The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
91
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structure length |
91
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Chain Sequence |
b'GSSGSSGLSNGQGSRVLHVVQTLYPFSSVTEEELNFEKGETMEVIEKPENDPEWWKCKNARGQVGLVPKNYVVVLSDGPALHPAHSGPSSG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of the human cytoplasmic protein NCK2
rcsb |
| molecule keywords |
Cytoplasmic protein NCK2
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
7
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JM8 A; 4RTY A; 2J6K A; 1YP5 A; 2KBT A; 3VS2 A; 2GQI A; 3NHN A; 1BU1 A; 2LP5 A; 1KFZ A; 2KNB B; 3IQL A; 2KE9 A; 5GJV B; 2CUD A; 4OMO A; 4E6R A; 3ULR B; 1AOJ A; 4GBQ A; 2EKH A; 1K4U S; 2DJQ A; 4AG1 C; 4AFS C; 4Z8A A; 4OML A; 2RQT A; 3ZL7 C; 1GBR A; 3H41 A; 2LQW A; 1UDL A; 2K2M A; 2SEM A; 3CQT A; 2A37 A; 2BTT A; 2DL5 A; 2J6F A; 1SSH A; 1GL5 A; 2EGE A; 2FG0 A; 1YWP A; 5ECA A; 2CSQ A; 1AZG B; 1ZUU A; 5IXF A; 2LJ1 A; 3M0S A; 1WDX A; 2RPN A; 2RF0 A; 1QKX A; 2EQI A; 4RTV A; 4QT7 A; 2KRN A; 2D8H A; 3H0H A; 2KRM A; 4R0K A; 1SRL A; 1MV3 A; 2ENM A; 3NPF A; 2MIO A; 2KRO A; 4KRT A; 2AKL A; 3NMZ C; 1PKT A; 2DBK A; 4WCI A; 3EG0 A; 2DMO A; 5HCK A; 1ARK A; 5FWC A; 4ESR A; 2D1X A; 2YSQ A; 1PHT A; 1E7O A; 4J9E A; 2H8H A; 1TUD A; 2J05 A; 2LCS A; 1B07 A; 2JM9 A; 1PRM C; 1UGV A; 1WLP B; 2RQU A; 2FRW A; 2L3Q A; 4HVV A; 1GCP A; 3M0T A; 1RI9 A; 2HDA A; 1UUE A; 2DL8 A; 1G2B A; 4AFU C; 2D8J A; 2EGC A; 5FWB A; 2L3S A; 2JS2 A; 1VYT A; 2NWM A; 2ECZ A; 2XMF A; 3U23 A; 3VS1 A; 4CC2 A; 1UTI A; 3R6N A; 4HVW A; 1YNZ A; 4OMN A; 1NLO C; 2KXD A; 2YUO A; 2W10 A; 2JT4 A; 1M8M A; 2RQR A; 2IIM A; 2A28 A; 1CSK A; 2YUN A; 4IIM A; 3UA7 A; 1AEY A; 1T3S A; 2O9S A; 2RQW A; 5IHN A; 4J9H A; 1ZUY A; 4OMM A; 4RTX A; 1JO8 A; 4AG2 C; 1AWO A; 2LJ0 A; 1OOT A; 1WIE A; 1PKS A; 1PNJ A; 4JJD A; 3UA6 A; 1A0N B; 3GBQ A; 2F2V A; 2HCK A; 3I5R A; 2EPD A; 1I0C A; 4J9C A; 1K1Z A; 1ZUK A; 2X3X D; 1GCQ C; 