1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
3CCQN 4WCEL 1YHQN 1VQ8N 3CCMN 2ZJPL 3CCRN 1YI2N 3J7ZO 1VQ5N 1Q82O 2QEXN 5DM6L 5JVGL 3I56N 1VQON 1QVFM 3CD6N 3CC2N 3G71N 3CCJN 1W2BM 3CC4N 3CC7N 5GADP 1KD1O 3PIOL 1ILYA 1YJNN 1VQMN 3DLLL 1Q81O 1YJ9N 5GAEP 1KQSM 4IOCL 5JVHL 3I55N 3CMAN 1YITN 3CMEN 3CCSN 1VQKN 2QA4N 4WFAL 3G4SN 3CF5L 1VQ4N 2ZJQL 3PIPL 4WF9L 1N8RO 4IOAL 5GAGP 1K73O 3CCVN 1K9MO 2OTLN 5H1SQ 3CCUN 1VQ7N 3OW2M 1OVYA 2OTJN 1YIJN 1QVGM 1VQPN 1NJIO 1M1KO 1KC8O 3CCEN 1Q7YO 5MLCQ 3G6EN 4U67L 1K8AO 4WFBL 1S72N 1VQNN 3CPWM 2ZJRL 1VQ9N 4UY8O 5HL7L 5DM7L 4WFNL 1YJWN 1Q86O 1VQ6N 3CXCM 1M90O 1VQLN 1JJ2M 4IO9L 3CCLN 5GAHP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U9DA 4YOWA 1U49A 3C6TA 4CEQA 3GOIA 3AY9A 1JLFA 2UXCK 4WCEL 3HK2A 4B1YB 3HXMA 3MAQA 3G0ZA 4JS4A 4FWQA 2IDOA 1NM1A 5BRDA 1BI4A 1CZBA 4DU1A 2QXLA 3NGZA 1XHXA 4B08A 3IKMA 2P5OA 2HBMA 4IJAA 1QVFM 1T3VA 4H5NA 1RTIA 4AM6A 3SUNA 3Q7CA 1HYSA 5GADP 3TAQA 3UIQA 4PA1A 2UUCK 2HB5A 2VGMA 1RNHA 4WQ4A 3OYLA 2I7NA 2A41A 2KW4A 2OPPA 4CBUA 3QFPA 1IJJA 4BC5A 1GOBA 3R3LA 3VQ4A 3ULDA 4CCHA 3ZX2A 4B1XB 2QWMA 3P1GA 3CFRA 2E6MA 4H5RA 1C1AA 4L3QA 2W42A 2EWSA 3OA9A 4DR7K 2NLXA 3L0QA 1HYVA 3AVFA 3S41A 4XEIA 1T05A 3O3HA 2KZZA 3UKUA 4FJLA 1K9MO 1WSFA 5BRFA 3ZT3A 2ZD1A 4BRPA 3T19A 1OH8A 1JL2A 4B9SA 2BDPA 1NG9A 2X78A 4FWPA 3WNEA 1QSYA 4FJKA 4CHQA 5FRNA 2Z1GA 2RF2A 1J5OA 3ZLJA 1A5VA 3G6EN 4CD3A 1X9WA 2F9TA 3KK7A 4IKFA 4LF7K 4BRIA 1U48A 1ZBIA 3OYIA 1YJWN 2Z1IA 4JI0K 3OYGA 3SMSA 4CF1A 3EKUA 1HNIA 4FK0A 4O4GA 4DQPA 1UAXA 4M42A 3PUFA 4BGAA 4DR6K 4DV4K 3JYTA 5J2NA 3K57A 3IAYA 4R5PA 3BY5A 4EZ9A 4RCHA 5AQNA 3NF9A 1C0MA 4CHOA 1GOCA 3SZ2A 3T1AA 2O8CA 3CETA 4DV0K 3LANA 3I0RA 4BR9A 4DG1A 4JN4A 2D0OA 1WNSA 3VGLA 4YOVA 1VSMA 3SPZA 1ASWA 1VSHA 1A5WA 4BRDA 3J7AP 3F73A 4GVMA 2HOEA 4B9UA 3NH0A 3HI0A 4CGGA 3B6OA 3VQEA 5LY3A 1KD1O 2DFEA 1SKWA 5KTQA 3SJHA 4IZ9A 4BWMA 1NGJA 1XHZA 3H45C 3PX6A 1MWMA 1VRTA 2FBYA 3T69A 3E9PA 3FFKB 3H1QA 3WEEB 1XMQK 4FJIA 4JD2B 4BR7A 3FR0A 4JV5K 1S9EA 2EX3A 3CJBA 4QS9A 