1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
1RTJA 1RT5A 3QO9A 1BCOA 4LH5A 4RW4A 4O44A 1X9SA 3G0ZA 1X1PA 1ZBFA 3THVA 2GV9A 3DOKA 2YV0X 3DYAA 1TL3A 3D45A 5KGWA 4CGJA 5HRNA 1YTUA 4FLUA 1IKYA 1G15A 4WE1A 3DLBA 2OA8A 3K5LA 3VQEA 1RT2A 5J2NA 1RT1A 1C1AA 3OYMA 1HYSA 1TL1A 1N6QA 1VK0A 1LAWA 4PA1A 1SKRA 3M8SA 4B9MA 1KTQA 3M8QA 2F8SA 1IKWA 3HSTB 3SQ0A 4FJ5A 1D9DA 4CEFA 3DM2A 3L2RA 3VQCA 3MECA 4N5SA 1XI1A 4KV8A 4DU1A 3HPOA 4DSJA 4DQSA 4BE1A 2FBXA 1XHXA 4AHRA 1HNVA 3RR8A 2HHUA 1IKVA 3CFOA 4CEZA 4NCGA 3OS0A 1WSHA 5DMRA 4KTZA 1KRPA 4CJUA 3RR7A 3RRGA 1QS4A 4IFVA 1RT6A 2X6SA 4I2QA 4FJHA 1J54A 3KK3A 4E7HA 4DS4A 2XY6A 3OJSA 4OJRA 5HRSA 1ASUA 3QNOA 3EY1A 1XC9A 3HPGA 1FXXA 2YNIA 3O3FA 3RMCA 4E3SA 1RT7A 4HHTA 1EXQA 4FJIA 2VWKA 2YHAA 4ICLA 4FK4A 3HYFA 2WONA 2XY7A 4ZHRA 3NF8A 4I2PA 4Z4CA 2KZZA 3NFAA 3KTQA 1JLFA 1RBSA 4HCBA 1ITGA 3ZSZA 2HHQA 2FBYA 1S5JA 1BISA 3SQ2A 1J53A 3DMJA 4QOZB 3H08A 3KLFA 5HRPA 4DFPA 3NH1A 3SYZA 3LDSA 4BDYA 1TAUA 3AV9A 4BWJA 3K59A 3E01A 3RMAA 5SWMA 3BGRA 4DTSA 3OS1A 3F9KA 3U3GA 3TWHA 5FDLA 3VN5A 2KFZA 1NK6A 4DU3A 4BWMA 4NYNA 3OYGA 1GOAA 4F2SA 4FZXC 1RDBA 4KTQA 2G8WA 3PY8A 3QIPA 4QCLA 2JGUA 4FM1A 3VQAA 4OPKA 2GUIA 3LP2A 3OY9A 3OYDA 3KJVA 1T03A 4KB1A 4FJ9A 3KLHA 4KHYA 4FXDA 4CIGA 2B6AA 1S6QA 3V9XA 4AHCA 4DSFA 1NK4A 3MXMA 4PQUA 4KKOA 2I5JA 4CFBA 4I9QA 3ASMA 4ZTJA 3V4IA 1DLOA 5J2QA 4B08A 3HK2A 4RW8A 4OLAA 4DQRA 3ZSWA 4E1NA 3NCIA 5J2PA 3KIOA 3NH2A 3DLHA 1SKWA 3NHGA 1X9MA 4KHNA 4YFUA 3JSMA 2YNGA 3HT3A 1LWFA 5KRSA 3V6DA 3VA0A 3QINA 2EHGA 3ZSRA 3DRSA 1I3AA 2HB5A 4CESA 4M42A 4CF2A 2ZE2A 1ASWA 4KI6A 3MXIA 1UA0A 4C8OA 4HTUA 3L3VA 1TKXA 4OKKA 3LALA 4FLVA 4DTXA 3O3GA 4GVMA 4AH9A 4E7LA 3PX0A 2OZSA 2DFHA 4AHVA 4JRQA 5JS1A 1HYZA 4F4KA 4J2BA 5I3UA 3SZ2A 1RDDA 4F3OA 3NGYA 2G8UA 3TANA 4N76A 2Q3SA 4M41A 2YHBA 4TSXA 1GOCA 4DTPA 5HP1A 3TAPA 2OPPA 1KLMA 4W5NA 4OVLA 1VSMA 3V9SA 1BHLA 1JL1A 3OYJA 4LH4A 2D0AA 3V9ZA 3OYFA 3L2UA 1U48A 3L2VA 1JLGA 3DLEA 3CFRA 3CM5A 2P5GA 2QXFA 2IOCA 2KW4A 4CIFA 4CEAA 1Z25A 4CJKA 4ELTA 4CGFA 1J9AA 3KKSA 3EYZA 