1WAJA

Dna polymerase from bacteriophage rb69
Total Genus 274
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
274
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
total genus 274
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1wajA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1wajA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wajA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1wajA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1wajA03
3QINA 4OVLA 4E19A 4CFCA 4FM2A 1XWLA 1WN7A 3JYTA 2F96A 4CEAA 3DLGA 2IAJA 4CEQA 3NCIA 3VQ9A 4MFBA 4LH5A 4CEBA 1RT6A 4Z4HA 1D9FA 2KZZA 2P5GA 3M8SA 4DWIA 3LP3A 4CHNA 3SUNA 4FW2A 4FXDA 4FCYA 4OGCA 3L3UA 1BI4B 2HW3A 4W5OA 3L8BA 1EKEA 2I5JA 1WSIA 4OKJA 3OYNA 2EX3A 3HT3A 3K5OA 3BGRA 2FBYA 2G8UA 4RW4A 1ZBHA 4CJRA 4KTQA 2HHUA 1NK0A 4DMNA 3MAQA 3V9WA 1SKRA 1A5XA 4ZTJA 3AVAA 1S6QA 3K5MA 4EP4A 1S5JA 2FC0A 4O4GA 3TI0A 4I7FA 2HHQA 2O4GA 2Z1GA 3V9UA 1C1AA 1VSFA 3QLHA 1JXBA 4N76A 1Z26A 4EZ9A 4M3ZA 3V1RA 3PX0A 3SQ4A 2XY6A 2B4JA 4ID5A 1KTQA 2PYJA 1XHZA 4PQUA 4B8CA 3RMAA 2VWKA 2KFZA 4CJTA 1TVRA 2ATQA 4NYNA 3HXMA 1NJXA 1T7PA 1T03A 2B6AA 2RPIA 1XC9A 4E0DA 1ZBUA 4FJXA 4YFUA 4KHUA 3CG7A 2F8SA 1RBUA 4DLEA 4OJRA 1RT2A 3B6PA 2ITGA 2O4IA 3NH1A 1L3SA 1BHLA 4IG0A 3LZJA 1EX4A 3SPZA 3MXJA 5CYMA 1SV5A 3EYZA 4Q0BA 3LANA 4W5QA 3OVNA 3SYZA 3VQ7A 2YKMA 4CESA 1RT4A 4LY7A 3AVIA 3SNNA 4FJNA 5CYQA 3O3FA 1X9MA 2XY8A 3ZSVA 3AA5X 2JGUA 1WSFA 4AHUA 4CEOA 3L2QA 4PUOA 4OLBA 4I2QA 1VRTA 3E01A 3P5JA 1WLJA 2JLEA 4HVJA 4FLXA 4OKEA 4BACA 3AVJA 1NK5A 5D3GA 3VQPA 3ASMA 1RBTA 4CGDA 1I39A 2Y1JA 3S9HA 1A5WA 2HVHA 3KK3A 1BI4A 3OYHA 4M3XA 2KQ2A 4CEDA 3RMCA 4UQGA 4Q5VA 1EP4A 5SWMA 4EZ6A 3ISNC 1TKDA 1JLFA 4DSLA 