1JXO A; 3M0R A; 4J9G A; 2BZX A; 2CRE A; 2VWF A; 2MCN A; 1FYN A; 2LMJ A; 2CT3 A; 2YDL A; 2LZ6 B; 1B3Q A; 2LJ3 A; 2A08 A; 1YCS B; 1UJ0 A; 1WFW A; 5IH2 A; 2ED0 A; 4CC4 B; 1K9A A; 4RTT A; 2SRC A; 2CH4 A; 1AVZ C; 1OPL A; 4JJC A; 2K9G A; 2AZV A; 3RNJ A; 2FPE A; 1KIK A; 2DRM A; 4D8K A; 2YUQ A; 1ZLM A; 5GJW B; 1S1N A; 2P4R A; 4JZ3 A; 4F17 A; 5IHK A; 1IO6 A; 2M51 A; 4K11 A; 5I11 A; 1Z9Q A; 3EHR A; 1RLP C; 3M0U A; 1SHF A; 1MUZ A; 3EGU A; 2GGR A; 2NUZ A; 1X6B A; 2DL3 A; 1NM7 A; 1QLY A; 1BBZ A; 2FRY A; 2AZS A; 2OJ2 A; 2JXB A; 2V1R A; 3RBB B; 1K76 A; 2K3B A; 1WXU A; 2FEI A; 3UF4 A; 3TVT A; 2L2P A; 4LUE A; 1AD5 A; 3UAT A; 1NEB A; 2ROT A; 3FJ5 A; 1NG2 A; 2CH4 W; 1WA7 A; 5I22 A; 1NYF A; 2ED1 A; 1WXT A; 1KJW A; 1JQQ A; 1I1J A; 1K0S A; 2YT6 A; 2M0Y A; 3KFV A; 1W70 A; 3VS7 A; 4J9F A; 4Y92 A; 3VRZ A; 2DIL A; 2O2O A; 3JV3 A; 2DF6 A; 1KSW A; 2KRS A; 2GTJ A; 4D8D A; 3REB B; 1TUC A; 3I35 A; 2PZ1 A; 2G6F X; 3EG3 A; 1V1C A; 3VRY A; 2EYY A; 1ABQ A; 1JXM A; 2KYB A; 2RNA A; 4LE9 A; 4RTZ A; 2DE0 X; 1GFD A; 1WX6 A; 4AFQ C; 1UEC A; 1JU5 C; 2YUP A; 1AWX A; 2VVK A; 2EVR A; 2PTK A; 2EGA A; 1BB9 A; 1QKW A; 2KEA A; 1U3O A; 1T0H A; 4OMQ A; 1UHC A; 4J9I A; 5L23 A; 1G83 A; 3I9Q A; 1XOV A; 3REA B; 4RTU A; 1Y0M A; 2HSP A; 3A98 A; 2RN8 A; 2ESW A; 2RQV A; 2DYB A; 4HXJ A; 4F16 A; 2EBP A; 4GLM A; 1RLQ C; 3C0C A; 1SEM A; 2DL4 A; 4JPB W; 1JEG A; 1X43 A; 1U5S A; 1MV0 B; 3I5S A; 2J7I A; 2C0I A; 2CT4 A; 2LNH B; 3VS4 A; 2LQN A; 2KGT A; 3SEM A; 2EYX A; 2JMC A; 1GCQ A; 2JTE A; 3H0F A; 2F2W A; 3PVQ A; 3M0P A; 2I0N A; 1OV3 A; 1GRI A; 1GBQ A; 2K6D A; 3EG1 A; 4LNP A; 1WYX A; 3PE0 A; 2E5K A; 5IHI A; 4M4Z A; 1X2Q A; 4EIK A; 1SRM A; 1YN8 A; 1NYG A; 1QWE A; 3TSZ A; 3PVL A; 3LH5 A; 1BK2 A; 4X1V A; 1M3C A; 1VYU A; 2ABL A; 4J9D A; 2D0N A; 2AKK A; 2CSI A; 1WXB A; 1Y57 A; 1N5Z A; 2BZY A; 2KYM A; 1NEG A; 2GBQ A; 1T0J A; 2GTO A; 1QCF A; 1ZBJ A; 2FPD A; 2L0A A; 4J9B A; 1E6G A; 1M3A A; 1E6H A; 2MOX A; 3VS0 A; 3QWY A; 4HVU A; 4IIO A; 2EYW A; 5IXB