1W2BM

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1w2bM00
1NJIO 5HL7L 3CF5L 5DM6L 1VQPN 3OW2M 4UY8O 1VQLN 2QEXN 1YJWN 3PIOL 4WFAL 1YIJN 1VQMN 4U67L 5DM7L 1QVGM 5GAEP 3J7ZO 3CCSN 1VQKN 1K73O 1YHQN 1Q86O 3CCVN 5H1SQ 5MLCQ 1VQNN 1M90O 4IO9L 3G71N 5JVGL 5JVHL 3CC2N 3CXCM 1KQSM 4WCEL 2OTLN 3CMAN 1Q7YO 1VQON 2ZJQL 4WFNL 1N8RO 3CCUN 1VQ6N 1VQ4N 1K8AO 1KC8O 3CC4N 3CPWM 5GAGP 2ZJRL 3DLLL 3CD6N 3I56N 3CCEN 1OVYA 3I55N 4IOCL 1YITN 3CCMN 1YI2N 4WFBL 3CCRN 1VQ5N 2QA4N 1VQ7N 4IOAL 1K9MO 3CC7N 1QVFM 3G4SN 3CCLN 5GAHP 2ZJPL 1YJNN 5GADP 3CMEN 1M1KO 1ILYA 1Q82O 4WF9L 1Q81O 1S72N 3PIPL 1YJ9N 3G6EN 3CCJN 1VQ8N 2OTJN 1W2BM 1VQ9N 1KD1O 1JJ2M 3CCQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC5A 1QSYA 3ZSWA 3HI0A 5HL7L 2HF4A 3C6TA 1R59O 3VQ8A 3HP6A 2QWQA 2XY6A 4O8UA 5AQYA 4OKJA 3LM2A 1YTAA 1QHAA 1S1UA 3BZCA 2Q0RA 2CGLA 4YOUA 3EE9A 5CY4A 2WUSA 4MQ3A 1KAZA 2OPRA 5FPNA 4FK2A 5HBMA 1TGOA 3CFOA 1D9DA 3W0LA 4KH6A 1QTMA 3NF9A 3WQUA 3RTVA 1YHQN 3DM2A 1J9AA 3HVRA 5AQHA 1UOCA 1W0HA 2HVIA 3AVJA 1V4TA 2O8EA 1LWEA 2FBVA 3U9DA 2HW3A 3TTCA 3JS6A 4JI4K 4CGGA 1VSHA 4BROA 4IWVA 3S3MA 4OKKA 3MN6A 4PKIA 4H8KA 4JEPA 3SJHA 1S6QA 4IZ9A 4IEIA 4W5QA 1KC8O 2DTUA 1BCOA 4CZEA 3AVMA 4CJ7A 3RMCA 3TSQA 4DFMA 1D8YA 1OVYA 4FWMA 3OYEA 3IG1A 4LSNA 1TKXA 4KI4A 4PKHA 1XC3A 4BGBA 4IG3A 1E4FT 5GIPA 3QEXA 1OH6A 1NU0A 4M7XA 2ZGYA 1BQNA 3ID6A 2FXUA 1QQMA 4B8CA 2A6AA 1SKWA 3K9JA 4YFUA 3MEGA 3VQ9A 1ASWA 1WSFA 3TAEA 5KGWA 1XC9A 5KPZA 1YAGA 5I9EB 4BVPA 1ATNA 1J53A 1WBDA 3SUPA 4BRAA 1TKZA 3RSEA 1G15A 1WSIA 3QO9A 5EVZA 4FJ9A 2F9WA 4PY5A 4AHUA 3L6QA 1YTUA 1FKPA 1RBTA 5AZIA 3EN9A 1JXBA 4Y1DA 1IBMK 4XH5A 2PFUA 4NXMK 5BR8K 4K8ZA 4OGCA 3AO1A 4DTPA 3VOVA 1HKCA 4CJ4A 4BRQA 4BC2A 1NBWA 1MA9B 4CHPA 2Y1JA 1JL2A 3MN9A 4ISGA 3DLBA 3HP9A 1WOQA 3ULEB 4JHDA 2YCHA 1X9SA 5ADXH 1RT2A 5DK5A 2OTLN 5AFUH 2XY7A 5HRSA 1NGEA 2VWJA 1NKCA 3MCAB 1N5YA 2D5RA 4GW6A 4L8RB 3QFPA 3CC4N 4KAZA 1C0UA 4AHRA 2CGJA 4H0OA 2RKIA 3QNNA 2HNZA 3QEIA 1T6DA 3I55N 4I6MA 4IFEA 1NNEA 3QERA 4JKEA 1GLJO 2YV0X 1GOAA 