1VSHA

Asv integrase core domain with zn(ii) cofactors
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
b'GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Endonuclease
total genus 48
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vshA00
4E7HA 1WSJA 3LPUA 4CJFA 3OVNA 2YNIA 1NK4A 3AVIA 4TSXA 1SKSA 1JLEA 3K5NA 4FJJA 4CJPA 1CLQA 3IS9A 2RF2A 4OKKA 1ZBFA 1K6YA 4E7LA 4M3WA 4HHTA 4J2BA 2Y1IA 1NKCA 1YVUA 4M45A 1EX4A 3OYIA 1NJXA 4FJNA 3S3NA 2YNHA 4RW7A 1UWBA 4DTMA 4KHYA 1S6PA 3K5OA 5CYQA 4KHNA 1NKBA 3CM6A 1ZBUA 3DI6A 3TR8A 4FJ8A 3AA3A 1NK5A 2B6AA 4M3YA 2WOMA 3NH1A 4CJRA 3I0RA 4DFKA 1ZBIA 5E41A 3SPZA 1VSEA 1U47A 1Q9YA 1GOAA 2D5RA 1JXEA 3HP9A 4E7JA 1NJYA 2YKMA 3HO1A 3T19A 1TK0A 4CGGA 3QEPA 4E0DA 1UOCA 3PX0A 3ITHA 3HK2A 3VQDA 1FKOA 1KTQA 3AO2A 4CEOA 3SUOA 4DWIA 4HVJA 2HVHA 1QSSA 2EX3A 5FRNA 1GOCA 2B5JA 2QKBA 2ATQA 3SI6A 2OZSA 1NKEA 4IKFA 3M8PA 4KV8A 3M8RA 1BISA 4F2RA 2ZD1A 3VQEA 1X9WA 5HLFA 3ULDA 3JSMA 3RRHA 1D8YA 4I2PA 3IG1A 4B9TA 2JGUA 1JLBA 2HNDA 4G1QA 4DG1A 3QINA 3S9HA 3LWLA 1KSPA 4E3SA 1A5XA 1S1UA 3QESA 4DQIA 3WNFA 3HJFA 1BIUA 1KVBA 3DLRA 3OJUA 4CFAA 4FM0A 4LSNA 3OYEA 3DOLA 5CYMA 3MEGA 3ZSVA 4FZZA 3VQ6A 4M3UA 3HT3A 2YKNA 4OPKA 4KB1A 4RW9A 4W5QA 3NF6A 1B9FA 3LDSA 4ID1A 5HRSA 4DU4A 1BI4A 1S9EA 3TWHA 4BDYA 3VN5A 4CIFA 1Z26A 4DU3A 4DFPA 2HW3A 2KZZA 4F8RA 1A5WA 3CM5A 4JS5A 4CESA 4CJ4A 4CJ3A 2PY5A 4MQ3A 3OYNA 3LAKA 3L8BA 4DTPA 1KFSA 1I39A 5I42A 1VK0A 4JLHA 1LAVA 5HP1A 4KAZA 1S1VA 1UAXA 4I9QA 2IAJA 2XO7A 4DTRA 4E1NA 1GOBA 1JLCA 2Q3SA 3CYMA 3V9WA 3AO3A 3B6OA 1J5OA 4NCAA 1RBVA 2HNYA 3AVHA 4I2QA 3VQAA 1L3UA 4FZYA 1WLJA 4RW4A 4EP4A 4ICLA 5KTQA 3THVA 4W5RA 3M8SA 3QETA 3SPYA 3HVRA 4Y1CA 3TI0A 1NOYA 1TV6A 1EP4A 3VQBA 4BWJA 1RNHA 2XY6A 1XI1A 3QNOA 1LWEA 2DFHA 2D0BA 3G10A 2R7YA 3TAMA 3MEEA 1NJWA 4J2AA 2VG7A 3AVGA 3F9KA 3AO1A 3QIOA 4R5PA 1YT3A 4F3OA 4KTQA 4Q0BA 3LZJA 4W5OA 3P5JA 1RT5A 2FBTA 3K2PA 4FJLA 2KW4A 2QXFA 4CK1A 4WE1A 3LZIA 2XY8A 1LW2A 3U6FA 3KTQA 3AA2A 4BWMA 4FLXA 3OYCA 2YV0X 1L5UA 5CZ2A 4CE9A 5SWMA 3HYFA 5CY4A 1BCMA 3NGIA 2P1JA 4CJUA 3ASMA 2Z1HA 3CFOA 2G8FA 4CK3A 4ELUA 