1W5WA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5wA00
1RL8A 5P6RA 3GI4A 3O9BA 2UY0A 5P07A 1ZLFA 3TPPA 4GJ8A 3D3TA 2FS4A 4RZ1A 2Q3KA 4ACUA 3OTSA 4Q1NA 3QI1A 2CENA 2PQZA 5P2IA 3K4VA 1META 4Y4GA 5OZHA 4Y43A 5APRE 3SACA 4Y41A 3ZKMA 2I1AA 2G26A 3UDRA 3RTMA 4ZPGA 1XL5A 1LS5A 2B7ZA 3Q6YA 3ZKGA 4Y4XA 3M9FA 3ZLQA 2IS0A 1T7JA 5OZLA 3UTLA 1Z1RA 2FXDA 3HVGA 5P7PA 5IVQA 6APRE 3EKYA 4HZTA 5P8TA 1AZ5A 3K5GA 4I11A 4GJ9A 4Y9WA 5OZNA 1AIDA 5P6FA 2G94A 4Y3LA 5P0PA 1WBMA 4Y4TA 3EKPA 4EXHA 2IKOA 2Q55A 4Y5PA 4A6BA 1LF2A 5OZCA 5P8RA 1BAIA 4A4QA 1IZHA 2G27A 2VIYA 3RU1A 5KOSA 2AOEA 2R8NA 1SP5A 4M8YA 5P6HA 4GZFA 3LNKA 1J71A 3B80A 2NNKA 3OAGB 5AH9A 3TOFA 2WJOA 4J1FA 5P29A 1SDUA 1EBYA 5COOA 5P3OA 1DW6C 3BUHA 5P6QA 4Z22A 1B5FA 1MT7A 5P39A 5SY2A 1HTEA 3NWXA 3SA3A 4H1EA 1TQFA 4ZPEA 3GGUA 1FFIC 2QHZA 5P3RA 4D88A 5HD0A 1GKTA 2QHYA 3OADB 1KJHA 4F74A 4EQ0A 3RSVA 2VIEA 3KFRA 4FCOA 4QJ8A 1SIVA 4KUPA 3OUCA 5P1QA 2HC0A 5P1ZA 2NXDA 2PSGA 2I4VA 5P7IA 4FRJA 3NUOA 5P0JA 1APUE 3LZYA 5P6DA 3IVIA 5P27A 1HOSA 2Q11A 5P3DA 1G0VA 5P20A 2VS2A 4B05A 3URJA 4DJWA 3PCZA 4L6BA 5P6NA 3SFCA 3ZKIA 2Q63A 4J17A 1AXAA 3PWWA 5P7UA 3I8WA 5P5UA 2WF0A 4DVFA 4RYCA 4DJUA 5P38A 3UQPA 5P53A 4YOBA 5P5ZA 5P4IA 3EM3A 2BPYA 1NPWA 4BFBA 9HVPA 1NSOA 1MRXA 2ZDZA 5P2KA 5P2OA 2ZJHA 5P4DA 1EC2A 2AOHA 1Q9PA 3H5BA 4Q5MA 2WEZA 1SIPA 1K2CA 4U7VA 5OZWA 4HEGA 3NU4A 2WEAA 5OZIA 2ZHTA 5P7NA 5OYQA 4AA8A 1ODWA 1ZP8A 4OC6A 1OEXA 2VA5A 5P1YA 3GI6A 5P8UA 5I3YA 3OGQA 3IVHA 4Y36A 5DR0A 3NU6A 2G22A 4Y3EA 3VG1A 2PC0A 5AH8A 5P68A 1HHPA 3UFNA 5P1FA 4Y5CA 2VNMA 1Z8CA 3OUBA 5OZSA 4D83A 5P26A 4J0ZA 4M8XA 4OBZB 3BGBA 5P74A 4TRYA 5P2CA 1TCXA 3KFPA 1D4HA 5ER2E 1M4HA 4GJCA 4Y5KA 2H6SA 2V00A 2ZJJA 3VF7A 