A; 2OAW A; 1H8K A; 1M30 A; 2O31 A; 1X2K A; 2V1Q A; 1EFN A; 4LUD A; 1M3B A; 1UFF A; 2DA9 A; 1GFC A; 2PNI A; 1NLP C; 2DRK A; 2L3P A; 3QWX X; 1I07 A; 4LN2 A; 2B86 A; 1HJD A; 2K79 A; 3SHW A; 4FSS A; 2JMA A; 3NGP A; 1YWO A; 2ROL A; 2DBM A; 4Z89 A; 3VS5 A; 1OPK A; 2FPF A; 3EHQ A; 1M27 C; 2LX7 A; 2CUB A; 2C0T A; 2CDT A; 1W1F A; 2AK5 A; 3VS6 A; 2KXC A; 3THK A; 2EYZ A; 4CC7 A; 2O88 A; 3H0I A; 1W6X A; 3EG2 A; 1X6G A; 1PWT A; 1H92 A; 1ZX6 A; 2KR3 A; 1AZE A; 1J3T A; 3O5Z A; 2FO0 A; 1UJY A; 1PRL C; 1U06 A; 2GNC A; 2J6O A; 1SPK A; 1OEB A; 2JS0 A; 3M0Q A; 4AFZ C; 1HD3 A; 2J06 A; 5FW9 A; 2O9V A; 4RUG A; 4CC3 A; 2W0Z A; 2C0O A; 4ZNX A; 1CKA A; 1LCK A; 4JZ4 A; 2DL7 A; 4RTW A; 1RUW A; 1VYV A; 2HEQ A; 2JW4 A; 2RMO A; 1K0X A; 1ABO A; 2BZ8 A; 4OMP A; 4ORZ A; 4A63 B; 2VKN A; 3VS3 A; 5EC7 A; 1T3L A; 2A36 A; 1H3H A; 1X27 A; 1Z9Z A; 2DX1 A; 3TSW A; 4F14 A; 1VA7 A; 1UHF A; 1SHG A; 4JJB A; 1FMK A; 2KT1 A; 1HSQ A; 2DLP A; 1X69 A; 2DVJ A; 2EW3 A; 2KT8 A; 2OI3 A; 4Z88 A; 1CKB A; 2F2X A; 1TG0 A; 4DEY A; 1UG1 A; 2HBW A; 2QDL A; 2DNU A; 2DM1 A; 1AWJ A; 1UE9 A; 2K7A A; 1AWW A; 1WI7 A; 2X3W D; 4HCK A; 1QWF A; 1ZSG A; 4DEX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YJ9 A; 1I4K 1; 3E19 A; 8ATC B; 4LDW A; 1YP5 A; 4OB1 B; 3NHN A; 1M90 C; 2LP5 A; 2KNB B; 2WAC A; 4C8Q F; 4IUU A; 2QA4 Q; 3QJY A; 2DJQ A; 4PLI A; 4AG1 C; 4AFS C; 4C0G A; 4OML A; 1HYO A; 1GBR A; 3H41 A; 1UDL A; 1Y96 B; 4M77 F; 5LJ5 e; 3CQT A; 1RAA B; 2LRQ A; 1PSE A; 4C92 D; 1Q82 C; 2A37 A; 4EDU A; 2DL5 A; 4XTZ A; 1M2V B; 1R8O B; 1GL5 A; 2EGE A; 3JCM c; 2QK0 A; 5IXF A; 1WDX A; 1NJI R; 3RKX A; 3V8L A; 4EMH A; 3L42 A; 4XTX A; 5KCO A; 1KQS A; 2NUT B; 2DD4 A; 4QT7 A; 4ZN3 A; 2X4W A; 4HCC A; 1R0C B; 3H0H A; 2KRM A; 3CCJ T; 1D1B A; 1SRL A; 2KRO A; 2C06 A; 1PKT A; 3QO3 A; 2QAS A; 2DMO A; 1ARK A; 4TVR A; 3JSC A; 5FU7 B; 5A0D A; 5GMK i; 4A53 A; 2M02 A; 1YBY A; 2OTJ A; 1PHT A; 2BIV A; 1RAC B; 1B07 A; 2JM9 A; 1PRM C; 4HVV A; 2RJF A; 2BE7 D; 1GCP A; 4M78 C; 