1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
2OTLN 1K8AO 5GAEP 1NJIO 4IOCL 1VQPN 3CCQN 1K73O 1OVYA 3CC4N 4IO9L 1M90O 5DM6L 2QEXN 4UY8O 3OW2M 1VQ8N 1Q86O 1QVFM 3CMEN 1W2BM 3G71N 5GAHP 3I56N 1N8RO 5DM7L 3PIOL 1JJ2M 3CCUN 3CC7N 1VQ4N 2OTJN 5GADP 3CCJN 3CF5L 1VQKN 1M1KO 1YJWN 1VQ7N 1KQSM 3CCLN 5GAGP 1YI2N 3CCEN 3CD6N 4IOAL 1ILYA 3G6EN 4WFAL 4WF9L 1YITN 1Q7YO 3G4SN 2QA4N 1VQLN 1YIJN 1VQMN 2ZJRL 1QVGM 3CCMN 1VQ6N 3CCRN 2ZJQL 4WFNL 3PIPL 5HL7L 3J7ZO 3CCVN 5MLCQ 1KC8O 1YHQN 4U67L 1K9MO 3CMAN 4WCEL 1VQON 3CXCM 1VQNN 4WFBL 1Q82O 5JVGL 1VQ5N 3I55N 1YJ9N 3CPWM 5JVHL 1Q81O 5H1SQ 1VQ9N 1YJNN 2ZJPL 1S72N 3DLLL 3CCSN 1KD1O 3CC2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTNA 2AJQA 2OTLN 3CHWA 3DLHA 1TVRA 1DT9A 5BR9A 4BACA 4FJXA 4E7JA 4FW2A 4DQRA 2ASMA 4JKEA 3T19A 3RMAA 1W0HA 3RMBA 4DR4K 2WOMA 3V81A 5KPTA 3RRGA 2E5LK 4FWLA 1KFDA 1WAJA 3K5NA 2OPPA 3I0SA 4C1NI 3AA3A 3CERA 4CVNE 4I7FA 3AVHA 1HQEA 2UXCK 5LY3A 4XEIA 5AZJA 1K8KA 4ELUA 1X3MA 3CCJN 2YNFA 3R8EA 2XY5A 4GVMA 1RDAA 2O8DA 4B3SK 4GVEA 3VGMA 2X6NA 3WEEB 2O8CB 3U3YA 2JLEA 2YHXA 4CZMA 3U4LA 4DTOA 4X62K 4B9UA 4BDYA 1KFSA 1HRHA 2W40A 3QIPA 5A2QO 4KHSA 4CESA 3LM9A 3AVKA 2PYLA 3F9KA 3K2PA 1KCFA 2YKMA 5BRFA 1T05A 5GIOA 4DR7K 1UOCA 1GOAA 3OJSA 1I3AA 4KB1A 4BRKA 3HPOA 1QHAA 5KRSA 4B1XB 3VQ9A 4A5BA 5KTQA 3SJHA 5AQTA 1EXQA 3OYMA 2PAVA 3FZKA 4QS9A 3L4IA 4FCYA 4ICLA 3O4NA 4H0XB 3L8BA 3OS2A 4FLWA 4K0KK 1NWKA 2HF3A 1XC3A 3L6QA 4RW9A 4AF1A 3P5JA 5JVHL 4LSNA 3AO5A 2BDPA 3VOVA 3V9XA 1CZ9A 2ZJPL 1JL1A 4CEDA 4CJ3A 3ULDA 1HYZA 3TR8A 5AQVA 4DR6K 4B08A 4DQSA 4B9TA 3SZ2A 3QINA 4JKBA 3LDSA 3DLKA 3FZMA 1OH8A 3MN7A 3LP0A 4RW4A 1K73O 4CK3A 1IKVA 3OYEA 4BRMA 1YTAA 2OPRA 2IVOA 3G0ZA 1REVA 3K5MA 5EU7A 4BWMA 4JKHA 3I33A 3ZSXA 5EXWA 1JKHA 4CFAA 4N47A 1RT3A 3ZT3A 4DQIA 4FW1A 3V9SA 2ZWHA 3CJCA 3F5TA 3MMVA 1X9WA 1QVFM 2Q31A 4JRPA 1QQNA 3G71N 3UB5A 3HJFA 2YNHA 1N8RO 5LMUK 4BE2A 2F8TA 2DY4A 2D0PA 4R79A 3B6PA 1EWRA 4B1VA 3DYAA 4DTXA 4JEPA 3NCIA 3CCLN 4JI5K 1RNHA 3TU5A 2A40A 2A42A 1F21A 4BRDA 