1WQRA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRFWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six tyrosine --> phenylalanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wqrA00
3LZ2A 5KXMA 1JKCA 1GB0A 4LYMA 2CJLA 1GF4A 2BQNA 5I4YA 1B0DA 1QSWA 2Z39A 5C6JA 1UACY 4TUNA 1OUFA 4NGOA 3AGIA 1YKZX 3RNXA 5LA8A 153LA 1AZFA 1BHZA 1NBYC 2Z2EA 3IJUA 3WPKA 5HQ1A 3CSZA 4ANRA 4DD0A 1REMA 1VDPA 2BQHA 3E3DA 3P4ZA 4HJZA 1LMPA 1JWRA 2HEBA 3W6BA 1BWHA 1DXJA 1PS5A 1NBZC 1AKIA 1GBZA 2D91A 4ETBA 4QDNA 1TAYA 4CFPA 1LSAA 1LJEA 1LSCA 4KL7A 4GN5C 5F9XA 4WLTA 5F16A 1NQIA 2BLXA 1EQ5A 3AW6A 4HP0A 1QTEA 1YAQA 1C7PA 3T6UA 3B72A 5APFA 2BQGA 2GV0A 2CWIA 1UUZC 1ZV5L 5LVIA 5B06A 3WPJA 1W6ZA 4H1PA 3RU5A 4G49A 194LA 3OK0A 2DBTA 2Z37A 1GF0A 1UIDA 1GXV2 3QNGA 3EBAB 1JSEA 4H9HA 4B49A 1H6MA 1JTTL 1DI3A 5L3IA 1GF7A 1LJHA 4LT0A 1B7OA 1RJCB 5E9RA 2DQJY 4KT3A 5JENB 1HHLA 4NGZA 1D6QA 1B5YA 1LYYA 1QIOA 2H5ZA 8LYZA 1RFPA 1AT5A 2ZWBA 1CJ8A 1HMLA 4XN6A 1HEQA 1QSAA 1OUCA 1LZYA 1GE2A 4NHTA 1GDWA 1HEMA 1OUHA 1LZDA 3CSRA 1HEPA 4WOAA 5FEKA 5FCPA 1EQEA 1KIQC 5IELA 1LJFA 4HPIA 4NGYA 4XADA 2I25L 1GBWA 4WL7A 3WL2A 1HFXA 1GWDA 2MEAA 3D9AC 5KKIA 1IWXA 1GB8A 3WUNA 1QDTA 3SP3A 4IASA 1FN5A 1LMTA 3WU7A 4H92A 5IHGA 2LYZA 4DWXA 1A2YC 1YROA 4D9ZA 1VFBC 2YBHA 2HTXA 1HNLA 4DDBA 1BVKC 1F10A 2LYOA 1GF9A 3A95A 3TXBA 2F4GA 3A96A 4CFOA 1HERA 1KXXA 3ZVQA 1WTNA 1HFZA 1BWIA 4ZIXA 5KXRA 2BQDA 1SQ2L 1I1ZA 2X0AA 2Z19A 4ZFPA 2IHLA 2D4KA 1NF5A 3WYHA 1LSMA 1GE3A 4H91A 5LAFA 1GFKA 5F81A 5DN4A 3TMUA 1B7LA 1LZ8A 4E3UA 1GAYA 1LSGA 4I0CA 5T3FA 1WQMA 3OJPA 4TWSA 5KXNA 4U3XB 9LYZA 5LINA 2HU1A 1YKXX 1CKFA 1YAMA 4W94A 5APCA 4XENA 4B4EA 3GXRA 1IWZA 1IP7A 1JHLA 2BQOA 1IP6A 1NDGC 3B0KA 4WM1A 5I53A 4C3WA 5HLLA 4LT1A 1LZNA 1G7HC 4P2EA 1LHHA 4XYYA 3EXDA 1OUAA 3MGWA 1UICA 1WQNA 2EQLA 3ULRA 3TMXA 4QY9A 1GFAA 1G7MC 4WL6A 1JJ3A 1V7SA 4B0DA 2VB1A 1GFEA 4J7VA 4RW2A 2W1YA 1LMCA 1B5UA 2ZYPA 4NSHA 3W6AA 1WVVA 1BVXA 4B4IA 1XFPL 4NGJA 5F9UA 1GFRA 2Q0MX 1DZBX 5L9JA 4XJIA 1IIZA 5HNLA 1NHEA 2B5ZA 2RSCA 