1W5NA

Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of pseudomonas aeruginosa (mutations d131c and d139c)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALCPFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Synthase
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus 123
structure length 322
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w5nA00
3LV5A 3PUOA 4JGDA 4PL1A 4U28A 5CPMA 4DBDA 1K7FA 4GXMA 1H60A 2KZHA 4JDYA 3STEA 3N9SA 3LERA 3O06A 1LCOA 4TO8A 4FNQA 2V2CA 1KFCA 1BKSA 4I7UA 4FHAA 3HQ1A 4AWSA 4NZJA 4OQVA 3B05A 3S1XA 3SR7A 3E9AA 3LM7A 1P1XA 4S1FA 5DELA 4BFAA 1H1ZA 3SY5A 3IVUA 4Z0JA 2BZNA 5G2IA 1TQXA 1EP2A 3IV3A 4BF9A 2Y63A 2OZ0A 3UPWA 5DXYA 3TW7A 4Z08A 3BW3A 2RHGA 1H7NA 4KKXA 1W54A 3MYPA 3E96A 1W37A 3W7RA 3TNOA 4UTTA 1YXDA 3G1HA 5AHNA 1TPC1 1TPWA 1PCWA 4BWLA 4NT0A 3UYCA 4Y96A 3STFA 1JCMP 5EKYA 1EEPA 1OJXA 1VLIA 3CEPA 1ME8A 5IBXA 4OHQA 2NX9A 5D2TA 1SW7A 3GAYA 3S8HA 5C55A 4FO4A 2QEZA 1O4UA 2TSYA 3NQGA 3NQCA 4X9SA 1WBJA 1IXOA 1NF0A 3MJYA 3L5MA 3O8AA 3LCIA 5I3JA 3NL3A 1WAUA 3WFAA 3MW7A 2ZA3A 1Z41A 3S1UA 3P81A 3C6CA 4OV4A 1KTNA 4HKPA 5G4WA 1LDCA 1QFEA 5G1TA 3EWWA 5D32A 3T55A 3NL6A 3TA6A 2NX1A 2VEMA 3I7QA 1IF2A 2J27A 2C19A 3O6YX 3S5OA 4JYFA 5KZDA 4AH7A 3HG3A 3QSTA 3EX2A 4O4VA 2B7OA 3OVRA 1GVOA 4RKAA 1SO5A 2X16A 1NF7A 2E6DA 4MIMA 3W7CA 1F74A 4B5NA 3U8GA 4IQLA 1Q6QA 3B06A 3TW6A 4FF7A 1Q6RA 1ICQA 3GZ3A 5D05A 5AYXA 4NJJA 3VFLA 1O5XA 4GRSA 4A2SA 2RDTA 4ALDA 2Y7GA 4H3DA 3R8RA 2EPHA 4L4MA 2NLIA 4O11A 1DQXA 3W2NA 3WK3A 4LV4A 3UNDA 1OFAA 4NVTA 3MI6A 5IM51 2CLHA 5LNWA 3W76A 3DAQA 3M9YA 5HUPA 4Y9AA 1A5SA 2NZLA 4ORMA 1JULA 4EWND 4WD0A 4AEOA 3FFSA 5HWJA 4N9DA 3ZR4A 3SZ8A 4LU0A 1JQVA 3ABRA 1IXNA 1LOQA 2X1UA 4PODA 3HF3A 2P10A 3M16A 1DQWA 1PE1A 1GEQA 1TTQA 4MPQA 