4FWLA 3J7YP 4C8LA 3MMVA 1BA1A 4IOAL 4Q5VA 4HTUA 1RFQA 3K9KA 3NVKA 1QVFM 4NLCA 3MXIA 3ZETB 2BGGA 4R5PA 4F8RA 4CZLA 2ZJPL 5AQLA 3MEEA 4O5BA 1JKHA 2RPIA 2UUAK 3DAWA 1S1WA 5LMNK 3SQ4A 2LSNA 4JKGB 2VG5A 4CBWA 3HPGA 2DFHA 2IC3A 2KKZA 3AO3A 3GL1A 4OJRA 3L2QA 1VQ8N 4DFJA 3DLGA 3KK3A 4HCBA 4PA1A 3DOKA 3B8AX 1T6CA 1ZBUA 3LANA 4L3QA 3P39A 4LF6K 3HOTA 3OYNA 3ZYYX 1RT4A 1YXQA 3CJ1A 1I3AA 3ZSRA 1Q8IA 4AHTA 4FM0A 4KI6A 4B9QA 2IVOA 4FYDA 4IJAA 4O55A 1U47A 5BPMA 3VEVA 3T3FA 3HSCA 1IO2A 3KJVA 2FSJA 5LL6Z 4PKGA 3J80O 2HNDA 4KHYA 1UA1A 2E2OA 1QZ6A 4DQSA 2HHSA 3V9WA 5HRNA 3TI0A 2ITMA 1LWFA 4CFBA 4BDZA 2HHTA 3V1OA 2O8DA 2OPSA 4F3TA 4PWDA 2YNIA 4BE2A 5TKYA 2PYLA 1OH8A 4MDBA 1KXPA 4KHUA 2XY5A 1N8RO 3DRRA 1HLUA 1WNSA 5AQWA 2HBJA 1HYSA 5AQIA 4DV1K 3NMUA 1HUXA 1DGKN 4ISFA 4CJLA 1RILA 1OKJA 2YNGA 3CD6N 4CJQA 3HXMA 1IBKK 3CCEN 2QKKA 4IOCL 3T1HK 1E3MA 3VEOA 2Q36A 3CCMN 3V9ZA 1ZBFA 5FPDA 4WFBL 4NXNK 1NGCA 3V81A 3OYLA 4CHOA 3LDSA 1B9FA 4NYFA 1NOYA 3D2FB 2P9NA 4A2BA 3CCLN 4A5BA 1NMDA 4OLBA 3RMDA 1LW2A 3E01A 2CH6A 3MN7A 1Q9XA 2HHQA 3WNHA 2NRVA 3C6HA 1ATSA 2P1JA 1D4XA 1N34K 4FJHA 2NLXA 3MECA 2E6MA 3ZEUA 3SAGA 4OPKA 4FZYA 5HOOA 1SKSA 3C6AA 5LY3A 1NGIA 4CD1A 4OO1J 1KFDA 1BIUA 3L2VA 5BPNA 5DM6L 4WQ5C 2G8FA 2E1ZA 4IG0A 4B9NA 4EHTA 4FJMA 1W97L 2P9PA 3VQPA 4IOXA 4FWNA 1NGBA 2HHHK 1QZ5A 3V9XA 4DWIA 3ENHA 2OZMA 2FF3B 3J7ZO 1J5EK 2IVNA 2VQFK 3P5JA 4MLEA 1I94K 3D7EO 4LD0A 1TK8A 4CD3A 3KKRA 2ZF5O 3LL3A 3R8EA 4CIEA 1Y97A 2XY8A 4LFBK 4LH5A 3QESA 3DLHA 3OTOK 2KZZA 2Q1NA 3THYA 2IDOA 3H1QA 4CHQA 1VQ4N 2YNHA 2YHYA 1JLBA 1EP4A 1GLCG 1EWQA 1JLAA 4GMJB 3SLCA 2P9IB 3ZT4A 3SV4A 1S3XA 3HTVA 4CF9A 3V9SA 4H0VB 1CZ9A 5C2DA 1VQ5N 2QA4N 5KRSA 1HJOA 2B6AA 4CK2A 1QSLA 4RCHA 5AQUA 3AGRA 3M8SA 4DV5K 3AVLA 3D2EA 1WSEA 1TKTA 1GLLO 3NDKA 3SBGA 4XH1A 5BRHA 1L3SA 1HR0K 2HMPA 3CCJN 2ZQBA 2OTJN 4FJ8A 1XMQK 1S22A 3PLAA 1TL1A 4X64K 3CCQN 3EYZA 2YJEA 3TABA 5KPRA 1VQPN 2DPNA 1T03A 2HBKA 3DXMB 3BEXA 2QEXN 4JAXA 5FPEA 1IG9A 1K8KA 3WXKA 3QLHA 3ZT3A 4FJNA 4GNIA 1YIJN 3EKUA 2QWRA 3FZMA 4H5RA 