4L41A 1XGQC 4NIJA 5KKJA 4WO6A 4NHIA 4BS7A 5A3ZA 1IX0A 4Z98A 2ZIKA 4WO9A 1LZBA 5KXSA 4TTDA 3N9CA 3IWRA 4XJFA 3CT0A 4B4JA 4BAFA 1JTOL 1LSZA 4H90A 1LHMA 1JIYA 1UCOA 4ETEA 2DQFC 4J0LA 4OOTA 3WVYA 1IOTA 2AUBA 4LYBA 1VATA 4H9AA 1LSDA 1LMQA 2YSSC 4DD7A 4ZEEA 1LMNA 4H9EA 1I20A 1FBIX 1YIKA 1TEWA 5LXWA 1LZAA 3ATOA 4HJYA 3KAMA 3WUAA 1YL1X 2HU3A 1RI8B 1XSFA 3M3UA 3ZVQB 1BQLY 5F14A 1XGRC 3VWOA 1GB9A 4WLYA 1E8LA 4WLXA 1GXXA 1NKHA 1AM7A 4NGWA 2DQHY 1GFTA 1GPQC 1QUSA 2D4IA 1OUJA 4YEOA 208LA 1B7MA 1IVMA 1T3PA 1YQVY 3A6BY 1GAZA 1WQQA 4CGEA 4HTKA 5KXTA 1IP3A 1HELA 1LYZA 1OUEA 1OP9B 1BB6A 4H93A 5LVKA 1INUA 2ZNWY 6LYTA 4GN3A 2I26L 3WMKA 1GF3A 4G4BA 1JUGA 1LZ4A 207LA 2DQEY 4IATA 3AZ4A 1LJGA 2HEDA 5HMVA 5B07A 1YILA 1LJNA 3LZTA 3CT1A 1B7QA 2LHMA 3B0IA 2LZ2A 4BAPA 1DKJA 4DT3A 4HTQA 3D3DA 4GCBA 4LYTA 1WVUA 5A3EA 2W1XA 5ILCA 1LSBA 2DQIY 2HECA 4WM5A 3CSQA 5KXXA 3LYMA 1IY3A 4NHQA 5LVHA 1LZ9A 1CJ6A 1TBYA 1XGPC 2MEGA 2YVBA 4WM4A 2W1LA 2ZQ4A 3HBEX 1DQJC 1GFGA 1MELL 4LYOA 1OUIA 1YANA 1IP1A 4OW1A 4Z3MA 1WQOA 1EQ4A 3J6KA 4NGIA 2ZIJA 1FLQA 4LGKA 3WW5A 1D0MA 1DKKA 1KXYA 1OUGA 1GD6A 4NG8A 2MEIA 4WM3A 5LVJA 1LZ5A 4OWAA 5LAGA 1FKVA 4DD3A 1JPOA 2NWDX 3A6CY 1KIRC 1SLYA 2BQJA 1KIPC 3W6FA 1MLCE 4HPEA 3W3EA 2MEFA 1LSPA 1UIHA 4OOOA 4G4CA 1DI5A 1IO5A 4CJ2A 1EL1A 1HEOA 4AGAA 1QDRA 1FLYA 3WULA 1QQYA 2DQGY 1JKDA 4GCEA 1GFUA 1VAUA 2DQCY 4H8YA 2XBSA 4OWBA 2MEDA 4NFVA 2H9JA 5B1GA 4DD2A 2YBJA 2Z38A 4ETAA 1GHLA 1JKAA 1LJIA 154LA 4RDSA 1HF4A 1NMMA 4HTNA 1LYOA 3J4GA 3P68A 4C5FA 3RZ4A 1YKYX 3FI7A 2BQLA 4XJDA 5APDA 2A7FA 3TXIA 3N9EA 4FJRA 4R0FA 1J1OY 2CDSA 1UIBA 4GCFA 3WXTA 1UBZA 2MEBA 2PC2A 4ETDA 3RW8A 1H87A 3A90A 4WMGA 4Z41A 4H9CA 1B7RA 3M18B 5C6LA 134LA 1IC5Y 5KXYA 4TSCA 4DD9A 2FBBA 3AYQA 1IR9A 1WQRA 3WU8A 5M1YA 1WTMA 3CQLA 3F6ZA 1LMOA 4RLMA 4ETCA 135LA 1C45A 2D6BA 3A93A 1JKBA 1IWVA 1LPIA 3AB6A 2N5ZA 4NHSA 1IWUA 1B5WA 7LYZA 5B05A 4EMNA 4H9IA 1C10A 5KXKA 1NWGA 1LZTA 2YBLA 2Z18A 4NGVA 4KPMA 5KJ9A 4ET9A 4X3BA 2F2NA 1DPWA 4YENA 4PJ2C 3WXUA 1J1XY 5B59A 2G4NA 3CT5A 1YL0X 