4CHYA 1Z25A 1S1WA 3ZSQA 1QQCA 3HXMA 3HSTB 1RDCA 1KCFA 1FK9A 1RBRA 3RMCA 3L2QA 3NF7A 4J2EA 3VQPA 4KHUA 4KB0A 4KO0A 4YNQA 2ZE2A 4LH4A 3QEXA 2HMIA 3EZ5A 3SZ2A 3V9ZA 1RTHA 5J2PA 3ZSOA 4CERA 5J2QA 1S5JA 3AO5A 4FM1A 3PX6A 4C8OA 1UA1A 1Q8IA 3DLGA 4CJ5A 3O4NA 1ZBHA 3LP2A 4B08A 4DTXA 1T7PA 4Z4GA 3QNNA 4E89A 1NJZA 2F8TA 1HYVA 3OS1A 2YHBA 4J2DA 3V4IA 4DS4A 3U3YA 4HTUA 4DLGA 3HVTA 3T1AA 4UQGA 4QOZB 1BI4B 3KK2A 5CZ1A 4DU1A 2DTUA 3ZSWA 3ZT3A 2OPSA 3LP1A 2Y1JA 3A2FA 4FJ7A 2KFNA 2Z1JA 1SL2A 3QEWA 3ZT0A 3KLEA 5J2NA 3DLBA 3DLEA 4ELTA 3QEVA 3OYLA 3ZSYA 4DSJA 1HNIA 1C1AA 5KGWA 4HCCA 1BHLA 3CFPA 4KI6A 1IG9A 1RILA 1TVRA 1HRHA 1YTAA 4FLWA 1XWLA 1DLOA 4ZTFA 3L2RA 1TL3A 1RT2A 1W9HA 4Y1DA 1REVA 1VSHA 2YNFA 1LWCA 3SV3A 3V6DA 4BDPA 3P1GA 4N76A 2ETJA 4CJQA 3DYAA 3OYBA 4KTZA 3MXMA 2OYQA 3IAYA 2HVIA 4M3RA 4CFBA 3SQ0A 3JYTA 1U45A 2G8UA 1VRUA 1HPZA 1SUQA 3AVMA 4BE1A 4NCGA 4BACA 4JRPA 4B9VA 5C24A 2WONA 1IKYA 4QCLA 4FM2A 3TAFA 2KQ2A 1VSJA 1IKWA 4OKJA 4M3ZA 4KREA 1D9FA 4NYFA 1HYZA 4M41A 4CGJA 1Q9XA 3NDKA 1U49A 5K14A 1ASUA 1RT1A 1BGXT 1SV5A 4FK4A 2XRIA 4EP5A 4O55A 4OGCA 3QIPA 4AHVA 1S6QA 4DSLA 1VSKA 3K5MA 3AVNA 5HRRA 5SZTA 3O3HA 3CQ8A 4HUEA 3PO5A 4L8RB 3TABA 1RT6A 3OJSA 2HHUA 4AHTA 4M42A 1BCOA 4FYDA 3MAQA 5HBMA 5EU7A 3SUNA 3M8QA 5I3UA 4FJKA 2G8IA 3OYAA 4DFMA 3CFRA 4CEZA 5HROA 1ASVA 4O0JA 3SQ1A 3K5LA 1DTQA 1RTJA 1IH7A 2BANA 1UA0A 3AVFA 5C42A 1L3SA 1RT4A 4GMJB 4DS5A 2P5GA 1RDAA 4CIGA 1VSLA 2HHWA 5JS2A 3L2VA 4HCBA 3RMBA 2DFEA 3OYMA 3AA5X 1IKXA 1JLAA 2GBZA 4N41A 4CHPA 1R0AA 4FJIA 4DSIA 3L2WA 1ITGA 3LWMA 2FC0A 4LD0A 3TAPA 4OLBA 1NK0A 3ZSRA 1WSEA 1NK8A 3ZSZA 4DTJA 1LWFA 1HMVA 4FW1A 3DLKA 1DTTA 3NGYA 1JLGA 4FK2A 4KI4A 3OS0A 2E4LA 3SUQA 3IRXA 1IO2A 5KI6A 1JKHA 1L3TA 3BGRA 1QSYA 2VWJA 3KD1E 3WNEA 2HHSA 3AVLA 3OYGA 3PY8A 2D0CA 2HHXA 3RMAA 3NF8A 1BL3A 2PYJA 3LP3A 3OYDA 1CZBA 1RDDA 1JL2A 3V9UA 4O4GA 4Z4IA 3KD5E 5HRNA 1FXXA 4CHQA 1SL0A 4W5NA 3NAEA 3V81A 2QK9A 2QKKA 1T05A 2PZSA 1C1CA 1D5AA 3OY9A 1TKTA 4RG8A 4CGHA 4CHNA 2OPQA 1QS4A 3NGZA 3HL8A 4W5TA 1VSDA 4ZTJA 3RR8A 2OPPA 1JXBA 3VQ8A 4HUGA 4DFJA 1QSLA 2KZMA 4CEBA 3O3GA 1RDBA 