The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
93
|
structure length |
93
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTNWASGEDDHVVARAEYDFVAVSDEEISFRAGDMLNLALKEQQPKVRGWLLASLDGQTTGLIPANYVKILGKRRGRKTIESGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of mouse peroxisomal biogenesis factor 13
rcsb |
| molecule keywords |
peroxisomal biogenesis factor 13
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
7
|
| structure length |
93
|
| sequence length |
93
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AZE A; 2L3Q A; 2I0N A; 1T3S A; 2EYZ A; 1TUD A; 4RTV A; 1A0N B; 2IIM A; 3NMZ C; 1E6G A; 1KFZ A; 2A28 A; 4OML A; 3I5R A; 3H0I A; 2CT4 A; 2D0N A; 2GQI A; 2GGR A; 3H0H A; 4AFU C; 2HCK A; 1JXO A; 5FWC A; 1X27 A; 4EIK A; 2JMC A; 4RTY A; 2CSI A; 1PWT A; 2W10 A; 1QCF A; 1BU1 A; 2AK5 A; 3EG1 A; 2FPE A; 4IIM A; 2G6F X; 2A37 A; 2NUZ A; 5HCK A; 1UGV A; 3R6N A; 3M0P A; 4AFZ C; 2DA9 A; 2L3S A; 2F2X A; 4LUE A; 1JEG A; 4D8D A; 2CRE A; 1B3Q A; 1X6B A; 2M51 A; 1M3A A; 2L3P A; 5IH2 A; 3NHN A; 2RQR A; 2J7I A; 1AEY A; 2LJ3 A; 1ZBJ A; 1RLQ C; 1OEB A; 2JXB A; 2M0Y A; 4F16 A; 1E6H A; 1UJY A; 2LJ1 A; 2HDA A; 2ED1 A; 1EFN A; 4J9H A; 1OV3 A; 2EGA A; 2GNC A; 1NLP C; 2FRW A; 1SEM A; 2JW4 A; 3I35 A; 1ZUU A; 2GTJ A; 2FPD A; 3CQT A; 3VS1 A; 2QDL A; 4KRT A; 2EVR A; 1UJ0 A; 5IXB A; 1M27 C; 1LCK A; 2RMO A; 1GBQ A; 3C0C A; 1G83 A; 1K4U S; 3QWY A; 2RQT A; 4ORZ A; 4J9I A; 1GFD A; 1YWO A; 3QWX X; 2CDT A; 5L23 A; 4J9D A; 5GJW B; 1NG2 A; 1WDX A; 4AFS C; 2AKL A; 1QKW A; 1S1N A; 4JJD A; 2CH4 W; 3VRY A; 1HSQ A; 2AZV A; 4HVW A; 2FO0 A; 1K9A A; 5EC7 A; 1AZG B; 2K7A A; 1I07 A; 1WA7 A; 4GBQ A; 1AOJ A; 1SRL A; 1K0S A; 2KRO A; 3UF4 A; 3M0Q A; 5FWB A; 2RQW A; 1K1Z A; 1OPL A; 4Z88 A; 2LMJ A; 2DBK A; 2A36 A; 2J05 A; 5I22 A; 4CC7 A; 2AKK A; 3VS2 A; 4JJB