1VQMN

The structure of the transition state analogue "dan" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqmN00
3CMEN 1Q82O 1VQ9N 1VQ4N 1VQ8N 1K8AO 3G71N 1M1KO 3CPWM 3CMAN 5HL7L 3DLLL 5DM6L 1K9MO 1KD1O 3CC2N 1S72N 2ZJRL 3CCRN 3CF5L 1YJNN 2ZJQL 5JVHL 1Q7YO 3CC4N 1VQON 4IO9L 3PIPL 1VQ6N 5H1SQ 1NJIO 1Q81O 4U67L 3CCUN 5JVGL 4WF9L 1VQLN 3CCSN 1VQ5N 4WFBL 2OTJN 4WCEL 1VQPN 5MLCQ 1VQMN 5DM7L 3OW2M 1ILYA 1Q86O 1YITN 1W2BM 3G6EN 1N8RO 5GAEP 3CCEN 3CCMN 1K73O 1YIJN 1YJ9N 3PIOL 5GAHP 1QVGM 4WFAL 4IOCL 1M90O 2ZJPL 1YHQN 4UY8O 3CCQN 5GAGP 3J7ZO 1VQ7N 3CXCM 3CCLN 1QVFM 1VQKN 5GADP 3I55N 1JJ2M 3I56N 3CC7N 2QEXN 3G4SN 1KC8O 1OVYA 3CCVN 1KQSM 4IOAL 1VQNN 3CD6N 2OTLN 1YJWN 4WFNL 1YI2N 3CCJN 2QA4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BUPA 4CD1A 1IKXA 3CJAA 1Q82O 4WYBA 4MDBA 2UXDK 1C0GA 5AZIA 4FPAA 4BACA 4GKKK 1NGAA 5KI6A 4NXNK 4QCLA 1TV6A 3SLCA 3LP0A 2R7YA 3PO4A 4IDKA 3LDLA 2P51A 5AQPA 1EP4A 1BCMA 4NYNA 5LMNK 4DQIA 3HM8A 3LALA 1BOTO 4M41A 3UKRA 2ASPA 3SYZA 4DV4K 1HNWK 2P9LA 4IO9L 2ITMA 4KTQA 3THYB 3AVGA 5H1SQ 2HHQA 2D0PA 1H1VA 1WBBA 4KRFA 3SAGA 2GTDA 4WF9L 3HT3A 2Q31A 3U6FA 3DWLA 3HM9A 4DU1A 1GLEG 3TTFA 4BR5A 5FDLA 2VGMA 4DTOA 3OW2M 1QE1A 2D1KA 3UKUA 4AHTA 4BRCA 1OVQA 3LDSA 4QOZB 1XUPO 3AVHA 1S6PA 4BR9A 4Z4HA 1RT3A 3ULEA 3QBWA 4ILHA 1NMDA 5LY3A 4FJ9A 5J2NA 2IAJA 4OGCA 2RE2A 5E41A 3OS1A 4F8RA 3MX5A 4CIFA 1B92A 4PA1A 5C2DA 4DQPA 2E2NA 5GADP 4ISFA 1QZ6A 4E0DA 1NWKA 2E5LK 4JI8K 3BF3A 3S3MA 2Z1HA 2HBMA 3FZMA 4JI0K 4FLUA 4FWMA 1YUWA 2YX6A 3HP9A 1RBRA 1HX1A 4O8KA 4DV1K 2GWKA 4WQ4A 1WSJA 2YHBA 2VWKA 1A5XA 3M1FA 1NGJA 2YJFA 4K41A 3HI0A 1K8AO 3NBPA 4LF5K 2G8VA 2IVOA 4KH5A 1WUAA 3ATVA 1I3AA 2GV9A 3HPGA 2D0BA 1LAWA 3K58A 1QQCA 5K14A 4IJNA 3S3NA 4DV2K 4YFUA 1NJWA 4B9VA 2FBXA 5EX5A 4C1NK 3QESA 4I7FA 1Q7YO 1KFDA 1EWQA 3L2VA 3D6RA 3PIPL 3E9OA 3NDKA 4BROA 4E1JA 4LFBK 4CERA 3FGUA 3A5NC 2HHTA 2D0OA 3CCUN 4KH4A 4M42A 3JAMO 2G8FA 2O8DB 3ULDA 2E1ZA 5F0XA 3AGKA 3QBXA 1CZBA 1V4TA 5AQIA 3L3UA 5GIPA 4KV8A 1E3MA 4OPKA 3QEPA 4B9NA 5KQ8A 2KHOA 4CVNE 