1W1PA

Crystal structure of s. marcescens chitinase b in complex with the cyclic dipeptide inhibitor cyclo-(gly-l-pro) at 2.1 a resolution
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
STRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-Based Exploration of Cyclic Dipeptide Chitinase Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
total genus 162
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2004-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1w1pA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1w1pA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w1pA01
2G8ZA 5FKYA 4A3HA 3GBDA 1W32A 1QHZA 1ZBKA 2DEPA 5CZKA 1QI4A 3GTNA 5IFTA 3W25A 3S2CA 9CGTA 3N11A 2QLYA 4XZWA 2FH8A 1ODUA 1US2A 1U30A 3OIHA 4QFUA 4TUFA 2G3IA 2DH3A 3FNDA 2EEXA 4CVUA 2XWEA 1H49A 4HOWA 4DUXA 1J0IA 3RDKA 4C7FA 2A3AA 3GH7A 2OWWA 1FHDA 1J18A 4QP0A 3N9KA 3GNRA 3WL1A 4L4PA 3SCQA 2MANA 2GDUA 3VNYA 3FW6A 1CZ1A 3VOCA 2PBOA 2D49A 3RM4A 4FLSA 4KGJA 1UD4A 1WDSA 1N82A 4DWSA 2CBJA 1E6QM 2VT0A 5I24A 1GOWA 1VIWA 3SUVA 1EXPA 1E6RA 1UWRA 1F4AA 2XWDA 1FP8A 4JKMA 4GPNA 4HZ8A 1GOQA 1VJSA 4MJ4A 3PTMA 3LPPA 5CGMA 4AWEA 4GZIA 3ZSTA 4B9ZA 1J9YA 4XB3A 1E3ZA 1V3HA 1CGUA 3CTTA 2WNWA 1QNQA 1DEDA 5A6MA 2QMKA 2YDQA 3OGRA 4P7OA 3MSDA 1G5AA 4UFJA 3WEMA 1MQQA 4NF7A 1BGAA 1JNEA 3W29A 3AXXA 4TTGA 4TTUA 4FLRA 5A6LA 3AMCA 2QPUA 1PIGA 3LPGA 3M07A 3D5HA 5LYRA 1NP0A 3QHOA 1JFHA 2VQUA 3DECA 1PAMA 2Y8VA 3OBAA 4BCEA 1OIFA 2XSAA 2UY5A 1BYBA 3VGEA 3MUZ1 2G3MA 2DSKA 1OM0A 5E09A 3F4VA 1DWFM 1LWJA 4XUYA 4PMNA 1QOXA 1J0HA 1WDPA 3WUEA 3MO4A 1EOKA 2O9PA 1W9XA 4CKQA 3WMBA 3L2LA 2VZVA 2OSWA 1ZL1A 4DWSD 3A6OA 1BVNP 4GKLA 2YA0A 1J0YA 3CHCA 3WH8A 3VD9A 2GDVA 4YPJA 4W88A 1OSEA 3L4XA 1J0ZA 3GZAA 3GBEA 4QCFA 3ARSA 3F5LA 2J79A 5A2AA 2YBTA 4F79A 5KEZA 2JF6A 2D0FA 2E9LA 1S46A 4B9YA 1VENA 4JL1A 2XGBA 2D22A 5E9AA 3W4RA 3KL0A 1QW8A 3D3AA 3A47A 5HOSA 1K9TA 1TR1A 3L4WA 1HXJA 5C70A 4KGLA 4OUEA 5DT5A 1XV8A 3VO0A 3AZRA 3CGTA 3UCQA 3IJ9A 4PCTA 3WQVA 1CGXA 