4I8SA 3TXJA 2ZILA 3WH1A 1G7LC 1IWTA 4II8A 2ZQ3A 3AZ6A 1LJKA 4TSBA 1OUBA 1JJ1A 4G4HA 3AZ7A 1IORA 1UA6Y 4BADA 4UWVA 3TXGA 1FLWA 2D4JA 2HUBA 4FDYA 4GLVA 1BWJA 2FYDA 4OWEA 3HBDA 1F6RA 1XEKA 3GXKA 3IJVA 1LZEA 2LYMA 4LT3A 1B5ZA 3ATNA 4MR1A 3TXHA 1O23A 1CKHA 1HSWA 1LZ1A 1BB4A 2EPEA 4NEBA 1B9OA 1IWWA 4HJVA 2ZYCA 5J7CA 2EIZC 3G3AB 3QY4A 5K7OA 3LYOA 1XGTC 4R6CA 1WQPA 1UIFA 5LA5A 4PRQA 1ZMYL 2YBNA 1JTPL 1B7NA 1CJ7A 4H9BA 1LSEA 2BQMA 3TXDA 1A4VA 3A94A 5DN5A 2G4QA 1IC7Y 1ZVHL 1LZGA 3LYZA 1VDTA 4MCKA 4N5RA 1CKGA 1GF5A 3AZ5A 1JITA 3B0OA 2C8OA 1D0LA 1GEVA 4NY5A 3EMSA 4LFPA 3TXEA 1ZVYB 5EBHA 1B2KA 1LZSA 5DLAA 1P2CC 4IJ4A 5LYZA 1HFYA 2HEEA 3A34A 4H8ZA 4DD1A 1VDSA 1DPXA 4RW1A 1LKRA 1D0KA 1F6SA 2BQAA 4QGZA 2I6ZA 1JISA 4DDCA 1REZA 2MECA 1IOCA 1GB5A 2XTHA 1QTKA 4ML7A 3WUMA 4LYCA 4W96A 4DDAA 1UIEA 2YDGA 5FHWA 1GE0A 1V7TA 4WM6A 5FDJA 3WW6A 2WARA 1LSNA 4WLDA 1N4FA 5DM9A 1LHLA 2CGIA 4NWEA 1LZ6A 5C6IA 2BLYA 2DQAA 3LHMA 1QUTA 2EKSC 4UWUA 1B7PA 4DYGA 1BB3A 4GN4A 3BKHA 4NG1A 5I5QA 1LOZA 4O34A 3A92A 3WPLA 1GB2A 1IOQA 4LFXA 1LJJA 1D6PA 1YAPA 1GBXA 2LZTA 4HSFA 5E4PA 3TXFA 1IR7A 1CNSA 1GF6A 1B5XA 2YBIA 2F30A 1GEZA 2BQBA 3T36A 1XEJA 2HEFA 4DC4A 2YBMA 3W6EA 4QEQA 4LT2A 1LAAA 4OWHA 3EO5A 3K3TA 5FELA 5ILFA 5KXLA 2MEEA 4PGJB 4NGLA 3WVXA 1G7JC 1IP2A 1IY4A 3A3RX 4HV2A 4NGKA 3W6CA 4PPOA 5I4WA 4N8ZA 3AJNA 133LA 3P64A 2HEAA 1FLUA 1LZRA 1GBYA 2BQEA 3CB7A 4XJBA 4XJHA 1LCNA 4AXTA 5II3A 1LSYA 1C46A 2MEHA 2XJWA 2A7DA 2FBDA 4NHPA 4GCDA 4J1AA 5KXWA 1LTMA 1RE2A 1IOSA 1T6VL 1CJ9A 1GE4A 5FSTA 1G7IC 1VDQA 5LIOA 4LYZA 5B1FA 3AGGG 1IP4A 3HBHA 3A91A 1AT6A 4NSJA 1NDMC 4CHXA 1LMAA 2XBRA 4YOPA 1ALCA 1HENA 1PZYA 1REYA 1XEIA 4NSIA 4WM2A 5DL9A 4J1BA 4UWNA 1IC4Y 1GF8A 1JJ0A 4N9RA 4OWCA 1LKSA 4H94A 3ZEKA 1GFJA 1GFVA 4PRUA 4GLAA 1XGUC 2BQCA 3A67Y 1LYSA 1LJ3A 1FDLY 2BQKA 1HMKA 4B1AA 2G4PA 1TDYA 3AW7A 4N1CC 4PHIA 1D9UA 3W6DA 5KY1A 1B5VA 4RLNA 1HC0A 5L3HA 2H9KA 1GB6A 3RT5X 4M4OA 1OUDA 1JEFA 1LJ4A 2FYCA 4H8XA 1LZCA 3A8ZA 3LYTA 2Y8PA 3BKVA 4WG1A 4MSTA 1BB5A 1OQMA 4YM8A 4Z46A 132LA 