1VQMN

The structure of the transition state analogue "dan" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqmN00
1K9MO 1VQKN 3PIPL 1K73O 1VQ4N 1YJNN 4WFNL 3G4SN 2ZJPL 5DM7L 1YITN 2QEXN 3I55N 5HL7L 5DM6L 5H1SQ 3CPWM 1M90O 1N8RO 3CCVN 1YIJN 1QVGM 2ZJRL 1Q81O 1YJWN 1KQSM 1YI2N 1Q82O 4IOCL 4WCEL 1VQ7N 4U67L 4WFBL 1VQ6N 1KC8O 3I56N 3G71N 5GAEP 1YHQN 3CC7N 3CMAN 2OTJN 3CCUN 3CC4N 3CCMN 1NJIO 3CC2N 2QA4N 5GAGP 3CCEN 1ILYA 4IOAL 1VQLN 2ZJQL 3CF5L 1OVYA 3J7ZO 1KD1O 1VQ5N 5GADP 5MLCQ 3CCQN 1VQ8N 4WFAL 3CCJN 3CXCM 4IO9L 1Q86O 1JJ2M 3OW2M 1VQMN 1Q7YO 1S72N 5GAHP 3CCRN 3PIOL 1M1KO 1K8AO 3CMEN 3CD6N 1VQON 5JVHL 4WF9L 3DLLL 1QVFM 1YJ9N 4UY8O 2OTLN 1VQ9N 1VQNN 3G6EN 1W2BM 1VQPN 3CCLN 3CCSN 5JVGL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJNA 2D1KA 4HVJA 2HNZA 3KIOA 5AQVA 2W6LA 5C2FA 2P9UB 3KK1A 4DTPA 3JSMA 3SBTA 2Y1JA 1RT2A 2ZD1A 4FZXC 3HSCA 5I42A 4CEQA 1CZAN 3DLHA 1T6CA 4FOIA 3G10A 3ULEA 1YF5L 4DF8A 1VRTA 3AAQA 3A5OC 1KLNA 4EZ6A 3U9ZA 4A5BA 1OH8A 2VG6A 3BUZB 1KTQA 5HROA 1ZBHA 1HKCA 1EP4A 3FZKA 2BH1A 1KVBA 5JLHA 1UA1A 2O8BB 3K5MA 4KFBA 3SV3A 2IVOA 4CEEA 3EKUA 3VEXA 1RT1A 3F9MA 1Q82O 2BUPA 1IKVA 1OH6A 1B9DA 2NRHA 4H4MA 3I56N 4CZMA 4CEBA 3MMVA 3O3HA 4LFCK 2A3ZA 4AHTA 1T05A 3CC2N 4DSKA 1W97L 4JK8A 3IS9A 4CBWA 2E2OA 1X9MA 4Q0BA 4DV6K 2F9WA 1WOQA 2GWJA 1BO5O 4JKHA 3BF3A 4DV1K 1VQ5N 4BG9A 3CCQN 3LDLA 2FXUA 1LV5A 1RDBA 3VENA 2UUBK 5CYMA 2ZGZA 2HNYA 4CHNA 3FZFA 3NVMA 3VQEA 3WXKA 3M8PA 1E3MA 4N41A 4LF9K 4EHTA 2KQ2A 4DFKA 2HHWA 1IJJA 4FLUA 5AZJB 3RWUA 1QZ6A 1GLCG 3IKMA 2EX3A 1VHXA 3M1FA 2OPPA 1ASWA 3MEGA 4X66K 4O5FA 1IG8A 4FO0A 3AGKA 4Z4GA 5KPZA 1TK8A 3HPGA 2GV9A 5HRPA 3QFPA 1GOBA 3VQ6A 2HW3A 1N36K 2YNGA 1RT4A 4CI6A 4Y1CA 3LL3A 3U9DA 4B3TK 2O8EA 4IO8A 3LWMA 5E41A 4CGJA 1XNRK 1NJYA 1RDUA 5FLXO 1ZC6A 3MECA 4LD0A 1XWLA 3AVIA 4QAGA 4CK1A 4IEEA 4FZZA 3CCVN 1YIJN 3HJFA 1TK0A 5AQHA 4NLBA 4KV8A 5AJ3K 2PFUA 5AQWA 1L3UA 1ZBIA 4BVOA 4M45A 2NNWA 1NMNA 2NZTA 2BDPA 4JKGA 4NB4A 2FBTA 4Y0WA 2JWKA 3C7NA 3Q7BA 2F8TA 4ID5A 4TSXA 3CM5A 3ZSRA 2FSKA 1HR0K 