1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
1VQ4N 4WFBL 3PIOL 1VQ7N 3CCEN 3CCMN 1OVYA 4UY8O 3CXCM 1W2BM 1YJNN 1M90O 3CCQN 5GAGP 1YIJN 3CC2N 5GAEP 2QEXN 1KD1O 3CMAN 1KQSM 3CCRN 1JJ2M 1K8AO 1VQPN 2OTLN 3CCSN 1S72N 5GADP 5DM6L 3OW2M 2OTJN 1K73O 5HL7L 3CD6N 1VQNN 2QA4N 1K9MO 5JVHL 1VQLN 3J7ZO 4WFAL 5H1SQ 3CCVN 4IOAL 2ZJRL 1Q86O 4WF9L 1VQ5N 3CCJN 3CMEN 2ZJQL 1NJIO 4WFNL 3CC4N 3CCLN 1VQ8N 4IOCL 1VQMN 1Q82O 5GAHP 3G6EN 3G71N 1QVFM 1QVGM 1VQON 1ILYA 1M1KO 5MLCQ 3DLLL 3CCUN 4U67L 1YJ9N 1N8RO 1YHQN 3PIPL 3I56N 1KC8O 1Q81O 1VQ9N 1VQKN 1YITN 5JVGL 4WCEL 1Q7YO 5DM7L 2ZJPL 3I55N 3CPWM 1YI2N 3CC7N 1VQ6N 4IO9L 3CF5L 3G4SN 1YJWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ6A 3LZJA 2A1SA 4DV7K 3H46O 3OVNA 2VQEK 3D2FB 4G9ZA 4ILJA 1EWRA 1NK8A 4DU1A 3ZSZA 4DG1A 5E26A 4PKIA 3ULDA 2D0PA 2GV9A 3L8BA 1QQNA 1EO1A 2RHKA 5SWMA 2O8CA 1LW2A 2P9LA 1QE1A 1JCFA 3R3LA 4FL9A 5EVZA 2EHGA 3HO1A 3HOTA 1JLEA 2XRIA 4JNEA 4W5QA 4A2AA 3OY9A 4JV5K 3VEOA 4B3OA 2IC3A 1IKYA 3CQXA 3JAMO 4IWVA 4FWNA 3FZHA 3EZWA 3HVTA 4DQ8A 2ZJRL 2FSJA 3A5MC 4KH4A 3ZX2A 5EX5A 4BQZA 2ZD1A 2P9LB 2E1ZA 1GOBA 5F1XA 3L2RA 4CZMA 1Q9YA 4ISGA 3MK6A 4DFKA 2A40A 1JXEA 1R59O 4BR0A 4CIEA 1G99A 4Z4EA 3DXKA 4PL7A 4BACA 1BCOA 2YHYA 1UA0A 1QVFM 3E1YA 3EZ5A 1LWEA 2YJEA 3BEXA 1ILYA 1WN7A 4H4OA 2RN2A 4A57A 3F9MA 3CI5A 5AQWA 1T3VA 2P5GA 3O3GA 2DPNA 2A5XA 3KD5E 3VQ9A 2NRRA 3EE9A 5DMRA 2EX3A 3NE6A 5C24A 1YITN 4B9NA 2J4RA 4FWRA 3MDQA 1ZBFA 4KKOA 2UXBK 2FBXA 3PX0A 3DM2A 2A41A 2I7NA 3DXKB 4K41A 4CFCA 4M3RA 1JL1A 3CC7N 2BDPA 4XH5A 4IO9L 4CEFA 3RR8A 3C95A 4JI0K 5M1FA 3FGUA 3ENBA 1TK8A 5JLHA 3AARA 3AO2A 2BGGA 3QLHA 3WQTA 3K5MA 1VAZA 2PFUA 2WONA 2BUPA 4BC2A 3SZ2A 1XC3A 4O8UA 4EIAA 3SQ1A 3HPHA 1WSHA 4RCHA 3U8XA 1X1PA 3LDQA 3LP3A 2BTFA 1HPZA 4B3TK 1VRTA 5LMNK 1DKGD 4BR7A 3OYMA 1T44A 3C65A 4M3TA 3WNEA 4ELUA 2W40A 3JS6A 3OYCA 3MWPA 2QA4N 2O4GA 1QS4A 1K9MO 3I0RA 1X9WA 1Z6RA 3CJ9A 4FLVA 5HRPA 4DU4A 2HSTA 1DGKN 4F2SA 3VF2A 3IG1A 3O9QA 4IJAA 4JI5K 2IDOA 4IOAL 3O4NA 4BRPA 3S3NA 2HVIA 2NRXA 