The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
76
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
b'NINKLKSSIESTNEAVVKLQETAEKTVYVLTALQDISSQISSMNQSLQQSKDYIKEAQRLLDTV'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Nipah Virus fusion core
rcsb |
| molecule keywords |
fusion protein
|
| source organism |
Nipah virus
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
33
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
76
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | YojJ-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L35 A; 2FB5 A; 4NYK A; 3N27 A; 4FZ1 A; 3S3W A; 4NTY A; 4NTW A; 1WP8 A; 3IJ4 A; 2QTS A; 4FZ0 A; 3S3X A; 1WP7 A; 4NTX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FJG O; 4FFB B; 1R1B A; 2FYU H; 2Q7E A; 5LBQ A; 4TQD A; 1UFI A; 2M6Y A; 3KKY A; 2QWR B; 2RN9 A; 2CE4 A; 3FYE B; 4ZI7 A; 1NBM G; 1VF5 B; 4PA4 A; 3D3Q A; 4L87 A; 1JPX A; 4UVA A; 4JI4 O; 5B3S B; 1TVK B; 3L71 H; 1COW G; 5BR8 O; 5LMN O; 3ZRV A; 2H94 A; 2EJ7 A; 1D5N A; 2F95 B; 3G80 A; 2LJ2 A; 1JA8 A; 4RQF A; 2Q8V A; 2R70 A; 1AR4 A; 2GUZ B; 3H9V A; 3J81 N; 4I50 B; 4DV6 O; 2DN9 A; 5EZY A; 4JZ2 A; 5LA6 A; 3RYC A; 3M7M X; 1D5A A; 4B7K A; 3D3I A; 4MVM A; 4YHH O; 2RMK B; 4EKW A; 4JI1 O; 1Q86 W; 2CGO A; 4TUY A; 1R3K C; 4X62 B; 5KA6 A; 4U3F H; 2Q0O C; 1KP3 A; 3JAK B; 4MTF A; 4LF8 B; 4LF9 O; 5IYZ A; 5BXZ A; 3TK1 A; 4UB6 Z; 1PNM A; 4PD4 F; 3OT7 A; 4LC1 A; 1QLE B; 2QR4 A; 1AP6 A; 4GCZ A; 4BAY A; 2V1D A; 1OHH G; 1YTF B; 2QKA A; 3U0Z A; 3RYF A; 2ETN A; 1TUE B; 1YI2 V; 2VWJ A; 1BS3 A; 3OUF A; 3Q4H B; 3I55 V; 4X65 B; 4FLZ A; 4F4L A; 4X62 O; 1GMG A; 2E3C A; 1Q3E A; 3G71 V; 2JGU A; 1CEZ A; 5D5P A; 2EIN B; 1SQF A; 3ZMU A; 1HNW B; 4DK0 A; 3RVY A; 3B09 A; 5ITZ B; 3U11 A; 5E1A C; 4X8A A; 3OTO O; 3HPL C; 4YIP A; 3GWO A; 3EHB B; 4JAS A; 4ZBM A; 2EIL C; 3ABL B; 1Z2G A; 1UPG A; 2PGG A; 1HNX O; 3E89 A; 3CS5 A; 3SYA A; 3N27 A; 4DR3 B; 5JH7 B; 2DWD C; 3ZJZ A; 4X65 O; 2R9I A; 4J7J A; 3K5N A; 2QEX V; 3UT5 A; 