1WAFA

Dna polymerase from bacteriophage rb69
Total Genus 277
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
277
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Nucleotidyltransferase
total genus 277
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1wafA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1wafA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wafA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1wafA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1wafA03
3LP2A 3NE6A 5CZ1A 4HVJA 3TR8A 3OYCA 1QS4A 4CJEA 4IG3A 4M3RA 2HVIA 1RBTA 2HHTA 4I9LA 4CF2A 4DTXA 3SPYA 4AILC 4H4OA 4E89A 1DTTA 1NK7A 3KLEA 3QEXA 1S6QA 3AVJA 3CYMA 1SUQA 4ID1A 1RT7A 3D0PA 2DFFA 4CFCA 3SUPA 2OZMA 1A5XA 2ATQA 4KTWA 4OGCA 1QHTA 1BIUA 2RPIA 4E7LA 1VSDA 4N47A 4DWIA 3VQPA 3RRHA 4CFDA 4CJSA 3MXIA 2G8KA 2Z1HA 4J2EA 1KCFA 1LW2A 2FBVA 3ZT4A 1UA1A 3OYBA 4E1NA 3OYIA 3KLIA 4BE0A 1U49A 5HRSA 1BI4A 3OYEA 1HNVA 1WSIA 1A5VA 3O4QA 1B92A 3NBPA 3MXJA 4K8ZA 3VQBA 3ZSZA 4Z0UA 3KLHA 2G8WA 1ASWA 2VWJA 4CFBA 1C1CA 4FJ5A 2YNHA 3RR8A 4F4KA 4OLBA 1Q9XA 4FYDA 1DTQA 1XWLA 3VQ5A 4DU3A 2DTUA 2W42A 1QE1A 1GOBA 3WNGA 1RDBA 4CIGA 1JLEA 3O3FA 3SYZA 5KGWA 4DLEA 4E1MA 2E6LA 1NJWA 3AVMA 4F2RA 1WSHA 1X1PA 1FK9A 2YV0X 3HYFA 3LALA 4FLYA 3VQ4A 1JL1A 1SV5A 3TAFA 2AJQA 3DRSA 3V1OA 4FLXA 3SCXA 1I39A 5I3UA 1REVA 4FJLA 4KHNA 3QINA 4ICLA 4CERA 3V6DA 3S3NA 2PZSA 3SQ1A 3QEPA 1HQUA 3OYDA 4LY7A 5J1EA 1XHZA 4CJ3A 3LPUA 3HO1A 4CEEA 1EX4A 5EU7A 1NJYA 3HP9A 3E01A 3VQAA 1ZBIA 3NHGA 1ASUA 2P1JA 3DMJA 3UIQA 3LP3A 4OKKA 1VSEA 4EP5A 1ITGA 3K5LA 2OPQA 3IAYA 4B8CA 4O0JA 3L3UA 4RW6A 5E41A 3DLHA 2DY4A 3C6UA 4DU4A 3AO1A 1J5OA 2BDPA 1VSMA 1RBRA 2FBTA 4KTZA 1HYVA 5HRRA 3AA5X 5K14A 4H4MA 