4DSKA 3K57A 3PO5A 2DFFA 2IAJA 4DQPA 4K8XA 3AO4A 3RRHA 5EU7A 4DLGA 2HNZA 2IGIA 1TK5A 2Z1HA 2QKKA 2E4LA 4MFBA 3SUPA 1JLAA 1QSYA 3VQ8A 3TAQA 1U4BA 3TR8A 1TKDA 2Z1GA 3RWUA 4FYDA 5CZ2A 4B8AB 4W5QA 4FM2A 3K5OA 4FK0A 3AVMA 1QSSA 4H4OA 4B9SA 3LPTA 4LSNA 4W5OA 2VWJA 4FK2A 2HHVA 1GOBA 3VQ6A 1YTAA 4EZ9A 2PZSA 4CHOA 3HVRA 1NJYA 4M3YA 4CIEA 4CEBA 3TI0A 2XHBA 1DTQA 4KHQA 2O4GA 4DSIA 4DG1A 4KREA 2D0CA 4H8KA 1BIZA 1U04A 4O0IA 1RTDA 4E1MA 3AVCA 1EETA 2RKIA 3NBPA 4EZ6A 2A1SA 3IG1A 4M45A 4C8LA 3ZT3A 3FFIA 3HP9A 3QERA 1ZBHA 1JLBA 1RDAA 3HPHA 2O4IA 3SI6A 1NK8A 3P83D 3ZT2A 3C6UA 1W9HA 3HVTA 3MXJA 4E7JA 2YNHA 4FLWA 2OYQA 3U6FA 1NJWA 4FZYA 1F21A 4ELVA 4E0DA 2WOMA 4FLXA 3OYEA 3KD1E 2VG5A 4E19A 3LZIA 4PY5A 3ZCMA 1BIUA 1L3UA 2BDPA 2IDOA 1JKHA 3OYAA 4CJ4A 3MAQA 4DQQA 4M3ZA 4R5PA 3L2QA 2PYJA 1TKZA 4I7FA 4CF0A 4DS5A 4DTMA 4CHPA 1WAFA 3I0SA 1EKEA 2HNYA 3LZJA 3AO2A 4B9UA 4LY7A 4ELUA 1KCFA 3AVGA 2RPIA 4H4MA 2BANA 4CHQA 1UOCA 1IH7A 2XRIA 3O4NA 3WNEA 2QKBA 3AA4A 1SV5A 4O0JA 3TARA 2YKNA 3MEEA 3PUFA 2ATQA 1EP4A 4BE2A 5C42A 2FBVA 4OKJA 4DTOA 4OPJA 3I0RA 3VQDA 1JLEA 3S3MA 3F73A 2Z1IA 3I8DA 1U49A 2G8VA 3EZ5A 5KI6A 1TKTA 4JLHA 3M8RA 3U3YA 2Y1JA 3SCXA 3LWLA 4CEOA 3LWMA 2W42A 4W5RA 3LAMA 1O1WA 4FVMA 4FJMA 4LD0A 1XWLA 4IG3A 3T19A 1NK0A 4FJNA 4DTRA 1RBTA 2X78A 4HUEA 3CQ8A 1TK8A 4Z4IA 4Q5VA 3AO5A 4J2AA 3HJFA 1VSJA 4ID5A 3MEGA 1C0TA 4NYFA 3ZSVA 1NKEA 5KTQA 5CYMA 4UQGA 3LPUA 2E6LA 2NUBA 1RT4A 1TV6A 4DMNA 3K5NA 3SUOA 1D9FA 1ZBLA 1JL2A 3NF7A 2R7YA 5HLFA 2ZQBA 2DFEA 1ZBUA 3L8BA 1IKXA 4J2DA 4N41A 5D3GA 4CGGA 2G8IA 4DTJA 1C1BA 4C8MA 1NK5A 4KO0A 1BL3A 3AVBA 3DOLA 1VSHA 4DWIA 2YNFA 2HW3A 3C95A 4FJXA 4KI4A 4CK3A 2G8HA 3OYLA 3ZT1A 4FJJA 2KZMA 3HXMA 1T05A 2HMIA 3S3NA 4KPYA 4FLTA 4F8RA 1C0UA 4FLYA 1B9DA 1I39A 3OVNA 2RN2A 1WSIA 3KK2A 3SQ4A 4FJLA 1S1VA 4BE0A 3TAFA 2FC0A 5CY4A 1Q9XA 1CZBA 3VQPA 2KFNA 3VQQA 3QEXA 4CGIA 1QTMA 4CHYA 4CF1A 3OYIA 4DSEA 3DLKA 3K58A 3ULDA 4PUOA 1Z26A 1WSJA 1RT3A 4M3RA 1D8YA 4FW1A 4CJLA 5K14A 3VQ5A 3VA3A 2XO7A 1HRHA 4Z4GA 1ZBIA 1K6YA 2X6NA 2Z1JA 3AA5X 5FROA 