The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
76
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
NINKLKSSIESTNEAVVKLQETAEKTVYVLTALQDISSQISSMNQSLQQSKDYIKEAQRLLDTV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Nipah Virus fusion core
rcsb |
| molecule keywords |
fusion protein
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Nipah virus
|
| total genus |
33
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
76
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | YojJ-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L35 A; 2FB5 A; 3S3X A; 4FZ1 A; 3IJ4 A; 4NYK A; 4FZ0 A; 4NTX A; 1WP7 A; 4NTY A; 3S3W A; 2QTS A; 4NTW A; 3N27 A; 1WP8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K9S A; 4O4H A; 3K5O A; 4DR3 O; 1ZAU A; 5JCO C; 2E74 B; 1B06 A; 5LMN O; 3ZHR A; 3WB2 A; 5EIB D; 1M5I A; 2YID A; 1OCC C; 3OUF A; 2DYR B; 2ZIN A; 4O4I A; 4Q6G A; 5B3S B; 1GAX A; 2UUB O; 4LC1 A; 2Z0A A; 2XAS A; 5L3D A; 3BPZ A; 3E8H A; 2HP8 A; 2AZ2 A; 1ZWI C; 5HFL A; 1Z5V A; 5KHI A; 3RYI B; 4A5U B; 3RFR A; 2LP7 A; 5IWA O; 1AI4 A; 1NT2 B; 3SPC A; 2IH1 C; 1GRJ A; 3AK3 A; 4XBF A; 5H2F Z; 3CPW U; 2ZIO A; 4NXN B; 5D5P A; 5H6R A; 5KX5 A; 2DW4 A; 2X0L A; 3JD3 A; 1HW7 A; 5EBL C; 3FKS G; 2CTQ A; 3OR7 C; 3E83 A; 2QSA A; 3UO3 A; 2DYS C; 1KP2 A; 3A8T A; 4DW0 A; 1IBK B; 5L3C A; 2W0F C; 1R73 A; 2XOK G; 3Q4H B; 1B04 A; 3CCE V; 1Q3E A; 1OV9 A; 3ABU A; 2LFR A; 1XNQ B; 2DQ0 A; 2BCC H; 3K58 A; 1SA0 A; 2ZKO A; 4UB6 Z; 2HR3 A; 1YZB A; 1QHT A; 5CA0 A; 4TUY A; 5KHJ A; 3F5W C; 2PTM A; 5FLX N; 1VQ9 V; 3G4S V; 4LF6 O; 5LBQ A; 5LL6 Y; 1FXK A; 1WAZ A; 2VQF O; 2NLJ C; 3LSQ A; 3QTC A; 4AHC A; 4QPJ A; 1G1X B; 2QKC A; 4FM0 A; 2HHH B; 2HFE C; 1PD3 A; 2IM9 A; 1R3L C; 3N2G A; 4QIW F; 2N05 A; 4WFB V; 4PDV A; 2BOC C; 1CP9 A; 5IJ9 A; 1QVF U; 2P5O A; 2EX3 A; 3EVK A; 4D6T H; 2YIA A; 4DV7 B; 3JAK A; 3JD2 A; 4BR6 A; 4I0X A; 2CGO A; 3B09 A; 3G71 V; 3RYF B; 2Q5Z A; 1ZSP A; 1MSD A; 5LMU B; 1JJO A; 4MTG A; 1PPJ H; 5JWP A; 2JGD A; 