1W9VA

Specificity and affinity of natural product cyclopentapeptide argifin against aspergillus fumigatus
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
ASSGYRSVVYFVNWAIYGRNHNPQDLPVERLTHVLYAFANVRPETGEVYMTDSWADIEKHYPGDSWSDTGNNVYGCIKQLYLLKKQNRNLKVLLSIGGWTYSPNFAPAASTDAGRKNFAKTAVKLLQDLGFDGLDIDWEYPENDQQANDFVLLLKEVRTALDSYSAANAGGQHFLLTVASPAGPDKIKVLHLKDMDQQLDFWNLMAYDYAGSFSSLSGHQANVYNDTSNPLSTPFNTQTALDLYRAGGVPANKIVLGMPLYGRSFANTDGPGKPYNGVGQGSWENGVWDYKALPQAGATEHVLPDIMASYSYDATNKFLISYDNPQVANLKSGYIKSLGLGGAMWWDSSSDKTGSDSLITTVVNALGGTGVFEQSQNELDYPVSQYDNLRNGMQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Aspergillus fumigatus
publication title Specificity and Affinity of Natural Product Cyclopentapeptide Inhibitors Against Aspergillus Fumigatus, Human and Bacterial Chitinases
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE
total genus 139
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2004-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1w9vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w9vA01
1UD4A 4YN5A 2G3JA 4TX6A 1GJUA 1GW1A 5CGMA 3WSUA 5JBFA 2XFYA 1OSEA 4MPKA 1OGBA 2ZUMA 1GOKA 2A3CA 3HJEA 3VGFA 5IFTA 5CZKA 1J18A 1ISXA 3L2LA 2E8ZA 3CGTA 1M01A 2V3GA 1I1XA 4RL3A 1LG1A 4YPJA 2JF7A 4FK9A 4MAZA 4D71A 4H41A 4AWEA 2W62A 1KWGA 5JBEA 3T2QA 5IHSA 1HT6A 2BY1A 1BPLB 2UY3A 4WSJA 5JIWA 1UH4A 3AROA 1XRVA 3WEZA 2VL4A 3W29A 4W7WA 4E4PA 1OT1A 4Z2HA 1W9DM 4BQ4A 4GPNA 2JIWA 3FAXA 4PMQA 1OGSA 4M80A 1B30A 3N15A 1NM9A 1FHDA 1VJZA 4P7NA 4CVUA 1HJVA 3LPPA 2PC8A 3N04A 4LYRA 2CITA 4GXPA 1Q6EA 1B3ZA 5BXRA 5M5DA 2XFFA 2WWCA 4MNKA 3BGAA 5HXMA 4KRUA 4MJ4A 1XH2A 3MANA 4EE9A 4DM2A 4WKFA 1MW1A 3RCNA 4LGXA 4JKLA 5FKYA 3CTTA 4AD5A 4P8UA 5A6LA 2UY2A 1UWSA 3VGEA 2A3BA 1H0GA 4W7UA 3W37A 2FDMA 4DWSA 1E5JA 3TTQA 5LA0A 2D20A 3WF3A 1VEPA 5A6MA 3L4TA 1HNYA 