1K1UA 3UDHA 5P1MA 1EPLE 3UDMA 2HS1A 2G20A 5P37A 1BXOA 4BEKA 5P0AA 5P5CA 4ZSMA 3SA4A 3EKQA 1ODXA 1OHRA 5P13A 4LC7A 4B1DA 1EPNE 3OAGA 2FLEA 2QI4A 1MT8A 3O9HA 4OBJA 3PLDA 5P5JA 8HVPA 3EBZA 4FM8A 4U8WA 4COEA 3KDCA 4X7IA 1ME6A 1HVSA 4JPCA 3SKGA 1PROA 5AGZA 1RPIA 1YTIA 3OU4A 5P69A 4N00A 3MSKA 1BDRA 5P6TA 5P24A 5P5WA 3D1YA 5P2TA 2HB3A 2FGUA 3HBOA 3OADA 3O9DA 3OQKA 5KQFA 3GW5A 3I7EA 5P5VA 4XX4A 5HVPA 1BILA 5OZMA 4YCYA 2OF0A 5ENKA 3RVIA 2BPVA 3UDKA 5P6BA 5P6WA 4DJPA 1AM5A 2QD7A 1FQ7A 4Y35A 5P6PA 5P0XA 3OUDA 3DJKA 3LPKA 1PSOE 4HDFA 3CMSA 1FEJC 5P3CA 2R5QA 4ACXA 1LF4A 5P3BA 1WBKA 4EJDA 1IZIA 3EL4A 4LL3A 4Y48A 4CPQA 3KDDA 5ENMA 4Z4XA 3URIA 5OZ1A 3TPJA 5P5TA 1HPOA 1E82E 2RSPA 5P1DA 5P5BA 5P6GA 5P14A 1FB7A 2ZYEA 5HDZA 5P23A 1HTRB 4ZSPA 2B8LA 4NJSA 1FQ8A 3ZKXA 3Q3TA 5OZJA 1D4JA 4J1HA 3BUFA 4RLDA 5OZGA 5P0OA 4KE1A 4ZEAA 5P1WA 3RTHA 1CPIA 1BBSA 5P4QA 1LV1A 3SO9A 1VIJA 4J1CA 2OHLA 5P61A 5F00A 5P64A 2I4QA 5IVRA 7HVPA 1HPVA 5AH6A 5P3TA 5HDUA 5P2SA 2WECA 3CKPA 4CMSA 4Y3WA 1TZSA 3EM6A 2FDPA 5P8BA 2QI3A 3HAWA 1APTE 5I3VA 2ER0E 2QZLA 4HDBA 1QS8A 1HIHA 5P6YA 4EHCA 1BWBA 1HVCA 5P1UA 5HTZA 3ZL7A 1A9MA 3OU1B 1FIVA 3SM2A 3VF5A 5P8QA 5P8CA 5P28A 2V16C 4Y37A 3NWQA 1YG9A 1VIKA 4YBFA 1LEEA 3LHGA 4L7HA 3T3CA 4FAEA 1ZPAA 5P7FA 5P5EA 4ZLSA 1KJFA 5IVSA 5P6JA 4Y3GA 3S8IA 1SDVA 5OZUA 2OAHA 1FKNA 2WEDA 2VKMA 1HSHA 4J55A 2QHCA 1EBZA 3UQWA 1G35A 4YCKA 4Y3ZA 3NDWA 3HD8A 3NDXA 3EC0A 3OQAA 2B8VA 3PGIA 1ZSFA 3D20A 5P8HA 2PK5A 4LXMA 5P0LA 5P4KA 4QJ9A 2ZJMA 3S7MA 1SMEA 1GVWA 4Y3MA 5OZVA 2RKFA 4OD9B 5P54A 4Y44A 2VJ6A 2J9KA 5P3FA 4FAFA 5KR8A 5P0GA 5P55A 2FDEA 3OTYA 4JP9A 4LHHA 2J9JB 2OHNA 5P89A 3O9GA 5P7MA 2G1SA 5P0VA 5P4AA 1YM2A 2QZXA 2XFIA 5AH7A 4DPFA 2BQVA 4Y47A 