3QNOA 3LDSA 1QQMA 5J1EA 1VSLA 4CFAA 5EY4A 1C0GA 3I33A 3QIPA 1U45A 3TSQA 4LSNA 3VQ8A 3THYB 3RRHA 3RTVA 4KHPK 1OVYA 3ZEUA 3KKRA 5ADXH 2FSJA 2P9IB 4WE1A 4OX9K 3VQPA 4CIFA 3LM2A 1K8AO 3DRPA 4CF0A 1VQNN 2ZJRL 4KFBA 1NJYA 5KI6A 3DXMB 4YFUA 3B6PA 3VGMA 1VQLN 2HHTA 3AO4A 4JRPA 4O5FA 3EN9A 3ULEA 3M1FA 1RTDA 1NGDA 4Z4IA 3NVKA 3AVLA 3D2FB 4JI1K 4IDHA 1H1VA 1YI2N 4BY9C 4CJUA 3KIOA 2QEXN 3QFUA 2IGIA 4MLHA 2KHOA 5JS2A 2JLEA 1KFDA 3DJCA 1S1WA 1X1PA 4M3RA 1L5UA 3RSEA 3U3GA 1NGFA 1NBWA 2ITMA 5BR8K 2W6KA 4JKFA 5KPZA 1IKXA 4MLEA 3SUQA 3Q7BA 1YJNN 4PL7A 3MEDA 3VN5A 5CE3A 4FXDA 1ZBSA 2CH5A 3V9UA 4I9LA 5AQLA 3CMAN 3SQ1A 1I94K 4NCBA 3OS1A 4YY3K 1N32K 1D4XA 3WNFA 1ASUA 4A62A 3HT3A 3OBWA 4CZMA 3ATVA 3VEZA 4BR4A 4FWOA 3K5OA 1DTQA 2D0BA 2KLAA 2QKKA 1KXPA 2AJQA 2GV9A 3AA2A 4EFHA 5AZIA 4CFCA 3DLKA 2D5RA 1RBRA 3U4LA 3SMPA 4KBOA 2OTJN 3JS6A 2YKMA 1HNWK 3FZLA 4FJ7A 1NK7A 2IVOA 1QHTA 1TL1A 4IO8A 2KTQA 5HRRA 3PLAA 4OKKA 4ZTFA 4CEEA 4CK3A 2QWRA 3I8DA 4FWKA 1TVRA 1RBVA 3VA3A 1O1WA 1VQ6N 1M90O 2DY4A 3JSMA 4IO9L 1C0FA 4DMNA 3DXKB 2VQFK 2OZSA 1NMDA 1HUXA 5LMNK 4M63C 4C1NI 1IKVA 5HRPA 4JKAA 3ITHA 4CECA 3S3NA 3HYFA 3AVGA 4KAZA 1DGKN 3J7ZO 3O80A 3TU5A 4XIUA 5C0YA 3O9UA 4JHDA 1XWLA 1WB9A 2YKNA 4YNQA 3TAEA 3LDNA 3QESA 1W9HA 4JI2K 3KK1A 3ASMA 4CBXA 1EKEA 4CJEA 3UKRB 1SAZA 1EX4A 4A2AA 3CJAA 4BE1A 4FZZA 4O8UA 1NGGA 2P9PB 5AQWA 3V9ZA 1QHAA 5J2MA 3O9SA 1Z6RA 1R0AA 4OO1J 1JLCA 3AVCA 2KFNA 2QWQA 1HKGA 4H0XB 3ZSQA 3WXJA 3H46O 4BRMA 1SL2A 2WBNA 4DQ8A 4CGFA 3MWPA 4PQUA 4IWVA 1JL1A 4BC4A 1YVUA 3L3VA 1RDBA 1HPMA 4B3OA 4JD2A 1RT1A 1WSJA 3WXIA 4DFMA 1YITN 4JAXA 3MN9A 3CCSN 3VEOA 3G4SN 4RW8A 1JLEA 1WSIA 1RT5A 4IXCA 5AZJB 4IG0A 1Z25A 1RDDA 1TKZA 3D45A 5HRNA 1HQEA 4KTQA 4H0PA 3D0PA 2P9IA 3VF4A 1E3MA 1NKEA 4FSVA 4AQYK 1GOAA 1GLAG 4BR5A 1VQ7N 3KLGA 4X62K 3TTDA 1RFQA 4KB1A 5HBMA 3SJJA 4FWMA 2YX6A 4PWDA 1KAYA 3CQ8A 3ZT2A 1RT2A 1IBLK 1KRPA 3G25A 3OYAA 4FLUA 4KI4A 4MDBA 5BPNA 1XMOK 1ZBHA 4DV1K 4DB3A 1VQ9N 5EX5A 4CZKA 5TKYA 4AILC 1Q86O 5LMUK 4ZTJA 4BQLA 3QDKA 3K59A 4FLVA 4DQIA 