1VQNL

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vqnL02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vqnL01
1VQ5O 3CD6L 1VQML 1KD1P 3CCVL 1K9MP 3CCSO 2OTJO 3CCRL 1VQOL 1Q86M 1KQSK 1VQ8O 3CCLL 1YJNO 1Q7YP 1K8AP 1YITO 1VQ5L 1QVGN 3I55L 3CCSL 2OTJL 3OW2N 1VQ8L 1YJNL 1M1KP 1YITL 1YIJO 1M90M 1JJ2K 1Q81M 1YI2O 3CCJO 3G4SO 1NJIP 1Q82M 3CC2L 1W2BK 1YJWO 1KC8M 1YIJL 1YI2L 3CCJL 3G4SL 3CCEO 3CXCK 3CC7O 1KD1M 3G71O 1YJ9O 2QEXO 1N8RP 1K9MM 3CMAO 1VQ4O 1Q7YM 1YHQO 3CCEL 2QA4O 3CCQO 1VQNO 1VQ9O 3CC7L 3CCUO 3G71L 1YJ9L 1VQLO 2QEXL 1VQ7O 1Q86P 1W2BN 1S72O 1KQSN 3CPWK 1VQPO 3CMAL 1VQKO 1K73M 1VQ4L 1YHQL 2QA4L 1M1KM 1VQNL 1QVFK 1VQ9L 3CCLO 3CC4O 3G6EO 3CCUL 1NJIM 1VQLL 1VQ7L 1YJWL 2OTLO 3I55O 1S72L 3I56O 3CMEO 1VQPL 1VQKL 1M90P 1JJ2N 1Q81P 1K8AM 1VQ6O 3CC4L 3G6EL 3CCMO 3CD6O 1Q82P 1VQMO 1QVGK 2OTLL 3CCVO 3I56L 3CMEL 1N8RM 3CCRO 3OW2K 3CPWN 1KC8P 1VQOO 3CC2O 1K73P 3CCQL 1VQ6L 1QVFN 3CXCN 3CCML
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ5O 3CD6L 1VQML 1KD1P 5DS6A 5FCLA 3CCVL 1K9MP 3CCSO 2OTJO 3CCRL 1VQOL 1Q86M 5DS4A 1KQSK 1VQ8O 3CCLL 1YJNO 1Q7YP 4W8KA 1K8AP 1YITO 4N06A 1VQ5L 1QVGN 3I55L 3CCSL 2OTJL 3OW2N 1VQ8L 1YJNL 1M1KP 5DQTA 1YITL 1YIJO 1M90M 1JJ2K 5DQZA 1Q81M 1YI2O 3CCJO 3G4SO 1NJIP 1Q82M 3CC2L 4WJ0A 1W2BK 1YJWO 1KC8M 1YIJL 1YI2L 3CCJL 3G4SL 3CCEO 3CXCK 3CC7O 1KD1M 3G71O 1YJ9O 2QEXO 1N8RP 1K9MM 3CMAO 1VQ4O 1Q7YM 1YHQO 3CCEL 2QA4O 3CCQO 1VQNO 1VQ9O 3CC7L 3CCUO 3G71L 1YJ9L 1VQLO 2QEXL 1VQ7O 4XTKA 1Q86P 5DS5A 1W2BN 1S72O 1KQSN 3CPWK 1VQPO 3CMAL 1VQKO 1K73M 1VQ4L 3NKDA 3GODA 1YHQL 2QA4L 1M1KM 1VQNL 1QVFK 1VQ9L 3CCLO 3CC4O 3G6EO 3CCUL 5DLJA 2YZSA 1NJIM 1VQLL 1VQ7L 1YJWL 2OTLO 3I55O 1S72L 4QDLA 3I56O 3CMEO 1VQPL 1VQKL 1M90P 1JJ2N 1Q81P 1K8AM 1VQ6O 3CC4L 3G6EL 3CCMO 3CD6O 1Q82P 1VQMO 1QVGK 2OTLL 4P6IC 3CCVO 3I56L 3CMEL 1N8RM 3CCRO 3OW2K 3CPWN 1KC8P 1VQOO 3CC2O 1K73P 3CCQL 1VQ6L 1QVFN 3CXCN 3CCML
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQ5O 3CD6L 1VQML 1KD1P 5DS6A 5FCLA 3CCVL 1K9MP 3CCSO 2OTJO 3CCRL 1VQOL 1Q86M 5DS4A 1KQSK 1VQ8O 3CCLL 1YJNO 1Q7YP 4W8KA 1K8AP 1YITO 4N06A 1VQ5L 1QVGN 3I55L 3CCSL 2OTJL 3OW2N 1VQ8L 1YJNL 1M1KP 5DQTA 1YITL 1YIJO 1M90M 1JJ2K 5DQZA 1Q81M 1YI2O 3CCJO 3G4SO 1NJIP 1Q82M 3CC2L 4WJ0A 1W2BK 1YJWO 1KC8M 1YIJL 1YI2L 3CCJL 3G4SL 3CCEO 3CXCK 3CC7O 1KD1M 3G71O 1YJ9O 2QEXO 1N8RP 