1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
1YJNN 3CMEN 1VQ4N 4IO9L 1KQSM 3CD6N 5JVGL 5GAGP 1Q81O 1K9MO 3CF5L 2ZJRL 3CC7N 3CC4N 1VQLN 1VQ9N 2OTLN 4WFBL 3I55N 4IOCL 1YJ9N 3CCEN 1NJIO 3CPWM 1KC8O 3CCQN 1VQ5N 3G4SN 3CCMN 1Q7YO 4WF9L 1QVGM 1VQKN 4WFNL 3J7ZO 4WFAL 2QA4N 4UY8O 4U67L 5H1SQ 2ZJQL 3CCRN 1VQ8N 1VQ6N 5JVHL 1K8AO 1VQMN 3G6EN 1Q82O 1ILYA 3CCJN 1Q86O 5HL7L 5DM7L 1YITN 3CC2N 3OW2M 3PIOL 1YJWN 1YI2N 1VQON 1YHQN 3PIPL 1QVFM 5DM6L 1W2BM 1OVYA 1M1KO 1VQPN 1S72N 2ZJPL 2OTJN 1N8RO 1YIJN 1KD1O 5GAEP 4WCEL 3CCUN 2QEXN 3G71N 3CXCM 3CCLN 3CCSN 1M90O 1JJ2M 5MLCQ 3I56N 1VQNN 3DLLL 3CCVN 1K73O 1VQ7N 5GADP 5GAHP 3CMAN 4IOAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8KA 1HYVA 2D4WA 3DXMB 1NKCA 4JKEA 3SYZA 1OH7A 3V4IA 1L3TA 1ZC6A 3MMVA 2YJEA 1OVQA 3TTDA 2O8DA 1GLJO 1TYQA 3ZEUB 3QFPA 4JEPA 2ZJRL 3P5JA 1FXXA 1VQLN 3MDQA 5M1OA 3IRXA 3M3ZA 5M1QA 5JS1A 3C6AA 4GKKK 1YVNA 3O3HA 3O6WA 1IBLK 4W5RA 2W6LA 5F0XA 1VQ5N 1RILA 2DY4A 5BRHA 2WC9A 4I6MA 3SPZA 4Z4HA 3TANA 2HBMA 4B9MA 4JAXA 2ASPA 2GWKA 3AVNA 2UYTA 3TU5A 4ISFA 4W5TA 1U04A 3KLHA 1KXPA 4DFJA 2G8FA 4MDAA 1IKWA 1MWKA 5ADXH 4KI4A 3K0SA 5JVHL 4FWRA 1DLOA 3V81A 4DQSA 1QTMA 3QBWA 4H0XB 3OYGA 3V1RA 1I3AA 3LAKA 3NAEA 3AVFA 3WNEA 1BA0A 2XY7A 1BIUA 4CJLA 4JN4A 2YKMA 3OYJA 1KSPA 3C95A 4CZEA 1M1KO 1ZBUA 4MO4A 4LF5K 2JGUA 4KHWA 3ENOA 1NK8A 4MO5A 4O8UA 3VF2A 3T1YK 1HUXA 3OBYA 3C6UA 4DR1K 1WSIA 2IDOA 1U4BA 3ZLJA 2BH1A 4IXCA 4JV5K 4BRNA 4EFHA 4IJNA 3VGLA 3JXUA 1VAZA 4H0TB 3HVRA 3KKRA 4CZKA 4IOXA 4JD2A 4KH4A 3RSEA 4M7XA 4FLXA 3LDSA 5IT9O 1TL3A 4MLEA 2QI2A 1J9AA 3TAFA 1NK0A 4B3RK 3JAMO 2D0PA 3D2FB 4DFPA 1XNQK 3LDOA 5AQHA 3EKUA 3SMSA 4CEZA 5GAGP 1RT7A 4CFDA 3O4WA 4I9LA 5JICA 2HW3A 3DRPA 3HTVA 1NWKA 1RDBA 1YT3A 5EY4A 3LAMA 3WXKA 3AARA 4YORA 1KLNA 3H6EA 3SQ4A 4JI3K 5C42A 2RPIA 3S41A 3CJBA 3K5OA 2P9SB 3C6TA 2UXCK 3P1GA 2EX3A 4CFAA 3PUFA 4PKIA 4U67L 3CERA 3QB0A 4K41A 3K5MA 3E1YA 3BF1A 1WLJA 4ID1A 3O5BA 4FWMA 3M8SA 3SK3A 4KAZA 1C0FA 1VRTA 4F9OA 5FPMA 3ZT2A 3SMPA 1YI2N 2QXFA 5M1PA 3CG7A 4E89A 