2ZF5O 1J9AA 3CMEN 2HNZA 4ILHA 4O8KA 1YVNA 1XI1A 1E4GT 2A42A 3O8MA 4CIGA 4WFNL 4X62K 4B9TA 4FLWA 4B3SK 3C7NA 4O4GA 2FXUA 3LDSA 3BDPA 2OZSA 1QSYA 2CH5A 1EWQA 3BUZB 4CJ4A 2YNIA 3VF6A 4YNQA 1FKPA 3CCUN 3AV9A 2YHBA 3N4PA 4CJFA 4KTWA 4B9SA 1FJGK 4BRAA 3NGZA 3DLRA 4JI4K 4CF2A 1Y97A 1NK6A 2E20A 1MA9B 1HMVA 1NGEA 3VEXA 1SKWA 3N4QA 3C7NB 4KHPK 3MECA 3F73A 4MFBA 3IDHA 1VRUA 3SNNA 5EOYA 4BE0A 4ELVA 2Q36A 2F7TA 4FPAA 4QS9A 4FZXC 2QWRA 4QAGA 4A61A 4BRMA 4KTQA 3ENOA 5GIOA 2NRZA 1N5YA 2P9NA 3UE5A 1KVBA 2V51B 4LH4A 4KI4A 4Z94A 1TKDA 1NJWA 5AQQA 3P39A 5LY3A 3T3FA 2BE2A 4B1ZA 2QI2A 1ZBIA 2JWKA 3AVAA 4EHUA 3C94A 5KGWA 1W7AA 3L4QA 3SBTA 5AQRA 4BDPA 5C10A 1HNWK 4X65K 1Q18A 2D5RA 1IJJA 4AQYK 2CGJA 2HOEA 5C12A 2P9NB 3K5LA 3KLFA 4I9QA 2CGLA 1EQYA 3DRPA 4OKKA 4BC4A 3LP1A 3AVJA 3CCVN 2I5JA 1XMQK 1ITGA 4KREA 1U48A 3NBPA 2VWBA 3HTVA 4E1NA 1VQ5N 2ZJQL 4YORA 3HT3A 4AM7A 4U7BA 2VGMA 1RTIA 3KLEA 3SK3A 1B9DA 4H8KA 3DRSA 4CJ7A 4IG3A 2F8TA 4FJLA 4CZHA 4MLHA 5HOOA 2WOMA 4YDUA 4HTUA 4PHTX 4F9OA 1ATSA 3CFRA 1M1KO 5MLCQ 5KTQA 1C0MA 4QS7A 2A3ZA 3RTVA 4EZ9A 3SUPA 1IG8A 1I39A 2FSKA 5J2NA 3PY8A 2WC9A 3OTOK 3QERA 2YNHA 5HRSA 4Q5VA 3O3FA 1KSPA 3EN9A 1T6DA 3H45C 4NCAA 4M3WA 1FK9A 3CETA 1SL1A 1S1TA 5KGXA 4FJ9A 4WQ5A 2P51A 3P31A 1ZBUA 2Z1GA 4FM0A 1VQ4N 3RMDA 3ZETA 4BROA 4KAZA 3KHYA 3VTIA 3LDLA 4FJ5A 3O5BA 5J2QA 1L3VA 1X3MA 4B9LA 4YFUA 4DQIA 4K25A 3U3YA 4H0XB 4CZKA 1RDAA 1BOTO 5M1KA 3A5LC 4RW8A 4GV9A 2E1YA 4FO0A 4YOVA 4NCBA 3NAEA 3BZKA 2G8HA 3NGIA 4M3XA 2NNWA 1TUUA 4AHCA 4B9UA 5GADP 4N47A 1U4BA 2KHOA 2F9TA 3ZETB 1TK0A 1T7PA 2WUSA 3SUNA 3O3HA 3AVCA 3WXMB 1HQEA 4BRHA 1DTQA 3BY5A 3GL1A 4O5BA 4KB0A 4CGIA 3DRRA 5H1SQ 3T19A 3GE1A 1RBTA 2GWKA 1NK0A 2FBTA 2OCEA 5J1EA 1QSSA 4F8RA 4DV0K 1RT1A 1WAJA 5AZJA 3SBGA 3ZEUA 4WQ4A 3I8DA 5M1OA 3A5OC 1VK0A 1I3AA 3SJJA 5AQKA 3CC4N 4DTMA 4KFBA 3K57A 1D9DA 4CJUA 3OS1A 3K5OA 3VEZA 3QEXA 3DJCA 1Z26A 1TVRA 4W5RA 5HROA 3L2WA 4PKGA 1F21A 4N56A 3VN5A 4OX9K 4IDKA 3DXMB 2P9PA 3E01A 2D4WA 4W5NA 3AAPA 3JSMA 1NK5A 3SV3A 1RNHA 4XEIA 3WNGA 