1W1TA

Crystal structure of s. marcescens chitinase b in complex with the cyclic dipeptide inhibitor cyclo-(his-l-pro) at 1.9 a resolution
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-Based Exploration of Cyclic Dipeptide Chitinase Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
total genus 166
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2004-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1w1tA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1w1tA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w1tA01
2GUYA 4F66A 1SR0A 1NM9A 4JIEA 4QLJA 4XUYA 1KXQA 2W91A 2XHYA 1JD9A 2VMFA 1KXTA 1U33A 2EPMX 2WWCA 3AMKA 4AZHA 2BY3A 1EHAA 1J01A 1J10A 4AY1A 1RP9A 1HJXA 3MMDA 2WK2A 3QGVA 1W2VA 3ARXA 2BY2A 3AHVA 5JUVA 2WVVB 4ZENA 2VTFA 4MB3A 7A3HA 4HMEA 2XIBA 3GTNA 1ZS2A 1GW1A 3HN3A 5HPCA 2ZUUA 1H4PA 2A3AA 1Q6GA 2CKSA 2D0GA 5I6SA 1CLVA 3T0AA 5E09A 4UQEA 3WDHA 1C7SA 1JXJA 3MV01 1GNXA 4MTVA 3GXDA 3KL0A 3QOKA 3DYOA 4AW7A 3NSMA 1ISZA 1NOUA 4JZ5A 1EO5A 3GNOA 1XH2A 1CGTA 3I3EA 1CNVA 5EFFA 3CZLA 1LL6A 2X0YA 3LPPA 1V02E 1EDQA 1BTCA 2X1IA 2DT2A 1MW3A 4DWSB 1LG1A 4EAMA 1TVPA 1CYGA 1W3KA 3OBAA 3GDBA 4B16A 3VGGA 1QNSA 4AD5A 3ARPA 1CXLA 1JI2A 3AMCA 4U2ZA 1JDDA 2ZXDA 1KFWA 2VJXA 4BQ3A 3VNZA 3MSGA 4M1RA 2CBVA 3VMPA 5I78A 1TMQA 4P8WA 2V5CA 4B3LA 4H04A 3ZSTA 1CGUA 1QHZA 5CXPA 1CGYA 4WLCA 1BYCA 1XSJA 3LMYA 2V3GA 3VIMA 5BRQA 4TX8A 1BGAA 1OBAA 1VFUA 3RJXA 3ZJ7A 4BCEA 3BAJA 1NWSA 1E5JA 1GPFA 1G9HA 3KZSA 1GORA 3VIPA 2DDXA 4M24A 4RE2A 3UESA 3T0BA 3RPMA 1GJWA 1UR4A 3MANA 3G6MA 2O9OA 3L2MA 2YJQA 3CZ8A 1HN1A 1UYQA 4V28A 1B90A 1XYFA 1EQCA 3A47A 1MQRA 2JEQA 1JZ8A 4D72A 3VDCA 3SCSA 4D6JA 5CSUA 1KGWA 4PMYA 1VFOA 2D2OA 2XVKA 3W6LA 1E4LA 5BXTA 3F4VA 3FXYA 3PZGA 5DF0A 3W25A 3ALGA 1AVAA 1JI1A 4PMXA 3PZQA 2W4XA 1DWAM 1KR0A 3ZQ9A 3AQUA 4U3AA 5A6SA 2D24A 1H1NA 3WQ4A 4A3YA 5BXPA 2WVSA 2OYLA 1BSIA 4XV0A 3VILA 1HKJA 3VD4A 4ACZB 3PN8A 2XPKA 3UETA 3WH7A 1FFRA 5A2CA 4LYPA 1W1VA 3W27A 1ZL1A 4E8CA 2ZUSA 