1WBKA

Hiv-1 protease in complex with asymmetric inhibitor, bea568
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords POL PROTEIN (FRAGMENT)
publication title HIV-1 Protease in Complex with Asymmetric Inhibitor, Bea568
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1wbkA00
5KOSA 1Z1HA 5P4FA 5KQXA 2NNPA 4I0EA 1XN3A 3O99A 3I2LA 5P5JA 5P5XA 5OYYA 3IVHA 2F8GA 5P3HA 4EP3A 2VA7A 1BVEA 5OZ7A 5P6CA 4N00A 1FIVA 3K1WA 3PCWA 4Y5BA 1APTE 1EC1A 4DJVA 1T6EX 2IKOA 3UDMA 5P30A 5OZ9A 3VEUA 2VIYA 4M8YA 4B1DA 3LZSA 2JJIA 1K1TA 2PWCA 3HZCA 2RKFA 5P1MA 2ZJKA 5P0XA 5P54A 5I3WA 2IRZA 4Z4XA 1HRNA 3TOFA 4DQFA 4RCEA 3URJA 3OXXA 3LZUA 4YCTA 4K4RA 1TSUA 5OZEA 5HCOA 4WY1A 2OHUA 4OBJA 5I3VA 3FV3A 2FGUA 5P04A 3FIVA 2V13A 3VLBA 2HS1A 5P1JA 2BB9A 2QD6A 1XN2A 3T3CA 2AOFA 5P10A 2PSGA 1HPSA 3SPKA 3T6IA 3OHHA 5P8MA 3FKTA 5P8LA 1TCWA 1MESA 2OF0A 4FM6A 2OHNA 5P26A 3L5BA 1BVGA 1MT9A 5HDUA 5OZVA 2HPEA 1HEGE 5P17A 4FS4A 4DJOA 3PRSA 3TPLA 4Q1XA 2HPFA 1M0BA 1JLDA 4CKUA 5P86A 5P1HA 5P7NA 2F80A 3UQPA 5P2MA 4Z2ZA 1C70A 5OYXA 1BAIA 1D4LA 2I0AA 2WF0A 2V0ZC 4ZSPA 3VV8A 1GVXA 2UPJA 5P40A 2ZJNA 4D8CA 5P6RA 3GI6A 4CPWA 4MC6A 1XE6A 2G26A 4J1HA 5P1UA 1HXWA 1HWRA 3WZ6A 3L5CA 5ER2E 4D88A 4B00A 3N3IA 2OHTA 2O40A 1DMPA 4ZEAA 2WF3A 4LL3A 5KR8A 5KR0A 3NYGA 5P7HA 3N4LA 5P0BA 3NDTA 5P8GA 1IDBA 5P36A 5OYQA 5OZPA 1META 2IGXA 4Y3RA 1ZTZA 5P8CA 5P4TA 5AGZA 3IXJA 3RSXA 3QPJA 3ECGA 5OYWA 3EKQA 5P60A 5P3CA 5P7GA 3NWXA 5P72A 5P56A 3EM3A 3GI5A 5P5KA 2I4WA 4FGXA 4Y57A 1IZIA 2VJ6A 1FMUA 4DPFA 4JECA 3SQFA 2QCIA 2PMAA 4GB2A 3G72A 5P0FA 3RU1A 4I1CA 1U8GA 4PHVA 3LIVA 2RENA 5KAOA 1W5WA 4F75A 3PLDA 4AMTA 2P3CA 1EC0A 5P75A 3NU4A 5IVTA 3PSUA 2BKSA 5IVSA 5JFUA 1EC3A 3GI0A 1G6LA 3EC0A 2PH6A 5DQ5A 2AOGA 3GGAA 5CLMA 5P18A 1APUE 