1W2BM

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1w2bM00
1Q86O 2ZJPL 5GAEP 1YJNN 5H1SQ 1VQ8N 1K9MO 3CCQN 4WFNL 1ILYA 1VQ5N 1OVYA 5GAHP 2QA4N 3CMAN 5DM7L 3CCRN 1JJ2M 1KQSM 1NJIO 3CC2N 1VQMN 1Q7YO 2QEXN 1YI2N 3CC7N 1VQ6N 4WCEL 2OTJN 3CCJN 3CCEN 3I56N 1VQPN 1N8RO 3G4SN 1M1KO 5HL7L 1VQLN 3I55N 3CPWM 1VQ4N 1VQKN 1QVFM 1S72N 1VQ7N 5GAGP 5MLCQ 1W2BM 3CCMN 1VQON 1K8AO 1M90O 1K73O 5DM6L 1VQ9N 1KD1O 4U67L 3J7ZO 3PIOL 3CC4N 3OW2M 1KC8O 4IOAL 1YIJN 2ZJRL 3CCSN 3PIPL 4IOCL 1Q81O 1YITN 1Q82O 4WFBL 3CCLN 3CF5L 1VQNN 4UY8O 4WFAL 3G6EN 3DLLL 2ZJQL 1YJWN 4IO9L 2OTLN 3CCVN 3CD6N 5GADP 1QVGM 5JVHL 3CXCM 4WF9L 3CMEN 5JVGL 1YHQN 1YJ9N 3CCUN 3G71N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKBA 4IEEA 1RT2A 1K8KB 1OVQA 5KGXA 5LJVA 3OA9A 3U3GA 2P9SB 4JN4A 4OKJA 1WSJA 4Z4FA 1OVYA 4AHTA 3SQ1A 1RT4A 4FZYA 3TANA 4DQIA 2O8FB 2ZF5O 3VGLA 3DLBA 3MXIA 1GOBA 3WNGA 5FRMA 4E1NA 1EO1A 4DV2K 3KLHA 2VGMA 4UQGA 1X9JA 2ASMA 3ZSYA 2HHSA 1KVAA 3CC2N 1RT1A 2E2QA 3GL1A 1JLGA 1Q7YO 3ZT0A 3EY1A 1XC3A 3AVIA 3AVMA 2FBYA 3EE8A 3OYAA 4DSIA 2O8DB 4Q5VA 5KPTA 2HB5A 1HKCA 4ELTA 5AQMA 3K59A 1NK7A 1LWEA 2GBZA 4EFHA 1IKXA 3IKMA 4CZJA 1S72N 1BDGA 3VQ9A 4BE2A 2E1ZA 4M7XA 3VQCA 4JRQA 3QEWA 2HNZA 1JXBA 2BANA 1VQON 1L5UA 1K73O 3AO5A 4U67L 4I6MB 4BRLA 4FPAA 4BRDA 1SKSA 4W5NA 2DFHA 2V52B 3HK2A 3HSCA 3LP1A 2RF2A 3L2RA 1X9WA 5BN9A 4FWMA 4AM7A 5LY3A 2NZTA 1IKYA 4KTQA 4XIUA 3UKUA 2O4IA 4CHPA 4H5TA 4C8MA 5HROA 2QWPA 3I8BA 2XY6A 4J2AA 3RR8A 2UUCK 2PBDA 1C6VA 1RBVA 3AA3A 2HBJA 5AR0A 2PYJA 4LF4K 4K41A 3K2PA 2IIRA 4QS7A 5C0YA 3DMJA 5ADXH 2WTUA 2YX6A 4AILC 3IFRA 5AQPA 3P31A 3CD6N 2ASOA 3CXCM 1VSJA 1OH6A 2IS3A 1EKEA 3H1VX 4LH4A 3PSFA 4HWIA 3DWLA 3ZSOA 4IOXA 1SZ2A 3SPZA 2KFZA 3A5OC 5HOOA 4H0XB 3BF1A 3HVTA 4CFAA 3E1YA 3K0SA 4CIFA 1RTHA 2QXLA 3ZSRA 5SZTA 2VQEK 1ZXOA 5LMNK 2HVHA 1FKOA 2O8BA 4KO0A 3OJSA 4H0PA 3TTFA 3T3FA 1XMOK 1E4GT 5AQRA 4YOVA 1DEJA 4Z4GA 3M1FA 2X6NA 4M3YA 3ZEUA 1S5JA 1WN7A 4GNIA 3GDQA 1SQKA 4XEIA 3SZ2A 4FJNA 1DGKN 3AY9A 1RT7A 4CD3A 2PFUA 3M6GA 3FE1A 1IBLK 