4DQPA 4FZZA 1IKYA 2XY8A 4QAGA 4DSLA 4CFAA 1HPZA 3VQ9A 1VSFA 4HCBA 4B9SA 1BHLA 3I0SA 2Y1IA 3CFOA 4M3YA 2ZD1A 3DOLA 4FW1A 4PA1A 5HRPA 4CGIA 4B9TA 1JKHA 1CZ9A 3OYJA 2EHGA 2HNDA 3LP1A 3NGYA 2QKBA 3K5NA 1VSKA 4F2SA 3K2PA 5FROA 4BACA 1ZBLA 3AVBA 2IC3A 1LW0A 4KI4A 2YNIA 2JLEA 1WAJA 4KHQA 4Z4FA 2Q3SA 1D8YA 1NKCA 1HMVA 3F73A 1UWBA 1WAFA 4W5TA 1NJZA 1O1WA 3KLGA 4DSEA 4RW4A 1BISA 4HUFA 1TKXA 3TABA 1S5JA 1JLBA 3K5OA 1SKWA 1RT5A 1TKTA 2F8SA 4G1QA 4M3ZA 1S1XA 2G8UA 4FZYA 1QSLA 5HRNA 4JRPA 4EZ6A 2OYQA 3SQ4A 3IG1A 2DFHA 4CJUA 2HVHA 4W5RA 2PY5A 3NH2A 1NOZA 3U6FA 5DMRA 3RRGA 3EYZA 1RBVA 1TAQA 4DTJA 1C6VA 1RBUA 2BE2A 4I2QA 4JS4A 3TANA 2G8VA 1RT3A 3VQ8A 2HB5A 4FJGA 3U3YA 3V9WA 4KB1A 1TGOA 3HPOA 1BL3A 1S1UA 1J9AA 3QETA 2OPSA 3ZSQA 1LWEA 4YFUA 4CF9A 4O5BA 3NAEA 2DFEA 4CGDA 2B4JA 3H08A 3KD1E 1KLNA 4FM2A 4J2BA 3S3MA 4KFBA 4KHUA 4DQQA 4R5PA 3KK3A 2LSNA 3OJSA 4DG1A 4DTNA 1VK0A 4PQUA 4FK4A 4CECA 3DYAA 4IFYA 4CJVA 1G15A 4CJWA 3OYFA 4MFBA 2X6NA 3ZT3A 4FJXA 4FM0A 2ZE2A 2P51A 4CHZA 3I0RA 3PO5A 1L3SA 4DSFA 1RT2A 1YVUA 4BE1A 3DLRA 4KHWA 4CGFA 1JXEA 3HPGA 4GMJB 3VA3A 4KV8A 5T7BA 3BDPA 4OPJA 4LD0A 3SV3A 5I42A 1GOCA 4ELTA 1U47A 1HNIA 4M3TA 5J2MA 3K58A 2IGIA 1QSYA 4XIUA 2OZSA 1UA0A 2B5JA 4FJ8A 1KFSA 3V9XA 1U48A 3T19A 3SNNA 3C94A 3EY1A 1TK0A 3OVNA 1SL2A 1EETA 1CXQA 1Q9YA 4DS4A 2A1RA 3OYHA 5JS1A 1WSFA 3AVKA 1L3VA 4Z4HA 4O4GA 3QERA 1JXBA 1T7PA 4BDPA 3HPHA 1D9FA 4M41A 4FJ9A 4DTOA 3AVCA 3VN5A 4FJKA 4DS5A 1HYZA 1IO2A 1VSLA 3C6TA 3DRRA 3M8QA 3T1AA 5C24A 3KK1A 2ITGA 5SZTA 4HCCA 1Z26A 3NGZA 4FK2A 1QSSA 3V4IA 2BANA 4ZHRA 1SL0A 1D9DA 1X9MA 2HHXA 4WE1A 4Y1DA 3ZT0A 2F8TA 3K5MA 3TAGA 3AA4A 4CEZA 1WN7A 3MAQA 4CJTA 3MEGA 4CJ5A 2KW4A 2XY5A 3NF9A 4IBNA 3SV4A 2G8IA 3P1GA 3K57A 3SJJA 