1WQOA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGFNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six tyrosine --> phenylalanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wqoA00
135LA 1LZAA 1IVMA 1JIYA 1LZCA 1VFBC 4IJ4A 3G3AB 1LZ6A 1IX0A 3CT1A 2PC2A 1LSYA 2LYZA 4LYCA 4NGKA 5IDDA 1BB6A 4WM3A 1LZ5A 1LZYA 4DD9A 3QNGA 1OUEA 2DBTA 2W1XA 3WXUA 4NWHA 1JWRA 4XN6A 5LYTA 3AGHA 1XGTC 1LJ3A 2N5ZA 2YBNA 4TTDA 5FHWA 4RDSA 1G7JC 4HJVA 4N9RA 4YEMA 1BB3A 1LSPA 3EO5A 4LYZA 1XSFA 3AZ4A 1NMMA 1GXV2 3SP3A 2YBIA 1GFHA 1GB8A 1GB3A 2FYDA 1LZDA 4GLVA 5F9UA 2MEAA 4WMGA 4BS7A 5HNCA 4IATA 4H1PA 3RT5X 2IHLA 1IP7A 1LYSA 1XGPC 2W1YA 1F6SA 4NG8A 1OQMA 2BPUA 1DI5A 3A95A 4GCDA 3VWOA 1D6QA 4HTQA 4EMNA 3A6BY 1LYOA 1YANA 1YIKA 1WTNA 1B7RA 1GE2A 1PS5A 2XBSA 2YBMA 3A34A 134LA 1IWWA 1IWVA 1DKJA 1LTMA 1IP2A 4GN3A 4H90A 4NIJA 4ET9A 1HNLA 1GB7A 1O23A 2BQGA 4DT3A 1LKRA 4NSHA 4EOFA 2BQCA 2I26L 1JKDA 1ZVHL 1G7HC 1IOCA 1LHKA 1CKFA 1GEVA 3AJNA 4N5RA 2ZNWY 1HEWA 1A4VA 1DQJC 1D0MA 4GN5C 3G3BB 3GXRA 1BQLY 2BQKA 4HPEA 5LVKA 1BWHA 1IWXA 3WUNA 1WVUA 2CJLA 1LYYA 3P64A 4BAPA 4XJFA 1XEIA 3W6AA 5LINA 1LYZA 2BQAA 4DDAA 3B0KA 2GV0A 4XJGA 1VDSA 1F10A 1TCYA 4ZFPA 1ZV5L 2CWIA 4WLTA 2Z18A 1J1XY 5FSTA 1OUHA 1LZGA 5B07A 1XEKA 4FJRA 5KXXA 2BQFA 2D6BA 2HEAA 1B5WA 4G49A 4RLMA 4RW2A 4B1AA 2F4GA 4GCCA 3TXEA 3W3EA 1KIPC 1FDLY 208LA 2LZ2A 1EQ5A 1IR8A 1GB0A 1GDXA 2ZIJA 5DLAA 5KXTA 1GB5A 3WYHA 4NGVA 4A7DA 1QSAA 4II8A 1QUTA 4WG7A 4ETAA 1JPOA 5KJ9A 5APCA 3WH1A 1D0LA 1BVXA 4LYTA 1HMLA 1OUJA 2F2NA 4WLXA 5KXKA 2BQJA 1GBZA 1LSMA 4H8YA 1CKHA 3WW6A 1NBZC 1IOSA 1HFYA 1AT5A 1YAMA 1LMCA 2YDGA 4X3BA 4YM8A 4PRQA 5FCPA 4DD0A 1JJ0A 3EMSA 1AT6A 2DQFC 1RI8B 3A94A 3W6CA 5LA8A 4H9EA 4QDNA 1GBOA 3B6LA 5HMVA 2BQMA 1HFZA 2F30A 5LYZA 2CDSA 4CHXA 4KXIA 2YSSC 1IR9A 1QDRA 2Z2FA 1IEEA 1GF4A 4DD1A 4OW1A 4GN4A 2DQDY 5IHGA 2BQIA 207LA 5HLLA 3T6UA 1GE1A 3B0IA 1GE4A 1LSGA 1SLYA 3W6DA 3CSQA 1GBSA 3A90A 2DKVA 1B7SA 2YBHA 4NHSA 4XJHA 1CJ9A 2H9JA 4YEOA 1GD6A 4LT0A 3RNXA 2EQLA 3HFMY 8LYZA 4CJ2A 1LJJA 