3NF9A 4Y1CA 3ZX3A 1R0AA 4EHUA 2UXDK 1WSJA 2HHHK 3I33A 4DLGA 1HNXK 4JS4A 2Q2RA 3LP0A 4KFBA 3FE1A 1MU2A 5C2FA 4EZ9A 3CQ8A 1RT1A 4FWOA 1NGEA 2IS3A 1FW6A 3DLEA 5M1FA 3GDQA 1IKYA 5JMVA 4F4KA 5CYMA 4HTLA 2GBZA 3SNNA 4CD3A 5AZIA 4YDUA 3ZSZA 4CERA 2UXBK 4KTWA 4BE0A 4ELUA 4I2PA 5E26A 1KVAA 3ZSYA 3CMAN 1RBVA 1HYZA 3QO9A 5AZJA 3FR0A 4XH4A 4DV3K 4IO9L 4O5FA 3RMAA 2NNWA 3CHWA 4EHTA 2XO7A 1FKPA 2V7ZA 2BTFA 3HVTA 1E4FT 4DTXA 1BCOA 4DSIA 3O9RA 2KZMA 4OPJA 5AQZA 4HCCA 4DS4A 1T8EA 4DQ8A 5C2DA 3VEYA 5I42A 1QZ6A 3DLKA 2VG6A 4YOWA 4DR2K 3BY5A 4DF4A 1U47A 2GUIA 3MK6A 4AF1A 3NFAA 3V1OA 2VQFK 1Z25A 2P9PB 4WFNL 3LM2A 5KI6A 4IFYA 2HHQA 1QZ5A 4CHPA 4IKFA 4DSEA 1EWQA 1KTQA 1RCHA 4CJVA 3WQUA 5CZ2A 1RT6A 4KI6A 4LF9K 3AAPA 4ID5A 4BRIA 2O4GA 2O8EB 1XNRK 3ZETB 1TKXA 3CCJN 1SKWA 4H0YB 1ILYA 1Q86O 2JLEA 3MN5A 3AVHA 5JS2A 2A1RA 4IFEA 3NF6A 3DXMA 4BVPA 1QSLA 3FZKA 3QNOA 4R5PA 4M45A 3WNFA 3VQ6A 3IAYA 3ZEUA 2BGGA 3EYZA 2Q31A 1EQYA 4BG9A 1NJWA 1TK0A 5BRDA 4CZIA 1JCEA 5HRSA 3NF8A 5GIPA 2YNGA 4B1YB 1BA1A 3VF6A 1YF5L 1ZBSA 3W0LA 1RDDA 3QMLA 3H3OB 5AQOA 4BR9A 4E1MA 1M90O 4K8ZA 1N32K 1HNVA 1VSLA 5HROA 3OJSA 1ASUA 4LSLA 5C15A 2CGKA 1XC9A 3KLEA 2PBDA 4FXDA 3CMEN 1SS6A 1RBUA 1TL1A 2HMPA 1J54A 4B3MK 1NJYA 1QHAA 1X9JA 3OS2A 5JVGL 4E19A 3H1QA 2G8KA 4B08A 4BGAA 2XHBA 5AQRA 1NGCA 3QFUA 3NGIA 4FLUA 3MN6A 1VQ9N 1SL2A 3C7NB 4K8XA 3MN7A 3OYLA 1KLMA 1T44A 2YHYA 3HK2A 2IVNA 1EWRA 1RT5A 2E6LA 2EHGA 3L2VA 1S3XA 2GV9A 1JLQA 3VTIA 3PY8A 1KVCA 4CGFA 5C12A 1UWBA 3QIPA 2V51B 3CCRN 2QKBA 1C0UA 4DTMA 2HHXA 2G8VA 1VQMN 1BUPA 5CY4A 1BWFO 3SUOA 3THXB 3JS6A 1GLCG 2NUBA 2VG5A 3D2FA 1BCMA 3GG4A 1QS4A 3DXKB 4JK7A 1WBDA 3PIPL 3SUQA 1D9FA 3KD1E 4A59A 1W7AA 1WSFA 4J2DA 2F8TA 3NF7A 2ZJPL 2R7YA 4DFMA 3HM9A 1JXBA 3EE8A 4N76A 4WQ4C 1S5JA 3KK7A 1L3UA 3V9UA 3VQQA 5EU7A 3KKSA 4BDZA 3THYB 1X3NA 3VQEA 3A5NC 2F9WA 4RW4A 2ZGYA 2ETJA 4E7HA 2JWKA 3QEXA 4DTJA 1MA9B 1V4TA 2E2NA 3EE9A 1HQUA 4JNEA 4GV3A 4KHPK 3SBTA 1E4GT 3G71N 3CXCM 3CCLN 4KB0A 2P9SA 3CJ9A 5AFUH 4AM7A 4C8NA 1Q9YA 1EP4A 3AVIA 3MWPA 4DV7K 3CQYA 