3ZHT A; 4DV2 B; 1VQP V; 2CDY A; 3TXS A; 1I08 A; 1XMO O; 5LHI A; 2P7T C; 4R8C A; 2YI9 A; 4BW5 A; 3RYH A; 1OZ0 A; 1GM7 A; 1SZT A; 3FYE B; 2JEX A; 2M7W A; 2V7Q G; 4PDR A; 4JI0 O; 1H2L A; 1VQL V; 4NYK A; 1J5E B; 1S5H C; 1G6U A; 2Q7H A; 3ZHQ A; 4CS2 A; 4ZI7 A; 4KHP B; 3MHH C; 1Z5W A; 3CCU V; 4O4J A; 2PUS A; 3K5N A; 4J11 A; 2EIK C; 4WF9 V; 3JD1 A; 1QLE B; 3SYA A; 2CUG A; 5JH7 A; 2P22 C; 2H3O A; 4TV9 B; 2JIZ G; 3KZI Z; 3K04 A; 3CWB H; 3H1H H; 4LF8 B; 4JI3 B; 5CB4 B; 3HKD B; 2YS8 A; 5B1A C; 3B4S A; 4GLX A; 2Q67 A; 2EIM B; 4O4L A; 4YJ3 A; 2PI4 A; 3E89 A; 4D7T A; 3OR6 C; 1VQM V; 2N74 A; 1U96 A; 4I55 A; 5B1B C; 1JMK C; 4HYO A; 4LNU A; 1K34 A; 4WFA V; 1FJG O; 2ITD C; 2WLH A; 2EIN C; 1QLN A; 3M99 B; 4X1I A; 2AW9 A; 4X9Q A; 1VQ5 V; 4MTF A; 4AIL C; 4E2L A; 2QWP B; 1BZK A; 1IBM B; 5H5N A; 2WLN A; 4NXN O; 1T5E A; 1WA8 B; 4I50 A; 3KCX A; 1MA1 A; 3K3W A; 1WP7 A; 3FAV A; 3CMA V; 1AVM A; 1HNZ O; 3K03 A; 1MZE A; 3QNE A; 3A0H Z; 2LW7 A; 1PP9 H; 4LF7 B; 4FFB B; 3OTO O; 5LXT A; 4DR6 O; 1F7Y A; 2HJD A; 1IBK O; 1XOU A; 4PDM A; 1V9P A; 1VQ4 V; 1FXK C; 1AJN A; 2B1G A; 2FKX A; 5C8Y A; 1Q7Y W; 2X6B A; 2LO1 A; 1XNQ O; 1HNX O; 3AG4 B; 3HKB A; 1NKD A; 1SES A; 4CH6 A; 3TGU H; 3K5M A; 3DC6 A; 1NZ6 A; 4LF5 O; 2QWQ B; 5BZB A; 5IYZ A; 5EYP B; 2ZIM A; 3JAR B; 1M9N A; 2RN9 A; 4DR2 B; 4ZOL B; 1K9M W; 2X6A A; 2JS5 A; 1H2S B; 1SC5 B; 4B08 A; 5K1P A; 2YXH A; 3CD6 V; 3CB2 A; 5JQG B; 1AR1 B; 4U7N A; 1I94 O; 4Z1M G; 1L0L H; 1F4N A; 3DGE A; 2E75 B; 5CA1 A; 5EBM C; 1JX9 A; 3E22 B; 1R6K A; 1SQV H; 3CJH A; 1GN2 A; 2Z3Y A; 5GON B; 4ZKI A; 1SRY A; 4F4L A; 2X7R B; 5HFM A; 3ZBH A; 4RQE A; 4H44 B; 1GM9 A; 2Y48 A; 1EN6 A; 1SQX H; 4NTX A; 1FS0 G; 2F43 G; 1KBH A; 5FPR A; 3D3Q A; 1E1R G; 2WA3 A; 4NTY A; 2F95 B; 3ABL C; 1I0H A; 5DN6 G; 4O2A B; 4DV2 O; 1JCH A; 1BCC H; 1WNS A; 3HKE A; 1I7F A; 3KKY A; 4FM1 A; 5KUK A; 2GBO A; 4OGQ B; 4DV0 B; 4ZHQ B; 1TUB A; 1O9H A; 5LYJ A; 4FLZ A; 4DRX B; 2KKW A; 5L3G A; 4UXN A; 3TCU A; 2RMK B; 2IU0 A; 3ABM C; 4WFH A; 