1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
2OTLN 1YJWN 1VQ5N 3CXCM 3CMEN 3CMAN 1QVGM 2ZJRL 1Q81O 4WFAL 3CD6N 3PIOL 3CCSN 2ZJPL 1OVYA 3CC4N 3CCVN 1VQMN 1W2BM 1VQ4N 4WFNL 3CF5L 1VQ8N 3G71N 1VQ9N 1JJ2M 5DM7L 2ZJQL 4WFBL 1VQNN 3CCUN 1Q7YO 3CCLN 1K8AO 3CCMN 1KQSM 5GAHP 4IOCL 4IO9L 5HL7L 1NJIO 3CCJN 1ILYA 3OW2M 1YI2N 5H1SQ 1YIJN 4WF9L 1VQ6N 5DM6L 3PIPL 3J7ZO 1KC8O 1K73O 3CC2N 3CCEN 4IOAL 5MLCQ 1VQPN 1S72N 2QA4N 1VQ7N 1M90O 4WCEL 3CC7N 3G4SN 1YJ9N 1Q86O 1YHQN 1YITN 1K9MO 3I55N 4U67L 1M1KO 5JVGL 1VQLN 3I56N 1QVFM 1KD1O 5GADP 3CPWM 1Q82O 5GAEP 3CCRN 2QEXN 3CCQN 3G6EN 5JVHL 3DLLL 2OTJN 1N8RO 1YJNN 4UY8O 1VQON 5GAGP 1VQKN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HRHA 4DTMA 2D4WA 3O3HA 2CH6A 1TKDA 2XO7A 1BQMA 3PO4A 1HR0K 1NGFA 3IG1A 3CMEN 1V4TA 3H1VX 2P9LA 2NZTA 3RMCA 4BR4A 1NGGA 4AF1A 4N41A 2Q1NA 3GE1A 3JSMA 3H08A 2Z1IA 4K8XA 4IJNA 3RR8A 4OLBA 4QCLA 1VQMN 3UKUA 2R7YA 2P9IA 4ILHA 3K59A 2O8FA 4E7JA 2DFEA 3EKUA 2YKMA 4CEDA 3C0BA 3V9WA 2GBZA 1NJWA 1WSEA 4DB3A 4H03B 4I9QA 3WEEB 5DK5A 4KHNA 2IVPA 3MN7A 4KI4A 4IOXA 2O8BB 5JICA 2QXFA 1YVUA 2E2QA 5BPNA 4DTOA 4FSVA 4QOZB 3VGLA 1BL3A 3FR0A 1TYQA 4FLWA 4JK7A 2HNDA 5CY4A 4CBXA 4CHOA 1NJIO 4MDAA 2W40A 1W7AA 2OPRA 3T19A 3TWHA 1VK0A 3K57A 2A5XA 5AQUA 5FPMA 1QSYA 5BN8A 1HYZA 4PL8A 1GLBG 3CM5A 3UIQA 3QDKA 2KZMA 4MDBA 2JWKA 3D0PA 1O1WA 1C0MA 4A5BA 1VQPN 1JLAA 1C1AA 3RSEB 1QHTA 4FL9A 3ALYA 1VQ7N 3WUHA 4IZ9A 4DMNA 4A2AA 4B9NA 4FWOA 1YHQN 4DQPA 2RF2A 4FW2A 4CHPA 1WLJA 3M8RA 4IKFA 1NGEA 3VQPA 4BACA 4O8KA 1HX1A 1VQLN 1HKBA 2ZGZA 3I56N 3JXUA 4DSLA 1KD1O 2VG7A 2O8DA 3WQTA 3KLFA 3M6GA 2NUBA 3SAHA 2P9PA 3T1HK 2E8AA 1NKCA 4KH5A 4JRQA 4M3WA 4KV8A 3U4LA 3LDNA 4UY8O 2I7PA 1VQON 3O3FA 2ZF5O 3AVHA 4OKJA 4AQYK 1BI4B 2HMPA 3R6MA 1IO2A 1RTIA 2P9SA 1YVNA 4FWPA 1RFQA 1ZC6A 1QVGM 1CLQA 1HPMA 3ENHA 2HSTA 2QXLA 