2B7FA 1ER8E 3O9CA 3I6OA 5AHBA 3PEPA 2BPWA 3KFNA 5P09A 5P51A 4EJLA 1W6HA 5P7AA 4OBGA 4FAFA 5P13A 2VNNA 5P5OA 4YD5A 3VUCA 1KJFA 3ZKIA 4HDBA 1K6PA 4I11A 5P3YA 5P0NA 1HPOA 2ZJJA 4Y45A 3SA5A 3KDCA 1A9MA 5P4ZA 3ZKMA 2V11C 5DQ4A 2QI1A 1B11A 3QBHA 5EZXA 2QI7A 2ER7E 5P88A 3CYXA 2WKZA 5P48A 3PWWA 2FNTA 4HE9A 3QIHA 1WBMA 4FRIA 5P3QA 5P55A 5HE5A 2QMGA 2BBBA 2H6TA 5P3RA 3OQFA 1PSAA 4YE3A 4RVJA 3VV7A 4DQHA 4DJWA 3PB5A 1YM2A 3HLOA 1YG9A 2OHKA 5B18A 1EPQE 1XS7D 5P6DA 5P4JA 4Z22A 3SFCA 3SA9A 5P1RA 2V00A 5P66A 1A94A 1MUIA 4ZSMA 5P0JA 2ZJHA 3FNUA 5P73A 3FSMA 3L58A 3OU4B 4L7GA 3D1XA 3ZOVA 3O9GA 3LIQA 4CPXA 3RTMA 3TTPA 4LXKA 5DGUA 3Q4BA 4LXMA 4CP7A 1NPWA 1K6TA 4DI2A 4QJ6A 1C6XA 5P4WA 4J54A 4LP9A 4XX4A 3DK1A 4LAPA 3ZKNA 4KB9A 3INHA 3OUCA 4J55A 3EL0A 4FRJA 5P1LA 3APRE 5P11A 2FIVA 2J9JA 3IN3A 1HHPA 5P2HA 4GJCA 4PPHA 5AHCA 1WKRA 5HDZA 3OU1A 3SABA 4APRE 1BBSA 4Y3DA 3OQAA 4CPUA 4GMIA 5P6PA 5P1DA 5P5EA 5P5UA 5P1IA 5P6QA 4Y36A 4Y9WA 1LYBB 3LIXA 1ZLFA 5P59A 1B6JA 2R38A 2HB4A 2QMPA 3GGXA 4Y5EA 5P58A 5P49A 3WZ8A 3TPJA 3OOTA 1GVWA 5P52A 3TPRA 3WZ7A 4DJXA 3S43B 3NDUA 4Y39A 4EJKA 5IVQA 5JFPA 5P63A 4Q1NA 2SAMA 4OD9A 5DR8A 4X7IA 3SA6A 5P1BA 2OHMA 5P28A 2HAHA 4L6BA 1FFFC 4L1AB 5P6LA 5HU0A 4B70A 3L5DA 1DAZC 5P3JA 3DUYA 5P42A 1W51A 1UPJA 4BFBA 3O9DA 4DVFA 5P3AA 3K5GA 4E43A 4DJUA 5OZAA 2AZBA 1IDAA 4RYCA 3EKVA 3PCZA 3KN0A 5P1EA 2ER6E 5P4RA 5P2JA 4DV9A 5P5NA 2ZE1A 2VA6A 1OEWA 4M8XA 4J5JA 3ZMGA 1MERA 2QK5A 5OZXA 5P5TA 2WECA 4GJ6A 4I0HA 3OXVA 5P81A 4DQBA 3KFPA 3ZPTA 2PYMA 3QI1A 4Y4ZA 3PSYA 4I0IA 4ZLSA 1FG8C 2R43A 3D3TA 3K5FA 4Y3FA 1SH9A 3VV6A 2P3AA 1AIDA 3NUJA 3AIDA 3UFLA 3ZPUA 5P5CA 2VJ7A 2Q15A 3JVYA 3Q3TA 1MPPA 4FLGA 8HVPA 1K2CA 3VCMA 4J1CA 1N49A 1SDUA 2MIPA 5P0MA 4QJ8A 1FG6C 1EPOE 2FGVA 2QI5A 