1RDUA 3PIPL 2NUBA 1UOCA 4B1UB 1TKZA 4LF5K 4DMNA 4LF6K 5AZJB 4KHQA 3ZEUB 4H5VA 4IG0A 4N76A 4H0TB 2KZMA 3LP0A 4BWMA 5AQMA 1TKXA 5C0YA 2HVHA 2X74A 1QTMA 4R79A 3MEGA 4DTPA 3P4IA 3CM5A 1O13A 3CF5L 3OYAA 3ZLJA 4OJRA 4E1JA 2WFBA 3ENHA 4H5WA 4M7YA 2P9PB 3MWTA 4YOYA 4DR1K 4FLTA 1NOZA 3MX2A 4O0JA 3HPOA 1YAGA 4FK2A 2YKMA 4UY8O 3OYHA 1YJNN 1D9FA 2HB5A 3EY1A 1U49A 4JI3K 3CCQN 4DSJA 4O0IA 1LW0A 1U6ZA 5AFUA 2WBNA 1WSIA 3DYAA 1KD1O 5LL6Z 2IVOA 4H0PA 1JJ2M 3HZ6A 4RG8A 1S6QA 2HHWA 4BDYA 1VQPN 1NG9A 4DV3K 4HHTA 2HNYA 3DI6A 4FLXA 3V9XA 1HR0K 3Q7CA 4EHTA 2UXDK 2B6AA 1KCFA 1WLJA 3K9KA 4Z0UA 1KFSA 1BIUA 3IMXA 4OPKA 4CGHA 1WAFA 3MXJA 4O44A 3ZSOA 1GLFO 1NKEA 2GTDA 3LAKA 4FLUA 3RSEA 3ZYYX 3VA0A 1XNRK 3QNNA 2OANA 4H4MA 4Z4CA 4KHYA 1N33K 3CCJN 4ELTA 2KQ2A 4LFAK 4BRGA 3Q7BA 4GVMA 3RMCA 4CIFA 4JD2A 3J7YP 2UU9K 2UUAK 2GELA 1LV5A 4IO8A 1CXUA 1YVUA 5AQHA 3F2KA 2ZQBA 3QEWA 5AQOA 4OKEA 1CLQA 5BRHA 1IBKK 1HJOA 3V1OA 3VMFB 3PO4A 3RSEB 5BPNA 3NVMA 4DTNA 3T7ZA 4ID5A 2E6LA 4BGAA 1HNZK 1KC8O 4M7XA 4IZ9A 4DR7K 4CFAA 2OPRA 5BRDA 1L3SA 4BVPA 3G25A 3RR7A 3CIPA 3VPZA 4CEQA 4JD2B 5KQ8A 2D0OA 3O4WA 3RMAA 4B08A 4YDUC 4CJRA 1YTAA 5AQZA 4C8OA 1V4SA 4NLBA 3D2EA 3MEDA 3RRHA 3DOLA 4FJHA 5KPZA 3D2FA 3THWA 2KLAA 1LAWA 4PUOA 4AHVA 3CJAA 4LD0A 3F5TA 1UAXA 1C0TA 4CJLA 1Z25A 3LDNA 2ZWHA 3P5JA 5GAGP 1ATNA 2HMPA 5BN8A 2RKIA 3OBYA 4O5FA 3C6AA 3SQ2A 3MAQA 1RT2A 4FWKA 5BPMA 3QDKA 1FW6A 1NLVA 1ZBHA 4WQ5C 1HKBA 4Z4IA 1KLMA 4JKEA 4JK8A 2ASPA 3D2EB 4CD3A 1U2VA 4DTSA 5TKYA 3OYBA 1CZ9A 3WXLA 1K73O 1D8YA 2HHVA 3AA2A 2D1KA 3THWB 4BE1A 1ASUA 3HK2A 4B1VA 1X3NA 3DWLA 4DV5K 1L5UA 3HOSA 1VSFA 2HMIA 1TK5A 1C1AA 4Y1DA 1KLNA 3S9HA 3VENA 5E41A 4HCCA 3TANA 1QQCA 5AQYA 4BR5A 1SV5A 5AQIA 1J54A 4J8FA 5AQTA 3KLIA 3VTHA 1DLOA 2WTUA 4EFHA 4NB4A 3SUOA 2HBJA 2FF3B 1U2VB 4CESA 1NGBA 4JKCA 4GW6A 2FLOA 3VQ8A 3V9UA 5M1NA 3L2UA 2QTDA 4OLBA 4WQ4C 1YHQN 1NGJA 3J81O 1NGGA 4CJSA 5GIPA 3VQDA 4MQ3A 1JLQA 2YNFA 5FROA 1HYSA 2Y1IA 3D6RA 5ELZA 2EWSA 4K8ZA 1HRHA 4H0VB 4GKJK 4FWPA 4M3ZA 2XO7A 4AHRA 5AQGA 2OZMA 