1RTHA 3WNHA 1KRPA 3FFIA 2XY6A 2IAJA 3HL8A 4DTPA 1S9GA 4JRQA 1LAVA 2FBXA 3SI6A 4HUEA 3TI0A 4KB0A 2ETJA 3L2UA 4HUGA 5C25A 1LWCA 2WONA 1HQEA 4FJNA 3QNOA 4FLTA 4CEOA 4NCAA 1WSJA 3ASMA 4FJ7A 3QEVA 1XC9A 3QNNA 1LWFA 2Z1IA 4E3SA 4CK3A 4Z4IA 4C8MA 4Z4CA 4JS5A 4F3TA 1RDCA 4EP4A 1RDDA 3O4NA 2QKKA 3SUQA 4E7IA 1LV5A 4FLVA 2YNGA 3AVLA 3BGRA 3ZSVA 3ITHA 4CEBA 4UQGA 4GVMA 2KTQA 4DQIA 4O55A 5JS2A 3NF6A 1T03A 1ZYQA 1IH7A 3P83D 3DM2A 4M3XA 4TSXA 4OKJA 3QLHA 3HSTB 3F9KA 3VQ7A 1IKWA 3AVHA 4CGGA 3L2WA 3ULDA 1JLFA 4C8NA 4AHCA 3KJVA 1XHXA 1KLMA 1X9SA 3JYTA 3PY8A 3ZSRA 4EZ9A 1TKZA 3G0ZA 2D0AA 1TAUA 3V1QA 1NOYA 3AO3A 1K6YA 5HP1A 4DF4A 1NJXA 2E4LA 1ZBUA 3C95A 4ELVA 1JLQA 2X78A 1S1VA 1C0UA 1BIZA 2D0BA 4B8AB 3M8RA 3AVGA 1L3UA 1ZBFA 1ZBHA 4FVMA 1EXQA 4CHPA 4DFMA 4DSKA 4L8RB 4I7FA 1NK5A 3WNFA 4QCLA 3ZSXA 2F96A 3OY9A 2ZQBA 1SKRA 2KFZA 4M3UA 1HRHA 4KRFA 3MECA 4OJRA 5FRMA 4KHYA 4CF1A 3AV9A 4NYFA 1L3TA 1RBSA 2KZMA 3O3HA 1BQMA 2YHBA 4Q0BA 3SUNA 4DF8A 3HK2A 2X74A 1YTAA 2XO7A 2FBYA 3QO9A 2R7YA 5C42A 5KI6A 3L2VA 2FC0A 4AHRA 3AA2A 2JGUA 3RTVA 1S1TA 4NCBA 4BWMA 3AVFA 3NF8A 2VG5A 4ZTFA 1C0TA 4BE2A 4E7HA 4CESA 4DMNA 4CJKA 3CM6A 3OS1A 2G8HA 1JLAA 4DLGA 3S9HA 1TL3A 4BWJA 4Q5VA 4IKFA 4DFJA 2I5JA 3SZ2A 5KGXA 2YKMA 4CEFA 1JL2A 3V9ZA 1L5UA 3TAEA 2HMIA 4CGJA 1B9DA 3KK2A 2Y1JA 1XI1A 1R0AA 3KD5E 4RG8A 1W0HA 1JLCA 4IG0A 4FJJA 4CIEA 4PUOA 3HVRA 4DQSA 1SL1A 4DFKA 2HHVA 3D45A 4OKEA 4F3OA 4OPKA 4N56A 3LWMA 3CG7A 3AA3A 1J53A 4B9NA 1TL1A 3L8BA 1CZBA 3OYGA 4DSIA 1N5YA 3M8PA 3HP6A 1NK0A 4Z4GA 3CQ8A 3V1RA 4DTSA 4W5QA 4FLWA 2EX3A 2Z1JA 4CHOA 2RKIA 2OA8A 4M3WA 4ZTJA 3OS0A 4DTUA 4B9LA 4CK1A 4CHNA 4B9UA 3KIOA 1C1AA 2HHWA 2PYLA 4KHSA 4FJHA 3T3FA 1QQCA 1KVAA 1FKOA 1B9FA 3CM5A 4JLHA 4CJQA 4FM1A 