1W2BM

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1w2bM00
5DM7L 1N8RO 3PIOL 2ZJPL 3CCRN 1VQ8N 1KD1O 3G4SN 3CC4N 1VQMN 4WCEL 1YJ9N 3CC2N 3CMAN 1Q7YO 5GADP 4UY8O 1YIJN 1KQSM 4WF9L 2QEXN 3CC7N 4IOAL 3CXCM 1VQ4N 1NJIO 3G71N 3CD6N 5H1SQ 1ILYA 5GAGP 3CCEN 1VQPN 2QA4N 3J7ZO 1Q82O 5HL7L 1S72N 1YI2N 3CCUN 1YJNN 1K8AO 1VQ7N 4WFNL 4IOCL 3I55N 3CCJN 5JVGL 2OTLN 1VQ5N 1Q86O 3OW2M 1M90O 5JVHL 1OVYA 5DM6L 4WFAL 1VQON 2OTJN 3CMEN 1VQNN 5MLCQ 1M1KO 1YITN 2ZJQL 4WFBL 3CCLN 2ZJRL 1YJWN 1JJ2M 5GAHP 1Q81O 1VQ9N 1VQLN 3G6EN 3CPWM 4U67L 1K73O 3PIPL 1VQKN 1VQ6N 1K9MO 5GAEP 3CCQN 3I56N 3CCVN 4IO9L 1QVFM 1KC8O 1QVGM 3CF5L 1W2BM 3CCSN 3DLLL 1YHQN 3CCMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJHA 3L3VA 3S3NA 2OPPA 4H5VA 4DUZK 1VSDA 3CCRN 2BGGA 4CF0A 3IG1A 1TKZA 3OHRA 4CCHA 3DMJA 5FROA 3ZETA 1QZ6A 3O6WA 4NYFA 4IZ9A 1YTAA 5ELZA 1C1AA 4KAZA 4FJNA 4PL7A 2H3GX 4YFUA 3BP8A 1WAJA 2OPRA 3DI6A 4DTUA 3MXMA 3O9TA 3L2UA 3RR7A 2QWNA 1Z6RA 3O3HA 4DR4K 1LWFA 4CK1A 4E1NA 4CJSA 4N41A 1NGDA 1RTJA 2RKIA 5CHIA 3CJBA 4C1NI 1U48A 4DLGA 2ZD1A 5K14A 3THWB 1QSYA 4FPBA 1ZBIA 1HYZA 1NOYA 1JL2A 4AHSA 2GX9A 4B3TK 1KLNA 3TTFA 1YJNN 4I6MA 1K8AO 3QBWA 3P83D 4HCCA 3JSMA 3EE8A 4HVJA 4CEOA 4JKGA 2UUBK 1N6QA 3NMUA 4MO5A 4IOCL 3I55N 5AJ3K 2OTLN 1OH6A 1LOTB 1QS4A 1VQ5N 5AZJB 3J81O 2IC3A 1BU6O 2OPSA 1J53A 4B9LA 3HP6A 3KK3A 1GLJO 4ZHRA 2IS3A 1U04A 4BR4A 2GWJA 2ZE2A 3RRGA 3K58A 2FBXA 4BROA 2WUSA 4BRLA 5AFUA 2PZSA 3CCLN 3SQ4A 2HBLA 4JKHA 2D5RA 4CHQA 1Q81O 4ELUA 2HSTA 4YHHK 3THXB 4PWDA 4U67L 1K73O 2O8EB 4KTZA 3L2VA 4OLBA 1HX1A 4DLEA 5E84A 5C15A 5E41A 4LF6K 3LM2A 1QVGM 4WQ5A 2FXUA 1C1CA 2X6NA 1WAFA 1HNVA 4CHZA 3TSUA 3OJUA 3NF7A 4KH4A 5HRNA 1JLEA 3VERA 2E1ZA 1DT9A 1VSMA 3WNGA 4A57A 4DFJA 1GLFO 1N36K 1L3VA 4KH5A 1ASVA 4MLHA 5AQWA 4CFCA 2FLOA 4CECA 4CZEA 3KLHA 2DPNA 1YJ9N 3HZ6A 5LJVA 3FZKA 3QESA 1VSJA 4JI4K 4F2SA 3FZHA 4BDYA 3MN6A 3AGKA 4FW2A 1NK8A 3R8EA 4FLTA 2B6AA 3BGRA 3CJ7A 1L3UA 3ZX2A 4B9UA 3K5LA 4B1ZA 2IOCA 2P9IB 2UXDK 4M7YA 3HJFA 3QEIA 1T05A 3QLHA 4OKKA 