1WQRA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRFWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six tyrosine --> phenylalanine mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wqrA00
1WQQA 2FYCA 4OWHA 1LZNA 1REZA 4M6DA 2BQAA 4AXTA 1LJEA 4YOPA 1HFXA 5HLLA 2HTXA 4H8ZA 1H87A 1HSXA 1WQOA 2ZIJA 3W6AA 1IO5A 1REMA 3SP3A 4HSFA 4R6CA 1HELA 2Z38A 3J6KA 1B5WA 1CJ6A 1GBSA 1LAAA 1TCYA 1UCOA 2CDSA 4BAPA 2YBJA 3WL2A 4J1AA 5L9JA 1V7SA 1OUAA 3QY4A 3TXFA 3W6BA 4H91A 1GF0A 1YL0X 1QTKA 4DD9A 1LHHA 5DL9A 4NGJA 1KIRC 1B7NA 5DM9A 4HTQA 3QNGA 1IY4A 4J1BA 3W6FA 1BB6A 4ET9A 2BQMA 2BQLA 4IATA 1YIKA 1GB6A 1FLQA 2EKSC 4OWBA 1HEWA 1IWWA 5LVJA 1XSFA 1AT6A 1DPXA 2MECA 2YBLA 2C8OA 4DWXA 1VDQA 135LA 1CKCA 3TXHA 5KJ9A 4NY5A 1BWJA 4RW2A 1VATA 2A7DA 1OUCA 1D0KA 1JWRA 1QSAA 3F6ZA 1LZ9A 1IWYA 1YKZX 4GCFA 3WULA 3B0OA 1NBZC 1GEVA 1EQ4A 1UIHA 3WW5A 1LKRA 2ZQ3A 1BQLY 4N1CC 1UBZA 4WMGA 4CHXA 1UIEA 4GN4A 3T36A 4NGIA 133LA 1HSWA 1C46A 3OK0A 1GBOA 5L3HA 4PRQA 5DN5A 3WVYA 4B49A 3WYHA 2G4PA 3WUAA 4GCEA 4PJ2C 1DKJA 5FCPA 5KKJA 1VDSA 3CT5A 1HFYA 3EMSA 3QE8A 1B0DA 5D5CA 1GE0A 1YQVY 4KL7A 5KXZA 1HC0A 4I0CA 4WLTA 2DQCY 1GFHA 3RU5A 2BQFA 134LA 3TXDA 5B07A 1LHIA 3G3BB 5KXWA 3IWRA 1NDGC 4PRUA 2D4KA 2DKVA 1LJNA 1NKHA 4G4BA 5LXWA 1UIAA 2BQKA 1GAYA 5E4PA 4N1EI 5KXYA 4NHTA 4QGZA 3W6DA 2NWDX 1IP1A 1GWDA 3AZ6A 1LZCA 1FLWA 1LMOA 1T6VL 5F9UA 5FHWA 5I4WA 3LN2A 1CJ7A 3AGGG 1UC0A 1WQMA 1GB8A 2LYMA 2YBIA 3BKHA 1B7OA 1VDPA 1GFUA 4C3WA 5I4YA 2HEFA 4NHIA 1LSMA 4DD2A 1LJIA 2MEAA 3J4GA 1A4VA 1HEMA 2A7FA 2G4NA 1NWGA 1UIGA 2H9JA 1XGUC 2D4IA 3GXRA 4NHQA 4ZFPA 3WW6A 4NEBA 8LYZA 1LSYA 2DQAA 1XGTC 2HU1A 4II8A 4LT0A 3CSZA 5LVGA 2BQEA 3OJPA 1GF7A 3TMVA 5F14A 1LMAA 4FDYA 1GF6A 2LHMA 2Z2FA 3CSRA 1LZ1A 3EO5A 1RFPA 3FI7A 1YAPA 1LMPA 1GB3A 1OP9B 4WLYA 2Y8PA 132LA 1B7QA 1OUDA 1P2CC 3P68A 5HQ1A 4WG1A 1GF8A 1LZ6A 2D91A 4XJBA 1LZSA 1SQ2L 1LSEA 3LYZA 5I53A 1GB5A 3D3DA 4WL6A 1LMCA 1IR9A 3D9AC 1UIFA 5LVIA 2MEBA 4DD1A 1I1ZA 2H5ZA 1GE4A 1BGIA 4ETCA 2W1MA 1FKQA 1NQIA 2BQIA 1JHLA 1IX0A 