4WQ6A 4XTDA 5DBTA 4JS3A 2TMDA 3NVTA 2GUUA 4GJ1A 1X8FA 3WJZA 2Y62A 1EA0A 3JR2A 5AHMA 2OCZA 3HOJA 1EB3A 4N6FA 1MSSA 2C0AA 2NUYA 4K7YA 2E6AA 1KLZA 2QCDB 4I9AA 4LVFA 1QPNA 2GOUA 1B57A 4JTUA 2Y70A 1H7OA 1JUBA 3LCGA 1R2TA 3W1RA 1I2PA 1FCVA 3PSWA 3EKZA 1YADA 2V8ZA 1YPIA 4XKYB 3E0IA 1PCKA 4HPJA 4Y90A 3LHUA 3QW4B 1T0OA 3GDTA 3GB6A 3MO7A 1J5TA 3NZ1A 3TE9A 1SR9A 4LUJA 4N6EA 3O16A 5EY5A 2G5WA 3DI1A 5KSWA 1I2QA 3BW2A 4LRSA 3ABQA 4JXCA 3GDMA 2NWRA 4BI6A 2WQPA 3G1SA 3I68A 2YXGA 2VFGA 2GQAA 1QR7A 2Y7EA 2VEKA 3VNDA 4GE8A 2P1FA 1QAPA 4NJHA 1YTKA 3THQA 4O1CA 2X1RA 3A5FA 3W23A 2C16A 4PFMA 8TIMA 1B4KA 1M7OA 2G96A 1VS1A 4AWUA 3NDOA 3UZJA 3W9ZA 4A29A 4N9CA 3W73A 3UWQA 6TIMA 1KM2A 1SW3A 1F6PA 3C2RA 5FF4A 4CNOA 1IIHA 1F05A 1H7XA 3LCLA 1MEHA 4LTSA 2ZRVA 1GPWA 4IUOA 1HO1A 4UR8A 2CWNA 1VCVA 3ATYA 1SW0A 1WX0A 2Y61A 2YW3A 1XUUA 4HNVA 2QCEA 5BW6A 3UQNA 4PTNA 2CU0A 3R5EA 3SJ3A 1F5ZA 1DJNA 1FBAA 2EGZA 1B4EA 1QCWA 3GVGA 1UASA 3NPWA 3GXPA 1QWGA 2EHHA 3IRDA 4YWIA 3KRUA 3NQ6A 1PV8A 2WKJA 4C1LA 5K9XA 2B7QA 3W3OA 3MUXA 3FOKA 3KXQA 4O13A 1D9EA 4NJKA 5KZEA 1L2UA 3B0VC 1UB3A 3VCRA 1SZFA 3B8DA 1O95A 4IMCA 3NO5A 4NNBA 1JCNA 2Y89A 5EBUA 3QF0A 5LGZA 2WNQA 2QAFA 5I3FA 5HMSA 4RX0A 3IIPA 4X2RA 2ZZ3A 1FUYA 2GQ8A 3PG8A 4JN6A 4UMAA 2H6RA 3T78A 4GUHA 1KM3A 1VC4A 1RQHA 3C0JA 3LX9A 3IGUA 1OFQA 2LLEA 3W88A 1HTIA 1XDLA 3KRSA 3HPSA 1UBSA 4O14A 3Q58A 1ZJIA 1VYPX 1X7FA 1UUOA 2E6FA 3FYOA 3N2XA 1C9DA 1ZHAA 1H7WA 3W7KA 1SPQA 1KTBA 4E2BA 2YSWA 2RKXA 2WSYA 3GNNA 1VCGA 4LNYA 2DORA 5U4NA 4DPPA 3A22A 2FB2A 3DI0A 3EXSA 4I7WA 1EP1A 4UTUA 2JK2A 3EWZA 3W7EA 4IX2A 4S2BA 2B7NA 1FWWA 3W7NA 1TREA 3W2KA 4WY0B 2H90A 4OV9A 1OVDA 3W85A 1KV5A 5AC6A 3G3DA 3W87A 2J9ZA 5MHBA 3B0PA 1FY6A 1TO3A 5D38A 3ZWTA 4UFJA 3TC7A 1TTPA 3W7HA 3W72A 3TV8A 4TX9A 3T40A 2RDWA 