2QI2A 4GV9A 2YI1A 2YNGA 3LP2A 1Y64A 3AGKA 4FVMA 3QNOA 4GVMA 3D2FB 4Z4HA 4XH4A 4E7IA 1N8RO 1RT3A 4JK8A 1HNXK 4BRKA 4NYNA 5HBMA 4O4GA 3QFUA 1BCOA 4BRHA 3KWIA 3ZSQA 1T7PA 4BRMA 4HTUA 1U2VB 5C42A 4I7FA 5EY4A 2QW9A 5AQHA 1I94K 2UXBK 4GMJB 4BRNA 3GG4A 1RDUA 4B08A 3THVA 5CZ1A 4BRPA 3ISNC 3P1GA 4FOIA 3UKRA 3T69A 3OW2M 4JI7K 4B8AB 3THYA 1F21A 4BGBA 1X3MA 3W0LA 1JLEA 4CEEA 3AO3A 4DB3A 3F73A 4NLBA 1SKRA 4HCBA 2G8FA 1YITN 4C8KA 2OZMA 5KPZA 2OPPA 3VGKA 1NOZA 4W5RA 1RBSA 3K5OA 4UY8O 4CBXA 3OS1A 1JCGA 1TUUA 3CM6A 2PAVA 3OYMA 4B3SK 4CEFA 1QQCA 1D5AA 3I33A 1RDAA 4B9UA 1V4SA 4K25A 2ASPA 4CGGA 4YY3K 4EZ6A 4IG3A 4BY9C 4YHHK 4CZHA 2XY7A 1YJ9N 3T19A 1XQSC 1KLNA 1VSHA 5C2DA 3K5LA 4H5WA 4CK2A 4H4MA 5AQWA 2GELA 3K9JA 4JYAK 5J2NA 4FJ5A 2NRWA 4H5NA 1KLMA 4H0YB 5EXWA 5F1XA 4F2RA 4WFNL 4O8KA 1SKWA 5BPNA 3TSQA 4FK2A 1TK8A 1TV6A 3KD5E 1NWKA 1S1WA 4E7HA 2EHGA 1CZBA 1YAGA 3A2FA 1GLDG 2CGJA 1HMVA 4CF0A 4KV8A 4M3UA 1VSDA 3CFPA 3AVHA 4FWPA 3AA2A 3ZETB 4RWTA 5FLXO 4YOXA 1G15A 3CCEN 1Q8IA 3SPYA 2YJEA 5JS2A 1NMDA 3EZWA 3OYFA 4BDYA 1Z25A 3U4LA 4PL8A 4N41A 3L4QA 1WSIA 1BI4B 4X64K 3CIPA 4BVPA 3O1WA 1JLAA 4RCHA 4FZXC 1NJZA 3VEVA 3OYNA 4MFBA 3P4IA 1TVRA 4OO1J 3AVGA 1KCFA 2Q31A 3AVBA 1Z05A 4CHZA 3SCXA 5M1KA 4M3WA 2G8UA 1ATRA 1C1AA 2D5RA 3L3VA 4DHYA 3CQXA 5BN8A 1VSIA 1NBWA 2V51B 3PSIA 2OZSA 2O8BB 5IWAK 5KQ8A 2XHBA 2AP1A 2ZJQL 4X66K 3JYTA 4FW1A 4ILGB 4DR6K 2P1JA 3H46O 3B6OA 1ZBIA 3L0QA 3FZKA 2GWJA 4CE9A 1XWLA 4BROA 1HNIA 3ZEUB 3R1XA 3MWPA 4O55A 3H6EA 5CYMA 3CMEN 4CZMA 4WQ5C 3OYGA 2OPSA 3S9HA 4DR7K 2CGLA 3NCIA 4LF7K 3DOLA 3BUZB 3G71N 4CGJA 3SBTA 4FZZA 4DTNA 1UAXA 3PO5A 1NKBA 1RDWX 2KHOA 3KLIA 3AARA 4FOEA 3NF7A 1XI1A 3ENHA 1OKJA 4ILHA 2E20A 3LDLA 2BE2A 2YKNA 1YVUA 4C1NK 4B9QA 5GAHP 4M7YA 4K43A 2PYLA 4KH5A 1LOTB 1D9FA 4JV5K 3UIQA 3E9LA 4C8OA 4KRFA 4CEQA 1WAJA 2Z1GA 4FJKA 5DMRA 4CEAA 2HMIA 1HQUA 3TABA 4OLBA 2HNYA 1HX1A 1ZBSA 3UKRB 3RMAA 3SK3A 3AVAA 2ZM6K 3O9QA 3OYHA 3WQTA 3CCJN 2OTJN 4B3TK 3TAGA 3AVLA 1L3VA 3PUFA 2DY4A 5EU7A 4LC9B 1SL0A 3VF6A 4AHCA 2P9IA 3Q7BA 