3VA3A 4DU3A 4BRCA 3FZMA 4BC3A 3MN9A 2A41A 4I6MB 4CJ4A 5I3UA 4CHPA 3L4QA 3DXMA 3A5NC 1WB9A 3OYJA 1S1UA 3SPYA 3R3LA 3A5LC 4H03B 4AHUA 4CJEA 3EE9A 4BRAA 3S3OA 3BZCA 3LDOA 4BRHA 1EQYA 5J2PA 4M3XA 5D3GA 5AZIB 1LW0A 4Z4IA 1NWKA 3CCRN 3OYNA 4PY5A 5AQXA 3PIOL 1NGFA 4LF8K 2KHOA 3THXB 3VQCA 5AQMA 1BG3A 3WNGA 4JKEA 4DHYA 4IG0A 1FJGK 3ZSYA 3H3NO 2J4RA 5CZ1A 1U49A 5AQZA 4L8RB 1QSYA 4CJTA 2FSNA 4OKEA 4KH4A 3OS1A 3QDKA 4RTFD 2QK9A 3S3NA 3HSTB 4GV6A 2P1JA 1R0AA 1TYQB 2KZZA 3J7AP 1BCOA 1X3NA 2P9NA 3OS0A 1SQKA 4RCHA 3ZT3A 3OYLA 1T6DA 5E84A 5J2NA 1HNXK 3THWA 3SJJA 4GW6A 4E7LA 1N33K 2XY7A 3BF1A 4JAXA 4JI0K 4M42A 1T03A 3C6TA 4CJSA 4FLXA 1C1CA 3LALA 1EKEA 1Y97A 1M90O 4DR2K 4PUOA 4XIUA 4GV9A 1TKXA 4G9ZA 4B08A 3N4PA 4DS4A 2WC9A 3BZKA 5K14A 1ATSA 4PL7A 1LW2A 3NCIA 5FPEA 4QS8A 4M3TA 1BDGA 1BI4A 3EN9A 3SMPA 3VGLA 4BC5A 1A5VA 4O8KA 5KTQA 3CC4N 4CFCA 3OYFA 1NK8A 4M63C 3CJCA 4OPAA 1JXBA 5KPRA 1BIUA 4MLEA 2HMIA 3V9ZA 3WT0A 5BPMA 3Q7CA 4B9MA 2VWJA 4CGDA 4FYDA 1KD1O 3UIQA 3A2FA 4BRKA 1BL3A 3N4QA 3ZT2A 1NNEA 1J5OA 3UKRA 3TARA 3HK2A 1Q86O 4KHWA 2O8FA 1B92A 3J8AA 3V4IA 1TAQA 3RMAA 1BCMA 3AO3A 3P38A 3OTOK 1HKGA 5C25A 2F96A 1WSHA 4I9QA 5EX5A 1KFSA 5M1FA 4HTUA 2E1YA 2RF2A 5E26A 3GDQA 5F0XA 4FLWA 1NBWA 4JI6K 4IFEA 3HM8A 1JL2A 4RG8A 1NLVA 1VQNN 1RDCA 4FK0A 3CFOA 3QIOA 1VQKN 4JHDA 1HYZA 2DPNA 2UYTA 3PIPL 4DR5K 1VSKA 4JV5K 1ZBFA 4B1WB 4CJUA 1N6QA 3KTQA 4HUFA 1SL0A 3VQBA 3DI6A 3LDSA 4CHYA 1BA0A 2Z1JA 4FWSA 3FE1A 4MDBA 4CJVA 3NGZA 1NGCA 3F5TA 1GLBG 5HL7L 4B9SA 2W40A 3M8SA 1RDDA 3EO3A 1GLAG 4YOVA 3LP3A 1TAUA 2D4WA 2RKIA 5JS2A 1BISA 3I8DA 5AQTA 3AA3A 1LWCA 1KQSM 3L2VA 4FWLA 3NMUA 4BDZA 3QERA 4CERA 1VRUA 1ESVA 2F8SA 4E7IA 1VQ6N 3LAMA 3SAHA 5HOOA 1LWEA 4E1NA 2ITMA 4JEPA 3NE6A 4C23A 2P9SB 4KHPK 5BRDA 2QW9A 1A5WA 3OYAA 4B8CA 4KHYA 2I7NA 1X9JA 5LJWA 2F9TA 3KVGA 4DSJA 1NGBA 3WEEA 1GOAA 1I3AA 3J7ZO 3V1RA 3AVKA 2YHWA 4FVMA 4DTMA 2VYPA 1NG9A 2E88A 3KD1E 4DKWA 5HP1A 5LMUK 1YVNA 4DFMA 1HUXA 2CGLA 2QWPA 1SV5A 3SAFA 4JKBA 2KKZA 1K8AO 3UB5A 3O5BA 3VF2A 3ZETA 3OYMA 2HF4A 3E01A 2G8WA 