1WAFA

Dna polymerase from bacteriophage rb69
Total Genus 277
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
277
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA POLYMERASE
publication title Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Nucleotidyltransferase
total genus 277
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1wafA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1wafA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wafA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1wafA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1wafA03
4DTOA 4I7FA 2R7YA 2G8UA 1KVBA 1NK0A 3DMJA 4MQ3A 3ZCMA 3OYDA 3OYNA 2GBZA 1RBTA 4DS4A 1GOCA 1LWEA 3LWMA 4CHPA 2E6LA 4FLVA 1QTMA 1C0MA 4GMJB 4PWDA 1WAJA 3PX4A 4KI6A 3OYKA 3SZ2A 1J5OA 3RWUA 4YNQA 1NJWA 4DQSA 1IG9A 3K2PA 1EETA 1L3TA 4OLAA 1NOZA 4CJTA 3KD5E 4CGHA 4K8XA 4B3OA 1VRTA 2YNIA 3I8DA 4KTWA 2KFZA 5DMRA 1R0AA 5I42A 4FJNA 2D0AA 2OPPA 5JS1A 4OPJA 3L2UA 3KLIA 4M42A 1RT3A 1WSGA 5HRSA 3ZSWA 3L2RA 3PY8A 1B9DA 4B9LA 3VQCA 4DTMA 4CJRA 3O3FA 3LALA 3U6FA 3ITHA 4E89A 1YT3A 2QKBA 5KTQA 1G15A 2YKMA 4LSNA 4C8OA 3TAQA 3AV9A 3KLEA 3WNEA 4H4MA 2EHGA 3MEDA 3VQ5A 4CJKA 4BDZA 3G0ZA 3V6DA 2HMIA 4Q0BA 4RW6A 3HP6A 2VG6A 2WONA 3IS9A 3MEGA 3LPUA 4Z4FA 4FW2A 3NH2A 4F3TA 3AVBA 1XHZA 4CK1A 1O1WA 4JS4A 3MEEA 3L3UA 3VQDA 3OYBA 1BQNA 3DLHA 4CGDA 4E1MA 4E3SA 3AO4A 4KRFA 4N56A 3QINA 3KK2A 1NOYA 1A5XA 2OZSA 3C95A 4CEDA 4J2BA 4DF4A 4CGFA 1CLQA 3L2QA 2YNHA 1ZBUA 3ZT3A 2HVIA 3DLEA 4CIEA 3ULDA 3U3GA 4QCLA 3NF9A 1S9GA 4N47A 4FJGA 1BCMA 1TAQA 1UA0A 4FJ9A 4CFBA 4KI4A 4OKKA 3SUPA 4CHZA 2P51A 1EKEA 3O3HA 4KHQA 2OA8A 4B08A 3V9ZA 3AA2A 3ZSZA 3TABA 4FK2A 1FXXA 3AA4A 1IKWA 1VSKA 2XHBA 3M8QA 1REVA 4C8LA 3ZSRA 1RDCA 