1K9MM 3CMAO 1VQ4O 1Q7YM 1YHQO 3CCEL 2QA4O 3CCQO 1VQNO 1VQ9O 3CC7L 3CCUO 3G71L 1YJ9L 1VQLO 2QEXL 1VQ7O 4XTKA 1Q86P 5DS5A 1W2BN 1S72O 1KQSN 3CPWK 1VQPO 3CMAL 1VQKO 1K73M 1VQ4L 3NKDA 3GODA 1YHQL 2QA4L 1M1KM 1VQNL 1QVFK 1VQ9L 3CCLO 3CC4O 3G6EO 3CCUL 5DLJA 2YZSA 1NJIM 1VQLL 1VQ7L 1YJWL 2OTLO 3I55O 1S72L 4QDLA 3I56O 3CMEO 1VQPL 1VQKL 1M90P 1JJ2N 1Q81P 1K8AM 1VQ6O 3CC4L 3G6EL 3CCMO 3CD6O 1Q82P 1VQMO 1QVGK 2OTLL 4P6IC 3CCVO 3I56L 3CMEL 1N8RM 3CCRO 3OW2K 3CPWN 1KC8P 1VQOO 3CC2O 1K73P 3CCQL 1VQ6L 1QVFN 3CXCN 3CCML
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ5 O;  3CD6 L;  1VQM L;  1KD1 P;  3CCV L;  1K9M P;  3CCS O;  2OTJ O;  3CCR L;  1VQO L;  1Q86 M;  1KQS K;  1VQ8 O;  3CCL L;  1YJN O;  1Q7Y P;  1K8A P;  1YIT O;  1VQ5 L;  1QVG N;  3I55 L;  3CCS L;  2OTJ L;  3OW2 N;  1VQ8 L;  1YJN L;  1M1K P;  1YIT L;  1YIJ O;  1M90 M;  1JJ2 K;  1Q81 M;  1YI2 O;  3CCJ O;  3G4S O;  1NJI P;  1Q82 M;  3CC2 L;  1W2B K;  1YJW O;  1KC8 M;  1YIJ L;  1YI2 L;  3CCJ L;  3G4S L;  3CCE O;  3CXC K;  3CC7 O;  1KD1 M;  3G71 O;  1YJ9 O;  2QEX O;  1N8R P;  1K9M M;  3CMA O;  1VQ4 O;  1Q7Y M;  1YHQ O;  3CCE L;  2QA4 O;  3CCQ O;  1VQN O;  1VQ9 O;  3CC7 L;  3CCU O;  3G71 L;  1YJ9 L;  1VQL O;  2QEX L;  1VQ7 O;  1Q86 P;  1W2B N;  1S72 O;  1KQS N;  3CPW K;  1VQP O;  3CMA L;  1VQK O;  1K73 M;  1VQ4 L;  1YHQ L;  2QA4 L;  1M1K M;  1VQN L;  1QVF K;  1VQ9 L;  3CCL O;  3CC4 O;  3G6E O;  3CCU L;  1NJI M;  1VQL L;  1VQ7 L;  1YJW L;  2OTL O;  3I55 O;  1S72 L;  3I56 O;  3CME O;  1VQP L;  1VQK L;  1M90 P;  1JJ2 N;  1Q81 P;  1K8A M;  1VQ6 O;  3CC4 L;  3G6E L;  3CCM O;  3CD6 O;  1Q82 P;  1VQM O;  1QVG K;  2OTL L;  3CCV O;  3I56 L;  3CME L;  1N8R M;  3CCR O;  3OW2 K;  3CPW N;  1KC8 P;  1VQO O;  3CC2 O;  1K73 P;  3CCQ L;  1VQ6 L;  1QVF N;  3CXC N;  3CCM L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ5 O;  3CD6 L;  1VQM L;  1KD1 P;  5DS6 A;  5FCL A;  3CCV L;  1K9M P;  3CCS O;  2OTJ O;  3CCR L;  1VQO L;  1Q86 M;  5DS4 A;  1KQS K;  1VQ8 O;  3CCL L;  1YJN O;  1Q7Y P;  4W8K A;  1K8A P;  1YIT O;  4N06 A;  1VQ5 L;  1QVG N;  3I55 L;  3CCS L;  2OTJ L;  3OW2 N;  1VQ8 L;  1YJN L;  1M1K P;  5DQT A;  1YIT L;  1YIJ O;  1M90 M;  1JJ2 K;  5DQZ A;  1Q81 M;  1YI2 O;  3CCJ O;  3G4S O;  1NJI P;  1Q82 M;  3CC2 L;  4WJ0 A;  1W2B K;  1YJW O;  1KC8 M;  1YIJ L;  1YI2 L;  3CCJ L;  3G4S L;  