4BG8A 4FK4A 3K58A 3AVNA 2GTDA 4ILJA 5BPLA 3OHRA 3V4IA 5J1EA 2JLEA 4DLEA 5E84A 2ATQA 5MLCQ 3V9ZA 4N76A 3O9SA 3OS2A 1SS6A 3C6AA 5AQIA 5AQGA 4FSVA 3M8SA 3PIOL 4KH6A 1BIUA 4KI6A 4NXMK 1YIJN 3A5NC 1NGAA 5B8HA 5AZJA 4DFMA 1JXEA 5KRTA 3CJCA 1BISA 4KHYA 4BC5A 1S9GA 5BPMA 3I8DA 3I0SA 1C1BA 5D3GA 4FO0A 1TKZA 5FPEA 1XMQK 1D9DA 4M63C 1EWQA 4JAXA 4U7BA 3MX5A 1EP4A 3DAWA 4N47A 4JHDB 3IS9A 1BA1A 5HRRA 4DSLA 1IJJA 1B9FA 4FW2A 3LPTA 1BCMA 3BZCA 2W41A 5C24A 1Y97A 1RDBA 4B9MA 4FJJA 4CJLA 1ZBHA 1CXUA 5EOYA 1NOYA 3DYAA 3QEVA 1TKTA 4CJVA 4DTRA 2A3ZA 3VQEA 4JKFA 4BRAA 3PX4A 4AM6A 1TK5A 3WUHA 3O3HA 5FPMA 2XRIA 1K6YA 2KW4A 3DM2A 1WB9A 3L2WA 2QA4N 1NGGA 2QWQA 3F9MA 1KTQA 4JI5K 3SNNA 3CJ9A 4MDBA 2GX9A 3I0RA 3CI5A 4CJKA 1EQYA 4CJEA 1JLCA 4CESA 1VSEA 1XHZA 3CJBA 4AQYK 3KK2A 1NGJA 3FFIA 4I9LA 3J80O 3I56N 3MEEA 3NH1A 1NKEA 4DV3K 2E4LA 2E88A 3HZ6A 3OYCA 1QSSA 4OPKA 1VQLN 3BZKA 1BG3A 3AVKA 4FK0A 1C1CA 3V6DA 1QVFM 1Z6RA 2EX3A 4WQ4A 1B9DA 2A42A 2YCHA 3MN9A 1HYSA 4HTLA 1HKGA 2IOCA 1KC8O 1IBMK 2HHXA 4FJLA 3DXMB 3M8QA 3ID8A 5HRSA 4CIEA 2FSJA 3OBWA 4CJ3A 3R9PA 4BR2A 2PY5A 3LL3A 3DOKA 4MQ3A 3O5BA 1ITGA 1HJRA 1Q9YA 1X9SA 3TR8A 3W3DA 1BOTO 4DFKA 1QSYA 2YJFA 4KREA 4CK3A 5CE3A 3V9WA 4ISFA 2P5GA 1JLQA 1VK0A 3FZHA 4H5VA 3CHWA 3M8PA 2D0AA 3CCVN 4JI3K 3VQAA 1D4XA 4FWQA 3KZBA 3H45C 4YDUC 4MLHA 1VSLA 4B3OA 1RILA 1CZ9A 2A6AA 1A5WA 3S3OA 2A1SA 1Q18A 3ENOA 3L2VA 2YHWA 2GV9A 1QQOA 2ZJPL 3LAKA 4IFEA 3JS6A 3EKUA 4Y0WA 4J2EA 4DFJA 1K9MO 4IFYA 2P9IB 2UUAK 4FWKA 2HVIA 2VWKA 3ULEB 2NRRA 3TAEA 4ID5A 4YOYA 1NNEA 1YTUA 1XUPO 4C8NA 3CPEA 3U8XA 4EHUA 3AO2A 2B5JA 3KIOA 1KQSM 2HMPA 1HQEA 4PA1A 4LF5K 1RBRA 4ICLA 1GLLO 2ETJA 3QBWA 2QEXN 3VMFB 1S9EA 3BP8A 1YXQA 3T1HK 1NJXA 2F96A 2HHHK 1ASVA 4DMNA 2I7NA 4CZKA 5AZJB 3ZSVA 4IJAA 4B8CA 2XO7A 2P9PA 2XY5A 3WXLA 2EWSA 3V9SA 5AQSA 3ASMA 3NVMA 3U9DA 1NK9A 1JL1A 1NGEA 4MO4A 3HL8A 4EZ9A 4E7LA 4BREA 4KTWA 1M90O 1RTJA 4DTMA 3WXIA 3OYIA 3ITHA 2O8CB 3HYFA 3ZSXA 4CJRA 3MEDA 4PKIA 1J9AA 1BGXT 4OPJA 3C7NA 3J81O 4IO8A 4OGEA 4DSFA 2OYQA 2IC3A 5LL6Z 4BRCA 