4FWQA 4KHWA 2V7YA 3AGRA 3ALYA 1HUXA 1IKWA 3OYGA 4NXMK 2KZZA 1EP4A 4DR2K 3L3VA 3AO3A 3OA9A 1VSLA 5JMVA 3CCMN 4DQPA 2UUBK 3VQ4A 1W97L 4LFBK 4DS4A 1TAQA 1RTJA 3ZSQA 2QEXN 4JYAK 4OKJA 3DLEA 5CZ1A 3ZX0A 1VSEA 1K8KA 3A2FA 4GY2B 3CCSN 2NZTA 1S72N 3ULEA 3QBWA 3TSUA 3I8BA 2W6KA 4DV1K 3JYTA 2PY5A 3FR0A 4OVLA 5TKWA 3QO9A 4CEAA 1ZXOA 2E2PA 2ZM6K 3ZSRA 1T05A 2E6MA 4IEIA 1HX1A 2IVNA 4N5SA 2W42A 2HF3A 4CK3A 3U3GA 2D0CA 1K8KB 3EKSA 1V4TA 5JS2A 3H3OB 4BY9C 2IAJA 3MXMA 2FC0A 2GUPA 3ID8A 1KAYA 1P90A 3ULEB 4DTJA 3NH1A 5BREA 4HTLA 3K2PA 4CF1A 3NH2A 4HCBA 4FJ8A 3G71N 4MO5A 4OGCA 1QHTA 4E19A 2YJFA 1MDUB 2YCHA 3NDKA 4FWSA 4DUYK 3AVGA 4W5OA 3WUHA 1JLGA 4FJGA 4Z4FA 1VQ9N 1VQKN 5I9EB 4GVEA 5B8HA 2RF2A 4XH4A 3B8AX 4EZ6A 2ZGYA 1SZ2A 2YNGA 2BANA 4DTOA 3U6FA 4CF9A 2Q1NA 1NM1A 3UB5A 3OYIA 3QB0A 4WFBL 2FBVA 4CEBA 4DS5A 4LH5A 4J2AA 3GOIA 1U47A 1TKTA 2G8FA 3TI0A 1YF5L 1WOQA 2Q2RA 3CXCM 4K43A 3S3MA 1W0HA 4DSEA 3TAQA 1OVQA 5BN9A 4BRIA 3TSPA 3CC2N 2NRTA 5GAEP 4FJKA 4CECA 3M6GA 3SCXA 4BRKA 4NXNK 3ZT2A 4CBWA 3R9PA 2G8IA 1BISA 5HBMA 3NF7A 2BH1A 2G8KA 1BCMA 4B9QA 2ZGZA 3DLHA 3OW2M 4C8MA 5K14A 1BGXT 1IV0A 1GLDG 1TV6A 4G1QA 4DF4A 4ISEA 1JCGA 3PSFA 4BRLA 2JGUA 1TAUA 1ZBLA 1VQLN 1J5EK 3A5NC 4XH1A 4BVOA 3QESA 3VQCA 3T69A 1MU2A 4GMJB 3CQ8A 1NMDA 2VCPA 4OGEA 3L3UA 3K5NA 3SLCA 1P8ZA 2VG6A 4JHDA 4CZIA 1VSMA 4V19S 1JLAA 4NYNA 4A2BA 4N41A 4GKKK 3DOKA 1Z05A 2YHXA 3K58A 3C0BA 3HPGA 3O9TA 1RTDA 3THYA 2RPIA 4HUFA 3H1QA 3DAWA 1IG9A 1S22A 4CGFA 1N32K 2B5JA 5CZ2A 1QVGM 3KTQA 1NK7A 4ID1A 4JKHA 5I42A 3VEWA 1U45A 2E5LK 4FW1A 3CQYA 3ID6A 1J53A 3ZT1A 3AVKA 5AQFA 2G8WA 4IFEA 4JHDB 3EL2A 4TSXA 2QK9A 4OO1J 3VESA 2QXLA 4DWIA 3K0SA 1IBLK 3NGYA 3HM9A 1GLEG 4M45A 4X64K 2PYLA 4CGGA 4LF8K 1C0GA 3THYB 4AM6A 3G4SN 3FFIA 4CERA 4FW2A 1GLJO 4OPJA 3AVFA 3AO4A 3LPTA 4FZYA 1NU0A 4CEOA 2NLXA 4CD1A 4H0YB 4CW7B 1YIJN 2KFNA 3L2QA 4FJNA 1XC9A 4JEPA 2P5OA 3O6WA 5M1QA 1RBUA 1GLCG 3KLGA 3CJBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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