1YVUA 3ALYA 1Q18A 3CJ9A 1V4TA 3TR8A 4GV9A 3KLIA 4FM1A 2VWJA 3MECA 2ETJA 2F7TA 2A41A 3C95A 1KSPA 4FSVA 2V51B 3J8AA 1NJXA 3AVGA 4OGEA 2XY5A 4AILC 3ULDA 1KFSA 2EWSA 4DTJA 3L6QA 1EP4A 4FJMA 5AQSA 4OO1J 4K25A 3MN7A 4A5AA 1HYVA 1WSIA 4W5TA 4DSEA 1XI1A 5AQJA 2CH5A 4JI0K 4H4OA 2DTUA 1RT3A 4CGJA 3HPOA 5LMUK 4BE1A 4CE9A 4FWPA 5KQ8A 3CPWM 3CHWA 1Y97A 1IV0A 1QQMA 4BRIA 1G99A 4BR0A 3A5MC 2Z1IA 2VWBA 1QSSA 1IO2A 4OPAA 1VRUA 4CJEA 4W5NA 4CBXA 1T44A 2HOEA 4NB4A 5AQMA 3UB5A 4DG1A 5AQLA 1TKXA 4FWKA 2B4JA 4KH6A 4EP4A 4Y1DA 3K2PA 1ZYQA 2RHKA 1UOCA 3F73A 5JMVA 1KTQA 5FLXO 3A5LC 2I7NA 3ZT3A 2VQFK 3H3NO 4FLVA 1XC9A 1BA0A 3CIPA 3EEQA 3LAMA 3F9MA 2UUAK 4LSLA 4UY8O 4NXMK 4B9NA 3QIOA 3S41A 4UQGA 3RRHA 4LSNA 2A40A 1RBSA 4BR7A 4DQIA 1S5JA 2KHOA 4J8FA 3OYCA 5C2DA 1XNQK 1NWKA 1TK5A 2P51A 3MWTA 1BO5O 3NBPA 4KHQA 4FJ8A 3Q7CA 3LDSA 2KW4A 2PFUA 1NJZA 5GAGP 1JLQA 5GIOA 4C23A 3TWHA 1QSLA 3WXIA 1ZBSA 4BRPA 1QHTA 1WBDA 3EKUA 3C65A 3CM5A 4PUOA 4B3MK 3AO3A 4KI4A 1S1UA 5AQOA 2E6MA 4CBWA 4W5RA 1NOZA 3NGIA 2A3ZA 3A8YA 1BDGA 4IG0A 3TAQA 4PKIA 4JNEA 3PV8A 2QWMA 4DU1A 3OYMA 4EZ9A 3CFRA 5MLCQ 3UKRB 2FSJA 1CXQA 5HBMA 4K8XA 1FJGK 3LP1A 4JN4A 3NFAA 3P4IA 3MX2A 2VG6A 3KVGA 2KLAA 4Z4HA 1GLEG 3MN9A 4BGAA 4QCLA 3LALA 4J2AA 4M7XA 1VHXA 4FVMA 4OLAA 5ADXA 1QTMA 3RWUA 5LY3A 4J2BA 3KLGA 4LFBK 1J54A 3I56N 3D2EB 3M1FA 5HRSA 4NCAA 2Z1GA 2Y1IA 3VGLA 4CJKA 3TTCA 4RWTA 3S3MA 4NXNK 4K42A 3VQPA 5BRFA 2HNYA 4BE0A 4NCGA 1Z25A 3MAQA 5BR8K 4KHPK 3A5NC 1T6CA 3QFUA 3PX4A 4PQUA 2YV0X 1FK9A 1YT3A 1XQSC 4ISFA 4JK7A 3OS1A 1RTHA 1HKCA 4H5WA 3KKRA 3L2QA 3HTVA 4JAXA 1TK8A 4Z4CA 3O9RA 3FGUA 1IBMK 4DR5K 4DR3K 2B5JA 3TTDA 3ZLJA 3CI5A 4CK3A 3CC2N 4E7JA 4BRNA 4EFHA 2UU9K 5JLFA 4WF9L 1HNWK 3ZCMA 5M1KA 1IJJA 4BE2A 4JS4A 2GTDA 3CJAA 1C0UA 5C2FA 3VEZA 1HNIA 3G71N 4CJWA 3EO3A 4FOIA 3M3ZA 4PHTX 3LDPA 1U2VA 2BDPA 2V7ZA 4B1YB 2YCHA 4IFYA 3T3FA 2E1YA 1X3MA 1ESVA 2KFNA 3Q7BA 4H0VB 3GE1A 4K41A 1GOBA 2O4GA 4CIFA 4JKFA 3KLEA 1Q86O 5AZIA 3NF6A 1ZXOA 1VQON 3VPZA 2BANA 5I9EB 1IBLK 3CQXA 4LF9K 4YDUA 3G10A 3DLRA 