2UU9 O; 1GK9 A; 4DUZ B; 4MW8 A; 1PL0 A; 4NR1 A; 3JAT A; 1EN5 A; 1DTO A; 2Q0A A; 1MG1 A; 3CP1 A; 3OD4 A; 3SYP A; 3AG7 A; 1IBL O; 5IY5 C; 3ZRW B; 1LUV A; 2IJK A; 1M4U A; 1KQS U; 2UUC B; 4DK0 A; 3K0G A; 3L72 H; 3H1L H; 1ZUQ A; 5LHH A; 4DR4 B; 2E5L O; 3OTF A; 3JAW A; 1K5Q A; 2NNU A; 4B7E A; 3BAA A; 5CBF A; 3N2K B; 2MW2 B; 1PKX A; 4CBC A; 1VQO V; 1I5X A; 4AI8 A; 4JTD B; 2CAZ C; 3JD0 A; 4JI4 B; 3LNM B; 1S0V A; 4U3J A; 1SF9 A; 1S72 V; 1XEQ A; 1O9G A; 4W4L A; 1GMG A; 2F1M A; 1NQT A; 2DYS B; 4X65 B; 3WB1 A; 4JI7 O; 3E8G A; 3W7U A; 4TQD A; 5LA6 A; 2PF4 E; 3L71 H; 2QDO A; 1H38 A; 5IJ0 A; 5IE9 A; 2Y69 C; 3G67 A; 4I4T A; 3WB0 A; 4JV5 B; 3IJ4 A; 3VBB A; 2GV9 A; 1KKC A; 4LF7 O; 5FL7 G; 3CRM A; 4HAM A; 3CX5 F; 1EZJ A; 1YHQ V; 2PY5 A; 4HNA A; 4JI2 O; 3ASN C; 2IBZ H; 2ETN A; 4B3T B; 1VF7 A; 2PI5 A; 2JJ2 G; 3STZ C; 3MHS C; 2A06 H; 5LP6 B; 1IX9 A; 5FNV B; 2CE4 A; 1CPY A; 1SQG A; 4LF4 O; 3VQY A; 3AEI A; 2QWO B; 4JYY A; 4PV1 B; 2WLM A; 4NTW A; 2HEP A; 1G4Y B; 4FK5 C; 3JSL A; 5K1X A; 4FLW A; 1YI2 V; 5F2V O; 3KCY A; 5JVD A; 1Y76 B; 4GZR B; 1RPR A; 4KUM A; 2IH3 C; 3ABK C; 4UCV A; 3ZRX A; 3BHP A; 3IC9 A; 2P6J A; 2WLL B; 3K06 A; 1HNW O; 1EBO A; 3NR7 A; 2IJI A; 3AG1 C; 1E1Q G; 4FJC C; 2LGQ A; 4TWK A; 1QVG U; 2DE0 X; 1XHZ A; 1N33 O; 3BCC H; 5A9G A; 2DMX A; 1OCR C; 2ARH A; 4O2B B; 1NTM H; 1S5L Z; 2XHB A; 4B3M B; 5J2U B; 4YJ2 A; 3OGI B; 4J42 A; 2Q0O C; 1Y6X A; 2AGA A; 5BR8 O; 2KB1 A; 1FFX B; 2ODM A; 1L1F A; 3HB3 B; 3VQX A; 2UXB B; 3ZIA G; 4AQY O; 5B5E Z; 4O4I B; 4GKK O; 1QBZ A; 5EZY A; 5DM6 V; 3PN1 A; 1ZL8 B; 3CSX A; 3J81 N; 2UXN A; 2EIK B; 1SQQ H; 2P06 A; 4F6E A; 2WA4 A; 1MMM A; 2A0L A; 4F6R B; 4H13 B; 3F5T A; 5B66 Z; 1SQP H; 3ZHS A; 1V54 B; 3UT5 B; 4G2K A; 2P4V A; 3OUS A; 2XND G; 4LFC B; 1FXV A; 1K7D A; 1N32 B; 4DV6 O; 4L8J A; 5B1A B; 2LJ2 A; 5LGN A; 2UXC B; 3DSQ A; 4NVP A; 1YTF B; 4UCT A; 4PD4 F; 2UUC O; 1Y67 A; 3CRC A; 1BE3 H; 4QGP A; 2GHY A; 5B1B B; 2Y0P A; 4DV1 O; 3F7V C; 3O65 A; 2EIN B; 4FIP C; 4BAY A; 4X1Y B; 