3TTFA 4CZJA 5CYMA 3HPGA 1IO2A 5F0XA 1RBSA 1SL2A 5HBMA 4AH9A 4X65K 1TKDA 4A61A 2DFEA 2OZMA 5AQLA 1CZBA 1UA0A 1IBLK 4JRQA 3LM2A 1C0MA 3P39A 4I6MA 4B1UB 2ZGZA 4KH5A 3O4WA 5EOYA 1U48A 4CIGA 3H1VX 4MQ3A 3KLIA 4DMNA 2HNZA 4FLZA 3E9OA 2G8HA 2X6SA 4CF1A 1QSYA 1CXQA 4FL9A 1L3UA 4DQPA 3TABA 4FK2A 4RW8A 3H3NO 2WTUA 3THXA 2Z1GA 1L5UA 4M3XA 4KREA 5ADXH 3ZX3A 1KVCA 5CZ1A 3WNGA 1IJJA 3VTHA 4DSJA 3GOIA 3NMUA 4KHWA 5M1NA 4KI6A 4FWNA 3HBTA 3H6EA 3EYZA 2P9UA 5ELZA 4OPHA 3VQ8A 1M90O 2QKKA 1BIZA 1YAGA 3BEXA 4OPJA 1BO5O 3LDOA 4LH4A 3E9PA 1E3MA 1V4TA 4IJNA 1HPMA 3WNEA 1RBRA 5AZJB 4FLXA 3VEZA 4DV1K 1YF5L 3IRXA 1K8KB 2FF6A 3NF7A 2NRHA 2FLOA 4BRFA 2QXLA 3M8QA 3MN6A 4E1JA 3E66A 4FJ5A 4HCCA 5AQIA 4BQZA 3E9LA 1HNVA 4CHPA 4BVOA 1MWMA 2OTJN 1ZYQA 4LF6K 4DG1A 3O3HA 4B9QA 3LDQA 1T6DA 2R7YA 3MXMA 4CGDA 4GMJB 2KW4A 1WB9A 1YI2N 3ATVA 4H0OA 2KTQA 2X78A 3G6EN 3SUQA 4WF9L 2G8WA 2J4RA 3O3GA 3CYMA 4FJ8A 5E26A 4YY3K 4FJLA 5IT9O 4CBUA 5AQSA 3L0QA 2HF4A 3NAEA 4BR0A 1NKBA 4J2AA 4IFEA 4JKDA 2GWKA 2OCEA 2OZSA 4Z4FA 2B4JA 4DHYA 3O9QA 3CFRA 3M3ZA 4CFCA 1VSMA 1BISA 1Q9YA 3OYKA 3ZETA 3WT0A 3NH0A 3OYCA 1YHQN 4C8LA 1RT1A 3KK1A 2A3ZA 1NK0A 5LMNK 3CMAN 3O9RA 5DK5A 1GLEG 2F8SA 5FLXO 4DF4A 4PL7A 1RDUA 5FPNA 4OVLA 1DTQA 2UU9K 1D9FA 2QWOA 4IWVA 3CIPA 4LF4K 3SQ0A 4KHYA 4CZKA 2QXFA 2RKIA 1OH5A 1TKTA 1KD1O 1UWBA 5FPEA 5BR8K 2HBMA 4FPAA 5C25A 3UKUA 3O5BA 4FJ9A 3QO9A 4M7XA 1TYQA 1K8AO 3DXKA 3LAMA 1WN7A 2A6AA 3H08A 3V4IA 3CJBA 5JLFA 3GBTA 4LF7K 2P9PB 4Y0WA 1LCUA 4HHTA 4DU4A 1NJZA 3MX5A 3ZT2A 5FRNA 4FM1A 3CI5A 2E2NA 4ELVA 4O8KA 4DV0K 3FZFA 1XWLA 4TSXA 3VQDA 4XH1A 3BF3A 3ZT1A 5F1XA 4K8ZA 1W2BM 3LDLA 3V9ZA 3V9WA 3ZSZA 3CJ1A 1JJ2M 5AQXA 4JN4A 2AP1A 3ZX0A 3BZKA 3LALA 2WC9A 3M8RA 4O0IA 1EETA 3T3FA 1X1PA 1TAQA 1Y97A 4YOVA 4KH4A 4KBOA 4AM7A 1VAZA 4B8CA 3AA4A 4BROA 3AAPA 4K41A 3N4PA 1S1TA 1SKWA 2YJFA 4PUOA 2E6LA 4YNQA 3UE5A 4NYFA 4FVMA 4L3QA 3IKMA 1QQOA 3AVBA 4M3WA 3HYFA 3UIQA 3VQ4A 4G9ZA 1T8EA 2V52B 2V7ZA 3FZHA 2NLXA 1S1WA 2AA4A 4CHQA 3J7AP 2DFFA 3H45C 3J7ZO 5CY4A 4PL8A 2KKZA 