2P4JA 1W5VA 2IL2A 1IIQA 4B70A 4H3GA 3EL5A 1HEGE 5P4TA 4DQEA 2OHMA 4OBFA 4Y4ZA 5P45A 5P0ZA 4PYVA 3VLBA 1GNMA 1LYBB 5P1BA 2O4LA 4Y4DA 4RVIA 5P80A 2XYEA 3FV3A 1FMXA 2R5PA 2A1EA 6FIVA 5KR2A 2V0ZC 2CEMA 1E5OE 2G1OA 4RCEA 3O9LB 5P46A 2AZ8A 4QLHA 5P3KA 3AUPA 5OZEA 5P31A 3ZKSA 4A6CA 3PMUA 3HW1A 2PH8A 5P73A 1HIIA 1ZTZA 3IN3A 4HVPA 5P2HA 1CMSA 1PPLE 3APRE 3PSUA 3ZKNA 4PEPA 4RVXA 1NH0A 2FXEA 5P6SA 5P82A 2AZBA 4FM6A 3QVIA 1SGZA 3SLZA 4K9HA 5P4XA 5P5AA 1F7AA 2QU3A 5OZ0A 3PRSA 3K5DA 4OBGA 1IVQA 1PPME 3ER5E 3TKWA 4Y3NA 2F3EA 5P3AA 5P1NA 3VEUA 4HE9A 2AVOA 5P3HA 2AVQA 3VLAA 1XDHA 5P3JA 3OQDA 3QIHA 5HU0A 4Y5BA 2R43A 4MC9A 2IEOA 1PSNA 5P7YA 5P09A 1G2KA 4YOAA 4FSLA 1KJ7A 2RKGA 3ECGA 5P5RA 1QDMA 3VUCA 1M43A 1SMRA 5P4RA 2R3WA 4YA8A 4EQJA 1K6PA 5AHAA 2G1YA 3WZ8A 3UDPA 2HB4A 5P7RA 2P3DA 1G6LA 4Y3TA 1IBQA 1AAQA 1XE6A 3UCBA 4Y4BA 2OHRA 2XFJA 5P4NA 5P2AA 3T7QA 4H3JA 5P41A 1C6ZA 2I4XA 5P7ZA 3NU3A 5P01A 1HPXA 3EKWA 1LF3A 5P1AA 5DR3A 1HVHA 4F75A 3TOHA 2G1RA 1N49A 3AIDA 1JLDA 5P6VA 3EKTA 3FSMA 4J1KA 4CPTA 1FQ5A 5P44A 5OZ9A 2F3KA 3K5CA 3PI5A 2PYMA 4Q1XA 2PH6A 3K4VC 2AQUA 1XE5A 2R3TA 5JFPA 4R92A 4PHVA 4RCDA 4UPJA 2AZCA 2NTRA 3HDKA 3VYFA 5P1GA 5P15A 5COPA 5P6XA 1KJ4A 3KFSA 5P5LA 2JJIA 4Y3YA 5P6OA 1D4KA 1LYWA 5OZ5A 5EZXA 5P0WA 5P5XA 1GVTA 1W50A 4Y3AA 1NPAA 4FGXA 3BGCA 2FNTA 3S2OA 1A94A 4AMTA 5P19A 2AIDA 5P6AA 3VSXA 5P2RA 4EXGA 4CPXA 1B6PA 5P56A 4NJVA 5P25A 5P60A 2FDDA 5BS4A 3GGAA 1HWRA 3QROA 1SDTA 3O9LA 5P5FA 5P1XA 3QPJA 5P8KA 2ZHRA 1CZIE 1DAZC 5P22A 4DJXA 2WF3A 5P49A 3DV5A 4MC2A 3TLHA 2G21A 5P5MA 3TPLA 4Y4EA 3S45A 2JE4A 2P83A 2ZE1A 3CIDA 5OZ6A 1ER8E 3OXWA 3WZ7A 5PEPA 4EYRA 2QCIA 4B78A 2BB9A 3LZSA 1HEFE 5P8LA 4Q1WA 1W6IA 3IGBA 1HSGA 5ISJA 1UH9A 