3K08 A; 4PJ0 Z; 2UXD O; 1XMO B; 4DR7 B; 1TGO A; 3BHP A; 4IGG A; 1SF9 A; 3J7A U; 5AG2 A; 1NU1 H; 3RYH B; 2OCC B; 3AG2 C; 4DRX A; 1B6Q A; 3CD6 V; 4Q6G A; 1XDC A; 2WLK A; 3CCS V; 3OMI B; 3STL C; 4O4J A; 5GON B; 1ZSP A; 3X2Q B; 1N36 B; 1K5Q A; 3HKC A; 2GSM B; 1WB8 A; 3FKS G; 1R3I C; 4BW9 A; 3L75 H; 2WLM A; 1SER A; 2BTQ B; 3CME V; 4DR3 O; 3DGE A; 4LF7 B; 3B77 A; 2PI5 A; 1RSO B; 5L3B A; 3MHS C; 4DUY B; 2LGW A; 1KKD A; 1XMO O; 4DR7 O; 3APQ A; 1LUW A; 2AHY A; 4ZHQ B; 2ZE7 A; 4FPP A; 3O65 A; 4PV1 B; 2P5O A; 1L8D A; 4AI8 A; 5JJN B; 2KG7 A; 4BW5 A; 1RP3 B; 4RUF A; 1ZWI C; 3KZI Z; 3ABU A; 4QNH B; 5KMG B; 4MSW C; 4QGP A; 3WB0 A; 1N36 O; 1T5E A; 5BY1 A; 3QF7 A; 3JAT B; 4X1I B; 1QNM A; 1WAZ A; 1YJ9 V; 5EBM C; 4I55 A; 1DTO A; 3RYI B; 4LF4 B; 3LNN A; 5KHI A; 3P30 A; 4LF7 O; 4ABM A; 2CDY A; 1I08 A; 1NS1 A; 4DUY O; 3MHH C; 4WBN A; 1N33 B; 1WP8 A; 3OEH G; 3F7Y C; 4NR1 A; 4O4I A; 2OYQ A; 5IE9 A; 3BA8 A; 1RPO A; 2OIE A; 4U3J A; 4JYC A; 4DV3 B; 1ZUQ A; 1Y74 B; 2KB1 A; 1OCO B; 4QPJ A; 1YJW V; 1Q82 W; 1U97 A; 1LUV A; 3AK3 A; 4PA6 A; 3G6E V; 1OJH A; 4I7Z B; 1QBZ A; 2VS0 A; 3E22 B; 2IJK A; 2N04 A; 2HVK C; 3BFR A; 1SQV H; 1AI6 A; 1VQ6 V; 1RFY A; 3OW2 U; 5KX5 B; 2QWN B; 3HB3 B; 2XAQ A; 4GX2 A; 1Y76 B; 2FKX A; 1M93 A; 3WU2 Z; 1WA8 A; 4LFC B; 3K03 A; 1J5E O; 1N33 O; 3E8B A; 1VQ7 V; 5LP6 A; 1QVF U; 2LW7 A; 3OR7 C; 2OIG A; 2ZNI A; 2P22 C; 2AHZ A; 2EX3 A; 4DV3 O; 1XBL A; 3OM3 B; 4JI0 B; 4WFF A; 3H1L H; 3DC6 A; 2DJV A; 1OCR C; 4CH6 A; 4PDM A; 3QTC A; 1JJ2 U; 1Y4M A; 2IU3 A; 3ML0 A; 3H1K H; 4JV5 B; 2Z3Y A; 3ASO B; 4HNA A; 2YSU B; 3HKB A; 4JYA B; 1Q6I A; 3AK2 A; 1S76 D; 4X1Y B; 2P06 A; 2YID A; 4LFC O; 4ASU G; 2BSK B; 3FAV B; 2WLL B; 3E35 A; 3T2M A; 1NR7 A; 5KHK A; 1NR1 A; 3SYC A; 3LSS A; 2QM4 A; 1EM1 A; 3HKE A; 4K8Z A; 1WP7 A; 1IZ3 A; 5J2U A; 1GO3 F; 1Z5W A; 3CRQ A; 4TWK A; 1W59 A; 1ROP A; 4LWS B; 1P7B A; 4Z1M G; 2CGN A; 3MDS A; 2RNB A; 4BR6 A; 2DYS B; 5IYB O; 4JV5 O; 3S3X A; 3CCE V; 5LHI A; 5B1A B; 2W0F C; 4JYA O; 3H1I H; 3ETD