1B9ZA 3DYMA 4DM2A 1TZ7A 3B8SA 2RTSA 1E3XA 2WMGA 1UWQA 5C8BB 3AIWA 2BY1A 3CUIA 2DGAA 1E6QM 2WW5A 3EDJA 1ZU8A 1GCYA 3VGBA 3DHPA 7TAAA 3NDZA 1W2PA 3ECQA 3IK2A 2EXOA 5E6YA 1UKSA 4HZ7A 4B3KA 1E73M 3WH8A 3VPLA 1GOOA 2OWXA 3WD2A 3WMBA 3NSXA 1WB0A 3CHFA 2BS9A 2YA2A 1VENA 3MS8A 2NT0A 2OWWA 2D0HA 2G41A 3L4UA 3FAXA 1DWJM 1J11A 4Z2KA 2WSKA 5AYBA 4WSKA 1FH8A 2WXDM 4BA0A 2CBJA 5ECUA 3MU7A 4GKLA 4M82A 2IUZA 4MB5A 2W63A 1G1YA 4M8UA 1HF6A 4AZGA 2WZIA 3CBWA 2YA0A 1UOKA 2YLAA 3AICA 4JFUA 4HTYA 3K8KA 5DO8A 3G6LA 2PWGA 2BVYA 2GVYA 3AYRA 5FL1A 1UKTA 5IHSA 3MMWA 6TAAA 2XYLA 3FHQA 4P7RA 4CU6A 3EMCA 4XZWA 2J7HA 2C0HA 1C91A 1XD1A 2ZWZA 3ARYA 4HMDA 4DWSA 3MUY1 1V6XA 1UR2A 2YBUA 1EOMA 3CUHA 3AS3A 3WL0A 4AZBA 3O2LA 1FHDA 4MNMA 3WKZA 1LL4A 1CLXA 3GNRA 1DEDA 4HA3A 2DSVA 5A95A 1ZBCA 1R8LA 3N18A 1KCKA 1FA2A 4P8UA 3J7HA 3THCA 3RJYA 3CHDA 3AHYA 2VVNA 1UQYA 1UHVA 3AMDA 2UY2A 4FK9A 3N12A 2X0HA 1ZB5A 2J4GA 2A3HA 3QHOA 3WD1A 2DIJA 2Z1SA 3BCFA 4N42A 2WHJA 4MDOA 3W24A 3I3DA 2YA1A 1VF8A 1JZ4A 2J7EA 1PJ9A 5M5DA 1UR9A 1W3JA 1E5NA 2G3MA 4QP0A 2WSPA 2A3CA 2J62A 1QBBA 3KEHA 3VMOA 3IAPA 2E9MA 2X8RA 5FCZA 3RM9A 4J3XA 3ZSSA 2E8YA 4MB1A 1OGBA 3QHMA 1B3VA 2WLZA 2WMFA 1VBRA 3VMNA 7CGTA 1HL9A 1EO7A 4PMVA 5GPRA 4AZ7A 3B9AA 3L4WA 2BVDA 3OA5A 3MUIA 2J7GA 4QDMA 3CH9A 1V3HA 4Z2LA 3BSHA 2WANA 2WPGA 3EDEA 4FLOA 2G8ZA 1K6AA 2QHAA 4CUCA 1J9YA 4P7OA 4ACZA 3JUGA 1B3WA 2PBOA 2ZUVA 1HJWA 3PZUA 1LJYA 1EOKA 3N9KA 1E70M 3AIEA 3WBEA 4AD4A 3UR7A 4CCDA 4HOWA 1JXKA 2QLYA 1VJSA 2VI0A 2XIIA 3GH7A 2OYMA 3RCNA 4TX6A 1RP8A 5A6BD 1GHRA 2CXGA 1TFVA 4D6HA 2BHUA 2XUCA 1E71M 1EQPA 1X1NA 4HPGA 4CVUA 3BLKA 1GOKA 2GDVA 3CUJA 2WNWA 5JIWA 3RDKA 1MW0A 4P8XA 2ZX8A 4LPCA 1WZLA 4MNKA 4AC1X 2CYGA 3OG2A 2CETA 1JYWA 4UFKA 2EPNA 4PMQA 4MAZA 4CCCA 4CCEA 2WMJA 2EBNA 2ZXBA 3BMVA 1UR1A 2ZUWA 2JIWA 1E1EA 3ZT7A 2CIPA 4H8HA 1SFSA 1WDPA 5I5RA 2VT0A 4CVWA 3W29A 1UWUA 3WMSA 1VEPA 2D1ZA 4ZFMA 3CTTA 3ARVA 2PWDA 1W1TA 3NJ3A 1H5VA 2XTKA 3SCOA 2E3ZA 4TVDA 5A1AA 4B9YA 4U2YA 2XFFA 