1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
1RNHA 3UIQA 4LH5A 4NYFA 4FLVA 4BE2A 5CY4A 4M3RA 3AA5X 3S3NA 1C0MA 2BDPA 2F96A 3K57A 1VSFA 2D5RA 1TKXA 4E1NA 4FK2A 4CJQA 5HRSA 3CM5A 3THVA 3PO4A 4FJ7A 4M3TA 4OGCA 3QEVA 2FBXA 3RRGA 4CEZA 1JLGA 3ULDA 1A5VA 2IS3A 2HB5A 4WE1A 4LY7A 2NUBA 1HJRA 4CF9A 3LANA 4K8ZA 4DQQA 5JS2A 3AO1A 4DTMA 4DTNA 1JLCA 2XHBA 1DLOA 4CEOA 3VQ5A 4DSKA 5EU7A 3KK2A 3HXMA 3RMDA 2FBVA 1IKXA 1KVCA 4KRFA 3ISNC 4DU1A 3I0SA 3DLKA 3EZ5A 4FLZA 3MAQA 4E7LA 2YNGA 4B8CA 1WSHA 1A5XA 2JLEA 3V4IA 1X9SA 1D9DA 2HW3A 3SUOA 3A2FA 1EETA 3MXMA 1FXXA 3KKRA 3ZSRA 3ZT3A 1QSSA 1DTTA 4BDYA 2G8HA 3SI6A 3SQ4A 5HRRA 2WOMA 1SKSA 2X78A 4ZTFA 4CFAA 3NF6A 1S9EA 3AVNA 4K8XA 1KCFA 4M3XA 1HNIA 3L2RA 2YHBA 1JXBA 2PYLA 1JXEA 1B9DA 1YVUA 3HP9A 3QLHA 4MFBA 1L3VA 4KI4A 2KFZA 1SL1A 3LP2A 3VQ9A 1TKTA 1LV5A 3DYAA 3LPTA 3DRSA 4JS4A 1TK5A 4DLGA 3BGRA 3L2UA 1RT7A 4CGFA 1N5YA 1VSLA 1RILA 4FW1A 3O3FA 3DRRA 3AVHA 3EY1A 1UOCA 1J54A 3PX0A 3AVLA 4DQRA 5KGWA 3VQ8A 1C1CA 3ZCMA 3NF9A 2OA8A 1J5OA 2FBYA 1NOZA 3AO5A 4CHYA 4NCAA 1BCMA 4CJVA 3ZT1A 1L3TA 3IG1A 4ZHRA 2G8FA 2BE2A 3P83D 5CZ1A 1BQNA 2LSNA 4OVLA 3ZSZA 3KIOA 3LP3A 3HK2A 4CECA 3V9WA 3TARA 1NKBA 4B9LA 3QNNA 3CG7A 4KTQA 2HNDA 5SWMA 1R0AA 4FJNA 1KVBA 4DTUA 4QCLA 3IS9A 5C24A 2YNIA 3AVIA 1JL2A 3OVNA 3KJVA 3AO3A 4Z0UA 1UA0A 5HBMA 3O4NA 3LWMA 3QERA 1RTJA 3NH1A 2HHXA 3RTVA 1QHTA 3HM9A 5CYQA 3OYCA 3SQ2A 4Z4FA 3WNFA 3SPYA 1JLFA 4W5RA 3F9KA 1JLBA 4RW7A 2A1RA 4FJLA 1G15A 2E4LA 3OYNA 3K5MA 3VQBA 1VRTA 4HVJA 1XWLA 1D9FA 2G8KA 3BDPA 3TWHA 1RBSA 3TAFA 1IO2A 2Z1IA 1TK0A 1NK5A 4KPYA 4C8MA 1ASVA 1J9AA 4RW8A 4OPKA 3NCIA 2OZMA 1SL2A 1ZBIA 3SQ0A 4CE9A 1RDBA 5KI6A 4DTPA 2ATQA 3I0RA 4O0JA 3F73A 3V9SA 1TKDA 1WSIA 4IG0A 4CJRA 3PX6A 2HVIA 2YKMA 3CFOA 4YFUA 1L5UA 3EYZA 3QIOA 1IG9A 2OYQA 3CQ8A 4F3OA 4HCCA 3NE6A 4DTJA 1JL1A 1BI4B 1GOAA 1REVA 2Y1IA 4FJ9A 3P1GA 1Q9YA 2HHTA 4DFJA 1WLJA 4Q0BA 4OKJA 4B8AB 4Z4CA 4ELTA 2ZQBA 3HL8A 1TL3A 4FK4A 4AILC 3V81A 4HTUA 3HO1A 3NF7A 4FJHA 3ZT2A 4CIEA 4ICLA 4DTRA 3OS1A 4CJFA 4H8KA 4CJWA 3S3MA 1NKEA 