1VQMN

The structure of the transition state analogue "dan" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqmN00
4WFAL 4WF9L 3DLLL 1YHQN 3CF5L 5MLCQ 5JVHL 1YI2N 1KD1O 3CCRN 3OW2M 3CCEN 4UY8O 5H1SQ 1M1KO 3CXCM 1VQLN 3CCSN 1YJ9N 1YJWN 2QEXN 3CC4N 2ZJRL 3CC7N 4IO9L 1M90O 3I56N 3G6EN 1VQ6N 3CMEN 1K9MO 5GADP 4WFBL 1VQNN 3CCVN 1VQ9N 5JVGL 4WCEL 4IOCL 1ILYA 1Q82O 1OVYA 3CCLN 1JJ2M 3CC2N 2OTLN 1QVFM 5DM7L 1YIJN 1Q81O 4WFNL 3CCJN 1W2BM 1VQKN 3CD6N 1S72N 3PIPL 3CCUN 3CCMN 2ZJQL 1VQ5N 1KC8O 5HL7L 1N8RO 2OTJN 3I55N 2ZJPL 1NJIO 5GAEP 3PIOL 1VQ8N 2QA4N 3CMAN 1QVGM 1KQSM 5GAGP 1VQ7N 1Q7YO 1VQ4N 5DM6L 1Q86O 1VQON 4U67L 3G4SN 1VQMN 3CPWM 4IOAL 1K8AO 1VQPN 1YITN 5GAHP 3J7ZO 3G71N 1YJNN 1K73O 3CCQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VAZA 1ITGA 5TKWA 3SQ0A 5K14A 3I33A 1KCFA 5AQZA 4FPBA 3SUNA 1IG8A 3HP9A 4CD1A 3THVA 1J6ZA 3LWMA 4YOWA 3VERA 1U47A 3HPOA 3O9SA 2NRRA 2EHGA 3TAMA 1NGBA 4CGJA 3HSTB 3WQUA 4BRLA 3CC7N 4OGCA 4BRKA 3SPZA 1NM1A 4KHYA 3V1OA 2ASPA 1VQNN 1NGEA 3OBWA 3CERA 1NK0A 5AQGA 4PY5A 4K43A 1NGHA 1D8YA 1IO2A 4YY3K 3U9ZA 3M8RA 3IMXA 4QAGA 3J8AA 2PYLA 3DI6A 2P5OA 3LPTA 1NG9A 3WT0A 4M3YA 2BUPA 4E19A 1GLAG 1TUYA 4KKOA 2OA8A 3E66A 2IVNA 1J53A 1WBDA 5EX5A 5C12A 4ZHRA 4FK4A 4BC2A 2RE2A 3HP6A 1SL2A 3BF1A 1KC8O 3E9PA 3HYFA 2D1KA 3E01A 4K8ZA 4FWNA 1T8EA 4DQPA 1BG3A 3O9QA 4HUGA 1X9JA 1TKZA 1WSIA 4M45A 1C0UA 3QBXA 3V1RA 3D0PA 3ZT0A 2H3GX 4LFBK 3U3YA 4FWOA 2W42A 3AVAA 4Y1DA 4FWRA 5A2QO 1QQNA 4DFPA 4FJKA 4JN4A 4YNQA 3LDPA 3VEWA 4DLEA 1FK9A 5ADXA 3HK2A 3SJHA 3G4SN 3VQCA 4I9LA 2IC3A 3SUOA 4BRIA 3M5RA 2D4WA 3K5MA 2UXBK 4G9ZA 1VSLA 2ASOA 3RSEA 3VQAA 2HOEA 5KGWA 2WBNA 4CZFA 4H5WA 4A61A 3VA3A 4IZ9A 5C25A 4KB0A 4H0OA 2QWNA 4OX9K 5AQSA 4YFUA 3AAQA 5AQHA 1YI2N 1VSMA 1QSSA 1R0AA 4DG1A 2W6KA 3GL1A 1I3AA 2KTQA 3OJSA 3V9ZA 4DUYK 3E9LA 3SNNA 4JRQA 4A62A 1DLOA 4DV5K 2UUBK 1XI1A 5AJ3K 4DS5A 1HR0K 1GLLO 3KK2A 5AQYA 2NRWA 1HYZA 1QZ6A 3B8AX 1YF5L 4KPYA 2XRIA 3L4QA 2D0BA 3MCAB 4FL9A 2VCPA 2RHKA 3WXMB 1BQMA 1KFSA 4NCBA 4FM0A 1VQ9N 4MO5A 2ZF5O 4BRDA 