA 1W2BM 1XC3A 5JS2A 4BREA 5ELZA 4F4KA 1B9FA 4NXMK 1K8AO 1NGCA 2DFHA 4DCHA 2QW9A 1NK9A 2VQEK 5BREA 2XO7A 4O0JA 3O4NA 2Y1IA 4KREA 4FLVA 4LF8K 1RT1A 3R3LA 3LP1A 2Z1JA 1L3UA 4XEIA 1SKSA 3A2FA 4I6MB 1SS6A 3R8EA 1GOAA 4CJ7A 3OHRA 1R0AA 3DLKA 4BRIA 4E19A 3VQDA 3AV9A 4HCBA 3HM8A 4B9MA 3UKUB 1NJYA 1K6YA 2ATQA 1X1PA 3EYZA 4JLHA 2QI2A 3QBWA 4B3TK 3MN7A 3U3GA 3Q7CA 2P9IA 4AM7A 1DEJA 1JL2A 1X9JA 4DV7K 3M5RA 2F8SA 4JV5K 1JKHA 4DLEA 3MXJA 4IZ9A 3CQYA 1RTIA 2WBNA 3IG1A 1Q82O 3FLCO 4ELUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KD1 O;  2ZJP L;  1VQ9 N;  3CCQ N;  1Q81 O;  4UY8 O;  1OVY A;  3CCR N;  3OW2 M;  1YJW N;  4WFA L;  3CCU N;  4IOA L;  1K9M O;  1Q86 O;  3G4S N;  1VQN N;  3G6E N;  1VQL N;  3CXC M;  4U67 L;  1VQM N;  3CCV N;  5DM6 L;  1YIJ N;  2ZJQ L;  5GAE P;  1YJN N;  4IOC L;  3CMA N;  1M90 O;  4WFB L;  1N8R O;  3DLL L;  3PIO L;  1S72 N;  3J7Z O;  5GAD P;  1Q82 O;  1M1K O;  3CC4 N;  3CCS N;  5MLC Q;  1KQS M;  3CME N;  1QVF M;  3CCE N;  1YIT N;  5GAH P;  1VQK N;  4WCE L;  5DM7 L;  1YHQ N;  2QA4 N;  1JJ2 M;  3CD6 N;  1YI2 N;  3I55 N;  3G71 N;  1QVG M;  3CC2 N;  2QEX N;  1VQ4 N;  1VQ7 N;  1VQO N;  5JVG L;  1VQ6 N;  3CCL N;  3CPW M;  3CCM N;  1ILY A;  2ZJR L;  4WF9 L;  5GAG P;  5JVH L;  3CCJ N;  5HL7 L;  3CC7 N;  1NJI O;  3I56 N;  1K73 O;  2OTJ N;  5H1S Q;  3CF5 L;  1KC8 O;  4IO9 L;  1W2B M;  4WFN L;  2OTL N;  1YJ9 N;  3PIP L;  1VQP N;  1Q7Y O;  1VQ5 N;  1VQ8 N;  1K8A O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZJP L;  1XWL A;  1Z25 A;  4KHN A;  4RCH A;  3CCQ N;  3R9P A;  4K8Z A;  2QWQ A;  2YCH A;  1OVY A;  2KKZ A;  2OZM A;  5C25 A;  4YDU C;  4G9Z A;  4ILG B;  3UIQ A;  4F9O A;  1Q86 O;  4BRK A;  1KVC A;  4IBN A;  3DRS A;  3J8A A;  4DR7 K;  1VRT A;  3AVG A;  3O9S A;  3I8B A;  3CCV N;  1VK0 A;  5DM6 L;  1FW6 A;  4AHR A;  4CK2 A;  3EE8 A;  4O0I A;  3D6R A;  5GIN A;  1OVQ A;  3CMA N;  4CJV A;  2P9P A;  3SV4 A;  1RDW X;  3SUP A;  2NZT A;  3EEQ A;  1X9M A;  4DR6 K;  1SV5 A;  2NRW A;  2E2P A;  3BF3 A;  3DLL L;  4B1Z A;  2NRZ A;  4JI0 K;  3A0I X;  3R1X A;  3LDP A;  1Z26 A;  3WXL A;  4JHD A;  2HHV A;  3CCS N;  5E84 A;  3HRG A;  5MLC Q;  2P1J A;  3VGM A;  3FFI A;  2UXC K;  4X66 K;  1IG9 A;  2BGG A;  3HO1 A;  1L3V A;  4GV6 A;  4YOT A;  3PX6 A;  1T44 A;  4LY7 A;  2E4L A;  2D0C A;  4IOX A;  3QB0 A;  1KXP A;  1VHX A;  3AGR A;  2QWP A;  1B92 A;  2ZM6 K;  3H6E A;  2E2O A;  3PO5 A;  3M8S A;  1KAY A;  1C0T A;  3VA3 A;  3B6O A;  3O5B A;  1QS4 A;  1EWQ A;  1JLF A;  3VEW A;  1C1B A;  5GIO A;  1RT3 A;  3LAM A;  5CR4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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