2VL4A 1XYZA 3OLIA 1KBKA 3PZVA 4V27A 4KGLA 4UZUA 3ZJ6A 4A3HA 1VEOA 4D6GA 1CIUA 4HOXA 5BWFA 3WUFA 3SUUA 4AISA 4MADA 2WCGA 2DT0A 1L8NA 2WM0A 1PAMA 1BQCA 5LYRA 1EDGA 2WCSA 3WUEA 2PC8A 2DSKA 4PSPA 1MXGA 4RE3A 2J8FA 4AZIA 3VD3A 2OSXA 2Y8KA 2V38A 3NIYA 4E8DA 4ZEPA 2BV9A 2Y8VA 4MJ2A 5I3DA 2WZHA 3WELA 2VX4A 2VZUA 4OKDA 1ZBKA 2G4FA 1KWKA 1HJQA 3S6TA 2O9TA 4GO8A 3VGHA 4ATDA 1B3YA 4AXNA 5A8OA 1OM0A 1QNOA 2VRJA 2DQXA 4IISA 1M04A 3MMUA 4GO9A 3U7BA 3T09A 1EGZA 1E15A 4TTUA 1C7TA 1ISVA 1OD0A 2ZX5A 3N1AA 1TUXA 3U5YA 2WBGA 5HPOA 3GBEA 1FH7A 2XGBA 1VRXA 3NSNA 1E72M 5CG0A 3DECA 3IJ9A 1W1YA 1U2YA 4AZCB 3K46A 4MDPA 1QBAA 1G01A 4PTVA 3WH9A 1CGVA 3M07A 4AD1A 2QPUA 4X0VA 1XH0A 1BPLB 1AIWA 2QPSA 3WNPA 3CPUA 3BMWA 5C71A 4WIWA 3D5HA 3AXIA 4OBSA 2CESA 5GQBA 1OINA 4W8AA 4XX6A 1WCGA 4D6EA 1FOBA 3GM8A 4PMZA 1E43A 2DSUA 3SURA 1VB9A 1C8YA 1MQPA 4J3UA 1W9PA 1E4IA 2WHLA 2WKGA 3HJEA 4D6DA 3APGA 4AIEA 1OGSA 4ACYA 1B3XA 4Z2IA 3SCUA 1CZ1A 1RD6A 5LA2A 5EBAA 1JGIA 1X6LA 4FLSA 4AD0A 2OWCA 2YIHA 5IHRA 2CITA 1MWOA 1OCQA 1M03A 1ZBVA 1BYBA 3VD7A 3AJ7A 1QHOA 3GZAA 5ABEA 4DUXA 4D6IA 1MQQA 2CHNA 2E0PA 3AOFA 3DHUA 4UFMA 4GZEA 1Z32X 2O9PA 3CLWA 3IAQA 2GJPA 1GOMA 3LPOA 5A2AA 2UWFA 1NOFA 1R85A 2BVTA 4MAVA 3W28A 1S46A 4ZE4A 4QLLA 1V6VA 2W5FA 1XGZA 5D8WA 4KMQA 5JBEA 4Q7NA 3SCRA 1Q4NX 1HVQA 4GXPA 1GVYA 3TTQA 1XCXA 2J47A 4BF7A 1E56A 2O9RA 4WKHA 1UD2A 3VD5A 4BS0A 3VNYA 5HBFA 3AIVA 4W85A 5A3HA 3ARWA 2CKRA 1UG6A 2XVGA 1XSKA 1PIFA 1IT0A 1ISWA 5A6LA 1K9DA 5FL0A 1HP4A 3GXIA 2PWHA 1O7AA 1MVYA 2ZUTA 3WFZA 2XWEA 1UWIA 1CECA 1IV8A 2XGIA 1FP8A 3WH6A 4RL3A 4BZYA 1E6SM 3WD4A 1ISXA 1W3LA 4F79A 1W9XA 4R27A 1E6RA 4H2CA 3GXFA 1GOWA 2Q8XA 3A6OA 2F61A 3A3HA 3S2CA 4P7QA 4J3WA 1WPCA 1JYXA 3SCVA 4W84A 3WNKA 1V0MA 2FH8A 4TUFA 1TA3B 2AMGA 1L0PA 4LYQA 3SCPA 2WMHA 4LXFA 1E4NA 4J3TA 2FHBA 5IFPA 3VGEA 2AAAA 2AOSA 2BHZA 3EBVA 3WF2A 2DH2A 1H3GA 2YL9A 1QPKA 2V3FA 3A4XA 1KGUA 5CGMA 3A4WA 1XD0A 1V3IA 4HZ6A 4W89A 3N13A 4E4PA 2B31A 5FIPA 1SMAA 4W87A 1OIMA 5BYWA 5CSYA 