3K5LA 3P5JA 4CGJA 4DF8A 3S3OA 1ITGA 3OYCA 4B9UA 1HRHA 1VSDA 5HRRA 4HUEA 4CEOA 4FCYA 2XY6A 1EXQA 1QSLA 4I9QA 1UA1A 3TAPA 3KK3A 3NHGA 3AVIA 3KLHA 4KHUA 4CK2A 4L8RB 1BHLA 3ZSOA 3OYGA 3V4IA 3PO5A 1D8YA 4KTZA 4CECA 3MXMA 1TVRA 3LZJA 1EP4A 5HBMA 1C6VA 4DQPA 3O3GA 4Z4GA 3SV3A 1HNVA 3QERA 1HPZA 4CERA 1RTHA 4J2AA 4N41A 4ICLA 2BDPA 3THVA 2G8IA 2Q3SA 2A1SA 4O44A 3OYAA 3QEWA 3TAFA 2WOMA 3ALYA 4FVMA 1N6QA 2HHSA 4RG8A 1QSSA 1Z26A 4HHTA 4H4OA 1U47A 4CEBA 4E0DA 3LWLA 1A5VA 1BI4A 3DLKA 2XY7A 4B9NA 3K57A 2E4LA 3L8BA 3PUFA 2PY5A 4RW9A 2ETJA 1RDAA 3PV8A 1T8EA 4DLGA 2P1JA 1JLBA 5J2PA 1L3UA 3DRRA 4N76A 2EX3A 5HLFA 2HHTA 1SL2A 4LH4A 3TWHA 3NBPA 2QK9A 3K5OA 1JL1A 1WSJA 4DFPA 4DTXA 5CYMA 4LD0A 4GVMA 3QEXA 2ITGA 3D45A 4BACA 4M3TA 1KCFA 3PX6A 4DWIA 1LW0A 1SL1A 3CFOA 2D0BA 4W5RA 4YFUA 2F8TA 3HPOA 3SI6A 2OPQA 4CJQA 3HM9A 4E7KA 4DQIA 3SPYA 4CHOA 4J2EA 3OVNA 1N5YA 2HHUA 3HPGA 4CF1A 4DSEA 3QEVA 3LANA 4C8NA 3DLBA 1RDDA 1S1WA 4FM2A 1B92A 2ZD1A 3U3YA 2FBXA 4E19A 3SQ4A 3CYMA 1YVUA 1VSIA 1IKVA 2VG7A 2HHWA 3WNGA 2X6SA 5FROA 3V81A 3C6UA 1F21A 2HW3A 3OYJA 4CJFA 1RTIA 2IC3A 3KLGA 2XO7A 4NYFA 4Y1DA 3VA0A 3LAMA 2BANA 1S6QA 1Q8IA 3MXJA 2IS3A 4IBNA 4O55A 3IAYA 4HTUA 2KTQA 1NJZA 4Z4CA 2W42A 4O0JA 4ELTA 2O4IA 4FLXA 4BE2A 4DTPA 2NUBA 4CJLA 3HPHA 3LZIA 1JLFA 2XRIA 1X9WA 3WNFA 4CJUA 4CESA 3K58A 3S9HA 2PYJA 4CJ5A 1HYSA 2Z1JA 4DTSA 1I39A 5I3UA 4IFYA 3TANA 1BGXT 3S3NA 1WLJA 1U45A 4M3ZA 3ZT4A 1NK9A 2AJQA 3RRGA 2BGGA 4B9VA 4FLZA 1CZ9A 3VQ8A 3NH0A 4FZXC 1Z25A 2BE2A 3V9WA 1D9FA 4DSLA 4PQUA 4HUFA 1KFDA 4HUGA 1NKEA 3HK2A 4BE0A 3NGYA 4EZ9A 3VQ7A 4DQRA 1BIUA 3AVKA 3WNHA 4O5BA 3V9SA 3T1AA 4ID1A 1BIZA 4ZTFA 4Z4EA 4LH5A 3ZT1A 1QSYA 4CJVA 4KTQA 4NCGA 3DRPA 2YV0X 4F8RA 3AVHA 1UAXA 3HVTA 2Y1IA 4HCCA 1TKXA 3DI6A 