A; 5IXF A; 2LQW A; 2K2M A; 3VS6 A; 3I9Q A; 1G2B A; 3SEM A; 1WXB A; 2DNU A; 1W70 A; 2F2W A; 1W6X A; 1J3T A; 1WFW A; 4RTU A; 1AWW A; 1TG0 A; 3NPF A; 1RUW A; 1WXT A; 2J6F A; 2W0Z A; 2DL8 A; 2L0A A; 1QKX A; 1HJD A; 3PVL A; 3REB B; 2DL7 A; 1M30 A; 1PRM C; 2KE9 A; 1K76 A; 4ZNX A; 1QWE A; 1UDL A; 2FEI A; 2JS0 A; 2LZ6 B; 3TVT A; 2SRC A; 1I0C A; 1W1F A; 3PE0 A; 1OPK A; 4AG1 C; 3UA6 A; 2EPD A; 5I11 A; 2RNA A; 2DF6 A; 1MV3 A; 1TUC A; 1U5S A; 2DL5 A; 3ZL7 C; 2HSP A; 2DBM A; 2AZS A; 3M0S A; 1MV0 B; 1WX6 A; 4D8K A; 2SEM A; 2CSQ A; 4HCK A; 4HVU A; 2KYB A; 2KRM A; 1CKA A; 2EYW A; 2ABL A; 1YCS B; 4J9F A; 2D8J A; 1H8K A; 2YUQ A; 2NWM A; 1UHC A; 1K0X A; 2EGE A; 3NGP A; 3THK A; 3EHR A; 2EBP A; 1SHF A; 1HD3 A; 1YNZ A; 2ROT A; 4OMM A; 2KRS A; 1M3C A; 2J6K A; 4LNP A; 2DRK A; 3VS7 A; 1U06 A; 4IIO A; 1VYT A; 2V1Q A; 2RN8 A; 2J6O A; 1VA7 A; 3RNJ A; 2KT8 A; 1RI9 A; 4M4Z A; 3IQL A; 1X43 A; 3UAT A; 4JZ3 A; 4X1V A; 1IO6 A; 3ULR B; 2CT3 A; 2H8H A; 1H92 A; 1SHG A; 2J06 A; 1UE9 A; 1WI7 A; 2YSQ A; 4Y92 A; 4AFQ C; 1FYN A; 2C0I A; 1UHF A; 2JMA A; 1N5Z A; 1AD5 A; 3TSZ A; 2YUN A; 1JO8 A; 2JM9 A; 2EGC A; 1U3O A; 2P4R A; 1OOT A; 3U23 A; 2CUD A; 1UEC A; 1AWX A; 3REA B; 2LJ0 A; 4QT7 A; 1Z9Z A; 2KXD A; 2KEA A; 4J9E A; 1WYX A; 4HVV A; 4AG2 C; 2DJQ A; 4F17 A; 4LN2 A; 4RTW A; 4RTX A; 2OJ2 A; 2A08 A; 1GRI A; 1M3B A; 2X3W D; 1NLO C; 1M8M A; 1GCP A; 5IHK A; 2GTO A; 2EYX A; 2DLP A; 2ED0 A; 2D8H A; 4JZ4 A; 2OI3 A; 2O2O A; 4GLM A; 2RQV A; 3I5S A; 3M0R A; 1KIK A; 1ZLM A; 2VKN A; 3UA7 A; 1WLP B; 2O9S A; 4JPB W; 1X69 A; 3VS0 A; 2BZX A; 4RUG A; 5FW9 A; 1YN8 A; 2X3X D; 2DE0 X; 2ENM A; 2K79 A; 1T3L A; 2MIO A; 1AWJ A; 1UFF A; 1NYF A; 3H0F A; 2KRN A; 4JJC A; 4A63 B; 2PNI A; 2JTE A; 2D1X A; 2RPN A; 3EG3 A; 1PKS A; 1NYG A; 2BTT A; 1JU5 C; 2K6D A; 1GBR A; 1ARK A; 1VYU A; 2K9G A; 4LE9 A; 