A; 3FD9 A; 3CXH F; 4JTA B; 3ZX6 A; 4R50 A; 4ZOL B; 2NNU A; 1AVM A; 3JD2 A; 1OCR B; 3WG7 B; 4RUE A; 2UXB B; 4JI8 B; 2W6J G; 3IJ4 A; 1VQN V; 4DV7 B; 1M57 B; 2QDO A; 1N0J A; 5L3G A; 1HNZ B; 3SPJ A; 4JI6 B; 1A32 A; 1GM8 A; 1GN4 A; 4EFE A; 2WA4 A; 5HFL A; 2RJZ A; 2Y69 B; 3DSQ A; 4LH6 A; 1QR9 A; 4NTW A; 1TUB B; 1X4T A; 2Q6A A; 4LBE C; 1QU7 A; 2AW9 A; 1HR0 B; 2WSS G; 1L1F A; 3JD4 A; 2UXC B; 1VF7 A; 4H0L B; 2XAG A; 2PF4 E; 4JI8 O; 4H44 B; 1K5S A; 3H1H H; 4HAM A; 2ZR3 A; 2YIB D; 4IL6 Z; 3SDL A; 5EYP A; 4UCV A; 1HNZ O; 1JVM A; 3UQ8 A; 3CCU V; 1K97 A; 2CTP A; 3FYI B; 2XAH A; 3AG7 A; 3CCJ V; 4OX9 B; 1KYO F; 4DR6 O; 3HR0 A; 4FK5 C; 4FM1 A; 4NB5 A; 4LF6 B; 4JF3 A; 2HJD A; 4I0X A; 1H2M A; 4JI7 O; 4JZG A; 4ZI7 B; 4KUM A; 1NKD A; 1NVP D; 3ZED A; 5JWP A; 4R6Z A; 4CC5 A; 4WFA V; 4LNU A; 1IBL B; 1FYJ A; 1M90 W; 2CTQ A; 3JCZ A; 1XNR B; 3HKD B; 5CA1 A; 5CBH A; 4Z1V A; 4KFM A; 2YIB A; 3K04 A; 1NH2 D; 4X20 A; 1QQC A; 1M9N A; 3ZHT A; 4JYY A; 4GX1 A; 2V7Q G; 2ZIO A; 3EXA A; 2P6J A; 4OX9 O; 5EZY B; 4LF6 O; 5LA6 B; 3RYC B; 1KB9 F; 1G4Y B; 3ZN0 A; 3W7X A; 2R9A A; 5LHG A; 1RPR A; 2E74 B; 3JD1 A; 5E79 Z; 4TUY B; 5J9P C; 1K8A W; 2DOS A; 3GWK C; 1GM7 A; 1IBL O; 1SQX H; 1FJG B; 5GTI Z; 2ZD9 A; 3EVK A; 3VOU A; 4X88 A; 1XHX A; 5IYZ B; 1XNR O; 2DYR C; 3OMA B; 1W2B U; 2L35 A; 1BMF G; 1PNK A; 5H6Q A; 4GZR B; 3SYO A; 1URF A; 3CCM V; 1OZ0 A; 3K06 A; 2P4K A; 1YDX A; 5B1N A; 1FXK C; 1NQT A; 1BE3 H; 1Q6U A; 5CA0 A; 3RYF B; 3F5T A; 2ADQ B; 2DWE C; 2EBO A; 2OWO A; 1YF2 A; 2Q68 A; 3N2G A; 5GW7 A; 3TXQ A; 3CXC U; 1SET A; 2YXH A; 4HYO A; 4CS2 A; 5LMN B; 1H2K A; 1UJW B; 1XRE A; 5LL6 Y; 1HWY A; 2ZXW C; 2Q9L A; 1V54 B; 3CSX A; 2QSA A; 3K9A A; 2ZE6 A; 4B3T B; 2ZIN A; 3DXR A; 4UCR A; 1Q90 D; 1DF5 A; 4DV6 B; 1FS0 G; 3EFF K; 3OAA G; 3APO A; 1QLE C; 3P32 A; 4MTX A; 5LYJ A; 3MAQ A; 5JJJ B; 3H1J H; 3TET A; 4DR5 B; 4PHZ A; 4CS4 A; 4YHH B; 1S77 D; 4JI1 B; 3L72 H; 2XAF A; 4A5U B; 4UUJ C; 4I9Q A; 4FM2 A; 2ADP A; 3OGI B; 1MMM A; 1HP8 A; 2EJR A; 1FFT