1W6IA

Plasmepsin ii-pepstatin a complex
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PLASMEPSIN 2 PRECURSOR
publication title Structural Study of a Novel Inhibitor with Bulky P1 Side Chain in Complex with Plasmepsin II -Implications for Drug Design
rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 81
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2004-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w6iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w6iA01
4YA8A 4QJAA 1AJVA 5P5GA 3EL5A 3VSXA 5KR1A 4YD5A 3VF3A 1FIVA 4DUSA 4AA9A 5BWYA 4FSLA 5P4EA 5OZVA 5P60A 4Y3DA 2ANLA 2V10C 3UCBA 4YCKA 2QZLA 3MWSA 2VA5A 3LNKA 3O9LB 3OQDA 2BPWA 5P2KA 3EM4A 2IQGA 4FS4A 3TOHA 3M9FA 5P0SA 1DPJA 1MRXA 5P1JA 5P7NA 3FV3A 4B1EA 2VA7A 3VF5A 5P53A 3SAAA 1B5FA 5P4VA 2ZGAA 3K4VA 5P2JA 5P0VA 3GGVA 1ZAPA 3ZKSA 5ER2E 4M8XA 3BUFA 3Q6YA 3FNSA 1ER8E 3K5DA 3IGBA 5OZKA 1OD1A 2IDWA 2PK6A 2PWCA 3NU6A 3NU9A 3BGBA 5P8SA 3KA2A 4YOAA 1ODXA 4B78A 4UPJA 4RCEA 5OZNA 1AXAA 5P4SA 3KFPA 3UFLA 1FMUA 2R38A 4HZTA 1FQ8A 1YM2A 3OQ7A 3KFRA 5P1ZA 1UH7A 4OD9A 1GVXA 1TCWA 5P7RA 3PRSA 2BKTA 2EWYA 2HAHA 5P7VA 4F74A 4FRSA 5P01A 1TW7A 3PMUA 3MSKA 5P3JA 1SIPA 5BS4A 5P8QA 4ACXA 5OZEA 4Y3PA 1IDAA 2HPEA 2IGYA 5P7IA 2P3CA 3EL1A 3PHVA 4HDBA 2ZHRA 4GMIA 5P25A 4EJKA 2V11C 4CPTA 4MC1A 5P29A 4GB2A 1EC2A 5OZ4A 3CIDA 4Y3SA 5OZQA 3K5CA 3PMYA 2QI0A 2AZBA 3RSVA 4DV9A 3O9DA 3QBFA 4I0JA 1QBUA 3L5EA 1M0BA 1CPIA 5OZYA 4Y4BA 4JP9A 1K1TA 5P1SA 1BVEA 2PMAA 4EQ0A 5P4FA 4R92A 4OBHA 1FG6C 2R3TA 5P2QA 5P7OA 2R8NA 3PLDA 4I0EA 5P6YA 2J9KA 5UPJA 4ACUA 3U6AA 1ODYA 3UDKA 4J1HA 3K4VC 2QHCA 4Y54A 4IVTA 5P6WA 5P1VA 3NLSA 3TKWA 2MIPA 1HRNA 5P13A 5P4OA 3Q70A 3OGQA 5P7MA 3PM4A 5P4NA 3F9QA 1BXOA 1EC1A 2Q55A 4Y4WA 3VV6A 9HVPA 5ER1E 3OUDA 5P0EA 3GI4A 5OZAA 4L7HA 3GGXA 