1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
1NJIO 3CCEN 3OW2M 3CCRN 4WFBL 5GADP 3DLLL 1VQLN 3PIPL 3CCLN 5GAGP 1Q81O 1K8AO 1KC8O 1VQ5N 1KD1O 2QA4N 3CD6N 3CCVN 3CCUN 5JVHL 1VQON 5DM6L 1VQPN 4U67L 3J7ZO 3CCQN 2ZJRL 1OVYA 1YI2N 1M1KO 1YJ9N 1QVGM 3CC4N 4UY8O 4WF9L 1VQMN 3G4SN 3CMEN 5DM7L 3I56N 5JVGL 3CCSN 1VQ7N 1VQ4N 4WFNL 2OTJN 3CMAN 1YIJN 1Q86O 1N8RO 3CF5L 2ZJPL 5HL7L 2QEXN 3G6EN 3I55N 4IO9L 1K9MO 3G71N 3CC7N 4WCEL 1YJNN 1QVFM 3CCMN 1YITN 1VQNN 1YHQN 1W2BM 3CC2N 1VQ8N 4IOAL 3CCJN 5H1SQ 3CPWM 3CXCM 4IOCL 1KQSM 3PIOL 1VQKN 1JJ2M 5GAHP 2OTLN 2ZJQL 1Q82O 1VQ9N 1ILYA 1YJWN 5GAEP 1M90O 5MLCQ 4WFAL 1S72N 1VQ6N 1K73O 1Q7YO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E4LA 4CI6A 4LH4A 4Q0BA 4ID5A 4CZMA 4HUGA 2XY7A 4H4OA 4CZHA 2ZGZA 4GV9A 1NGBA 5BN9A 2UUCK 3CM6A 5ELZA 3F9MA 4B9NA 4EHTA 3FZLA 2GTDA 4CEZA 4K41A 1X3MA 4CGFA 3EE8A 1U45A 2UUBK 4QAGA 3QNOA 4H5VA 1EKEA 5GINA 4BVPA 3OY9A 4FJ8A 1SQKA 1R0AA 4QS9A 1C0GA 1T6DA 3L3UA 3EZWA 2DFEA 3J7ZO 4DU1A 1NM1A 3THXA 3NGZA 1Z25A 3AA3A 4CEEA 1S1VA 4FLVA 3BY5A 4KV8A 3LANA 2W40A 4C8NA 1L3VA 1J5EK 4CEOA 3VMFB 4DSEA 4BRIA 4YY3K 1VSFA 1YIJN 3MMVA 2R7YA 3DXMA 2IS3A 3SBTA 4H03B 3G6EN 3CQYA 1S1UA 3K5LA 3WT0A 3O9UA 4JI1K 1N34K 3CC7N 3WXJA 2D0BA 4FK4A 1YTUA 4Q5VA 1BG3A 2P9NA 4FLTA 3FE1A 4JNEA 1MWMA 4RW4A 1NK5A 2AJQA 2XY5A 4KTQA 2NRWA 2BE2A 4B3RK 2E20A 2WUSA 1DTTA 5HBMA 3KZBA 2UXCK 1RT4A 3AAQA 1HRHA 4FWSA 1GLCG 4GW6A 3ID8A 1JLFA 4EHUA 4FO0A 3ZT3A 4F8RA 2JGUA 3TI0A 1Y97A 4DV7K 3SQ4A 1S6QA 3QIOA 3SPZA 4DQPA 4BQZA 1UWBA 1YXQA 3K57A 1QQOA 1K8KB 5T7BA 1K73O 1U2VB 3A5NC 4LF6K 4ICLA 1XWLA 1X9MA 2P5GA 1NK4A 2Q1NA 4FZXC 4CGDA 4O5BA 5M1KA 3AVJA 2QW9A 2B4JA 3ZSQA 4M3XA 3HPHA 4PA1A 4WE1A 5FPEA 3L8BA 1KC8O 4CGHA 3KK2A 2HMIA 4CEQA 4CERA 5HRNA 4YFUA 3I0SA 2HBKA 3GE1A 4H0YB 2HB5A 1X1PA 5AQSA 1QSLA 4BRMA 5D3GA 2HHSA 3C6HA 4CZEA 4IDKA 2ZE2A 3VGKA 2XY8A 4ISEA 2ZJRL 4FJJA 3PUFA 5KGXA 2HW3A 4WF9L 4CEBA 3TAMA 1H1VA 1FK9A 4CZKA 4BWJA 4LF7K 3IAYA 4GNIA 3J7YP 1T8EA 4JAXA 2P1JA 3UIQA 3ULEB 4KI4A 4EP4A 