1WAJA

Dna polymerase from bacteriophage rb69
Total Genus 274
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
274
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DNA POLYMERASE
publication title Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Nucleotidyltransferase
total genus 274
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1wajA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1wajA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wajA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1wajA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1wajA03
4CHZA 1EXQA 2KZZA 3MXMA 4NYFA 3RWUA 4DFJA 1BISA 1JL2A 3UIQA 3OJUA 1JXBA 4CF1A 1A5WA 3HT3A 4M3YA 1A5XA 3JSMA 2DTUA 1BCMA 4HVJA 1RDBA 3ZT4A 3SV3A 2VWKA 3OS2A 2QKKA 2YHAA 4CGGA 4E1MA 3OVNA 3D0PA 3LZIA 4CJVA 4CGHA 1U49A 1Z25A 4OVLA 1VSEA 1T8EA 4DSIA 4AHRA 2P1JA 3PX0A 2D0AA 1C0MA 1DTQA 4B8AB 4MFBA 1TGOA 3VN5A 1WAFA 2VG6A 3E01A 1KLNA 1XWLA 4AHCA 3DLEA 1ZBHA 3DLGA 4IG3A 4O55A 4M3ZA 1Z26A 2EX3A 3V9WA 1XC9A 4FJNA 2YNGA 1NJYA 1TVRA 4CJWA 1U48A 2QKBA 3B6PA 1WSEA 1Q9YA 4FJ8A 3S3OA 3PO5A 4KHSA 3KLIA 1HYVA 1NKBA 4DU1A 3M8PA 3ZSYA 5CYMA 3EYZA 3CM5A 4Z4GA 4CJ4A 1D9DA 1N6QA 2HVIA 2ITGA 4FJMA 3HPHA 1N5YA 1I3AA 1RILA 3AO2A 3OS0A 1S5JA 4E1NA 3EZ5A 3LWMA 3RRHA 3RMAA 2BGGA 1FXXA 1BQMA 1SV5A 1VRTA 1S6PA 4K8ZA 2JLEA 2ZQBA 3ITHA 4JS5A 3QNNA 3TWHA 2Y1JA 2A1RA 1HNVA 5I3UA 1KRPA 1RT6A 3NE6A 1RBRA 4KO0A 4MQ3A 4EZ9A 4KPYA 4M3RA 3VQAA 1REVA 4DG1A 3OYCA 4DSEA 2HHVA 1SL0A 3HK2A 2XY7A 1RT2A 1FK9A 3L3UA 1K6YA 1F21A 3SUQA 1WNSA 5JS2A 2BDPA 1UA0A 4B9VA 1NK7A 4CEAA 4CHQA 1RBUA 2D5RA 3OYIA 4FZZA 1RT1A 4E7KA 3V9ZA 3HPGA 4E7IA 3AVHA 4G1QA 1U45A 4CE9A 1LAWA 3SI6A 4J2BA 2VWJA 1JLBA 4DSJA 4FYDA 4B9UA 4YNQA 1WSFA 