4J2AA 1QQNA 4NYFA 1CZAN 3H6EA 3D7EO 5BRHA 4JS4A 5EY4A 4G9ZA 1QS4A 4BVPA 2YV0X 4CEZA 3KHYA 4LH4A 4CK1A 1SUQA 4YOUA 4DTMA 3CETA 4FJ7A 1TYQB 2QWPA 1R59O 4KHUA 5F2RA 1WOQA 1WB9A 2FXUA 3TAPA 2E20A 1C0UA 4DF4A 5GIOA 4UY8O 3BDPA 4DR1K 5GAGP 2HVIA 4GW6A 4BRKA 4N47A 4FJHA 1JJ2M 3I56N 4CGHA 3O08A 3M6GA 5HBMA 1VSJA 2QEXN 3QEXA 1U6ZA 3PSIA 3CCVN 3T1HK 1VSEA 5GINA 1X1PA 3O9RA 3V9UA 3THVA 3PX4A 2OPSA 1WAFA 2YNIA 4AF1A 3K2PA 2QWRA 3CMEN 4RWTA 4DR5K 2KZMA 3WUHA 2QKBA 1JKHA 3EE8A 2CGJA 4W5QA 2JLEA 4A62A 3T3FA 3CPWM 3CMAN 4F3TA 4IEEA 4LC9B 5HRRA 3RR7A 2E88A 4KHPK 1VSFA 3DI6A 1IKYA 4CZLA 4DLEA 3SQ2A 5M1PA 1ASWA 1RTHA 1X9SA 5I9EB 1W9HA 1KFSA 1IKWA 3F2KA 4N76A 1NK7A 3B8AX 1HKCA 1KLNA 3SJJA 4GV9A 3K9JA 3O8MA 4O4GA 4DU3A 3SQ0A 4JI4K 2HHHK 1HKGA 2P5OA 4ISGA 4L8RB 2P9SA 1GLAG 1SKSA 3O9TA 3SMSA 4DV0K 2Z1IA 3EO3A 1Q8IA 3OY9A 4FJLA 1BCOA 4CZKA 3O3GA 4O55A 4M3WA 1YT3A 4FXDA 3FZHA 4FLTA 2AJQA 4BR7A 3CI5A 4Z4CA 1RNHA 4QS7A 3SK3A 3U9ZA 2HBLA 3MX2A 4FWNA 4NCBA 4HUFA 3MN5A 3CCMN 1X9MA 3MAQA 3LDQA 3MMVA 3F73A 4YOYA 4FJ5A 2AP1A 1RT2A 3PIOL 3HL8A 3QICA 5KTQA 4RW9A 4JLHA 5HOOA 3HP6A 4CGJA 3MN6A 2P9IA 1S9EA 1S1UA 3RSEA 3ENOA 3CIPA 3TTCA 4IFEA 4E7JA 2KTQA 4BGBA 4CEQA 4EAHD 1XMOK 3RMAA 4BDPA 4OKJA 5IT9O 3BZKA 2KQ2A 4W5OA 3J7YP 1X9JA 1ZBLA 1DGKN 4H03B 4JNEA 1LW2A 4JKAA 1RBSA 4E7KA 4CECA 3H46O 1C0MA 3C65A 1BQNA 4FWSA 3NF8A 4LF4K 3MK6A 2OPPA 4BR4A 4IDHA 1OKJA 1TK5A 2E6LA 2D0AA 3AVKA 2UUAK 4NLBA 5HRSA 4HHTA 3ITHA 3C95A 3Q7BA 3E9PA 4LF9K 1IO2A 4FW2A 4PY5A 2P9PA 3HPHA 5AQJA 3RMCA 3SUPA 4CFDA 3SPZA 3SCXA 1P90A 1KVBA 1C1AA 1NJZA 1RT6A 2WTUA 3OTOK 4Y0WA 1ZBFA 1VQON 4B3RK 5BRDA 3VTIA 3MDQA 1GLCG 1ZBHA 1TAUA 4DFPA 4FVMA 2HNYA 3HK2A 4OX9K 3KLEA 3T69A 1NLVA 1XHXA 1RT1A 2HNDA 1HYZA 4K42A 2YHYA 5TKWA 1DTTA 3MWTA 3B6OA 4IZ9A 4J8FA 1UA1A 4F9OA 4YHHK 4H0YB 3NGZA 4W5RA 3JS6A 3D2FA 4K8XA 4Q5VA 3AA4A 3OYIA 3EN9A 1L3TA 4AHCA 5AQSA 3U8XA 2Q97A 3I8BA 3SNNA 4FL9A 4JKEA 3KKRA 3OYMA 1YIJN 4CHZA 2FSNA 3S41A 3ZT3A 5AQXA 4JS5A 1FJGK 1NK5A 1QVGM 2DFHA 1LCUA 4BWJA 3L2WA 3NGIA 1NM1A 4DTRA 4CJWA 