5LIOA 4G4HA 5C6IA 2EIZC 4ZEEA 2Z37A 1HF4A 1LSGA 2BQCA 1LTMA 3TXGA 1D0MA 2PC2A 3ZEKA 1PS5A 4Z98A 9LYZA 1HERA 1YKYX 2MEEA 4WM6A 1LPIA 2LZ2A 1GBYA 3M18B 1GBWA 3EXDA 4MCKA 3TMXA 5KY1A 4LYZA 1QSWA 1JKCA 1KIQC 4YENA 1HENA 3KAMA 3ATOA 1BVXA 2Z18A 3P64A 5L3IA 1IWXA 3RZ4A 1IC7Y 3TMWA 1W08A 1IOSA 4LFXA 153LA 2I26L 1RI8B 2WARA 3LYOA 4D9ZA 3B72A 3ZVQA 3TXKA 1JITA 4HV2A 1LHKA 2BQHA 1DI4A 1GAZA 3AZ5A 1QDRA 2FYDA 1JKDA 1NDMC 1RCMA 4HJZA 4LFPA 4NGLA 1UUZC 5KXTA 3MGWA 4OWCA 4WM5A 4XYYA 4HTKA 4NGYA 5KXOA 4WLDA 4WO9A 1GFVA 3LZTA 1LJ4A 2Z39A 4NGOA 1LSCA 3T6UA 1FBIX 4WO6A 1CNSA 1LJ3A 4GN3A 1LSFA 1LZDA 4LT2A 3EBAB 5FSTA 4EOFA 3TXJA 1GF4A 5B06A 2BQDA 4KPMA 5HMJA 1QUSA 4PHIA 1GFEA 4ETAA 4GCDA 1B7SA 2XBSA 2Z2EA 1GB9A 4BAFA 4HP0A 2I25L 1ZVYB 1WQPA 1BB5A 3IJUA 3N9EA 1EL1A 2BQBA 1G7IC 1A2YC 1GE1A 1LJHA 2RSCA 5I5QA 2BLXA 1I56A 1OUHA 4KT3A 1D0LA 4MSTA 4WM4A 4O34A 4IASA 1WVUA 4NHPA 1LJJA 5LVKA 1V7TA 4NSIA 1DI5A 1QQYA 1OUFA 2ZILA 3P65A 1LZ5A 1GD6A 2XJWA 5LVHA 2YDGA 1LZYA 4OOOA 4NWEA 2B5ZA 3CT1A 5DN4A 2IHLA 1WVVA 1BWIA 3CSQA 4H9IA 5F9XA 4DT3A 1JKBA 4LYBA 1GFKA 3LYMA 193LA 1JJ3A 1XGRC 5B1GA 1YL1X 3LHMA 5M1YA 3A3RX 3HBEX 4H8YA 4TSBA 5LYMA 1GHLA 2BLYA 1LJGA 1LSPA 4H93A 3P66A 1JUGA 4TWSA 4WM2A 3WPLA 2YVBA 1GF3A 1LYYA 4TTDA 4U3XB 1SLYA 1YROA 1LCNA 1JJ0A 1YAQA 4RLNA 4XJHA 2BQGA 4ETDA 4Z46A 1JTPL 4FJRA 1C10A 2BPUA 5A3ZA 4H1PA 4ZIXA 3RNXA 1GB7A 2BQOA 1BB7A 1JTTL 1YKXX 4TUNA 4TX7A 4N5RA 2HEBA 6LYTA 1H6MA 4WM1A 1B5VA 4GN5C 3WXUA 4KXIA 2CGIA 1CJ9A 4H9EA 1D6QA 1RJCB 2FBDA 3W6CA 1F10A 1XEJA 1IWUA 4NG8A 4UWVA 1FN5A 5KKIA 1Z55A 1B7RA 4NSJA 2ZWBA 3BKVA 1LZ8A 4M4OA 1BB3A 2H9KA 1IC5Y 4C5FA 4DD0A 1T3PA 3A96A 4IJ4A 4G49A 3P4ZA 1TDYA 5HMVA 1G7MC 1CKFA 1OUGA 5DLAA 1F6SA 4WM3A 4AGAA 5ILFA 4Z41A 4NFVA 4RW1A 5KXMA 5FEKA 1YANA 2ZNWY 2I6ZA 3AGIA 1GPQC 5B05A 1I20A 1PZYA 2N5ZA 4H90A 1JISA 3ULRA 1IOCA 1DQJC 1IP5A 4WLXA 6LYZA 1B2KA 4XADA 4H92A 4R0FA 5KXXA 1MELL 4QY9A 1CKDA 1LSZA 1LZTA 4J7VA 2EPEA 2G4QA 4OWAA 4PGJB 1LZBA 1W6ZA 3IJVA 5APFA 5KXLA 1WQRA 2XBRA 2ZYPA 4LYCA 1HEPA 1LYZA 