1OHH G; 3MAQ A; 4XDK A; 1AR5 A; 3K79 A; 4LBE C; 2CTP A; 3UQ8 A; 1DK1 A; 2IW5 A; 4JAV A; 2D3O W; 4JI4 O; 1SA0 B; 1VIB A; 3IC7 A; 1XUQ A; 1DLB A; 4K3A A; 2GUZ A; 2ZXW C; 3ABT A; 2W6I G; 5GTH Z; 4RQF A; 1PL4 A; 4X20 A; 5CA0 B; 4L87 A; 3OFN G; 5ITZ B; 3K9A A; 4NXM B; 1QNM A; 1GN6 A; 1FXK B; 2NN4 A; 3SYO A; 4B7K A; 5L3E A; 3S3X A; 4JV5 O; 2OIG A; 5KAF Z; 1IZ3 A; 2HLD G; 2QWR B; 3AG3 B; 4UV9 A; 5IDJ A; 2B1I A; 1SS3 A; 3N2G B; 4P2Z A; 4MVQ A; 2LGW A; 3HKC A; 2IJH A; 1Q86 W; 3CCJ V; 3PJS K; 1VQ8 V; 3SYC A; 3CEI A; 4WFE A; 1AI7 A; 1BT8 A; 1Q6U A; 4PHZ A; 1EM1 A; 1K5S A; 2CH7 B; 3TXQ A; 1B3Q A; 4DW1 A; 1BSM A; 4LFB O; 1UPG A; 2JGD B; 3ICX A; 1TAE A; 4GX0 A; 1N34 O; 4UVC A; 1US6 A; 4EEQ A; 3JCU Z; 1K3E A; 2ZE8 A; 1N0N A; 4UVA A; 3RYH B; 4RO2 A; 2FTK A; 2ITC C; 1N36 B; 3BRC A; 3D3I A; 3RYI A; 2VWJ A; 4H0L B; 2E76 B; 1QCE A; 4X66 B; 1XIL A; 1UFI A; 2JEU A; 1P7B A; 4YIP A; 1LR1 A; 3ABL B; 4DUY O; 1ZLZ A; 2IU3 A; 1UJW B; 1ENV A; 4NB5 A; 2F23 A; 1WP8 A; 3UKM A; 1KC8 W; 1HR0 B; 4JI8 O; 1TGO A; 4U3F H; 4YHH O; 2WLK A; 4WBN A; 2ZE7 A; 3FX7 A; 3T1H B; 4DR5 O; 1WJZ A; 4WFF A; 3ABM B; 4P30 A; 2QJ1 A; 2RDC A; 4GKJ B; 2UXB O; 3LSS A; 1XNR B; 1BQZ A; 3RWR D; 2L6L A; 3Q4H A; 4UV8 A; 1TVK B; 1MNG A; 4MVZ A; 5IY5 B; 2LQT A; 4DO2 A; 1M57 C; 4WFG A; 4ZBM A; 3ML0 A; 4X64 O; 2G38 A; 3CRA A; 2V1D A; 4EB6 A; 2UXD O; 2PGG A; 4I55 B; 4IGG A; 5LHG A; 2ZM6 O; 4LNU B; 1LNQ A; 1YTF D; 4LFC O; 4TV8 A; 1KEC A; 1GM8 A; 2EIL C; 2UXC O; 3VQV A; 1KMI Z; 1K8A W; 1GTO A; 1WPX A; 4ABM A; 4JI6 B; 5BY1 A; 3FAV B; 3H9V A; 3CXH F; 3CCQ V; 4DV3 B; 2BE3 A; 4DV5 B; 5E1A C; 1H8H G; 3K5L A; 2YEV A; 5EC2 C; 1P4R A; 1FD9 A; 3MD0 A; 1SZX A; 4B3R B; 3B40 A; 3F7Y C; 3ZN1 A; 3ZMT A; 1XMQ B; 1FPO A; 4JGS A; 2EIJ C; 4JI1 B; 3L9D A; 1YVW A; 2H8P C; 4UCO A; 5J9P C; 1L0N H; 5H9C A; 2HVK C; 4MW3 A; 1U97 A; 1KD1 W; 3UM7 A; 4YXW G; 2OCH A; 4UCS A; 3RN4 A; 4OX9 B; 3ASN B; 3ETG A; 1NR1 A; 3GB7 C; 3CS5 A; 4IYH A; 1YSC A; 4K0K B; 4UFZ A; 1TA8 A; 1K73 W; 1H2G A; 