The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
246
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structure length |
236
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Chain Sequence |
b'MKLARFLAKGRVHQGVYREGLLLDEAGEAHRPEDVTWLLPFTPGKILGVALNYAGLSRPEEPALFWKPNTSLLPHKGVVLYPKGARFVHYEVELAVVVGRPMKRVRAKDALDYVLGYTIANDLVARDYVRPPIRAKGRDTFLPLGPFLVVEEVEDPQDLWLRAYVNGELRQEGHTSRMLYSVAELLEFISEFMTLEPYDVLLTGTPKGISQVRPGDVMRLEIEGLGALENPIEEEP'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the HpcE from Thermus Thermophilus HB8
rcsb |
| molecule keywords |
HpcE
|
| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule tags |
Isomerase
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| total genus |
60
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| structure length |
236
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| sequence length |
246
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
5.3.3.10: 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase. |
| pdb deposition date | 2005-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01557 | FAA_hydrolase | Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | FAH | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 | Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I7O A; 1NR9 A; 4QKU A; 2EB6 A; 1QCO A; 2Q18 X; 2Q1D X; 3LZK A; 2Q19 X; 5D2I A; 4DBH A; 5D2J A; 1QCN A; 2HZY A; 3S52 A; 1HYO A; 2EB5 A; 2Q1C X; 5D2G A; 1GTT A; 4DBF A; 1WZO A; 3R6O A; 3QDF A; 1SV6 A; 2Q1A X; 5D2F A; 3RR6 A; 5D2H A; 1NKQ A; 5D2K A; 4PFZ A; 4MAQ A; 2EB4 A; 2DFU A; 3V77 A; 1SAW A; 3BQB A; 2WQT A; 1QQJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3J7A F; 2RH2 A; 3OA6 A; 4OB1 B; 4J7F A; 2BZY A; 2F5K A; 2LMJ A; 2ZAE A; 4DBF A; 3ME9 A; 2DZC A; 1KK7 A; 1SV6 A; 5C0M A; 4MZM A; 3EGU A; 2EB4 A; 1MGQ A; 3HRT A; 3H8Z A; 3KFV A; 3FIF A; 2M9U A; 1ARK A; 5GAM j; 3QPH A; 2BUD A; 4AFU C; 5GMK j; 2BE9 B; 3P8D A; 3HPW A; 3INZ A; 3VS7 A; 2DLP A; 3JCM X; 3JB9 H; 1BCM A; 2XDD A; 2BKD N; 4KUI A; 5GAO m; 3I5S A; 1ZBX A; 2XKO C; 2L2P A; 1X2K A; 2JUF A; 1WHH A; 3GP8 A; 1AHJ B; 1QQJ A; 1T3L A; 3CCL A; 1XNI A; 3PE0 A; 4B6M A; 3QHS A; 4MDX A; 3OSV A; 1SRL A; 