The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
93
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structure length |
93
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Chain Sequence |
b'GSSGSSGTNWASGEDDHVVARAEYDFVAVSDEEISFRAGDMLNLALKEQQPKVRGWLLASLDGQTTGLIPANYVKILGKRRGRKTIESGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of mouse peroxisomal biogenesis factor 13
rcsb |
| molecule keywords |
peroxisomal biogenesis factor 13
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| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| total genus |
7
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| structure length |
93
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| sequence length |
93
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YCS B; 4AFS C; 3UA7 A; 2KRM A; 2DX1 A; 4EIK A; 2DRK A; 1B07 A; 3EG0 A; 1GBR A; 1WX6 A; 2A37 A; 2MOX A; 4Z8A A; 1ZUK A; 2FEI A; 2J7I A; 3UA6 A; 3VRZ A; 2EW3 A; 3M0T A; 1GL5 A; 2FRW A; 3VS1 A; 2LZ6 B; 4ZNX A; 2FPD A; 2DL7 A; 4J9D A; 1U06 A; 2DL5 A; 1AZE A; 3CQT A; 1PRL C; 4LNP A; 2J06 A; 1WIE A; 2J05 A; 2LCS A; 1T3S A; 2GBQ A; 4AG2 C; 1NLO C; 4RTT A; 5IHK A; 1OPL A; 2JMC A; 1M3C A; 2ED1 A; 2DNU A; 2EYW A; 2KRN A; 3VS3 A; 1KFZ A; 4HCK A; 2J6O A; 3A98 A; 5FWC A; 2YUP A; 1Z9Z A; 5FWB A; 2VKN A; 2CSQ A; 1M3A A; 3NMZ C; 2JM8 A; 2OI3 A; 4J9F A; 1VYV A; 1E7O A; 1UHC A; 1ZLM A; 1FMK A; 1WXB A; 1UDL A; 1A0N B; 2KT8 A; 2K2M A; 1PKT A; 2MCN A; 3SHW A; 2K79 A; 1K4U S; 2YUO A; 2GNC A; 2NWM A; 2RQR A; 1S1N A; 1K76 A; 3KFV A; 3LH5 A; 2ED0 A; 2PTK A; 1H3H A; 3EG1 A; 1NEG A; 1MV0 B; 2C0T A; 1YP5 A; 4F17 A; 1N5Z A; 3PVL A; 1WXU A; 1QKW A; 1Z9Q A; 2L3Q A; 1BU1 A; 5IHI A; 1AVZ C; 1K1Z A; 4LUE A; 1GCQ A; 1OOT A; 1JXO A; 3UF4 A; 1X27 A; 4OMO A; 1T0J A; 1SSH A; 1JO8 A; 1M3B A; 1UJ0 A; 4AFZ C; 1QLY A; 4X1V A; 2CDT A; 1OEB A; 1ZSG A; 3H0I A; 2V1Q A; 4RTY A; 1JU5 C; 3VS0 A; 2A36 A; 1H8K A; 2JS2 A; 2D8H A; 4Y92 A; 2GTO A; 1NM7 A; 1HD3 A; 3IQL A; 2FG0 A; 3U23 A; 4F14 A; 2XMF A; 2YUN