5J1EA 3OS1A 1LWEA 1RTHA 1ZYQA 3LALA 1X9WA 1QTMA 1LV5A 5KI6A 4OKJA 1RNHA 3C95A 3C6UA 5I42A 1FKPA 4O44A 2D0BA 4CHOA 1VRUA 4C8NA 3V4IA 1WAJA 2YHBA 3AVMA 3NH2A 3OYJA 1B92A 4KI6A 3VQCA 3KJVA 4BWJA 3HP9A 3PX6A 2E4LA 3L2RA 2AJQA 5EU7A 4QOZB 4M3XA 3AVCA 4RW9A 3T3FA 4CCHA 4IFVA 1SKSA 1D5AA 1NOYA 2IAJA 4E19A 4E7LA 1ASUA 1ZBLA 3HM9A 4LD0A 4BDZA 3CFOA 4H4MA 3NHGA 3SUNA 1FKOA 3V81A 1T03A 4CJQA 1J5OA 3ZSZA 4C8OA 4DSLA 4FK0A 4OPJA 2GBZA 1NK8A 3KKRA 4CIGA 4N76A 2XY6A 4CEZA 4DQPA 1A5VA 4AHUA 1UA1A 1TK5A 3RMBA 4DF8A 4CGDA 3O3HA 5SWMA 3SZ2A 4FLXA 5HP1A 1SL1A 1KVCA 1KVBA 4ELUA 3KLFA 3HVRA 4DTRA 2IS3A 3RRGA 2KZMA 1CZ9A 3OY9A 1HQUA 2OA8A 5HRSA 1T7PA 4CJEA 3ULDA 3DRSA 4GW6A 1WLJA 1UWBA 4E3SA 3K5LA 3TABA 4FXDA 2YNIA 4M41A 1VSKA 3PO4A 2HHQA 4FJJA 1MU2A 4LY7A 2X6SA 1EP4A 4ID1A 2HHWA 3VQ7A 1QQCA 4FJHA 3ZSWA 4FJ7A 2HHSA 3O4NA 4TSXA 1G15A 4F8RA 1XI1A 4FJXA 4FLTA 3P5JA 3VQ5A 4CF0A 3LZJA 4B9SA 4F2RA 1JLAA 3ALYA 3VA3A 2FC0A 3AV9A 3KK2A 3NDKA 1JLCA 1KVAA 4JLHA 1TL1A 4IDKA 3S3MA 1RBTA 4I7FA 3QO9A 3MEDA 4KHYA 4DSKA 3OYLA 3HL8A 3L3VA 4BE2A 4N47A 1O1WA 2NUBA 3ZSRA 4FVMA 1NOZA 1WSGA 1B9DA 3CM6A 1J53A 2Q3SA 4RG8A 3NCIA 4EP5A 1NJZA 4ICLA 2Z1GA 3PY8A 4JRPA 1D9FA 4ZHRA 2GV9A 4CEEA 3DMJA 5J2MA 3QIOA 1NK0A 2W42A 4FLVA 3SQ2A 4CEFA 2P51A 4CFDA 2PYLA 2HNZA 1IKVA 2OPPA 2A1SA 3SCXA 2I5JA 1IKWA 4KV8A 3WNEA 4JS4A 3KLEA 4R5PA 4NCAA 1WN7A 1RBVA 3OYEA 1TKDA 1WSIA 5FDLA 3TI0A 3M8QA 2G8UA 2PY5A 4NCBA 4FJLA 3LDSA 2RKIA 3OYMA 2Y1IA 4B9MA 4Q0BA 3MAQA 4PQUA 4HUEA 4KB0A 1YT3A 2ETJA 4CGJA 1LWFA 3AA4A 3C94A 1UOCA 4FLUA 3ASMA 3ZSVA 4O0IA 3SV4A 4KB1A 3CFRA 4KTWA 3WNGA 1VSLA 2OZMA 3AA2A 4LH4A 1QSYA 4M3TA 4DQRA 1NK6A 4DTPA 4F3TA 4M3WA 2HHXA 5HRNA 3QEWA 1CLQA 3MEGA 3TARA 1BI4B 1RT3A 1S1TA 4ID5A 1JKHA 4CJUA 