5A8PA 3SUSA 4S3KA 2ESCA 3POHA 3AZTA 3WMCA 1H0GA 2WC7A 4ATWA 3SEPA 4OUEA 2GJXB 4U31A 1CXHA 3ARQA 2D23A 3W4RA 1X6NA 2WC4A 3GH5A 4D1IA 1JYVA 1PX8A 1CGXA 3PTMA 1HP5A 1UUQA 4PMRA 4MB4A 1A47A 4AIOA 4X9YA 4HMCA 1H2JA 5CPTA 3T2PA 4EKJA 3WDJA 3II1A 1P6WA 1A3HA 1MFUA 3EYPA 4UQDA 3ZT6A 5AC5A 4MNJA 4NZCA 2RGLA 1E3ZA 1VJZA 1TG7A 5I2UA 3K1DA 2QF8A 2WVVA 1WO2A 2BY0A 1UZ1A 1HJUA 1J0KA 2WB5A 2WBKA 1JG9A 5EB8A 2ZICA 5E6ZA 4CU8A 4Z2HA 2J7DA 2WC3A 1W3HA 1UD3A 1HNYA 1LF1A 3K8LA 1DP0A 1UA3A 3ARSA 2XSBA 1NH6A 3FY1A 1FH9A 4ZE5A 5LA0A 4GI9A 1LG2A 5AC4A 4HA1A 1E40A 2JE8A 5CPQA 1VAHA 4W93A 4P7NA 4A4AA 4EK7A 3AI0A 4Z2GA 1FP9A 1QI4A 4KRTA 1HX0A 5E0FA 1PBGA 1FHLA 4PTWA 1JZ7A 4DUVA 1R87A 2NSXA 1KQYA 5I0DA 4JAWA 3FW6A 3W37A 1U30A 5JBDA 5CZKA 3WF4A 4C7GA 3SCQA 3NCOA 8CGTA 2VZTA 5GNXA 1V0LA 2XVPA 3OB8A 4NI3A 3IANA 3LPFA 2MANA 3PZIA 3WUBA 1JF5A 1LQ0A 4PTXA 4QFUA 2FDMA 4UOZA 1VIWA 3AZRA 2VVSA 3POCA 1EH9A 3I3BA 4PCSA 4AIUA 4OZOA 2J7FA 2YDQA 3OZOA 2YDSA 2WMKA 1KXVA 1QI2A 3AS1A 3CO4A 1UZ4A 3AIUA 1JD7A 2Y24A 4UQCA 4J28A 5FD0A 1LWJA 4YPJA 1XSIA 1IZJA 4UOJA 2VURA 5D4YA 4P8VA 4C7FA 3THDA 3OIHA 3A4AA 3VDAA 1UKQA 2PB1A 2ZIDA 2WMIB 3SUWA 4YHEA 4Y7EA 3AXHA 2JALA 3ZJKA 1QNQA 4JL2A 3UG4A 1TA3A 1BF2A 5FKYA 4AD3A 4W7VA 2WCAA 1B30A 2J25A 2E9LA 3BLPX 1LWHA 3VIIA 1KQZA 3SIMA 5DEZA 4M80A 4URIA 3UERA 2D20A 1KR1A 4IPNB 4W8LA 1I1XA 2HISA 2WWDA 3DYPA 2EO7A 3WF1A 4WK9A 5ABHA 4CGTA 1SYTA 2E40A 1OT2A 5BCAA 2D3LA 4MPKA 2W66A 4ZXOA 4PMDA 1HKMA 1JNEA 1WNOA 3UEQA 3EDFA 4GZJA 3AHTA 4W5UA 1V3JA 1DWIM 2CBUA 1UR8A 2VRQA 3PTQA 2GJXA 2YBTA 4AEEA 4LYRA 4PUEA 1WZMA 3WDQA 1F4AA 2J7BA 3OLEA 1UD4A 4JHZA 1HJSA 4QCFA 4NRRA 2OLHA 4CN4A 4M29A 3TTYA 1B2YA 1GQJA 1H49A 3MV11 2VX5A 5E9AA 3VKKA 2PI6A 3WQVA 2EJ1A 3KE0A 6A3HA 2EEXA 1QW8A 4BQ2A 3BGAA 1TCMA 3W0KA 5DMYA 1MW2A 2CCRA 2ZWYA 1CEOA 1WP6A 1J0ZA 2NT1A 2J75A 3VIFA 1N82A 4JL1A 1HIZA 5I79A 5HOSA 1E0VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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