5OZBA 4RRSA 4F76A 5P6MA 3GI0A 2XYFA 3R0YA 2QNNA 5P87A 2IENA 5OYTA 4QJ2A 1LYAB 1EPME 1BXQA 4OBDA 2A4FA 5P00A 4LXAA 3BVAA 4FRIA 5P12A 1EPRE 4I0HA 3Q70A 5P05A 4L1AB 5P35A 3KF0A 2Q64A 3PVKA 5P5IA 3BVBA 3SAAA 1W5WA 3UQXA 3EL1A 5P5QA 3OGPA 1TSUA 5HU1A 1MUIA 3INHA 1EAGA 2PSUA 4FRKA 3LPIA 1DMPA 2FMBA 5DQ1A 3S43B 4Y3FA 1DP5A 1LZQA 5CLMA 5EZZA 3URLA 5DR4A 5B18A 3TKGA 2ZJLA 4LXKA 2NMYA 4YBIA 3R2FA 4I0GA 1W51A 2WKZA 3L5BA 4APEA 5P42A 5P4GA 4GJDA 3D1ZA 5HE5A 1UH7A 1EC3A 1ZSRA 3VV7A 5OYUA 1KZKA 4HA5A 3NYGA 4Y6MA 1YM4A 5P32A 3SA7A 3SM1A 4Y3RA 3ZOVA 5HCOA 2NR6A 2QZWA 3QBHA 1FF0C 3KT2A 3S56A 3INFA 3BRAA 5OZKA 5P2WA 2HM1A 3EKVA 5P0DA 5P04A 4DJRA 4PZXA 2FIVA 1EC1A 2Z4OA 5P66A 5J25A 2HB2A 5P2QA 5OYWA 5I70A 3TTPA 5P81A 2I4DA 3DM6A 2V10C 3HAUA 2AZ9A 4Y57A 5P47A 4GJBA 3PCWA 5P51A 5P85A 2QMGA 3ZPSA 4DQCA 5AHCA 3VYEA 5C9BA 3DCKA 4QJ7A 2P3BB 4XXSA 5P8NA 4DQGA 4DV9A 5IE1A 3KMXA 1MT9A 4I12A 1RQ9A 3SA5A 5P2XA 3S53A 2NNPA 2NXMA 3Q5HA 3CKTA 1B11A 5OZTA 3BXSA 3QS1A 5OYSA 5P5OA 5IVTA 4Y51A 5P4VA 3NDTA 4EJLA 5P78A 4Y5AA 4I0FA 5P17A 1GVUA 4J5JA 5P1TA 1HXWA 3NUJA 3ZKQA 4Y3XA 5E5JA 1EBKC 1QBRA 3CYWA 3OWNA 1XN2A 4Y58A 5DR1A 1EEDP 1AJVA 5P0SA 5P0QA 5SXNA 3DV1A 1XL2A 3NXNA 5P0CA 3VYDA 3CYXA 3KM4A 4H3FA 3EXOA 1B6JA 3OQFA 3LIYA 4Y5GA 1BDLA 2IGXA 2QP8A 5JODA 4D89A 5DGWA 2QI1A 4PZWA 5KR1A 1YX9A 3QRVA 4J1IA 1BDQA 4OBZA 5P7HA 1ENTE 3EKXA 5P0TA 4JECA 1FFFC 4L1AA 2QI0A 3TL9A 3UQRA 4LBTA 2QD6A 4YDGA 2IQGA 1HVKA 2ER9E 4B1EA 5P4MA 3HLOA 5P2JA 5OYYA 3VF3A 2AOJA 1HVJA 3SA8A 3S43A 2ZHVA 1FG6C 1NPVA 4H3IA 4APRE 1WKRA 5P3IA 3G6ZA 2AOCA 2PWRA 2H6TA 5P3XA 1MERA 3KA2A 4DI2A 4Y5NA 5P83A 1BWAA 1OEWA 4GYEA 4YCTA 1RV7A 4QJAA 4YD5A 4Y4WA 5HE7A 3UHLA 4DFGA 5OZQA 1KJGA 3IA9A 