5KQDA 3CJCA 3SZ2A 3J7ZO 2YNHA 1JLCA 2P9KA 5ELZA 5AQZA 2O8CB 4DF8A 1OH5A 1UAXA 3CC7N 4DR7K 1QHTA 2A1RA 2G8HA 4YY3K 3D2FB 1OVYA 2CGKA 4BRIA 2OZSA 4FZXC 4KTZA 5I42A 1NGFA 1VSMA 3PUFA 1ITGA 1T7PA 3FZLA 2Q2RA 3QMLA 3ZSRA 3AA2A 1RT5A 3HZ6A 4CF9A 2VWJA 3S3OA 3MECA 4RW4A 4CEDA 3HXMA 1REVA 3DLBA 2GX9A 4W5NA 4DTNA 2E2QA 4H8KA 2DFEA 4CZGA 4FJXA 4J2EA 1L5UA 2NRZA 2GBZA 5FPNA 4HVJA 3ZEUB 3V9XA 4IFYA 4LH5A 1JCGA 2WBNA 2NRXA 3AVJA 3EE9A 1ZXOA 3O1WA 3P38A 4IOXA 2XHBA 5AQTA 2UYTA 3AY9A 2G8WA 1ZBUA 3VQ9A 3VA0A 3KJVA 3NVMA 1RT7A 2Q0UA 4FLYA 2G8IA 4WQ4C 4CFBA 4AHSA 3RWUA 1TL1A 4NXMK 4PWDA 3L6QA 2O8CA 3SBTA 3EZ5A 2OTJN 1ATNA 4BC2A 2Y1IA 4YOXA 1KRPA 4GMJB 4F4KA 1JLEA 2XY8A 2KKZA 4H5WA 1L3SA 4CJFA 5BPNA 1K73O 3NH0A 3DXMB 5FRMA 3BP8A 1Y97A 3G10A 1SKRA 4UQGA 4JKGB 2YI1A 3E9LA 1TK8A 3BGRA 3KIOA 3EY1A 4IOCL 2BTFA 3ZCMA 4FWQA 4QAGA 2O4IA 5FPDA 3HOSA 1QTMA 1BHLA 3LM9A 4KH6A 5AQGA 1UA0A 2BDPA 1VQ7N 4OLBA 1QVFM 3OYHA 2W42A 4V19S 1Q18A 2IC3A 3WXIA 2YHXA 4LF6K 3KK3A 3QETA 3O4QA 2YKNA 4LD0A 4BRHA 1BUPA 4CFCA 2ASMA 1YI2N 4LF7K 1LOTB 3WNGA 5HRPA 3ENHA 4RW6A 3N4PA 4DSIA 1JLFA 4B9UA 2V7ZA 4PKGA 4ILGB 1IKVA 4H0TB 4BRFA 4ZTFA 4PUOA 4BR0A 4RW8A 3HJFA 3GDQA 4FOEA 2WUSA 4CJTA 3AO4A 3THWB 4JHDA 1GLDG 1DTQA 5CZ2A 1DEJA 3ZT2A 1FKOA 4A57A 2A1SA 1XWLA 3CF5L 4CBWA 3O9UA 1LWFA 1X9WA 2ZJQL 2IVPA 2P9UB 1JL2A 1Q9XA 3LP2A 1RGIA 3ALYA 3LWLA 5T7BA 1OH7A 2ZE2A 3K5OA 1DT9A 4DTSA 4M3UA 2JWLA 4BG8A 3ZETA 4FPBA 5LJVA 2F96A 1MA9B 4YDUA 1Q86O 3O4WA 3U4LA 3MEEA 1LAVA 1NU0A 4IJAA 4K25A 4YOVA 3AVNA 5B8HA 3PX6A 1ATSA 1HNXK 4C8KA 4E3SA 3CCEN 1S1WA 3MCAB 4J2BA 4M3XA 4OPJA 1JLBA 3NH1A 1O13A 3M8PA 4CEBA 3LP3A 4U7BA 4KHSA 3VERA 3GOIA 4ELTA 4WQ5A 1VSKA 2NRTA 3W3DA 1YTAA 1YF5L 1BA1A 1DKGD 3OYCA 2ZJPL 1A5VA 2KLAA 2CH6A 3RVCA 3ZSQA 4IKFA 3OYEA 3A5MC 1VHXA 3TAFA 3ZETB 5BN8A 1WNSA 3HRGA 3TSQA 4LFCK 2Y1JA 1N6QA 3SJHA 2GEMA 5F1XA 1L3UA 2X6SA 1S1TA 3TTDA 4F2RA 4CEAA 1IV0A 3F5TA 4C8OA 4HTUA 4DSFA 1MU2A 2YNFA 3QFPA 3SI6A 2F7TA 1SQKA 4CZFA 1JL1A 1VQ9N 4XEIA 3VQBA 3EKSA 4KI6A 1JCEA 3G71N 3C94A 1N36K 2G8UA 1RT4A 