3MXJA 2FC0A 1KFSA 3OS1A 3OS0A 4JI4K 1R59O 1BO5O 5BPMA 3JSMA 4Z4EA 3L8BA 3C6HA 4YOYA 4ZTFA 3SAHA 1UA0A 3ZSQA 1X1PA 3CF5L 2UUCK 4NXNK 3E9PA 4F3TA 1HJOA 3BDPA 3VEOA 3NMUA 4JKAA 1TV6A 3SLCA 3MEDA 4CF0A 4F3OA 4CGIA 3WUHA 1QQMA 2P5GA 1A5XA 3PX6A 1YUWA 4DLEA 3G4SN 3UKRB 3DLRA 3D2EB 4WF9L 2RHKA 4WQ5A 4H0OA 4CEFA 1BDGA 3QDKA 1ATRA 1W97L 1DKGD 4BGBA 4CFCA 4RTFD 5ELZA 5H1SQ 4KH5A 2IGIA 3IUCA 1SKRA 4B8CA 3AVCA 3BUZB 1HX1A 1RBRA 3M5RA 1X9MA 2OYQA 4CZLA 4IEEA 4M3UA 2P9KA 4JS5A 4H4MA 3VQ5A 1IG9A 2E5LK 3SCXA 1XHZA 1QVFM 3DRSA 3DI6A 3ULDA 1W2BM 4B9UA 4CJTA 4B3TK 4BQLA 3B6PA 4DQPA 4JKFA 2YI1A 1S1VA 1XMQK 4B1XB 3SPYA 2QWLA 2A42A 4PL8A 1QSYA 1F21A 1QHTA 3VMFB 1EETA 5EXWA 3QINA 4TSXA 4HHTA 4A5AA 4FLYA 1IBKK 2Z1HA 3SUPA 4C8OA 4DSLA 1DT9A 3F9KA 2QEXN 3ZSXA 4Z94A 1RNHA 3MECA 4CZHA 3WXMB 3O80A 3F9MA 2P9PA 2VWJA 5AQUA 4CESA 4GW6A 2A41A 3O1BA 2O4IA 4BRAA 3TABA 3GL1A 2P1JA 4B9SA 4CJ4A 1SQKA 2VGMA 3G25A 3I0SA 4ZTJA 3CJ1A 1LCUA 2FBTA 3ZETA 2ATQA 2IIRA 2QTDA 1XI1A 2HF3A 4PA1A 3RVCA 3CJ7A 3OBWA 2QWOA 4U7BA 4JI8K 4CD1A 3E9OA 4OVLA 1SV5A 2OTLN 2FF6A 1N33K 2BANA 2YNHA 1KAZA 5M1NA 2FBVA 3CCEN 3MAQA 5LJWA 1JXEA 4CVNE 4FJ5A 3SI6A 1RTJA 1XC3A 4FVUA 2XY6A 3OYAA 1S9GA 5BPLA 4AHTA 1IBMK 4DV5K 4C8LA 3SQ2A 1U48A 4GNIA 1TKDA 4DV1K 2HHVA 3S3OA 3A5LC 5I3UA 3BF3A 2ZD1A 4JHDB 5AQXA 2NZTA 1HYSA 1VSHA 1FK9A 4BRKA 4BVOA 1GLLO 4CJSA 1J6ZA 1XQSC 4OPHA 4A2AA 4LC9B 3VPZA 3CC2N 2G8WA 4PUOA 5D3GA 3AV9A 3PSFA 4ISGA 3RMCA 3AA2A 3AVLA 4RW6A 2D0BA 3HO1A 3D6RA 4CGJA 4LF6K 1IJJA 4BDYA 4BRDA 3HYFA 3QETA 4BROA 4CBUA 2OA8A 2XY8A 4FCYA 1ITGA 1XHXA 3ZSRA 1Z26A 3OJUA 1JLBA 2KFNA 3HXMA 1JLEA 3C7NA 4UQGA 1KRPA 3F5TA 4DQRA 2A40A 5AQVA 1RDWX 4BG8A 4GKJK 1N34K 5KPRA 2X78A 3DLBA 4H5TA 3R6MA 4E7KA 1CZ9A 1VSKA 3MXIA 2FF3B 3MX5A 3PO5A 4CF1A 3AVBA 2KZZA 1HLUA 2OPSA 4B9QA 1QQNA 4N56A 1UOCA 1U2VB 3DMJA 4FM1A 1NK5A 3THXA 3EY1A 3THVA 3CIPA 3PO4A 3CD6N 2NRHA 5SWMA 5T7BA 4GMJB 2DTUA 3DXKA 1BQNA 4JI7K 3LZIA 3EKSA 3O9UA 2AA4A 1YJ9N 4JI0K 1BU6O 1WSGA 3WT0A 4FWLA 4I9QA 2P9NB 1LWFA 1BOTO 1T6CA 3THYA 5AQPA 