3QIOA 3ZT1A 1Z25A 3SUOA 4O0IA 1WLJA 4Y1CA 2P5OA 3TAMA 1RT1A 4DFPA 3PV8A 1BI4B 4YNQA 3L3VA 4CF0A 3PUFA 2NUBA 1Q8IA 2B6AA 5HBMA 4CEAA 5HROA 2PYJA 2E6MA 3QEWA 1X9WA 1SKSA 1CLQA 3KLFA 1UAXA 4CGHA 3P5JA 3PX6A 5KTQA 4KI6A 1NK8A 4DU1A 3DLEA 3A2FA 2YHAA 2RN2A 1T8EA 3AVIA 3VQCA 1N6QA 3ZSYA 1Y97A 2RF2A 4OLAA 1BCMA 4CF8A 3EZ5A 1U45A 3NCIA 1VSJA 1U4BA 4CJLA 4I2PA 1NK9A 5CYQA 4FK0A 4BDYA 1S1WA 1TV6A 1NKBA 3OJUA 4DSJA 2P5GA 1D5AA 1CXUA 1MU2A 3MEEA 3OYAA 4B9VA 2HHQA 1A5WA 4H8KA 3VQ6A 4C8KA 2Z1GA 1I3AA 3CFRA 2XRIA 3TWHA 4CCHA 2HNZA 4AHTA 3NF7A 1WSEA 3G10A 3VQEA 3RMAA 3ZT2A 1S6PA 5DK5A 4BDZA 3KKSA 4IFVA 2XY7A 1C1BA 4Z4EA 3U3GA 3TAQA 1EP4A 1C0MA 1GOAA 1RT4A 3VA0A 4CHQA 3AVAA 3NDKA 1S9EA 3SQ2A 4AHVA 3AVNA 3I8DA 3K59A 3DI6A 3HVTA 3PX4A 1HYSA 3ZCMA 3LZJA 4HHTA 2OPPA 3HXMA 1RT6A 2O4GA 4OVLA 4KREA 1EKEA 4KKOA 1W9HA 4W5NA 4LH5A 1KVCA 3LWLA 4NYNA 2HHSA 4LSNA 3NGIA 5FDLA 1FXXA 4LSLA 4RW9A 2IS3A 5J2QA 3RMCA 5J2NA 4IDKA 4B08A 4CHYA 5D3GA 4FJMA 1FKPA 4ELUA 4F8RA 3THVA 3V9SA 4AHSA 3LAKA 3NFAA 1IG9A 2WOMA 1JLGA 4FZXC 3SPZA 4CEDA 1KTQA 3SQ0A 1WNSA 3B6PA 4OGEA 3AO5A 3VQDA 5SWMA 3PX0A 3VQQA 3DLGA 1RTJA 3OYKA 3TARA 2KZZA 3ALYA 1TKDA 4AHUA 2VWKA 3AO2A 3MXMA 1NKEA 3RR7A 2A1SA 4DTRA 1U04A 1RDAA 3LPTA 4CJRA 4W5OA 2VG7A 3DOKA 4DTMA 4J2AA 1DLOA 4CEQA 3ISNC 4N41A 1NK6A 3JSMA 3KKRA 4CK2A 3LDSA 2D5RA 3TAPA 1TVRA 3WNEA 3S3OA 2GUIA 1RCHA 3NH1A 4ID5A 4KPYA 4J2DA 2YNFA 3B6OA 5CYMA 2BGGA 4FLZA 1RILA 1YTUA 4CIFA 3OS2A 4QOZB 2G8FA 3ZSWA 3RMBA 4E0DA 3LZIA 1VRUA 1VRTA 3NH0A 5FRNA 2KFNA 1HJRA 2HNYA 2XHBA 2IDOA 3IS9A 3LAMA 4HTUA 4B9MA 4N76A 3DLKA 1KFDA 4FJIA 2KQ2A 3QESA 4FXDA 2YKNA 4C8LA 3V81A 4RW8A 3IRXA 1BQNA 5CY4A 3OYLA 3HM9A 5KRSA 2VG6A 4CE9A 4CJFA 3PO4A 3OYNA 4N5SA 3RWUA 3KTQA 