B; 2NR5 A; 2F1M A; 3LDD A; 2E75 B; 3LDE A; 3S3W A; 1N34 B; 4B3S B; 3K59 A; 4LF9 B; 4O4L B; 3UT5 B; 3BCC H; 2DYR B; 3L73 H; 3P3N A; 4O4H A; 1F4N A; 2IM9 A; 2EIN C; 3W7W A; 2IBZ H; 4B3T O; 4ICG A; 2QJ1 A; 3ZN1 A; 4KXR A; 2AXT Z; 1FXK B; 4GLX A; 1YSC A; 3TJT A; 3CB2 A; 4O4J B; 2ZR2 A; 1IUR A; 3CCL V; 3VQX A; 4DR5 O; 3ABL C; 3HKC B; 4O2A A; 2NLJ C; 3OE7 G; 4B3R B; 3E8H A; 5D5Q A; 4BIZ A; 2QTO A; 1HW7 A; 4F6R A; 1IVS A; 5LGN A; 2ZXW B; 1L0L H; 1N34 O; 4B3S O; 5J2T A; 5CB4 A; 2JJ1 G; 2CK3 G; 2GV9 A; 4H13 B; 1K9M W; 1QCE A; 3OTO B; 3K0D A; 2WLN A; 1BQZ A; 1Q6H A; 2OCC C; 2YXL A; 2Y48 A; 1SC5 B; 4FZ1 A; 3BRC A; 1GM9 A; 4LFB B; 2KG7 B; 1DGS A; 5DN6 G; 4UV8 A; 1ENV A; 3ABK C; 2GTA A; 2F66 C; 5LP6 C; 1HNX B; 3X2Q C; 4LF5 B; 4J9Z B; 1AIL A; 1H8H G; 1VQ9 V; 2OTJ V; 3E8G A; 1KEC A; 4B3R O; 1RM1 C; 1I0H A; 1DK1 A; 4JTD B; 1OCZ C; 4I55 B; 3T1Y B; 1Q7Y W; 2HEP A; 1KQS U; 4XDK A; 2UXD B; 1JOY A; 5JCO A; 4FLV A; 2WWW A; 1PL4 A; 2F23 A; 3CCR V; 3IFX A; 5EIB D; 1AR5 A; 1MSW D; 1O9H A; 1W0K G; 1JJO A; 2OTL V; 4MVR A; 4O4I B; 1GN3 A; 4PDV A; 1JMK C; 4LFB O; 1XNQ B; 2FML A; 3JAS A; 1H2L A; 3ETE A; 4U3J B; 2K1E A; 1CXZ B; 4FFB A; 4JTC B; 4LF5 O; 1MNG A; 4IIJ A; 2NN4 A; 4OPA A; 1P4R A; 3L9D A; 4W4L A; 5EC2 C; 3ETQ A; 4GKJ O; 2DMX A; 5KAF Z; 3T1Y O; 4J11 A; 1KUQ A; 4WFH A; 3G6B A; 3DTU B; 4UVC A; 1H2S B; 3GB7 C; 2BTO A; 2Z0A A; 3AG3 B; 2EIM C; 2QM8 A; 3OGC C; 3K9S A; 3T1H B; 1TVK A; 1WA8 B; 3PJS K; 4AIL C; 1M4U A; 1N0N A; 3ABK B; 1GK9 A; 5LP6 B; 1NZ6 A; 1SA0 B; 4XDL A; 3C90 A; 1XNQ O; 4R7C A; 1N4C A; 4N21 A; 2A0L A; 3NXS A; 1B04 A; 5IWA B; 1OCO C; 1ZL8 A; 4NYK A; 1RM1 B; 2AZ0 A; 2QE7 G; 1OCZ B; 2L6L A; 4YXW G; 4YJ2 A; 3ETG A; 4I50 A; 3OEE G; 2P4V A; 1H8E G; 2IW5 A; 2X0L A; 3BAA A; 1R73 A; 2H3O A; 2XAS A; 5TIS Z; 4HNA B; 1FXV A; 3D36 A; 5GTH Z; 3HKB B; 1EFR G; 1L0N H; 4GUN A; 2JIZ G; 5IT9 N; 4X9Q A; 3T1H O; 1MOF A; 2RQ6 A; 1BHB A; 2ZE5 A; 2CAZ C; 3HKE B; 4DR2 B; 3ZMT A; 2MW2 B; 2BE3 A; 4NKG B; 3JAL A; 5J2U B; 1MAB G; 