3G10A 4E1NA 3TWHA 4KHYA 2ZQBA 4KRFA 1L3VA 4DTRA 1R0AA 3A2FA 3CM5A 4PA1A 3V81A 4ZHRA 1C0UA 5FRMA 4L8RB 4CJKA 1KSPA 1Y97A 1FK9A 4BWMA 1C0MA 2OPSA 3AVBA 1CZ9A 2Z1HA 4R5PA 3L2UA 3SQ2A 4CHPA 4DQPA 4CEFA 4NCAA 2DFHA 3SUOA 1F21A 1JLCA 3I0SA 3IAYA 1S1XA 1KLNA 2AJQA 4O5BA 4CIEA 2XO7A 4RG8A 5FDLA 3MECA 4E7HA 4GVMA 3SCXA 4QCLA 4KHWA 2E4LA 4FYDA 4CJQA 3KD5E 5HBMA 2D0CA 4AILC 3VQ4A 3OYLA 1KFSA 3K5NA 4NYFA 1HJRA 3SV3A 3RRHA 1D9DA 2ZD1A 3B6OA 3QIOA 2VG6A 5KI6A 3VN5A 5HRPA 1QSYA 1VSKA 4DS4A 3AVMA 3DLHA 4N41A 3LALA 4M42A 3ULDA 1HNVA 1O1WA 5CZ2A 4FZXC 5T7BA 1RT7A 4KO0A 1VK0A 3CQ8A 3LDSA 4FLUA 2XRIA 1VRUA 4CK2A 3V9ZA 3SUQA 3I8DA 3QEVA 3RTVA 2G8VA 3OYGA 2DTUA 1TAQA 1WSHA 3MEGA 3AVLA 3OYAA 3DLKA 3O3HA 1UA1A 1FXXA 4K8ZA 3VQ8A 2VWJA 1GOBA 2YNGA 1KCFA 3T1AA 5I42A 3SI6A 3QESA 4PY5A 3OYMA 2HNZA 4NCBA 2D5RA 4FLTA 1D5AA 2YV0X 4IG3A 3KKSA 2X6NA 1GOCA 3V6DA 2GBZA 4QAGA 1C1BA 4Z4CA 3MXIA 4ELTA 1BISA 2XY7A 3NHGA 4FJKA 3TAFA 1QSLA 4DTNA 1LWEA 3DMJA 3CM6A 1WSEA 2QKKA 3EY1A 1WSJA 4NCGA 4F8RA 1ASUA 2QXFA 3DOKA 3KLEA 3LWMA 1J5OA 2F8TA 4E3SA 5J1EA 2G8IA 5DK5A 3NH0A 1QE1A 3OYCA 3L2VA 2OPPA 1HRHA 3K2PA 1LWFA 2P5OA 1CXQA 1RTIA 3AA4A 3V9SA 3K58A 1Z25A 4CCHA 4HCCA 2W42A 1TKTA 3FFIA 3P83D 1SUQA 1XI1A 4B8AB 4CGJA 3VA3A 1KRPA 4DSJA 1IKWA 1TV6A 3QNOA 2YHAA 1YT3A 2VG5A 3VQQA 1G15A 3ZSZA 3LWLA 1TL3A 4GMJB 1JL1A 1DTTA 1TKXA 1YVUA 4B9SA 1ZBFA 1VSMA 1QTMA 4JS5A 1DTQA 2OYQA 2Q3SA 3ZT4A 1L3UA 1X9SA 4YNQA 3OS2A 3HL8A 4DG1A 2XHBA 4IFVA 4MQ3A 3NE6A 3L2WA 4CHQA 1TK5A 4FLVA 1W0HA 2IS3A 3T19A 4DQSA 3THVA 2HHTA 1HMVA 4AH9A 3OYKA 1BL3A 3K5LA 3D45A 4LSLA 5KTQA 5K14A 1Q9YA 4KTZA 2YNHA 4CFDA 1REVA 2HMIA 4M41A 4J2AA 1BCMA 4IKFA 3NF6A 4LSNA 4K8XA 3WNHA 3U3YA 3LP2A 5KGWA 4H4OA 1LW0A 4CJFA 