2K2V A; 4D8D A; 2DO3 A; 2EKO A; 4BE1 A; 2QQS A; 2CZ0 B; 1WDX A; 1RAF B; 4IUR A; 4AG2 C; 1S72 T; 3IQL A; 3TRE A; 1VQO A; 2WSF E; 4E7S A; 4J9E A; 2HSE B; 2XD0 A; 5EC7 A; 1O75 A; 1OZ2 A; 1N27 A; 2EQJ A; 1YI2 Q; 4P5N A; 2FYK A; 2CGH A; 5LJ5 d; 3EH2 A; 2JN0 A; 2OTJ Q; 4E2F B; 3VS2 A; 4HT9 A; 3QUI A; 1AWW A; 1LPL A; 4HCC A; 1E6G A; 2CH4 W; 2FHD A; 1UEC A; 4LUD A; 2WSE E; 2DIL A; 1MMD A; 1WXB A; 4XTX A; 2DIQ A; 2WQT A; 1N6A A; 4C5H A; 4JPB W; 4AFZ C; 5KYW A; 2XIC A; 1I5O B; 1AWJ A; 4LDU A; 2RO0 A; 2FB7 A; 2KRS A; 3P8H A; 3GOX A; 3THK A; 2JTF A; 2LZ6 B; 2AKK A; 5IT9 E; 2HBP A; 4J83 A; 3KUF A; 2KI7 A; 2JM8 A; 5GAO q; 1G8X A; 2LT4 A; 1Q82 U; 3LH0 A; 1TWB A; 4RTW A; 4ZGD B; 2KR3 A; 1KIK A; 2D0Q B; 3R6N A; 1GXI E; 3CCR A; 1UUE A; 2ZPH B; 1SHF A; 5GAN e; 2CP6 A; 4M77 B; 1M3C A; 3OS5 A; 1QVG A; 4JRQ A; 2X4Y A; 2YRD A; 3O8V A; 4JRP A; 1BK2 A; 4M78 A; 3FRN A; 5LJ3 j; 1LVK A; 1X6G A; 2D8J A; 4L6V 5; 1VQ6 A; 2ECZ A; 4PFP A; 5KH6 A; 1VQ4 T; 1U5S A; 2EYX A; 3OYF A; 4IUP A; 2OX7 A; 2HAX A; 3O5Z A; 4Z8A A; 2V26 A; 4A4F A; 1E6H A; 2OJ2 A; 2K79 A; 1S72 Q; 1VIE A; 2MMP A; 4BE2 A; 1KQS S; 4C92 A; 5A0G A; 1TSF A; 3VYG A; 2HD0 A; 2DTO A; 1ZBJ A; 5FRO A; 1I7O A; 3PVQ A; 4M78 F; 4FU6 A; 1GCQ A; 2DTI A; 1SSF A; 4UC4 A; 2HBW A; 1VQP Q; 4A4H A; 2EVR A; 5GAM d; 4DEY A; 5CQY A; 1Z9Q A; 1BI3 A; 4OB0 B; 3CCJ A; 4KBM B; 3FB9 A; 2DVJ A; 3EG9 A; 2QAZ A; 4C8Q G; 4LN2 A; 3OQ5 A; 3OYK A; 4C0Z A; 2RN8 A; 4J9I A; 2YHT A; 3LZK A; 2LVM A; 3MP8 A; 3CCL T; 2HCK A; 4F17 A; 1FX7 A; 4M78 D; 5LJ5 f; 3CC7 A; 3OMC A; 2EGA A; 4QVZ A; 4PJO A; 3OS0 A; 3BY7 A; 2VVK A; 3CC2 Q; 3M4G A; 2EGC A; 1D3B A; 1VQO T; 1RUW A; 1WJQ A; 1RAE B; 2SEM A; 2E4H A; 1WXT A; 1UGP B; 3RER A; 5GMK i; 1KD1 U; 4KT0 E; 4Q5W A; 3BDU A; 3M0T A; 4HVU A; 4ORZ A; 4QT7 A; 3DKM A; 4C92 D; 4RCB A; 3GBQ A; 2E3I A; 1VQ9 A; 4KH0 B; 3L42 A; 3OY9 A; 4MZT A; 3QWX X; 1VQN T; 1PD1 A; 2VWF A; 2K5I A; 3LYI A; 7AT1 B; 4DEX A; 4X1V A; 2K3X A; 3CCE T; 3G71 Q; 1G3S A; 4C0D C; 1VQL A; 3QXE B; 2DL7 A; 2GFA A; 4M75 A; 1VQ4 Q; 5GAO r; 4WF2 A; 1PRM C; 3C0C A; 2C0I A; 2RQV A; 4L59 A; 3RR6 A; 3CCV A; 3HKS A; 3JCM b; 4D6W A; 1IZ6 A; 2M0O A; 2DJZ A; 1M4Z A; 4BDZ A; 3OW2 P; 4DBR A; 2EAY A; 2RA2 A; 1T0H A; 2MAM A; 