2W1YA 1CJ8A 3WMKA 1ZV5L 1JTOL 1VAUA 1IP7A 1HFZA 1J1XY 1F0WA 1TAYA 5J7CA 3A8ZA 2DQEY 4H9HA 5LA5A 4HJVA 1KXWA 1XEKA 4GLAA 4MR1A 4NGVA 2ZYCA 1C08C 4LGKA 4RLMA 5LAFA 1B7PA 4H9CA 5AMYA 3RT5X 5LYTA 1YAOA 1LHMA 4NSHA 5IHGA 4LYOA 1UIDA 5KXKA 1LSDA 1WTNA 4A7DA 3A90A 4CJ2A 1XFPL 5B1FA 2DQHY 1QDTA 1DZBX 4GCCA 3A95A 5KXPA 2ZIKA 1XEIA 4H9FA 1IWVA 4NWHA 1LZRA 1D9UA 2Z12A 1LKSA 3WU7A 4Z3MA 4WG7A 3TXEA 1EQ5A 4DD3A 4CFOA 1GFJA 1KXYA 4DDAA 1JIYA 1CKHA 3HFMY 1VFBC 3WUMA 1LMQA 3AZ4A 1HNLA 1ZVHL 207LA 4DC4A 2Q0MX 4ML7A 2YBMA 4BS7A 4BADA 2YBNA 1IEEA 1MLCE 194LA 1IORA 1LMNA 3B0IA 3A93A 4NGKA 4ETBA 4EMNA 1FKVA 1INUA 4N9RA 1XGQC 1LZGA 1BVKC 4J0LA 1G7LC 3N9AA 4UWUA 1JKAA 1GDXA 1LSNA 1IP2A 1DI3A 1OQMA 2CWIA 4XENA 3VWOA 1IOTA 4TSCA 2F30A 3A6BY 1LZ4A 5E9RA 154LA 1JEFA 4NGWA 1IR8A 1GFAA 2D4JA 2BAAA 1IP3A 2AUBA 1G7HC 1LYOA 1OUIA 3A94A 1LHLA 3A92A 3AZ7A 4PPOA 3WH1A 4DD7A 5LYZA 1N4FA 4NG1A 1GE2A 1UICA 4G4CA 2MEFA 1JSFA 3TXBA 5I54A 1BHZA 5K7OA 2VB1A 4NHSA 2BQJA 4GCBA 1NF5A 1TEWA 2F4GA 1GBZA 2CJLA 4HV1A 1LSBA 1CKGA 1BB4A 1HEQA 1OUEA 2YBHA 5APEA 3K3TA 1LJKA 1AZFA 2LYOA 3A67Y 5LA8A 5LINA 3GXKA 1DKKA 3A91A 4RDSA 2LZTA 2DBTA 1KXXA 2DQGY 1AT5A 1LZAA 4HTNA 2HEEA 4W96A 4ETEA 2EQLA 5F16A 5HNLA 4XJIA 4GLVA 5C6LA 1GFRA 3AW7A 4NGZA 1GB0A 1VDTA 4N0JA 1FLYA 1NBYC 1ALCA 1GXV2 1HMLA 1O23A 1C45A 2MEHA 4UWNA 1FLUA 2HEDA 3LYTA 5KXNA 1VEDA 4WL7A 1GXXA 1LYSA 1GDWA 2LYZA 3N9CA 2DQJY 1DPWA 2HU3A 5APCA 3WU8A 2MEDA 5C6JA 1OUJA 1IOQA 1UA6Y 3W6EA 1AM7A 4DDBA 3AJNA 1B5ZA 4OWEA 3LZ2A 3B6LA 4W94A 1IY3A 2ZNXY 1IP6A 2HEAA 5D5FA 2DQIY 5EBHA 1IWTA 1JJ1A 1GBXA 1KIPC 1JPOA 2HECA 3WXTA 5KXRA 5ILCA 1LMTA 3AYQA 3RW8A 4B4JA 4H9BA 4XJGA 4B0DA 1UACY 2GV0A 4LT3A 4B1AA 4LYMA 1IIZA 1AKIA 1GF9A 1LJFA 3ATNA 4OW1A 2HUBA 1C7PA 1F6RA 2YSSC 3CB7A 5JENB 3WVXA 2BQNA 1QTEA 4B4EA 1HMKA 4OOTA 4YEOA 4XJDA 3TMUA 1YILA 1TBYA 3E3DA 4HPEA 4YEMA 1UIBA 3CT0A 4H94A 1GF5A 5LAGA 1IVMA 1B5XA 2W1LA 3WUNA 5HNCA 5I4XA 5FELA 1LSAA 4ET8A 5B59A 1REYA 2F2NA 4ANRA 1FDLY 2D6BA 1B7MA 4WOAA 5KXSA 2IFFY 1LZEA 4E3UA 2MEGA 