1DEJA 1LWFA 4H0YB 4KH4A 4HTLA 4CZLA 3SQ4A 2YJFA 3TABA 3NHGA 3DLEA 5LJWA 4KHUA 2P9LA 4NYNA 5C2FA 2OCEA 4LF6K 3M6GA 5DM6L 4BRLA 2G8HA 3WT0A 5C42A 1C0UA 2FSKA 2H3GX 3PSIA 1JLAA 1X9SA 4QCLA 3A2FA 2VQEK 4Y0WA 4AHRA 4DKWA 2ZGZA 3SI6A 1NGHA 3GL1A 4BVOA 2YNFA 2VG6A 3QBWA 5FPDA 4E7JA 3DOKA 2F7TA 4FPAA 4CERA 2O8DA 2XHBA 4DR4K 1E4FT 1SS6A 2A40A 3QETA 5GAEP 3TAGA 3OYHA 1KCFA 1KLNA 3KWGA 3V9XA 3CQXA 2HHHK 4GW6A 4BREA 2DTUA 4E89A 3K5NA 3DLRA 2QA4N 4DTXA 3O4WA 4IFYA 4BRNA 4E1JA 3HOTA 3AV9A 3VESA 2UXDK 1NOYA 3LWLA 3WXMB 3LPUA 1JKHA 1GLJO 5AQQA 3RMCA 3AO2A 1CZAN 1NKCA 1TUUA 4QAGA 3VTHA 4ELTA 1UA0A 3HSCA 3AVJA 2ZM6K 1HNXK 3E01A 1T03A 1O13A 3IS9A 1NJIO 3QO9A 3VPZA 3LALA 4ILJA 4RWTA 1YAGA 1SKRA 1B92A 5C2DA 3QEIA 4FJ8A 4IG3A 3V1RA 1VSKA 4C8NA 3KK2A 2NNWA 3RMAA 3DI6A 4CZJA 4WFNL 3CM6A 1NJWA 1WSHA 4FM0A 2WFBA 1TKDA 2BGGA 1RDUA 2DFHA 5CHIA 1NNEA 4H8KA 3KVGA 1Q8IA 2JWLA 1SV5A 3SV4A 4EAHD 1J54A 3ZT0A 4CHYA 4JKCA 3OYNA 3V1OA 4A61A 2ZJPL 4WYBA 4R79A 4CJWA 1WBDA 1ZBFA 1K6YA 3NGYA 2HHXA 4C8OA 3OYFA 1VQ5N 4OGCA 4FOIA 3OS2A 3VF6A 4CZGA 1BISA 1HPZA 3C7NB 1S5JA 2E5LK 4KKOA 5B8HA 3NH1A 1GLBG 4IJNA 3DRRA 1T6DA 4MO5A 1TGOA 4W5TA 1U04A 1EETA 4BRQA 2HHVA 4FM2A 2HF3A 5DMRA 1WLJA 3O3FA 1RCHA 2CGKA 4CF9A 4DSJA 1TKXA 1VQMN 4KHSA 3DLLL 3DMJA 1QQNA 2ATQA 3SBTA 5AFUA 3C6UA 3K9JA 2IVNA 4PKHA 3OY9A 2KKZA 2O8DB 1X9JA 1UA1A 2CGJA 1K8KB 1RDCA 5AZJA 4E1NA 3PV8A 2FXUA 4CF8A 2LSNA 2ZGYA 3EEQA 3IMXA 1VQKN 1IG8A 2E1ZA 4CZHA 4IEIA 2O4IA 1S1VA 2QM1A 1Q9YA 3AVIA 4K42A 1JLQA 1D5AA 4O0JA 3SUPA 2QWNA 2W41A 4FM1A 5HLFA 1SL1A 4KO0A 1N8RO 4DSLA 1GLFO 3LDPA 4F2SA 4JKEA 1ATSA 2A42A 5FPNA 3T7ZA 2P5GA 4ZHRA 4YORA 4AHCA 5D3GA 4GKKK 4AM7A 1YIJN 4B9NA 2QKBA 5AQIA 1VQPN 3O9RA 2Y1JA 3MX5A 5E26A 3VA0A 1JCEA 3A0IX 3HSTB 5ADXA 4EP4A 2P9NA 4J2AA 1BOTO 3IRXA 3D7EO 3K9KA 2VYPA 3EY1A 3P5JA 1N5YA 3CXCM 2V7YA 3QEVA 1U4BA 3CCLN 4K8XA 3AAPA 2O8BA 4KHWA 4YOYA 1N36K 3ZEUB 2AP1A 1SQKA 1D9DA 4YOUA 1ATRA 4NLBA 2Q31A 3PSFA 1S6QA 1P8ZA 1HYZA 4JI4K 4KHQA 2E2NA 1I3AA 3D2FA 3VQDA 1QSSA 4M3ZA 3VERA 4JLHA 