3K0SA 3KLHA 4LFCK 1W9HA 1WSJA 4A2AA 4DLEA 2BTFA 1T05A 4O8KA 3FZMA 4DSKA 1HNIA 4CHQA 1QVFM 1DEJA 3LAKA 4R79A 3RMCA 3ZT4A 4KBOA 4KHQA 2HMPA 4JEPA 3VTHA 4O55A 4IOAL 4BC4A 2JWLA 3C7NB 3A5LC 3PO4A 4EIAA 4DFPA 5CR4A 4DUZK 3OVNA 2YHBA 4BGAA 1N6QA 3OYHA 4G9ZA 4FSVA 5GAHP 4MDBA 2OA8A 5LL6Z 3O9SA 1TAQA 3D2FB 3TSPA 4JI4K 4A62A 3A0IX 2P9IB 1LV5A 4DWIA 3FR0A 2A40A 1RFQA 4KO0A 4M3YA 1D4XA 5C42A 3TAPA 4O44A 3V9WA 5AR0A 2Q31A 3OYNA 3WNFA 2O8EB 3K5NA 4DQIA 5CZ2A 3TWHA 1SZ2A 3UKRB 1OVQA 1NKBA 4KB0A 1JKHA 1ZC6A 1GLFO 3SJJA 3E1YA 4IFVA 4AHVA 4YOXA 4DF4A 1MWKA 2G8VA 4DUYK 1FKOA 5JMVA 4Z0UA 1CZAN 3SPYA 1Z6RA 4AM7A 2D0CA 1X9JA 1T6CA 2ITGA 1T03A 2JLEA 3C0BA 3ZYYX 4CF8A 5C12A 4V19S 4CHPA 1TGOA 3K2PA 4DSJA 5EVZA 3VEOA 4BC2A 4EZ6A 4DV4K 3ENBA 4DQQA 1IKVA 1YI2N 4E3SA 4FWRA 3RR8A 1K6YA 5A2QO 4BR7A 4E1NA 3CMEN 2CGKA 1WOQA 5C24A 4O5FA 1XNRK 2P9UA 1NJXA 3FFIA 1ZBLA 4PWDA 4BRNA 4B9VA 3Q7BA 4FWPA 4UQGA 1XQSC 1BUPA 2FF6A 2UU9K 3V1RA 3OYDA 1TKZA 2NRXA 3ZSXA 3SCXA 3WQUA 4NLBA 1YJNN 2AA4A 2X6NA 1GOAA 3NAEA 2F96A 1K8KA 3WNGA 1U2VA 1UAXA 3ZSVA 1RDCA 4BVOA 2PZSA 4BE0A 3AO5A 4K8XA 1LWCA 1NMDA 1RTHA 5KI6A 1TAUA 3KLIA 1VAZA 4AHCA 1KXPA 4JK9A 3OBWA 2O8BB 2OTLN 5BN8A 3TU5A 4M45A 3ZEUB 3AVBA 1I3AA 2HBJA 1J5OA 3E01A 4FOEA 2IVPA 4JKHA 1IBKK 3EE9A 3MX5A 3ZT1A 3TAGA 3LDPA 3V4IA 1RDUA 2HVIA 3RWUA 1VQ6N 4CBWA 4B3TK 4M3TA 3QEXA 3F2KA 5M1NA 5GADP 3DLLL 4WQ4C 4OGCA 4CECA 4CJ5A 2OPQA 4N41A 3QESA 3ZX3A 3HT3A 1TVRA 3M1FA 5J2NA 3U9ZA 5AQMA 4KFBA 2WFBA 4JI3K 1KVAA 2KW4A 3OS0A 3PX4A 1A5VA 4JKGB 3VESA 4Y1DA 4Y1CA 1JXBA 3PY8A 2LSNA 3V6DA 2HF3A 3LWMA 3ZETB 3MECA 3THYB 4FK0A 4IWVA 3F73A 1JL2A 3G0ZA 1E4GT 1I39A 1C1CA 4EFHA 2KTQA 1DKGD 3QMLA 1TK5A 3VPZA 1NLVA 1IV0A 3SV4A 4JV5K 5DM7L 2BH1A 1BIZA 1OH7A 4I9LA 2DPNA 1KSPA 4B3OA 3U3GA 1RTJA 3D2FA 2RF2A 2YKMA 3AO1A 4DTOA 4N56A 2EX3A 4YOUA 3L0QA 2IIRA 4MLHA 3G71N 3CQ8A 4DTXA 4LSLA 1KAZA 4OKKA 4YOVA 3O4NA 2QWLA 1YHQN 1VSEA 2O8DB 2GUPA 4H0PA 4HTLA 2O8EA 1IKWA 2YJFA 5AZIA 3AO2A 4IZ9A 3AGKA 3UKRA 3TSQA 2Q97A 3AA5X 4I6MB 3NE6A 5JICA 