A; 2HSP A; 2IIM A; 2JXB A; 2RQW A; 3ULR B; 1X43 A; 3EHQ A; 2FPE A; 2NUZ A; 1M8M A; 3I5S A; 2DRM A; 2KBT A; 1UJY A; 4RUG A; 1E6G A; 1NEB A; 4D8D A; 2EKH A; 1UTI A; 3R6N A; 2DL4 A; 5IH2 A; 4RTZ A; 2M51 A; 2KXC A; 4HXJ A; 2EGE A; 2CRE A; 2FRY A; 2DIL A; 2KE9 A; 1AOJ A; 4Z89 A; 2OJ2 A; 4RTV A; 1WLP B; 4CC4 B; 1VYU A; 2O31 A; 2PNI A; 2RNA A; 3THK A; 1ABO A; 2CT4 A; 4WCI A; 1T3L A; 2FO0 A; 1BB9 A; 1T0H A; 2KYM A; 2LQN A; 1U3O A; 2ROT A; 4J9E A; 1NG2 A; 2A28 A; 3VS4 A; 1ABQ A; 1H92 A; 2DE0 X; 2V1R A; 1PNJ A; 2ENM A; 4ESR A; 2KT1 A; 1BK2 A; 1WFW A; 4K11 A; 4LN2 A; 2HCK A; 2KEA A; 4IIM A; 4OMM A; 4CC7 A; 1GCQ C; 2ROL A; 1AZG B; 1AEY A; 2DL3 A; 2CH4 W; 2A08 A; 1PWT A; 1QWF A; 1FYN A; 2DLP A; 3H0F A; 2BZ8 A; 2X3W D; 1GFC A; 2L0A A; 2OAW A; 2LP5 A; 2W0Z A; 1GBQ A; 3EG3 A; 1X69 A; 2EGA A; 1V1C A; 1W70 A; 1PKS A; 4J9G A; 1PHT A; 4JJC A; 1NLP C; 4ORZ A; 1AD5 A; 3QWY A; 2C0I A; 2DM1 A; 3JV3 A; 2L3P A; 5IHN A; 1VA7 A; 2DBM A; 2B86 A; 3M0R A; 2DYB A; 2EBP A; 2CUB A; 1KSW A; 3REA B; 1ARK A; 3VRY A; 1UFF A; 2LMJ A; 2BZX A; 1WXT A; 2FPF A; 2K3B A; 1GCP A; 2D1X A; 2F2W A; 1X2K A; 2HEQ A; 3EHR A; 2LQW A; 4HVW A; 5HCK A; 2ECZ A; 1BBZ A; 5I22 A; 2GQI A; 1UEC A; 2QDL A; 5EC7 A; 2L2P A; 2GGR A; 3EGU A; 3SEM A; 1EFN A; 5L23 A; 1UE9 A; 4F16 A; 2KXD A; 2O9V A; 4DEX A; 3QWX X; 2LNH B; 2W10 A; 2F2X A; 2RQT A; 2RMO A; 1RI9 A; 2LJ3 A; 2AZV A; 1M30 A; 2HBW A; 4OMN A; 3UAT A; 2O2O A; 3C0C A; 2AKL A; 4JZ3 A; 1ZUY A; 1I1J A; 3I35 A; 2K7A A; 2EYY A; 4J9B A; 1QKX A; 1TUC A; 1QCF A; 2BTT A; 2F2V A; 2AK5 A; 2RPN A; 2O88 A; 2H8H A; 1X6G A; 2KR3 A; 2ESW A; 1KJW A; 2DA9 A; 1VYT A; 2EYZ A; 1U5S A; 2LX7 A; 3TSW A; 1RLP C; 2KGT A; 1J3T A; 2KNB B; 2RN8 A; 2EGC A; 1SRL A; 2JS0 A; 2SRC A; 1HJD A; 2C0O A; 4FSS A; 3M0U A; 1JXM A; 3M0S A; 2X3X D; 2CT3 A; 1G2B A; 2SEM A; 3M0P A; 4JJB A; 3H41 A; 1X2Q A; 4CC2 A; 1AWO A; 1XOV A; 1SHG A; 1Y57 A; 2RQU A; 2DL8 A; 1LCK A; 1SEM A; 1ZX6 A; 1WI7 A; 4OMP A; 1MV3 A; 4KRT A; 2EQI A; 1OPK A; 1UHF A; 4Z88 A; 4JPB W; 3ZL7 C; 2D8J A; 4D8K A; 