4A7DA 4EOFA 5LYMA 1IEEA 1LSFA 1I56A 1DI4A 3AGHA 4HV1A 2Z12A 5KXPA 3FE0A 3P66A 1YAOA 2BPUA 4KXIA 1UC0A 4TX7A 1GBOA 2IFFY 5D5FA 4ET8A 1F0WA 3LN2A 4N0JA 3TMWA 1GDXA 4M6DA 1Z55A 5KXOA 1CKDA 3A3QA 1HEWA 4H9FA 4NWHA 1RCMA 2BQFA 2DKVA 4NSGA 3TMVA 1LHKA 3HFMY 5HNCA 1UIGA 1KXWA 4YF2A 1GBSA 5I54A 5I4XA 3B6LA 1J1PY 4LZTA 4WG7A 1IP5A 1GFHA 1C08C 1LHIA 2W1MA 3P65A 5D5CA 3TXKA 1UIAA 1HSXA 1JSFA 2DQDY 1B7SA 4YEMA 2Z2FA 1REXA 1TCYA 2BQIA 1IR8A 1CKCA 2F4AA 3WU9A 1BB7A 1LHJA 1VEDA 2BAAA 3QE8A 4XJGA 5APEA 5IDDA 6LYZA 1W08A 2ZNXY 1GB3A 3N9AA 4GCCA 5LYTA 5KXZA 3G3BB 5HMJA 1BGIA 4N1EI 5AMYA 1FKQA 5LVGA 193LA 1C43A 1GB7A 4G9SA 1IWYA 1GE1A 2C8PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXMA 255LA 1P2RA 4NGOA 1L59A 1YKZX 3AGIA 153LA 1AZFA 2OTYX 1L54A 3WPKA 102LA 1VDPA 1LMPA 1JWRA 3W6BA 1BWHA 1DXJA 1GBZA 1P36A 4ARPA 5F9XA 5F16A 2BLXA 3G3XA 1C7PA 1L84A 174LA 3DMXA 2GV0A 1UUZC 1ZV5L 5B06A 1L35A 3RU5A 4YXAC 194LA 3OK0A 141LA 2DBTA 1L57A 1UIDA 1LPYA 1C6JA 4GRVA 1LJHA 1QTHA 1HHLA 1SWYA 4NGZA 1D6QA 1G0QA 251LA 1GE2A 4NHTA 1HEMA 4WOAA 5FCPA 1KIQC 4HPIA 261LA 1IWXA 4W58A 1FN5A 3SB7A 4D9ZA 2HTXA 1BVKC 1F10A 1GF9A 1HERA 1BWIA 2B6TA 2IHLA 3TMUA 5DN4A 4E3UA 2CUUA 5T3FA 9LYZA 1CKFA 1L33A 4LDLA 3LZMA 3GXRA 229LA 252LA 1JHLA 1IP6A 3B0KA 3HTGA 5I53A 1WQNA 3ULRA 2EQLA 1C6PA 2F32A 1V7SA 2W1YA 1LMCA 3W6AA 1BVXA 1CUQA 5F9UA 1GFRA 4XJIA 4L41A 4BS7A 1L66A 4WO9A 182LA 3IWRA 1JTOL 1LSZA 4H90A 4ETEA 1L81A 4K5YA 2AUBA 4ARQB 1LYFA 3FA0A 4ZEEA 5LXWA 1LZAA 3WUAA 1LWGA 1LI3A 1XSFA 1L13A 3VWOA 1C60A 1T8FA 4WLXA 2D4IA 4YEOA 208LA 2ANXA 1B7MA 190LA 1YQVY 3HT6A 1SX7A 1L82A 1L0JA 4HTKA 161LA 1IP3A 1OUEA 1SSYA 5LVKA 260LA 138LA 1JUGA 1LZ4A 4IATA 108LA 4OO9A 3LZTA 3CT1A 166LA 1DKJA 1CUPA 3D3DA 221LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LZ2 A;  5KXM A;  1JKC A;  1GB0 A;  4LYM A;  2CJL A;  1GF4 A;  2BQN A;  5I4Y A;  1B0D A;  1QSW A;  2Z39 A;  5C6J A;  1UAC Y;  4TUN A;  1OUF A;  4NGO A;  3AGI A;  1YKZ X;  3RNX A;  5LA8 A;  153L A;  1AZF A;  1BHZ A;  1NBY C;  