3LPTA 2DY4A 2FBVA 2VG5A 2RKIA 3VQ7A 3AVKA 4IFVA 2BDPA 2DFFA 4OLAA 2O4IA 1TK8A 4DSKA 1VSMA 2X74A 1TAQA 3EYZA 3ISNC 3V9XA 1RCHA 4DF8A 2RN2A 1N6QA 2P51A 2KFZA 3SQ2A 1QE1A 4KFBA 3DRSA 4C8MA 3PV8A 2ZQBA 4FLTA 2OA8A 4DF4A 2F8SA 3MEDA 4CFDA 4F2SA 2RPIA 3KLHA 3TAQA 4KPYA 2I5JA 4CJTA 4DQPA 4I9LA 3RWUA 1G15A 3SJJA 4AHSA 1B9DA 2X6NA 4CHZA 2W42A 1XHXA 3SQ4A 4B9LA 1HYSA 3KLFA 1F21A 2NUBA 3HPOA 3L3VA 1J53A 4N47A 5KRTA 3OYKA 4KRFA 1WSFA 4O0IA 5D3GA 4YFUA 3NBPA 3OS2A 3AVJA 4CEDA 4B9SA 3VQ5A 4IDKA 4OVLA 1NK7A 1KVAA 4BE0A 4H8KA 4E1MA 3B6PA 3C94A 3NF9A 4CJKA 3K57A 4FK0A 3V1OA 4CJWA 1RTDA 4O5BA 1WAJA 4C8NA 4E19A 3ZT2A 3C6UA 1CXQA 3TANA 3SCXA 5DMRA 4DTNA 3TAGA 4HUFA 4I7FA 4CF2A 1D9DA 5FDLA 3KKRA 5C25A 3TARA 3LP0A 3KK3A 2HHQA 1BIZA 2A1SA 3DMJA 3SYZA 4EZ9A 2BGGA 1HQUA 1HNVA 2D0AA 4Z4CA 1T03A 1FKPA 1KVCA 4DSFA 3SUPA 2HB5A 4C8KA 4NCBA 4OKEA 4H4MA 1KRPA 1NK6A 2IGIA 3C6TA 1JL1A 1QTMA 1J9AA 4CJSA 5J1EA 3MXIA 4AHRA 3AVBA 1C0UA 2VG6A 2KTQA 1RTIA 4FZXC 3QEIA 4CF8A 4FLVA 3AO4A 4CEFA 1C6VA 2LSNA 4E7KA 4KHQA 3S3OA 4M3TA 1TGOA 4CHOA 1TKXA 1TL1A 1X9MA 2IC3A 4ZHRA 4FLYA 4B9NA 2G8VA 3AV9A 3NH2A 1ASWA 3LANA 3OYHA 4DMNA 3D0PA 4CF1A 5J2MA 3DM2A 1NOZA 1TKZA 3I0SA 1U4BA 4FJHA 4Z4FA 2FBYA 3QERA 3NFAA 3L2UA 1I3AA 3VA0A 1LV5A 1IKVA 4C8LA 1U04A 3NE6A 2FBXA 3RTVA 3MXJA 2G8KA 4B9MA 4BE2A 2G8WA 1BQNA 1Y97A 4Z4HA 4Z0UA 2O4GA 4ID5A 4LSLA 3O4QA 4E7IA 4CFCA 2GUIA 4CGDA 4CGIA 3HP6A 4DSEA 4OJRA 3HPGA 3AA4A 5FROA 1WN7A 4DQRA 1KLNA 3V1QA 1B92A 4PWDA 3WNGA 4K8ZA 2JLEA 2HHTA 3HPHA 3NCIA 4F3TA 3NHGA 2AJQA 1XHZA 3SNNA 1WSIA 3KLIA 1QHTA 2X6SA 3KKSA 5KGXA 4B9UA 1JLQA 4B8AB 3VQQA 3T3FA 3ZT1A 4MFBA 4LY7A 4OGEA 5DK5A 4N56A 3OYJA 1BQMA 4AILC 3KLGA 1KFDA 3FFIA 1XC9A 4PUOA 1JLFA 1VSIA 4EZ6A 1S1XA 4GW6A 4O44A 2XHBA 3VQ4A 3HM9A 2HNZA 2B4JA 3WNHA 1LW0A 2HHVA 1HJRA 3TAEA 2IDOA 4Q5VA 4AHCA 2EHGA 1ZBLA 1WSGA 4FLUA 3VA3A 1TK5A 1RT3A 4FXDA 4KHWA 4DLEA 4BDZA 1J54A 3SV4A 4NYNA 3O3FA 4CEQA 4CCHA 5HRPA 4ELVA 3PUFA 1L3VA 3UIQA 1S9GA 2IOCA 3VQCA 4IBNA 4CF0A 4OPJA 4DQSA 3G0ZA 1EXQA 2F96A 4CGFA 4CF9A 3ZT4A 4FCYA 1VSFA 4KHSA 3PX4A 4M3XA 4CJVA 3ALYA 3ZCMA 