4Y4AA 5P12A 4Y37A 3EL5A 2O4KA 2JE4A 4ZSQA 1D4HA 4GJ9A 5P0DA 2P3DA 3T7PA 3WB5A 2Q63A 4Y5PA 4ZPFA 3UPJA 1KJGA 1K1UA 1HTEA 2QI6A 1KJ7A 2V10C 1APWE 3PM4A 3Q5HA 4FRSA 4Y5AA 3VF3A 1AAQA 5P4XA 4I8ZA 3IXOA 5P4KA 4L7HA 4Y35A 3GI4A 4R92A 5P8UA 5P0GA 2QU2A 4TRWA 1BV9A 2ZHSA 4OBHA 2AOEA 3IGBA 5DR0A 3BXRA 5E5JA 2XFKA 1YTJA 1EPRE 2BPYA 1HPXA 5DR7A 3VSWA 5BS4A 1PSOE 2F3KA 3KA2A 3TKWA 5F01A 3HW1A 4H3IA 2AZ9A 1Q9PA 5P7SA 5KR1A 5KQZA 4J0VA 5P67A 1BIMA 5DGWA 3VF7A 2B60A 2JYSA 3NU6A 3OADA 4AA8A 3UQUA 4Y41A 2ZHRA 3O9LA 5P7EA 4Y4XA 3EM6A 3MSKA 3VFBA 4DUSA 4DJPA 3HBOA 1FGCC 4R95A 3NU5A 4K9HA 5P2TA 1QBSA 1KJ4A 2ZHVA 2FXEA 4F73A 1UH7A 3BUFA 3BC4A 5PEPA 2QNNA 2I4DA 5P20A 3OQDA 3L3AA 3SKGA 2OHSA 4U7VA 3DOXA 5P05A 3FX5A 4BFDA 1K6VA 2WEDA 3NLSA 5P2KA 5P0LA 1DIFA 5P5PA 3PGIA 5P14A 1D4YA 1MVPA 5HU1A 4TVGA 4GJDA 5P07A 3SO9A 4Y4UA 3LIZA 3SAAA 4R91A 4J0TA 2IGYA 5P1YA 2G94A 1A8GA 4EQ0A 5KR2A 1FFIC 5P32A 1LYAA 3QVCA 1FEJC 4FL8A 5P1WA 1YM4A 4EWOA 2WF2A 5DQ2A 3SA7A 3UDYA 4XKXA 1VIJA 3EM4A 3TOHA 5P0OA 4J0PA 5P4EA 4J0ZA 2PK5A 3LPIA 5ER1E 4FAEA 1QS8A 2P3BB 3RTNA 4KUPA 5OZYA 1B5FB 4NKKA 5P02A 3OGPA 1PPKE 3EL9A 5BWYA 3TLHA 5OZRA 4TRZA 2RKGA 3GGVA 4Y3XA 5P8TA 2Q55A 1E5OE 4D85A 5E5KA 1IZEA 1TQFA 4GJ5A 4ACXA 2AVMA 2QZXA 5IVRA 2IL2A 5IE1A 3ZKGA 3ZKXA 5P8PA 5AHAA 3VYEA 4I8WA 5SZ9A 1T7JA 1ZP8A 2B8VA 5P1QA 3DM6A 3PWRA 3OUDA 2Q5KA 4NPUA 2AIDA 3MSJA 1E82E 2A4FA 3OOZA 5P7QA 5P0VA 5KQFA 1B6MA 3OY4A 4MC1A 1WBKA 3KMYA 1NPVA 2A1EA 1FF0C 3H5BA 4FIVA 5P57A 3O9BA 5OZNA 1MT7A 2CEMA 2EWYA 5P2IA 5P7FA 2AVSA 2Z54A 3KT2A 3G70A 4RVXA 9HVPA 4X2LA 3SA8A 2ZDZA 2WF4A 3BHEA 1HVLA 5P6EA 3UFNA 3RVIA 3D20A 3NR6A 5P6VA 4OC6A 4YBFA 2HB2A 3ER5E 5P6WA 4ER1E 3O9IA 1BDQA 3TNEA 3HD8A 3OQ7A 2I4QA 4EYRA 4YD6A 3KDBA 2G69A 5P6KA 5P2LA 1D4SA 