1WAFA

Dna polymerase from bacteriophage rb69
Total Genus 277
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
277
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA POLYMERASE
total genus 277
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1wafA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1wafA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wafA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1wafA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1wafA03
3HVTA 2VWJA 3V9WA 4OKKA 4I9QA 4FW2A 3ZSRA 3HP6A 1XHZA 4ELUA 4KAZA 1W9HA 4KB0A 4W5NA 3AA2A 3CFPA 4FM0A 1S9GA 2Q3SA 4FJJA 4FJIA 4KTWA 4LD0A 2GUIA 1WSHA 4CK1A 1IKWA 3PV8A 3I0SA 4B9UA 4HHTA 1KRPA 5CZ2A 1C0MA 1D9DA 3SCXA 4DTOA 4J2EA 1T05A 2G8KA 1VSHA 1SV5A 1N5YA 4DMNA 3KKRA 4CJRA 4DWIA 1BHLA 1NKCA 5KRSA 4KV8A 4IG0A 1LV5A 5HBMA 1C1AA 4ICLA 4OPKA 5SWMA 4E0DA 1RBTA 4F2RA 3PX6A 4FXDA 3NAEA 3S3MA 3D0PA 1QS4A 2OA8A 4FJNA 1J9AA 1HQUA 1WNSA 4Z4CA 1BI4A 1JLGA 1TKXA 1I3AA 4FK2A 2YNHA 2Y1JA 4KTQA 1JXEA 2AJQA 2OYQA 3THVA 4ZTJA 4LH5A 4N76A 2FBXA 3O3FA 3NE6A 1KVCA 3V1RA 1RDBA 5HRNA 2X6SA 2Z1IA 4AHTA 3ZSOA 1XC9A 1BCMA 3QO9A 4AHRA 4KHNA 4K8ZA 3F9KA 3DLBA 5CYQA 4NCBA 1KFDA 2X78A 3NF7A 3V9XA 3HYFA 3EZ5A 4DSLA 4PWDA 1VSEA 3MEEA 1WSIA 1NOZA 3OYDA 3RR8A 3MECA 4FZYA 1XWLA 1YVUA 3MXMA 5J2PA 3DM2A 1VRTA 4CJSA 4OGEA 4CJPA 4HCCA 3DMJA 3RR7A 3BDPA 1O1WA 3CFRA 1QTMA 5I3UA 1SKSA 5FROA 1RT5A 1TL1A 4CGDA 4M45A 4DSEA 5FRMA 1C6VA 4QOZB 3NCIA 3V81A 3ISNC 2X74A 4PA1A 3HK2A 1IKYA 4CFCA 2QK9A 1QSYA 1Y97A 4CGJA 5HRSA 3K57A 3CYMA 3WNGA 5HLFA 4B9VA 5FRNA 4FK0A 1NJXA 2HHQA 1BGXT 4FLXA 1ITGA 1S1WA 4KO0A 4CGGA 1A5XA 4DU4A 1KCFA 3TR8A 3RRGA 4BDPA 2WONA 4CK3A 3OS1A 1QHTA 1B92A 3AVAA 1HYVA 