2Z2E A;  3IJU A;  3WPK A;  5HQ1 A;  3CSZ A;  4ANR A;  4DD0 A;  1REM A;  1VDP A;  2BQH A;  3E3D A;  3P4Z A;  4HJZ A;  1LMP A;  1JWR A;  2HEB A;  3W6B A;  1BWH A;  1DXJ A;  1PS5 A;  1NBZ C;  1AKI A;  1GBZ A;  2D91 A;  4ETB A;  4QDN A;  1TAY A;  4CFP A;  1LSA A;  1LJE A;  1LSC A;  4KL7 A;  4GN5 C;  5F9X A;  4WLT A;  5F16 A;  1NQI A;  2BLX A;  1EQ5 A;  3AW6 A;  4HP0 A;  1QTE A;  1YAQ A;  1C7P A;  3T6U A;  3B72 A;  5APF A;  2BQG A;  2GV0 A;  2CWI A;  1UUZ C;  1ZV5 L;  5LVI A;  5B06 A;  3WPJ A;  1W6Z A;  4H1P A;  3RU5 A;  4G49 A;  194L A;  3OK0 A;  2DBT A;  2Z37 A;  1GF0 A;  1UID A;  1GXV 2;  3QNG A;  3EBA B;  1JSE A;  4H9H A;  4B49 A;  1H6M A;  1JTT L;  1DI3 A;  5L3I A;  1GF7 A;  1LJH A;  4LT0 A;  1B7O A;  1RJC B;  5E9R A;  2DQJ Y;  4KT3 A;  5JEN B;  1HHL A;  4NGZ A;  1D6Q A; 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 4GLA A;  1XGU C;  2BQC A;  3A67 Y;  1LYS A;  1LJ3 A;  1FDL Y;  2BQK A;  1HMK A;  4B1A A;  2G4P A;  1TDY A;  3AW7 A;  4N1C C;  4PHI A;  1D9U A;  3W6D A;  5KY1 A;  1B5V A;  4RLN A;  1HC0 A;  5L3H A;  2H9K A;  1GB6 A;  3RT5 X;  4M4O A;  1OUD A;  1JEF A;  1LJ4 A;  2FYC A;  4H8X A;  1LZC A;  3A8Z A;  3LYT A;  2Y8P A;  3BKV A;  4WG1 A;  4MST A;  1BB5 A;  1OQM A;  4YM8 A;  4Z46 A;  132L A;  4A7D A;  4EOF A;  5LYM A;  1IEE A;  1LSF A;  1I56 A;  1DI4 A;  3AGH A;  4HV1 A;  2Z12 A;  5KXP A;  3FE0 A;  3P66 A;  1YAO A;  2BPU A;  4KXI A;  1UC0 A;  4TX7 A;  1GBO A;  2IFF Y;  5D5F A;  4ET8 A;  1F0W A;  3LN2 A;  4N0J A;  3TMW A;  1GDX A;  4M6D A;  1Z55 A;  5KXO A;  1CKD A;  3A3Q A;  1HEW A;  4H9F A;  4NWH A;  1RCM A;  2BQF A;  2DKV A;  4NSG A;  3TMV A;  1LHK A;  3HFM Y;  5HNC A;  1UIG A;  1KXW A;  4YF2 A;  1GBS A;  5I54 A;  5I4X A;  3B6L A;  1J1P Y;  4LZT A;  4WG7 A;  1IP5 A;  1GFH A;  1C08 C;  1LHI A;  2W1M A;  3P65 A;  5D5C A;  3TXK A;  1UIA A;  1HSX A;  1JSF A;  2DQD Y;  1B7S A;  4YEM A;  2Z2F A;  1REX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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