1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
2ZJPL 1VQ8N 5GAGP 1YHQN 1K9MO 1YJNN 1YJWN 3CCVN 3DLLL 3CC4N 2QEXN 1YIJN 1VQON 2OTJN 3CMEN 2QA4N 3OW2M 3CD6N 1Q81O 1QVGM 3PIOL 1VQNN 1YI2N 5DM6L 1VQ6N 3CCMN 5GADP 2ZJRL 3CC2N 1ILYA 1K8AO 1OVYA 3CCLN 3J7ZO 4WFAL 3G71N 3I56N 1Q7YO 3CMAN 1VQPN 1VQLN 5GAEP 1M90O 4WFNL 3CF5L 3G6EN 5MLCQ 1VQKN 3CCRN 3CPWM 5DM7L 3CCJN 1Q82O 3G4SN 4UY8O 2ZJQL 4IOCL 1M1KO 1KD1O 5H1SQ 4WF9L 1VQ5N 1VQ9N 5HL7L 1N8RO 3CCUN 1Q86O 1NJIO 1KQSM 2OTLN 4IOAL 5JVHL 1VQMN 3CCQN 1S72N 1YJ9N 5GAHP 4WFBL 3CXCM 3CCSN 3CC7N 1JJ2M 3I55N 5JVGL 1W2BM 1QVFM 1VQ4N 1KC8O 4U67L 4WCEL 1K73O 3CCEN 3PIPL 4IO9L 1YITN 1VQ7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IZ9A 3EZWA 4O0JA 1TUYA 3GDQA 2ITGA 3VQ7A 5FDLA 4B8CA 3MEGA 4B1WB 1GLAG 5F0XA 4BWMA 4KKOA 1QZ5A 4DS5A 3D2FA 2P9SA 4CBXA 3BP8A 4M3WA 3KIOA 5JMVA 3R3LA 4CD3A 2HW3A 2UUCK 4CJVA 2NRTA 1OKJA 3OBYA 4YDUC 1LAWA 3AVNA 1E3MA 1X3NA 3T19A 4J8FA 5FPEA 5AQZA 1N33K 3ZX3A 3D0PA 1LWEA 3Q7CA 3V6DA 3QESA 3DI6A 4M42A 4CHQA 1JCFA 4TSXA 4RCHA 4DF8A 2WBNA 1YAGA 3K9KA 3H1QA 3CQXA 5F1XA 2ETJA 3S9HA 3H45C 4IJAA 5C25A 1HNXK 1NGDA 4FJXA 1TKXA 4NXNK 3M3ZA 1U4BA 3VQEA 2JWLA 2QWMA 1GOAA 2NRZA 4MLEA 3ZT2A 1VQKN 3AA4A 2V51B 3JAMO 1RDDA 5BR8K 1BCMA 3O3HA 4FK0A 1SL2A 3B6OA 3VQCA 4MQ3A 3DRRA 3RRHA 3AVLA 4IDHA 4FM0A 3W3DA 5AQUA 3HOSA 3OHRA 5ADXA 1RT6A 3PO4A 3MCPA 1N6QA 1S9EA 2UUBK 2A41A 4RW4A 3QETA 2RHKA 1JLQA 1IH7A 2F7TA 5GAHP 3UIQA 3AVMA 1QQNA 3WNGA 3VMFB 1WAFA 4IBNA 1QQMA 3MWTA 2FF6A 1Q9XA 4BVPA 4BRGA 3SPYA 2CGKA 4PA1A 1HX1A 1N34K 5HRRA 3WUHA 4Y1CA 3V4IA 4B9MA 1RDUA 5K14A 3CCEN 4LF6K 2QKBA 5C2FA 4BR9A 2P9IA 4AM7A 5GAGP 4DQIA 3SLCA 3MN9A 5DK5A 1BI4B 4DFJA 1V4SA 4DV5K 1QS4A 1IBKK 1FXXA 3KKRA 2DPNA 4MDBA 3LDPA 3UB5A 5AJ3K 3AV9A 3OYNA 2PFUA 2IC3A 4CVNE 2OZMA 4OJRA 2W42A 3SYZA 3K0SA 1VQON 4CZLA 4E3SA 3TAGA 1N36K 1NGAA 2KKZA 3MN6A 4DU1A 3QMLA 4DR2K 1W0HA 3VQ8A 3VOVA 3CM5A 3DOLA 5TKWA 3SQ0A 1HLUA 2F96A 1K8AO 3U6FA 3HSCA 2G8IA 1SL1A 4BRMA 4XIUA 1TK8A 4BG8A 3S41A 2CGJA 2CH6A 3VEZA 