3KD1E 5HLFA 3AV9A 3VQEA 3I8DA 1U4BA 4EP5A 2R7YA 3QINA 5HROA 1CLQA 4JLHA 4HUGA 4KHYA 1TVRA 4J2EA 1KTQA 1WN7A 1VSHA 2X6SA 1Z26A 1VSJA 4BDZA 1WNSA 4BE1A 3SV4A 1LAWA 3QEPA 3B6PA 1NJZA 4Q5VA 1RTHA 2Z1HA 3MEDA 4OKEA 3LWLA 3TAGA 4PUOA 3V9ZA 2OPPA 4CJKA 1WSGA 1TL1A 5KTQA 1TAUA 2IC3A 4ZTJA 5SZTA 1VK0A 4DSFA 4B9UA 3CYMA 4FW2A 3VQ7A 4AHSA 1NJWA 1U49A 3DLHA 4Z4EA 3VQ6A 4CEBA 5J2PA 3VQ4A 1TKZA 3NH2A 2WONA 3AO2A 1RCHA 3O3HA 3G0ZA 3S3OA 1QSYA 3ASMA 4M45A 3DM2A 4C8OA 4JRQA 2HHUA 4KHQA 4CERA 4OPJA 4G1QA 1KSPA 1GOBA 3HP6A 2FBTA 4FZYA 4GMJB 1C6VA 1SUQA 3PUFA 1EP4A 4CEEA 1T03A 3G10A 2OPQA 3QNOA 3CFRA 2XY6A 2OPSA 3ZSXA 1ITGA 4CK2A 4E7IA 4DWIA 1HQUA 2B6AA 4CF8A 1X9MA 5FDLA 5HRPA 5DMRA 4CGJA 4DTOA 1BHLA 3LPUA 1ZBLA 2YV0X 1VRUA 3OS2A 2D0AA 4CJ3A 4AHCA 4CJEA 2G8WA 4KB0A 4CIGA 4CEQA 2XY5A 4O5BA 4DFMA 4FJKA 2DTUA 4CHPA 2QKBA 3T19A 3OYFA 4OLAA 3ALYA 1WAJA 4LSNA 4FM1A 4E89A 3MEEA 4EP4A 4FLXA 5FROA 4NYNA 4JS5A 2G8UA 1HYZA 3AVMA 4HUFA 2AJQA 3L2VA 4BACA 4FJIA 3D0PA 1GOCA 2IAJA 5E41A 3QESA 5T7BA 3P5JA 1ZBUA 4IFVA 1K6YA 1I3AA 4DFPA 4DTSA 4KV8A 4O4GA 4RW6A 1VSKA 3HJFA 1IKYA 4M3YA 4PQUA 3L3VA 2QK9A 1LWFA 3AVJA 2W42A 4UQGA 4CGHA 1ZYQA 2KZMA 1EX4A 4KHUA 4AHUA 4Y1CA 3ZSOA 1S6PA 1D8YA 2F8TA 3DLBA 3QO9A 2O4GA 2D0BA 2P51A 4I2PA 3VQPA 4DQSA 3LDSA 4E7HA 4IKFA 4M3WA 2ETJA 4ELVA 4BE0A 4CHQA 2RPIA 4AHRA 2IDOA 1BL3A 5HRNA 1NOYA 1QE1A 3H08A 2VG5A 4IBNA 1WSJA 4KO0A 1KVAA 5C42A 2YKNA 1S1TA 3L2QA 1HMVA 2HNYA 4KI6A 2XY7A 4ELUA 4E19A 3LZIA 1RT3A 3WNGA 3M8RA 2DFHA 2ITGA 3QETA 1HYSA 1U48A 4Z4HA 1CXQA 4DLEA 3VA3A 1F21A 3HVRA 2VWJA 2Q3SA 2XO7A 4CEDA 3LZJA 4I9QA 3V9XA 3OYBA 1JLAA 1RT5A 1YTUA 4FXDA 3MXIA 1O1WA 2E6LA 4F4KA 1UWBA 4FLYA 2JGUA 5J1EA 3RMBA 3C6UA 4CHZA 1W0HA 3SJJA 1MU2A 4CJ5A 3QEWA 2VG7A 1U45A 3KD5E 5CYMA 1UA1A 4CJPA 2DY4A 1NKCA 4DF4A 1LW0A 2ZE2A 5I3UA 4C8LA 2HVHA 3QIPA 1C0UA 1YTAA 3OYMA 3C94A 1C1AA 3DOKA 4W5OA 3VQQA 3AA2A 4YNQA 1TK8A 3NFAA 4HCBA 4DQIA 1RBVA 4KHNA 1L3SA 3NGIA 1NK9A 1B9FA 4CHOA 4B9SA 4CFBA 3SQ1A 1QQCA 1TV6A 3LP1A 3T1AA 2E6MA 2P5OA 1TGOA 2RF2A 4IDKA 5K14A 