4L41A 1IR7A 5A3EA 1LOZA 3A6CY 1GEZA 1ZMYL 3B0KA 3HBHA 1B7LA 3A3QA 4LZTA 3WPKA 1GFGA 4G9SA 3ZVQB 3M3UA 4HPIA 4DDCA 2X0AA 3AB6A 4QEQA 3FE0A 1BWHA 4DYGA 3HBDA 4B4IA 1C43A 5T3FA 4LYTA 7LYZA 1WQNA 4YF2A 2C8PA 1NMMA 1J1PY 3WPJA 3W3EA 3AW6A 4LT1A 1G7JC 1B5UA 1E8LA 2XTHA 5APDA 3A34A 4HJYA 1JSEA 2FBBA 4H8XA 4H9AA 5II3A 1QIOA 1B9OA 1J1OY 1GB2A 1OUBA 3WU9A 2ZQ4A 5FDJA 1YAMA 1IP4A 3TXIA 2MEIA 2DQFC 4XN6A 3AGHA 4I8SA 4N8ZA 4X3BA 4XJFA 1XGPC 1IWZA 2DQDY 5IDDA 4NIJA 5IELA 3CQLA 1WTMA 5F81A 4YM8A 1HEOA 1EQEA 4P2EA 1RE2A 1NHEA 2Z19A 1QUTA 4QDNA 1GFTA 208LA 1GE3A 1REXA 1LHJA 1B5YA 4NSGA 1IC4Y 4CGEA 2F4AA 3G3AB 1HHLA 1DXJA 4CFPA 1D6PA 2W1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M6DA 1LZNA 4AXTA 4YOPA 4W52A 4EPFA 1L49A 1L86A 1IO5A 3W6AA 4ARJA 1REMA 1G06A 1T8AA 3F8VA 1CJ6A 1UCOA 1OUAA 4H91A 1GF0A 4NGJA 172LA 1B7NA 1IY4A 4ET9A 1BB6A 1T6HA 4IATA 3DKEX 163LA 170LA 1IWWA 2C8OA 162LA 1CKCA 3TXHA 1JWRA 1LZ9A 3ODUA 3GUNA 3B0OA 3WULA 1EQ4A 1UBZA 1UIEA 1HSWA 234LA 1L70A 4B49A 3WVYA 4GCEA 4EKSA 3QE8A 5D5CA 3EMSA 1HC0A 3HU8A 205LA 4WLTA 2BQFA 1NKHA 1DYDA 214LA 2BQKA 1GAYA 5KXYA 1L94A 1L11A 2NWDX 1GWDA 1LZCA 142LA 186LA 3AGGG 1XEPA 1GB8A 2LYMA 1B7OA 2B6WA 1OV7A 1LSMA 2MEAA 3J4GA 1A4VA 1HEMA 173LA 2D4IA 1LSYA 2DQAA 4LT0A 248LA 2BQEA 3OJPA 1C60A 4FDYA 1GF6A 2LHMA 1RFPA 1B7QA 241LA 4W58A 1P2CC 3P68A 1L35A 5HQ1A 3LYZA 5I53A 3D3DA 1LMCA 3D9AC 120LA 1UIFA 5LVIA 222LA 2H5ZA 146LA 1D3FA 1JHLA 5C6IA 2EIZC 1LGWA 2PC2A 1L43A 1HERA 3QAKA 1QT6A 4MCKA 1QSWA 4YENA 1KY1A 2Z18A 3P64A 5L3IA 2F2QA 4LFXA 1IOSA 1RI8B 4D9ZA 2B72A 1CX7A 1L59A 3TXKA 4HV2A 2FYDA 1NDMC 4I7QA 4LFPA 1UUZC 1OVKA 1L42A 3MGWA 4OWCA 4NGYA 4WM5A 4XYYA 5KXOA 4WLDA 4I7OA 4WO6A 1CNSA 1KS3A 3SBAA 5B06A 1QUSA 4PHIA 2RBOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WQQ A;  2FYC A;  4OWH A;  1LZN A;  1REZ A;  4M6D A;  2BQA A;  4AXT A;  1LJE A;  4YOP A;  1HFX A;  5HLL A;  2HTX A;  4H8Z A;  1H87 A;  1HSX A;  1WQO A;  2ZIJ A;  3W6A A;  1IO5 A;  1REM A;  3SP3 A;  4HSF A;  4R6C A;  1HEL