3AVJA 3LP0A 4TSXA 3HPHA 3VQ7A 2FC0A 1WSFA 3NH0A 1T03A 3KKSA 1RTHA 1JLQA 4FJKA 4FLVA 5HRPA 3HL8A 1A5WA 3QEWA 3K5NA 3T3FA 4JLHA 1WAJA 4CE9A 4R5PA 4M3ZA 1RDCA 3DOKA 4KHYA 4RW7A 4CJLA 4CHPA 1SKWA 2QKBA 4CJEA 3AVIA 3SPYA 3M8QA 4B8AB 4W5RA 4DFKA 2I5JA 2D0AA 5HP1A 1ASUA 3TAPA 4E19A 3PUFA 4C8OA 2A1RA 1KLMA 2IOCA 2DY4A 1NK5A 3MXJA 3DLHA 1CZ9A 3OYGA 4RW8A 3I8DA 2YKMA 1Q9XA 3KLIA 3M8PA 2QKKA 1RT1A 4W5OA 1WSEA 3QIPA 5CZ1A 1LAVA 1LWEA 1REVA 3AO4A 3DLKA 4IDKA 3VQ6A 4CJFA 3EYZA 3PY8A 3OYAA 3ASMA 3IAYA 3CM5A 3EY1A 2IAJA 1BCOA 4FLZA 4CEAA 4DF8A 3MAQA 3SPZA 3AVFA 3LPUA 3PX0A 4E1MA 1RBRA 1BIUA 4O44A 1U49A 1SL1A 1IKVA 3L3VA 4Y1DA 4FCYA 2OPQA 1VSKA 4IFYA 4C8LA 3DRPA 3OS2A 3LZJA 4FVMA 3NGYA 4N56A 4FJLA 3SYZA 3LPTA 4UQGA 4M3UA 3OVNA 1T7PA 3WNEA 4E3SA 1TAQA 4CEEA 3UIQA 3QEVA 1C0TA 3NGZA 3ZT1A 4QCLA 1DLOA 4CFBA 1SL0A 3V9SA 1LWFA 1VSJA 1HJRA 1RTJA 2YHBA 3ZSYA 4BE2A 4O0JA 1RNHA 1FK9A 1ZBHA 4F4KA 3OJSA 1A5VA 3KLFA 3VQAA 3MXIA 3G10A 3C94A 3AO2A 1B9FA 4CEQA 1S9EA 4J2AA 4FW1A 4MFBA 3K58A 4FJXA 3LALA 4DSFA 3HT3A 4JS4A 3HJFA 1VSMA 3AV9A 3KJVA 2HNZA 4DQSA 4B9SA 4NYNA 3TAGA 1VK0A 2HHXA 1EP4A 3SUNA 1CLQA 2YNFA 4OVLA 1S1VA 2EX3A 1ZBFA 4OGCA 4AHUA 3KK2A 4IG3A 5I42A 3OYBA 1Z26A 5DK5A 4CF0A 3KK1A 3SQ4A 4NYFA 4E89A 4FJ8A 4Y1CA 3VQ4A 3LWMA 1BQMA 1S1TA 4CIEA 1QSLA 4KHUA 1I39A 1ZBUA 3HPOA 1JLEA 2OPPA 4DTRA 3SV3A 4GW6A 5JS2A 1S1UA 4O0IA 4AILC 3NF6A 5J2QA 1GOAA 1ZBLA 3SQ2A 1LW2A 4E7LA 2HHTA 4KI4A 4B9TA 3TAMA 2G8FA 2FBVA 3L2UA 4CF1A 1KLNA 4HCBA 3LANA 2OZSA 1MU2A 4J2DA 4KHWA 4RW6A 4DTPA 4KREA 1S1XA 4CERA 2HNDA 3ZT3A 4E7IA 3AVBA 1KFSA 4F8RA 2O4IA 4EP4A 3SV4A 3WNHA 5J1EA 4E7JA 1FXXA 2YKNA 4AHVA 2XHBA 4FYDA 4OJRA 4KHSA 5CYMA 4KTZA 4E1NA 3LZIA 1L5UA 3C95A 4DU1A 3LAMA 2HVIA 1RT6A 