1NU0A 4M41A 3S3NA 5BPLA 3LAMA 3VEVA 3CPWM 1BI4A 2B5JA 2PAVA 1J53A 2YNHA 1JLAA 3QIPA 2Z1HA 3VGMA 3M8SA 3AGRA 3G4SN 5AQRA 1J54A 1X9WA 3NFAA 3KWGA 1RTDA 2Q2RA 2IVOA 4H5TA 4DSIA 3TWHA 3TPQA 1VQ5N 3CCUN 2O8EB 1NJIO 1L5UA 5F2RA 5AQWA 1S1TA 2I7NA 1IV0A 2OTLN 4CF0A 1OH5A 3QINA 4A59A 3QEWA 2P9IB 3FR0A 4RWTA 4YDUA 3MCAB 1BOTO 3NF7A 5JLFA 5JVGL 1VQ4N 4QAGA 5IT9O 2GBZA 3VF2A 4OPHA 1LAVA 4CFAA 4KB0A 3ZETB 1KC8O 4I2QA 4KFBA 3FGUA 5LL6Z 3VF6A 1ZXOA 4CERA 3RVCA 5AQGA 5BR9A 4OPJA 3WXLA 3OYAA 3D45A 3AGKA 2PYJA 3C95A 5M1KA 4CEEA 3NMUA 3VTHA 3CJAA 3NH0A 4CF1A 1Y64A 3THYB 3UKUB 4KTZA 1BL3A 3ASMA 1RILA 2O8DA 2A42A 4GV3A 1JLGA 4Q5VA 3D6RA 4CHOA 3NDKA 3MEEA 3DLLL 2DFFA 1BQNA 4A5AA 1HKGA 1O1WA 1SL0A 1TVRA 4DFKA 3SCXA 1TYQB 4CEDA 3CMEN 1EQYA 4A62A 2QA4N 4JI5K 4KTQA 3LZJA 4C8KA 2E88A 1QVGM 4LF5K 2YX6A 4CJLA 2Y1IA 4JRPA 4DG1A 3E66A 4GV6A 2NRHA 3AA2A 1XMOK 4DMNA 1T8EA 3O4NA 3T69A 3TABA 2GV9A 3R8EA 4Y0WA 1HMVA 4KV8A 3QICA 4CK2A 4O8KA 1C1BA 1S22A 2O8DB 5HOOA 3VQ9A 2ASPA 1WUAA 3F9MA 4MLHA 4H0XB 1LV5A 3S3MA 2UU9K 3ATUA 4FWSA 3BF3A 1CZBA 4BR4A 3FZLA 4CJ7A 4EHUA 2BE2A 4LY7A 4X62K 3TTFA 1BIZA 4E1NA 4EP5A 1A5VA 3ULEA 2F8SA 5M1QA 1IKWA 2QTDA 4YNQA 5AQOA 1HRHA 1CXUA 4E7JA 4NXMK 4F9OA 1JL2A 2WOMA 4DSJA 1NLVA 2D0OA 3O5BA 5J1EA 3O9QA 2D0BA 4FJGA 4FPAA 3THYA 3TTCA 2HHVA 4IG0A 1QE1A 4B9UA 3EKSA 4JI0K 3MX5A 4J2BA 1NMDA 1W2BM 4C8OA 1TV6A 3RR7A 3ATVA 4CZFA 5LY3A 3O4QA 3LM2A 4ILJA 1UAXA 1ZBLA 4B9SA 1QTMA 1KVAA 4FJ5A 4I7FA 4E1MA 4IO9L 5AFUH 4FJJA 5CYQA 1LWCA 4IDKA 4A2AA 3ZX2A 4CGGA 3WEEA 3H08A 2F4VK 4MO5A 1S1VA 4JNEA 4HUEA 4OKEA 2Q0RA 1X9JA 2VG7A 3WQTA 4DR3K 2UUAK 4H03B 4MDAA 1HUXA 1RT7A 1S6PA 3OVNA 4DB3A 3L0QA 4Y1DA 1HNVA 4CJUA 4BRPA 4H5NA 1IKYA 1EKEA 3BZCA 2HHSA 5IWAK 4O8UA 3ZT4A 4K8XA 1NGIA 3O1WA 1NGCA 2O8EA 5KRSA 3CJCA 4PY5A 2A6AA 3LWMA 1ASUA 1LCUA 1VQLN 1H1VA 1RT5A 4BR0A 2P9PB 3WT0A 2P51A 1XI1A 5FRNA 4KHSA 2KHOA 4K42A 3E01A 2DTUA 4FOEA 4X64K 1RDAA 4FJIA 4CK1A 3KVGA 3KJVA 4OO1J 1ZYQA 1BA0A 4GKJK 2VWJA 2BANA 3VA3A 4FPBA 4DHYA 4ZTJA 4FLWA 4BGBA 2OYQA 