1X6G A; 4J9C A; 1XOV A; 2EKH A; 1V1C A; 2KYM A; 2YUP A; 4Z89 A; 1YP5 A; 2CH4 A; 2FPF A; 4OMQ A; 2O31 A; 2C0O A; 2FG0 A; 4LUD A; 1Y0M A; 2LP5 A; 1CKB A; 2DYB A; 1KSW A; 1ZX6 A; 1ZUK A; 2B86 A; 3EHQ A; 4R0K A; 4WCI A; 1UG1 A; 2DL4 A; 1I1J A; 1SPK A; 2KXC A; 2JM8 A; 1RLP C; 1GCQ C; 1Y57 A; 2ECZ A; 2C0T A; 2CUB A; 4K11 A; 3GBQ A; 3FJ5 A; 1GL5 A; 1BBZ A; 2GBQ A; 2RF0 A; 1NEG A; 2EQI A; 2ROL A; 2VVK A; 2DX1 A; 4CC4 B; 1AWO A; 1FMK A; 1PKT A; 1NEB A; 2L2P A; 3LH5 A; 2O9V A; 1ABQ A; 2HBW A; 2BZY A; 4ESR A; 1WXU A; 2F2V A; 2DIL A; 4DEY A; 5ECA A; 2V1R A; 1BB9 A; 2XMF A; 1YWP A; 4OMO A; 3VS5 A; 2DVJ A; 2RQU A; 2EYY A; 4J9B A; 3KFV A; 4OMP A; 5IHI A; 1GFC A; 1GCQ A; 2DRM A; 1T0H A; 2LCS A; 2MOX A; 3VS4 A; 4Z8A A; 1E7O A; 4HXJ A; 4RTZ A; 2DM1 A; 1B07 A; 2KGT A; 2DMO A; 2KT1 A; 2HEQ A; 4OMN A; 1QLY A; 4RTT A; 1PNJ A; 2KBT A; 2K3B A; 1PRL C; 3M0T A; 1H3H A; 1WIE A; 1MUZ A; 1X2K A; 1JXM A; 3RBB B; 2ESW A; 4J9G A; 2MCN A; 1VYV A; 2OAW A; 3A98 A; 2PTK A; 1CSK A; 2DL3 A; 2YUO A; 3PVQ A; 5GJV B; 3JV3 A; 4E6R A; 1KJW A; 3EGU A; 4F14 A; 1UTI A; 5IHN A; 1ZSG A; 2E5K A; 2KNB B; 2JT4 A; 2BZ8 A; 3EG0 A; 4FSS A; 4DEX A; 1UUE A; 1SSH A; 3EG2 A; 2YT6 A; 1ABO A; 2EW3 A; 1SRM A; 3H41 A; 2LNH B; 2LX7 A; 3M0U A; 2KR3 A; 3TSW A; 1X2Q A; 3VRZ A; 1PHT A; 2JS2 A; 1JQQ A; 2YDL A; 1ZUY A; 2LQN A; 4CC2 A; 1AVZ C; 4CC3 A; 1T0J A; 3SHW A; 1NM7 A; 2FRY A; 1BK2 A; 2VWF A; 2O88 A; 1Z9Q A; 3O5Z A; 3VS3 A; 2PZ1 A; 1QWF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EJG A; 1T3S A; 3A8G B; 4RKU E; 1K9M C; 4C8Q C; 2VXF A; 3NMZ C; 1YFN A; 2K3X A; 1VQ9 Q; 1VQP Q; 3I5R A; 4JLG A; 5I2M A; 5GAN 4; 2CT4 A; 1TSF A; 4EMG A; 2GQI A; 3H0H A; 5D6W A; 4AFU C; 1JXO A; 4J83 A; 1X27 A; 4X34 A; 2CSI A; 2FL7 A; 2W10 A; 1VQN T; 1Y71 A; 3EG1 A; 4IIM A; 4JRI A; 4KUD K; 1IZ6 A; 1F1B B; 3R6N