1W7AA 5J1EA 3SAGA 1SKWA 3C6TA 4M42A 1ZBHA 5GIPA 1NJZA 2H3GX 1BA1A 5SWMA 3N4QA 2YNFA 2KHOA 3LPUA 4G1QA 4AILC 1X3NA 1YJWN 4JI6K 2Z1GA 5KPRA 3O80A 3DLBA 3KWIA 5HLFA 3QB0A 5KPTA 4YHHK 3VQ4A 4OPKA 3OJSA 5MLCQ 1TYQB 3KK7A 1WSIA 4CZFA 2YCHA 3CFOA 3GDQA 1Q7YO 1YAGA 4RWTA 2E2PA 3VQBA 4LF5K 3CCRN 4WFBL 3OBYA 3VEWA 3P5JA 4B1UB 1FW6A 1XC9A 4B08A 3LL3A 3VQQA 4DTNA 4ELUA 3O9QA 1GLAG 4JK8A 3GL1A 2QWOA 2O8FB 1NK8A 4CJUA 4O0IA 4CZIA 1P8ZA 3H3NO 4J2EA 2HHUA 2FBYA 4YORA 4CBXA 1SL2A 4BRLA 4FWKA 4YOYA 4B3SK 1SUQA 4C8LA 1EWQA 3A8YA 5JS2A 4B9SA 2ZF5O 5AQLA 4C8KA 4Z4IA 3MWTA 3CC4N 1VQMN 1ASWA 2ASOA 1NK7A 4CF9A 1C1BA 1VQ4N 1S6PA 1SKSA 2E2QA 3K5OA 1NGFA 5HROA 3CFPA 2E88A 1EQYA 3M6GA 3ZEUA 5KGWA 3VQCA 3SZ2A 2A42A 4JI8K 1HYSA 3NH0A 1QHAA 4IO9L 2BANA 4B3MK 4DLGA 3MN6A 4FPAA 3FFKB 4X64K 4ZTFA 4HWIA 1MDUB 1FXXA 1LWEA 1TKDA 1RDAA 2I7NA 3WXIA 1IBLK 1LWFA 2I5JA 2PFUA 3JS6A 2WOMA 3WNHA 3DRRA 3GG4A 5IWAK 2E8AA 5BREA 1FJGK 1NK0A 3O6WA 5LMUK 3AGRA 5AQTA 1HLUA 4CJTA 5DMRA 4JRQA 3LM2A 3LAMA 2HNZA 5HRSA 3HXMA 2YNHA 4FW2A 1KFSA 3VQ8A 1LW2A 1VSKA 2CGLA 1ILYA 3AA4A 3IG1A 4B9MA 3JXUA 4AH9A 3HK2A 4M41A 3ZETA 3THYA 4BR2A 1KAYA 4QCLA 2F8SA 5HRRA 4CVNE 3I8BA 4FWNA 3MWPA 2YNIA 4A59A 4HTUA 3ALYA 3DLEA 4DQRA 1BWFO 3FZFA 3OHRA 4HUEA 3M5RA 2QWPA 3IUCA 2YHWA 2E2NA 3KHYA 3SNNA 2HHXA 4W5NA 4IXCA 4J8FA 1DT9A 2RE2A 2OANA 1HX1A 1HQEA 2FC0A 5AQWA 4CE9A 4FWMA 2ZD1A 3NH2A 1ZBIA 5C25A 4DF8A 2HVHA 5AQKA 2OYQA 3U9DA 2NLXA 4CHNA 4BRQA 2KZZA 5HP1A 4A2BA 3JYTA 3HSCA 4DQSA 3V9UA 2E1YA 2GX9A 4YNQA 4FJ9A 1LAWA 3VN5A 5CHIA 3CCSN 2F9TA 2HBMA 1DTQA 2IOCA 1U6ZA 1WSEA 3DOKA 3U6FA 4M7XA 1N8RO 4W5TA 3ZT0A 2VWJA 5AQQA 3TAQA 3QBWA 4CEAA 3S3OA 3OS1A 3I8DA 4PL8A 1B9DA 3KIOA 2EHGA 1K9MO 4KPYA 4DKWA 4E1MA 1TYQA 3HP9A 4BG8A 1ATNA 1ASUA 1BHLA 2NRHA 3M8PA 1VQ8N 1S3XA 1RGIA 3S9HA 1XHZA 3EKUA 3SAFA 1XI1A 1UA1A 4M3UA 2P9LA 1TUUA 1S9EA 3CXCM 1L5UA 4WQ4A 4CF0A 1BA0A 2RHKA 4KRFA 1ATRA 1VRUA 2NRZA 1J53A 1HPMA 5M1FA 3UE5A 4BC5A 1KCFA 3AVFA 2KLAA 5CZ1A 2NZTA 3FGUA 1MA9B 1RT1A 3C95A 4XEIA 4NCAA 2AP1A 