3ZSYA 4FJGA 1S9GA 3VQBA 1LAVA 3RMDA 3SUQA 1L3SA 4CEQA 3L3UA 1Q9YA 3K5MA 3QEWA 4IKFA 2P51A 3NGZA 4QAGA 4K8ZA 3P1GA 4CHZA 3A2FA 5CYQA 3MEDA 4M3XA 5HROA 4G1QA 3PX4A 4J2EA 4B9LA 4HCCA 4CK2A 1KFDA 2BE2A 5DK5A 3ZT4A 2P1JA 5T7BA 1WNSA 3VQ4A 4KHWA 1IG9A 3B6OA 4YNQA 4CF9A 4PWDA 2G8FA 1C0MA 4CJEA 4RW6A 4Z4HA 3TABA 2RF2A 3KLEA 4MQ3A 3OYBA 1NKCA 4BDZA 5FRNA 1A5VA 4BACA 1KFSA 4IBNA 4OGEA 3WNGA 1JXEA 1VSFA 1HNIA 3DLRA 3OYCA 4B9TA 2OZMA 3AVHA 4DFMA 5FRMA 1BQNA 3K2PA 1FKPA 1WLJA 2ZD1A 3QIOA 1LWCA 4AHUA 2IS3A 1U47A 2HVHA 1HQUA 4CFCA 4XIUA 1L3VA 2E6MA 4KFBA 3IS9A 4M3UA 2YKMA 1QHTA 1NOZA 2G8KA 3DI6A 2IC3A 2HHWA 2FBTA 3ALYA 1RDCA 4RG8A 3TAGA 3ZT0A 1WSGA 3VQ9A 4CJ3A 2XY5A 5I42A 2QK9A 3LP3A 4FJ8A 1UA1A 4BDPA 3AVJA 1MU2A 4E89A 1ASVA 1D5AA 2HNDA 1DTTA 4AHTA 2Y1IA 1TGOA 4B3OA 5KGXA 3PO4A 1JLQA 4KB0A 5CZ1A 4FZZA 3ITHA 4CERA 3SQ1A 3V1RA 3AO1A 4ZTFA 2EX3A 2AJQA 1LW2A 3V9UA 3QEVA 1VSLA 1RILA 1NJZA 2PYLA 1L5UA 4HUGA 4CEEA 4CECA 5SZTA 3LP0A 2ITGA 1HMVA 2BGGA 1SUQA 3SNNA 1YT3A 3ZSOA 2OPQA 4OLBA 2KQ2A 3RMBA 1CXUA 1C1CA 3C94A 4KAZA 4CJFA 1S1XA 1QQCA 1N5YA 3VQ7A 4DLEA 3IRXA 4DFKA 4Q0BA 1UWBA 4AHSA 1WSEA 1T8EA 1KVBA 4CGHA 1BGXT 5C25A 2DTUA 5E41A 1REVA 3NE6A 4Y1DA 4E7IA 4F3TA 1LW0A 2GBZA 3CM6A 4HVJA 3NAEA 4B9VA 5JS2A 1VRTA 3S3OA 1KVCA 3LP1A 4CJ5A 3TAMA 1X9WA 1WAJA 3P5JA 1NK7A 1LV5A 1CLQA 1RNHA 2D5RA 3WNHA 2HHXA 1B9FA 5J1EA 1WSFA 1VSKA 3LAKA 1KLNA 1NJXA 5HRRA 4FJKA 4M3WA 3HO1A 2HHSA 4ID1A 3AVLA 3O4QA 4GMJB 3AA2A 4DQIA 1S1WA 5HBMA 2P5OA 2VG6A 1Q8IA 1KVAA 3V1QA 5KRTA 1VRUA 1ZYQA 3CFPA 1J5OA 4GW6A 1A5WA 2HHTA 5C24A 1WN7A 1RBUA 3KLIA 3PV8A 3SUNA 2KTQA 1CXQA 1VSIA 1FK9A 2PY5A 3KD5E 4B8CA 1VSEA 3CG7A 3DRPA 4CGDA 3D0PA 3SJJA 4DSLA 4F2RA 4B9NA 4KRFA 1QE1A 1U45A 2F8TA 3AVIA 1SL0A 1FKOA 4DTNA 3QEIA 3QNNA 4FJ7A 1BCMA 1HPZA 3IAYA 1RBRA 2LSNA 2D0BA 1A5XA 1W0HA 3BDPA 4IFYA 4CF8A 4NCAA 3M8PA 4EP4A 3OJUA 3OYNA 4Z4EA 4RW7A 4KHSA 4OGCA 2JLEA 3AVFA 4Z0UA 4C8KA 2F96A 4CJWA 2X74A 1TK0A 4CJRA 4CFAA 1R0AA 1IO2A 3HP6A 3SPZA 3SV4A 3ISNC 1S1UA 3L2WA 4W5TA 3CYMA 1JLCA 4FCYA 3UIQA 2OPRA 