4E19A 1K8KB 1TL3A 3CFRA 1NJZA 3S3MA 3ZX3A 2OZSA 5CYQA 3C6HA 4KHNA 2HVIA 2UXCK 4ID1A 2HB5A 3FFIA 1K9MO 4O55A 2E2PA 3GE1A 3MAQA 4CEDA 5BPLA 3QBXA 1NK5A 2O8DB 4DU4A 3MK6A 2E6LA 1QQNA 2GUIA 2OPSA 3MDQA 2NRZA 2HSTA 3LDNA 3DWLA 4JI5K 3I55N 1VSLA 4H5TA 3DRSA 4F8RA 4IXCA 4A2AA 1SL2A 4JK7A 1YI2N 3OBWA 3ALYA 5JS1A 4JKFA 1ASVA 4LF6K 3I0RA 3SUPA 3HM9A 1X9SA 5F1XA 1VQ7N 1QTMA 4BQZA 3K59A 2VGNA 4M3UA 2ZE2A 3A0IX 3O3GA 4CESA 3G71N 4BR0A 3QBWA 1KAYA 3QO9A 3SQ1A 4W5TA 1UAXA 1IV0A 4BGBA 1HNIA 2QA4N 4CGFA 3CCEN 2B6AA 4YORA 4CJ7A 4ILGB 3VQDA 4DV0K 2RN2A 2QWNA 1T8EA 1DEJA 1S1XA 4BC4A 4CCHA 3CJ9A 3TSQA 3LAKA 1KRPA 2Z1HA 1WNSA 4ISEA 5A2QO 4BR5A 4YOYA 5AQOA 4CK3A 1X1PA 1BGXT 2D5RA 3CXCM 3M6GA 4DTNA 1ATRA 4B3MK 1Q7YO 1FXXA 3E1YA 3WNFA 4B1XB 3R6MA 4HUEA 3T3FA 5AQJA 5LMNK 1WSJA 4KBOA 3TAQA 3K57A 1Q18A 1XMOK 1D9FA 2G8HA 3OYKA 3VEVA 3CD6N 2X6SA 5FPNA 4FJMA 4BQLA 4FJJA 3L2UA 4F2SA 2G8FA 4NYFA 3VMFB 4GKKK 3HPHA 1YT3A 1Y64A 4CJQA 1NK7A 2PYJA 2QWRA 3P31A 3O80A 4B3SK 3C0BA 4DQIA 3BY5A 5EXWA 4FJLA 4ELTA 4C8KA 2JGUA 2ITGA 4O0JA 4DFJA 3TSPA 2OPRA 4CJWA 3HO1A 4PWDA 2O4IA 4Q5VA 3CQ8A 3IMXA 4YFUA 2V51B 4GMJB 5AQUA 4A2BA 4AH9A 1E4GT 4DLGA 3TWHA 3QB0A 4BRMA 1Z6RA 3TAFA 3SUQA 1NKCA 4PKIA 5CE3A 4JK9A 3ULEB 3B6OA 3VOVA 4HUGA 3H46O 3QMLA 4FWOA 4QCLA 4KKOA 4GVMA 4CHQA 2HHTA 4F4KA 5C2DA 3A5MC 1S3XA 3WXLA 2Q2RA 1EX4A 3AO5A 4AF1A 2G8KA 2VQEK 3C94A 3FZLA 4AILC 1RBSA 4B9QA 1KC8O 2NRRA 4KHSA 3CQYA 4MFBA 1YTAA 4M7XA 1S5JA 4MDAA 4LFBK 4ILJA 4AM7A 3V81A 4DMNA 2AJQA 3SBGA 4XH5A 1U04A 2XY5A 5EY4A 4IOXA 5M1PA 3TAEA 3NF6A 4JD2A 4PL8A 5EU7A 4HTLA 2P9UA 2FBYA 4KO0A 2HBLA 4KREA 1MU2A 2HBJA 3KWIA 3KHYA 3PO5A 3SV4A 4CD1A 4DQRA 3IAYA 3JAMO 4FJ5A 4BR4A 5CZ2A 3HI0A 4B9VA 3GL1A 1S72N 1C0UA 1YUWA 3HP9A 4E7JA 5KQ8A 4ZTFA 3SQ4A 3BP8A 1NK4A 3P83D 2PY5A 4N5SA 1YAGA 3E9PA 2OPQA 4B8AB 1JKHA 1TGOA 2XY8A 3FFKB 2G8IA 3QLHA 3HVTA 1O13A 4ISGA 4BRDA 2IIRA 4JI3K 1W7AA 3O4QA 1IH7A 3VF4A 1C0GA 5AQQA 3HP6A 1L3SA 2WBNA 4WQ5A 1OH5A 3O9QA 4JNEA 3O3FA 3U6FA 3H45C 2CH6A 3LZIA 3CJAA 4CZKA 2PZSA 1MA9B 4JI4K 