1GUVA 1UYQA 4U2YA 3WDPP 2PWEA 4PMQA 4OBSA 4P7LA 3L4UA 1B3XA 3AZTA 3EMCA 3RO8A 1E6SM 2Z1KA 3ZT6A 3RM9A 4GZJA 4HTYA 3PZOA 3WQ6A 2W62A 2CKSA 1B90A 4PRWA 1JZ2A 1GPFA 3AXHA 3TTQA 4AXNA 5C8BB 1UR8A 3AISA 1E4IA 1KCLA 4MNJA 1IZJA 1WDRA 4AD1A 3OZPA 2YBUA 4UFHA 3WELA 1V6YA 4TVCA 2WB5A 3OLDA 3W6LA 1E3XA 1WCGA 1MFVA 4BF7A 3SUSA 1ECEA 1VF8A 3B9EA 1MXDA 4AEFA 1RD6A 1W2VA 3A4WA 4GO9A 1C8YA 3EDJA 3N17A 3QGVA 3UR8A 1ISWA 4EKJA 1NWTA 3THDA 1V3JA 1HVXA 4QCEA 5CPSA 1JG9A 3GXDA 4E8DA 1H1NA 1W1TA 4IISA 5A94A 5CGTA 2G3NA 2TAAA 2WMIB 5AC5A 1XD0A 1HKKA 4GQQA 1EIBA 1U33A 1DP0A 1JYVA 4UR9A 2A3CA 3ZR6A 2WMKA 2CEQA 1UQYA 2XFFA 2E9BA 3PN8A 1AMYA 4JFUA 2EPOA 1M03A 2XVPA 4P7QA 1G9HA 1MW0A 2ZICA 5D9OA 4Z2JA 5A6BA 3BAJA 4M1RA 4LGXA 4PMUA 4PEEA 2YL8A 2CHNA 1UWQA 2QV4A 3A3HA 1YHTA 2WC3A 5DFAA 2DIEA 1NARA 3MS8A 2XSBA 4C7DA 2X1IA 2DPEA 3UEQA 2J8FA 1GNXA 3UG5A 3WQ4A 1V3IA 2WBKA 2ZX9A 1GVYA 3IK2A 4OOUA 4UTFA 2XVLA 2D2OA 2HVMA 5I23A 2W5FA 3WQ8A 4HA1A 3CMGA 1HKJA 1OINA 1R85A 2JFEX 2YDSA 2XVGA 3QR3A 3O6AA 1W9PA 3O9NA 1E43A 1VFFA 1JIBA 1WZAA 3ARZA 1KGUA 4PMRA 1TG7A 3BAYA 5I6SA 4D6IA 3B9AA 1JYWA 5CQ1A 4MNLA 1UWIA 1LG1A 2WWDA 3GH4A 1KGXA 3AIEA 3I3DA 3VINA 1IT0A 1E4NA 2IUZA 1QVBA 3ZJKA 5A69A 3WUFA 1HL9A 1EO5A 2EPNA 1GONA 4W85A 1H4PA 2BHUA 1U2YA 3WDJA 7A3HA 1CBGA 3RJXA 2F8QA 3EBVA 4P8VA 4J7RA 2F2HA 3VDHA 4LXFA 4MB3A 2BVTA 2VCBA 1J12A 3ARUA 3OLIA 3UESA 3VMPA 1EA9C 2D3NA 4MDPA 3K8LA 5A8NA 4DUWA 5E6YA 1DTUA 3FXYA 3WL0A 1PBGA 1VJZA 1SR0A 4RE3A 4RE2A 1W9DM 1Q6CA 3N18A 2FH6A 1W1YA 3W28A 2VOTA 4ZE4A 1OIMA 4BA0A 1QI3A 2V3GA 2ZIDA 3LPFA 3ARRA 1M53A 4H04A 2WK2A 2W92A 3HU7A 2WHKA 1B3YA 1CXIA 3WFLA 2BVYA 3OLGA 3T0DA 2WSPA 3DYPA 3WD1A 1X1NA 4BQ2A 2WMHA 2VJXA 1B30A 1LG2A 1W2PA 4AD2A 3EDEA 2IXUA 4ATWA 1K9DA 4CU7A 1JF6A 3N12A 4CN6A 3SUTA 4URIA 3NDZA 1V02E 1UH2A 4U5IA 2HISA 2QPSA 3BSGA 2RGLA 3QOMA 5FD0A 1UR4A 4QAWA 3SCPA 1VRXA 3MUIA 4E8CA 1NWRA 3WNMA 1GJWA 1CGWA 4UQEA 4OIFA 4PBGA 1IV8A 2Y24A 1HVQA 2Z1SA 1DHKA 3ZMRA 1VEMA 2O9RA 1MVYA 4CD8A 3BAXA 2NW0A 