1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
1RT1A 3QEIA 1RBVA 4CHYA 3TAFA 4F8RA 1LV5A 4PY5A 2ZQBA 3QESA 2QK9A 3NFAA 1TV6A 3IRXA 1YTAA 4DFJA 2GBZA 3AVIA 5J2QA 1HJRA 3RMBA 4CGJA 1WAJA 3VQ6A 3MEEA 4Z4FA 3U6FA 4LH5A 4CCHA 1LWCA 2Q3SA 3CM6A 5CZ1A 4LD0A 3OYNA 4I9QA 1ZBHA 5FRMA 3V4IA 2O4GA 1ZYQA 4DF8A 2DFFA 4CEQA 4C8NA 3K5LA 3PY8A 4FJ7A 2RPIA 4F2RA 1ZBLA 4KRFA 2XY5A 4CJSA 4KHQA 1EX4A 3OS0A 4AHUA 4DG1A 2Y1JA 1NK8A 1NKEA 1LWEA 3NF7A 4E7KA 4CF9A 3TABA 3CFPA 3KLGA 4CK3A 2YHAA 2P5OA 4FJ9A 4KHNA 1UA1A 2HB5A 4FLWA 4M41A 1BL3A 4FLYA 1TGOA 4BWMA 3QEXA 5HBMA 3S3NA 5HRRA 4W5TA 5JS1A 4JLHA 4N41A 3DLKA 3KKRA 2OPQA 1KFSA 4KPYA 4FYDA 2YV0X 3P5JA 5FROA 4FVMA 3WNEA 4I7FA 4OJRA 3RMCA 3A2FA 4FJNA 2DFHA 4FLZA 3PX4A 3SYZA 1L3UA 2PYLA 4DU1A 4NCAA 3V9SA 1VRUA 2KQ2A 2VG7A 5JS2A 3RTVA 1Q9XA 3SUQA 1NKCA 4OLAA 1J54A 3VA3A 4M3RA 3HL8A 2X6NA 1B9DA 4E0DA 1J5OA 3AVAA 2OZMA 2DY4A 4DQPA 5J2PA 1YVUA 3OVNA 3DOKA 1RTHA 3LPTA 2OA8A 4FJXA 2HVIA 3V1OA 3F73A 3RR8A 3THVA 4XIUA 4DTPA 3OYFA 3NDKA 3QIPA 1JXEA 3AA3A 3AVHA 3AO5A 3MXJA 1U48A 3OYBA 1HQEA 2P5GA 3LP0A 2E4LA 1HRHA 3ZT3A 4AHRA 3U3GA 3B6OA 4CEZA 3T3FA 1HYVA 3AVFA 3HT3A 1G15A 4FZXC 2EX3A 4DMNA 4W5NA 3SV3A 1RTDA 3OYHA 3AVCA 3T1AA 4CHPA 3TANA 1QSYA 2G8IA 4M42A 2QKKA 3RRGA 1N5YA 3LWLA 4TSXA 4O0JA 3LP3A 3V9UA 3WNGA 4DF4A 2OPPA 3K57A 3G0ZA 2A1RA 4HUGA 4LY7A 3HK2A 3NH0A 3M8SA 3HVRA 1EP4A 3DOLA 4Z4HA 1QS4A 3MXMA 2HHVA 1JXBA 4E7IA 2Y1IA 4N47A 3DRRA 1D5AA 1L3VA 4CHOA 3NH2A 4B9LA 4K8XA 2YNFA 3ZT2A 4IG0A 4FM1A 3CYMA 1SL0A 4DQQA 4Y1DA 2Z1GA 4OKEA 1U4BA 3DLHA 3C6UA 2D5RA 1X9MA 4DFPA 4KTQA 2VWJA 4W5QA 3V9XA 5KI6A 3KK2A 1Z26A 3V9ZA 4MQ3A 5KTQA 3KLEA 1ASWA 1JLCA 5FDLA 5KGXA 4DTXA 3SUPA 4CJTA 4B9VA 2BE2A 4B9MA 2PZSA 1C1AA 3HSTB 1EKEA 3LANA 5CYMA 1Q8IA 1LW2A 1BCOA 3VN5A 3CFRA 4DFMA 4CESA 2FBYA 4KHWA 3AVMA 2NUBA 4FJMA 3KKSA 3QINA 5C24A 4IKFA 1LWFA 3KTQA 1JKHA 1GOCA 3K5NA 1MU2A 2X74A 3ZSQA 1WN7A 4RW7A 3TWHA 3PUFA 4BE1A 4B9UA 3L2VA 4DTNA 2KFZA 1JLFA 1VSEA 3ULDA 1NOYA 1IO2A 1T05A 4FLUA 4FLTA 1ZBUA 1FKPA 3F9KA 4CERA 4DS4A 1X9SA 