4AHVA 1RNHA 3M8QA 2WUSA 3TU5A 1JJ2M 4DTJA 5AQRA 2VWBA 1UWBA 4JHDA 5HRPA 4X64K 1JLEA 1U48A 1ATSA 2G8VA 4IG3A 4IO8A 4BRMA 1LV5A 2G8UA 2KZMA 3VGKA 4CJFA 3KWGA 5CR4A 1T05A 1TK8A 2Z1HA 4DR6K 3EZWA 3SBTA 5SZTA 1TK0A 5KPZA 4FLYA 3UKUA 4J2DA 3CMAN 1VK0A 5JMVA 5GAGP 1VQ7N 2HBJA 4BR4A 4BRGA 2HBLA 4FO0A 1DEJA 4JKCA 5CYQA 4CK2A 5AQLA 1HNIA 2O8FB 3PY8A 4B9LA 4AF1A 1W7AA 4U67L 4C8NA 2W6LA 4RW8A 4K42A 3M8PA 2QI2A 4JI0K 4DTRA 1K8AO 4CESA 1LWFA 2GWKA 1VRTA 4B1YB 5C10A 3MK6A 3OS1A 4H4OA 1WN7A 2FBTA 3ZX0A 4M3ZA 1RDAA 4C8MA 3LDLA 2O8DB 4Q5VA 2F7TA 4A57A 3Q7BA 4H0TB 2BTFA 4LH5A 5AFUH 1SQKA 3MN7A 4B9MA 1RT6A 2BGGA 4C1NI 1OH8A 5J2NA 4ZTJA 1ESVA 4KAZA 3RWUA 4DS4A 5AQIA 1QQCA 4OGEA 2E1YA 3C6UA 4BVPA 3H3OB 3IKMA 1T03A 5AQFA 4DTMA 2UUCK 3GOIA 1NGJA 1QTMA 2HHTA 2W41A 1X9SA 4LF4K 3FFIA 3MAQA 1RDDA 2BANA 3VQ9A 3ULEB 5FPMA 3C94A 3L2UA 3AO4A 1N34K 2DTUA 1TL1A 4XH5A 4FOEA 4I7FA 4EZ9A 3VF6A 3MMVA 3QFPA 4C23A 1HRHA 3UE5A 2PBDA 2GWJA 1JLGA 4FJIA 4EP4A 4GV6A 1CXQA 3T1AA 4CBWA 3NF9A 5SWMA 3U3GA 4M3TA 5KQ8A 4H0VB 4JKBA 1N8RO 5IWAK 1ZBFA 4CF9A 3ZT2A 5F2RA 2O8BB 1TKTA 4JK7A 2V52B 3LM9A 4M3RA 1VQ8N 1S5JA 4V19S 1S22A 4NLCA 1KAXA 4DFJA 1EP4A 5JS2A 3F9KA 3OYLA 2FLOA 3RR8A 3D2EB 4CJ5A 3SAHA 4B3OA 1HMVA 3KLHA 3T7ZA 2Q31A 1NJZA 3M1FA 3PSFA 1GOCA 4B8CA 2G8KA 3DOKA 2RKIA 3UKRB 1BU6O 4ZTFA 1VHXA 2E2NA 4K25A 5FRNA 3P4IA 4BRPA 4BRHA 4FM1A 2VWKA 4JI7K 5BRDA 5JS1A 4ISGA 3P5JA 4M3WA 3KLIA 4FWLA 4DV1K 1JLBA 2Z1GA 4BY9C 4NO7A 3CCRN 1M1KO 1U04A 3A8YA 3TANA 4YOXA 3CCSN 4FLTA 4TSXA 1NGIA 4NLBA 3KJVA 3TAGA 3ZX3A 4BG8A 5FRMA 3CJAA 3TSPA 1XHZA 4DSIA 1XC9A 3V9XA 3DLHA 3QB0A 4HCCA 4OLBA 4DR7K 4KO0A 3H46O 3OYIA 2A42A 3DLKA 4QS8A 3BEXA 1WNSA 4ILGB 2ZWHA 5AQWA 4IJNA 4UQGA 3AA5X 2OZSA 3OYJA 3RMBA 4F3OA 2HHUA 1VSIA 3FR0A 2QXLA 2XY6A 4Z4EA 1ZBSA 2FF3B 2VGMA 1BIUA 2QM1A 1TL3A 4ILHA 4DCHA 3A0IX 1N6QA 4LC9B 4YDUA 1G15A 4RWTA 3QEVA 5BRHA 4HUEA 3A5NC 4EAHD 5D3GA 2HNZA 2F96A 1E4FT 5DMRA 2NRVA 2O8FA 3MX2A 3NGIA 1JCEA 3EN9A 3LANA 1QSLA 3WXIA 5AQMA 4BQLA 4ID5A 3CJ7A 5M1FA 4XIUA 2Q97A 3V6DA 3L2VA 1LCUA 