1AM7A 1RE2A 2BQOA 4O34A 1IOQA 3GXKA 1UIBA 4ZEEA 1YKYX 1WQPA 4P2EA 4RW1A 1CJ7A 3WU8A 4DD2A 1TBYA 4NHTA 1RFPA 1W6ZA 1DXJA 3D9AC 3LN2A 4HTNA 1UIHA 3IJUA 1G7MC 1WQOA 3N9AA 1XFPL 1INUA 2XBRA 2YBJA 1LMAA 2BQHA 3CQLA 1LMNA 3J6KA 4NGWA 4WLYA 2Z39A 5DN4A 2BLXA 3TMXA 4CGEA 5KKIA 4UWVA 4XENA 1WQMA 5KXMA 4H94A 1LZ8A 4B4IA 2W1LA 1A2YC 1HFXA 1QTKA 3A93A 1LJNA 1KXWA 2C8OA 5B1GA 2HEDA 4GCBA 5L3HA 4ANRA 2HEBA 1E8LA 3A96A 1B5XA 1HF4A 1YKZX 1UUZC 5LA5A 1LSZA 4HTKA 2HTXA 5I53A 1YROA 1IP4A 5LVGA 2BLYA 2BQDA 5ILFA 3WPLA 2HEEA 1B5YA 4XYYA 1UIGA 5I4XA 1W08A 1GDWA 1LAAA 4C3WA 1JSFA 1YL0X 193LA 1QDTA 4H92A 1V7TA 1XGRC 4B49A 4H9AA 1LZNA 4I8SA 4QY9A 3A3QA 1JEFA 4NY5A 2X0AA 1WQQA 5KXOA 5DL9A 5F9XA 1UIFA 3MGWA 4PRUA 1IOTA 4PJ2C 4WO9A 5T3FA 3M18B 5I54A 3RZ4A 1OUAA 1DPWA 4OWAA 3HBHA 1LJ4A 2MEFA 2XTHA 3RU5A 3B72A 2Z38A 1CKCA 3TMUA 5LXWA 2EIZC 3TXHA 5LYMA 1BB7A 1GF6A 3TXGA 1J1OY 4YOPA 4AXTA 1D6PA 1IIZA 5KXPA 1B9OA 3WVXA 4XJIA 1EL1A 3A8ZA 1ZVYB 1C08C 1GFUA 4BADA 3A3RX 1B7OA 1B7LA 1H87A 4N0JA 4B0DA 1LHMA 3QE8A 4WOAA 3IJVA 1JISA 1JTPL 5DM9A 1NBYC 1NWGA 2MEEA 3A91A 1FKVA 1YAOA 1XGQC 1VDQA 4W96A 4R6CA 3WPJA 4LT2A 1GFRA 1V7SA 5LAFA 5A3ZA 5FDJA 2MEHA 2G4PA 1B5ZA 1UACY 1UBZA 2DQCY 2Z2EA 4HV2A 4HJZA 2Z37A 1LZEA 5APDA 1GFKA 4LGKA 4B4JA 4LT3A 1DI3A 2ZQ3A 1CKDA 4G4BA 2LYMA 3KAMA 1VAUA 2NWDX 4NSJA 1KXYA 1BVKC 1HSXA 4DDCA 1N4FA 5B1FA 1IY3A 4NEBA 2I6ZA 4WM2A 3ZVQB 2AUBA 2ZQ4A 3CSZA 194LA 1MELL 2EPEA 4LFPA 1C45A 4TWSA 4ETEA 1FLUA 5II3A 1T3PA 5KKJA 1JTTL 4R0FA 1LMTA 1IP5A 1TAYA 1NKHA 2W1MA 4J1AA 1J1PY 4KL7A 4LYMA 1LZRA 3QY4A 1B7QA 2D4KA 4NGJA 1HERA 1WQRA 1CJ8A 1WQNA 1BHZA 1C7PA 4MR1A 4ETDA 3AGGG 3N9EA 4UWUA 5L9JA 1LSBA 5EBHA 1AKIA 2IFFY 4NHQA 2CGIA 4H8XA 1PZYA 1KIRC 1UIDA 1GFGA 5KXNA 1GFEA 3TXFA 1IO5A 3TXJA 2BQBA 4G9SA 3AZ6A 2ZYCA 5E9RA 3TMVA 1YAQA 2MEBA 1B5VA 2BQLA 3ATNA 1GHLA 1TDYA 3LHMA 1HEOA 1GFAA 1LJGA 1LHHA 4ML7A 1HMKA 4H9CA 4RLNA 4ET8A 5B05A 3CSRA 4HP0A 4OWEA 1IC5Y 2LZTA 4QEQA 2DQIY 3IWRA 4NSIA 2C8PA 5KXRA 3WMKA 1JJ3A 3AW7A 5L3IA 4WO6A 1LCNA 2Y8PA 1IC4Y 