5P1EA 5SXNA 5P2GA 4ER4E 3UQXA 5P8VA 5P3CA 5P8AA 3GGAA 3URJA 5P85A 2PC0A 4TRWA 1Z1HA 3OADA 4Y3GA 3UDHA 3G6ZA 5P2XA 4I8ZA 1QDMA 5P4YA 2O4PA 5P1NA 3S85A 5P65A 4DJVA 1SIVA 2HB3A 5P4QA 3OXXA 1NH0A 5P3FA 2WJOA 3MXEA 1CZIE 5P6SA 1GNNA 4GJBA 4OBJA 2Q64A 5P49A 1YTJA 3PWRA 3PGIA 4EP3A 2JYSA 3T11A 3WSJA 4R8YA 1RNEA 3INDA 2B8LA 4Y56A 2WEAA 1BV7A 4AMTA 1LV1A 2F81A 4RYCA 1ME6A 4NJUA 3NDTA 2Q5KA 4Y3WA 2I0DA 3ER3E 5P37A 3ZKNA 1T6GA 2QP8A 1K6PA 4F73A 1HEFE 1ZSRA 1HPXA 4A4QA 2I1AA 4XX3A 1B5FB 5P0OA 2WKZA 4Y5BA 1EPOE 2QNQA 4RVJA 5P7BA 5CONA 3GI6A 4H1EA 2QI7A 5OZXA 3I25A 1KJGA 5AGZA 1PSNA 1G2KA 3Q4BA 3I7EA 1ZPKA 5P7GA 2A1EA 3IVIA 5P2BA 4Y5MA 5P6EA 3VLBA 4PYVA 3TPLA 3VFBA 4NJSA 3HAWA 3A2OA 5P42A 3S43A 2CENA 2FDPA 4LL3A 5AH9A 1APVE 2AVSA 2ZJHA 4Q1YA 4OD9B 4CPSA 4CPRA 4R5NA 2QD7A 4J0PA 3PEPA 2BPVA 1SH9A 5P61A 5P4AA 1XL2A 3IXOA 3EL9A 5OZ6A 3QS1A 2G20A 5P27A 3O9BA 1ODWA 1FQ7A 1ZBGA 1AJXA 2QI4A 2AODA 3ZPTA 5P56A 5P0KA 2OHNA 4EHCA 4Y3ZA 5P84A 5OYYA 3SPKA 3Q5HA 4FE6A 5P8UA 3KDBA 3PI0A 1K6VA 4B77A 1W6IA 5P6CA 4EWOA 5P6DA 3G70A 5P24A 3UDRA 5JFPA 3IN3A 3B80A 3NXNA 3VYDA 3CKRA 3BXSA 1FKNA 1IIQA 4X2LA 3PLLA 5OZIA 3S2OA 2QI6A 1DIFA 3DCKA 3VUCA 3S45A 5P11A 3LPKA 2WF3A 5P2MA 4ZEAA 5P5ZA 4RRNA 4CMSA 4YDGA 3WZ7A 1EC3A 1W5WA 4B70A 2G24A 4L6BA 5P2CA 3K5FA 3OU4A 3O9LA 2OHKA 5OZ2A 3NDXA 3ZMGA 3KT5A 1YTIA 1MT8A 2FNSA 3KN0A 5HDVA 5OYXA 4I10A 3OUDB 2BB9A 4Z50A 5P0JA 4CPXA 2F3FA 4GJ7A 5OZ8A 3BHEA 3UDMA 4J1EA 5DR1A 3NR6A 4HDPA 2FNTA 1AAQA 3URLA 4Y5KA 5OZ9A 1B6MA 3D3TA 1C6YA 5P48A 3EKXA 2JJJA 2VJ9A 2ASIA 5AH6A 5P5IA 2OAHA 2IEOA 2AOJA 5P3BA 5DQ1A 5AH8A 3OADB 3EL0A 5P4KA 1W5XA 3KFNA 3CKTA 1QBTA 1EBYA 1GNOA 1HTGA 5P0WA 2O4KA 1IZEA 3HDKA 5P5BA 4RZ1A 4OBZB 3QN8A 3NDWA 4YHQA 1XS7D 4AA8A 3VF7A 3EM3A 5DR4A 5P83A 4ZSPA 4PEPA 2AOHA 5P04A 4I0GA 5E5KA 