2GCX A; 2HDA A; 1M5Q 1; 3A8M B; 4F04 B; 4M75 E; 1YIT T; 4RMO A; 5FWB A; 2JS2 A; 4A4H A; 1TOV A; 2ECZ A; 3U23 A; 2Y4X A; 3NTI A; 4HVW A; 5CR2 A; 2GFA A; 4OMN A; 2KXD A; 2EYQ A; 1YJN T; 2W10 A; 2JT4 A; 2YLB A; 2RQR A; 2IIM A; 1ZSZ C; 1CSK A; 2YUN A; 2RJE A; 4IIM A; 2FL7 A; 2K5F A; 1T3S A; 2XDP A; 4J9H A; 3C12 A; 3VJP A; 4RTX A; 1JO8 A; 1D0Z A; 1AWO A; 1VQ4 T; 1RAI B; 4IUV A; 4E7L A; 3EFR A; 2LJ0 A; 2DXU A; 3HP9 A; 1PNJ A; 4JJD A; 3UA6 A; 1VQ6 T; 3CCQ Q; 2F2V A; 3I5R A; 3J81 E; 4BE1 A; 3X24 B; 3G6E T; 1Y07 A; 1B34 A; 1GCQ C; 1JXO A; 2L3R A; 4M7D D; 2MPX C; 1SSF A; 3RKW A; 3CC4 Q; 2MCN A; 1FYN A; 3CCR A; 2XDD A; 2LZ6 B; 3EAE A; 4JRP A; 2OX7 A; 5CQX A; 1WFW A; 1WHJ A; 1K9A A; 3QZ5 B; 2ZPH B; 6AT1 B; 2RK2 A; 4RTT A; 1AVZ C; 3OW2 P; 4KUL A; 1YI2 T; 2DRM A; 3FDR A; 4D8K A; 4F7U G; 4FM4 B; 5J3B A; 4ZN1 A; 4JZ3 A; 2LCL A; 1TS9 A; 3BY7 A; 1VIE A; 1Z9Q A; 3C94 A; 3M0U A; 4M7A E; 1M1F A; 5KE2 A; 1SKU B; 2A3L A; 1BBZ A; 1JJ2 P; 4JLG A; 3OS1 A; 4KH0 B; 1Q81 C; 1FX7 A; 1RI0 A; 1M9S A; 2DXT A; 3FJ5 A; 1NYF A; 2ED1 A; 5GAN 2; 4C5E A; 5KYY B; 2LQK A; 1P92 A; 1VQ8 T; 4WF2 A; 1I5O B; 4J9F A; 3JV3 A; 1S72 A; 1IGU A; 2DZ9 A; 4D8D A; 4ZTF A; 2HAX A; 1F1B B; 1PCX A; 4IUT A; 3VRY A; 1ABQ A; 2MI6 A; 4M75 F; 4ZGE B; 2KYB A; 4Z02 A; 1KC8 U; 2Y4Y A; 1N8R U; 4M78 A; 2LNV A; 1VQ5 T; 4IKF A; 4LD6 A; 1GFD A; 1MGQ A; 3OYL A; 4AFQ C; 1UEC A; 2YUP A; 3DB3 A; 1VQM T; 5FRN A; 4C92 C; 2FZG B; 4KT0 E; 3CD6 A; 1U3O A; 5KE3 A; 3OW2 A; 5IAY A; 3CME T; 3G71 A; 2YLC A; 3RR6 A; 1M90 U; 1NJI C; 4WTO B; 4RTU A; 1Y0M A; 1AHJ B; 1M2O A; 2HSP A; 2E4H A; 1MNE A; 2RB6 A; 2RI3 A; 3A98 A; 2RN8 A; 1YHQ A; 4IUP A; 5C6S A; 2V8I A; 4HT8 A; 2R58 A; 3LH0 A; 4HXJ A; 3MEW A; 1RLQ C; 4GLM A; 3C0C A; 3RER A; 1XJW B; 1JEG A; 1MV0 B; 2VUB A; 1Q82 U; 2C0I A; 3CC2 A; 4LDY A; 5GAO n; 3SEM A; 1GCQ A; 2K5L A; 3KUF A; 3X26 B; 3OSS C; 2FHD A; 3H0F A; 1OU9 A; 3MCA B; 3PVQ A; 2QEX A; 2K5I A; 3X28 B; 1OV3 A; 2QQ9 A; 4LNP A; 1WYX A; 4BD3 A; 4M4Z A; 2LQ8 A; 