3CCE O;  3CXC K;  3CC7 O;  1KD1 M;  3G71 O;  1YJ9 O;  2QEX O;  1N8R P;  1K9M M;  3CMA O;  1VQ4 O;  1Q7Y M;  1YHQ O;  3CCE L;  2QA4 O;  3CCQ O;  1VQN O;  1VQ9 O;  3CC7 L;  3CCU O;  3G71 L;  1YJ9 L;  1VQL O;  2QEX L;  1VQ7 O;  4XTK A;  1Q86 P;  5DS5 A;  1W2B N;  1S72 O;  1KQS N;  3CPW K;  1VQP O;  3CMA L;  1VQK O;  1K73 M;  1VQ4 L;  3NKD A;  3GOD A;  1YHQ L;  2QA4 L;  1M1K M;  1VQN L;  1QVF K;  1VQ9 L;  3CCL O;  3CC4 O;  3G6E O;  3CCU L;  5DLJ A;  2YZS A;  1NJI M;  1VQL L;  1VQ7 L;  1YJW L;  2OTL O;  3I55 O;  1S72 L;  4QDL A;  3I56 O;  3CME O;  1VQP L;  1VQK L;  1M90 P;  1JJ2 N;  1Q81 P;  1K8A M;  1VQ6 O;  3CC4 L;  3G6E L;  3CCM O;  3CD6 O;  1Q82 P;  1VQM O;  1QVG K;  2OTL L;  4P6I C;  3CCV O;  3I56 L;  3CME L;  1N8R M;  3CCR O;  3OW2 K;  3CPW N;  1KC8 P;  1VQO O;  3CC2 O;  1K73 P;  3CCQ L;  1VQ6 L;  1QVF N;  3CXC N;  3CCM L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VQ5 O;  3CD6 L;  1VQM L;  1KD1 P;  5DS6 A;  5FCL A;  3CCV L;  1K9M P;  3CCS O;  2OTJ O;  3CCR L;  1VQO L;  1Q86 M;  5DS4 A;  1KQS K;  1VQ8 O;  3CCL L;  1YJN O;  1Q7Y P;  4W8K A;  1K8A P;  1YIT O;  4N06 A;  1VQ5 L;  1QVG N;  3I55 L;  3CCS L;  2OTJ L;  3OW2 N;  1VQ8 L;  1YJN L;  1M1K P;  5DQT A;  1YIT L;  1YIJ O;  1M90 M;  1JJ2 K;  5DQZ A;  1Q81 M;  1YI2 O;  3CCJ O;  3G4S O;  1NJI P;  1Q82 M;  3CC2 L;  4WJ0 A;  1W2B K;  1YJW O;  1KC8 M;  1YIJ L;  1YI2 L;  3CCJ L;  3G4S L;  3CCE O;  3CXC K;  3CC7 O;  1KD1 M;  3G71 O;  1YJ9 O;  2QEX O;  1N8R P;  1K9M M;  3CMA O;  1VQ4 O;  1Q7Y M;  1YHQ O;  3CCE L;  2QA4 O;  3CCQ O;  1VQN O;  1VQ9 O;  3CC7 L;  3CCU O;  3G71 L;  1YJ9 L;  1VQL O;  2QEX L;  1VQ7 O;  4XTK A;  1Q86 P;  5DS5 A;  1W2B N;  1S72 O;  1KQS N;  3CPW K;  1VQP O;  3CMA L;  1VQK O;  1K73 M;  1VQ4 L;  3NKD A;  3GOD A;  1YHQ L;  2QA4 L;  1M1K M;  1VQN L;  1QVF K;  1VQ9 L;  3CCL O;  3CC4 O;  3G6E O;  3CCU L;  5DLJ A;  2YZS A;  1NJI M;  1VQL L;  1VQ7 L;  1YJW L;  2OTL O;  3I55 O;  1S72 L;  4QDL A;  3I56 O;  3CME O;  1VQP L;  1VQK L;  1M90 P;  1JJ2 N;  1Q81 P;  1K8A M;  1VQ6 O;  3CC4 L;  3G6E L;  3CCM O;  3CD6 O;  1Q82 P;  1VQM O;  1QVG K;  2OTL L;  4P6I C;  3CCV O;  3I56 L;  3CME L;  1N8R M;  3CCR O;  3OW2 K;  3CPW N;  1KC8 P;  1VQO O;  3CC2 O;  1K73 P;  3CCQ L;  1VQ6 L;  1QVF N;  3CXC N;  3CCM L; 
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