2P4R A; 5ECA A; 2CH4 A; 2DF6 A; 1I07 A; 2RQV A; 4J9C A; 3RBB B; 1K0S A; 1AWX A; 1PRM C; 3PVQ A; 2EVR A; 1TUD A; 2KRO A; 1SHF A; 3O5Z A; 1UGV A; 1MUZ A; 3TSZ A; 4A63 B; 1JEG A; 1B3Q A; 4OMQ A; 1M27 C; 1YWO A; 1RUW A; 1GFD A; 1X6B A; 5FW9 A; 2JM9 A; 4LE9 A; 4QT7 A; 1CSK A; 2DMO A; 1GRI A; 2KRS A; 2LJ1 A; 4JZ4 A; 1UG1 A; 4HVV A; 4J9H A; 1I0C A; 4RTX A; 2VVK A; 3I5R A; 2EPD A; 3NHN A; 2DVJ A; 1G83 A; 2VWF A; 2JT4 A; 4DEY A; 3VS7 A; 5GJW B; 1WDX A; 3TVT A; 2I0N A; 1AWW A; 3EG2 A; 3I9Q A; 2CSI A; 1IO6 A; 2JMA A; 1YWP A; 4AG1 C; 3PE0 A; 4GLM A; 1E6H A; 4R0K A; 1WYX A; 4E6R A; 2ABL A; 2RF0 A; 1K9A A; 2J6F A; 1KIK A; 1YN8 A; 2YT6 A; 4M4Z A; 1SRM A; 4AFQ C; 1NYF A; 2YUQ A; 3M0Q A; 3NPF A; 2K6D A; 3FJ5 A; 2MIO A; 1Y0M A; 1K0X A; 5GJV B; 5I11 A; 2YDL A; 1CKA A; 4LUD A; 1WA7 A; 2DJQ A; 2L3S A; 2JTE A; 3H0H A; 2D0N A; 1ZUU A; 2GTJ A; 3REB B; 1UUE A; 4HVU A; 1YNZ A; 1W1F A; 4OML A; 2AZS A; 2YSQ A; 3VS6 A; 2JW4 A; 2DBK A; 4GBQ A; 2EYX A; 2J6K A; 1AWJ A; 1NYG A; 1TG0 A; 4AFU C; 4CC3 A; 1ZBJ A; 2CUD A; 1JQQ A; 4RTW A; 3GBQ A; 2G6F X; 2AKK A; 2LJ0 A; 1W6X A; 2PZ1 A; 5IXF A; 1CKB A; 2HDA A; 4IIO A; 3VS2 A; 1QWE A; 2O9S A; 4RTU A; 4J9I A; 1HSQ A; 2BZY A; 1OV3 A; 2KYB A; 3RNJ A; 2K9G A; 5IXB A; 4JJD A; 3NGP A; 2M0Y A; 1RLQ C; 3VS5 A; 1SPK A; 2E5K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UA7 A; 2DX1 A; 2DRK A; 1X75 C; 2A37 A; 1VQ7 Q; 4E47 A; 1WHJ A; 4M75 E; 3J7A F; 2EW3 A; 4XTV A; 4M7A D; 4OGC A; 1M4Z A; 4J9D A; 3G4S A; 3JAM E; 5KYW A; 1Q86 R; 2DL5 A; 2DER A; 3VKI A; 3NTI A; 5GAM d; 3JCM g; 1PRL C; 4LNP A; 3EGD B; 2BE9 B; 1T3S A; 4QQD A; 5IHK A; 4JS5 A; 4PJO B; 1OPL A; 3LLR A; 2QAS A; 2YRV A; 1M3C A; 3AT1 B; 3JCM W; 4Y91 A; 1VQO T; 4ZGE B; 1KFZ A; 3JRZ A; 3A98 A; 2YUP A; 1BKB A; 2K5F A; 1KK7 A; 2PU9 B; 1K73 C; 1WHK A; 3NMZ C; 3CPW S; 2CZ1 B; 1K8A R; 1FMK A; 4NS5 A; 1W4S A; 1PKT A; 1K4U S; 4N0A C; 2FYK A; 2EYQ A; 1NJI R; 2Y4X A; 5CR2 A; 4M78 F; 1K73 U; 5GAO l; 3M53 A; 1NEG A; 2DAQ A; 1YP5 A; 3S3N A; 1WXU A; 2D9T A; 4JRQ A; 1VQ5 Q; 2D6F