3DXMA 4CJRA 2HOEA 3O9QA 1SZ2A 4GV6A 1RTHA 3ZX3A 4BGAA 1WBDA 3RR7A 4LSNA 3AA3A 4CD1A 1IBLK 2WONA 3LDQA 2P9IB 3O4QA 4QAGA 4JKGB 1QZ5A 4IEEA 2X74A 1LW0A 2VWBA 3WNEA 1K8AO 2PYJA 2O8DB 2GEMA 2QI2A 1UA0A 1UOCA 4BWMA 2VQEK 3ULEB 1IBKK 3A0IX 4DV2K 2I7NA 2NRHA 3D45A 1TYQB 4RW8A 1BCOA 3LP1A 1WSGA 4JRPA 4IEIA 3DLKA 4FJXA 2CGJA 1NOZA 4O5FA 1QSSA 1JXBA 4EZ6A 4FCYA 4WF9L 4CF9A 3OA9A 2P9SB 3VF6A 3LP3A 4CGJA 2IIRA 3QIOA 4U7BA 1LCUA 1KC8O 3VGKA 3DXMB 3AVIA 1JLQA 3M8SA 3O1WA 4OPKA 1KRPA 1BWFO 1J5OA 3L4QA 4GKJK 2YHBA 4E89A 1S1XA 4WQ4C 4M3UA 2FBYA 3UB5A 1WBBA 4H4MA 2EWSA 2ETJA 4F2RA 3I55N 5FDLA 4O8UA 1ASVA 1N34K 5EX5A 1W9HA 2P1JA 3U9ZA 1NK4A 4KH6A 3MN5A 3ZETB 1EXQA 2E2PA 1U6ZA 1IKVA 3S3NA 4CFBA 3SPZA 5HRPA 4FK0A 3R8EA 3HJFA 3NVKA 2DPNA 3C6UA 3KJVA 2WBNA 3LP0A 5IWAK 4BRHA 4AH9A 4F4KA 2FBVA 1A5XA 3AO1A 2D1KA 3DLBA 5A2QO 1BUPA 1S5JA 2OYQA 2B4JA 3SBTA 3CHWA 1OVQA 5AQLA 3CCVN 5FPEA 1D8YA 3OBWA 3VQ9A 1EX4A 4WFNL 4CK1A 4NCGA 4DG1A 3OYIA 2F8SA 3G71N 1IJJA 3CIPA 3NHGA 4DSIA 2UUCK 4FZXC 2V7ZA 1VSDA 5EOYA 2A1SA 5C12A 3AVCA 1FK9A 1RT5A 3U8XA 4EAHD 4FJ9A 1S1WA 4Z4GA 1W0HA 3VERA 3RVCA 3QFPA 4BRAA 5KI6A 4CFAA 1EETA 1U47A 3LM9A 4EHTA 1DGKN 3NF7A 4BROA 4HUFA 3SPYA 4LSLA 5AQWA 2QWMA 1RT3A 5AQNA 3HOTA 3SQ4A 3MWPA 3HSCA 4DKWA 1NOYA 4XH5A 2GTDA 1SQKA 3THXA 2GUPA 3LDSA 4RW7A 3KKSA 4QS7A 3VEVA 2YJEA 5F2RA 2WC9A 1Q86O 4C8NA 4O5BA 1RT6A 3NFAA 4GMJB 4I9LA 3H3OB 2D0AA 4ELVA 4B3MK 4WQ5A 1HNVA 3ZSYA 2KHOA 3J8AA 2DTUA 3NGIA 2OPPA 1A5VA 4W5NA 2IS3A 1RDAA 4MO4A 3VPZA 1HUXA 2Q36A 4DTRA 4FWLA 3SMPA 3WEEA 3TARA 3AARA 4DSJA 3HTVA 4G1QA 3PX4A 3ZT1A 3L2WA 2HHWA 3L6QA 4CZLA 2YI1A 1HYVA 3A5MC 5GAGP 5C0YA 3VEXA 3P5JA 1J53A 4R79A 1HKGA 5F1XA 4BRGA 4FJIA 4JD2B 4H0YB 1I94K 2HNZA 2IAJA 4DQRA 4BC5A 2B6AA 1RBTA 2KLAA 3HZ6A 4BQLA 2E20A 4BWJA 1UWBA 3NH0A 3R1XA 3VEWA 4EHUA 4RWTA 1RDCA 1OH6A 3VENA 