3OY9A 4ZTFA 3I0RA 2DY4A 1IKXA 3DM2A 1RBSA 2R7YA 1S9GA 4C8LA 3QEWA 2KTQA 4FLYA 1VSEA 1VSHA 2FBXA 4CGGA 4C8MA 4CJPA 1RDBA 4BDZA 1MU2A 4AHVA 3NH2A 1D8YA 2BANA 3DYAA 3NFAA 4FJJA 3NDKA 1B92A 4F3TA 1ZBIA 3ITHA 3EZ5A 3SJJA 4E7KA 3HPGA 3IG1A 4BE1A 4I2PA 1BIUA 1RTJA 1BGXT 4RW7A 3V1QA 1NK7A 4FJ5A 1VSIA 2A1SA 3KD1E 3LPTA 3OYIA 4DSKA 1S1UA 3PUFA 4M3RA 4FK2A 4M3YA 1NK8A 3DRPA 1BCOA 4ICLA 1FKOA 3C6UA 4CHYA 1CXUA 1NKBA 2G8WA 4W5NA 5JS1A 2G8FA 4KKOA 5DMRA 4DS5A 3HK2A 1KLMA 4JRQA 3QO9A 3LZIA 1KFDA 3KIOA 1S9EA 1C1CA 3TABA 1RT1A 3M8RA 4JRPA 2A1RA 1JLGA 4CERA 4M45A 3DRRA 1L5UA 4Z4IA 4M3WA 4J2BA 3KK2A 1S6PA 3AVCA 1VSDA 4BWJA 4BE0A 1A5VA 4KAZA 3QEXA 3OJSA 2RF2A 1TK0A 2PY5A 3TAQA 1SKSA 4ELUA 1TAUA 3WNGA 2Z1IA 4F2RA 4CJWA 1KVCA 4B9TA 3VQEA 4KPYA 2G8HA 4HCBA 3LP0A 4E89A 2P1JA 1WAJA 3ZSQA 5KRTA 3NBPA 2Z1JA 3AVKA 4B08A 3AA3A 1LAWA 1EXQA 3VQ5A 4FM1A 4CK1A 1ITGA 2IOCA 3TAMA 4CGFA 4BE2A 1ZBLA 2P51A 3AO4A 3AVGA 3CYMA 3QNNA 3L2RA 1B9FA 4KV8A 4KHSA 3ZSWA 3NGIA 4Z4EA 2BE2A 3KK1A 1HPZA 3LPUA 4CJ4A 1DLOA 3PX4A 1C6VA 3V1OA 4FJLA 2PZSA 2NUBA 3M8PA 1QHTA 3SQ1A 3AO3A 3KJVA 1L3TA 4ELVA 2KZMA 1C0TA 1IH7A 3ALYA 2RKIA 4F4KA 2BGGA 2IDOA 1YTUA 3NGZA 2YNIA 4DTJA 2YKNA 4CJEA 4DSIA 2KFNA 3VQBA 2DFEA 1YTAA 3P1GA 4FJ9A 3TANA 4DFMA 1NJZA 5KGXA 3CFOA 4M3TA 4CF2A 3S3NA 4OPKA 4F3OA 1ASWA 4Z4FA 4IDKA 1LAVA 1U04A 3TAEA 3AO1A 3NF8A 5HROA 1RDDA 4JLHA 1RT5A 3C95A 2GUIA 4AHSA 3HPOA 4DTMA 4DFJA 3MEDA 1BQNA 4HHTA 1VSJA 3AVFA 3ZT0A 1RT3A 2D0BA 3PO4A 4C8OA 1HQEA 4CIFA 2X74A 2KW4A 1KVAA 3QEPA 1JL2A 3ZCMA 4M3UA 3DLEA 1N6QA 4F2SA 4FVMA 3HO1A 3OYDA 3S3OA 4RW9A 1TGOA 3S3MA 1T05A 4B9LA 4J2EA 1NK6A 4OLAA 3RR8A 4DTPA 5HP1A 3F73A 3QETA 1QQCA 4CHZA 1RDCA 1U47A 1WNSA 4O44A 3JSMA 1NK4A 5FRNA 3VQCA 