4CIFA 1OH8A 3PV8A 1BL3A 5IT9O 4MO5A 4B9UA 4X66K 4AF1A 4L8RB 3BDPA 3NVMA 4CJFA 5AQJA 1HMVA 4H8KA 1S22A 4BRPA 2KZMA 1RNHA 3MEDA 3HP6A 2IAJA 3QEVA 3T3FA 4CBUA 4KH4A 1WBBA 2OCEA 2W6LA 1K8AO 4QOZB 3ZSWA 4CHZA 2PBDA 5M1PA 4MFBA 3SK3A 3SMPA 4J2DA 4KHWA 4B1ZA 4LFBK 1BCMA 4RG8A 4ZHRA 4OO1J 2A1RA 3ATVA 4JKBA 1KVBA 3LZIA 1JLCA 2HOEA 1SS6A 3WUHA 1GLLO 4O4GA 4FJKA 1JLAA 4JD2A 3K9KA 3O3FA 1YT3A 4E7IA 2P9SA 4RCHA 3CERA 3LP3A 4LF8K 1W0HA 4BQLA 4CJLA 1XUPO 4BR5A 1ZXOA 4J2AA 1SAZA 2IVOA 4KH6A 1TL1A 2UYTA 2B5JA 3HOSA 4K43A 2HBLA 3L2VA 3LPTA 3EZ5A 4H0VB 1V4SA 2D0AA 1WAFA 3AO4A 1B9FA 5I3UA 1IG9A 5FPDA 2Q2RA 4DSFA 3HM9A 3QICA 4PKGA 4FJ7A 3DLRA 3EL2A 1CXUA 1QZ6A 5HOOA 1NKCA 1VSMA 4IG0A 4DS5A 1NG9A 4HVJA 3P83D 4F4KA 3SUQA 1GOCA 1ITGA 3ZCMA 4IEEA 3ISNC 4CGIA 3KJVA 2GWJA 1EWRA 4BDPA 3TARA 3KD5E 1C0UA 3IRXA 2ASMA 3RRHA 1VQ9N 3CG7A 2P9PA 3VQEA 4DSIA 3O4WA 4CD1A 2VQEK 3CM5A 3RTVA 1NGEA 5C10A 3T1YK 2QM1A 3IDHA 3T1HK 1JCGA 2OPSA 3MEGA 5AJ3K 3OW2M 2JWKA 2XRIA 3PLAA 4EAHD 5FLXO 1J9AA 5JS1A 4AQYK 2XHBA 3AVIA 3DRPA 2A41A 3ZX0A 4JN4A 3CD6N 5AQHA 4LC9B 3MEEA 4JRPA 3NDKA 3CIPA 4FWQA 4WQ5C 3UKUB 4FJGA 4DTPA 1N5YA 4MLEA 2X78A 3LDLA 3K58A 1Q9XA 1CZBA 1LAVA 4FJXA 3ZX2A 4OVLA 3L6QA 4H5TA 3RR7A 4FVMA 4CJ4A 3QEIA 3ZSRA 3ZSYA 1VSLA 5AQOA 4LY7A 4BGBA 4CJ7A 3T1AA 3CF5L 4L3QA 3VQ5A 3V9XA 1SL0A 3MCAB 4BR4A 4ELVA 4CK1A 3OYMA 2D1KA 1TKXA 3AARA 3OTOK 1NGDA 3CCMN 4FLYA 1YITN 3R8EA 4Z4HA 4OJRA 2V7ZA 3NFAA 3TPQA 1NK9A 3QLHA 4B8AB 4DV0K 2FBXA 1NK6A 4LSNA 3MK6A 5H1SQ 4K8ZA 3LP1A 3KKSA 4DHYA 2FSKA 3OYEA 4DS4A 3OS2A 3HOTA 1JJ2M 1U49A 3THWB 4NCBA 4FVUA 2WONA 1Q82O 3RVCA 4W5QA 1RT3A 4NB4A 4CJVA 3P38A 4QS8A 4OPAA 3AVNA 4CFBA 1M90O 2KKZA 2P9KB 5EX5A 2Z1HA 2QI2A 2HHHK 1NJIO 4IO8A 3U8XA 3SV3A 1E3MA 2Z1JA 4FLZA 4C23A 3TAFA 1JCEA 2VGMA 3HL8A 1LW0A 1Q8IA 3P4IA 2QTDA 1NGJA 2ZGYA 4BRCA 4HUFA 2HHQA 5F1XA 4KH5A 4OX9K 4FK2A 2QA4N 5BR8K 2X6SA 1HUXA 2ETJA 4NYFA 4IG3A 1CZ9A 5ADXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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