4DTJA 3DAWA 4DS5A 3QEVA 2W6KA 4X65K 4M3TA 1DKGD 2EHGA 4B3OA 2ZGYA 1BA1A 1EO1A 4BE1A 3FZLA 2E6LA 3CFRA 3FZKA 1BISA 1NK5A 5JLHA 1RT7A 1B9FA 1C1CA 2IVNA 3CJAA 4N5SA 2NRXA 4A62A 2OPSA 3KHYA 4ISFA 1SKSA 4DWIA 1LAWA 3HL8A 3OYMA 1L3SA 4FM0A 3K5OA 1RBRA 4JEPA 2HF3A 3PY8A 1CXUA 5JMVA 2G8IA 1T05A 4I7FA 4CJEA 3ZEUA 2QWLA 3KK7A 3LAMA 3VEOA 4FO0A 2Z1GA 4FJ8A 1Z26A 2ASMA 3KVGA 3OYDA 1TVRA 3AVGA 5FPNA 3CC2N 3HM8A 5M1FA 1C0TA 1KAZA 1G99A 1VHXA 4M7YA 4YOVA 1K9MO 3PUFA 5FRMA 5SWMA 3QETA 4B1VA 2CGKA 5AQFA 3TAEA 1I3AA 4BRIA 4RW6A 4C8MA 3CPWM 1Q82O 3AO5A 3AVAA 4DLGA 3QFUA 2FC0A 2IDOA 4Y0WA 1X9JA 2OTJN 2A42A 5EXWA 4QS8A 4DTUA 3VF2A 3CXCM 1JLGA 1XHXA 3UKUB 2ITGA 2FF3B 1BO5O 4QS9A 3SNNA 1LWFA 4V19S 3QEXA 4CZMA 3U9DA 3JS6A 3DMJA 1QQCA 4KTQA 1ASWA 3CQ8A 2Z1HA 3HPOA 2OANA 1NG9A 4HHTA 1EKEA 4ISEA 1C1BA 4IFVA 1LWEA 3AO2A 4JI5K 4LH4A 1JLEA 4AHTA 4JI8K 4IFYA 3A5NC 2P51A 3K5LA 1KQSM 3ITHA 3O5BA 2F8TA 3RRHA 2RE2A 3A5OC 3T69A 1WSFA 3P31A 4BG9A 1SL1A 3CFOA 3MWTA 4FJLA 1BDGA 2BTFA 5AQZA 3OHRA 1BIZA 5H1SQ 2QWNA 4ISGA 3ZEUB 3C94A 3TAMA 4BC3A 3WXKA 3TANA 1JCFA 3MXIA 1GLAG 4H5RA 4BR2A 3CC7N 4KPYA 1HNZK 3JAMO 3SUOA 4FJ5A 1VRTA 5ELZA 3RMDA 1NM1A 4HWIA 2HHXA 3LAKA 2PAVA 4CW7B 3OJSA 2VCPA 5I42A 3C6TA 3DJCA 5M1OA 3I0RA 3KLIA 3EY1A 2D0CA 4FWNA 4BDYA 3TR8A 4E1NA 4IXCA 5HROA 3K9KA 3BDPA 3O08A 3DLLL 1KSPA 5CHIA 4LF6K 4DR2K 1YJNN 1VSLA 1QSLA 1FJGK 4BG8A 4NYNA 1T03A 4DFKA 4JS5A 3OS2A 3QMLA 3D2EB 4FWRA 5E41A 4CE9A 5C2DA 3O9TA 4FM2A 1JLBA 1WUAA 4WFAL 4IJAA 2OZMA 3BF1A 4IDHA 2Q2RA 3LPTA 3HSTB 4DTNA 1NMNA 4JKGA 2ZWHA 1WNSA 2KTQA 1V4SA 2Z1JA 3O80A 2F9TA 3JYTA 3CF5L 4CEZA 3QBWA 4FPAA 4ELTA 4CJ3A 4DR5K 4Y1DA 1F21A 5GIPA 5DM7L 4FLXA 4YDUA 4E7LA 3AV9A 4DTXA 2F9WA 1SL0A 1SKWA 1VSFA 4WQ5C 2HVIA 3VN5A 3RMBA 4WQ4A 4H0PA 4FJGA 3VOVA 5GAHP 3ATUA 1C0UA 3LDPA 3O6WA 4NLCA 3QINA 3KIOA 3J80O 3BUZB 4B1UB 