4C8KA 3K5LA 3VEWA 1VQMN 4DG1A 2ASOA 3TWHA 4FWOA 1RGIA 4LF9K 4O8KA 1QQCA 1VK0A 3CJAA 1X9JA 3AAQA 4BVOA 1RT6A 1VRUA 3ALYA 3RVCA 4DR3K 2P9KA 2QK9A 2QWPA 4C1NK 1SL0A 1S1XA 3CC2N 2FF6A 4JKAA 5TKWA 4JI5K 3LDOA 3WNGA 4B1WB 4WCEL 2H3GX 2A41A 5J2QA 3EZWA 4XH4A 2OANA 3K58A 1WSGA 2PZSA 2A3ZA 1OVQA 3SQ2A 2A5XA 4FOEA 3VQCA 4JK9A 3THWA 2GUIA 4CZJA 3E9LA 3GE1A 1BISA 3B6OA 1S9EA 2OPPA 1YI2N 3T69A 4DLEA 3DXKA 4DKWA 4FO0A 1RNHA 4AILC 3ZEUB 3BDPA 3A5MC 4F9OA 1HNZK 3D45A 5I42A 1NKBA 4HVJA 3SK3A 4JI2K 5J2NA 1YVUA 3QEWA 4KFBA 3L8BA 2GX9A 4K25A 5CZ1A 3NF8A 3L4IA 4H0TB 3P38A 1WSJA 4E89A 2X6SA 4H5TA 1C0MA 5M1OA 3CFRA 2A42A 3GDQA 3VQ5A 3U3YA 2BE2A 3ZLJA 3R9PA 3HO1A 3QFUA 2G8KA 4LFAK 3AO5A 4DQQA 4JRQA 4IDHA 5J1EA 2QTDA 3TTDA 4E19A 4JK8A 3MAQA 1YJWN 3MX5A 2Y1IA 4F2SA 3QB0A 2QWMA 4CBXA 4DU1A 4DU3A 1IKWA 2FSKA 4B9LA 1HQEA 3CM5A 3ASMA 4G9ZA 4X62K 4CK1A 3M8QA 3DRSA 2HBMA 2Q2RA 1HX1A 3CCSN 1RDAA 3H6EA 2Q0UA 1KLNA 1ZXOA 4ISEA 4CEDA 1W7AA 1GLAG 1M90O 1C1BA 5AQVA 3LAKA 4J2EA 4A57A 4BR7A 4DCHA 3VQ4A 5KPTA 3LWLA 3DLRA 4O5FA 3MCPA 5CE3A 3THXA 4FJJA 4CEOA 3ISNC 1O1WA 2D0BA 3CQYA 3CPEA 3ENBA 3MK6A 2GEMA 3OYDA 2FBXA 5FRNA 1UWBA 1MDUB 1G99A 4M3TA 1BCMA 1K8AO 4FPAA 3CPWM 1TAQA 3SPZA 2BTFA 1KLMA 3KLGA 3AA3A 4CJSA 5BRFA 2P9UA 5SWMA 5ADXA 3HM9A 4CFAA 2J4RA 2HNYA 3KIOA 1YITN 5AFUA 3F9MA 1NJWA 4J2BA 3Q7CA 1YF5L 1JCEA 4DTXA 3UB5A 3QEPA 5BREA 2NZTA 4JYAK 1CXUA 1GLFO 1GOBA 2O8CB 4BC3A 4CESA 3M8PA 5C0YA 3H46O 3VQAA 1Q82O 4C8MA 4U7BA 2O8FA 3NFAA 4WQ4A 5M1NA 1RTJA 3LPTA 1KFSA 4B9MA 4CJ3A 2RE2A 1S6PA 4O0JA 4IKFA 4DUYK 5GINA 1DLOA 1C0GA 4IFVA 3AVGA 4WQ5A 2VGNA 2HHWA 2YNFA 3DLEA 3H08A 2GTDA 3L0QA 3SQ1A 5KGXA 4JKCA 4B3SK 1RDBA 3PX6A 4Y0WA 3TANA 1N32K 3AGKA 3KLHA 4FLUA 3PO5A 1U2VA 1SV5A 4X66K 1C6VA 5KI6A 3RMAA 4CJPA 3C0BA 4BRKA 4EHUA 4FLXA 3KZBA 5BRDA 3RMBA 3LM9A 3C7NB 3NGIA 1EWRA 4BR2A 3VQQA 2CH5A 1HNVA 3KK1A 3THWB 1T3VA 4DQ8A 1Y64A 5FRMA 3NE6A 4M3XA 4DSLA 2YHXA 3D0PA 2QW9A 1HKGA 4B9TA 5FDLA 4DR1K 5HRPA 2E8AA 2A1RA 3BZKA 3O9SA 3CM6A 3VGKA 5SZTA 2E1YA 4K0KK 3DJCA 5BR9A 4DTOA 