4MVM A; 2ZE6 A; 1AB3 A; 1BHA A; 4X62 B; 3D36 A; 3QO8 A; 4WCE V; 1SER A; 1AJP A; 4DV4 B; 1V55 B; 3ZMS A; 4QE9 A; 3S3W A; 3ASO C; 4FPP A; 4QE7 A; 4LF9 B; 2RJZ A; 3ZJZ A; 4IT5 A; 3ABK B; 1NTK H; 2ILM A; 2RCV A; 5CB4 A; 3HKD A; 3AG1 B; 1TUE B; 3A0B Z; 2YC0 A; 2B5U A; 4DYL A; 4EFB A; 3ZMV A; 4CH4 A; 3CCM V; 1OCR B; 2OT5 A; 5LOV A; 2WLI A; 2XTA A; 1DGS A; 1Z2G A; 1VF5 B; 2HHH O; 2NR5 A; 5DED A; 1DF4 A; 2YIC A; 4X66 O; 3CRR A; 3FB6 C; 1KUQ A; 3LNN A; 1N4C A; 3IFX A; 2BTQ A; 1Q5O A; 2ZE5 A; 3C3T A; 3OT7 A; 1WA8 A; 2DWD C; 3FFQ A; 1HR0 O; 2LFS A; 4DV7 O; 2AZ0 A; 3AG2 C; 4MVR A; 3STL C; 1M90 W; 2UUA B; 1R6T A; 3JAL B; 4DR1 B; 5B1O A; 3CE2 A; 4FFB A; 1VF6 A; 3T1C A; 3T1H O; 5KHH A; 2O57 A; 4PJ0 Z; 5LMU O; 1WB7 A; 5JJJ B; 4B3S B; 2F4V B; 5CA3 A; 5GW7 A; 4FLV A; 1X4T A; 2XAG A; 3H1J H; 2XAQ A; 2ZDI A; 2DOS A; 3ETE A; 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1IUR A; 4RAI A; 1BHB A; 2Q68 A; 1ZTE A; 3JAS A; 1P84 F; 2EJ7 A; 1CEZ A; 3OMA B; 1XDC A; 2V4D A; 4XDL A; 4CS3 A; 3QF7 A; 4PA3 A; 1AI6 A; 5EZY B; 3D8C A; 4BIU A; 4DR2 O; 4IHJ B; 3LDD A; 5LGT A; 1X59 A; 1K92 A; 3WU2 Z; 1J95 A; 1M56 C; 1VF6 C; 4HZ3 A; 2Q6A A; 5KA5 A; 3U10 A; 4UB8 Z; 1FYJ A; 3GVM A; 1P7G A; 4LF6 B; 3ETQ A; 1MSW D; 2YXY A; 3G80 A; 1OCO C; 2VQF B; 2ZDI C; 4JYC A; 1LUW A; 4IYI A; 4MS2 A; 4O4H B; 5EC1 C; 1M57 B; 3VQW A; 3O9O A; 1NVP B; 3H1K H; 4FLY A; 2WPD G; 4YY3 B; 4JZG A; 3UO2 A; 3DTU B; 2M6Y A; 2R72 A; 2ZNI A; 4YIO A; 4P9O A; 3LDE A; 3M7M X; 1DF5 A; 2PYJ A; 2F4V O; 1JQ0 A; 4JAA A; 3SPJ A; 4GCZ A; 4QNH B; 2EIL B; 1I5Y A; 1JJ2 U; 4DV0 O; 5LP6 A; 3J7A U; 4GX5 A; 5FNV A; 1P49 A; 2BOB C; 1QQC A; 2QWN B; 1W0K G; 2GTS A; 1BQ0 A; 2FB5 A; 3B2E E; 2OCC C; 4MSW C; 4EFE A; 3P32 A; 3QVN A; 4DUZ O; 3BAB A; 2VQE B; 1YJW V; 4FFK A; 1XMO B; 4W4K A; 1S76 D; 5EBW C; 4JI0 B; 2JRI A; 1RM1 C; 2DN9 A; 5KX5 B; 4PEL A; 1Y76 A; 1AR4 A; 2R9I A; 2EIJ B; 2WLJ A; 2Q9L A; 2WLL A; 3SJA C; 4JYA B; 4DR4 O; 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