1S9GA 4H5VA 4DV2K 2O4GA 3U4LA 5JICA 1RNHA 4JD2A 3V9SA 4JKBA 2G8UA 1GLEG 1NK5A 4WQ4A 2ZD1A 1Y97A 3ZCMA 2Q1NA 1R59O 4JI3K 2QXFA 3O08A 3T3FA 2RKIA 4CZKA 1BHLA 3A8YA 4B3OA 1RT4A 2VQFK 2FLOA 4F2SA 1JLEA 3M6GA 4LF7K 3QEXA 2ASMA 2NRWA 4JLHA 4JKCA 3QNNA 3FZMA 4FLXA 1ZBSA 3E1YA 1ZBFA 4CHNA 3TSUA 4RW7A 3U9DA 5HLFA 2NZTA 3UE5A 1BDGA 3L2QA 5HROA 3OA9A 3TAPA 3IS9A 5AQXA 5I9EB 4H0PA 4FWOA 2HF4A 2E2QA 3AVBA 2O8FA 3H1VX 1X3MA 2Q97A 1HKBA 3D2FB 5KPTA 3CD6N 1NKEA 1OH6A 1QQOA 4CFDA 1Q81O 1RBVA 4E0DA 5AQVA 3KLGA 2E6MA 1P90A 3CM6A 3QBWA 5EY4A 3TAQA 4FYDA 3ZYYX 4C8NA 1RBRA 4E7LA 4OGEA 3THXA 3G6EN 1RFQA 4LF9K 4U7BA 3VERA 4BC5A 4DSLA 4CJSA 3B6PA 1VSDA 2NRVA 2KZMA 3DLGA 2B4JA 3I8BA 3ID8A 5J2PA 3K5MA 1GOBA 3SAHA 1TK0A 4ILGB 5AQJA 4CJKA 3KK7A 1S5JA 5HL7L 2O8FB 4FK4A 2HMPA 4CHPA 2QKKA 2Z1GA 3CFPA 5DMRA 4Z4GA 4OPAA 4CJEA 1KXPA 2ZGZA 5SWMA 5HRNA 3AVJA 1CXQA 1LWFA 2IAJA 2Z1JA 4DR1K 4L8RB 1YJ9N 4X65K 4M3UA 1D5AA 1BISA 1NGFA 1WBBA 1JKHA 4NB4A 3PX4A 1C0GA 3T1AA 1J6ZA 3C7NA 3KTQA 2P9LB 4WQ4C 4IEIA 4BRAA 3OYDA 4U67L 3THXB 2IS3A 4BACA 4W5NA 4E19A 4O5FA 3DYAA 3L4QA 3HRGA 5GIPA 2X6SA 4XEIA 2HHQA 3PSFA 4JN4A 2KLAA 1YTUA 4GY2B 3P4IA 2NLXA 4K25A 1VSEA 4CZIA 1YHQN 3D2EA 1RTHA 1ATNA 3ENOA 1G15A 3U9ZA 4DQSA 2ASOA 4BRNA 1S6QA 1J5OA 4AHVA 4IFYA 3SQ4A 1ZBUA 5D3GA 4DV0K 3LM9A 4DQQA 3SV4A 4FSVA 5AQSA 4FJNA 1ASWA 1KFDA 3AVFA 3AAPA 2RPIA 2HBJA 1WN7A 4CIEA 3OYCA 1OH7A 1U6ZA 1EO1A 4C8LA 1NOZA 5DM6L 3OTOK 4DV7K 1KCFA 1U04A 4H0TB 2VYPA 1U2VB 3ALYA 3I56N 4BRFA 2XRIA 4Z4CA 3SUNA 1K8KB 3EEQA 1L3UA 1GLDG 3QB0A 5AQFA 4NYNA 4JD2B 3MN7A 4CJ3A 4CJFA 5CZ2A 2IGIA 4CJPA 4KO0A 4ID1A 2G8KA 4GNIA 1M1KO 2V7YA 3RMCA 2E5LK 1EX4A 3OYBA 3HK2A 3KLHA 3TAMA 4CZHA 3CJ9A 3OJSA 4DFMA 1NKBA 2YNFA 2WUSA 1NGBA 3CETA 2BTFA 3SQ1A 1Z26A 2UYTA 2ITMA 1NK9A 3DLBA 3A2FA 3CC7N 1IKVA 1QVFM 2YHBA 2P9KA 3PLAA 2G8VA 3BEXA 3RRGA 4CGHA 4W5RA 4E7IA 3SBTA 4DFPA 4B1YB 2HHXA 3KWIA 4HVJA 2EX3A 3SI6A 2GELA 4CGIA 4EP4A 4JKAA 5GIOA 1GLBG 3L3VA 1BIUA 3MECA 1YJWN 1B9FA 4DV4K 3U8XA 4B9NA 1U47A 4IEEA 4ID5A 5KTQA 