4CJFA 4E7JA 4RW7A 1U47A 4CHYA 3A2FA 4QCLA 5KRSA 4CJTA 3MXIA 3OYNA 2XHBA 3LAKA 3NGIA 4M42A 3T19A 4L8RB 1LW0A 2KQ2A 1JXEA 4QAGA 4CFCA 1RT5A 3CYMA 4PA1A 4E89A 3HYFA 3DLHA 3MXJA 1W0HA 2EHGA 1ZBFA 4GVMA 1RBSA 3U3YA 4KREA 3DYAA 2HW3A 3AVIA 3F9KA 1RT7A 3AA3A 2X6NA 4OKEA 4B9NA 3EY1A 4KTQA 2RF2A 5T7BA 4DFMA 5C42A 2PZSA 4W5QA 4BE0A 2XRIA 4Z4EA 4IG0A 2IGIA 4DLEA 1TAUA 3SNNA 4DTJA 2DY4A 4CGIA 4B3OA 3DLRA 3G10A 4W5TA 3RR7A 5FROA 3OYAA 4CFBA 1JLEA 2E6MA 2RPIA 5J2QA 5DMRA 1S9GA 3M8RA 3THVA 2QK9A 4DS5A 3RMDA 1XHZA 4CJ5A 1R0AA 4AHVA 4UQGA 1YVUA 1VSFA 4O0JA 1L3SA 4Q5VA 4CHNA 1ITGA 5FRNA 2FBVA 4JRQA 4FZYA 1VSHA 4RW8A 3TAMA 4B08A 4J2EA 1TKXA 1NKEA 3V9XA 4FJ5A 2B5JA 1CXUA 1TL3A 4Y1DA 4I9QA 4DS4A 3TAEA 3AVAA 1X9SA 1VSMA 3DRPA 3VQEA 4CECA 2DFFA 3LP0A 1QE1A 1EETA 4OJRA 4KKOA 2ZE2A 1S6QA 1XHXA 1TK8A 1SL2A 2YKNA 3QEPA 2WOMA 4XIUA 1C1CA 4E7HA 3WNHA 4CEOA 2HHUA 3ZSXA 1HJRA 4DFPA 2HB5A 4B9LA 4CF9A 3AVKA 1BCOA 3TAPA 1S1VA 5E41A 1D8YA 4BWMA 3PUFA 2HNDA 1IG9A 1KLMA 3NFAA 4C8MA 3ZCMA 3JYTA 3SYZA 3LP2A 4FW2A 4E0DA 2G8IA 3AO1A 1RTJA 1TKZA 4F4KA 1BGXT 3DOKA 4CJ3A 4IBNA 4DTXA 3SPZA 1BQNA 3L2VA 3SJJA 3HXMA 1LWCA 3V1OA 1ASWA 4FM2A 3I8DA 4BDPA 4DWIA 1ZBIA 4OLAA 1S1UA 4M45A 1WSHA 1NKCA 3V9UA 5HRPA 3QETA 3QNOA 1JLQA 1KFSA 2P5GA 2YV0X 3OYGA 3KLGA 2VG5A 4W5NA 1C1AA 2PYJA 3DM2A 1GOAA 2FBTA 2YKMA 5JS1A 1UAXA 3KD1E 4KHQA 1KFDA 3K57A 4B8CA 3AVFA 4Z0UA 1U4BA 2B4JA 3NH0A 3HPOA 4KHUA 1VSDA 3AVLA 3TAFA 4CIFA 4HCBA 4GMJB 1HRHA 3O4QA 4CESA 4F3OA 3F73A 3D45A 4F2SA 2OZSA 2X78A 4Z4CA 3LP1A 5HLFA 1RCHA 4AILC 3IRXA 3BDPA 2ATQA 5KTQA 1L3UA 1SUQA 1VSJA 4WE1A 2JGUA 3AA5X 4ELTA 3LAMA 3HJFA 4OGCA 1B9FA 5HROA 4LSLA 3S9HA 3TANA 3NF7A 2FBXA 3RR8A 4CFAA 3AVGA 5CYQA 5D3GA 2WONA 4KI4A 1C6VA 4KHWA 1LW2A 3L2UA 4DTSA 