3VQAA 3KKRA 3RMDA 1NJWA 4BDPA 2HHXA 3V4IA 4CEZA 1RBRA 3C94A 4DTXA 5E41A 3OJUA 2WOMA 3LP1A 3ZT1A 2E6MA 3NF7A 2HHSA 1RILA 5EU7A 4O0JA 2PYLA 4Z0UA 4DF8A 2B5JA 1X1PA 4O55A 4AHTA 3QIPA 4FJMA 4Y1CA 3DI6A 3WNEA 4DSFA 1B9DA 4FK4A 3KLGA 3U3GA 3PY8A 2QKBA 1Q8IA 3ZSOA 1JLEA 1EETA 4CJ3A 4B3OA 1HYZA 1S1TA 4TSXA 4DLGA 1RCHA 3HVRA 4E7JA 4E7LA 1JKHA 5HRRA 1U49A 1U48A 4IBNA 1X9WA 3QEIA 4CHOA 4E7IA 4DU4A 3AO2A 4KFBA 2OPQA 4RW8A 1HQUA 1NOYA 1W9HA 3HSTB 3TR8A 4CFBA 3U6FA 3SV4A 3VA0A 4AHCA 2OA8A 4H4MA 3SPYA 1J53A 1GOAA 2XY5A 4Z4GA 2HNDA 4B9MA 1JLBA 4I9QA 4DTUA 2X6SA 3TARA 4WE1A 1T8EA 4W5TA 1NKCA 3AVNA 4B9UA 5J2NA 3K59A 2FBTA 4HUEA 5CZ1A 3HPHA 3G0ZA 4G1QA 4W5RA 3OYEA 3DRSA 4FZYA 4KI4A 4KHQA 2IC3A 4IFYA 3CFPA 4DQRA 1SKWA 4LH4A 1RDAA 4FLZA 3VQ6A 5FROA 1RBVA 2IGIA 4N5SA 1CLQA 3RMBA 2GV9A 3TAPA 2X78A 4FW1A 4DFPA 4HUFA 2HVIA 5C42A 3K57A 4DF4A 1NJYA 1JLAA 4N47A 4KB1A 3H08A 1RNHA 1FKPA 1JXEA 3ZT3A 1N5YA 5J2PA 4CJ5A 2BDPA 2ETJA 1BQMA 4CF1A 2HNYA 2YNFA 4B9VA 2OZSA 4Y1DA 3HJFA 1HYSA 1WSGA 1ZYQA 3UIQA 3O4NA 4DFKA 5CY4A 4FJGA 1WAFA 1J9AA 2LSNA 4CEEA 3KLFA 4FLWA 3LAMA 4CJLA 5J2MA 1UAXA 1NKEA 2HHVA 4CF9A 1TKZA 3NGYA 4KTWA 4FJHA 3C6TA 3VQDA 3ZSYA 1JLQA 1TK8A 4B9NA 3BDPA 3MEEA 3O3GA 3AV9A 4KHNA 3QERA 4KREA 4CF0A 4GW6A 1RTDA 2Y1IA 5HLFA 4CK3A 3MXMA 4FJIA 2E6LA 4OKKA 3NAEA 3ZSXA 4N56A 4CJUA 3OYJA 4CFAA 3D0PA 2DFFA 4CGIA 4FJ8A 4CGHA 5C25A 4XIUA 4CE9A 4J2DA 4AHRA 5HRSA 4BDYA 3KTQA 3DLBA 3HVTA 4CF8A 1CZBA 3TAGA 4KI6A 1IG9A 1NOZA 2HB5A 3O4QA 1NK9A 4E1MA 2WONA 4H8KA 1ASVA 4HUGA 3ZT2A 5HRNA 2EHGA 3HP9A 3OYBA 4DU3A 1IO2A 3KLIA 4OPJA 1UA0A 3AVHA 4O0IA 3V9XA 4QOZB 3F9KA 3T3FA 1KVBA 3AO5A 4EP5A 3SQ0A 1UWBA 4CJVA 5I3UA 1SL1A 1LWCA 1XHXA 1Q9XA 4RW6A 1RTHA 1TL1A 4DQIA 1I3AA 