4FVUA 1KSPA 2KZZA 5AQYA 4F4KA 4PHTX 3THXB 3HSCA 4AILC 4E7IA 4F3OA 2E2OA 1RT5A 2FBXA 4OKEA 1Q82O 5JVGL 3D45A 2GUPA 4JKGA 2YI1A 4B3RK 1EKEA 3ISNC 4CJ7A 3K9KA 2P9UB 4NCAA 5BREA 1D4XA 3Q7BA 1QZ5A 4HUFA 5HRPA 1HMVA 3KTQA 2Y1IA 3OYLA 3HP6A 4ILGB 4CIEA 1U47A 3SV3A 2EX3A 4DTSA 3J80O 3HRGA 4DTPA 4DWIA 3T7ZA 1IH7A 3F2KA 2PY5A 4CZEA 3SJJA 3PV8A 1FK9A 5E41A 4MO5A 1HYVA 1ZBLA 1QQCA 3FZLA 4CW7B 3K5LA 1Q86O 3HSTB 1ZBFA 1Q8IA 1ASWA 4CBXA 3VTIA 4IEEA 3RR8A 4DR5K 1SS6A 1WSEA 1M1KO 1UAXA 1HNXK 2Q1NA 4OGCA 1C1CA 3QEIA 1B92A 4XH5A 5GAGP 3O8MA 3GG4A 3VQCA 4A2BA 3C6TA 2D4WA 4JI3K 4EIAA 2Q3SA 4LSLA 4BR7A 2QKBA 3HO1A 2HHUA 3ENBA 1RGIA 1RTDA 4FJMA 5AQJA 2HHTA 1QS4A 2ZJRL 5CZ2A 3DXMA 3HM9A 2P9SA 1D8YA 4DFPA 4IJAA 1DEJA 3TAMA 1WSFA 3T1HK 4CJRA 3SAGA 1VSKA 1WSGA 1VSDA 1NGGA 3IFRA 3DI6A 2FBTA 2OANA 4A57A 2BUPA 5J2NA 2P5GA 4I9QA 1NGCA 1B9DA 1HNIA 1HQUA 3QFPA 4FWSA 4KI4A 3CQYA 5BN9A 1HX1A 1IG9A 1LW2A 3C0BA 4WFBL 4PKIA 3KWIA 4PQUA 2D0BA 4H4MA 3UKUB 1EO1A 1RDWX 2A5XA 4BWJA 2PYJA 5DMRA 2P9LA 4H8KA 5SZTA 4RW7A 4CCHA 2NZTA 3GE1A 1C1BA 3DWLA 3HOSA 3D6RA 4CBWA 1HKBA 2D0AA 3MAQA 1XMOK 1TUYA 3CJAA 3LZJA 4CJKA 3KLHA 4DV4K 4IOCL 2ZD1A 1G99A 2QWRA 4DSKA 2Q0UA 4GV6A 4O8UA 3RTVA 5HOOA 3VEXA 2VQFK 5AZIB 3BF1A 1OH7A 3O4QA 4WQ5A 4K43A 4JKAA 4H5RA 1RCHA 5AQFA 3CMEN 1Q9XA 1V4SA 4WQ4C 4FJIA 1N32K 1RT4A 5GADP 4M3UA 3OYFA 3O9SA 3O9TA 5HRRA 1YJWN 2KLAA 4ELTA 5F2RA 3EO3A 1JCFA 1WOQA 1ASUA 3ZSYA 1NGFA 2XHBA 4YDUC 3SMSA 3MX2A 3QDKA 4FOEA 3OY9A 3TSUA 4M41A 4EZ6A 1JLAA 3MN9A 4Z4HA 4LD0A 3VENA 3CCMN 5GINA 2VWBA 1VQ6N 1C0UA 4CD1A 4N76A 3V1RA 2G8IA 1C1AA 1IKYA 5AQUA 3VQBA 2ZF5O 4O5FA 1FKOA 3GL1A 4CJLA 2QTDA 3VEYA 3NF8A 3RSEA 1B9FA 3KZBA 4B1ZA 3Q7CA 4AHVA 2KHOA 4K8XA 5CR4A 4M3TA 4E7LA 2VGMA 4C8OA 4DSIA 4OLAA 3R6MA 2QWMA 2NRWA 4CI6A 1BWFO 2UXBK 4CFDA 3LWMA 2OYQA 4CF8A 2O8FA 4H5VA 1GLJO 3NVMA 3ZYYX 3K0SA 4Z4IA 3EY1A 2Z1JA 5FDLA 3VPZA 3OBYA 4V19S 2P9IB 1J5OA 3BDPA 2QWNA 3ULEA 3CFPA 4F2RA 1XHXA 2FXUA 3BUZB 4A62A 4CJ5A 1ITGA 3AVFA 3EZWA 1QSSA 5D3GA 1IG8A 4JI0K 4H03B 5I9EB 