1EETA 3O1BA 4RW4A 2IDOA 1K8KA 3S9HA 1D9FA 1RBTA 5T7BA 1ZBIA 1BISA 1A5WA 5KI6A 2YX6A 1D4XA 3G71N 4ELVA 3AVFA 3K5OA 2O8DA 4CJ4A 3HPGA 2OPSA 3MXMA 3VESA 4WF9L 3LALA 4FJNA 3S3MA 5BPNA 4HWIA 4DSFA 4B3TK 3FGUA 5ELZA 3K9JA 5M1KA 3QEPA 2YI1A 1L3TA 2VWJA 1KVAA 3MEDA 4PA1A 3TAEA 2OCEA 2V7ZA 1VSKA 4CW7B 4NCAA 5ADXH 3H08A 1BO5O 4JNEA 3LZIA 1S1XA 3NMUA 1J54A 3ULEA 3K0SA 4CE9A 4WFBL 4LD0A 2YNIA 3E1YA 3U8XA 1HQUA 2A1RA 2IGIA 2Q0UA 4GMJB 3MWPA 3DLEA 3QNOA 4CZIA 3V9WA 3AVGA 4CHQA 2D0PA 4N47A 4I6MA 2P9SB 2ETJA 4IFYA 1IKXA 4FJHA 3AGKA 4PQUA 4FOIA 3KK7A 2O8BA 3EKSA 3DRPA 1NOYA 4M3XA 3AV9A 4JK8A 5BN9A 3O08A 3HZ6A 4BR2A 2E5LK 4KTQA 2HBMA 2P9IB 4LH4A 2G8HA 2YNGA 4M63C 3QMLA 5LL6Z 3I55N 1NJIO 1HNWK 2KKZA 4DU4A 3D2EA 3PX0A 3AVNA 3CFRA 4CBUA 2O4IA 2A5XA 5EXWA 4CHYA 2D0AA 3ULDA 3TR8A 3MEEA 3UKRA 3C6HA 4LF8K 4GNIA 5FDLA 1QQOA 4WYBA 1N36K 3J7AP 3AA2A 1QHTA 3TAPA 3JXUA 1Y64A 3L3UA 3PUFA 3WXLA 4XEIA 1GLEG 2VYPA 1YTAA 4JV5K 2ZD1A 3MXJA 3QFUA 4XH1A 4Z94A 3O3FA 3DLLL 1YHQN 1YTUA 3BGRA 1GLCG 3WUHA 3VQEA 2AJQA 4WQ5C 4IDKA 3KD1E 4Y0WA 3V9SA 3UKUB 2PY5A 4HTUA 1GLDG 4BC3A 3LAKA 4PL8A 5GIPA 1KFDA 3BZCA 3EL2A 3T19A 1KSPA 4LFCK 4NYFA 1C0TA 1YJWN 1IKYA 1HNVA 4W5QA 1RCHA 2HHXA 3N4PA 3ZSOA 3AO1A 4CJWA 3VETA 3HVRA 2NUBA 4RCHA 4DUZK 2KZZA 3NBPA 4KHSA 3VGLA 2Q2RA 3OS0A 4KH5A 4FK0A 1U45A 3NHGA 4E1JA 3QINA 3TPQA 4BC4A 3DLGA 2QK9A 3FZKA 5J1EA 1HYSA 3P31A 1RT4A 2E6MA 2BE2A 1Z6RA 3AO3A 2VQEK 1WSJA 2IVOA 4DTUA 4BR5A 1NJWA 1RBUA 4H5VA 4B3SK 2KW4A 1RT3A 3U6FA 2P51A 3H45C 4WQ4C 2Q36A 3QERA 4F2SA 2JWKA 4K8XA 3IS9A 4DR4K 1IKWA 3VEVA 1MDUB 2QKKA 1CZAN 3L2RA 4R79A 5EU7A 3DMJA 2Y1JA 3AA3A 1KQSM 3ATVA 2YHYA 4FCYA 1Q9YA 3CJBA 3LDQA 4H0YB 3AARA 1RTHA 2NRXA 5JLHA 3V9UA 3I0SA 4B9SA 5DM6L 1CZBA 4JI6K 4FPAA 3DWLA 3OYGA 2YCHA 1LWCA 3O8MA 4DU3A 2FBXA 3G25A 3KZBA 1HJOA 1RDBA 4M42A 1J9AA 2I5JA 3BDPA 4DSLA 4CERA 1NWKA 3THYB 3WEEB 4CZKA 1KLNA 2AP1A 1NK7A 4WFAL 4X62K 2YKNA 3VEYA 4JKDA 4MLHA 3IFRA 5KRSA 4PKGA 3RRHA 4JKGB 3HT3A 3OYFA 4EZ6A 4GV9A 2V51B 2CH6A 3CXCM 4C1NK 2BH1A 4KHPK 3NVMA 5HROA 5BREA 