1JL2A 3AA4A 3AO1A 3AVKA 3H08A 4CGIA 4KFBA 3DOLA 4CJKA 4BACA 4DLGA 3V6DA 3LP3A 4CJ5A 1WAFA 4Z4HA 4CJWA 1Q8IA 3HM9A 4RW4A 3K5LA 2OPRA 4ELVA 3B6PA 4B8CA 1EETA 3LDSA 1LAWA 4HTUA 4DF4A 3TI0A 4LH4A 2R7YA 5HRRA 2G8HA 3AVHA 3K5OA 1RT7A 4CEZA 1NKBA 5FDLA 5CY4A 4CJ4A 1F21A 2KFZA 1FKOA 3OYJA 3HPGA 1TK0A 1JLFA 1ASWA 1L3TA 3VA3A 4GMJB 1LWCA 4CECA 1D9FA 4B9LA 3K5MA 4C8NA 3RMDA 3ZSZA 1IKXA 5JS1A 1L3VA 3DRRA 3HP9A 3O4NA 4BE0A 3KD1E 3HVRA 4C8KA 2ATQA 2P51A 3ZSWA 1C0UA 3LP2A 4CEOA 1TKZA 2F8SA 1IH7A 3P5JA 3OYMA 4BDZA 3U6FA 4H4MA 2RKIA 2EHGA 1IG9A 1W0HA 3AA5X 3DLEA 3ZT4A 1G15A 4DSJA 4Z4FA 1NK6A 2IGIA 2GBZA 3C6UA 2XY7A 2KZMA 3V1OA 3T19A 4OKJA 1UOCA 4WE1A 2RN2A 4G1QA 1NK7A 3L2WA 5DMRA 5KGXA 3KIOA 4FJ5A 5EU7A 4FJGA 3NF9A 4W5QA 2QXFA 2DFFA 1TGOA 2VG7A 2LSNA 4DSKA 1U47A 2B6AA 4Z4GA 2A1SA 4HVJA 2F8TA 4IFVA 3QNOA 3RWUA 1VSLA 3IS9A 3MEGA 2G8UA 2PYJA 3OJUA 4CFAA 1HYSA 3S9HA 3AVMA 3DYAA 4CEFA 2D0CA 2HB5A 3RTVA 4O5BA 2Y1IA 4B9MA 4Z4IA 2HHSA 3G0ZA 5J2NA 4CJVA 1SUQA 4H4OA 2E6LA 1J5OA 2KFNA 3ALYA 1UAXA 3OYNA 3OS0A 1VSFA 4YFUA 4ID5A 4IBNA 2XO7A 3VQPA 4AHCA 1KVAA 1JKHA 2ITGA 4FJ9A 4NCAA 4DFJA 2FBTA 4EP5A 4JRQA 4CJQA 1WSJA 4FLYA 1HNVA 3ZT0A 1NJWA 4M42A 2B4JA 4M3WA 4B9NA 3A2FA 1Z25A 4NCGA 4AHSA 4E7KA 1RDDA 3E01A 1BQNA 2VG6A 3KLEA 4BE1A 3NH1A 4CEDA 3VN5A 1B9DA 4CF9A 1C1CA 4DQQA 4PQUA 4FZXC 3ITHA 3V1QA 3VQDA 3QETA 2KTQA 4GVMA 2D5RA 5KI6A 2D0BA 3AVGA 4DS5A 4N47A 3VQ8A 4DS4A 3OYHA 2KZZA 3DLGA 4FLTA 3L2QA 3VQCA 3U3YA 2G8VA 4M3XA 3L2VA 2Z1GA 3OYLA 3TAEA 4O4GA 2PZSA 4EZ6A 3SZ2A 1GOCA 3VQEA 4MQ3A 1GOBA 5KGWA 1TKTA 3M8RA 4ZTFA 1TKDA 4Z0UA 4F2SA 4FLUA 1NKEA 1S5JA 1KVBA 2P5GA 1WLJA 3L8BA 3AVLA 1YTAA 4B08A 4DLEA 1VRUA 1TAUA 1WN7A 4KRFA 1X9SA 3OYIA 3M8SA 1S6QA 3KD5E 4M41A 1SL2A 