5P6FA 3D20A 2AOIA 5P35A 1FGCC 4MC9A 3EMYA 5P1YA 3S7LA 1SDVA 5P5TA 5DPZA 3APPA 3ZKIA 4PHVA 5P50A 3OOZA 4GZFA 1Z1RA 2IENA 1EPME 1D4LA 3WB5A 4Y4EA 5P8CA 5HU1A 3CICA 3VFAA 3KT2A 5OZPA 4GJDA 5P34A 2R5PA 3SA6A 5P5CA 4Y5CA 4OBKA 4Y4ZA 5P5OA 5P0AA 4JECA 1HEGE 1LF2A 5P7HA 1ZPAA 3EKQA 3RU1A 3PB5A 4J54A 1K2CA 4GIDA 2QD8A 1EAGA 3BC4A 1IZHA 5P4LA 4EJDA 1U8GA 2WEBA 1BBSA 4Z22A 3I6OA 4DJOA 5P68A 2QMFA 2CEJA 2Q15A 1MIQA 1BWBA 3NU5A 3EXOA 5P1MA 3NDUA 5B18A 1UH9A 1OHRA 3L5FA 2AOEA 2F3EA 2G1YA 5OZZA 2G27A 2BQVA 5P0XA 2FXDA 3D91A 2F80A 3VYFA 2ZJKA 1DP5A 5P1GA 1VIJA 3WZ8A 1APTE 5P0NA 2RKGA 4HVPA 3T7QA 4J55A 3OK9A 1YX9A 5P2FA 4I0HA 5P7UA 1MPPA 3C9XA 4J17A 1C6XA 2QAKA 5P75A 1EPNE 5P0RA 3JVYA 1FF0C 4EQJA 5SY3A 3FX5A 2G1RA 2Z54A 3K5GA 3LPJA 1META 3QRSA 1CMSA 5P87A 3QAAA 5P8DA 2NR6A 5OZ5A 1SMRA 4LHHA 5T4SA 3OUCA 1FMBA 3PSUA 3O9FA 1MSNA 1RQ9A 1XN2A 3O9EA 2I4DA 3TOFA 4RCDA 2O4NA 3PVKA 2B42A 5DQ4A 5P0GA 1MERA 4U7QA 4XKXA 3OU4B 1WBKA 5P80A 3TLHA 5OYVA 4DQFA 5P4IA 1BIMA 1EPRE 4TRYA 1QRPE 5P63A 3DUYA 2HIZA 1YM4A 3L5DA 5P67A 5P43A 5P0UA 1DW6C 4ZSQA 2Q11A 5P2AA 1LYBA 5I3VA 2AOGA 1DMPA 5P66A 1B6LA 2BPYA 2VJ6A 2VS2A 5IS4A 3VV8A 1T3RA 1T7KA 4Y53A 2ZYEA 1SMEA 4MC6A 2WF2A 3NUOA 4RGHA 4EPJA 3EL4A 4Y3NA 4QJ2A 4Y47A 4PZWA 3UFNA 3HW1A 5APRE 3AUPA 5P5RA 4DPFA 5P6JA 5P0ZA 5P28A 5P2UA 2QI1A 3SA5A 4I0DA 4I0FA 5P3HA 1K2BA 4Y35A 2VKMA 5P8KA 2NNPA 4B1CA 3IA9A 5P2DA 2I4UA 2XYFA 3KMYA 5P20A 3CKPA 2O4LA 4H3GA 3N4LA 5OZHA 5JODA 5P57A 1Q9PA 3PBZA 5IVRA 4EXHA 3OWNA 5P4GA 1HVLA 3EKYA 1YT9A 3ZKXA 2UPJA 1HTEA 2QI3A 1RL8A 1HSGA 4PZXA 4HDFA 1GVTA 3NU4A 5P36A 3LZSA 4YD7A 5P3ZA 1T7IA 3BUHA 5DR7A 4HA5A 3LIVA 4E43A 3HAUA 1PFZA 5P5KA 5P1TA 5P77A 3FNUA 4DJWA 3PWMA 3LINA 3MSJA 4NJVA 3S8IA 4Y44A 2R9BA 4H3IA 4Y4XA 1QBRA 5P2NA 3BUGA 4ZSRA 5KOSA 4R95A 3GW5A 3I2LA 