A; 5IHI A; 1W2B S; 1YJN A; 1K1Z A; 4LUE A; 1GCQ A; 1YI2 T; 1JXO A; 3OW2 A; 1SSH A; 1JRI A; 5GAN 7; 3CCL T; 1QLY A; 2CDT A; 1MMG A; 1OEB A; 3H0I A; 1M1K U; 2V1Q A; 3SWN C; 3CCV Q; 2QEX A; 1JU5 C; 2RHI A; 2D8H A; 4IUP A; 4L59 A; 1C1A A; 1HD3 A; 1LOJ A; 1Y96 A; 2F1L A; 2XMF A; 2YUN A; 2HSP A; 3ULR B; 3PT9 A; 3OYH A; 2HKN A; 3MEA A; 4N4G A; 1KC8 U; 1NEB A; 2BKD N; 2EKH A; 4PJO G; 2DL4 A; 2VV5 A; 2M51 A; 2KXC A; 3GNF B; 5CIU A; 2H3J A; 2HKQ B; 3H6Z A; 2MYS A; 1RAG B; 2OJ2 A; 1WLP B; 1K73 R; 1VQO Q; 2CP6 A; 3QDF A; 2E12 A; 5LJ3 f; 2CS7 A; 4C0D C; 1BB9 A; 2KYM A; 1U3O A; 4KH0 B; 4J9E A; 1NG2 A; 2A28 A; 1YBY A; 2LT4 A; 2DE0 X; 4XTZ A; 3ER0 A; 2R57 A; 1Y7X A; 3TEE A; 3P8D A; 4K11 A; 2KEA A; 4C8Q B; 3UWN A; 3G4S T; 1VQN T; 1Q95 G; 1H64 1; 1AEY A; 1QCO A; 2E10 A; 5LJ3 h; 3CC4 T; 1VQ8 T; 3A5Z B; 1PWT A; 3CCJ Q; 2BZ8 A; 3I56 T; 1GFC A; 2L0A A; 4J83 A; 2OAW A; 1YJW A; 2LP5 A; 3PTA A; 3RKY A; 1NZ9 A; 5GAN e; 3EG3 A; 1X69 A; 1V1C A; 2KVQ G; 3V7R A; 3FB9 A; 1PKS A; 4XU2 A; 3CCL Q; 1D1B A; 4ORZ A; 4DBH A; 3X24 B; 2VC8 A; 3LGF A; 1QVF S; 4BI8 B; 1I5O B; 3VV0 A; 3JB9 I; 4D6W A; 1VA7 A; 3CC7 T; 4LXC A; 3M0R A; 1ZSZ B; 3E9G A; 2DZ9 A; 2KQW A; 3REA B; 1ARK A; 1M2V B; 2NLU A; 1UFF A; 2LMJ A; 3FC3 A; 2FZG B; 2K3B A; 4XTU A; 2FB7 A; 2QQR A; 2COY A; 2MPX C; 1QQJ A; 2ECZ A; 3G7Z A; 1M90 U; 4NL3 A; 1PCX A; 4M7D D; 4HKE A; 5I22 A; 2GQI A; 5L8R E; 2HQE A; 2C06 A; 3QYH B; 2RM4 A; 4C0G A; 5KYU A; 1MMA A; 3PGG A; 1D3B A; 2KXD A; 3QWX X; 2W10 A; 2RMO A; 5LJ5 h; 1EIF A; 2HBW A; 4OMN A; 1M5Q 1; 2O2O A; 1O9S A; 4JZ3 A; 1M9S A; 1UEB A; 2K7A A; 1TH7 A; 2RHU A; 4FSX A; 4PFZ A; 2MI6 A; 2V8I A; 1U1T A; 3JCM f; 1QCF A; 3H9N A; 1SKU B; 4C8Q G; 2H8H A; 3CXC A; 4M7A C; 1VYT A; 2WAC A; 2WSC E; 1VQL T; 4FYX B; 2LX7 A; 3E1S A; 4DBQ A; 3D7S B; 3TRE A; 4M7A G; 1ZQ1 A; 2JN0 A; 2C0O A; 2HBP A; 1N6A A; 2P0P A; 1JXM A; 5GAM j; 4J8O A; 3V8L A; 2CT3 A; 1TOV A; 5IT9 E; 1D1C A; 2G3R A; 1ZSZ C; 2HSE B; 3P8B B; 1LCK A; 2L89 A; 1WI7 A; 4KRT A; 2OTJ A; 2RHZ A; 3CCR A; 2EIF A; 4JPB W; 