1TKTA 1TGOA 3C6HA 4OO1J 3QEVA 1XNQK 4O44A 1NGBA 1U49A 3KLFA 4YOTA 4B1YB 1IJJA 4XH1A 3DM2A 4JYAK 3VGMA 2B6AA 3F9MA 3J80O 4L3QA 3QLHA 4DV7K 1ATRA 2ZJRL 1BGXT 4E7HA 4DQ8A 4IEIA 5AQQA 5LJWA 2YKMA 4CEOA 1YVUA 3AVFA 3NFAA 1CLQA 4DFJA 5C12A 4KHNA 4DV3K 5JVGL 4G1QA 5C24A 1F21A 3UKRB 5FRNA 3C7NA 4N41A 4DUZK 4H4MA 4KHYA 4KREA 4JRPA 1IH7A 4CJLA 5AQMA 1MDUB 4NB4A 3C6TA 1GLLO 2YHAA 3NVKA 3CFRA 1ILYA 2EX3A 2O8BB 1YITN 2QXFA 4DSKA 3G6EN 1WSIA 1SL1A 3E66A 4CHPA 3TAGA 3H3NO 5A2QO 3CQXA 3QNOA 4CZHA 1U45A 4AHRA 2HHUA 1NGCA 3QIPA 3RSEB 4WFAL 3U3GA 3IKMA 3SV4A 1KAZA 3PY8A 3ISNC 3LDNA 4H5NA 4RTFD 1NGDA 3LP1A 4AQYK 3V81A 1C1BA 3VQ8A 5KPZA 4LF8K 4FWRA 3ID6A 3HVTA 4EIAA 1KAYA 4KHWA 3HSCA 2ASOA 4O0IA 2O8DA 4E7IA 1VK0A 2P9IB 5CY4A 2O8FA 4CEEA 4LSLA 2WOMA 1WBDA 5CZ1A 4XIUA 3JYTA 2DY4A 3GL1A 3K5NA 5AQVA 4JEPA 3TU5A 4BGAA 3O5BA 4CJQA 4FK4A 3R3LA 3AA3A 1NOYA 3HYFA 1HYSA 3K57A 1BIUA 2ATQA 3WXLA 4BVOA 4RG8A 1K9MO 5JS2A 1GLBG 2QXLA 3CG7A 5FROA 5KPRA 4B1ZA 5C15A 1RDWX 3AAPA 3ZSZA 4MFBA 3HBTA 3NE6A 3QEWA 5AZJB 3RRHA 3I33A 1ESVA 5SZTA 4BY9C 3L2RA 1D8YA 3H45C 5E26A 2FLOA 2RHKA 2VQEK 3M8QA 4B9LA 4CZMA 4U67L 3CPEA 5J1EA 1N33K 1HKBA 2RF2A 3AO1A 3VGKA 4CF2A 3O3FA 1J5OA 2P9PB 1VQPN 2HMPA 3ZSOA 3ENBA 4K43A 4O0JA 1SS6A 4B8CA 1VSDA 3D2EB 1N5YA 1Z26A 4KBOA 3OYDA 3VA3A 2XY7A 1T05A 5M1QA 2F9TA 1X3NA 5FPMA 1EQYA 5BR8K 4C8NA 1GOCA 3NF9A 2P9LB 4BE2A 1BISA 3P5JA 1JLAA 1EO1A 2W6KA 1QQOA 2BANA 3J8AA 3SAFA 3O9SA 4AM7A 2ZM6K 3CCQN 4Y1DA 1OH8A 1RFQA 3AO5A 3VEZA 3CXCM 3KWIA 3K5LA 4IBNA 3SAHA 4KAZA 1Q9YA 3R9PA 4OGEA 3OA9A 3OS2A 3CJBA 1NBWA 2FBVA 2IVNA 4JKBA 3AARA 4KHQA 1BIZA 3M3ZA 2G8KA 1T6DA 2A5XA 4JKCA 2QA4N 4I6MA 1NMNA 4HCBA 3EEQA 3LAKA 4FSVA 5BREA 3IDHA 4CBXA 5M1FA 1KSPA 1VRUA 3K9KA 1IBKK 5M1OA 5DM6L 1S22A 3FZFA 1KD1O 1RCHA 2AA4A 4Z4EA 3VQ4A 4FJ8A 5AQNA 4KB0A 1JLQA 5EOYA 2Q36A 3O4NA 3VQPA 4BRNA 4FJIA 3WEEA 4EZ6A 2BH1A 4JI6K 5KRSA 5BR9A 1D9DA 5AR0A 3MXMA 2VG7A 5KGWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CME N;  1Q82 O;  1VQ9 N;  1VQ4 N;  1VQ8 N;  1K8A O;  3G71 N;  