5SY2A 2QU3A 5P8RA 2FDEA 5P0HA 5P82A 4GJ5A 3LZVA 2WECA 3OQKA 3LHGA 3OQAA 3PCZA 5P02A 5P7PA 3O99A 5P7WA 5OZUA 1EPPE 1ENTE 3PJ6A 3QI1A 2ER6E 4TVGA 5P3AA 3ECGA 3UF3A 3S56A 5P4JA 2QZXA 5P5LA 4QJ9A 5P1AA 5P0QA 4CP7A 4OBZA 1G0VA 2V12C 5P1DA 5P0BA 5HDUA 4YBFA 2A4FA 4EXGA 1MTBA 1BAIA 4DJXA 4J1FA 2QK5A 3GI0A 2XFIA 5P55A 5P6QA 5P5WA 3D1ZA 5P4PA 4RCFA 1EBKC 1MEUA 3B7VA 1PSOE 4DJQA 2VIEA 2V0ZC 3TL9A 4DQEA 2VJ7A 5P3VA 1D4HA 3I8WA 4FRIA 5F00A 5P76A 5ISKA 3AIDA 3UDJA 2G1NA 5CLMA 6APRE 2B60A 4DQGA 2ZHSA 2RSPA 4LXAA 4Q1XA 5HCOA 1UPJA 1LYBB 1W6HA 3T7XA 4Y3TA 4Y4JA 1HTFA 3S53A 3OXCA 2NMZA 4KB9A 5P0MA 4WTUA 2ZE1A 3T6IA 2QMPA 5KAOA 4WY1A 1APWE 5P1HA 5DR0A 1M4HA 2WF4A 3EKWA 1EC0A 3L5CA 4Y3HA 5P07A 2UY0A 2PYNA 4Y38A 5P4XA 3QBHA 4A6BA 5P89A 5P30A 3OGPA 5P58A 3PI5A 3RVIA 3EKPA 5P5MA 4FSEA 1EBZA 4EJ8A 3ZL7A 1PPLE 1E80E 1MRWA 4Y5GA 3JW2A 1ZP8A 1W5VA 2WHHA 1IZDA 5P8IA 5BRYA 2XFJA 5P1PA 5P1OA 4Y3JA 4I12A 5P2IA 3QRMA 5KOQA 3QROA 4K4PA 1TQFA 2IKOA 4HLAA 1MTRA 1C6ZA 5P3DA 5P15A 4ER1E 1XL5A 4YBIA 4Y4AA 2NXDA 5P0YA 3PWWA 4B05A 3MSLA 5P7DA 4Y39A 5P73A 5P7EA 3PCWA 5P72A 2JE4A 1W5YA 5P5VA 1EEDP 3DK1A 4PPHA 5P7ZA 5AH7A 3O9CA 5P86A 5HD0A 5P70A 2HB2A 3QIHA 4Y43A 2AZ8A 4B0QA 5P38A 2F3KA 4L7JA 2QZWA 4YD4A 5P5NA 4OC6B 4CPUA 1NSOA 1A9MA 5P5DA 3WZ6A 5P4CA 5P64A 3KFSA 4LC7A 5HTZA 5P1KA 2RKFA 5P3LA 4K9HA 2ZHTA 2P8HA 4BFBA 1M43A 5KQXA 1GNMA 3OOTA 4EJLA 2PWRA 3L38A 4I0IA 5P10A 5I3XA 3UDNA 2CEMA 5P7LA 5KQYA 3IXJA 5HDXA 3ZPUA 4Q1WA 4GJCA 5P12A 5HE4A 5J25A 5OZRA 1E5OE 3BRAA 8HVPA 3G72A 5OZTA 2JJIA 1KJ7A 5P6TA 1SGZA 4I11A 2Q54A 2OHMA 3PBDA 5OZCA 5P6KA 3L58A 2HS2A 2FGVA 5P7XA 4YE3A 4ZSMA 3K1WA 1HPSA 2VIZA 5P8HA 2V16C 3Q3TA 3NWQA 2QHZA 5I3WA 4IVSA 3MXDA 4DVFA 5P3MA 5P1XA 1AIDA 3UQWA 5P7TA 2NTRA 1FQ4A 1ZLFA 2ZJIA 2XFKA 4D8CA 4QJ7A 4U7VA 5JFUA 3ZKMA 4DFGA 