3ZSVA 1JXBA 2PZSA 1ZYQA 3VQ6A 3EZ5A 4CFDA 4DSFA 4OJRA 4Y1CA 4CF0A 1NJXA 4DTUA 1Q9YA 1Q9XA 1RBUA 3I0RA 4ZTJA 1DTTA 3ISNC 4BE1A 3KD1E 1QE1A 3SPZA 1C1CA 4AHVA 4MFBA 1KLNA 3NF6A 1KVAA 2GUIA 4N5SA 2FBYA 2HHQA 2DY4A 2RPIA 4KFBA 3VQAA 1QQCA 2Z1HA 3QLHA 4E7JA 1ASUA 3P83D 1BCOA 4OKEA 3DM2A 2RF2A 4CFAA 4CJEA 3RTVA 3AVJA 3I0SA 2G8VA 3C6TA 4KHSA 4DU4A 1K6YA 4R5PA 3HJFA 2KZMA 1RT5A 3TARA 4AHCA 1C1BA 4B9TA 1YTUA 4DG1A 1HJRA 4CK3A 2QKKA 4BDYA 3F9KA 4OPKA 1JL2A 3VQ9A 4CGGA 4E7IA 4QOZB 4CJWA 4FJMA 1RT7A 4FJLA 1GOAA 1I3AA 1XWLA 3M8PA 3JSMA 4I2QA 5CY4A 5J2NA 4XIUA 3QEPA 1U48A 3B6PA 1KLMA 3SYZA 3HSTB 3L2WA 4M3WA 4FJXA 1S1UA 3QNNA 4CJSA 3M8RA 3T19A 3OS0A 2YHAA 2ATQA 5HROA 3JYTA 2IDOA 1RTJA 2JGUA 3F73A 4DQQA 1WSHA 3OYEA 1RBSA 3NE6A 1JLCA 3CM6A 4FK4A 3O4QA 1HYZA 3DRSA 2A1RA 1TK8A 1TKTA 2FBVA 2Z1IA 1NK7A 1JKHA 4BWMA 3ZSQA 2YNGA 1U04A 1KTQA 4B8CA 2FBTA 5DK5A 4W5TA 4DSKA 4B8AB 3DLGA 1TKZA 1TK0A 1HMVA 4FJ8A 1RT1A 3VQEA 1NJYA 2B5JA 5JS2A 1L3SA 3P1GA 4DU3A 3TAEA 1LW2A 1S1TA 3M8SA 1LWCA 4JLHA 5HP1A 5EU7A 4CF2A 2YKNA 1VRUA 3TAGA 4BDPA 5FRNA 4CHQA 3H08A 1RT2A 3AVCA 3QIOA 4TSXA 3QEIA 5SWMA 2YNFA 4KHNA 5J2MA 4NCBA 1S9EA 3NCIA 3MECA 4BWJA 2OPRA 3V1QA 4ZHRA 2QXFA 3LAKA 1SL0A 2B6AA 1S6PA 1U49A 4EP5A 4IG3A 4W5QA 2D5RA 3OYLA 1XC9A 2G8HA 1TL1A 2E6MA 2KZZA 1S5JA 1CZBA 1HNIA 2X74A 2VG5A 3NFAA 3L2VA 3TAMA 1VK0A 4B9SA 1ASVA 5KI6A 3SUQA 4DSJA 4C8KA 3VQQA 1BI4B 4FJHA 3V9XA 1HQUA 4O0IA 1JLQA 3HVRA 2RN2A 4KREA 4M3XA 1BQMA 3KIOA 4CF9A 2PYLA 1KFSA 3NDKA 1SUQA 4AH9A 1W0HA 1X9MA 3OY9A 3VQBA 2HB5A 2LSNA 1VSHA 3LP0A 4JRPA 4DTNA 3MAQA 4OLBA 5FDLA 1LAWA 4Z0UA 3PO4A 4FYDA 4OVLA 3NAEA 2X6NA 3HL8A 4CJ3A 3SUOA 4RW8A 5K14A 4FM0A 4DS5A 5KRTA 4H8KA 3B6OA 4IFVA 1S1VA 2P5GA 3KKSA 3ZSYA 3RRHA 4KHYA 4GW6A 