4LSLA 2XO7A 1J9AA 4IBNA 3L2UA 4CEOA 4UQGA 2EHGA 4AHCA 1ASUA 3K5OA 4M3ZA 3PO4A 4YFUA 3HPOA 3O3HA 3PV8A 4Z4IA 3DLGA 4AHSA 1NOZA 2B6AA 3AO1A 4QAGA 3OS2A 1NJWA 3AVNA 1RT3A 4Y1CA 4CGHA 3SUNA 3VQQA 1VSIA 1S6PA 2E6MA 3DYAA 3ZT1A 4M3WA 3AA4A 4RW9A 1JLQA 2PYJA 4FJHA 1RT2A 5CZ2A 1GOBA 3OJSA 4JS4A 3VQEA 2FBVA 3LALA 1XHXA 1NK4A 1TKXA 5I3UA 3AVJA 2QXFA 3T19A 1NK6A 4ICLA 1KLNA 4AILC 3PO5A 1RBTA 2G8FA 4ELVA 3NF6A 1XWLA 3TAMA 3HPGA 1NJZA 1JLBA 1WNSA 3HVTA 1IH7A 4KO0A 4CJKA 1VSHA 1T03A 4HUFA 1R0AA 3OYLA 4AHVA 5J2MA 3P83D 3TAPA 4B8AB 4DU3A 1BI4B 3OYIA 3BDPA 4CHQA 4Z4GA 2HNDA 1S5JA 1WSJA 4LSNA 4KTZA 2GV9A 1BCMA 4EP5A 2IGIA 3ZSXA 1CZBA 4ELUA 3SCXA 4FJJA 3EY1A 1Q9YA 4J2DA 1KSPA 1S1UA 3LP2A 5KRSA 1RBUA 3E01A 1RDDA 3CG7A 4W5OA 3OYEA 1Z25A 2OPSA 1IKVA 4DTJA 1YTUA 3DMJA 4RW6A 2KZMA 3AO2A 4FK2A 4HCCA 3VQ4A 3O3GA 1N6QA 3TARA 3K58A 1VSJA 1K6YA 4KAZA 3C95A 2P51A 4OPJA 3VQ5A 4FXDA 2ITGA 4OPKA 1XC9A 4C8MA 3AVKA 2R7YA 1WAFA 1CXUA 2W42A 4DFKA 2PY5A 2OPRA 2G8HA 1J53A 1QE1A 2I5JA 1TL1A 3RMDA 2YKNA 4JRPA 4FJGA 1RCHA 2YHBA 3V9WA 3SJJA 3ALYA 3V1QA 1QHTA 1FK9A 5HP1A 4O55A 4CEFA 3KK3A 1RBRA 2VG6A 4MFBA 1A5XA 1HQUA 1TKZA 2E6LA 5T7BA 4ZTFA 3RWUA 1TL3A 2HVHA 3K2PA 1EETA 1S6QA 1W9HA 1WSGA 2KW4A 3D0PA 1T7PA 4HCBA 3QIOA 4E1MA 2HHXA 4OGCA 1QSLA 3NHGA 4BACA 5DK5A 3IAYA 4KREA 2AJQA 4CJRA 2O4IA 1C0TA 5J2NA 3DRPA 4CGDA 4FZYA 1HMVA 4E7HA 1TKTA 4DSFA 1S1WA 4O44A 1TVRA 4CEDA 3HJFA 4M3XA 4BDPA 1IKWA 4R5PA 3ITHA 4KHSA 4GW6A 1EXQA 3KD1E 3FFIA 4K8ZA 1B92A 1Y97A 4CIEA 3SPZA 3TI0A 4FZZA 1VSMA 1F21A 4IFYA 2B4JA 3HP6A 5C42A 5KRTA 3SUOA 4H8KA 2OYQA 2A1SA 4QOZB 3O4NA 1BHLA 2FBXA 2VWKA 4CIFA 3DI6A 4NYFA 4OKKA 3RMAA 3DLBA 1RT5A 2QKBA 2HHSA 2F8TA 1S1XA 4I9LA 4KTWA 4CHZA 4GVMA 1JL2A 3KJVA 4E89A 3OYJA 3SZ2A 3TAQA 3ZT0A 2BDPA 3V81A 1SKWA 1ASVA 1NKBA 4N56A 4AHTA 4M3YA 1SUQA 3SPYA 4DQIA 1VSDA 4O0IA 4B9TA 3O4QA 1IG9A 2D0AA 1A5WA 5K14A 4Q0BA 4CIGA 3QO9A 2WONA 2XY7A 3P1GA 4CGFA 1VSFA 2B5JA 1UA0A 1FXXA 5SWMA 2DFEA 1RDBA 1HYSA 3PX6A 1I3AA 4LH4A 1HNVA 3V6DA 1TK0A 4CJ3A 3OYDA 1KTQA 4CJUA 3QEVA 3SQ4A 