3EDEA 3CZKA 3BH4A 4LX4A 5HPOA 3MUAA 1BHGA 4C7GA 3WEOA 4DWSB 6CGTA 1GOQA 5A8MA 2JFEX 2Z1SA 3VX0A 4HOZA 3ZM8A 2YBTA 4QCFA 3WDHA 1AMYA 4HPHA 1R7OA 3B9DA 3VDHA 4F79A 1V02E 5A8PA 3GTNA 2OWWA 3IAPA 2BHZA 3SCOA 1V0KA 4A3HA 3OLGA 4Z2IA 1JFXA 1IT0A 1JZ5A 4U3AA 1W2PA 2Y8KA 1WDRA 1NWUA 4Q7NA 5E09A 4AIEA 5CSYA 3CZGA 4TOQA 4UFLA 3ZR6A 3ARZA 4UTFA 3U7VA 4UOQA 2WVTA 2E9MA 2FH6A 2VRQA 2BY2A 1W3HA 5BRQA 1TCMA 1XCWA 1Q6DA 1HN1A 3FHQA 4NRSA 2XSBA 4FF5A 5DFAA 4UFJA 5I5RA 4B3KA 2XSAA 4TVUA 3AMGA 4X0NA 3SUUA 2X09A 1W1VA 3WD1A 1QW9A 9CGTA 2J7HA 1HVXA 2PWGA 3UR7A 3WDRA 2ZX8A 3ZT6A 5D8ZA 4PUEA 1WE5A 4HOWA 2XIIA 1JD9A 1JI2A 1UD8A 1W9VA 5A1AA 4J3UA 4B16A 4GI8A 4JHOA 1QI3A 1V6WA 2E4TA 1PBGA 4MADA 1U30A 2QF8A 2AMGA 1FFQA 4UQEA 3CUHA 5GQBA 1E6ZA 2D0GA 5A6SA 3F5LA 4ZXLA 4GI9A 2VNCA 3AQUA 3QOKA 1VENA 3FAWA 4TUFA 2XJ7A 4W84A 1UYQA 3PHAA 4BQ3A 2ZIDA 2FH8A 3RIKA 3WENA 1A47A 5C71A 1XGZA 2OSYA 1KWKA 2BV9A 1V3HA 2G3MA 1TVNA 3WNKA 4MB5A 2ZX5A 4PYSA 3K4AA 1VFFA 3WUFA 2WMKA 3WD3A 1J0IA 5GNYA 1E1FA 5FIPA 2J7EA 2VX4A 3N13A 4Y7EA 4AC1X 1SYTA 4GO8A 4DUVA 2BY0A 1H0IA 1TVPA 1K6AA 5BWFA 1E73M 2X0YA 3M07A 2VZVA 4AD0A 2BVYA 2WB5A 3T09A 2XVLA 4D6JA 3ZJ6A 1W1YA 1B31A 2YA1A 1AVAA 4CVWA 1QI2A 1KXHA 4AYSA 3AXIA 5E0FA 1H11A 4RE2A 1V6VA 2GSJA 4JZ5A 3EDKA 4J3XA 3TP4A 1SMDA 1OIMA 4IPNB 1J0KA 3GXFA 2ZUSA 4AW7A 4RE3A 3BMWA 1EQCA 1CXFA 2IXVA 1M04A 3A47A 1WNOA 1E4NA 4TVDA 2DIJA 4KH2A 1V6YA 3OGSA 5BYWA 5A6JA 3BC9A 5D9MA 2EEXA 1HJSA 1K9TA 5DT5A 1R87A 2PWDA 1JYNA 2J75A 3NSNA 1AQ0A 1GQLA 4EAMA 1JZ6A 2A3EA 1QNQA 3AXHA 1H5VA 3RJYA 2XGBA 3MMWA 1K9FA 2VOTA 4QP0A 4ZEPA 5A6BA 3WNLA 3NCOA 3SCNA 2DQXA 2WMIA 4IISA 1V3KA 2CKRA 2PI6A 1DHKA 1PIGA 3EMZA 2VR4A 5HDRA 2VC9A 4X0VA 3AMDA 1HJXA 4N42A 1G94A 4W8LA 3CZJA 1BGAA 3L4ZA 1C7TA 3WH7A 4D6HA 1NP0A 3IAQA 4W5ZA 2WMIB 4PRWA 1HKKA 3UG5A 3W28A 1CNVA 1QNOA 4Z2GA 1CLXA 