4KKOA 1WN7A 3UIQA 1RBRA 4M3UA 4DFMA 3KLFA 1CXUA 1VSEA 4WE1A 4CHNA 3IG1A 1WSEA 2DFEA 4DLEA 2IGIA 3RMCA 1FKOA 3KJVA 4CJPA 5D3GA 1EX4A 2Y1JA 3QESA 2HNDA 4FLYA 3V1RA 1NK8A 4F2RA 2OPSA 1D5AA 1QHTA 5HRNA 4JRQA 5KRSA 1ZBIA 3OS2A 4IDKA 3KTQA 4FJIA 2IAJA 4F3OA 1IH7A 1ZBLA 3T3FA 1SV5A 3SQ0A 1IO2A 3ASMA 1MU2A 3DLRA 2HHXA 1A5WA 1JLAA 1JLGA 4IKFA 4DFKA 4KAZA 4FZYA 2IOCA 1WSIA 1T05A 1S1XA 2F96A 3CG7A 4FLUA 1RT4A 3TR8A 1JXEA 2KW4A 4J2DA 4CEAA 2I5JA 4IG0A 3ZT2A 4KB1A 1UWBA 3LP3A 4CEFA 3EY1A 2VWJA 2X78A 3NGIA 4OKJA 3E01A 1JLEA 3OJSA 4KHWA 3SUNA 4RW4A 1VSLA 1XI1A 4M3YA 3SV4A 4RW7A 2VWKA 3TI0A 4M41A 3ZT0A 1ZBFA 4G1QA 1D9DA 2HHVA 3CQ8A 1UOCA 4KPYA 4FLWA 1BL3A 3LDSA 3SQ2A 4C8MA 4CCHA 3K59A 3HT3A 2F8SA 4FW1A 3CFPA 4NYNA 4CEEA 5SZTA 1T03A 4PY5A 3NF8A 5T7BA 1J53A 3A2FA 1NK5A 4FJJA 1X9SA 1NKCA 4PUOA 5C24A 4DSIA 4OGEA 4AHUA 4CEQA 3AVMA 2DFFA 2O4GA 3DOLA 3MXIA 3CFRA 4Q5VA 1IKXA 1RILA 1LV5A 3VQPA 1RCHA 3KKRA 4FJ7A 4LSLA 4AILC 4CGIA 3AVLA 3OYMA 1FK9A 2D0CA 3DOKA 1SKRA 4JS5A 4KV8A 3QNOA 1YTAA 4DTJA 3RMDA 4FJ5A 4Z4IA 5CZ2A 2RKIA 1WSFA 4UQGA 3OYFA 4CIGA 3KK1A 1L5UA 3SNNA 5KGXA 3VN5A 4M3RA 4DU1A 5C25A 1HQEA 4HVJA 5J2QA 2ZQBA 3LP2A 3LP1A 5CYQA 4F4KA 1TK5A 4NCAA 3EYZA 4AHTA 3AO1A 1RNHA 3HYFA 4CFCA 3AA3A 4I2PA 1RBVA 3OS1A 1KSPA 4ID5A 4FK0A 1ASWA 1BISA 3G10A 3NF7A 1LWFA 5J1EA 3NH1A 3V9UA 3AO2A 4CJ4A 1U4BA 2OYQA 2JLEA 4OGCA 4HCBA 3QO9A 3OYIA 4F2SA 2OZMA 3O4NA 4FZZA 4EZ6A 3C94A 1LAVA 1TGOA 1Y97A 2DFHA 4PA1A 3AA5X 4O4GA 1GOBA 2ZE2A 1C1AA 2YHBA 1IKYA 5FRMA 4E1NA 3RMBA 1NKBA 2FC0A 3NGZA 1C0UA 4ELUA 1TL3A 4KB0A 4K8ZA 4M45A 1DLOA 1TV6A 3AO3A 2Z1GA 1VSJA 1HYVA 3AO5A 3LPTA 3OJUA 1WAFA 4DFJA 1WNSA 4LY7A 1KVCA 4W5NA 1B9FA 3D0PA 4DTRA 4E7LA 3QETA 4E7HA 3AVFA 3HO1A 1W9HA 1NK4A 2G8WA 1FKPA 3RMAA 