1VQKL

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vqkL02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vqkL01
3CC4L 1VQ7L 1YITL 3CC7L 3OW2K 1VQ4L 3G71L 1M1KM 3G6EL 1Q81P 2QA4O 3CMAL 1N8RM 1W2BK 3CC2O 2OTJL 3CCMO 1YI2L 3CCEO 3CCSO 1M90M 1VQNO 3I55L 1YJWL 3CPWN 1QVFN 1VQ5L 3CD6O 1VQ9L 1YJ9O 3OW2N 1K8AM 1VQ8L 3G4SO 1KC8M 3CPWK 3CCJO 1KQSN 1VQPL 1YHQL 1YJNO 1Q81M 2QEXL 3CCRL 3CCVL 1Q86P 2OTLO 1KQSK 1K73P 3CCQO 3CC2L 3CCML 3CCEL 3CCSL 1VQNL 1QVGN 1VQ6O 3CCLO 1VQ4O 1VQOO 1VQML 1VQKO 3CD6L 1KD1P 3CXCN 1QVGK 2OTJO 1YJ9L 1Q82P 3G4SL 3CCJL 1K9MP 3CMEO 1Q86M 1YJWO 1JJ2N 1S72L 1YIJO 3CXCK 2QA4L 1JJ2K 2OTLL 1VQLO 3I56L 3I56O 3CCUO 1VQPO 1Q7YP 3CC4O 1VQ7O 1YITO 3CC7O 1KD1M 3G71O 1VQ6L 3G6EO 1NJIP 1Q82M 3CMAO 3CCLL 1VQOL 1YI2O 1K9MM 1VQKL 3I55O 1M1KP 1N8RP 1K73M 1YJNL 1VQ5O 3CMEL 1M90P 1VQ9O 1YIJL 1VQ8O 1VQMO 1Q7YM 3CCQL 1YHQO 1K8AP 1KC8P 1VQLL 1NJIM 1QVFK 1W2BN 2QEXO 3CCUL 3CCRO 1S72O 3CCVO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC4L 5DS5A 1VQ7L 1YITL 3CC7L 3OW2K 1VQ4L 5DLJA 3G71L 1M1KM 3G6EL 1Q81P 2QA4O 3CMAL 1N8RM 1W2BK 3CC2O 4W8KA 2OTJL 3CCMO 1YI2L 3CCEO 3CCSO 1M90M 1VQNO 3I55L 4WJ0A 1YJWL 3CPWN 2YZSA 1QVFN 1VQ5L 3CD6O 3NKDA 1VQ9L 1YJ9O 3OW2N 1K8AM 1VQ8L 3G4SO 1KC8M 3CPWK 3CCJO 1KQSN 1VQPL 1YHQL 1YJNO 1Q81M 2QEXL 3CCRL 5FCLA 3CCVL 1Q86P 2OTLO 1KQSK 1K73P 4QDLA 3CCQO 3CC2L 3CCML 5DQTA 3CCEL 3CCSL 1VQNL 1QVGN 1VQ6O 3GODA 3CCLO 1VQ4O 1VQOO 1VQML 1VQKO 3CD6L 1KD1P 3CXCN 1QVGK 2OTJO 1YJ9L 1Q82P 3G4SL 3CCJL 1K9MP 3CMEO 1Q86M 1YJWO 5DS4A 1JJ2N 1S72L 5DS6A 1YIJO 3CXCK 5DQZA 2QA4L 4XTKA 1JJ2K 2OTLL 1VQLO 3I56L 3I56O 3CCUO 1VQPO 1Q7YP 3CC4O 1VQ7O 1YITO 3CC7O 1KD1M 3G71O 1VQ6L 3G6EO 1NJIP 1Q82M 3CMAO 3CCLL 1VQOL 4P6IC 1YI2O 1K9MM 1VQKL 3I55O 1M1KP 1N8RP 1K73M 1YJNL 1VQ5O 3CMEL 1M90P 1VQ9O 1YIJL 1VQ8O 1VQMO 1Q7YM 4N06A 3CCQL 1YHQO 1K8AP 1KC8P 1VQLL 1NJIM 1QVFK 1W2BN 2QEXO 3CCUL 3CCRO 1S72O 3CCVO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CC4L 5DS5A 1VQ7L 1YITL 3CC7L 3OW2K 1VQ4L 5DLJA 3G71L 1M1KM 3G6EL 1Q81P 2QA4O 3CMAL 1N8RM 1W2BK 3CC2O 4W8KA 2OTJL 3CCMO 1YI2L 3CCEO 3CCSO 1M90M 1VQNO 3I55L 4WJ0A 1YJWL 3CPWN 2YZSA 1QVFN 1VQ5L 3CD6O 3NKDA 1VQ9L 1YJ9O 3OW2N 1K8AM 1VQ8L 3G4SO 1KC8M 3CPWK 3CCJO 1KQSN 1VQPL 1YHQL 1YJNO 1Q81M 2QEXL 3CCRL 5FCLA 3CCVL 1Q86P 2OTLO 1KQSK 1K73P 4QDLA 3CCQO 3CC2L 3CCML 5DQTA 3CCEL 3CCSL 1VQNL 1QVGN 1VQ6O 3GODA 