3WNFA 4CJTA 4L8RB 3NF6A 1LWEA 4KHUA 3AA3A 1KSPA 1CZ9A 4DF4A 4Z4FA 3KKRA 1SL2A 4O55A 3ZSQA 4CJVA 4AILC 1RTHA 3JYTA 4FLZA 2B5JA 4LSLA 1SKSA 4O5BA 3O3HA 1SL1A 3PX6A 4DFJA 1VSDA 1S6PA 3DRRA 4RW9A 3G10A 3KLGA 3T3FA 2OPSA 4CJPA 4NCBA 4HUFA 1BI4A 4JRPA 1RCHA 1S1TA 1T7PA 2DY4A 1C6VA 4CHNA 4N56A 3NH0A 4O4GA 3AVAA 1BQMA 4FM0A 3TAEA 3V1OA 3OYKA 2A1RA 3HL8A 3V9WA 3NF9A 3KK1A 3LANA 3ZSXA 2B4JA 1RBVA 3AO3A 4CEDA 1YVUA 3V81A 3QEPA 1NOYA 4Y1CA 1JXBA 1HQEA 4I9LA 3HM9A 3QETA 1NK9A 1B92A 3AVKA 3NGIA 1TVRA 1UAXA 2XY8A 4IG0A 4CE9A 3NDKA 1S9EA 4FW2A 1RTIA 1Y97A 1HJRA 3S9HA 2HVIA 1BI4B 4E7KA 3QLHA 2VG7A 4JS4A 3SV3A 1XHZA 1QSLA 3SPYA 1TAQA 4DU4A 3OS2A 1EX4A 4M3TA 4N47A 4CCHA 3RTVA 4KTWA 3QESA 3AVNA 4C8NA 3DLGA 4DTUA 2ETJA 4EP5A 4DF8A 3C6TA 5J2MA 4CJQA 4JS5A 3T1AA 3OYHA 4CK1A 1L3TA 4IDKA 4CFDA 4CJSA 1NKBA 4OKEA 3B6PA 1HYVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTJA 1RT5A 3MDQA 1BCOA 3ZEUA 2GV9A 4PKIA 1TL3A 3D45A 5KGWA 1YTUA 1DT9A 2E20A 4IWVA 5J2NA 4GVEA 1GLCG 1C1AA 3MMVA 4PA1A 4CZHA 4DR7K 4YOTA 4IJAA 4FJ5A 1D9DA 4BR0A 3L2RA 3VQCA 1XI1A 2RHKA 2HOEA 5M1KA 2HHUA 1IKVA 4BGBA 4U67L 3RR7A 3RRGA 5AQUA 3KK3A 4DUZK 1C0GA 3WEEB 3RSEB 1Q86O 4QS8A 3MCAB 5TKYA 4OPHA 2VWKA 4WCEL 5AQMA 3QDKA 4DB3A 3NF8A 1T44A 3NFAA 3KTQA 1RBSA 1JJ2M 4DUYK 4GV6A 1S5JA 5BN9A 3SAGA 3H08A 1HYVA 4BRIA 3LDSA 1TAUA 3K59A 3ATVA 3KVGA 2DPNA 3U3GA 3HZ6A 1NK6A 3LDOA 4JI7K 1GOAA 3EE9A 1RDBA 1QQMA 1Z05A 3G6EN 2VQEK 1HPMA 1T03A 4FJ9A 4KHYA 5AQJA 3QFUA 1VQ8N 4B1VA 1NK4A 1ATSA 1VQMN 4B08A 1NMDA 3G25A 4OLAA 3H1QA 3QBXA 2FSKA 3NH2A 4JI4K 5AQGA 1SKWA 4KHNA 1NG9A 1LWFA 5KRSA 4B3SK 3K9KA 5KPRA 2D4WA 2HB5A 4CESA 3UE5A 1LCUA 3GL1A 4OKKA 2E2OA 4BR2A 3LALA 2JWKA 3PX0A 2A40A 4AHVA 4JRQA 5KPTA 2YHXA 5JS1A 4F4KA 2G8UA 3FLCO 3TANA 4K0KK 2E2NA 2Q3SA 5AZJA 3PLAA 5HP1A 2ASPA 2WBNA 5A2QO 4OVLA 1VSMA 4BC5A 4V19S 3OYJA 3V9ZA 3OYFA 1U48A 4I6MA 1JLGA 3CFRA 4YHHK 2P9PB 1SQKA 2IOCA 2KW4A 4WQ5C 4CGFA 3KKSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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