5EVZA 3ZT4A 3K9KA 3SMSA 4DLGA 1C1CA 4J2EA 3G10A 3C0BA 4OLAA 5E41A 4CFDA 3OTOK 4CEOA 4B1XB 3W0LA 4KTZA 4CEBA 2ZGZA 3BUZB 3QICA 1OH5A 1BCMA 3EYZA 2P9SA 2F9TA 5JVGL 4ELUA 2GELA 4BACA 5CZ1A 1K6YA 2FF6A 1SL1A 5I3UA 1B9DA 1OVYA 5FLXO 4I2PA 3TABA 5I42A 3LDOA 1XWLA 3AVIA 5C2DA 4ICLA 3QDKA 4OVLA 1A5VA 3RTVA 1IBMK 4O4GA 2OTLN 4W5NA 3NH1A 5KTQA 2FSNA 2QWLA 1YIJN 3OS2A 3HM8A 3FE1A 3KKRA 2P9IA 5CHIA 1W2BM 3DRSA 3ENOA 4AHCA 1VQKN 4E89A 1ASUA 4KB1A 4BDZA 4NCGA 1TAUA 2WTUA 4B1UB 3LP3A 5KPRA 2HBKA 1RT1A 2HVHA 1NBWA 5HP1A 1GLJO 4Y1CA 4BROA 2HHVA 1RTJA 4CJRA 4QCLA 3F73A 1RDWX 3DLBA 2Y1IA 1RT2A 1RDUA 3OBYA 4J2AA 3SQ4A 4JD2A 4JEPA 1L3UA 4GY2B 3VTHA 2RPIA 2HF3A 1ATNA 4C8KA 2VG7A 5LJVA 3ZYYX 3KIOA 2P9KB 3ATUA 1BA0A 3TSUA 4Q0BA 1X1PA 4CFCA 3AVLA 3P38A 2X6SA 3T3FA 3ALYA 1ATRA 3HVTA 4DQQA 1JXBA 1C1BA 2XY8A 3OYKA 1OH7A 1X3NA 2WONA 4BQZA 4B9VA 4FJ9A 1CXUA 3AVJA 4CEQA 2Z1IA 1YJ9N 1NOZA 3T1YK 2G8WA 1GOBA 1IBLK 1YVNA 4HTLA 3EY1A 3ITHA 2UU9K 3VOVA 1P8ZA 4DQRA 1K8KB 4IO9L 4CF8A 3IRXA 4L3QA 4CZMA 1REVA 5HRRA 3CIPA 1DKGD 4KH6A 3O6WA 3AGRA 4M7YA 3KLGA 1WSEA 2W40A 4BE2A 4F4KA 3HO1A 4IFEA 3ZCMA 2IVPA 5KRTA 2F8TA 4FWPA 2GX9A 3LL3A 4CJLA 2ATQA 5AR0A 1EKEA 4RW9A 4CJQA 4KV8A 1FXXA 3VTIA 2ZE2A 4X66K 4FJ7A 1C0FA 4WFNL 1SKSA 1O13A 3CD6N 4I9QA 1B92A 1FJGK 5JLFA 3NF8A 3QNNA 3NH2A 3CI5A 3CQYA 3ZSXA 1Z25A 4CJ7A 1A5XA 1I39A 4QOZB 2I7NA 1P90A 5M1NA 2HHWA 4DV0K 4CFBA 1S6QA 1JLAA 3MCPA 1CLQA 3H3NO 1HKBA 3CETA 4A5AA 4AM6A 1ZYQA 3VMFB 2D5RA 4I6MB 2QWPA 2YNFA 1N5YA 4W5OA 4EHTA 3OY9A 1ZC6A 3HBTA 3U9DA 1UOCA 3CFOA 3AVMA 4W5TA 4BE0A 3W3DA 1BDGA 3THYA 3WEEA 3FLCO 1HYVA 2VG6A 1VQPN 4CJPA 3AVBA 2QWMA 5AQVA 3J7ZO 4U7BA 1TKXA 3CCQN 4JKGA 3HJFA 4LSNA 1KVBA 3NH0A 1MWMA 5HRNA 1U2VB 3RRGA 1C6VA 4FLUA 4BE1A 3CM5A 2KFNA 1KTQA 3NF7A 3SMPA 4AHUA 4LF9K 5J2MA 3EO3A 2CH5A 4DQ8A 1TUUA 4FJJA 3L6QA 4CJUA 4ELTA 3OHRA 4BRQA 2NRTA 2YJEA 3C6AA 1DTTA 3LAMA 4B1VA 4DQIA 4JKHA 5C0YA 5M1QA 2XHBA 5AQTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WFA L;  4WF9 L;  3DLL L;  1YHQ N;  3CF5 L;  5MLC Q;  5JVH L;  