3CCJN 1CZ9A 3C6HA 3QESA 4BRDA 3D2EA 3O9RA 1X9SA 5KRSA 4FJHA 1NKEA 3V4IA 1D5AA 4PY5A 1RCHA 3MCPA 4JKAA 3THVA 4CJLA 3V9SA 5HRNA 2XY6A 4XEIA 1KFSA 4H5WA 4CZKA 4CJVA 2WUSA 3ENOA 5CYMA 4BR7A 4H5NA 4K41A 1VRUA 4FWMA 3DLEA 5GADP 5GAEP 1JL2A 4I2QA 2KFZA 5BRDA 3EZWA 3ZSZA 5KPZA 3F9MA 3T1YK 1TAQA 4B9SA 2GUIA 5AQJA 1L3VA 3FE1A 4F3TA 4WE1A 3MAQA 1L3TA 3DI6A 3W3DA 1RTDA 3PSIA 4Q0BA 4B1YB 1VSMA 1U2VA 3FZHA 2P5GA 1TKTA 2HF4A 2PFUA 3CC4N 4KHWA 4J2BA 1RT2A 4JKFA 1YT3A 2IC3A 1BQNA 2X78A 5AQYA 4FVUA 5M1PA 4ELUA 3VEYA 4CGIA 2E5LK 4DU3A 3O8MA 1IG9A 5HBMA 2ATQA 1OH8A 5C15A 4JNEA 3K58A 1U48A 2G8UA 3NGZA 2KW4A 2P9PB 2Q0UA 1XHZA 4B9QA 4DS4A 3CCMN 1SL2A 3O1BA 3TAQA 1OH5A 3H46O 3HT3A 3VF4A 4CHNA 2XY7A 4JKBA 3N4QA 4K25A 2JLEA 2D0BA 5FPDA 4HTUA 3QNOA 2O8CA 4YOXA 3SAFA 3EE8A 1XNQK 4JHDB 1FXXA 2JWLA 1J5EK 3CYMA 4JYAK 4BRQA 2G8VA 3SK3A 2PZSA 4ZHRA 1K8KB 1J9AA 4PUOA 3O9SA 4X62K 4KHPK 3E9LA 1WAFA 2VG6A 3VTIA 4LFBK 3AVNA 5JS2A 2YHWA 4JKCA 4CBUA 4YFUA 4O0JA 3HP6A 5GIOA 4OPHA 3MDQA 5BPMA 4BRPA 4AILC 3DYAA 3ULDA 5J2QA 4CGDA 4H0XB 3DLGA 2NLXA 1QVFM 2O4GA 1KFDA 2D5RA 4CGFA 1BHLA 1NLVA 5C42A 4CJWA 5M1KA 4DF4A 3ZT0A 5JVHL 1H1VA 4CIEA 1X3NA 5D3GA 3FFIA 5J2NA 1HQEA 5HOOA 1B92A 1VQKN 1BU6O 5KRTA 1IKXA 4I2PA 3P4IA 4Z4FA 1WOQA 1P8ZA 1HLUA 3V1RA 1S9GA 4JI7K 3DRPA 2YCHA 4DV4K 1GLLO 3KTQA 3QBXA 4H0VB 3PIOL 3O4WA 5AQSA 3NE6A 4ILGB 4CZFA 3NH2A 4DV1K 2FBTA 4E1MA 3ZSQA 2UXCK 3QEWA 3D2FB 4K42A 5AJ3K 5HLFA 3V9UA 1GLFO 1YTAA 4FJKA 4OPAA 1QTMA 4X64K 5FRNA 3ZSWA 4LC9B 3I8BA 1JJ2M 1S6QA 5BR9A 2V52B 3OS0A 5KTQA 4JKDA 4ICLA 3GOIA 2PBDA 4NCAA 3BF3A 3E9PA 3MECA 1DTQA 4PA1A 1OH7A 3PO5A 3KK1A 4N76A 4MLEA 5CR4A 3MCAB 5HL7L 3TTDA 4GVEA 3NVMA 1YI2N 2QKKA 4DQSA 1JXEA 2O8CB 3TSQA 4GKKK 1VQ6N 4CEQA 3DOLA 5AQRA 3LWMA 1EWRA 3DRRA 3PIPL 2ASOA 4RTFD 4B1WB 3AA2A 3S9HA 3CCEN 3LL3A 5MLCQ 5FLXO 1N32K 3D2FA 