2D8J A; 2AHJ B; 3CPW P; 4TVR A; 2P4R A; 2E1H A; 3M59 A; 3M9Q A; 2CH4 A; 3QSU A; 1M8V A; 2RQV A; 2QA4 A; 1TTH B; 1K0S A; 1AWX A; 1PRM C; 1HK9 A; 2HNI A; 1PC0 A; 4JS4 A; 1QVG S; 3OYA A; 4F7U B; 1MUZ A; 5GAM g; 1B3Q A; 3FRN A; 1VQ6 T; 2DXT A; 1YWO A; 3GPL A; 1VQ7 A; 5FW9 A; 3A8M B; 2JM9 A; 5IN1 A; 1MHN A; 2EKO A; 2E41 A; 3G6E A; 1W2B P; 4JZ4 A; 4HVV A; 2ZPI B; 4RTX A; 2VVK A; 5KYY A; 5KE2 A; 1KHI A; 4WTO B; 3NHN A; 2DVJ A; 2JT4 A; 1AWW A; 4N4H A; 5GMK h; 2JTM A; 3CCU Q; 4HCB A; 2JMA A; 3RER A; 4C92 E; 1YWP A; 5FU7 B; 2QQA A; 4A4H A; 2RF0 A; 1VQL Q; 3SDZ A; 2J6F A; 3ZEH A; 2HL5 C; 2EWN A; 2YT6 A; 2ZCF B; 2VYT A; 4AFQ C; 4C5I A; 4ZN1 A; 2MIO A; 4B9W A; 5KYU B; 1K0X A; 4LDX A; 3HL8 A; 5D6X A; 3OYL A; 4LUD A; 4M7A F; 1YIT T; 2L3S A; 4OB1 B; 2D0N A; 2DEU A; 3CCE Q; 2RJF A; 1WQW A; 1YNZ A; 2LRQ A; 1W1F A; 4OML A; 1KQS P; 3GF5 A; 5GAN 5; 1ZBJ A; 4XQ3 A; 4XK8 E; 5KYX B; 2A3L A; 1XQH A; 2CUD A; 3DLL A; 2NUP A; 1Q7Y C; 2DZC A; 2BIV A; 2XHC A; 2G6F X; 4F7U G; 4LDU A; 3H8Z A; 5IXF A; 4N0A A; 1WJS A; 4BUG A; 1QWE A; 3OA6 A; 4RTU A; 3X28 B; 3JB9 D; 1OV3 A; 3RIR A; 2WSF E; 4EDU A; 2K9G A; 3CCV A; 4DBR A; 1Q7Y U; 1SPK A; 1R0C B; 1YCS B; 4AFS C; 4J7F A; 3JB9 J; 3LH0 A; 2H3E B; 3C12 A; 4EIK A; 1GBR A; 1WX6 A; 2MOX A; 4M78 B; 3EFO B; 1G8X A; 3L2V A; 1I81 A; 1BCM A; 2F5K A; 4M77 E; 1QVF P; 1U06 A; 1UGQ B; 2KSS A; 1AZE A; 2QA4 T; 4ELZ C; 3I55 Q; 1WIE A; 1VQO A; 3EGD A; 5GAO n; 3EG9 B; 4PJO A; 4M7D C; 2JMC A; 3HP9 A; 3M56 A; 1MND A; 2DNU A; 3KUF A; 1X6O A; 4M7D G; 4DOV A; 4II1 A; 4M77 D; 2YHT A; 1YIT Q; 4VUB A; 2PUO B; 2CSQ A; 2E6N A; 2JM8 A; 4J9F A; 1VYV A; 2PQW A; 1UHC A; 1ZLM A; 3CCQ Q; 1UDL A; 3SHW A; 3L2R A; 3FDR A; 4AT1 B; 5LJ5 e; 1BIB A; 1Q7Y R; 2DFU A; 1K76 A; 2QGG A; 5I21 A; 4JLI A; 1H3H A; 1YI2 A; 5J3B A; 2ZAE A; 1K9M C; 3A1P A; 4PLL A; 1QKW A; 1BU1 A; 3CCL A; 5FRO A; 3HRS A; 1Q86 U; 3M54 A; 1OOT A; 1OI1 A; 4A4F A; 1X27 A; 3HSB A; 1T0J A; 2M9U A; 3OS5 A; 1M3B A; 1SSF A; 4AFZ C; 2PVO B; 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