3PV8A 4CJSA 4PWDA 4FJ7A 4ID1A 4DQQA 3HM9A 1VSLA 1U4BA 3HP6A 1S1WA 4CECA 3SUPA 1IKVA 4DTSA 3DLRA 3HYFA 3NF9A 4CIGA 5JS2A 4OGEA 3OYFA 2ZE2A 1SL0A 3IS9A 3ZSRA 3KLHA 5J2QA 4FK0A 1LV5A 1HNIA 1S1VA 2YHBA 4DTOA 2HHWA 1UOCA 3DOLA 2OZMA 3RWUA 1J54A 2G8KA 2D0AA 3SZ2A 1QSSA 4DU1A 2VG7A 4LD0A 2FBVA 2QK9A 3AA2A 3LAKA 1HYVA 3CFRA 3WNFA 3L3VA 4HTUA 3PX6A 3RR7A 4KB0A 5KRSA 1BIZA 4JS4A 4I9LA 1U45A 4C8KA 2RN2A 5C24A 4DSEA 5SZTA 1SL2A 3PO5A 1LW2A 4FM0A 1QS4A 3IRXA 3OS0A 2OPRA 3OS1A 4C8NA 3RRGA 3M8QA 1IKYA 1K6YA 4FZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ULDA 4FWOA 4I6JB 5CZ2A 1VK0A 4BR7A 3QFPA 3V9ZA 2G8VA 3I8DA 3OYGA 2P9KA 4JI4K 3DLKA 1YJNN 3G4SN 1HLUA 2YV0X 3KKSA 3CC7N 2X6NA 1QQMA 2GBZA 3MXIA 1BISA 4WQ4A 2XY7A 4FJKA 3THYB 1LWEA 1QHAA 2QKKA 4MDBA 1WSJA 4NCGA 1VAZA 3MN6A 3LWMA 4E3SA 1H1VA 2G8IA 4IO8A 1QE1A 2UUCK 5LY3A 3K2PA 1LWFA 1Q18A 3AA4A 1Z25A 4LFBK 2ZJPL 1TV6A 4ISGA 3TTDA 1JL1A 1TKXA 1YVUA 5BPMA 1XVFE 5C12A 4B9SA 1DTQA 3OBYA 2OYQA 2QWRA 1L3UA 4YNQA 2E32A 2XHBA 3L2WA 4CHQA 3Q7CA 2IS3A 1LOTB 5AQYA 4BRKA 1HMVA 4AH9A 1HJOA 3LDPA 4LSLA 1RDWX 3KK7A 4KTZA 4X5MA 1REVA 4EIAA 4M41A 4J2AA 3NVKA 4YOTA 4K8XA 3D2EB 3DXMA 3OY9A 3QBWA 2DY4A 4OPHA 4E1JA 2R7YA 1MA9B 3QEWA 2P9KB 3A5NC 1VSHA 3SAHA 3WXIA 4BDZA 3NH2A 1MHYG 3NDKA 1B92A 4WYBA 4H5RA 3ENOA 3HPGA 3IG1A 4I2PA 5ELZA 1BGXT 4H0YB 4RW7A 5AQGA 3V1QA 2OVPB 3O9RA 3DRPA 3THXA 1CXUA 2G8FA 1FPOA 4JRQA 4H5VA 3QO9A 3KIOA 3HBTA 3SK3A 3TABA 2A1RA 3DRRA 1K73O 3MKSB 4Z4IA 5EX5A 3SVIA 3L6QA 3OJSA 4FWLA 1TK0A 3TAQA 4K42A 2Z1IA 2HF4A 3CMEN 4HCBA 4E89A 4RWTA 2I7PA 2Z1JA 4B08A 1EXQA 4JAXA 3CQXA 3CC2N 3I33A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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