5HROA 5FRNA 4PWDA 3NH1A 2IC3A 1B9FA 3L3VA 2D0BA 2GUIA 1C6VA 3CFOA 1LAWA 1LAVA 1I39A 1ITGA 2F96A 4E7LA 5E41A 1D9FA 4CF8A 3I8DA 1TK5A 1BI4A 5HRPA 1JLAA 4C8KA 3WNFA 3QNOA 3RR7A 4KB1A 4CGGA 4B08A 1SL2A 4FJIA 4CFDA 1KVBA 3WNHA 4HVJA 1BIUA 4OGEA 1WSIA 1KRPA 4KFBA 4HUEA 4H4MA 1YT3A 2JLEA 1JLEA 2WOMA 3ZCMA 4CEBA 2BANA 2HHQA 4ZHRA 2HMIA 2HNYA 4DU4A 1REVA 4CGIA 3LDSA 5D3GA 2Z1IA 5CY4A 3AO4A 4FJ5A 3MECA 2ETJA 3IS9A 1X1PA 4M45A 3SQ2A 1XHZA 1FKOA 3HP9A 1HNIA 4CJLA 3NF9A 4CF2A 4JRQA 3QEPA 3I0SA 1XI1A 3LP1A 2IAJA 4I2QA 4CJFA 5C25A 4DQRA 1HYZA 4F2SA 3HO1A 4PQUA 3TR8A 4DSKA 4PUOA 5DMRA 2HHWA 1HPZA 1WLJA 4G1QA 4BWJA 3NE6A 4KKOA 2VG5A 3QETA 2IDOA 1NJYA 4BE0A 4RW4A 3ZSZA 3M8PA 4O4GA 3ZSWA 4CEEA 2FBTA 2G8VA 4E1NA 1C1CA 3LAKA 3SQ0A 4DQSA 4YNQA 4IG3A 3S3OA 4OVLA 4B3OA 4FJLA 1RT6A 2XY6A 3K5MA 3K59A 3OYAA 2IOCA 4CEAA 3NCIA 3VQPA 1U04A 3M8RA 4DLGA 3S9HA 1KVCA 2KTQA 3QERA 2HNZA 4FW1A 1KLMA 3NGYA 1RILA 5KGWA 3L8BA 2YKMA 4DSIA 1CLQA 1SL1A 3KLFA 4BDYA 4CECA 3SV4A 4QCLA 4NCBA 1RTIA 4RG8A 4CJVA 2G8KA 4FJKA 2YNHA 3LWMA 1SV5A 4CJ5A 4DTSA 4CFAA 4KHYA 4L8RB 3QEWA 4RW8A 4NYNA 1BISA 3AVBA 4AH9A 3L2WA 1A5VA 2X6SA 1GOAA 3G10A 2RF2A 1UAXA 4FCYA 1T8EA 3ZSRA 4Q5VA 3OYGA 1QQCA 1WSEA 1DLOA 1S9GA 1DTQA 3B6PA 4O5BA 1RDCA 2XRIA 3NAEA 3LZIA 4BE2A 4DTUA 4KI6A 4CK2A 3HYFA 1BQNA 3SI6A 4FM0A 1NK0A 3RRHA 1D9DA 3MXIA 2KZZA 4FK0A 4OKJA 2RKIA 4BDZA 1WSHA 3OYCA 1RNHA 2HHUA 2RN2A 3OJUA 4DSJA 1CZ9A 4B8CA 3ISNC 3DM2A 3O3FA 2ATQA 4FW2A 3OS1A 1WSFA 1NK9A 1NJXA 3S3MA 1RT4A 3QLHA 4IFVA 4FLVA 4E3SA 3KD5E 1RDAA 2LSNA 2YNGA 4C8OA 2KFNA 2OZSA 4CE9A 1RT7A 1TK8A 3HM9A 4J2AA 1KVAA 3VQAA 1L3TA 4M3UA 1NK7A 1VRTA 5HLFA 1VSKA 3AV9A 2ZE2A 3HPHA 4EZ9A 3ZSVA 3MEGA 1L3SA 4Z0UA 4ID1A 4Z4CA 4N5SA 1TKDA 1KFDA 2YNIA 3ZSYA 2XHBA 4ZTJA 4E19A 1D8YA 3D45A 2P1JA 4CFCA 2D0CA 4DSLA 2Z1HA 3VQ8A 1BGXT 1QSSA 5HRNA 1W0HA 3EZ5A 5EU7A 5SZTA 4CJWA 3HXMA 2HHTA 1JLGA 2ZD1A 3KK1A 4NCGA 4E7JA 4B9SA 3NGZA 4KI4A 1IKXA 3VQ9A 3VA0A 4CJEA 1L5UA 3M8QA 3L2RA 3SNNA 5J1EA 1JL1A 3DLRA 1TAUA 4HTUA 2G8UA 4CF1A 3UIQA 4CFBA 5HRSA 2X78A 