3RMAA 3DLRA 1RDAA 3HO1A 1RBSA 3P1GA 4M3TA 1IO2A 3VQQA 1DTQA 1JL1A 1YTUA 1X9WA 4HUEA 4FK4A 1UA0A 3ZT2A 5T7BA 1BI4B 3FFIA 3TANA 1NJYA 3K2PA 1L3UA 3DRSA 3TABA 4HUFA 3NFAA 3PO4A 4ID1A 1RBUA 4DTXA 3OYFA 1J53A 1FKPA 1RT4A 2ZE2A 3SNNA 2Z1HA 1TVRA 4J2BA 4RW9A 4CFDA 2FBYA 2DTUA 2IC3A 2G8WA 2JGUA 3NHGA 2VG5A 4FJ7A 4DFPA 4FJHA 1HQEA 3SI6A 2O4GA 4CEBA 3TARA 4CJ3A 4PY5A 2YNIA 1HNIA 3CQ8A 3QESA 4C8MA 1JLCA 3ZSQA 3HXMA 4W5TA 4Q0BA 3RMCA 3SJJA 5C24A 1L3SA 1RTDA 3VQ5A 5SZTA 3QEIA 3NH2A 3SUQA 1CZBA 3RRHA 1U4BA 2XRIA 1D5AA 3SUPA 4RG8A 3ZSXA 3L2RA 4B3OA 4DTMA 3K59A 1TK5A 4M3RA 2XY8A 4K8XA 4LSLA 4KHQA 1BL3A 2ZD1A 2ZQBA 4LY7A 2OZMA 3JSMA 4KPYA 1NK4A 1JLBA 1D8YA 4AH9A 4CF8A 1RBVA 2XY5A 1NOYA 3LAKA 4QAGA 3PO5A 4FJMA 2HHVA 4FLWA 3O3GA 3KK3A 4DQRA 1RCHA 3L3UA 1U45A 3KLGA 3OYEA 3NBPA 1NK8A 1QQCA 1HPZA 1HYZA 1TL3A 1VSIA 3CM6A 3NF8A 2RF2A 3T1AA 4CESA 5KTQA 1NK0A 4KI6A 1K6YA 4DTSA 1EKEA 4LSNA 4YNQA 1NJZA 4OPJA 3AA3A 2RPIA 4BDYA 3V4IA 5KRTA 2YNGA 3V9ZA 1KSPA 4N41A 4N5SA 3SUOA 3QERA 1BISA 2YHAA 4DU3A 3PX4A 1R0AA 2WOMA 2PYLA 4CIGA 3VQ9A 3QLHA 2DFHA 2B5JA 2BE2A 3TWHA 4DQPA 3QEPA 3RMBA 1JLAA 2KQ2A 4F3OA 3CG7A 1YT3A 4CF2A 2HHWA 3OYCA 4CGFA 5C25A 2E6MA 3AO3A 1XI1A 4BWMA 1U48A 3S3OA 3VQBA 1T8EA 3O4QA 5K14A 1WSGA 1QSSA 4Z4EA 4DTNA 3SQ1A 1BIZA 4DTJA 4L8RB 1RT2A 1TK8A 2P5OA 2IS3A 3F73A 2GV9A 1RT3A 4CHNA 3S3NA 3AVNA 4FZZA 1J54A 4OKEA 2G8IA 4CHYA 5C42A 4FM2A 4I2QA 4OLBA 3IG1A 1RTIA 4CHZA 2NUBA 1TV6A 2BANA 2JLEA 4I7FA 2VWKA 1JXBA 3QEXA 1QE1A 1U04A 4F3TA 5E41A 4KKOA 4EZ9A 3OYKA 3HSTB 4M3YA 4CGHA 1NK9A 4ELTA 1CXUA 1SKRA 4CIFA 2YV0X 1ZBIA 1CXQA 3AVCA 5HROA 2KW4A 3B6OA 4CHOA 3TAQA 2BDPA 3I0RA 1EXQA 2OPSA 3D45A 4Q5VA 5J2MA 1DTTA 2HNYA 1Q9YA 4BWJA 3WNFA 1UA1A 3OY9A 3IRXA 