4GJBA 3HVPA 3U7SA 4PZWA 4AZYA 2OAHA 1IIQA 1NH0A 5P6SA 3UTLA 2XYEA 5ISKA 3CMSA 5P2YA 4RCFA 1FQ7A 4XX3A 4NJTA 5P0SA 1HBVA 5P0ZA 4B1CA 4A4QA 4QJ7A 3OTYA 3PMUA 5P3VA 3KDDA 2BKTA 3NU3A 2WEBA 5OZ4A 4YCYA 4Y4DA 1A8KA 4I12A 5P7PA 2G1YA 5P65A 3DV1A 3ZPSA 4Y5LA 3VSXA 4QJ2A 4CMSA 4ZE6A 1DPJA 3OHFA 5TOLA 4RROA 1QDMA 3QVIA 3DJKA 5P0IA 3T7QA 5EZZA 3K5CA 4Q5MA 3MWSA 5P4BA 4Z50A 5P61A 4R93A 5P1PA 3QBFA 5OZFA 5JODA 5P23A 3B80A 4RRNA 5P7XA 2G1RA 5P4PA 4I0DA 2AOCA 4NPTA 4YD4A 3IXKA 2NXDA 3SM1A 5OZLA 4Y44A 1AVFA 1FB7A 3BGCA 4I10A 4FCOA 5P5IA 3OQKA 3CKTA 5P1XA 4H1EA 5OZTA 1F34A 2BPZA 2APRA 3Q70A 2R9BA 3HVGA 4GIDA 2ER9E 3SKFA 4ZPEA 1D4IA 4Y6MA 5P8JA 5OZQA 1CMSA 4EP2A 2O4PA 5P5RA 3INEA 2PSVA 4J0YA 4Y4EA 3S7MA 4EHCA 2O4SA 5P2XA 1SIPA 5P0WA 1SMEA 1HTGA 4K4QA 5P1TA 1C6YA 5AH9A 3RTHA 4RLDA 1MSNA 1MT8A 3TH9A 5P41A 5P31A 1HVSA 2VKMA 3QP0A 3LZYA 1YTGA 5P8DA 1HSIA 5HTZA 5P76A 1J71A 3CIBA 5OZ2A 5P2OA 2ZJLA 2G24A 7UPJA 5OZUA 4OBKA 5OZMA 3C9XA 4RYGA 3LZVA 4KE1A 3WB4A 4Y3ZA 5P8VA 1EPNE 1KZKA 1K2BA 4LXAA 5C9DA 3L38A 3HAWA 2G20A 5ENKA 3O9AA 4GZFA 1PPLE 4J17A 3O9FA 5P3GA 2QI4A 4GJAA 5P5BA 5J25A 4COEA 3AUPA 5P46A 2IKUA 3TPPA 1EPME 1LYWA 4D83A 1EC2A 5T4SA 2XFIA 4DQEA 5P35A 5P8BA 2WL0A 4J1KA 2VIZA 4B05A 5KQYA 3LIYA 2NMYA 3RSVA 4Y3LA 1W5VA 5P6NA 6UPJA 1SP5A 1D4JA 1FMBA 4Q1YA 5P15A 5P01A 1PSNA 2F81A 1ODYA 1EBZA 5P3TA 5P62A 3R2FA 4MC2A 2BPVA 1HVHA 1ODWA 5P0AA 1Z1RA 1T3RA 5P1GA 2V12C 3UDPA 5HD0A 5P5YA 4A6BA 1W6IA 1TSQA 5OZ6A 3IA9A 3S8IA 3OADB 3PVKA 1EEDP 5P7OA 5HCTA 2O4NA 5P71A 5OZ3A 1HVKA 5P5MA 4OBZB 2I1AA 5P6TA 3KM4A 4H3GA 4YDFA 4K4PA 3NXEA 2NNKA 4K8SA 1HIHA 4Y3QA 4CPRA 4F76A 2PSUA 3A2OA 4QLHA 4Y3AA 3R4BA 3HDKA 2QZLA 2F3EA 1HTRB 4QJAA 4JP9A 1G0VA 3EKWA 5P5LA 3EKPA 1ZSRA 2QI0A 5P3MA 2QI3A 3CKRA 2HS2A 