3U6FA 4E7HA 3RSEA 4BRFA 3H3OB 2P9UB 4DMNA 4CJPA 4YDUC 3WNFA 3DWLA 5M1NA 4DQQA 1YJWN 1RDWX 3OY9A 3DXKB 1HYSA 1WLJA 3W0LA 4W5QA 3PSFA 4CHOA 1REVA 4B1WB 1K8KB 3IMXA 4BRHA 2G8WA 2Z1HA 3QERA 5GAEP 3HK2A 4A2AA 3G0ZA 4DSJA 3KK7A 2CH6A 3RMDA 4IO8A 3M8PA 3CF5L 4MFBA 1NKBA 4HWIA 4RW6A 1Z05A 1C0TA 4CHPA 3CCSN 1S1XA 5HP1A 5AQZA 2G8UA 4GW6A 2ASPA 3OYLA 2F4VK 3HVTA 4GV3A 4I2PA 4BRDA 3PX0A 3E9OA 1TV6A 2HMIA 2RF2A 1L3TA 3SI6A 2NRHA 5KTQA 1SKSA 1WSEA 1DTTA 1A5VA 3CPEA 4K43A 4KHSA 3T1AA 3RVCA 4ISEA 4TSXA 4FJLA 3CJCA 3CC7N 4F3OA 1S9GA 4IOAL 2O8BB 4FWNA 3ZYYX 4DV4K 3BZKA 1BHLA 4FM0A 3T69A 5H1SQ 5KRTA 4G9ZA 2RN2A 1GOAA 3QB0A 3O1WA 5DK5A 4LC9B 4CZLA 3MEGA 4C8NA 1ZBUA 1KFDA 4IXCA 4AM6A 1KAXA 4DTRA 3VQ8A 2QXFA 5FDLA 3HSTB 2HBKA 1HJRA 3JYTA 2D0PA 2ZGYA 2UXCK 4W5OA 3NVMA 2XO7A 4C8OA 4DV3K 2JWLA 1BIUA 4XH4A 2Y1JA 4DS4A 3VESA 1VQNN 3HPGA 1WOQA 1T03A 1BUPA 4N5SA 3I8DA 3DLEA 4JKEA 5GAHP 2HBMA 3MMVA 2KQ2A 3SK3A 1ITGA 2CGLA 3M8SA 4Y0WA 3VEYA 4E0DA 1WSGA 1S1TA 5KRSA 4CJ3A 4FOEA 3VA3A 3AVNA 3L8BA 2E6LA 1H1VA 2D4WA 2KTQA 1ZC6A 3ZT1A 2W41A 3DAWA 1KRPA 3LL3A 4BC2A 4CJFA 2UYTA 2O8DB 3CFPA 5AQTA 5BPLA 1IG9A 4YOYA 1D8YA 4CZFA 4QS7A 4LFCK 1HKBA 5EOYA 1XUPO 3O3FA 2ZWHA 3VQBA 3WQTA 4CIGA 3K59A 4KHYA 3ZETB 5JICA 4BACA 2NRTA 3PUFA 4BRQA 4JI8K 2GWKA 3CMAN 2P9LA 4IFVA 5GADP 2Q97A 4FLWA 3E9PA 4IDHA 3VETA 3LAKA 3MEDA 4CW7B 3H1QA 3ZT0A 1JCGA 4FJIA 1HQUA 1J6ZA 4FZXC 5CE3A 3WXMB 1TKTA 3SV3A 2YNGA 1DGKN 1MU2A 1JXEA 1X9JA 2QXLA 4E7IA 4I6MB 1VQ7N 4OKEA 3OS2A 4FZYA 4ILHA 4JKGB 3VQCA 5HRPA 3L4QA 5FRNA 1MWMA 2BUPA 3KKSA 3QMLA 4FW1A 3R1XA 4AF1A 3GDQA 3BUZB 2IGIA 3SYZA 4B3OA 3DXMA 2LSNA 1L5UA 4I2QA 3MCPA 1EWQA 3C7NA 1ASWA 3LP0A 1ATNA 4DTOA 4ELVA 4IG3A 3V9ZA 3G25A 1VRTA 2P9NA 4GV6A 1RBRA 3PY8A 4B8AB 3LANA 2E2PA 4OPHA 5HLFA 2E88A 2KFZA 1MWKA 3MDQA 4JK8A 4IEIA 3TAGA 4FJGA 2P9PB 1XHZA 2FC0A 2GBZA 1KVAA 1KC8O 4EP5A 3VQAA 4CGHA 4KREA 4FVUA 3BF1A 3D7EO 2HB5A 3TARA 3VEXA 3ZSWA 1T3VA 4RW7A 3NF8A 1SAZA 1V4SA 3C0BA 4RW9A 5J2MA 3HPHA 3V9XA 1CLQA 2NLXA 3AGRA 4FJJA 4FJ9A 2ZM6K 