4A59A 3VQ7A 4CD1A 1NOZA 4PKIA 3CD6N 5HP1A 4FLZA 3VMFB 5I9EB 3CCJN 4DTRA 1XI1A 5M1KA 5GINA 1BU6O 1ZBUA 2D1KA 3KHYA 1GLLO 2VWBA 3PX4A 3UKUB 2V51B 3THVA 4H5VA 1Q18A 5CZ2A 2VWJA 3U6FA 4DTJA 4Z0UA 5JS1A 3SCXA 3VEWA 5KQDA 1YT3A 4GY2B 4JEPA 3H08A 3W3DA 4J8FA 4DSKA 1TUYA 5JVHL 4DSFA 4E7HA 1N33K 2IAJA 3R1XA 3NF6A 4YDUC 1N34K 3CYMA 3U8XA 4LF5K 2QXFA 4EHTA 5I3UA 1LOTB 2IIRA 2BH1A 3ZT4A 2X6SA 1JLBA 5KGWA 4BRGA 3LAKA 4UQGA 4F4KA 2F8SA 5T7BA 1K73O 3S9HA 3OS0A 2YV0X 1T6CA 5H1SQ 3CCUN 5AQMA 4OPJA 2FBTA 2HNDA 3K5LA 1TKTA 4A2BA 4CGDA 4DTUA 2Z1JA 1WAJA 3M8RA 2FBXA 3OYEA 1YTUA 4KH6A 1VSIA 3M8QA 5KRTA 3LP3A 4H4OA 4XH1A 1Z26A 1BQMA 1DLOA 1QZ6A 3O4NA 1QS4A 1JXEA 5E84A 1G99A 4X65K 4DU4A 4DTSA 1NU0A 1Q9XA 4NXNK 1V4SA 1Y64A 3L2WA 4DWIA 5AQJA 3UE5A 1KLMA 3MN5A 3SUOA 1EP4A 2NRTA 3LL3A 2ZE2A 3O3GA 4A5BA 4K8ZA 3AVKA 3GG4A 4PUOA 4M7XA 3IFRA 2YHXA 3J80O 2Y1IA 3TANA 2B5JA 4KH5A 4DTOA 4JI3K 2E88A 4M41A 3DOLA 4JKGB 3GE1A 1JXBA 4K25A 4CGIA 1RBUA 5EXWA 3GBTA 3OYKA 4DS5A 4MDAA 3CC2N 5IT9O 1BI4B 3FLCO 4ISFA 3OJUA 4Z4FA 2GBZA 3IG1A 4H5WA 3UKRA 3FFIA 1YF5L 5C15A 1CZ9A 4DUZK 1S3XA 4JKDA 2IC3A 2ASMA 4DFJA 1WAFA 2GEMA 3RVCA 5CYQA 4U7BA 3SAGA 2YJEA 2NZTA 4DQRA 4IOCL 4BDYA 4B9LA 2AA4A 3V9SA 2P9KB 3ZX0A 1RDAA 2P9UA 4FO0A 3NF8A 4BACA 5FROA 3CF5L 1TYQB 4CGHA 1JCGA 1RT3A 2GELA 3AAQA 4N56A 3ZSXA 3B8AX 4OPHA 5JLFA 4Y1CA 4LSLA 2ZF5O 4Q5VA 3D2EA 3NBPA 2F4VK 2YHYA 5KPTA 2J4RA 4CHNA 4BWJA 2FC0A 2ITGA 1X3NA 3FZHA 3J81O 2YI1A 3KLIA 3U3YA 4M3YA 3EO3A 3HTVA 3P38A 4DF4A 2IOCA 5AQRA 1KC8O 2UXBK 4CZIA 3CCEN 4GV3A 1OH5A 4JK9A 1XC3A 2F96A 2Q1NA 4BG8A 4FJ5A 2E2OA 2IS3A 1LAVA 1OKJA 3C6AA 4B9MA 4N5SA 2G8UA 4C23A 4KV8A 5A2QO 4NCGA 1S22A 4KI6A 1ZC6A 4LFBK 3BEXA 5AQYA 3EZ5A 3TPQA 2QW9A 4MFBA 4E7KA 4EIAA 2QI2A 3CCRN 1UOCA 4IDKA 5DK5A 4JK7A 4I9QA 3R8EA 4CK1A 3EYZA 1Q82O 1B9FA 4FJXA 4NB4A 5BR9A 3WQUA 4BDPA 4B8CA 4X64K 5BREA 3I56N 2HVHA 4X66K 4HCCA 4NYFA 4LH5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCQ N;  4WCE L;  1YHQ N;  1VQ8 N;  3CCM N;  2ZJP L;  3CCR N;  1YI2 N;  3J7Z