5IWA O; 3FB5 C; 5JJE B; 4X1K A; 1F51 A; 2EIM B; 2ZCE A; 3ASO C; 2Y4U A; 3R66 A; 4I9W A; 1J5E B; 3T4Z A; 4CH4 A; 2GBO A; 2ZDI C; 1GTO A; 5IJ9 A; 4PEL A; 4I4T A; 2XAJ A; 1Z5V A; 4TOI A; 1WNS A; 4WFG A; 3WB1 A; 4TV8 A; 3CYO A; 2XTA A; 4DK1 A; 3CCV V; 4DR2 O; 1E1Q G; 1S5J A; 1Q8I A; 5EBL C; 1VQL V; 2VWK A; 5LOV A; 2W6I G; 1NTM H; 1K34 A; 4MT8 A; 3CEI A; 3UKM A; 2LP7 A; 5L3D A; 1P84 F; 5C8Y B; 1EN4 A; 4N23 A; 3SPG A; 2DYS C; 3THO A; 1G1X B; 3E86 A; 5B1A C; 1MZE A; 1VQO V; 2JK5 C; 5KHH A; 1PD3 A; 2YIA A; 4NXM O; 2RCV A; 1JFF A; 4MVU A; 2JRI A; 5JQG A; 2YXY A; 2ARH A; 3D8C A; 3WG7 C; 5FLX N; 3FB6 C; 3M99 B; 3W7S A; 1P7G A; 4WCE V; 1M57 C; 2VQE B; 1PP9 H; 1VMG A; 4NTY A; 5EYP B; 3CRR A; 4UCU A; 5B1O A; 4E2L A; 4EEQ A; 2YEV A; 5A2Q N; 3CC7 V; 2Y69 C; 5CN0 A; 4TV9 A; 1S3J A; 3SJQ C; 1ZX3 A; 1M5I A; 5IJ0 A; 4I0X B; 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5LYJ B; 4XDJ A; 5KUM A; 1S5H C; 4MVZ A; 1ZAU A; 3SR2 C; 5FPR A; 2A79 B; 3JAR A; 4LR3 A; 2WA3 A; 3CP1 A; 4JYB A; 4H33 A; 2CTW A; 3B8M A; 1YCI A; 2BSK A; 5CBG A; 4NTX A; 5LMU O; 3AK1 A; 3JCU Z; 4K0K B; 1N32 B; 1KBH A; 3JD3 A; 3ZHU A; 1BSM A; 1V54 C; 4O4H B; 5IDJ A; 4NXN O; 1SQG A; 4CH3 A; 1HDJ A; 3A0H Z; 2CUG A; 3VBB A; 4FLT A; 1EN5 A; 1K4D C; 2YIC A; 5FPO A; 1XL6 A; 1ZTE A; 3AEI A; 4MS2 A; 1S0V A; 4UCO A; 3G67 A; 5KHJ A; 1OCC C; 5KHG A; 5H2F Z; 4O2A B; 4MTG A; 4FLX A; 1K4C C; 4F6R B; 2F4V B; 1V55 B; 3ZRX A; 4DR4 O; 4K0K O; 1N32 O; 5J2T B; 2P7T C; 5CB4 B; 2WLH A; 2ILM A; 1SQB H; 3SPH A; 1R6K A; 4PA7 A; 3U10 A; 1ZLZ A; 3CC2 V; 3IAY A; 4CS3 A; 1G8M A; 1SZT A; 4QE9 A; 3RN4 A; 3QO5 A; 2D3O W; 2ZQM A; 5B66 Z; 2BOC C; 5IY5 B; 4DR1 B; 5EK0 A; 3FB7 C; 3O9O A; 4KHP O; 5LGU A; 4D7T A; 1H2G A; 2Q4P A; 4FVM A; 4J7Z A; 4J10 A; 2IH3 C; 4KP4 A; 3LUT B; 3I56 V; 1CP9 A; 4E4E A; 3CMA V; 2DE0 X; 2F4V O; 4UV9 A; 1AI7 A; 4CH5 A; 1B3Q A; 2FB5 A; 2LFS A; 1QR8 A; 2A06 H; 3KG2 A; 4O2B A; 1Q5O A; 4P30 A; 1DLB A; 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