3K5NA 3ZSRA 1RGIA 4WCEL 1U49A 4DLEA 1TGOA 2GWKA 3KWIA 1T7PA 1HMVA 4CECA 4PL7A 3J7YP 2UXDK 4GY2B 5AZIA 2FBXA 4LF7K 2E2OA 4R5PA 5BR8K 3K0SA 4PQUA 2Y1JA 1TKZA 1X9MA 4MFBA 3TPQA 3CCRN 5CZ2A 4CERA 3CCQN 1W97L 4CFCA 4LH5A 3TSUA 3G25A 3SQ1A 3TABA 5BRHA 1XMOK 2HHTA 1DEJA 5LJVA 2NRTA 3MXJA 1KCFA 4BRNA 1YJWN 2UUBK 1QQOA 2QWOA 1VSHA 2WFBA 3VQQA 4CZHA 4PKHA 1QS4A 1S22A 4CBWA 4JKHA 3QEPA 1Q81O 5DMRA 3LDLA 4AM6A 3UKRA 1DLOA 3CD6N 4K8ZA 4G9ZA 4FYDA 3GDQA 4OO1J 1OVYA 3EEQA 4BRCA 4HUEA 3OBYA 3SUPA 3V9XA 4BC2A 4NXMK 2RHKA 1W2BM 3L2VA 4FZYA 1VQ4N 4PKGA 1NGJA 1NJYA 3WXJA 4AHCA 4DR1K 4BGBA 3SJJA 2FSJA 3P1GA 4Z94A 5AQGA 3CCLN 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3AVFA 2HHQA 3J7ZO 2KZZA 4Q5VA 4JS4A 2QM1A 4F9OA 5FROA 3P38A 3EL2A 4JK8A 4YOUA 3NH1A 3E1YA 3OYNA 4DCHA 5KPRA 1BG3A 3BP8A 2NRZA 1K73O 4TSXA 1B9DA 2BGGA 3RSEA 2IOCA 2OZSA 5KGXA 2P9KB 3EN9A 2YNFA 4DF8A 1SV5A 4BR9A 3HO1A 5HRRA 3ZYYX 4GNIA 4BQZA 1TK5A 2G8KA 3SBGA 3KWGA 4KO0A 5CE3A 1JLFA 4BRKA 4BDPA 3GG4A 2E4LA 4JLHA 1KLNA 1RTJA 3L2UA 1ATSA 3AY9A 4CESA 2OCEA 5KQ8A 2VYPA 1VSKA 4FOEA 4AM7A 3WT0A 2YNGA 1U2VB 3HP9A 4B3TK 4H0OA 3HVTA 3HVRA 4LFAK 4FWKA 4KBOA 4RCHA 3AGKA 4IG0A 2Q31A 4FLYA 3H45C 1R59O 1K6YA 4ZTJA 2Q3SA 5AQMA 3CQYA 4FM1A 3MK6A 5AQVA 4L3QA 4FLTA 3J7AP 4B8AB 4DU4A 1E4FT 3CI5A 1RT1A 4OGEA 3AO4A 3VGMA 1J6ZA 5EU7A 4CEAA 4FWQA 3K2PA 4J2EA 4DV3K 4IWVA 1HPZA 1VQNN 2XHBA 3MEDA 4RG8A 2YKNA 1SS6A 2F4VK 2ASPA 1RT4A 4UQGA 1TKXA 1KVBA 2HBLA 3K5MA 2HHVA 4BRFA 3QLHA 3WXIA 2J4RA 1HYSA 1IG8A 4OX9K 1NK9A 4CK2A 3M5RA 4O0IA 1YXQA 5AQHA 4FLVA 2BDPA 2H3GX 3U6FA 4JK9A 2QKBA 4JI3K 3NMUA 3C95A 4KI6A 2A41A 1WN7A 3IDHA 1HQUA 3DM2A 3OY9A 3RTVA 3QERA 4IOAL 3OYBA 3SUQA 2KFNA 2KKZA 4J2AA 1RBVA 1JCEA 1K8KA 4MQ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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