6UPJA 1BVEA 1FGCC 2HAHA 1FMBA 5DR7A 3QN8A 5P5KA 5UPJA 5P1CA 3WSJA 4R93A 2QK5A 1B5FB 2ZJKA 2HPFA 2WF4A 3OXXA 4B00A 3OU3A 3SABA 1EPOE 4K4QA 2MIPA 1T7KA 2BPZA 2VIJA 5P3EA 3PBDA 5P7AA 3L5FA 4CPSA 5C9DA 3O9IA 3QP0A 4Y39A 5OZZA 5P6UA 4ER1E 5KOQA 1F34A 4F73A 1T3RA 4NPTA 3D1XA 3LIXA 1W6HA 1YTHA 3FNSA 3ER3E 3QAAA 4QGIA 5P2YA 5KAOA 5P2GA 3D91A 1GVXA 2AVMA 5P8OA 5P02A 3OHFA 1HBVA 4Y56A 5DQCA 4WY6A 3H0BA 5P5PA 3FNTA 1IVPA 1B6LA 4CP7A 4Y3QA 1RNEA 5T4SA 2Q54A 5P4BA 5P0EA 5ER1E 3KT5A 2JJJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RL8 A;  5P6R A;  3GI4 A;  3O9B A;  2UY0 A;  5P07 A;  1ZLF A;  3TPP A;  4GJ8 A;  3D3T A;  2FS4 A;  4RZ1 A;  2Q3K A;  4ACU A;  3OTS A;  4Q1N A;  3QI1 A;  2CEN A;  2PQZ A;  5P2I A;  3K4V A;  1MET A;  4Y4G A;  5OZH A;  4Y43 A;  5APR E;  3SAC A;  4Y41 A;  3ZKM A;  2I1A A;  2G26 A;  3UDR A;  3RTM A;  4ZPG A;  1XL5 A;  1LS5 A;  2B7Z A;  3Q6Y A;  3ZKG A;  4Y4X A;  3M9F A;  3ZLQ A;  2IS0 A;  1T7J A;  5OZL A;  3UTL A;  1Z1R A;  2FXD A;  3HVG A;  5P7P A;  5IVQ A;  6APR E;  3EKY A;  4HZT A;  5P8T A;  1AZ5 A;  3K5G A;  4I11 A;  4GJ9 A;  4Y9W A;  5OZN A;  1AID A;  5P6F A;  2G94 A;  4Y3L A;  5P0P A;  1WBM A;  4Y4T A;  3EKP A;  4EXH A;  2IKO A;  2Q55 A;  4Y5P A;  4A6B A;  1LF2 A;  5OZC A;  5P8R A;  1BAI A;  4A4Q A;  1IZH A;  2G27 A;  2VIY A;  3RU1 A;  5KOS A;  2AOE A;  2R8N A;  1SP5 A;  4M8Y A;  5P6H A;  4GZF A;  3LNK A;  1J71 A;  3B80 A;  2NNK A;  3OAG B;  5AH9 A;  3TOF A;  2WJO A;  4J1F A;  5P29 A;  1SDU A;  1EBY A;  5COO A;  5P3O A;  1DW6 C;  3BUH A;  5P6Q A;  4Z22 A;  1B5F A;  1MT7 A;  5P39 A;  5SY2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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