3IDHA 1ZBSA 4DMNA 1LWCA 4KPYA 1BWFO 3DI6A 3FZLA 5ELZA 1WUAA 1RBVA 3T1YK 2CGKA 4FWRA 1VSKA 2NNWA 3J81O 4E7IA 4BRPA 3A5OC 3WQTA 1RBSA 3ZX3A 3QINA 2YJFA 3SMSA 3CCRN 4GVEA 5KTQA 3C6UA 2E2PA 3RWUA 3IUCA 2EX3A 2VG7A 4LF4K 4BR0A 4KB0A 2WTUA 2NRXA 1P90A 1BQMA 3KWIA 4C8NA 2HF3A 3LDNA 2PY5A 4BQZA 2HHUA 1BOTO 3CI5A 5J2PA 3K2PA 4DSEA 3IS9A 2YI1A 2GV9A 3EEQA 1B92A 4RTFD 5F0XA 3AVBA 1VSFA 4E0DA 5M1PA 4BE0A 3H3NO 5FROA 3UKRA 3O1WA 1ATRA 4DTSA 5HP1A 4JRPA 3G0ZA 4UY8O 3V1RA 4ELUA 4H0YB 3PIOL 4WFAL 4BE1A 2X78A 2F8TA 4E7KA 1SZ2A 3E66A 3DOLA 4PL8A 1X3NA 3P31A 4YNQA 3P83D 3VQ6A 1BUPA 3NHGA 2ASPA 3OY9A 1YUWA 1NK7A 1W9HA 3K0SA 3PX0A 2D1KA 1ASVA 3PY8A 1MU2A 3VN5A 1QQNA 2IS3A 3OYGA 1VSDA 2O8EB 2P9UB 4JN4A 4CW7B 3SYZA 3C65A 3V1QA 4KREA 1KQSM 1HNXK 3LAMA 4QAGA 4C23A 2JWKA 3H3OB 4JKDA 1Q7YO 1J5OA 4M45A 4FLYA 1NJXA 1P8ZA 2GELA 4JI6K 5J2MA 3F5TA 2HB5A 2JLEA 4M3YA 1VHXA 1TAUA 4E1MA 2YHWA 3KLIA 3QICA 1TVRA 5EX5A 4AM6A 4LY7A 3O4WA 4DS4A 4N5SA 3C94A 3ZT2A 3K5OA 4CJRA 2E20A 5C10A 5M1KA 5HRRA 2O8FB 4FW2A 1JXEA 1NJYA 1NGFA 4YDUA 4CE9A 2BH1A 4H4OA 4XIUA 2I5JA 3N4PA 5JS1A 2Q97A 5AQGA 3OVNA 4CERA 3CYMA 4ELVA 4CJTA 4CJWA 1HYZA 1K9MO 3EL2A 3VETA 3JAMO 4YOYA 3L4QA 2FBTA 1EXQA 4KH4A 4RW8A 1T44A 3HM8A 5AQXA 4CZHA 4HWIA 1LAWA 4A61A 2YHBA 3WUHA 3HSTB 3O08A 4CF0A 2P9SA 4DTUA 1U2VB 3SZ2A 5C25A 3RRGA 4CGIA 3O3FA 4I2PA 1KD1O 4BACA 4TSXA 2UUCK 4ELTA 2X6NA 3RSEB 5KQ8A 3KTQA 4WYBA 4ILHA 3CF5L 3QIOA 4BRFA 3QBXA 1VQLN 3MXJA 4GKKK 2QWNA 1XQSC 4IDKA 5E84A 3ITHA 5AZIB 3OYFA 3O80A 4PQUA 4AF1A 4QS7A 3P4IA 4Z4EA 1JCFA 2WOMA 3RR8A 4H0PA 4OPHA 1LV5A 4EFHA 5LJWA 3WEEA 3ZSZA 4CHYA 5HLFA 1Z05A 4FM1A 1BL3A 3WXJA 4B9VA 2XHBA 4OGEA 3ATVA 3I0SA 2AP1A 3PV8A 1YVNA 1QE1A 3ATUA 3J8AA 5JLFA 3A5NC 1YT3A 4BG9A 4DQIA 4M7YA 5AZJA 1NOZA 3NCIA 3QDKA 1JLQA 3FFIA 3VQBA 4Z4IA 3E9PA 2WC9A 2Q31A 4JHDB 1ZC6A 1RTDA 4Z4CA 5K14A 1FJGK 3HBTA 3AVHA 1L5UA 3CQXA 4UQGA 1VQON 2KLAA 1ZBHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NJI O;  5HL7 L;  3CF5 L;  5DM6 L;  1VQP N;  3OW2 M;  4UY8 O;  1VQL N;  