A; 4M78 A; 2X4W A; 1JEG A; 1D0Z A; 1U1S A; 2QQA A; 4OB3 B; 3TEE A; 4J7I A; 1G3W A; 2XI9 A; 5GAO p; 1Y96 B; 3NTH A; 2V26 A; 2H3J A; 3CCL T; 1M90 R; 4ELY C; 4XU0 A; 1OX8 A; 3M9Q A; 2LJ1 A; 2QEX T; 2HDA A; 2ED1 A; 1LVK A; 2YWW A; 1WJQ A; 5KYX A; 1Y96 A; 3QYG B; 1S72 Q; 1IRX A; 3I35 A; 1ZUU A; 2GTJ A; 4C92 F; 3EFO A; 2P84 A; 3CQT A; 3CCJ T; 1UJ0 A; 1IRE B; 3SWN C; 1LCK A; 2HD0 A; 1WHM A; 3C0C A; 2DAQ A; 1VQO T; 2CDT A; 5L23 A; 4M7D G; 1D0Y A; 4J9D A; 1X01 A; 3VUB A; 1BKB A; 2CH4 W; 2MF2 A; 3S3N A; 1K9A A; 2K7A A; 1I07 A; 3OYC A; 2MPX C; 1FXX A; 3OBY A; 1AOJ A; 3L2R A; 2LQ8 A; 2OX7 A; 1M9S A; 1MND A; 3UF4 A; 4FIB A; 1VQ6 A; 1I8F A; 1HK9 A; 1W2B S; 1VQ8 T; 2V8K A; 2RQW A; 3CPW P; 1OPL A; 4C0F A; 4EMK B; 2DIQ A; 4M7A C; 1VOM A; 2OTJ A; 5IN1 A; 2K2M A; 3I9Q A; 1G2B A; 1D1A A; 2RJE A; 1UEB A; 5HY6 A; 2EQK A; 2F2W A; 4OP0 A; 4MML A; 2VB6 A; 4AMC A; 1J3T A; 4RTU A; 1AWW A; 1RAD B; 3QII A; 5KYU B; 1YIJ A; 1RUW A; 1WXT A; 3BDU A; 1VQM A; 2DL8 A; 2AT1 B; 2GFU A; 3PVL A; 2LVM A; 2ATC B; 5LL6 S; 2DXC A; 1K76 A; 1VQ6 Q; 4IKF A; 2MMP A; 1XQH A; 2ZPG B; 4B6M A; 4C5H A; 4DA4 A; 3PE0 A; 1OPK A; 2EPD A; 5I11 A; 4HA8 A; 1OU8 A; 1TUC A; 1U5S A; 4M7A D; 3M53 A; 2HSP A; 5D6X A; 2AZS A; 3PFS A; 4ZN1 A; 1IXD A; 4F04 B; 1W2B A; 3OS5 A; 4HCK A; 1YIJ Q; 3A5Z B; 4UC4 A; 3OYD A; 4Z02 A; 2KRM A; 4E7L A; 1GXI E; 4FU6 A; 1CKA A; 2ABL A; 2KY9 A; 2Y4Y A; 1NJI U; 2D8J A; 3DLM A; 4C0G A; 2NWM A; 2WAC A; 3QXE B; 2RHY A; 2EGE A; 1U8R A; 3THK A; 4QW2 A; 2ROT A; 1N27 A; 2J6K A; 3V7R A; 1Q82 R; 3CXC P; 4MZP A; 2MWO A; 4M4Z A; 3CCQ T; 2RA2 A; 3IQL A; 4OVA A; 3G4S T; 3UAT A; 5GAO r; 4JZ3 A; 4X1V A; 1IGQ A; 5GAM g; 3JCM g; 5GAN d; 2YSQ A; 4F7U E; 2NUT B; 4AFQ C; 1B7T A; 2HQE A; 1NZ9 A; 4JDS A; 1IHW A; 3RES A; 2KMT A; 3RDV A; 1BIB A; 3A8L B; 3OYG A; 4C8Q G; 2LRQ A; 3U23 