5E6YA 5IXEA 5D9PA 3VGBA 1EO5A 1W2VA 4UFKA 4BA0A 1VAHA 2WHKA 5E9AA 5A6AA 1Q4NX 5DMYA 1UWIA 2DT2A 4B9YA 4W88A 1GVYA 1PX3A 1ISWA 1JAKA 2VO5A 3DHPA 7A3HA 3OG2A 1JFHA 1IZJA 4CCEA 1EGZA 1CXHA 4GZIA 3RMEA 3WKZA 1CLVA 3T0AA 2JEQA 1K9DA 1EDTA 3FNDA 1U2YA 3M6DA 3GNOA 4NF7A 2GFTA 5I3DA 1UKQA 1LWHA 4AXNA 2BHUA 2PBOA 2CIPA 4TTUA 4GQRA 2WMJA 3N11A 2VVSA 1UKOA 1VB9A 4LXFA 4W89A 1JGIA 1E6XM 2YL9A 2VZUA 1UD6A 1E72M 2ZWYA 3AISA 1JF6A 4BF7A 1KCLA 2DSZA 5BXTA 4D6GA 4PMZA 1C90A 1J11A 1NOFA 1E56A 1W9PA 2VURA 4S3JA 3KL5A 3NDYA 2VQUA 3GH4A 1GQKA 2WCAA 2XIBA 4JFUA 4EANA 1F4AA 2XWDA 4HZ6A 2D0HA 2WCSA 1PZ3A 3WDIA 1JI1A 2GJRA 1OGGA 1G5AA 4OUEA 1MXDA 1H4PA 2WMFA 2V3EA 3AZRA 1DEDA 3VD5A 3VMPA 1EH9A 3WUGA 1GOOA 4GZEA 4F9DA 1UWQA 3K8KA 4P8XA 3GYCA 1GOWA 3RM4A 3W38A 5AYBA 1B2YA 1TUXA 3I3BA 3WH8A 4AISA 2CBIA 1CENA 4R27A 3ARYA 1PPIA 2CXGA 4D1JA 1MW3A 3ARQA 2DH2A 3VX1A 1D3CA 3ZR5A 1JZ7A 1J0ZA 4WIWA 2QMKA 3MV01 2WPGA 1UWTA 1OWQA 4JL1A 1MQQA 2QHAA 2VCAA 3PTKA 1UWRA 1ZS2A 4WLCA 2XFRA 3EMQA 5BROA 2VCBA 4U31A 1PAMA 1E3XA 1JYXA 2GDUA 1QI4A 3CUIA 2WW5A 2XM2A 4H8VA 1JNDA 2W61A 1TA3A 2EXOA 1MXGA 1JYVA 4QLJA 4FLSA 4PMUA 3VIHA 3BLPX 1J12A 3SCSA 1A3HA 2F2HA 1GORA 1XD0A 4WJXA 2J62A 5M3WA 4MB1A 1VBUA 2VR5A 4PSPA 1NWRA 1XYFA 2DSUA 3WFZA 2Y5EA 1TA3B 1UQYA 1GOIA 3AI0A 2WCGA 1NOWA 4ATWA 2GUYA 2X8RA 3WN6A 4AY1A 5F7UA 3GBEA 4M56A 1XCXA 3AZSA 2W63A 1EO7A 5D9NA 3GNPA 4H8UA 1UKPA 2V38A 1WZLA 3W0KA 2BXYA 3PZIA 3ALGA 3WF0A 3T2OA 3OB8A 2VVNA 4MDPA 3VDAA 2OWXA 1CYGA 3W27A 2ESCA 1ZL1A 4PCTA 2WK2A 2UWFA 1GOMA 3DYMA 3WH5A 3FY1A 3VIGA 2GJPA 3CMGA 1E0WA 4WK9A 1CDGA 2X2YA 1BFNA 3GNRA 4QLLA 1Q6GA 3AIVA 1HJQA 3AMKA 1CBGA 4F66A 3OIHA 3ZO9A 4HMDA 5A3HA 1KQYA 2BHYA 3ZQ9A 1GPFA 2ZUTA 1CXLA 5E70A 2D24A 1RP8A 4F9JA 2OWCA 4HMEA 2CBVA 4AZHA 3MSDA 4X9YA 2BNJA 5BCAA 2WMHA 4AZCA 3CH9A 1MVYA 1EIBA 4AZIA 5HBFA 1JAEA 