1YI2 N;  1KD1 O;  3CCR N;  3OW2 M;  3CCE N;  4UY8 O;  5H1S Q;  1M1K O;  3CXC M;  1VQL N;  3CCS N;  1YJ9 N;  1YJW N;  2QEX N;  3CC4 N;  2ZJR L;  3CC7 N;  4IO9 L;  1M90 O;  3I56 N;  3G6E N;  1VQ6 N;  3CME N;  1K9M O;  5GAD P;  4WFB L;  1VQN N;  3CCV N;  1VQ9 N;  5JVG L;  4WCE L;  4IOC L;  1ILY A;  1Q82 O;  1OVY A;  3CCL N;  1JJ2 M;  3CC2 N;  2OTL N;  1QVF M;  5DM7 L;  1YIJ N;  1Q81 O;  4WFN L;  3CCJ N;  1W2B M;  1VQK N;  3CD6 N;  1S72 N;  3PIP L;  3CCU N;  3CCM N;  2ZJQ L;  1VQ5 N;  1KC8 O;  5HL7 L;  1N8R O;  2OTJ N;  3I55 N;  2ZJP L;  1NJI O;  5GAE P;  3PIO L;  1VQ8 N;  2QA4 N;  3CMA N;  1QVG M;  1KQS M;  5GAG P;  1VQ7 N;  1Q7Y O;  1VQ4 N;  5DM6 L;  1Q86 O;  1VQO N;  4U67 L;  3G4S N;  1VQM N;  3CPW M;  4IOA L;  1K8A O;  1VQP N;  1YIT N;  5GAH P;  3J7Z O;  3G71 N;  1YJN N;  1K73 O;  3CCQ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VAZ A;  1ITG A;  5TKW A;  3SQ0 A;  5K14 A;  3I33 A;  1KCF A;  5AQZ A;  4FPB A;  3SUN A;  1IG8 A;  3HP9 A;  4CD1 A;  3THV A;  1J6Z A;  3LWM A;  4YOW A;  3VER A;  1U47 A;  3HPO A;  3O9S A;  2NRR A;  2EHG A;  3TAM A;  1NGB A;  4CGJ A;  3HST B;  3WQU A;  4BRL A;  3CC7 N;  4OGC A;  4BRK A;  3SPZ A;  1NM1 A;  4KHY A;  3V1O A;  2ASP A;  1VQN N;  1NGE A;  3OBW A;  3CER A;  1NK0 A;  5AQG A;  4PY5 A;  4K43 A;  1NGH A;  1D8Y A;  1IO2 A;  4YY3 K;  3U9Z A;  3M8R A;  3IMX A;  4QAG A;  3J8A A;  2PYL A;  3DI6 A;  2P5O A;  3LPT A;  1NG9 A;  3WT0 A;  4M3Y A;  2BUP A;  4E19 A;  1GLA G;  1TUY A;  4KKO A;  2OA8 A;  3E66 A;  2IVN A;  1J53 A;  1WBD A;  5EX5 A;  5C12 A;  4ZHR A;  4FK4 A;  4BC2 A;  2RE2 A;  3HP6 A;  1SL2 A;  3BF1 A;  1KC8 O;  3E9P A;  3HYF A;  2D1K A;  3E01 A;  4K8Z A;  4FWN A;  1T8E A;  4DQP A;  1BG3 A;  3O9Q A;  4HUG A;  1X9J A;  1TKZ A;  1WSI A;  4M45 A;  1C0U A;  3QBX A;  3V1R A;  3D0P A;  3ZT0 A;  2H3G X;  4LFB K;  3U3Y A;  4FWO A;  2W42 A;  3AVA A;  4Y1D A;  4FWR A;  5A2Q O;  1QQN A;  4DFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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