5CGQA 3LRMA 3PBYA 4AVFA 3W1QA 1S5TA 3OEXA 3HPXA 3CWNA 5LZLA 5FEPA 1KLYA 4ZQNA 3QMRA 2CLMA 2QUUA 2VFHA 1FXQA 2NUXA 3L2IA 1VHNA 3MMTA 3KRZA 4QAIA 1T8XA 4JTSA 2EKCA 3HGOA 3NGJA 1YXYA 2XN1A 4N02A 1MEWA 2Y7DA 4M6PA 3PWAA 3UWVA 1OYCA 3HGSA 1OFBA 4IXXA 4WY0F 2JKEA 1ZY9A 1ADOA 1R30A 3BG5A 1RQEA 2A85A 2FTPA 1HFBA 1QNVA 4JTEA 3TSMA 3NL2A 4DF0A 2RH9A 1TPVA 2ZZ6A 4MY8A 3OA3A 1X6UA 3LHWA 3LHTA 1LYXA 1QPRA 1QPQA 4H4IA 1HO4A 3QH2A 4M7TA 3B03A 3S5NA 2J6XA 2BSLA 3P67A 3TSBA 4DF2A 4JYEA 1K7EA 3PULA 2QAPA 1YYAA 3DFPA 4XBKA 1OFRA 3VI2A 1LLWA 1S5VA 3M47A 3QM3A 3LTPA 2ZA2A 2R8WA 3HMJG 2I9EA 3S5ZA 1G7VA 1GOXA 3L0GA 2CLIA 5U7SA 3TKFA 5K9DA 3STCA 3K30A 1JCYA 3LCWA 4M7SA 1VYSX 3CLMA 3PS7A 3TXVA 3G0SA 3PR2A 4NX5A 3W1AA 3ATZA 2NV1A 4LWWA 4M19A 2CZEA 1LRQA 1RQBA 1KFJA 2ATMA 1S5WA 1C29A 3LBMA 4E0CA 2G95A 4LVDA 4UFKA 2X1SA 1T99A 3W1MA 1TV7A 3O63A 4JIQA 3LRLA 4UTHA 3M44A 3FYPA 4Q32A 1DL3A 5BMWA 2I14A 4WX2A 4W9TA 5LKYA 3QW3A 3W7LA 5KZMA 1H50A 1EX5A 2Y88A 2E1DA 2V9DA 5BRBA 3O1NA 3A24A 1AL8A 3G1VA 3M43A 3HIJA 4FXRA 1THFD 4IMFA 5LSMA 2QDGA 3RMJA 3U2OA 4GFSA 3FA5A 1FWTA 3EX6A 3JS3A 1H63A 1JCXA 2XN2A 4AB4A 2WO5A 1ME7A 3NM1A 1SZGA 3LGEA 3H55A 3TU9A 3CT7A 5FF2A 4NJGA 3W74A 4O0ZA 3LTYA 3TJLA 1A5AA 3P74A 5AHLA 4XQ6A 5K9CA 1LOSA 1W5PA 2VOMA 4JICA 1MXSA 3W84A 4O1AA 5CZSA 4WOQA 3HGRA 3TQ0A 3CC1A 1GVRA 3TX9A 4O1BA 3BK0A 3RF9A 2PRHA 2E5BA 4KWWA 3S5YA 5L9FA 1NAL1 2A6LA 1G4TA 1OX5A 4MYAA 1BWLA 3QC3A 3T7VA 1MEIA 1GVFA 1X1OA 1KM1A 4YL2A 5D37A 3NL5A 5F2IA 1TTIA 1KA9F 2QUVA 5DCEA 1SQ7A 2VKZG 5E1QA 1CX9A 2FPYA 2QCHA 1UJPA 1SFLA 4LC6A 3THAA 2V2HA 5AB3A 2C1HA 1F76A 1GVSA 3NQMA 1CW2A 2ZFAA 2ZTJA 1OF6A 3KVJA 5F2MA 4R33A 2V0TA 4PC8A 4ZQMA 2DU2A 1WDWA 2V30A 1GYNA 2BX7A 5D2XA 2Q3RA 1F7BA 3RU6A 4EOUA 4ZQPA 3OVQA 4FNTA 5F1VA 4DQWA 