A; 2CUD A; 2XD0 A; 1UEC A; 4C92 E; 5DM7 R; 4QT7 A; 4QVD A; 1LNX A; 3QUI A; 4PFO A; 5CKF A; 1KG1 A; 4A4H A; 3EGX B; 1I5O B; 5GAO m; 4ZTJ A; 1GRI A; 1M3B A; 2X3W D; 2FHD A; 5IHK A; 1PCX A; 1YJN A; 3CC4 Q; 2QTV A; 1B34 B; 2RQV A; 3I5S A; 1KIK A; 1ZLM A; 2FZK B; 2O9S A; 2HL3 A; 3VS0 A; 4RUG A; 3PIP A; 4BI8 B; 5LJ5 j; 4ATO A; 1TOV A; 1WHK A; 2JTE A; 2K5I A; 3OSS C; 1PKS A; 1I5L A; 1N6A A; 1UB4 A; 2K6D A; 1YJN Q; 1VYU A; 1ZBX A; 5FU7 B; 2DER A; 2HKN A; 1BCO A; 4L5G A; 2EKH A; 3QG1 A; 2FPF A; 2L5Q A; 3EFS A; 2O31 A; 4PLL A; 5LJ3 g; 2FG0 A; 1C1A A; 5FU6 B; 1KSW A; 3E9G A; 3X28 B; 1BI0 A; 2DL4 A; 1VQN A; 1WQ7 A; 3VKI A; 2ECZ A; 1ZSZ B; 1Q86 U; 2QAS A; 1BBZ A; 1NBE B; 5C0M A; 2ROL A; 1AWO A; 4C8Q A; 1C6V X; 1ZSZ A; 3VU3 C; 3CCL A; 1TS9 A; 3CCV T; 1WXU A; 4KUL A; 2F2V A; 3DB4 A; 1EZZ B; 2DIL A; 2DKG A; 2K5L A; 5ECA A; 3URG A; 1WGS A; 2QEX A; 1IGU A; 2DVJ A; 1PD0 A; 1M1G A; 1NJI R; 4ZGD B; 4J9B A; 4C92 C; 1VQN Q; 9ATC B; 1KQ2 A; 2DRM A; 4M75 E; 4XTY A; 1WNL A; 3S6W A; 5DLO A; 2MOX A; 3CCJ A; 1E7O A; 4RTZ A; 3L42 A; 1W2B P; 4RTT A; 3GNF B; 5FRM A; 5CO7 A; 4A4F A; 4GY5 A; 1VQO A; 3JCM X; 1MUZ A; 5EG2 A; 5KYY B; 2MCN A; 2OAW A; 3CCL Q; 3AHU A; 2LX9 A; 1VIF A; 1BIA A; 3RR6 A; 3BFM A; 4IUQ A; 2QEX Q; 2CP5 A; 2JT4 A; 4PL6 A; 3EG0 A; 4EMK C; 3JCM d; 1OQK A; 1RAA B; 3CCJ Q; 1D1B A; 1VQ8 A; 3G71 Q; 2DZC A; 2YT6 A; 2CZ0 B; 1ABO A; 1QVF S; 2KAF A; 2LNH B; 4R55 A; 3EG9 B; 1VQO Q; 3TSW A; 3QBY A; 1X2Q A; 2NUP A; 3V8K A; 2JS2 A; 2EQM A; 3INZ A; 3CC2 T; 4PFZ A; 3CCU T; 4LD9 K; 2CP7 A; 1T0J A; 5CQY A; 3ZEH A; 4MZM A; 1N9S A; 3VYG A; 2PUK B; 4ZGJ B; 3JSC A; 4M77 F; 1NM7 A; 2PZ1 A; 4M77 B; 1QWF A; 1AZE A; 1VQ8 Q; 3OYB A; 1ZHI A; 3PMT A; 2QGF B; 4JRQ A; 3OA6 A; 1E6G A; 2PQW A; 4PJN A; 2D0N A; 3HPW A; 4OMF B; 4R56 A; 4PJO F; 2QK0 A; 4IUU A; 2JMC A; 4RTY A; 