4NGIA 4WM5A 1VATA 2Z12A 1KXXA 1I20A 1UICA 3CT0A 1QIOA 1IWTA 4NSGA 3TXBA 3WPKA 5APFA 3ZEKA 1GE3A 1HELA 5C6LA 4MSTA 1YAPA 1NF5A 1RJCB 1TEWA 2XJWA 1LPIA 4H8ZA 4LT1A 1AZFA 5F81A 2I25L 5I5QA 4AGAA 1LJHA 3EBAB 1CKGA 1LSEA 1UIAA 1ZMYL 3BKHA 2BAAA 4LZTA 1OUFA 1JHLA 4HJYA 1LHJA 2HECA 5KXSA 1IORA 1B0DA 3AYQA 1MLCE 1JSEA 3WU9A 1GF0A 1Z55A 4WL6A 1LJEA 4W94A 6LYZA 4U3XB 1LJIA 9LYZA 4H9FA 1BWIA 1FKQA 1B5UA 1LSNA 3J4GA 4M6DA 1HSWA 1LSCA 4C5FA 4DDBA 2A7DA 1UCOA 2FBDA 2LHMA 2MEDA 3TMWA 1FBIX 1GPQC 1LSAA 1OP9B 1C10A 5LVJA 1JKAA 2DQAA 3TXKA 3E3DA 6LYTA 4NHIA 2B5ZA 1UIEA 1NHEA 1DPXA 3P65A 3AGIA 4WG1A 2VB1A 1VDTA 2WARA 3ULRA 1GFTA 2ZILA 4PGJB 1YKXX 4TUNA 1EQ4A 1JJ1A 1LSDA 3BKVA 1GF3A 1LMQA 5FELA 1IY4A 1BWJA 3N9CA 4TSBA 5F16A 2D91A 5C6JA 2HU3A 2D4IA 3OK0A 2Q0MX 4J7VA 4GCFA 4WM4A 1CJ6A 3WU7A 4Z3MA 1C43A 1LZSA 1OUGA 3A92A 3F6ZA 1LOZA 1NDMC 2RSCA 1NDGC 4CFOA 4WM6A 2DQHY 1LZ4A 1REZA 3LZ2A 4NGOA 3FE0A 4OOOA 4DYGA 5F14A 1UC0A 3AZ5A 1QTEA 3AW6A 1UA6Y 1YL1X 3TXIA 1REYA 1JITA 1JUGA 4N1EI 5KXYA 1LZTA 4LFXA 3RW8A 5D5CA 4BAFA 2DQJY 1JKCA 3T36A 1FLYA 5IELA 1B7NA 1GBXA 1GE0A 1QUSA 4N8ZA 4G4CA 4FDYA 4NFVA 5I4YA 1HEPA 3ZVQA 4DC4A 4J0LA 4I0CA 1LSFA 1IP1A 1C46A 2YBLA 4ETBA 5C6IA 2MECA 1IWZA 2ZIKA 1VDPA 1YILA 2MEGA 4N1CC 7LYZA 1HHLA 1IC7Y 4Z46A 1OUBA 2ZYPA 1GBWA 1SQ2L 2D4JA 3K3TA 1GB6A 2A7FA 4H93A 1LZBA 2HU1A 3LYMA 3P66A 4OWBA 5B06A 5JENB 5LVHA 3LYTA 1FN5A 3HBEX 3M3UA 1OUCA 1IP3A 4NWEA 153LA 1FLQA 3W6BA 1GAYA 1GF9A 1LKSA 1G7LC 2HUBA 5HMJA 133LA 5ILCA 5LVIA 1WTMA 2F4AA 1YQVY 2H9KA 4H91A 4ZIXA 3LYOA 4DD3A 4XJBA 1I1ZA 2H5ZA 3WULA 1GFVA 1DI4A 1GF5A 3CB7A 1GF7A 1P2CC 1GAZA 1LMPA 1JKBA 3AB6A 1LJFA 4WL7A 5KY1A 2DQGY 5M1YA 5K7OA 3OJPA 1F6RA 1XEJA 3WUMA 1REXA 1GBYA 4PPOA 1BB5A 1GFJA 4LYOA 1BB4A 5A3EA 1RCMA 4H9BA 1IP6A 5HNLA 4DD7A 3A6CY 1GXXA 5D5FA 2YVBA 1G7IC 5LIOA 4D9ZA 1HENA 1B7PA 4OWCA 1LHLA 4MCKA 4TX7A 4NGYA 5LAGA 4L41A 5AMYA 5HQ1A 4E3UA 3P4ZA 1VEDA 2LYOA 4B4EA 4IASA 3CT5A 1WVVA 4HSFA 4H9IA 4Z41A 1JTOL 1HEMA 2ZWBA 4YF2A 4NHPA 3ATOA 1GWDA 1I56A 1CNSA 1LHIA 1XGUC 