3MCAB 4IWVA 4CJUA 3HM8A 2QWMA 4OKEA 3DRRA 3ASMA 5FPDA 4NO7A 4DQQA 4FJMA 2P9LB 3TSQA 1WSHA 2A3ZA 1HNWK 2NRXA 2E8AA 3VA3A 2KKZA 3RRGA 3MWTA 4IZ9A 5F1XA 5LMNK 1YJWN 5GINA 3OA9A 1V4SA 2P9UA 5TKWA 3OYEA 2A6AA 3VQ8A 5JLFA 4Z0UA 3THWA 1RT4A 1D5AA 4BC2A 1CXUA 4IG0A 2HBLA 2OPPA 4IO8A 5FPEA 1KD1O 1IG8A 4WE1A 3MX2A 1HKBA 3U9DA 1GOAA 2PYLA 4DF8A 2V7YA 1G99A 4GVMA 4CZGA 1TK8A 3J80O 3K58A 3D2EA 1C0GA 4A61A 4Q0BA 4G9ZA 5J2QA 4BWJA 2HSTA 1KAXA 1VSEA 3H08A 3SQ1A 4R79A 3N4PA 2XRIA 5AQYA 3RR7A 3P38A 1TUYA 3L3UA 3LP2A 1VQ7N 3VEXA 4FK2A 3KIOA 1E3MA 4JRQA 4IOAL 1CZAN 4QS8A 1DEJA 2DPNA 4CGHA 4CJFA 3CI5A 2Q1NA 3ATUA 4CW7B 1VQ4N 4RG8A 1RT3A 2CGLA 1T05A 4C23A 3QEWA 4DR4K 3I0RA 4FJ9A 1I94K 3VGKA 4CHZA 1TAUA 1DTQA 4J2AA 3CC7N 5AQQA 3BGRA 1YTAA 1J5EK 4M41A 4WFBL 2FSKA 5BREA 1JLFA 4M3YA 2P51A 3BZKA 5BN8A 5I9EB 1Y64A 4A5BA 3E66A 1L3SA 2E88A 4K43A 1FKOA 2AP1A 5CZ1A 5SZTA 1RT2A 3ZYYX 4HVJA 4O5BA 4YY3K 3T69A 4GV6A 2YJFA 3KZBA 3MN9A 3HPHA 3O9TA 4ELVA 3NGYA 1TAQA 3NH2A 1WUAA 1GLFO 3DOLA 3MEGA 5BN9A 2F7TA 5C0YA 3SQ0A 1Q82O 2I5JA 5HRPA 2B4JA 2P9IB 3NHGA 5HOOA 2P5OA 2X6NA 3RWUA 2KFZA 1C0MA 2HBJA 4E7LA 3OYKA 4F2RA 4KB1A 2F9TA 1EXQA 4BE2A 2WOMA 4X64K 1LOTB 4OKJA 3R1XA 2A5XA 4JI1K 4DTPA 1TK5A 3S3MA 3WXJA 4LY7A 4HUFA 1D9DA 1Q18A 1C0TA 3SUNA 4CZJA 1TKZA 3O3FA 5TKYA 2ZM6K 4Z4GA 3AVMA 3HSCA 4PKHA 2Q0UA 1S1UA 3AVKA 5FLXO 3P83D 3DAWA 1HR0K 1BISA 4BC5A 3QESA 4OO1J 2FBXA 3HPOA 2ZQBA 3LP1A 4FL9A 4CK1A 2PFUA 5CE3A 3FZHA 5GADP 4AHVA 1QQCA 4BRPA 3JYTA 1NGDA 4B1WB 1NKBA 4FWNA 1WBBA 3KWIA 4AH9A 3QEPA 4LFAK 2E6MA 3V9WA 2GELA 4DSJA 4BRHA 4FJJA 3ALYA 3OYMA 1BG3A 2ZGZA 2ASMA 4DTUA 1ASVA 4Y0WA 3L4QA 1NU0A 5CR4A 2Q3SA 4FJKA 1NG9A 1L3VA 3SV4A 3A5MC 4B9LA 3DLGA 3S9HA 1NGIA 5A2QO 3PV8A 5DMRA 4DR6K 4C8MA 3TARA 1KC8O 3KLFA 4FPBA 1ASWA 1JL2A 1NGJA 5AQIA 1TYQB 5FRMA 2QWPA 1O13A 2QM1A 2X6SA 3FZLA 4XEIA 2FLOA 4X66K 4CJEA 4B3SK 4M63C 3O4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJN N;  3CME N;  1VQ4 N;  4IO9 L;  1KQS M;  3CD6 N;  5JVG L;  5GAG P;  1Q81 O;  1K9M O;  3CF5 L;  2ZJR L;  