1VK0A 4DTNA 4FJ9A 2QXFA 3OYBA 1HYSA 4CEBA 2FBYA 5J2NA 1RT4A 2KFNA 4BDYA 3NGZA 3IAYA 2GUIA 4FLZA 4CEDA 3OYFA 4J2AA 3K5OA 4Z4IA 2XO7A 1YTUA 4KFBA 3S3NA 2IDOA 3T1AA 3KLHA 4IFYA 1TK0A 4RW4A 3QEXA 3I0SA 5CZ1A 3OYDA 4FJKA 1U04A 2G8FA 2HMIA 4DQIA 1QHTA 3IG1A 1I39A 2HVHA 2KFZA 5CY4A 3KK1A 3QEVA 2F96A 2IC3A 4HTUA 4FCYA 3V1RA 1NK9A 4IKFA 3SQ4A 3DOLA 3VQBA 5K14A 1IH7A 2VG7A 3FFIA 4DLGA 4DU3A 2O4GA 3DLKA 1RTDA 2OPSA 3LP3A 3V6DA 1HPZA 1GOBA 2YNFA 5C25A 3HSTB 1GOCA 1HQEA 1KSPA 3DLBA 1L3VA 2F8TA 3DRRA 3V1QA 3PX4A 1DLOA 1J9AA 2OPQA 1KTQA 4FM0A 4FZXC 1RDAA 4PUOA 4EZ6A 5C24A 3TAGA 4OLBA 3QESA 3KD5E 1BIUA 2OYQA 1C0TA 4FJGA 2BANA 4C8LA 3MEEA 4DMNA 1NJXA 2B6AA 4W5OA 3LWLA 4FLYA 2O4IA 4YFUA 4RW6A 2E6LA 3PV8A 4CERA 3LANA 2YNHA 3NGYA 4EP4A 4LSNA 3VQDA 4I2PA 3P1GA 4CK3A 3K58A 1JLFA 3O3GA 3K5NA 4CK2A 1BIZA 3LPTA 4HHTA 1QS4A 1HYZA 1S1XA 3VQ6A 2G8VA 2X74A 3QIPA 5SZTA 2KW4A 3SUOA 2HNYA 4B9TA 1EKEA 4CJRA 1DTTA 2BE2A 4O5BA 3V9SA 3G0ZA 1SKRA 4DTOA 4CJLA 4M3UA 1BHLA 1L5UA 4CEQA 1TAQA 3OYKA 4H8KA 4FW1A 4Z4HA 4PWDA 4ZTFA 1RTIA 2Z1IA 3K59A 3BGRA 1X1PA 4CGFA 4OPKA 4DTMA 1YTAA 3AO5A 3C6TA 4FK4A 4CJPA 4N5SA 3CQ8A 1HNIA 2IOCA 4C8KA 3KIOA 3LPUA 3SUPA 4W5RA 3NH1A 4AH9A 3ISNC 1LAVA 3QERA 3IS9A 3ZSOA 4ELVA 1W9HA 3H08A 3NAEA 1J54A 3AO4A 2HHTA 3NF9A 3QINA 1S1WA 4H4OA 1CXQA 3VQ8A 4N56A 3AO3A 3RTVA 2G8HA 3L8BA 5HBMA 3U3GA 3TR8A 1VSIA 4N41A 4HUFA 3KTQA 3ZT1A 3VA0A 3VQQA 4CJSA 2ZD1A 4KTZA 4FJIA 4LH5A 2RN2A 5KGXA 4Y1CA 1SKWA 3SPYA 3ZSQA 4BACA 1JLGA 1IO2A 1C0UA 4DF4A 4J2DA 1QSLA 4OGEA 1Y97A 3AVJA 1NK4A 3WNFA 2LSNA 3QLHA 1TKTA 3KKSA 2P5OA 1IKXA 3AVBA 4NCGA 1EX4A 3VQ4A 2R7YA 4Z4FA 1C1BA 4CHPA 3L2WA 2Z1JA 5KGWA 1L3TA 1IKYA 2DFEA 3CFPA 3VQPA 3HP6A 3K2PA 4KHNA 4CF8A 3RMCA 4DFKA 3M8SA 3OJSA 1KCFA 3SQ1A 