1FX6A 1SU5A 1DHPA 1DVJA 5AHFA 4UTWC 3HGJA 3R12A 1LZOA 4I7VA 5AC7A 3NZRA 5K7JA 5K4XA 1KM6A 5HNRA 4O54A 2J9XA 3TDFA 4LVGA 4A21A 4M6VA 2J9YA 2A6NA 3PSVA 3EWBX 2AAMA 2GJLA 5LNSA 1H7RA 1ICPA 3LI0A 2GVGA 4TMBA 5G1YA 2Z2UA 3ZFHA 1GTEA 1TRIA 3NQ7A 2QCLA 3C52A 1ZAIA 4N9EA 3QZEA 5FF7A 4FIRA 1G67A 3O05A 1U5JA 3EXRA 3UWYA 1W1ZA 3QRHA 4MLJA 3C8FA 4POCA 2QDHA 5LNRA 4O52A 3G8RA 4FIQA 2WNNA 1F6KA 1FWRA 1NEYA 4MOZA 3BO9A 5BOOA 3DGRA 4LT9A 1WOBA 5E0KA 2NUWA 4PEKA 2ABBA 2VFEA 4Z1BA 4EF8A 5HJLA 3V75A 4MFDA 1OFEA 2R91A 2D73A 1Y0EA 4O18A 3W22A 4IXHA 3CEUA 1GYLA 1KV8A 1TB3A 2PCQA 1OYAA 3WK0A 4K38A 3L66A 3LHZA 4O0KA 4AXKA 5I3IA 3CQ0A 1NFBA 5HULA 1XFBA 4LRTA 1WXJA 2DZWA 5KINA 3E12A 4WOZA 2FDSA 2FLIA 3TXZA 3HPZA 2ZZ5A 4L4LA 3SGUA 4IMDA 1N55A 3G0XA 4UNKA 1DBTA 2RFGA 3USBA 4XZ9A 4ICNA 4QQ3A 2GQ9A 5DLCA 3NYZA 2HSAA 3C3NA 4IPIA 5TQLA 3LCFA 3NQ8A 3NQDA 5T26A 4MYXA 4PL2A 1W56A 3FLUA 4HNTA 3LBCA 1V7YA 4AMAA 4DO4A 4UTMA 3CU2A 1OFPA 4RV8A 4LC8A 4JIPA 1N7KA 3NQ2A 2FPTA 1OFOA 2GPTA 1GT8A 4CNPA 2ABAA 1I45A 3F4NA 1GTHA 4K37A 4NXKA 5D2VA 2CLEA 3QPZA 1I4NA 2GJNA 1PL9A 5CSSA 1SZNA 3NQVA 1MO0A 5DCDA 1OABA 4AAJA 3OBKA 1L9WA 4GUJA 3NM3A 3FKRA 4PA8A 1XKYA 1WQ5A 3DHDA 1KFLA 4KWVA 2OT0A 1SSDA 3BPWA 2FB3A 2OMAA 4OU1A 4DXVA 1R47A 2E5CA 2FIQA 1KFBA 3S6DA 1DORA 3LTSA 1NSJA 4D2JA 4LS2A 1JCJA 2OT1A 4XBSA 4MZ8A 1XC4A 5DY3A 4CCEA 3TIMA 3O15A 3TCEA 1AK5A 5SWUA 3GKAA 4XUGA 1XBXA 1JRBA 2Q8LA 5D33A 4QITA 2CLKA 1R2SA 4AF0A 1FDZA 1H51A 4YXGA 5HQEA 5CPOA 1LM1A 1U83A 3DH7A 3LV6A 5AC8A 2HTMA 3S1VA 2ZYFA 3TMLA 2F84A 1K8XA 1ALDA 1EWDA 2B4GA 3DHFA 3RFAA 4FX7A 2ZBTA 1G7UA 3UWWA 1A5BA 4UFLA 4ZMGA 5CZTA 4AHQA 3LXBA 2XN0A 4UMBA 3TAOA 3R13A 1PHWA 1VCFA 2A21A 2F7FA 1H61A 1W3IA 1OK6A 5AOUA 3LXAA 1W5QA 4JTHA 3FJLA 3P62A 4ZQCA 3HBLA 1ICSA 2E09A 3CWOX 