4ZGE B; 1QVF A; 4PJO B; 1NPR A; 1PWT A; 4J6W A; 2L89 A; 3M55 A; 2FPE A; 5HCK A; 1YIT T; 1M4Z A; 1JB0 E; 4LXC A; 4OB2 B; 5CKB A; 1UGS B; 2HMA A; 3TCJ A; 2YLB A; 2L3R A; 4BI4 A; 4D8D A; 5CCA A; 2CRE A; 2M51 A; 1M3A A; 2GQV A; 1ZA1 B; 2L3P A; 2YXY A; 2EYQ A; 4CRI A; 3CCQ A; 2MK5 A; 2DET A; 2LJ3 A; 3G4S A; 1RLQ C; 2M0Y A; 4F16 A; 1E6H A; 1M1F A; 1Q86 R; 2AHJ B; 1NLP C; 3BY7 A; 1SEM A; 2FZG B; 2FVU A; 1KD1 R; 4X9D A; 1LJO A; 2FPD A; 2QXF A; 2FZC B; 2EVR A; 5IXB A; 2IG0 A; 2DVE A; 1GBQ A; 1R0C B; 2MYS A; 1OZ2 A; 2A7Y A; 1K4U S; 5GAN 8; 3QWY A; 2RI5 A; 2RQT A; 4YTL A; 2X51 A; 2CGH A; 2A3L A; 4Y91 A; 1WDX A; 4HKE A; 4AFS C; 3CMA T; 1QKW A; 3CCQ Q; 1S1N A; 4IUV A; 4WF2 A; 5GAN 5; 4DOW A; 1AZG B; 2EFI A; 4GBQ A; 2D0Q B; 2B8A A; 2MI6 A; 5GAM j; 4XTZ A; 4Q5W A; 2KRO A; 3OW2 S; 2DK3 A; 3MKD A; 5FWB A; 4Z88 A; 2LMJ A; 2DBK A; 2J05 A; 4XAX B; 3OS0 A; 5LJ5 e; 2GFA A; 2DTI A; 4FL6 A; 4NOY A; 4F7U G; 2DNU A; 1W70 A; 3V8L A; 2LT1 A; 2GCX A; 1YJ9 T; 3OYK A; 2PVG B; 4M7A E; 2J6F A; 2F1L A; 2W0Z A; 1HJD A; 3G6E Q; 2ZGW A; 3REB B; 1VIE A; 4C92 G; 2ZCF B; 4QVC A; 3NTK A; 1PD1 A; 1VQ7 T; 3E9F A; 3L2U A; 5FU6 C; 1UDL A; 2JS0 A; 4M78 F; 4BDZ A; 3TVT A; 2O4X A; 1I0C A; 4M78 B; 2K2V A; 4WTO B; 2DF6 A; 1VQL T; 1MV3 A; 1P92 A; 3ZL7 C; 5GAN g; 5LJ5 f; 3OW2 A; 1PSE A; 4D8K A; 1TU0 B; 4LD6 A; 1RI0 A; 4HVU A; 2DTO A; 2LQK A; 4LDW A; 1YJW T; 4FM4 B; 2EYW A; 4FW1 A; 2YUQ A; 4XQ3 A; 1K0X A; 3NGP A; 3EHR A; 5KYX B; 3CME T; 1HD3 A; 3JB9 G; 3EFO B; 3VV0 A; 2DRK A; 2CYZ B; 3CEY A; 4IIO A; 2RH2 A; 3CCV A; 2IPO B; 2RN8 A; 1VA7 A; 3RNJ A; 1PG5 B; 2QQS A; 1Q81 C; 2P0Q A; 3LYI A; 4PNO A; 5GAO n; 1IO6 A; 3ULR B; 2CT3 A; 2H8H A; 3HRU A; 2J06 A; 4NL2 A; 1TXQ A; 1KHC A; 4P5N A; 1V76 A; 2CZ6 B; 4PFP A; 2FYK A; 4DBR A; 2COZ A; 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