3CCLO 1VQ4O 1VQOO 1VQML 1VQKO 3CD6L 1KD1P 3CXCN 1QVGK 2OTJO 1YJ9L 1Q82P 3G4SL 3CCJL 1K9MP 3CMEO 1Q86M 1YJWO 5DS4A 1JJ2N 1S72L 5DS6A 1YIJO 3CXCK 5DQZA 2QA4L 4XTKA 1JJ2K 2OTLL 1VQLO 3I56L 3I56O 3CCUO 1VQPO 1Q7YP 3CC4O 1VQ7O 1YITO 3CC7O 1KD1M 3G71O 1VQ6L 3G6EO 1NJIP 1Q82M 3CMAO 3CCLL 1VQOL 4P6IC 1YI2O 1K9MM 1VQKL 3I55O 1M1KP 1N8RP 1K73M 1YJNL 1VQ5O 3CMEL 1M90P 1VQ9O 1YIJL 1VQ8O 1VQMO 1Q7YM 4N06A 3CCQL 1YHQO 1K8AP 1KC8P 1VQLL 1NJIM 1QVFK 1W2BN 2QEXO 3CCUL 3CCRO 1S72O 3CCVO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC4 L;  1VQ7 L;  1YIT L;  3CC7 L;  3OW2 K;  1VQ4 L;  3G71 L;  1M1K M;  3G6E L;  1Q81 P;  2QA4 O;  3CMA L;  1N8R M;  1W2B K;  3CC2 O;  2OTJ L;  3CCM O;  1YI2 L;  3CCE O;  3CCS O;  1M90 M;  1VQN O;  3I55 L;  1YJW L;  3CPW N;  1QVF N;  1VQ5 L;  3CD6 O;  1VQ9 L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  1K8A M;  1VQ8 L;  3G4S O;  1KC8 M;  3CPW K;  3CCJ O;  1KQS N;  1VQP L;  1YHQ L;  1YJN O;  1Q81 M;  2QEX L;  3CCR L;  3CCV L;  1Q86 P;  2OTL O;  1KQS K;  1K73 P;  3CCQ O;  3CC2 L;  3CCM L;  3CCE L;  3CCS L;  1VQN L;  1QVG N;  1VQ6 O;  3CCL O;  1VQ4 O;  1VQO O;  1VQM L;  1VQK O;  3CD6 L;  1KD1 P;  3CXC N;  1QVG K;  2OTJ O;  1YJ9 L;  1Q82 P;  3G4S L;  3CCJ L;  1K9M P;  3CME O;  1Q86 M;  1YJW O;  1JJ2 N;  1S72 L;  1YIJ O;  3CXC K;  2QA4 L;  1JJ2 K;  2OTL L;  1VQL O;  3I56 L;  3I56 O;  3CCU O;  1VQP O;  1Q7Y P;  3CC4 O;  1VQ7 O;  1YIT O;  3CC7 O;  1KD1 M;  3G71 O;  1VQ6 L;  3G6E O;  1NJI P;  1Q82 M;  3CMA O;  3CCL L;  1VQO L;  1YI2 O;  1K9M M;  1VQK L;  3I55 O;  1M1K P;  1N8R P;  1K73 M;  1YJN L;  1VQ5 O;  3CME L;  1M90 P;  1VQ9 O;  1YIJ L;  1VQ8 O;  1VQM O;  1Q7Y M;  3CCQ L;  1YHQ O;  1K8A P;  1KC8 P;  1VQL L;  1NJI M;  1QVF K;  1W2B N;  2QEX O;  3CCU L;  3CCR O;  1S72 O;  3CCV O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC4 L;  5DS5 A;  1VQ7 L;  1YIT L;  3CC7 L;  3OW2 K;  1VQ4 L;  5DLJ A;  3G71 L;  1M1K M;  3G6E L;  1Q81 P;  2QA4 O;  3CMA L;  1N8R M;  1W2B K;  3CC2 O;  4W8K A;  2OTJ L;  3CCM O;  1YI2 L;  3CCE O;  3CCS O;  1M90 M;  1VQN O;  3I55 L;  4WJ0 A;  1YJW L;  3CPW N;  2YZS A;  1QVF N;  1VQ5 L;  3CD6 O;  3NKD A;  1VQ9 L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  1K8A M;  1VQ8 L;  3G4S O;  1KC8 M;  3CPW K;  3CCJ O;  1KQS N;  1VQP L;  1YHQ L;  1YJN O;  1Q81 M;  2QEX L;  3CCR L;  5FCL A;  3CCV L;  1Q86 P;  