1M1K O;  3CPW M;  3CMA N;  5HL7 L;  3DLL L;  5DM6 L;  1K9M O;  1KD1 O;  3CC2 N;  1S72 N;  2ZJR L;  3CCR N;  3CF5 L;  1YJN N;  2ZJQ L;  5JVH L;  1Q7Y O;  3CC4 N;  1VQO N;  4IO9 L;  3PIP L;  1VQ6 N;  5H1S Q;  1NJI O;  1Q81 O;  4U67 L;  3CCU N;  5JVG L;  4WF9 L;  1VQL N;  3CCS N;  1VQ5 N;  4WFB L;  2OTJ N;  4WCE L;  1VQP N;  5MLC Q;  1VQM N;  5DM7 L;  3OW2 M;  1ILY A;  1Q86 O;  1YIT N;  1W2B M;  3G6E N;  1N8R O;  5GAE P;  3CCE N;  3CCM N;  1K73 O;  1YIJ N;  1YJ9 N;  3PIO L;  5GAH P;  1QVG M;  4WFA L;  4IOC L;  1M90 O;  2ZJP L;  1YHQ N;  4UY8 O;  3CCQ N;  5GAG P;  3J7Z O;  1VQ7 N;  3CXC M;  3CCL N;  1QVF M;  1VQK N;  5GAD P;  3I55 N;  1JJ2 M;  3I56 N;  3CC7 N;  2QEX N;  3G4S N;  1KC8 O;  1OVY A;  3CCV N;  1KQS M;  4IOA L;  1VQN N;  3CD6 N;  2OTL N;  1YJW N;  4WFN L;  1YI2 N;  3CCJ N;  2QA4 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BUP A;  4CD1 A;  1IKX A;  3CJA A;  1Q82 O;  4WYB A;  4MDB A;  2UXD K;  1C0G A;  5AZI A;  4FPA A;  4BAC A;  4GKK K;  1NGA A;  5KI6 A;  4NXN K;  4QCL A;  1TV6 A;  3SLC A;  3LP0 A;  2R7Y A;  3PO4 A;  4IDK A;  3LDL A;  2P51 A;  5AQP A;  1EP4 A;  1BCM A;  4NYN A;  5LMN K;  4DQI A;  3HM8 A;  3LAL A;  1BOT O;  4M41 A;  3UKR A;  2ASP A;  3SYZ A;  4DV4 K;  1HNW K;  2P9L A;  4IO9 L;  2ITM A;  4KTQ A;  3THY B;  3AVG A;  5H1S Q;  2HHQ A;  2D0P A;  1H1V A;  1WBB A;  4KRF A;  3SAG A;  2GTD A;  4WF9 L;  3HT3 A;  2Q31 A;  3U6F A;  3DWL A;  3HM9 A;  4DU1 A;  1GLE G;  3TTF A;  4BR5 A;  5FDL A;  2VGM A;  4DTO A;  3OW2 M;  1QE1 A;  2D1K A;  3UKU A;  4AHT A;  4BRC A;  1OVQ A;  3LDS A;  4QOZ B;  1XUP O;  3AVH A;  1S6P A;  4BR9 A;  4Z4H A;  1RT3 A;  3ULE A;  3QBW A;  4ILH A;  1NMD A;  5LY3 A;  4FJ9 A;  5J2N A;  2IAJ A;  4OGC A;  2RE2 A;  5E41 A;  3OS1 A;  4F8R A;  3MX5 A;  4CIF A;  1B92 A;  4PA1 A;  5C2D A;  4DQP A;  2E2N A;  5GAD P;  4ISF A;  1QZ6 A;  4E0D A;  1NWK A;  2E5L K;  4JI8 K;  3BF3 A;  3S3M A;  2Z1H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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