4DSIA 4KB1A 2F96A 4CK2A 3KLHA 2PY5A 3LWLA 1C1BA 2ETJA 4E7HA 1HMVA 1XHXA 1LW0A 3QIOA 3KTQA 1KTQA 4I2PA 3DI6A 1S6PA 4DTUA 1ZYQA 2HMIA 4ZHRA 1VSDA 2XY6A 1HRHA 4XIUA 4DG1A 3C6TA 5D3GA 2HW3A 4CHQA 4FM1A 1X1PA 3ULDA 4O55A 4CJUA 1ASVA 3NGIA 1RILA 4DQIA 1N6QA 3SQ0A 1X9MA 4DFMA 3O3HA 2X6NA 4HUGA 4JRPA 4CCHA 3QNNA 2DFEA 4IKFA 2Z1JA 3QINA 3LP1A 4PUOA 3MEDA 3P83D 1EX4A 2P1JA 3BGRA 3CFOA 3ZSVA 3JYTA 3V9UA 3VA0A 2BGGA 4JS5A 4I9LA 2W42A 3ZCMA 3NDKA 2HVHA 4OLAA 2HHUA 4H8KA 2IDOA 1UWBA 3AO5A 3TAFA 3U3GA 4CJTA 2E4LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1RTJA 2P9UB 3HBTA 1A5VA 3MXIA 3G10A 4BVOA 3C94A 5ADXA 3AO2A 1B9FA 4CEQA 4B1YB 4J2AA 4IJAA 4FJXA 2JHPA 4CZGA 3KJVA 1S72N 2QWPA 3JXUA 2HHXA 4JI0K 4OGCA 3WUHA 1NGJA 5I42A 4IG3A 4O8KA 1Z26A 3KK1A 4QS9A 3C0BA 3WT0A 3SAFA 4FJ8A 1BQMA 1QZ5A 1ZBUA 5TKWA 1XMFE 5JS2A 3THWB 1HX1A 3QMLA 3NF6A 5J2QA 5HL7L 3F9MA 2G8FA 1IG8A 2E2PA 1KLNA 4HCBA 4FWPA 4KHWA 2GEMA 4FWSA 4XEIA 4KREA 1KQSM 4CERA 1KFSA 4F8RA 1ZC6A 3SV4A 4AF1A 2YHXA 3WEEA 4BRMA 3LZIA 2FLOA 2CGJA 3O9UA 1K9MO 2HVIA 1JCGA 4CJKA 4KFBA 4K42A 4LFBK 1JCEA 1WAFA 4Z4HA 4CJWA 1N32K 1LAWA 4HTUA 4DF4A 2WUSA 4LH4A 5HRRA 1QVGM 3LL3A 5FDLA 1C0GA 4BRKA 4CJ4A 1VQ4N 1FKOA 3HPGA 3CIPA 1ASWA 1L3TA 3L2OB 1D9FA 4B9LA 4C8NA 3RMDA 1MHYG 3UB5A 3O4NA 5EVZA 2P51A 3U4LA 2F8SA 3OYMA 4OPAA 4BDZA 2DPNA 4KRFA 1IG9A 3DLEA 3MDQA 2IGIA 3OA9A 1HKBA 4YOVA 3T19A 3K9KA 1UOCA 4JI7K 4OX9K 3O9TA 3ZETB 5AZIB 3M6GA 2ASMA 2DFFA 1TGOA 4CZEA 2B6AA 3TSQA 4WF9L 4HVJA 4BROA 1VSLA 3IS9A 1OVQA 1NGFA 1EO1A 2HSTA 4C1NI 2HHSA 4CJVA 1J5OA 4B3RK 4BC4A 4IBNA 3VQPA 4AHCA 2YHWA 1JKHA 2ITGA 3D7EO 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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