1WSJA 4KV8A 3VMFB 4B9SA 3MWPA 4JI6K 2FBVA 5AQRA 2BH1A 1QTMA 3JAMO 4C8MA 4YFUA 3AVAA 5GAHP 1ESVA 3DLEA 4BDPA 3DOKA 4GW6A 3SNNA 1J54A 3CC7N 1TK5A 1RDBA 1VRTA 1U04A 3WNHA 1JLQA 3HPHA 1VQ7N 1FW6A 2E1YA 4CJ4A 3R1XA 2P9KA 4H0YB 1JLBA 4GV9A 1ATSA 3FFKB 3DXMB 4BREA 4DSFA 2P9SB 2IIRA 2P1JA 1KAYA 3OYJA 1A5XA 2QWQA 5M1FA 2VWKA 2W6KA 4FLVA 4PA1A 1IKWA 2GELA 3C94A 5CYQA 3EN9A 3MEDA 5HP1A 2FSNA 4RTFD 4E19A 2YHYA 2GV9A 5T7BA 1VSLA 4CHZA 4JK7A 3V1QA 4IKFA 3AARA 4B1YB 4K42A 2ITMA 4LF5K 2D0OA 4BC2A 1SQKA 3FE1A 3LP1A 3A8YA 3K57A 2UYTA 4BVPA 2P9LB 3LPTA 4DTMA 5BRDA 4CJSA 5HRNA 1EQYA 5JS1A 1YUWA 3WXIA 4F9OA 3AVJA 3I0RA 1XC9A 3V1OA 4B9MA 2H3GX 4DLGA 1HYSA 4BC3A 5M1OA 3DLLL 2HW3A 4IDKA 1EWQA 1WAFA 3VQAA 3HVTA 3HL8A 3MCPA 1NJIO 3LDNA 3D0PA 3BGRA 3H3OB 1S3XA 3MECA 3CC4N 1Z6RA 1SAZA 3LDPA 4I2QA 1YVUA 4A5AA 3HZ6A 4H5NA 1RBTA 4I2PA 3VN5A 5KI6A 3AGKA 3SLCA 1RILA 3D2FA 3MEGA 4EZ9A 3MXIA 1TK8A 1G15A 3CPEA 1JL2A 2ZE2A 3O08A 1KLMA 1NNEA 4XIUA 4CZHA 5BPNA 3CJ9A 5DM7L 4QS8A 5M1QA 4JHDA 4CJQA 4CFBA 2Z1IA 1YTUA 4EHTA 5C10A 1RDDA 4JD2A 1T7PA 4M42A 2P9NA 3CG7A 4HTUA 1X9MA 2CGLA 2O4GA 2XO7A 4DFKA 3OYAA 3A2FA 4DV2K 3CD6N 2CGKA 3OYBA 3U6FA 2WBNA 2HHHK 1W9HA 3KVGA 3LL3A 3PLAA 3QEWA 2O8DB 5M1PA 2G8VA 4FJJA 2P5OA 3SPZA 5CE3A 3A5NC 1YIJN 3KLEA 1RTHA 4B9LA 3KK3A 1BA1A 1NK4A 5KGWA 1TKZA 4BR5A 1GOCA 2PFUA 4BR9A 5JS2A 3CCRN 2ZJQL 2YHBA 3RSEB 4CJFA 4CK2A 2IDOA 2GEMA 1XI1A 1IBMK 1DKGD 2VG5A 4NLBA 4JV5K 2CH6A 5AQWA 3VESA 4U67L 1ATNA 4EHUA 1JLCA 3QETA 3SQ1A 3CM5A 3CXCM 3C65A 2FF3B 3SYZA 1S1VA 3LANA 5AFUA 1S6QA 4CHOA 3CCSN 4EP5A 3PO5A 1BDGA 1ZBHA 4KHPK 4CEBA 1NOZA 3ULEB 3ZEUA 1N5YA 2YJEA 4PWDA 3QEVA 1EP4A 1VRUA 3MDQA 1OH6A 3KK7A 1S5JA 1BGXT 3V6DA 4QAGA 3AO2A 4E7KA 4RCHA 2WFBA 1GLLO 3QICA 2D0CA 2OPSA 3KIOA 1BL3A 2HNYA 3KKRA 4IZ9A 3OS1A 5FRMA 4NYNA 5HRSA 1JXBA 3B8AX 1VSIA 4W5TA 3CM6A 2W41A 1JXEA 3THYA 1J9AA 3P1GA 3LWLA 4CEOA 3KD5E 3CCUN 4CGGA 4FJ7A 3K59A 2G8UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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