1TK5A 2OPRA 2QXFA 4B3OA 1YT3A 4M45A 4M42A 4C8OA 1J54A 3AO4A 4I9QA 2GBZA 5KRTA 3MEDA 3HJFA 4PY5A 4NCGA 1VSIA 1T05A 4FLUA 3QIPA 3QEIA 3OYMA 2O4IA 4MQ3A 4KTQA 1RTIA 1BCOA 5HLFA 3O3GA 3HT3A 1LAWA 1VSHA 1NK4A 2QK9A 3L2QA 1ASVA 3M8SA 3DRPA 3RMDA 4DQRA 5J2PA 3CFPA 1QTMA 4GW6A 1KVBA 1WSGA 4E19A 4CJ4A 4FW2A 5CZ2A 4PWDA 1IKVA 1TK8A 1KSPA 4E7JA 4K8XA 4O44A 3L2RA 2GV9A 1UOCA 3LANA 1BGXT 4E7KA 4KO0A 4RW7A 4KAZA 2HHUA 1RNHA 4AH9A 3DLBA 2X6SA 2IOCA 4FCYA 3ZSOA 4CJPA 3LP0A 2D0CA 4LH4A 3V9UA 1RTDA 1F21A 1IKXA 2HW3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5CR4A 2OVQB 1KLNA 4XH5A 4KHUA 3FZFA 1WBBA 4BROA 2E31A 4R5PA 5LMUK 1KAYA 4DHYA 2P9KB 4DTNA 1VQ8N 4J8FA 3WXJA 2X6NA 2HF3A 1EO1A 3PO5A 1GLJO 3L4QA 3DLRA 1OH8A 4XEIA 2BTFA 4FWPA 3BDPA 4RL5A 4ELTA 1FZ8E 5AQRA 1HNIA 2NZTA 3K58A 5J2MA 2E2OA 2OZSA 2HMPA 5AZJA 1KFSA 4JHDA 2UUCK 3T19A 5A2QO 3AGKA 3OVNA 3F5TA 1EETA 4ADNA 1YXQA 5LL6Z 2WBNA 5JS1A 1L3VA 1QQNA 1EWQA 1FPOA 1T7PA 3HPHA 2O8CA 4DS5A 3VN5A 1IO2A 3T1AA 1LDKE 3M8QA 3SAFA 3KK1A 5C24A 5GAGP 5SZTA 1Z26A 2BANA 2P1MB 4DV0K 2FYOA 3ZT0A 3K5MA 3TAGA 3NVMA 2CH6A 4CJ5A 2KW4A 2XY5A 1VQ7N 3NF9A 3SV4A 2MZWB 1YITN 4FO0A 1W7AA 1LAVA 2NRWA 2FBXA 4KB0A 1LOTB 5M1QA 1LWCA 3Q7BA 5AQSA 3PSFA 4FLTA 4CBXA 4NCAA 3ASMA 3QEVA 3DXKB 2V7YA 4F3TA 1RDCA 3RVCA 2YNGA 3P31A 4CEBA 3ITHA 4UQGA 3PIOL 4GVMA 4DQIA 2JH8A 1T03A 4F9OA 1IH7A 5AQOA 3DM2A 4M3XA 5LY3A 1VQ5N 4C8NA 3B8AX 4NB4A 4E1JA 4FVUA 4EZ9A 3V1QA 1X3NA 3DXMA 3KVGA 4B8AB 4X64K 1L3UA 4LFAK 1ZBHA 1QZ6A 5C15A 3ZSXA 2F96A 1HRHA 4OJRA 5FRMA 3DLLL 1Y64A 3AV9A 4CF1A 5AQJA 5DM7L 4NYFA 2KZMA 1RBSA 3O3HA 1BQMA 4AQYK 3BZKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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