4KHSA 3M3ZA 1TAQA 4LFCK 1WSHA 3NGIA 1RTIA 4JKDA 3SI6A 3J7AP 1YT3A 4FJ7A 2YV0X 4L3QA 1QS4A 4A5AA 3SYZA 1RBUA 3MCAB 3WXKA 2BGGA 3ZETA 4JI8K 2D4WA 2GUPA 4Z4CA 2XY8A 3PV8A 4B1YB 1TK0A 1IO2A 2P9NB 3V9XA 5J2PA 4AHSA 3KLFA 1O13A 2YNFA 1RGIA 2E2PA 1BI4A 2Q0RA 4CFCA 2NRXA 4FLXA 3BGRA 3U3YA 3O08A 3KD1E 5H1SQ 3H1QA 4O5FA 3TWHA 4DR4K 2F9WA 4DG1A 2GEMA 3C0BA 4FJMA 1EXQA 4DTSA 4BC2A 2D0BA 4LFBK 3ZLJA 4EIAA 3D7EO 4MO5A 3JXUA 1KAXA 3CCRN 1KAZA 3MN7A 4O0IA 2HSTA 5C15A 4DLGA 4RW7A 1UA0A 3VENA 3DLGA 1T44A 1E3MA 3MEGA 2Q97A 2B6AA 1YF5L 3AVFA 2IVPA 5CZ2A 4CZEA 3TAPA 4CCHA 4DWIA 1LAVA 1J5EK 3NFAA 1NK5A 4OGCA 1LAWA 4FLUA 1M1KO 5M1NA 1D8YA 2QXFA 4J8FA 4BR5A 2O8EB 4CJUA 2DFEA 5DK5A 1L3UA 5SWMA 5TKWA 2ITGA 5KPRA 4E0DA 2FF6A 2AJQA 2Z1IA 4KHUA 1RDCA 3LANA 2WC9A 5GAGP 4DS5A 1NKCA 3NGZA 1YVNA 4JI4K 3ZT4A 5ADXA 3DRRA 3QB0A 4PKGA 1LW2A 3E9OA 3VEOA 1R59O 3CJ1A 3ZCMA 2HF4A 3NVKA 3V1RA 1GOAA 4IOCL 1Q81O 3V1QA 2NUBA 4JS4A 1QZ6A 2G8KA 1ZBUA 4CGIA 1BHLA 1BL3A 4BRGA 2FLOA 1IH7A 3NF9A 2VGNA 4H03B 1NGBA 3L4IA 1WSGA 4XH1A 1VSKA 1LCUA 4CZGA 4F3TA 2G8VA 3VQBA 4W5TA 3P83D 4QS8A 1SL2A 4JKCA 1YHQN 4FM0A 1ATNA 3PO4A 2O4GA 3CCUN 1QE1A 4QOZB 1WNSA 4NCGA 3SJJA 4LF8K 3R3LA 4DU3A 4ID1A 3SQ2A 3AVCA 2NRZA 3VQ8A 3KKSA 3VERA 5ELZA 1GLAG 2HF3A 4C1NI 1FW6A 4CHYA 2P9PB 3DLKA 1MWMA 2P9LA 4DS4A 4M3ZA 1FK9A 4K0KK 3QNNA 3HTVA 4CJTA 5LMUK 3SQ0A 2D0OA 2FBXA 3GBTA 1WOQA 3SAHA 4IXCA 3RWUA 1NGCA 5BRHA 5EVZA 4IEIA 1RFQA 3SUOA 5FDLA 3KVGA 2YHXA 1RCHA 3H08A 3LM9A 4EP4A 3C7NB 1BO5O 1FKPA 2QKBA 4IG0A 3C65A 5AFUH 4I9QA 5E26A 3AA4A 3FGUA 5BR8K 4JK7A 4FM2A 1U47A 3VOVA 4PQUA 1ZYQA 4JI0K 2Q1NA 4L8RB 1S6PA 2JWLA 4B1ZA 2V7ZA 4JHDA 4J2DA 4ISGA 4JD2A 1GLEG 3CCMN 2R7YA 3F2KA 2H3GX 1VQ9N 2VCPA 4CF9A 3WT0A 3DI6A 4PKHA 4LF6K 1LWCA 4FWLA 4DF8A 3U6FA 1Z26A 3VQ4A 3LPUA 3EN9A 4FJIA 1G99A 1LW0A 5CY4A 4K8ZA 1YTAA 3CCSN 1N5YA 5AQYA 4DUZK 5AZIB 3K57A 3DJCA 3IUCA 3G6EN 3HOSA 1T05A 5AQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q86 O;  2ZJP L;  5GAE P;  1YJN N;  5H1S Q;  1VQ8 N;  1K9M O;  3CCQ N;  