4EIK A; 2E3H A; 1SRM A; 2DET A; 4EMK C; 3TSZ A; 1BK2 A; 5HK3 A; 2XU8 A; 3VUZ A; 1M3C A; 4PJO B; 2ABL A; 3C4S A; 4M7A F; 4M7A B; 1Y57 A; 1N5Z A; 3JCM e; 2MWO A; 5AT1 B; 2O4X B; 3CCR Q; 4XQ3 A; 2GTO A; 3JCM X; 2L0A A; 4LDU A; 1MMD A; 4C0F A; 4J83 A; 3VS0 A; 3OMG A; 2X4Y A; 2EYW A; 3G7Z A; 1G3W A; 5GMK m; 2O31 A; 2V1Q A; 1I5L A; 1EFN A; 5GAN e; 1UFF A; 2RH2 A; 4PFP A; 2PNI A; 3QWX X; 2E41 A; 4LN2 A; 2B86 A; 4N4H A; 3SHW A; 4A4F A; 1D0X A; 3BDL A; 1WZO A; 4Z89 A; 3VS5 A; 3HSB A; 4MZT A; 3EHQ A; 3SD4 A; 4M7D C; 2NUP A; 3OSV A; 2COW A; 2DFU A; 2LX7 A; 3EGX A; 1IZ6 A; 1W1F A; 4X34 A; 4CC7 A; 3S6W A; 4MZM A; 4F7U E; 3MKD A; 3LWH A; 2X51 A; 1YIJ T; 3QYH B; 2VYT A; 3MEV A; 1M4Z A; 3OMC A; 5LL6 S; 4QVZ A; 2FO0 A; 5GAO l; 1U06 A; 3OBY A; 1EIF A; 2MK5 A; 2HSE B; 3TRE A; 3ASK A; 1SPK A; 1OEB A; 5LJ5 f; 2J06 A; 2BUD A; 4CC3 A; 4JZ4 A; 1S72 Q; 2E1H A; 1VYV A; 2HEQ A; 4P5N A; 3I55 A; 1WNL A; 4FSX A; 5GAN 4; 1VQ7 T; 1X6O A; 4OMP A; 4ORZ A; 4L6V 5; 1AT1 B; 3SWN B; 5FU6 C; 1T3L A; 2EQJ A; 4MMK A; 1X27 A; 1Z9Z A; 2DX1 A; 4F14 A; 1SHG A; 2V26 A; 1U8R A; 2XG8 D; 5I2M A; 3NTK A; 3CD6 Q; 3FC3 A; 2DLP A; 4O5V A; 2VC8 A; 2VXF A; 4Z88 A; 2X4X A; 1CKB A; 1TG0 A; 1UG1 A; 3TQ7 P; 3G71 Q; 2VV5 A; 4J7I A; 2HBW A; 3P8D A; 3CC7 A; 3X20 B; 2CGH A; 1UE9 A; 5KYU A; 3TEE A; 2X3W D; 4RKU E; 1YHQ Q; 4DEX A; 4RTY A; 1H64 1; 5KYW B; 4XU3 A; 3VS2 A; 5DM7 R; 1KFZ A; 1QVG P; 1Q81 U; 3P8B B; 3CCU A; 2JN0 A; 3IQL A; 9ATC B; 5GJV B; 1ZHI A; 3BFM A; 1AOJ A; 4GBQ A; 2V8K A; 3JCM d; 3CC2 Q; 1RAE B; 1UGQ B; 4A54 A; 3LX7 A; 2RQT A; 1QCN A; 3ZL7 C; 3JCM Q; 2DEU A; 2K2M A; 2QEX Q; 1G3T A; 2IPO B; 4BI8 B; 2DPP B; 2E64 A; 4M78 G; 2CS7 A; 4J6W A; 3V7S A; 1SSH A; 4C8Q C; 2FG0 A; 1MMG A; 3M0S A; 3OYF A; 5FRM A; 2JNG A; 2RPN A; 2QAZ A; 3D7S B; 2RF0 A; 1N9R A; 2DVE A; 4M77 C; 1KQ2 A; 3NPF A; 4KRT A; 2E12 A; 3EFO B; 3JB9 I; 4F7U F; 2DBK A; 2KK4 A; 1NJI U; 1WJS A; 1D0Y A; 2YSQ A; 3UDC A; 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