3MP4A 4ADTA 1WA3A 1H7PA 1KM4A 3UWUA 3W71A 4LW7A 3G24A 1OG0A 2V2DA 3GXTA 3L67A 5F1UA 1XBYA 1QO5A 2WSQA 3HO8A 2A0NA 2QJHA 2ZDRA 2CW6A 3QSRA 3O6CA 1SO6A 3IGSA 2BXVA 4LVAA 3U6WA 4TR9A 2EAWA 4DO6A 5C5YA 2VFIA 1O94A 3M41A 4XWUA 1GVQA 4OWGA 2WJZA 4O4WA 4O53A 3SFKA 3EX1A 1LBFA 3S0CA 3NR0A 2QCCA 1UCWA 1EP3A 1VLWA 1P0KA 3RK8A 2DZSA 3LHVA 3MYOA 4S2CA 5I3GA 3IIOA 1WOAA 3GDLA 4Q4KA 5F4SA 1XDMA 1GZGA 3H54A 4O1DA 4CNNA 1GQNA 3G8EA 3A23A 1ZAJA 3GR7A 2YX0A 1LLZA 4X3ZA 1XL9A 6ALDA 3M5XA 2X30A 3I65A 1YPFA 4ZL1A 3R89A 3G1AA 3SSJA 4FXSA 3NOEA 1TPB1 1ZAHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GI4 A;  2NVA A;  4JGD A;  2DY3 A;  4XUY A;  2G3J A;  4JDY A;  3STE A;  3N9S A;  1WZM A;  1LL4 A;  1NP0 A;  1LCO A;  3A47 A;  1RY8 A;  4V33 A;  5GJN A;  4FNQ A;  3KOZ A;  1RBL A;  3S1X A;  3SR7 A;  3SSZ A;  3QHN A;  4F48 A;  5DEL A;  5BYW A;  4Z0J A;  2BZN A;  2QUM A;  5G2I A;  5HJY A;  3Q65 A;  2BVD A;  3TW7 A;  3MTW A;  3T0A A;  4Q8P A;  1DIO A;  4Z08 A;  4GZI A;  3BAJ A;  1H5V A;  1ODZ A;  3NSN A;  4GYK A;  3WG6 A;  3G1H A;  4OBS A;  1WE5 A;  4MTV A;  3A64 A;  1JCM P;  2PDK A;  4ZGY A;  1EEP A;  1NWT A;  1BG9 A;  3SQM A;  2OPJ A;  3MMD A;  3WML A;  3CEP A;  4OJY A;  4OHQ A;  1LWI A;  2GWN A;  1ADS A;  4GME A;  5C7H A;  3CYJ A;  2Y4S A;  2QEZ A;  2PDJ A;  2L5H A;  2TSY A;  3NQC A;  3OLD A;  1Q4N X;  3O8A A;  4ICM A;  1E0W A;  1W1V A;  3NL3 A;  1WKE A;  4M51 A;  2ZA3 A;  1Z41 A;  5BXR A;  4GQR A;  5E9A A;  1KTN A;  4HKP A;  3M46 A;  1RJP A;  1OY0 A;  1C9W A;  1XIM A;  1DJX A;  3EWW A;  2WWD A;  5D32 A;  4HHH A;  3T55 A;  3E5P A;  2NX1 A;  2Y5E A;  3KBJ A;  4M80 A;  3AAM A;  3WQO A;  1XIN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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