2J7BA 5CPTA 5JIPA 1G01A 2X2YA 3L4ZA 3CO4A 3F5JA 2JF7A 3WEZA 1CIUA 1GOIA 1JGIA 3W81A 1HKMA 2ZE0A 1PEZA 4AIOA 1XSKA 3WD3A 4ACYA 3DYOA 5BXSA 3VDCA 4GZEA 4ZEPA 3VD7A 2WPGA 3EDFA 3OGSA 2XFYA 4WKAA 2F61A 4LYQA 3CH9A 3AIBA 1A3HA 3GXFA 4ZXOA 4WJXA 3SCWA 4BQ3A 1E0XA 3RILA 1UHVA 2ZXQA 5E70A 2VR5A 1C7SA 3VDAA 5HDRA 3SCNA 1EQPA 2X0YA 3MSGA 2IXVA 2VTFA 5BXTA 1GHSA 1AVAA 4B3KA 4JIEA 3WFZA 3W82A 1Q6EA 1A47A 3WDQA 3J7HA 1E4LA 3PZTA 4KH2A 4ZE5A 3VIIA 1MW1A 4UFKA 3QOKA 1KWGA 4AC1X 2UY2A 4PYSA 3WF0A 3WH5A 4WK9A 1MW3A 3VIHA 2DT1A 2W66A 1PPIA 2C8NA 1QI2A 1BAGA 3MMDA 1E6NA 3POHA 1KQYA 1LL7A 4UFIA 1J0KA 2YLLA 2ZUVA 1CXFA 5DO8A 4AD5A 4W8LA 4J3SA 2A3BA 2Y5EA 4GQRA 3WNNA 3JUGA 3ZT5A 3WMCA 4B16A 2ZX8A 4PMYA 3MU7A 4LYRA 4MNKA 1AIWA 2UY3A 1ISZA 3VGHA 3VNZA 3VX1A 1CENA 1C92A 1KWKA 4HPGA 1QNSA 2VMFA 1WZLA 2ZUNA 4YHEA 4YN5A 3VM5A 1O7AA 1HNYA 1TE1A 1PX3A 2NSXA 1JZ3A 5EBAA 5BRPA 3W37A 1NM9A 2X0HA 3AIVA 4ML4A 4PUEA 1QPKA 4S3KA 3WKZA 1HP4A 2PC8A 5JIWA 2XIBA 2XJ7A 3BLKA 5IXEA 3AROA 5FIPA 2WVSA 3L4VA 1JD9A 1KCKA 1BG9A 3E1F1 3OA5A 2O92A 3WN6A 1KQZA 1ODZA 4NSBA 5FL1A 4QDMA 3WNPA 1FFQA 2XFRA 1HJWA 3FHAA 2WKLA 2DT0A 4V2XA 2YL6A 1E0VA 2E4TA 4AZ7A 1CGYA 1EOMA 2PWGA 2BV9A 4Z2HA 5A1AA 1W9VA 2BY0A 4GXPA 3EDDA 5GPRA 4RE4A 2G4FA 1QBBA 4A3YA 4IPNB 1JXKA 3HMCA 3MV01 1JD7A 2GUYA 3PBGA 3VDBA 4TX8A 1C8QA 1ITXA 1H0IA 3K4DA 3CZEA 2JALA 1MWOA 1CGVA 2VZOA 2VX7A 3AJ7A 3FHQA 3GXMA 3SEPA 4MAVA 3BLPX 1E4MM 1R7OA 4HZ7A 2WW5A 6TAAA 2CBUA 2EXOA 3NDYA 1CYGA 4JFWA 4J3UA 2CHOA 5IHSA 2AOSA 2JEQA 2QHAA 3KE0A 4HZ6A 1J10A 3VX0A 4UQAA 3PTQA 2UWFA 4FF5A 4HU8A 2W63A 1BVZA 2WAGA 4HPHA 5ABFB 4GI8A 5I3DA 4UZUA 2DSZA 5FL0A 1B0IA 4AIUA 4WLCA 1GQIA 4UFMA 3WF4A 2ZXBA 2OWCA 5A8MA 2RGMA 4X0NA 2B31A 1NP2A 4H2CA 4LYPA 1TA3B 1JFXA 1W1PA 5JH8A 4R5EA 3CHDA 2J7DA 1CXHA 2C0HA 2XG9A 3S6TA 5EMYA 5LA1A 2BFGA 4PMOA 4B15A 4M82A 3AZSA 1NOUA 3OB8A 4OKDA 3WNKA 2BHYA 3BAKA 1XCXA 4Q22A 1XRVA 1UD6A 1JI2A 3TTOA 3WBEA 3I3BA 4JCMA 4AMCA 1CGTA 2CYGA 3RIKA 2WVVB 3ARXA 2J62A 1CXKA 5BXRA 