1HBVA 4M8YA 3UQPA 3VG1A 2G26A 5P7JA 1N49A 2P3DA 1HIHA 1B6PA 4QJ8A 2ZJNA 1LYWA 1IVPA 5P5JA 3IN4A 2HM1A 3OXWA 2XYEA 1HVHA 4JPEA 4J0YA 3LIZA 1LF3A 1XE6A 5OZ3A 4L1AB 1XE5A 5OYWA 5P78A 2AVMA 2VNMA 4YD6A 5OYUA 3LIQA 5IVQA 5P0PA 3R0YA 3HZCA 5P0IA 3SM1A 1PPKE 5P8NA 2I0AA 3DV1A 2G69A 3NSHA 5P3GA 5COKA 4RLDA 1FQ6A 1GKTA 2PSVA 4YCTA 5OZSA 3KYRA 3ZKGA 3BVBA 2IS0A 4Q5MA 2G94A 2H6TA 3FSMA 2WF1A 3KM4A 5C9DA 2R5QA 3N3IA 2IGXA 4DQCA 5P7AA 3U71A 1A30A 1HXBA 1LS5A 4K4RA 5OYZA 5P5UA 2IRZA 3OHFA 1MESA 3UPJA 3UDQA 5P1LA 1B11A 3UDPA 1SBGA 4LAPA 4YD3A 5OZ7A 1HTRB 4APRE 4WY6A 1K6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YA8 A;  4QJA A;  1AJV A;  5P5G A;  3EL5 A;  3VSX A;  5KR1 A;  4YD5 A;  3VF3 A;  1FIV A;  4DUS A;  4AA9 A;  5BWY A;  4FSL A;  5P4E A;  5OZV A;  5P60 A;  4Y3D A;  2ANL A;  2V10 C;  3UCB A;  4YCK A;  2QZL A;  3MWS A;  2VA5 A;  3LNK A;  3O9L B;  3OQD A;  2BPW A;  5P2K A;  3EM4 A;  2IQG A;  4FS4 A;  3TOH A;  3M9F A;  5P0S A;  1DPJ A;  1MRX A;  5P1J A;  5P7N A;  3FV3 A;  4B1E A;  2VA7 A;  3VF5 A;  5P53 A;  3SAA A;  1B5F A;  5P4V A;  2ZGA A;  3K4V A;  5P2J A;  5P0V A;  3GGV A;  1ZAP A;  3ZKS A;  5ER2 E;  4M8X A;  3BUF A;  3Q6Y A;  3FNS A;  1ER8 E;  3K5D A;  3IGB A;  5OZK A;  1OD1 A;  2IDW A;  2PK6 A;  2PWC A;  3NU6 A;  3NU9 A;  3BGB A;  5P8S A;  3KA2 A;  4YOA A;  1ODX A;  4B78 A;  4UPJ A;  4RCE A;  5OZN A;  1AXA A;  5P4S A;  3KFP A;  3UFL A;  1FMU A;  2R38 A;  4HZT A;  1FQ8 A;  1YM2 A;  3OQ7 A;  3KFR A;  5P1Z A;  1UH7 A;  4OD9 A;  1GVX A;  1TCW A;  5P7R A;  3PRS A;  2BKT A;  2EWY A;  2HAH A;  5P7V A;  4F74 A;  4FRS A;  5P01 A;  1TW7 A;  3PMU A;  3MSK A;  5P3J A;  1SIP A;  5BS4 A;  5P8Q A;  4ACX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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