2QEX N;  1YJW N;  3PIO L;  4WFA L;  1YIJ N;  1VQM N;  4U67 L;  5DM7 L;  1QVG M;  5GAE P;  3J7Z O;  3CCS N;  1VQK N;  1K73 O;  1YHQ N;  1Q86 O;  3CCV N;  5H1S Q;  5MLC Q;  1VQN N;  1M90 O;  4IO9 L;  3G71 N;  5JVG L;  5JVH L;  3CC2 N;  3CXC M;  1KQS M;  4WCE L;  2OTL N;  3CMA N;  1Q7Y O;  1VQO N;  2ZJQ L;  4WFN L;  1N8R O;  3CCU N;  1VQ6 N;  1VQ4 N;  1K8A O;  1KC8 O;  3CC4 N;  3CPW M;  5GAG P;  2ZJR L;  3DLL L;  3CD6 N;  3I56 N;  3CCE N;  1OVY A;  3I55 N;  4IOC L;  1YIT N;  3CCM N;  1YI2 N;  4WFB L;  3CCR N;  1VQ5 N;  2QA4 N;  1VQ7 N;  4IOA L;  1K9M O;  3CC7 N;  1QVF M;  3G4S N;  3CCL N;  5GAH P;  2ZJP L;  1YJN N;  5GAD P;  3CME N;  1M1K O;  1ILY A;  1Q82 O;  4WF9 L;  1Q81 O;  1S72 N;  3PIP L;  1YJ9 N;  3G6E N;  3CCJ N;  1VQ8 N;  2OTJ N;  1W2B M;  1VQ9 N;  1KD1 O;  1JJ2 M;  3CCQ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BC5 A;  1QSY A;  3ZSW A;  3HI0 A;  5HL7 L;  2HF4 A;  3C6T A;  1R59 O;  3VQ8 A;  3HP6 A;  2QWQ A;  2XY6 A;  4O8U A;  5AQY A;  4OKJ A;  3LM2 A;  1YTA A;  1QHA A;  1S1U A;  3BZC A;  2Q0R A;  2CGL A;  4YOU A;  3EE9 A;  5CY4 A;  2WUS A;  4MQ3 A;  1KAZ A;  2OPR A;  5FPN A;  4FK2 A;  5HBM A;  1TGO A;  3CFO A;  1D9D A;  3W0L A;  4KH6 A;  1QTM A;  3NF9 A;  3WQU A;  3RTV A;  1YHQ N;  3DM2 A;  1J9A A;  3HVR A;  5AQH A;  1UOC A;  1W0H A;  2HVI A;  3AVJ A;  1V4T A;  2O8E A;  1LWE A;  2FBV A;  3U9D A;  2HW3 A;  3TTC A;  3JS6 A;  4JI4 K;  4CGG A;  1VSH A;  4BRO A;  4IWV A;  3S3M A;  4OKK A;  3MN6 A;  4PKI A;  4H8K A;  4JEP A;  3SJH A;  1S6Q A;  4IZ9 A;  4IEI A;  4W5Q A;  1KC8 O;  2DTU A;  1BCO A;  4CZE A;  3AVM A;  4CJ7 A;  3RMC A;  3TSQ A;  4DFM A;  1D8Y A;  1OVY A;  4FWM A;  3OYE A;  3IG1 A;  4LSN A;  1TKX A;  4KI4 A;  4PKH A;  1XC3 A;  4BGB A;  4IG3 A;  1E4F T;  5GIP A;  3QEX A;  1OH6 A;  1NU0 A;  4M7X A;  2ZGY A;  1BQN A;  3ID6 A;  2FXU A;  1QQM A;  4B8C A;  2A6A A;  1SKW A;  3K9J A;  4YFU A;  3MEG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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