3BF1A 1NNEA 4EFHA 3KZBA 4AHSA 3O8MA 4HTUA 3O9RA 3NF9A 2G8WA 3ZSYA 1YT3A 2HVIA 3WEEB 3OW2M 4BE0A 1RTIA 3RR8A 3RSEB 4LF8K 4NLBA 3A5OC 3NGYA 4DTSA 4HTLA 4O55A 1UWBA 5C15A 2VWKA 4FWLA 3A0IX 4CZEA 4CE9A 3CMAN 4LD0A 3SUQA 4DTRA 4CEFA 2HHUA 4ICLA 3SAFA 1VRUA 3SJHA 2QWOA 3CCRN 3K5NA 3DRPA 4O4GA 3F73A 3L2RA 1IKXA 3BDPA 4RW9A 4RG8A 3J8AA 4H5RA 1Q82O 5KQDA 5E84A 4BE2A 4UY8O 1WLJA 5C42A 4Z0UA 4M3ZA 3OYFA 3OYIA 1BG3A 4FZXC 4FCYA 5CZ1A 4LFCK 4BROA 1Q86O 1RBTA 3CFOA 2FSNA 4YORA 2OPRA 5AQQA 3QEPA 3V9ZA 4GV9A 4IOAL 3QNOA 3DLKA 2JLEA 3AO3A 3CCQN 2E2NA 4OVLA 3NF8A 4PHTX 5HRSA 1HJRA 3HVRA 4M7YA 1KRPA 1JJ2M 4I6MA 1T44A 3UKRB 3C65A 3V1RA 3NHGA 3PX6A 2FSJA 2IVPA 3AO5A 5M1PA 4BG9A 2I5JA 4GKKK 4RW6A 1KTQA 1UOCA 4XH1A 3MXMA 4F3TA 3J81O 1NGJA 3IDHA 1VSIA 2HNDA 5EXWA 3TTDA 4AHCA 2ZJPL 3HOTA 1K9MO 1VSMA 1OH8A 4BRIA 2DFHA 4KAZA 2W6LA 1C1CA 3C6TA 1SS6A 5KPZA 1BA1A 3M1FA 3WXIA 3VA0A 1IBLK 1RT3A 2NRRA 2BH1A 4CIGA 2W41A 1T03A 2CH5A 1WSFA 4JI6K 4JEPA 3LP1A 3NGIA 3UKRA 4CJTA 5BPNA 3SZ2A 5I3UA 3MAQA 3KK2A 3QIOA 5JS1A 4PKGA 1VAZA 2UXCK 4KREA 1LW2A 3F2KA 4DLEA 2F8TA 1UA1A 3MXIA 3TSQA 1Q7YO 1XNQK 1ZBIA 1D4XA 4CGFA 1LW0A 3CI5A 3I0RA 4JHDA 1TAUA 4FWPA 4C23A 3JS6A 3THWB 3OYEA 2HVHA 4JI4K 3AARA 5CR4A 4FLVA 2X74A 4E7KA 3SPZA 1WBDA 2XY6A 2J4RA 4CBUA 4DR6K 5H1SQ 3WXMB 2RE2A 1JLFA 2D0AA 3VEOA 4J2EA 4FK2A 3AY9A 1XNRK 4KPYA 3WNHA 1T6DA 2FBVA 3SUPA 3TARA 1XC9A 4B9TA 4O0IA 3DMJA 4DF4A 3CPEA 3LWLA 5LMNK 2P9LA 4CI6A 3CFRA 4A57A 3P38A 2OPPA 1TL3A 3CCSN 1TKDA 1QSYA 3K5LA 5BRFA 1NJZA 2ZQBA 1KLNA 1SKSA 4M3XA 3AO2A 4PUOA 4KH6A 3NE6A 3AO1A 4KB1A 3EKUA 2QWPA 1BU6O 4A61A 4DTMA 3ZEUA 2O8BB 3LAKA 5C12A 2JWKA 1P8ZA 3EZ5A 3NH2A 5BN8A 3O3GA 5FRMA 3C6UA 4FW2A 1VQ8N 3KLFA 3A5MC 2P9NA 3DXMA 3IUCA 4NO7A 3HXMA 3DAWA 4LFBK 2ATQA 4ILHA 2GX9A 3HPHA 4YOWA 1KAYA 1D8YA 2H3GX 3NH1A 4FJKA 4LH5A 3OYHA 4PQUA 2G8HA 4FLYA 2KTQA 3D2EB 5FPNA 1JL1A 3THWA 3SMSA 3GOIA 3PX0A 4I9QA 4FVUA 5JLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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