4DMNA 3SCXA 3HP9A 2XY8A 5C42A 1QS4A 1TKDA 1L3VA 4KO0A 1RT6A 1VSFA 5CZ1A 3VQ4A 4CF8A 1J54A 3BDPA 2HVHA 3FFIA 3OYHA 3HXMA 2HNZA 3CM5A 3S3MA 1X1PA 1KRPA 4CHYA 1SKSA 1J9AA 2HNYA 1CXQA 2DTUA 1TAUA 3K5MA 4B9MA 4I9LA 2P5OA 3AVAA 4W5OA 4FM1A 3DYAA 4CIFA 3PX0A 4ELVA 1DTQA 1SKWA 2XY5A 1XHXA 3K5NA 4CE9A 3VA3A 4Z4HA 2B4JA 4EP4A 4FJKA 3QIPA 3SJJA 1VSMA 1RTDA 3RR7A 1NK6A 3ZSXA 5E41A 1RDBA 3IRXA 3BGRA 5KGWA 5HRPA 2KQ2A 4FLTA 3SQ1A 3AVNA 2GV9A 2G8FA 1C0TA 4AHSA 3RR8A 4QAGA 3AVGA 4FXDA 1T7PA 4AHRA 3L3VA 1ZBHA 2G8KA 4CEZA 2KFNA 3V1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2UUCK 1N5YA 2HHUA 3HPGA 4CF1A 1MHZG 1B92A 2ZD1A 4E19A 4XH1A 3SQ4A 2OANA 1VSIA 1IKVA 2HHWA 3VEZA 3WNGA 4JK8A 3V81A 5AFUA 4CJFA 3KLGA 5C10A 4E4BA 3VA0A 3LAMA 1S6QA 1HNZK 2ITMA 3HI0A 4LFAK 1NJZA 4O0JA 3HPHA 3LZIA 3E4YA 2WTUA 1GLDG 4CJUA 4A5BA 4CESA 4CZIA 2FXUA 1HLUA 3TANA 4IFYA 1Z05A 2P9UB 3T1HK 4B9VA 1CZ9A 1NGGA 4FZXC 3CCRN 2D1KA 3V9WA 4DSLA 4HUFA 2DEBA 2RKHA 5AJ3K 1P22A 1KFDA 4HUGA 3HK2A 4FOIA 2B7MA 2JHAA 3ENOA 3WNHA 1WOQA 1BIZA 4LH5A 4ILJA 4NCGA 2YV0X 2YCHA 2AP1A 2HF4A 1TKXA 2PZSA 4DV4K 3EZ5A 5BPMA 4LF4K 4Y1CA 1DTTA 4B1VA 3C0BA 2HHQA 2A3ZA 2FBYA 4KH6A 5C2DA 4IOXA 3VQAA 1ASUA 4OKEA 3RTVA 2RF2A 2G8VA 1FW6A 1K6YA 3HJFA 3CJ7A 4K41A 2E2QA 1HJRA 4DQ8A 1JL2A 4CGGA 2OTLN 5C15A 2BH1A 1I3AA 2UUAK 1EQYA 5J2NA 1JCEA 4XEIA 4NB4A 4BG8A 1S1UA 3QICA 4LF5K 3G25A 2K5SA 3OBYA 2IDOA 2JGUA 1RTJA 1YAGA 2PFVA 4JI4K 4JV5K 1HYZA 3DRSA 1VQON 5JLFA 4RCHA 2YNGA 1N34K 3MX2A 3J7AP 2GELA 3NVMA 1S1TA 5AQSA 4JLHA 5HP1A 2VCPA 4BDPA 4CHQA 4TSXA 3DJCA 2VWBA 5SWMA 2YNFA 4OX9K 1FZ3E 4BC2A 4BWJA 4ZHRA 1NGBA 2OPRA 2P9IB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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