1C0MA 3V1RA 4DTMA 4M3TA 3AO3A 3PX0A 4C8LA 4DLEA 4DTRA 3QNNA 2F8SA 3KLHA 1NK5A 4FJ8A 1C1BA 1U45A 4KV8A 4H4OA 4DTOA 1S1TA 1TAQA 2FC0A 4B9NA 3NGIA 3VQ7A 1VSLA 3ASMA 4N76A 3LAMA 4DS5A 1UWBA 4F4KA 5CYQA 3KLIA 3MAQA 3EYZA 1X9WA 4CJQA 4DWIA 1RBSA 4CJ4A 3SQ1A 3LPUA 3AVLA 3IG1A 4WE1A 2HW3A 4J2EA 1ZBIA 3KIOA 3BGRA 3VQCA 1SKSA 2DTUA 1DTTA 4FK4A 3I0RA 1BQMA 1VK0A 3AVGA 3C94A 4ELTA 4EP4A 3JYTA 3TAGA 1SKRA 2G8WA 1RTJA 2Z1JA 1C0UA 4PA1A 3CQ8A 3ZSOA 4EZ6A 1S9EA 3OY9A 3AA5X 2XY8A 4F3TA 3H08A 3NBPA 4I2PA 4DSEA 3DLEA 1LW0A 1U47A 4F3OA 1S1VA 5I42A 4J2BA 2JGUA 3DRSA 4CJPA 1ZBFA 4FM2A 1KCFA 4OLBA 1UOCA 4CHNA 4KB0A 4GMJB 3ZT4A 3LZJA 1QTMA 3JSMA 4JS5A 4CK1A 1CXQA 3L2QA 4KHUA 3VQBA 1U49A 1BIZA 3C6TA 3AA2A 3OYKA 3MEDA 3L3UA 2IS3A 3NF8A 3VQDA 1O1WA 4CF0A 4FLXA 4W5RA 3CM5A 4HHTA 2BGGA 4Z4EA 3U3YA 4IDKA 4ID5A 3OYMA 3TAEA 1IKYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 4MO5A 3QESA 2QK9A 1TV6A 3HZ6A 3IRXA 1WAJA 5FPEA 3MEEA 4Z4FA 1GLEG 3U6FA 4CCHA 4FOIA 5CZ1A 4LD0A 4R79A 3O5BA 2FF3B 4FJ7A 3K5LA 4JKCA 1N34K 2UXCK 2RPIA 3VENA 4DV1K 1NK8A 3SAHA 4E7KA 3CFPA 4CK3A 3RSEB 5AQFA 4M41A 4B3SK 1SZ2A 1NGGA 3DWLA 4B1WB 3QEXA 3K0SA 5HRRA 4W5TA 5JS1A 4N41A 3DLKA 4JK7A 4KPYA 4FYDA 5FROA 3OTOK 1NJIO 4I7FA 3A2FA 5AQXA 4BC5A 1U2VA 3I56N 3J8AA 3SYZA 1OH6A 1XNQK 2FSJA 5AQLA 3VF4A 4IJNA 4L3QA 2X6NA 4M7XA 2OZMA 5BRHA 4DUYK 5J2PA 1YVUA 3OVNA 1YVNA 2JWLA 3D7EO 1KAXA 2NRXA 4YOXA 4GNIA 4CVNE 1NU0A 2O8FB 5AQTA 3QIPA 1U48A 3AA3A 3MXJA 3THWB 3OYBA 1HQEA 2QWPA 2E4LA 4AHRA 4CEZA 1RGIA 3D2EB 3JXUA 1G15A 1FJGK 1QSYA 3OYHA 3T1AA 4JEPA 5AQQA 2QKKA 1K8AO 5C2DA 4FWSA 2A1RA 3HOTA 3HVRA 4BRLA 1QS4A 2HHVA 1EWRA 5AQKA 4JD2B 4E7IA 4B9LA 1IG8A 2NRZA 2ITMA 3TTFA 2YNFA 2QWNA 2W6KA 4Y1DA 1U4BA 1JCFA 4IJAA 3CJCA 4DFPA 1QVFM 4W5QA 5BPNA 2UXBK 5FDLA 5KGXA 3SUPA 2PZSA 3PSFA 1LW2A 1BCOA 2QI2A 3AVMA 3SAFA 4FJMA 5C0YA 1VQ4N 3QINA 4IKFA 2HMPA 1MU2A 4M63C 3ZSQA 1WN7A 4BE1A 4JHDA 4DTNA 1JLFA 3IDHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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