3CC7 N;  3CC4 N;  1VQL N;  1VQ9 N;  2OTL N;  4WFB L;  3I55 N;  4IOC L;  1YJ9 N;  3CCE N;  1NJI O;  3CPW M;  1KC8 O;  3CCQ N;  1VQ5 N;  3G4S N;  3CCM N;  1Q7Y O;  4WF9 L;  1QVG M;  1VQK N;  4WFN L;  3J7Z O;  4WFA L;  2QA4 N;  4UY8 O;  4U67 L;  5H1S Q;  2ZJQ L;  3CCR N;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  5JVH L;  1K8A O;  1VQM N;  3G6E N;  1Q82 O;  1ILY A;  3CCJ N;  1Q86 O;  5HL7 L;  5DM7 L;  1YIT N;  3CC2 N;  3OW2 M;  3PIO L;  1YJW N;  1YI2 N;  1VQO N;  1YHQ N;  3PIP L;  1QVF M;  5DM6 L;  1W2B M;  1OVY A;  1M1K O;  1VQP N;  1S72 N;  2ZJP L;  2OTJ N;  1N8R O;  1YIJ N;  1KD1 O;  5GAE P;  4WCE L;  3CCU N;  2QEX N;  3G71 N;  3CXC M;  3CCL N;  3CCS N;  1M90 O;  1JJ2 M;  5MLC Q;  3I56 N;  1VQN N;  3DLL L;  3CCV N;  1K73 O;  1VQ7 N;  5GAD P;  5GAH P;  3CMA N;  4IOA L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4C8K A;  1HYV A;  2D4W A;  3DXM B;  1NKC A;  4JKE A;  3SYZ A;  1OH7 A;  3V4I A;  1L3T A;  1ZC6 A;  3MMV A;  2YJE A;  1OVQ A;  3TTD A;  2O8D A;  1GLJ O;  1TYQ A;  3ZEU B;  3QFP A;  4JEP A;  2ZJR L;  3P5J A;  1FXX A;  1VQL N;  3MDQ A;  5M1O A;  3IRX A;  3M3Z A;  5M1Q A;  5JS1 A;  3C6A A;  4GKK K;  1YVN A;  3O3H A;  3O6W A;  1IBL K;  4W5R A;  2W6L A;  5F0X A;  1VQ5 N;  1RIL A;  2DY4 A;  5BRH A;  2WC9 A;  4I6M A;  3SPZ A;  4Z4H A;  3TAN A;  2HBM A;  4B9M A;  4JAX A;  2ASP A;  2GWK A;  3AVN A;  2UYT A;  3TU5 A;  4ISF A;  4W5T A;  1U04 A;  3KLH A;  1KXP A;  4DFJ A;  2G8F A;  4MDA A;  1IKW A;  1MWK A;  5ADX H;  4KI4 A;  3K0S A;  5JVH L;  4FWR A;  1DLO A;  3V81 A;  4DQS A;  1QTM A;  3QBW A;  4H0X B;  3OYG A;  3V1R A;  1I3A A;  3LAK A;  3NAE A;  3AVF A;  3WNE A;  1BA0 A;  2XY7 A;  1BIU A;  4CJL A;  4JN4 A;  2YKM A;  3OYJ A;  1KSP A;  3C95 A;  4CZE A;  1M1K O;  1ZBU A;  4MO4 A;  4LF5 K;  2JGU A;  4KHW A;  3ENO A;  1NK8 A;  4MO5 A;  4O8U A;  3VF2 A;  3T1Y K;  1HUX A;  3OBY A;  3C6U A;  4DR1 K;  1WSI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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