4GLAA 4J1BA 3TXDA 3W6EA 1F0WA 2BQNA 4XADA 4CFPA 3WXTA 5KXLA 1GEZA 2DQEY 1ALCA 1LJKA 1D0KA 3B0OA 3AZ7A 1OUDA 1LMOA 2BQEA 3FI7A 1LZ9A 4HV1A 4NG1A 3EXDA 3LYZA 5KXWA 1B7MA 4TSCA 4OOTA 5I4WA 1IWUA 1H6MA 1QQYA 3P68A 1IR7A 3WL2A 4WM1A 4LYBA 3D3DA 5B59A 4UWNA 4QGZA 5KXZA 4KPMA 4ETCA 4M4OA 3WW5A 1T6VL 1D9UA 1LZ1A 4WLDA 132LA 1FLWA 2FYCA 2Z19A 4GCEA 1HEQA 3A67Y 1QSWA 3HBDA 1REMA 4Z98A 1GB2A 4XJDA 1B2KA 5FEKA 5J7CA 4KT3A 4HPIA 5DN5A 5APEA 3W6FA 1GF8A 4OWHA 3WUAA 1KIQC 2FBBA 1DKKA 1NQIA 4PHIA 1GB9A 2MEIA 1BGIA 2ZNXY 154LA 1OUIA 1DZBX 1EQEA 2G4NA 4H9HA 4DWXA 2EKSC 1HC0A 4NGLA 4YENA 1IWYA 3LZTA 3WVYA 4G4HA 4NGZA 2G4QA 2HEFA 5E4PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
135LA 4ARLA 3CT1A 2LYZA 4DD9A 3QNGA 1L46A 1JWRA 1QUHA 5LYTA 1C6IA 1LJ3A 2N5ZA 4RDSA 4HJVA 199LA 4YEMA 205LA 1GXV2 4WMGA 4IATA 228LA 1IP7A 4EPIA 1L79A 1QS9A 4NG8A 1DI5A 3VWOA 1YIKA 1L29A 1WTNA 134LA 1IWWA 1HNLA 1GB7A 1O23A 1QUGA 4DT3A 1GEVA 1C68A 1HEWA 1D0MA 2OE4X 1D2WA 169LA 1XEIA 2RBQA 3W6AA 1QTCA 3B0KA 3L2XA 2GV0A 4XJGA 4DKLA 2CWIA 1QTVA 1XEKA 4FJRA 5KXXA 3SBAA 3TXEA 208LA 1IR8A 1GDXA 3K2RA 3WYHA 4A7DA 1QSAA 4WG7A 1JPOA 1L07A 1BVXA 1HMLA 1OUJA 1L93A 2F2NA 5KXKA 1QSQA 1GBZA 1HFYA 1L68A 4YM8A 3PBLA 4PRQA 1JJ0A 1AT6A 1RI8B 4QDNA 3B6LA 1L39A 2CDSA 4OW1A 2DQDY 2BQIA 3W6DA 3CSQA 1GBSA 141LA 1CJ9A 4IAPA 1L83A 3HFMY 127LA 214LA 1YKYX 184LA 1WQPA 1L94A 4NHTA 1CUPA 1T8AA 1INUA 2XBRA 2BQHA 142LA 1CU6A 1L85A 4UWVA 4XENA 4B4IA 3HH5A 1L04A 1A2YC 1HFXA 2C8OA 244LA 2ANXA 221LA 122LA 1B5XA 5LA5A 1LSZA 4HTKA 2HTXA 186LA 1IP4A 3WPLA 1P36A 1LI6A 5I4XA 254LA 4C3WA 1JSFA 1L75A 193LA 1V7TA 4I8SA 1OVHA 3CDOA 4NY5A 1CV1A 5F9XA 4PRUA 4PJ2C 4WO9A 3RU5A 3HBHA 1LJ4A 2MEFA 2RH1A 217LA 3B72A 1L80A 3TMUA 3TXHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 135L A;  1LZA A;  1IVM A;  1JIY A;  1LZC A;  1VFB C;  4IJ4 A;  3G3A B;  1LZ6 A;  1IX0 A;  3CT1 A;  2PC2 A;  1LSY A;  2LYZ A;  4LYC A;  4NGK A;  5IDD A;  1BB6 A;  4WM3 A;  1LZ5 A;  1LZY A;  4DD9 A;  3QNG A;  1OUE A;  2DBT