3MECA 2E6MA 4CJEA 3S3MA 1KLMA 1X9SA 3KK1A 1SKRA 4K8XA 4Z4EA 1A5VA 4CIEA 3NH0A 1RBSA 4KTWA 4N5SA 3F73A 2OZMA 4DTUA 1S1TA 2Z1GA 2PYLA 4B8CA 4AH9A 1TAUA 2Z1IA 2IS3A 3AVAA 4B3OA 3H08A 1U48A 3DRPA 2XY5A 1SL1A 3RRGA 1N5YA 1O1WA 3RMDA 4AHUA 1VRTA 4DQQA 2XY7A 1EETA 3CG7A 4CECA 4XIUA 4DTSA 3PO4A 2P5OA 4FJGA 4FJ5A 3OYFA 3KIOA 1TKDA 4F4KA 4CEAA 4FVMA 1CZ9A 3BDPA 3E01A 2YHAA 1EKEA 2E6LA 3VQ9A 4DTOA 1HQEA 3U3GA 1X1PA 2YNGA 3QLHA 1WSHA 3DLHA 3V1RA 1W0HA 2OPRA 1RBUA 3V9SA 3L3UA 4FLZA 1SKWA 1MU2A 4RW8A 1WNSA 4LH5A 4CJLA 3KJVA 4KKOA 3DRRA 4H4OA 1T8EA 1RBTA 3EY1A 4FW2A 4CEEA 3RR7A 5FRMA 1CXUA 4CK2A 1C0MA 4JS4A 4PY5A 4PQUA 2BE2A 4JRQA 3I8DA 1WAFA 3AVCA 3K59A 3LAMA 1LAWA 1C1BA 1C0TA 1ZYQA 2GV9A 3C95A 1RT7A 3DOKA 3QO9A 4FJMA 4QAGA 1NK9A 2ITGA 2VWKA 3D45A 4FJ9A 2G8HA 4FJXA 3P83D 4PA1A 3K58A 3LALA 3ZSXA 5KRSA 1YTUA 2X78A 4IG0A 4IG3A 2A1RA 5T7BA 5JS1A 4IFYA 4RW6A 4GVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LPUA 4CJFA 2YNIA 4CJPA 1GLDG 1S3XA 3VEVA 1ZBFA 1K6YA 1N33K 4XH5A 1J6ZA 1NJXA 4FJNA 4NLCA 1UWBA 1S6PA 4H5TA 3TR8A 4FJ8A 3AA3A 3KVGA 3LDLA 4H5VA 4H5NA 3AAQA 5GAHP 4CJRA 3I0RA 1ZBIA 1XUPO 5E41A 2YX6A 3P38A 3VERA 2D5RA 2GUPA 3HP9A 4JI0K 3BF3A 4JHDB 4E0DA 1UOCA 3P31A 3ITHA 2VQEK 4OPAA 1KTQA 3VETA 4DWIA 4HVJA 5AQOA 1QSSA 2QKBA 3SI6A 2GEMA 1KXPA 1BISA 2ZD1A 2A3ZA 1JCGA 3JSMA 2JGUA 2HNDA 4BC5A 4DG1A 3S9HA 3CJBA 3L0QA 2WUSA 1T6DA 2Q0UA 3QESA 4LF6K 5GIOA 1NGGA 5AQTA 3CCMN 3CCJN 3DOLA 5CYMA 3MEGA 2D4WA 3HT3A 2YKNA 1K73O 3NF6A 1B9FA 3EL2A 1H1VA 4ID1A 3LDSA 4DU4A 3VN5A 1A5WA 2JWKA 3CM5A 2NLXA 4MQ3A 5I42A 1LAVA 4KAZA 4I9QA 2Q3SA 3H3OB 4BG9A 3B6OA 3AVHA 5KQDA 1IBLK 1NOYA 2VYPA 5F0XA 1TV6A 4NLBA 4BRDA 1EP4A 1OVQA 2Q2RA 4BWJA 5GAEP 2XY6A 4MLHA 2DFHA 2D0BA 1VQLN 3G10A 3KHYA 3MEEA 5BN9A 1NJWA 4J2AA 3F9KA 4FOIA 4KTQA 3LZJA 5EXWA 3L4IA 2FBTA 3DWLA 2QXFA 1Q18A 4CK1A 1GLFO 1T44A 3AA2A 3BEXA 2YV0X 5SWMA 1X9JA 3C0BA 2V52B 3CFOA 4ELUA 4CK3A 3LDNA 4CHYA 1S1WA 1RDCA 1FK9A 1V4SA 3NF7A 3VQPA 4KHUA 4KB0A 1VQMN 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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