5EVZA 3CI5A 4LY7A 3QEIA 4LFAK 2NRVA 4OKKA 1L3TA 3ATVA 1T7PA 4Z4EA 1HX1A 2FBXA 3FR0A 1SKRA 3KZBA 4W5QA 4CGIA 2Q0UA 4ZTJA 3LP1A 2Q36A 4O0IA 4K25A 4R79A 2O8EB 2A1RA 4E7HA 3RR8A 3VA0A 4FWPA 3ITHA 4BRNA 4CF1A 4CHZA 4FSVA 3ZEUA 1NK9A 3AVMA 2ASPA 3JS6A 4U67L 4FLVA 4K8ZA 2P9KA 2YNIA 4DTRA 3TAMA 4O44A 2PAVA 4BE2A 5IT9O 4Z0UA 3K0SA 1REVA 2GX9A 3E9OA 1GLDG 2ZWHA 1F21A 1JLQA 2VWBA 4JKGB 4DG1A 4J2AA 4WQ4A 3NVKA 1TUYA 3OYGA 3SZ2A 3C7NB 4FZYA 3EZ5A 1XUPO 1SL1A 4DV4K 1RCHA 3LP2A 5M1OA 2XO7A 1VQMN 4NXMK 2QWMA 1QHTA 3DXMB 1RILA 1C1BA 3NHGA 1L3VA 4Z4HA 1V4TA 1W0HA 3MN7A 4ISFA 4BREA 2FSJA 1NOZA 3ZSOA 2DY4A 4OVLA 1HQUA 1EWRA 2E5LK 1FKPA 1JCGA 3WXJA 4F9OA 4KTWA 1V4SA 1QE1A 1IBLK 1DTQA 5CHIA 4FWQA 3D7EO 1XQSC 4M3WA 4IEIA 3V9SA 2XRIA 4FJ8A 4KPYA 1J6ZA 3HT3A 4PKGA 3S9HA 3HXMA 2RE2A 3ID8A 4B1VA 4N56A 4DSIA 4BRLA 4YNQA 4YOUA 5M1KA 3F9KA 3WXIA 1RTIA 4B1ZA 2VQFK 4N47A 2EHGA 3WQUA 4B9LA 4HCBA 3UKUA 4H5NA 1NGIA 1QZ5A 4AQYK 2P9NB 5ADXH 5H1SQ 2OYQA 4MO4A 2E1ZA 4H0PA 3SQ0A 4NLCA 3THWB 3SUNA 3VQ8A 5AQRA 4CZLA 2V7YA 2FC0A 3RMDA 1CLQA 5M1NA 1RTHA 4CZHA 1NKEA 3WNEA 3THXA 3HYFA 2F7TA 3NF9A 4XH1A 1YHQN 3AVCA 1BQNA 4Z94A 4CJKA 3AVGA 3MN5A 1NJIO 4DTJA 4CGGA 4BRFA 4WE1A 4FJKA 2FBVA 3THYA 5HBMA 2VG7A 3DMJA 2G8UA 4BGAA 1WSEA 3CF5L 3AAPA 1CXUA 2WFBA 3H3OB 3CFPA 1BI4B 3L2QA 3O6WA 1B9FA 3W0LA 3LDPA 5HRRA 3O8MA 4DR3K 1TL1A 4IO9L 1Q9YA 3KD5E 3PSFA 1ASUA 4M7YA 1E4FT 3P1GA 3MCAB 3TU5A 1HYVA 1CZ9A 2B4JA 3I33A 5B8HA 3QIPA 4FPAA 5AFUH 3TSUA 4DS5A 4DQPA 5BRFA 4FLYA 3NGYA 3NH0A 1MWMA 3UKRB 1VSHA 3K9JA 1U4BA 2O8FB 2ATQA 3P5JA 1KCFA 3VEYA 2P9IB 3WQTA 5GINA 4Y1DA 5BPNA 3AO4A 5FRNA 2A40A 1MWKA 1N34K 3DOKA 5C10A 3QETA 2QWLA 5JLFA 1TUUA 5ADXA 3MX5A 4DV5K 1IG9A 4WFNL 4CF0A 4H4OA 4JI8K 5C12A 4JHDB 1HNWK 4Z4FA 3TAPA 5KGWA 1EWQA 3VEOA 4CZFA 3CERA 2P9LA 3IG1A 3HZ6A 3SCXA 4JLHA 1D4XA 1TKTA 4LH4A 2HOEA 4C8LA 1D9DA 3T69A 4FK4A 4XEIA 4U7BA 3AVJA 2ETJA 1QSSA 4IOCL 3MN6A 3IDHA 4RW9A 2E6MA 3LP0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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