4CD7A 1O6IA 1E3ZA 2J79A 2EQDA 1CTNA 1J10A 1B90A 3AIEA 5JBDA 3EDDA 1UR2A 1M53A 1BG9A 2E3ZA 1KFWA 1GQJA 4AZCB 4PTWA 1D2KA 3AS1A 5A8NA 1LL6A 2HVMA 2XVNA 4AD4A 3AOFA 4D6IA 3MMUA 1JZ2A 1UR8A 4BCEA 2OLHA 2D3NA 1BLIA 1K9EA 1WKYA 1H49A 1LWJA 2E9LA 5CPQA 2HISA 1CGXA 3CZ8A 4GI6A 2PBGA 1GONA 2WVVA 2ZUUA 5AC4A 4CN6A 3CHFA 3WQ8A 1B3VA 3KZSA 3U5UA 1E6PA 2WYSA 3VD3A 1CGTA 5IHRA 3WMSA 4HA1A 2GK1A 3PZUA 4ATLA 2WZEA 1UD3A 4FLRA 3VD4A 3WIJA 2WVVB 4GINA 3BAXA 5GNXA 2QPUA 2FGZA 3CIVA 3PZOA 3K8LA 1XSJA 1HKMA 4HMCA 4HP5A 1U33A 2J7FA 2GK1B 1EHAA 4UQDA 1KR0A 4CKQA 5E6ZA 1PEZA 1KXQA 4BS0A 2WM0A 3K46A 1C8XA 3WUBA 3VIFA 4D6CA 3L4XA 3ZJKA 4OOUA 2OSWA 4JL2A 3N17A 3II1A 4UQBA 2WZIA 4HU8A 4WSKA 1D7FA 1NWTA 4U33A 1HIZA 4Z2LA 3OLDA 1OB0A 3SUWA 4U3CA 1Q6CA 1E6QM 4MB3A 3BMVA 4LQ1A 4MNJA 2O9RA 1NARA 1E4MM 1KQZA 1J0JA 5CPSA 1SFSA 2VMFA 4YHGA 1W1PA 3AS2A 1QHZA 4JFVA 1KBBA 3KEHA 5DO8A 1GZJA 4QLKA 3N1AA 4JCMA 1VRXA 2CYGA 2JALA 1Q6FA 1CECA 2WLYA 1XHGA 1BYAA 2YDSA 2QV4A 4AMCA 1HVQA 1UWUA 4C7DA 3CMJA 3HU7A 1FA2A 1QI0A 3KWXA 4W93A 1DWHM 1V0NA 3PZVA 1CGYA 1RD6A 4OKDA 2EPMX 2XM1A 3WD4A 2WXDM 3U5YA 4TVCA 1QBAA 3PZGA 3WQ5A 3AMCA 3PN8A 5FOOA 2G8ZA 1TMQA 3APGA 4JIEA 3RILA 3AHTA 3UEQA 3AXXA 2YA2A 3ARVA 1V02A 2YDQA 5I6SA 3U7BA 5A8QA 5IDIA 1ISYA 3PTMA 3WNOA 3OLEA 4AIOA 2MANA 3VD9A 3FN9A 2D22A 1XC6A 1OIFA 1EA9C 2A3AA 1V3JA 3WH9A 1FP8A 3ZSTA 1OBAA 1OD0A 5AYIA 2WSPA 4D6EA 3WF2A 1E5NA 1VEMA 2W67A 2WKGA 4NRRA 1XSIA 4HA4A 4PUDA 7CGTA 1J01A 2Z1KA 1UH2A 3AYRA 2J7GA 1WP6A 2W4XA 3WF4A 4J3VA 3CBWA 3G6LA 4WKHA 1E0XA 1R8LA 1JYWA 1JD7A 1LQ0A 3SURA 1PJ9A 3GDBA 2VTFA 2WAGA 2DEPA 2PWHA 1CXEA 4XZWA 1JZ4A 4W87A 2EPLX 3A4WA 1TR1A 2GVYA 4B3LA 1CWYA 5BXSA 1XSKA 2XUCA 3N12A 3KL3A 3IJ9A 3CZLA 4CD8A 4V2XA 2G4FA 3T0DA 4PEEA 2E8YA 1BYBA 2ZUNA 4UCFA 4J27A 1EXPA 2EJ1A 4W85A 3PZ9A 3WNPA 3OBAA 1E70M 1ZBCA 1ECEA 2J8FA 3EBVA 