4WFN L;  1ILY A;  1VQ5 N;  1OVY A;  5GAH P;  2QA4 N;  3CMA N;  5DM7 L;  3CCR N;  1JJ2 M;  1KQS M;  1NJI O;  3CC2 N;  1VQM N;  1Q7Y O;  2QEX N;  1YI2 N;  3CC7 N;  1VQ6 N;  4WCE L;  2OTJ N;  3CCJ N;  3CCE N;  3I56 N;  1VQP N;  1N8R O;  3G4S N;  1M1K O;  5HL7 L;  1VQL N;  3I55 N;  3CPW M;  1VQ4 N;  1VQK N;  1QVF M;  1S72 N;  1VQ7 N;  5GAG P;  5MLC Q;  1W2B M;  3CCM N;  1VQO N;  1K8A O;  1M90 O;  1K73 O;  5DM6 L;  1VQ9 N;  1KD1 O;  4U67 L;  3J7Z O;  3PIO L;  3CC4 N;  3OW2 M;  1KC8 O;  4IOA L;  1YIJ N;  2ZJR L;  3CCS N;  3PIP L;  4IOC L;  1Q81 O;  1YIT N;  1Q82 O;  4WFB L;  3CCL N;  3CF5 L;  1VQN N;  4UY8 O;  4WFA L;  3G6E N;  3DLL L;  2ZJQ L;  1YJW N;  4IO9 L;  2OTL N;  3CCV N;  3CD6 N;  5GAD P;  1QVG M;  5JVH L;  3CXC M;  4WF9 L;  3CME N;  5JVG L;  1YHQ N;  1YJ9 N;  3CCU N;  3G71 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HKB A;  4IEE A;  1RT2 A;  1K8K B;  1OVQ A;  5KGX A;  5LJV A;  3OA9 A;  3U3G A;  2P9S B;  4JN4 A;  4OKJ A;  1WSJ A;  4Z4F A;  1OVY A;  4AHT A;  3SQ1 A;  1RT4 A;  4FZY A;  3TAN A;  4DQI A;  2O8F B;  2ZF5 O;  3VGL A;  3DLB A;  3MXI A;  1GOB A;  3WNG A;  5FRM A;  4E1N A;  1EO1 A;  4DV2 K;  3KLH A;  2VGM A;  4UQG A;  1X9J A;  2ASM A;  3ZSY A;  2HHS A;  1KVA A;  3CC2 N;  1RT1 A;  2E2Q A;  3GL1 A;  1JLG A;  1Q7Y O;  3ZT0 A;  3EY1 A;  1XC3 A;  3AVI A;  3AVM A;  2FBY A;  3EE8 A;  3OYA A;  4DSI A;  2O8D B;  4Q5V A;  5KPT A;  2HB5 A;  1HKC A;  4ELT A;  5AQM A;  3K59 A;  1NK7 A;  1LWE A;  2GBZ A;  4EFH A;  1IKX A;  3IKM A;  4CZJ A;  1S72 N;  1BDG A;  3VQ9 A;  4BE2 A;  2E1Z A;  4M7X A;  3VQC A;  4JRQ A;  3QEW A;  2HNZ A;  1JXB A;  2BAN A;  1VQO N;  1L5U A;  1K73 O;  3AO5 A;  4U67 L;  4I6M B;  4BRL A;  4FPA A;  4BRD A;  1SKS A;  4W5N A;  2DFH A;  2V52 B;  3HK2 A;  3HSC A;  3LP1 A;  2RF2 A;  3L2R A;  1X9W A;  5BN9 A;  4FWM A;  4AM7 A;  5LY3 A;  2NZT A;  1IKY A;  4KTQ A;  4XIU A;  3UKU A;  2O4I A;  4CHP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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