2OTL O;  1KQS K;  1K73 P;  4QDL A;  3CCQ O;  3CC2 L;  3CCM L;  5DQT A;  3CCE L;  3CCS L;  1VQN L;  1QVG N;  1VQ6 O;  3GOD A;  3CCL O;  1VQ4 O;  1VQO O;  1VQM L;  1VQK O;  3CD6 L;  1KD1 P;  3CXC N;  1QVG K;  2OTJ O;  1YJ9 L;  1Q82 P;  3G4S L;  3CCJ L;  1K9M P;  3CME O;  1Q86 M;  1YJW O;  5DS4 A;  1JJ2 N;  1S72 L;  5DS6 A;  1YIJ O;  3CXC K;  5DQZ A;  2QA4 L;  4XTK A;  1JJ2 K;  2OTL L;  1VQL O;  3I56 L;  3I56 O;  3CCU O;  1VQP O;  1Q7Y P;  3CC4 O;  1VQ7 O;  1YIT O;  3CC7 O;  1KD1 M;  3G71 O;  1VQ6 L;  3G6E O;  1NJI P;  1Q82 M;  3CMA O;  3CCL L;  1VQO L;  4P6I C;  1YI2 O;  1K9M M;  1VQK L;  3I55 O;  1M1K P;  1N8R P;  1K73 M;  1YJN L;  1VQ5 O;  3CME L;  1M90 P;  1VQ9 O;  1YIJ L;  1VQ8 O;  1VQM O;  1Q7Y M;  4N06 A;  3CCQ L;  1YHQ O;  1K8A P;  1KC8 P;  1VQL L;  1NJI M;  1QVF K;  1W2B N;  2QEX O;  3CCU L;  3CCR O;  1S72 O;  3CCV O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CC4 L;  5DS5 A;  1VQ7 L;  1YIT L;  3CC7 L;  3OW2 K;  1VQ4 L;  5DLJ A;  3G71 L;  1M1K M;  3G6E L;  1Q81 P;  2QA4 O;  3CMA L;  1N8R M;  1W2B K;  3CC2 O;  4W8K A;  2OTJ L;  3CCM O;  1YI2 L;  3CCE O;  3CCS O;  1M90 M;  1VQN O;  3I55 L;  4WJ0 A;  1YJW L;  3CPW N;  2YZS A;  1QVF N;  1VQ5 L;  3CD6 O;  3NKD A;  1VQ9 L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  1K8A M;  1VQ8 L;  3G4S O;  1KC8 M;  3CPW K;  3CCJ O;  1KQS N;  1VQP L;  1YHQ L;  1YJN O;  1Q81 M;  2QEX L;  3CCR L;  5FCL A;  3CCV L;  1Q86 P;  2OTL O;  1KQS K;  1K73 P;  4QDL A;  3CCQ O;  3CC2 L;  3CCM L;  5DQT A;  3CCE L;  3CCS L;  1VQN L;  1QVG N;  1VQ6 O;  3GOD A;  3CCL O;  1VQ4 O;  1VQO O;  1VQM L;  1VQK O;  3CD6 L;  1KD1 P;  3CXC N;  1QVG K;  2OTJ O;  1YJ9 L;  1Q82 P;  3G4S L;  3CCJ L;  1K9M P;  3CME O;  1Q86 M;  1YJW O;  5DS4 A;  1JJ2 N;  1S72 L;  5DS6 A;  1YIJ O;  3CXC K;  5DQZ A;  2QA4 L;  4XTK A;  1JJ2 K;  2OTL L;  1VQL O;  3I56 L;  3I56 O;  3CCU O;  1VQP O;  1Q7Y P;  3CC4 O;  1VQ7 O;  1YIT O;  3CC7 O;  1KD1 M;  3G71 O;  1VQ6 L;  3G6E O;  1NJI P;  1Q82 M;  3CMA O;  3CCL L;  1VQO L;  4P6I C;  1YI2 O;  1K9M M;  1VQK L;  3I55 O;  1M1K P;  1N8R P;  1K73 M;  1YJN L;  1VQ5 O;  3CME L;  1M90 P;  1VQ9 O;  1YIJ L;  1VQ8 O;  1VQM O;  1Q7Y M;  4N06 A;  3CCQ L;  1YHQ O;  1K8A P;  1KC8 P;  1VQL L;  1NJI M;  1QVF K;  1W2B N;  2QEX O;  3CCU L;  3CCR O;  1S72 O;  3CCV O; 
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