5JH8A 3VGDA 1OM0A 4IUGA 4B15A 1DP0A 1X1NA 1HP5A 3D5HA 4F8XA 1QNRA 4JFSA 1PX4A 3L4UA 1GJWA 3MUY1 4DUWA 3A3HA 1R7AA 2G3IA 5HOSA 3LPGA 3VOCA 1EDQA 2WMGA 4CD6A 1BVZA 2Y4SA 2YL8A 4PMXA 1PX8A 2DT3A 3GXDA 4HOXA 3DHUA 1PZ2A 4Q22A 1HL9A 1WZAA 4MDOA 6A3HA 5HNNA 3GH5A 4D1IA 4P7OA 3EYPA 2TAAA 4OIFA 4KGLA 1GVIA 3CLWA 2J78A 1E6NA 1J0HA 1WO2A 1G1YA 1DWFM 1E71M 1W91A 2JE8A 3QHNA 4CN4A 4UZSA 5A2CA 3RM9A 2RGLA 4RE4A 3VIOA 4NSBA 2D1ZA 2W66A 2OSXA 3WNNA 1WCGA 4KRTA 1UUQA 2VJXA 3BAYA 4A4AA 1C8YA 3THCA 5FD0A 1ZJBA 4C7FA 3WD0A 1EDGA 4H8HA 4UFIA 2ZUWA 1C92A 4H2CA 1P6WA 5I23A 1G9HA 4GQQA 5EMYA 3CHCA 3WDQA 1V3LA 3CZEA 2QMJA 3J7HA 2W5FA 3VIPA 4QAWA 2DIEA 4PN2A 2EO7A 2XVGA 1FH7A 4QCEA 3GBDA 3FW6A 1H2JA 5DF0A 3AIRA 3VDBA 4U5KA 3VUPA 2YIHA 1KCKA 1UR9A 1W3KA 3VPLA 4P7QA 4JHZA 2VCCA 3GZAA 3SCQA 1AQHA 4PMOA 3VM5A 4M82A 1I75A 3MUIA 2XWEA 3VDCA 2OYMA 1C7SA 4MJ2A 1UKSA 3OGRA 1GQIA 3VM7A 4DM1A 2NT1A 4M29A 5JUVA 3OA5A 1ISZA 1OD8A 1QI5A 1LL4A 5C70A 1UR4A 5LYRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4PTM A;  5A69 A;  1E55 A;  3U57 A;  3G6M A;  2YA0 A;  4PTV A;  2VT0 A;  1L0P A;  3HN3 A;  2J7C A;  4JFT A;  5D8W A;  3SCW A;  4CU6 A;  4CU7 A;  3BXW A;  1HP4 A;  3WBA A;  3SUS A;  1KR1 A;  1XD1 A;  3CO4 A;  4XUY A;  5FL1 A;  5KZ6 A;  1NWS A;  1W9X A;  1AQM A;  1ZB5 A;  1C93 A;  1MW0 A;  1KB3 A;  3WBE A;  1SR0 A;  1R86 A;  3L4Y A;  4XB3 A;  1E6S M;  1H41 A;  1XV8 A;  2J7B A;  4HTY A;  5LA1 A;  1LF1 A;  3IJ7 A;  4J7R A;  3QOM A;  2YL5 A;  1G01 A;  4JCL A;  5A6K A;  1YHT A;  3M46 A;  3VIK A;  2BVD A;  4W7V A;  2WBK A;  4UFM A;  4P7R A;  1US2 A;  4MAV A;  3VNZ A;  1IZK A;  4MNL A;  1QHO A;  1V0L A;  3NSX A;  3B9E A;  2O92 A;  3AML A;  2E0P A;  4PTX A;  3VIM A;  3ZMR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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