4FLUA 3K59A 4QOZB 4AH9A 5HP1A 4OLBA 2XY8A 4IG3A 4AHTA 4CF0A 4N56A 1RT4A 4CF2A 3OYKA 3NDKA 5J2QA 2Y1JA 3WNEA 4E1MA 1UAXA 1XHZA 4CJ4A 2D0CA 1CZ9A 1FK9A 4DFKA 3SZ2A 3LALA 4BDPA 3KK1A 1Q8IA 3DMJA 5JS1A 3V1QA 2I5JA 1W9HA 1IH7A 3HYFA 1VSEA 4I7FA 4W5TA 1Z25A 3ZT0A 2Z1JA 3AA3A 4OJRA 1X1PA 4F2SA 4B9MA 4DQPA 4KHSA 2G8IA 2KZZA 3LP0A 2F8SA 3RR7A 4DSJA 1T7PA 3OYIA 3HVTA 2KTQA 5J2MA 3VQDA 1XC9A 4DS4A 4FJXA 4CK3A 1RT2A 2EX3A 2GV9A 4NCGA 3ITHA 4CHNA 3AVKA 3K5LA 3ZSYA 4FLTA 1KFSA 1KFDA 3V6DA 2GBZA 2XRIA 4CEAA 2YHAA 4FM2A 1HNVA 4W5NA 2OPRA 2PY5A 4FVMA 1NK7A 1FKOA 4KTWA 4DSLA 2QKKA 2EHGA 3C6TA 1BIZA 5KRTA 4FM0A 1U04A 1XI1A 1SL0A 1Y97A 4CGGA 3KK3A 4RW4A 1QSLA 1C0TA 1NJYA 2OZSA 4KKOA 3SUQA 3OYAA 1ASUA 2HHSA 1RBRA 4W5QA 1FKPA 3MEGA 4DU3A 1J53A 4GVMA 3KKSA 1RTIA 1LWCA 3TR8A 3TAEA 3SNNA 4CGIA 3KLFA 3OYJA 4OKKA 1DTQA 4BWJA 2VG6A 4CJSA 2GUIA 3DRPA 1BQMA 1BGXT 4I9LA 1A5WA 3DOLA 3QEIA 4B9VA 4F2RA 3CM6A 3U3YA 3TAQA 4M3ZA 1IKWA 4Y1DA 3TI0A 4B9TA 4FJMA 3DLEA 3U6FA 1VSIA 3MECA 5J2NA 4C8KA 4AHVA 3OY9A 4FZXC 3KTQA 3V1RA 4DTXA 2ZD1A 4CJUA 4B3OA 3AVFA 3HPOA 2Z1GA 4FJGA 3V1OA 4M3UA 3SPZA 4CJLA 4EZ9A 3OJSA 2KQ2A 4F8RA 2X6NA 1L3UA 4J2BA 3U3GA 3AVBA 2BGGA 3AVCA 1BI4A 1S5JA 3OJUA 4E7KA 4LH4A 4B08A 2X74A 3DLRA 3K2PA 4DMNA 4E3SA 4FJJA 4B9NA 4GW6A 2HMIA 4KREA 4CJTA 1N6QA 1RDCA 3KLIA 3OYLA 3K58A 4FLWA 3VQAA 4FK0A 3M8QA 1CXUA 3SV3A 1S1XA 4O55A 1QTMA 4DSIA 1RBUA 2FC0A 2B5JA 4C8NA 4TSXA 4DSEA 3SUPA 4N41A 5D3GA 3WNHA 1NK0A 5DK5A 3V9UA 1BCOA 1IKVA 1SKRA 4J2DA 4NCBA 4EZ6A 2RKIA 1ZBHA 1NJXA 3IAYA 1XHXA 1T8EA 1CZBA 1I39A 3PY8A 4RW9A 1EXQA 1KLMA 3JYTA 1Q9XA 3C95A 3TAMA 5CZ2A 2G8VA 3RRHA 1LAVA 1KRPA 4KB1A 3NF8A 3DI6A 2KFNA 1D5AA 3OYGA 3HPGA 1RDDA 1RT6A 4KHWA 4Z4IA 4DG1A 3K5NA 4JRPA 2BANA 3JSMA 5I42A 3AVGA 3RR8A 1U47A 1ZBFA 3OS0A 4Z4GA 4I2QA 4CCHA 4O0IA 3K5OA 1S9GA 5C25A 4N76A 3KLGA 3SYZA 4E7JA 3FFIA 3KLEA 3L8BA 4J2AA 3TABA 4L8RB 2QXFA 2HHQA 4FJ8A 1WSFA 4BWMA 3M8PA 1S1UA 1HPZA 4DS5A 3T3FA 4IFYA 1HRHA 4E0DA 2P1JA 4LD0A 1BISA 3NAEA 3NHGA 3DLGA 2P5GA 3SUNA 2VWKA 4PA1A 3B6OA 3HPHA 4QAGA 