O;  1VQ5 N;  1Q82 O;  2QEX N;  5DM6 L;  5JVG L;  3I56 N;  1VQO N;  1QVF M;  3CD6 N;  3CC2 N;  3G71 N;  3CCJ N;  1W2B M;  3CC4 N;  3CC7 N;  5GAD P;  1KD1 O;  3PIO L;  1ILY A;  1YJN N;  1VQM N;  3DLL L;  1Q81 O;  1YJ9 N;  5GAE P;  1KQS M;  4IOC L;  5JVH L;  3I55 N;  3CMA N;  1YIT N;  3CME N;  3CCS N;  1VQK N;  2QA4 N;  4WFA L;  3G4S N;  3CF5 L;  1VQ4 N;  2ZJQ L;  3PIP L;  4WF9 L;  1N8R O;  4IOA L;  5GAG P;  1K73 O;  3CCV N;  1K9M O;  2OTL N;  5H1S Q;  3CCU N;  1VQ7 N;  3OW2 M;  1OVY A;  2OTJ N;  1YIJ N;  1QVG M;  1VQP N;  1NJI O;  1M1K O;  1KC8 O;  3CCE N;  1Q7Y O;  5MLC Q;  3G6E N;  4U67 L;  1K8A O;  4WFB L;  1S72 N;  1VQN N;  3CPW M;  2ZJR L;  1VQ9 N;  4UY8 O;  5HL7 L;  5DM7 L;  4WFN L;  1YJW N;  1Q86 O;  1VQ6 N;  3CXC M;  1M90 O;  1VQL N;  1JJ2 M;  4IO9 L;  3CCL N;  5GAH P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3U9D A;  4YOW A;  1U49 A;  3C6T A;  4CEQ A;  3GOI A;  3AY9 A;  1JLF A;  2UXC K;  4WCE L;  3HK2 A;  4B1Y B;  3HXM A;  3MAQ A;  3G0Z A;  4JS4 A;  4FWQ A;  2IDO A;  1NM1 A;  5BRD A;  1BI4 A;  1CZB A;  4DU1 A;  2QXL A;  3NGZ A;  1XHX A;  4B08 A;  3IKM A;  2P5O A;  2HBM A;  4IJA A;  1QVF M;  1T3V A;  4H5N A;  1RTI A;  4AM6 A;  3SUN A;  3Q7C A;  1HYS A;  5GAD P;  3TAQ A;  3UIQ A;  4PA1 A;  2UUC K;  2HB5 A;  2VGM A;  1RNH A;  4WQ4 A;  3OYL A;  2I7N A;  2A41 A;  2KW4 A;  2OPP A;  4CBU A;  3QFP A;  1IJJ A;  4BC5 A;  1GOB A;  3R3L A;  3VQ4 A;  3ULD A;  4CCH A;  3ZX2 A;  4B1X B;  2QWM A;  3P1G A;  3CFR A;  2E6M A;  4H5R A;  1C1A A;  4L3Q A;  2W42 A;  2EWS A;  3OA9 A;  4DR7 K;  2NLX A;  3L0Q A;  1HYV A;  3AVF A;  3S41 A;  4XEI A;  1T05 A;  3O3H A;  2KZZ A;  3UKU A;  4FJL A;  1K9M O;  1WSF A;  5BRF A;  3ZT3 A;  2ZD1 A;  4BRP A;  3T19 A;  1OH8 A;  1JL2 A;  4B9S A;  2BDP A;  1NG9 A;  2X78 A;  4FWP A;  3WNE A;  1QSY A;  4FJK A;  4CHQ A;  5FRN A;  2Z1G A;  2RF2 A;  1J5O A;  3ZLJ A;  1A5V A;  3G6E N;  4CD3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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