A;  2Z38 A;  3J6K A;  1B5W A;  1CJ6 A;  1GBS A;  1LAA A;  1TCY A;  1UCO A;  2CDS A;  4BAP A;  2YBJ A;  3WL2 A;  4J1A A;  5L9J A;  1V7S A;  1OUA A;  3QY4 A;  3TXF A;  3W6B A;  4H91 A;  1GF0 A;  1YL0 X;  1QTK A;  4DD9 A;  1LHH A;  5DL9 A;  4NGJ A;  1KIR C;  1B7N A;  5DM9 A;  4HTQ A;  3QNG A;  1IY4 A;  4J1B A;  3W6F A;  1BB6 A;  4ET9 A;  2BQM A;  2BQL A;  4IAT A;  1YIK A;  1GB6 A;  1FLQ A;  2EKS C;  4OWB A;  1HEW A;  1IWW A;  5LVJ A;  1XSF A;  1AT6 A;  1DPX A;  2MEC A;  2YBL A;  2C8O A;  4DWX A;  1VDQ A;  135L A;  1CKC A;  3TXH A;  5KJ9 A;  4NY5 A;  1BWJ A;  4RW2 A;  1VAT A;  2A7D A;  1OUC A;  1D0K A;  1JWR A;  1QSA A;  3F6Z A;  1LZ9 A;  1IWY A;  1YKZ X;  4GCF A;  3WUL A;  3B0O A;  1NBZ C;  1GEV A;  1EQ4 A;  1UIH A;  3WW5 A;  1LKR A;  2ZQ3 A;  1BQL Y;  4N1C C;  1UBZ A;  4WMG A; 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 3CB7 A;  5JEN B;  3WVX A;  2BQN A;  1QTE A;  4B4E A;  1HMK A;  4OOT A;  4YEO A;  4XJD A;  3TMU A;  1YIL A;  1TBY A;  3E3D A;  4HPE A;  4YEM A;  1UIB A;  3CT0 A;  4H94 A;  1GF5 A;  5LAG A;  1IVM A;  1B5X A;  2W1L A;  3WUN A;  5HNC A;  5I4X A;  5FEL A;  1LSA A;  4ET8 A;  5B59 A;  1REY A;  2F2N A;  4ANR A;  1FDL Y;  2D6B A;  1B7M A;  4WOA A;  5KXS A;  2IFF Y;  1LZE A;  4E3U A;  2MEG A;  4L41 A;  1IR7 A;  5A3E A;  1LOZ A;  3A6C Y;  1GEZ A;  1ZMY L;  3B0K A;  3HBH A;  1B7L A;  3A3Q A;  4LZT A;  3WPK A;  1GFG A;  4G9S A;  3ZVQ B;  3M3U A;  4HPI A;  4DDC A;  2X0A A;  3AB6 A;  4QEQ A;  3FE0 A;  1BWH A;  4DYG A;  3HBD A;  4B4I A;  1C43 A;  5T3F A;  4LYT A;  7LYZ A;  1WQN A;  4YF2 A;  2C8P A;  1NMM A;  1J1P Y;  3WPJ A;  3W3E A;  3AW6 A;  4LT1 A;  1G7J C;  1B5U A;  1E8L A;  2XTH A;  5APD A;  3A34 A;  4HJY A;  1JSE A;  2FBB A;  4H8X A;  4H9A A;  5II3 A;  1QIO A;  1B9O A;  1J1O Y;  1GB2 A;  1OUB A;  3WU9 A;  2ZQ4 A;  5FDJ A;  1YAM A;  1IP4 A;  3TXI A;  2MEI A;  2DQF C;  4XN6 A;  3AGH A;  4I8S A;  4N8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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