2VZSA 4YHGA 1KXQA 3TP4A 2OYMA 3VKKA 1WB0A 4MB5A 1M7XA 5BROA 3VGGA 1GJUA 3VTRA 2WVTA 4AZCA 3TTYA 4Z2LA 1K6AA 3PZIA 2X09A 3KL5A 4Z2GA 4N42A 2CITA 4BQ5A 2V3EA 1GCYA 2VVSA 5LA0A 4AY1A 1PZ2A 5HXMA 4W7UA 5JBFA 2XM2A 5TD4A 1EH9A 1QW9A 2VCAA 4UNIA 5KZ6A 2BHZA 1E70M 2E8ZA 3ARVA 2VCCA 2YA1A 4AZ5A 1D3CA 4AZIA 4D71A 3VU2A 2GK1B 3AI0A 1ZBCA 1ZU8A 4CUCA 3TOPA 1EDTA 3VIPA 3VILA 3AIUA 1NWSA 2E3ZA 3VIMA 1C91A 5FOOA 2E0PA 4HMDA 1O6IA 2CESA 1E1FA 1E6XM 1CWYA 4PMZA 3GXIA 1XH2A 2CIPA 1B3WA 1YQ2A 5CG0A 4H8HA 3BSHA 1J11A 3N1AA 4ATLA 3AS2A 2EPKX 1MQPA 1V0MA 2NT0A 3ZO9A 2DH2A 3VGBA 4JAWA 3B9DA 1CDGA 3VIJA 1ZJBA 4WSKA 2VZTA 1CNVA 4D6JA 5D8ZA 1HF6A 2VR4A 4KRUA 3MUAA 1QNPA 3AOFA 1CEOA 4MADA 1KXTA 4CCCA 1ISXA 3GH5A 4AZHA 1M01A 4UQBA 1PX4A 4JKLA 2J78A 4W7VA 1WE5A 3U7VA 3AMKA 1OB0A 3APGA 3CZLA 3KZSA 4CU8A 4UOJA 2FGLA 1TCMA 4JFSA 4AD3A 5D9NA 1JF5A 1VEOA 2D23A 1H0GA 4UQDA 2WMFA 3I3EA 3POCA 4E4PA 1CTNA 4LQ1A 1OWQA 4MB4A 1R8LA 1JNDA 1H5VA 3AICA 3W24A 2WZHA 3TA9A 1DWIM 4HMEA 1VFUA 3VMNA 4CD7A 3AIQA 5EB8A 4CD6A 3NUKA 2Y4SA 5IDIA 1LL6A 1PJ9A 5FCZA 5CPQA 4QLKA 1L0PA 2JIEA 1RP9A 3WD2A 4D72A 3HN3A 2D1ZA 3A4AA 4KMQA 1TVPA 3PZ9A 3F5KA 8A3HA 5A2BA 2DGAA 1AQMA 3DYMA 1EGZA 1UD8A 3IAPA 3FAXA 1HP5A 1EDQA 2G3JA 5A6BD 3AS3A 5A6SA 4FMVA 4JCLA 1BSIA 5D9PA 3SCVA 1KXVA 3OG2A 1XD1A 2GJXB 3HJEA 3WENA 5M03A 1E5JA 1B9ZA 1HJQA 4Q7NA 4UZSA 3K1DA 6CGTA 5DEZA 5E6ZA 1I75A 1FOBA 1ISYA 4JHOA 1D2KA 1GOOA 2GSJA 3CZ8A 5A95A 1E9LA 1WZMA 3VVGA 4CCEA 1HJXA 1WKYA 2XVKA 2E40A 1B3VA 4DWSB 4PCSA 1UA3A 5IHRA 4U2ZA 1FA2A 4F8XA 3BC9A 1WNOA 3CUIA 4BS0A 2PWDA 5CSUA 5HPCA 3WF2A 3NYDA 4IUGA 1C3FA 1K9FA 1UKSA 2J7GA 2WBGA 4AZ6A 1KB3A 2J77A 2YA2A 2YDRA 1WO2A 2WHLA 1RP8A 1LQ0A 4M80A 2ZX5A 2RTSA 4HA3A 2YL5A 2DIJA 1JZ7A 1BPLB 3K46A 2UY4A 1OGGA 3ZR5A 2J75A 1QI0A 1UKTA 1JDCA 2GJRA 5AYBA 3WDHA 1AQ0A 4UOZA 2D3LA 3IJ7A 2CCRA 1CLVA 5ABGA 2PB1A 1Q6DA 1GOKA 3NSMA 5DT7A 4F9DA 1UQZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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