3PO5A 4HUFA 4FWLA 5BRHA 3CC4N 4DHYA 3OYIA 3OYDA 4RG8A 2J4RA 3H1VX 4DR7K 3NGYA 3B6OA 2HHTA 3L0QA 3AVCA 3SJHA 1HMVA 1CZAN 4HUGA 4H0OA 3ZT2A 3FFIA 5AQGA 1GLCG 1TGOA 2G8HA 1WNSA 3O3GA 3QINA 3SQ0A 3CD6N 3IS9A 3I0SA 4O0JA 3DM2A 4JI7K 3FFKB 3ZX0A 1NBWA 2FBYA 4JI5K 4DSLA 2QA4N 2G8KA 4RW4A 4R5PA 5KPRA 3O8MA 1S72N 4JEPA 3TAFA 3LP3A 4GNIA 1W7AA 4H8KA 3BZCA 4WFNL 4DTPA 3VEOA 3MWPA 4BG8A 5JVGL 1IH7A 1EQYA 3L3UA 3THXA 1TUYA 4R79A 1TAQA 2O8EA 4O8KA 4O4GA 1BWFO 3NVKA 4JD2B 5AFUH 3CETA 3V6DA 3D2FB 4CHYA 2OTJN 2QWQA 1SL1A 3AVJA 5JS1A 3F9KA 2ZJQL 1SL0A 1MA9B 3PSIA 1NK9A 4DR6K 1KVBA 4PKGA 2R7YA 2NRWA 4DQPA 2BTFA 1XHXA 3LDNA 5I3UA 1BI4A 5C24A 3VQ9A 1VQLN 5BRDA 2A6AA 3ID8A 3TAEA 1VQKN 4IWVA 3M6GA 4JLHA 3VQ5A 3CCVN 2IDOA 3AV9A 3AA3A 4KRFA 5I42A 3DOKA 1TUUA 1VAZA 4JI6K 3JAMO 1OKJA 1GLLO 3EYZA 3AAQA 5E26A 4FWSA 5DM7L 4L8RB 1N8RO 1IBKK 3PIOL 1NU0A 1HUXA 1U45A 4FLUA 1KD1O 1Q9XA 5F0XA 2I5JA 4M63C 1N5YA 2ATQA 4DV1K 5KGWA 3UKUA 4FJKA 3LM9A 4MDAA 2CGJA 1NJWA 1EX4A 5JS2A 1VQ4N 3D0PA 4CI6A 4Z4GA 1TYQA 4B9SA 1LV5A 2P5OA 1ILYA 1SS6A 2E4LA 1WSJA 4AHUA 2QKBA 3SAHA 4A5BA 1X9MA 2WOMA 1NKCA 5TKWA 3SBGA 3NE6A 4KB1A 1CZBA 3K9KA 4ID1A 3WUHA 4HUEA 3TABA 3K5OA 4CGGA 1L3SA 3SLCA 3OYHA 3AAPA 4QS9A 3QICA 1IG8A 4DSKA 1M90O 5BPMA 4PKHA 4IKFA 5DM6L 3KK2A 5EXWA 4PY5A 3HXMA 5AQPA 3ENHA 3KIOA 1RFQA 4CEBA 3HM9A 1XC3A 3AVIA 4CF9A 3WEEB 4M3TA 2QK9A 1NG9A 5CYMA 4YOWA 3TI0A 3CYMA 3LWLA 3AO1A 3R9PA 3ULEA 4AH9A 3P38A 1J5EK 3ZEUA 3A0IX 1BCOA 2FSNA 4H0YB 1JLGA 1NLVA 3SJJA 3MEEA 3H08A 4LH4A 4LY7A 3VGMA 2P5GA 3KHYA 1IKXA 5AQYA 1JCFA 3CG7A 3QBXA 1HPMA 2Q1NA 4DV2K 1QVFM 2QWOA 3MX5A 2NRZA 4BC3A 2YJEA 1BG3A 2W6LA 1W0HA 2JWKA 1FKPA 3TANA 4JKBA 4DF8A 1E3MA 4JKAA 4E1JA 3CQ8A 1SL2A 4Z0UA 4CZMA 3VEWA 4CJLA 1LWEA 3QIPA 1JCEA 3OA9A 1S3XA 5M1QA 3NHGA 3BEXA 4H0XB 4JHDA 5HRRA 4C8MA 2ITMA 2VGNA 1XMQK 5CZ1A 3FR0A 4B9VA 3WXJA 3EL2A 1KQSM 1HRHA 4AM7A 1RTIA 4IFEA 1IKVA 4FL9A 4ZTJA 4H03B 1NM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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