1JLQA 3M8SA 4CGDA 4DF8A 1C1BA 2PYJA 3VA0A 4ID1A 3ZSQA 3PV8A 1JLEA 3OYDA 5FRNA 4LSLA 2A1SA 3TAPA 1HQEA 3KLHA 4HUEA 4CIFA 5KRSA 1S1VA 1WSEA 2YNFA 3PO5A 4FYDA 4CESA 3L3UA 1VSMA 3RMCA 2HNZA 3IRXA 3LAKA 2YNHA 4KTZA 1NK6A 1LWEA 1T05A 2KW4A 1RBTA 1VSDA 3CFPA 4FZZA 4F3TA 3AA4A 4OGEA 4M42A 3HSTB 1RT1A 1NK8A 3RWUA 3OYEA 4ID5A 3VN5A 4R5PA 3NGZA 4N47A 3RMAA 3ZSWA 5FRMA 3ZT4A 1KLNA 2B4JA 2IGIA 4KFBA 1LW2A 2DFEA 1JKHA 4O44A 3VQCA 3OYHA 1X9WA 4CEFA 3D45A 4M41A 2PZSA 4DU4A 4FJ5A 3AO4A 2HHWA 1S1WA 4KAZA 3AVAA 3QEXA 2RN2A 1RDAA 1NK4A 5KGXA 3NH0A 1HYVA 1B92A 1TAQA 3HT3A 4CFCA 3S9HA 1SKWA 3MXJA 1SV5A 3SCXA 3LAMA 4CK1A 2HHVA 3O3GA 3E01A 4CF1A 4PWDA 3NGYA 2O4IA 1EKEA 3PX4A 1QS4A 1YT3A 4FCYA 2IOCA 4MQ3A 4PY5A 4CFDA 4H4OA 1WAFA 4HHTA 3TANA 1RTDA 2DFFA 3O4QA 1BIUA 4H4MA 4XIUA 1ASWA 1S6QA 4RG8A 4N5SA 3L2WA 3NBPA 3ZSVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RNHA 2V52B 2VWBA 3IDHA 4A2AA 1DT9A 4FLVA 4BE2A 3GDQA 3S3NA 1C0MA 4JYAK 2JWLA 2F96A 2ITMA 1VSFA 2D5RA 3THVA 4OGCA 1JLGA 2HB5A 4PL7A 1MWMA 4WF9L 3KK2A 2FBVA 1IKXA 4LFAK 3AAQA 4IZ9A 3LDOA 4BRNA 1D9DA 2JLEA 1SZ2A 2HMPA 3SUOA 1EETA 3MXMA 3CCRN 1DTTA 4BDYA 2G8HA 4A57A 5HRRA 2UUCK 1XMOK 4A59A 4GY2B 2YHBA 1JXBA 2PYLA 5AQSA 3HP9A 3QLHA 1L3VA 4C23A 4KI4A 2ASOA 3THWB 4CGFA 1N5YA 2I7PA 4ILGB 4H03B 4FWOA 3PX0A 4DQRA 2OA8A 3H3NO 4JKFA 3AO5A 2YJEA 4CJVA 3KK7A 2CGKA 4CD3A 1NMDA 4ZHRA 4DR7K 3P83D 2QWMA 4H5NA 5M1FA 1VQPN 4OVLA 2QI2A 3LL3A 3TARA 3WT0A 3C7NB 3DAWA 4FJNA 3AARA 1JL2A 3DXMA 3AO3A 2HOEA 2O8BB 3QERA 3LWMA 2HHXA 2QWOA 3RTVA 2RE2A 2ZGYA 1QHTA 1CZAN 3SQ2A 4Z4FA 4H5VA 4GKJK 2FLOA 1JLFA 3LDLA 3MN7A 2A1RA 4FJLA 1G15A 5GINA 1ATNA 2E4LA 3K5MA 3CMEN 3PIOL 3CCSN 1WUAA 3MMVA 3TAFA 2Z1IA 3CC2N 2QXLA 2VCPA 4JD2B 1QHAA 4DTPA 2ATQA 2QWLA 4O0JA 4IG0A 4CJRA 1GLEG 1NWKA 2YKMA 4YFUA 1L5UA 4HCCA 2OYQA 1IG9A 3CQ8A 3NE6A 4DTJA 1JL1A 1BI4B 1GOAA 1REVA 2Y1IA 2CH5A 3P1GA 4DFJA 1WLJA 4JI7K 4Q0BA 2E2QA 4ELTA 3MCAB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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