A;  2W1X A;  3WXU A;  4NWH A;  1JWR A;  4XN6 A;  5LYT A;  3AGH A;  1XGT C;  1LJ3 A;  2N5Z A;  2YBN A;  4TTD A;  5FHW A;  4RDS A;  1G7J C;  4HJV A;  4N9R A;  4YEM A;  1BB3 A;  1LSP A;  3EO5 A;  4LYZ A;  1XSF A;  3AZ4 A;  1NMM A;  1GXV 2;  3SP3 A;  2YBI A;  1GFH A;  1GB8 A;  1GB3 A;  2FYD A;  1LZD A;  4GLV A;  5F9U A;  2MEA A;  4WMG A;  4BS7 A;  5HNC A;  4IAT A;  4H1P A;  3RT5 X;  2IHL A;  1IP7 A;  1LYS A;  1XGP C;  2W1Y A;  1F6S A;  4NG8 A;  1OQM A;  2BPU A;  1DI5 A;  3A95 A;  4GCD A;  3VWO A;  1D6Q A;  4HTQ A;  4EMN A;  3A6B Y;  1LYO A;  1YAN A;  1YIK A;  1WTN A;  1B7R A;  1GE2 A;  1PS5 A;  2XBS A;  2YBM A;  3A34 A;  134L A;  1IWW A;  1IWV A;  1DKJ A;  1LTM A;  1IP2 A;  4GN3 A;  4H90 A;  4NIJ A;  4ET9 A;  1HNL A;  1GB7 A;  1O23 A;  2BQG A;  4DT3 A;  1LKR A;  4NSH A;  4EOF A; 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 4H9B A;  1IP6 A;  5HNL A;  4DD7 A;  3A6C Y;  1GXX A;  5D5F A;  2YVB A;  1G7I C;  5LIO A;  4D9Z A;  1HEN A;  1B7P A;  4OWC A;  1LHL A;  4MCK A;  4TX7 A;  4NGY A;  5LAG A;  4L41 A;  5AMY A;  5HQ1 A;  4E3U A;  3P4Z A;  1VED A;  2LYO A;  4B4E A;  4IAS A;  3CT5 A;  1WVV A;  4HSF A;  4H9I A;  4Z41 A;  1JTO L;  1HEM A;  2ZWB A;  4YF2 A;  4NHP A;  3ATO A;  1GWD A;  1I56 A;  1CNS A;  1LHI A;  1XGU C;  4GLA A;  4J1B A;  3TXD A;  3W6E A;  1F0W A;  2BQN A;  4XAD A;  4CFP A;  3WXT A;  5KXL A;  1GEZ A;  2DQE Y;  1ALC A;  1LJK A;  1D0K A;  3B0O A;  3AZ7 A;  1OUD A;  1LMO A;  2BQE A;  3FI7 A;  1LZ9 A;  4HV1 A;  4NG1 A;  3EXD A;  3LYZ A;  5KXW A;  1B7M A;  4TSC A;  4OOT A;  5I4W A;  1IWU A;  1H6M A;  1QQY A;  3P68 A;  1IR7 A;  3WL2 A;  4WM1 A;  4LYB A;  3D3D A;  5B59 A;  4UWN A;  4QGZ A;  5KXZ A;  4KPM A;  4ETC A;  4M4O A;  3WW5 A;  1T6V L;  1D9U A;  1LZ1 A;  4WLD A;  132L A;  1FLW A;  2FYC A;  2Z19 A;  4GCE A;  1HEQ A;  3A67 Y;  1QSW A;  3HBD A;  1REM A;  4Z98 A;  1GB2 A;  4XJD A;  1B2K A;  5FEK A;  5J7C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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