2VA5A 4B78A 5P7VA 2OHRA 3QRMA 3UF3A 3L5EA 2J9KA 4OBDA 5OZOA 2HB3A 5P2BA 5P70A 4MC9A 1XE5A 1SIVA 5P5VA 5I70A 3GGUA 3PI5A 2QNQA 4A6CA 5P0PA 5P4CA 1LYAB 5OYUA 3B7VA 5P1FA 1QBTA 5P4NA 2QMDA 5P7DA 5OZJA 2QHYA 1M4HA 5P2SA 2VIJA 5P53A 3OU4A 5P3EA 5FIVA 1GNNA 2AODA 2JJJA 4HDPA 5DPZA 3OAGA 1IVPA 2P4JA 5APRE 3NDXA 3D1ZA 4U8WA 4Q1WA 3NDWA 1KJHA 4DQGA 4FSEA 5P8OA 5P4LA 3CIDA 3BUGA 5P4YA 5P38A 1EBWA 5P7WA 1HSHA 5ENMA 5IS4A 5OYSA 1QBRA 3JW2A 2UY0A 5P80A 3PSGA 2XYFA 1M43A 5P44A 2IQGA 3EL1A 5DR4A 5P27A 5P3NA 3ZL7A 5P2FA 4EPJA 4R8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KOS A;  1Z1H A;  5P4F A;  5KQX A;  2NNP A;  4I0E A;  1XN3 A;  3O99 A;  3I2L A;  5P5J A;  5P5X A;  5OYY A;  3IVH A;  2F8G A;  5P3H A;  4EP3 A;  2VA7 A;  1BVE A;  5OZ7 A;  5P6C A;  4N00 A;  1FIV A;  3K1W A;  3PCW A;  4Y5B A;  1APT E;  1EC1 A;  4DJV A;  1T6E X;  2IKO A;  3UDM A;  5P30 A;  5OZ9 A;  3VEU A;  2VIY A;  4M8Y A;  4B1D A;  3LZS A;  2JJI A;  1K1T A;  2PWC A;  3HZC A;  2RKF A;  5P1M A;  2ZJK A;  5P0X A;  5P54 A;  5I3W A;  2IRZ A;  4Z4X A;  1HRN A;  3TOF A;  4DQF A;  4RCE A;  3URJ A;  3OXX A;  3LZU A;  4YCT A;  4K4R A;  1TSU A;  5OZE A;  5HCO A;  4WY1 A;  2OHU A;  4OBJ A;  5I3V A;  3FV3 A;  2FGU A;  5P04 A;  3FIV A;  2V13 A;  3VLB A;  2HS1 A;  5P1J A;  2BB9 A;  2QD6 A;  1XN2 A;  3T3C A;  2AOF A;  5P10 A;  2PSG A;  1HPS A;  3SPK A;  3T6I A;  3OHH A;  5P8M A;  3FKT A;  5P8L A;  1TCW A;  1MES A;  2OF0 A;  4FM6 A;  2OHN A;  5P26 A;  3L5B A;  1BVG A;  1MT9 A;  5HDU A;  5OZV A;  2HPE A;  1HEG E;  5P17 A;  4FS4 A;  4DJO A;  3PRS A;  3TPL A;  4Q1X A;  2HPF A;  1M0B A;  1JLD A;  4CKU A;  5P86 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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