3HO1A 3K5MA 1RDDA 1CZBA 3MECA 2XY8A 1JL1A 3SQ0A 2Z1HA 3OYHA 3L2QA 4DQQA 2XY5A 2OPRA 1HMVA 4HUGA 3ZT2A 5CZ2A 2G8WA 5DK5A 4PY5A 3I0RA 2G8KA 4CK1A 4DTUA 1NK5A 1TV6A 4CJKA 1Q8IA 4CIEA 3NF6A 3TAQA 1NJWA 1X9MA 4NYNA 4KRFA 4I2QA 1S9EA 3O3FA 1BL3A 3KK3A 4KAZA 5FRMA 1Q9XA 3NBPA 4AHSA 4AHTA 4I9LA 1T05A 1ZBUA 3ZT3A 3AVNA 2KTQA 3VQ9A 3P83D 4HCCA 4DQSA 2DFHA 4O4GA 1QSSA 3NF8A 3B6OA 3U6FA 4FLWA 3HVTA 3QEIA 4OKKA 3DI6A 5J2PA 4DSFA 4BE1A 1ASVA 3ZT0A 1WSJA 4FK2A 1BI4A 4K8XA 2F8SA 4FM1A 1RDCA 4DU4A 3CG7A 4CF2A 4ZTJA 5HRRA 5KRTA 2D0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2HHWA 4BC4A 3BY5A 3CPEA 2QWLA 1XI1A 3P5JA 4H5RA 4LF9K 2W6KA 1JLAA 2QWPA 1NWKA 3QO9A 4QS9A 1HKBA 4NB4A 4H0OA 2ASOA 4BE2A 2D0OA 1B9DA 1J53A 4RG8A 4GNIA 4EP5A 4JRPA 4ZHRA 3H1QA 4CEEA 5AZIA 3DMJA 3HBTA 1NK0A 2P9UA 3TSUA 2PYLA 3ZX3A 4MLEA 4XH1A 5AQNA 4JS4A 3WNEA 4DV4K 4NCAA 1RBVA 3J8AA 2YX6A 5JLFA 1TKDA 3M8QA 4JYAK 4Q0BA 1XC3A 3OYMA 2HSTA 3O9TA 4LFAK 5JMVA 3WNGA 2OZMA 1VSLA 1QSYA 4M3TA 2HHXA 4DTPA 5AQOA 1CLQA 1MHZG 1S1TA 3VGLA 1U47A 1Z6RA 4CJTA 3G25A 3OYNA 4CBWA 3MDQA 1LW0A 2KQ2A 3DLHA 3HYFA 3MXJA 1W0HA 2EHGA 1OH8A 1BWFO 2OCEA 2HW3A 3F9KA 3AA3A 3H3OB 3OA9A 4KTQA 4DFMA 2PZSA 4W5QA 3CCLN 3MN6A 3JXUA 3SBGA 2QM1A 1Z05A 4GKKK 4CGIA 4DR6K 3AARA 3DLRA 4DQ8A 1OH6A 4JAXA 2ZGZA 4B1XB 5FROA 4CFBA 2E6MA 1K8KA 2AP1A 1S9GA 3THVA 2F4VK 3RMDA 1XHZA 1NGEA 4AHVA 1NGFA 4O0JA 4YOVA 1L3SA 4CHNA 2FBVA 3L0QA 1YJWN 4FZYA 1ZBSA 4CI6A 3P38A 4J2EA 4JHDA 4FJ5A 1NU0A 4I9QA 4DS4A 4Z94A 2JPNA 3DRPA 4OJRA 3C6OB 2ZE2A 1TK8A 1SL2A 2WOMA 4XIUA 4CEOA 1HJRA 3V7DB 3O8MA 3FR0A 2HB5A 4BRFA 3J81O 4BQLA 3PUFA 2HNDA 1KLMA 4BG8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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