4FIB A; 1VYV A; 2NUT A; 1OOT A; 1RAA B; 4HKE A; 5HKC A; 1JB0 E; 4C5E A; 2NUP B; 2F2W A; 4PJO D; 2EB5 A; 2HKQ B; 3JCM V; 4CC2 A; 4M75 F; 1K76 A; 1K8A U; 1I8F A; 1VIF A; 1YIJ A; 2GFU A; 3WXM B; 3OYN A; 2DVE A; 1XQH A; 3UAT A; 3CCQ A; 1YJW A; 1WHG A; 1SG5 A; 1FMK A; 4GLM A; 2KT8 A; 2VB6 A; 2JMA A; 1QKW A; 5KYX A; 2CT3 A; 4NL2 A; 2FPE A; 3G6E A; 3JB9 G; 2FL7 A; 2K7A A; 2DNU A; 3CCL Q; 3CMA T; 2QQR A; 1K9M R; 4FM4 B; 1WYX A; 2EQM A; 1NKQ A; 3RNJ A; 1HJD A; 1JBM A; 4KGX B; 1K73 R; 4PK4 A; 1VQ5 A; 3ZBD A; 4BUG A; 4QQD A; 3EFS A; 3HP9 A; 4E7I A; 1M1K U; 3CCU T; 2Z0W A; 1VQO Q; 1U8R A; 2E10 A; 2LJ3 A; 3HRU A; 1UFF A; 4OMN A; 4HVV A; 4CRI A; 3RKX A; 1GTT A; 2QYZ A; 3OS1 A; 4PFO A; 2KEA A; 1OPL A; 1ABQ A; 1N9S A; 4IUQ A; 3URG A; 3CME T; 2CP2 A; 3HHT B; 4ELZ C; 1JXO A; 2K9G A; 1N9R A; 3CCJ T; 1VQN Q; 4MMK A; 1WQ7 A; 4EMK B; 1M27 C; 2XK0 A; 4DBQ A; 1YJN A; 5KE2 A; 1RI9 A; 3SWN A; 1H64 1; 1ZSZ B; 2B86 A; 3QYH B; 3MEW A; 3QWY A; 2FO0 A; 3QDR B; 8ATC B; 2DL8 A; 4BI4 A; 1IO6 A; 1X6O A; 4BDY A; 1H92 A; 2O88 A; 2L3S A; 3C4S A; 1ACM B; 2E65 A; 3CC7 T; 1I07 A; 2Q18 X; 1SKU B; 1N8R C; 2ZCF B; 2HQX A; 4JJN K; 4ZGE B; 3M5A A; 2LCS A; 1G2B A; 4OMM A; 4KGV B; 3CCR Q; 5IXB A; 1VQ8 A; 5I11 A; 4PNO A; 2Q19 X; 1JXM A; 5A2Q E; 4EIK A; 3JCM P; 4JLG A; 2W10 A; 1Y96 B; 2M51 A; 2JW4 A; 2QXF A; 3PGG A; 4EPC A; 3TSZ A; 2AZV A; 5J39 A; 2NLU A; 2FPD A; 3CXC A; 1VQ6 Q; 1RI0 A; 2E12 A; 3CMA Q; 2KAF A; 4M4Z A; 2IVW A; 3CPF A; 3RMQ A; 4ZGJ B; 2RQU A; 1OI1 A; 4A4G A; 2EYW A; 1U06 A; 1UJ0 A; 2LCC A; 4KH1 B; 3CCU Q; 1Q81 U; 4BB7 A; 2YUN A; 1EIF A; 2X51 A; 1PM3 A; 4X9C A; 1G5V A; 5FRM A; 2LQN A; 4CC3 A; 3QZ9 B; 1BCO A; 1IRE B; 3JCM h; 4C5I A; 2KE9 A; 2F69 A; 1KHI A; 2LTO A; 2CSQ A; 1K9M C; 4A63 B; 3CME Q; 3VS0 A; 4DOV A; 3QZ5 B; 3AT1 B; 3CCJ Q; 1UGR B; 3I56 A; 1K73 C; 2IPO B; 2X4X A; 4XAX B; 3CCQ T; 2QQ9 A; 1D0X A; 1HSQ A; 2X35 A; 1JJ2 P; 1JEG A; 2QAS A; 1NJI U; 5KCH A; 4MML A; 3JCM Q; 5FLX E; 4AT1 B; 2NWM A; 4QKU A; 2E1H A; 2YLB A; 3CC7 Q; 3JCM e; 2A3L A; 4JZ3 A; 2W0Z A; 2JS2 A; 1UGS B; 1W2B A; 1R0C B; 4FW2 A; 4JJD A; 3R6O A; 2ROL A; 1M3A A; 1TOV A; 3OW2 S; 3MP1 A; 4JDS A; 1MMG A; 2R5M A; 2QK0 A; 2O01 E; 5CKE A; 2JS0 A; 4F7U F; 2NUT B; 3EG0 A; 1YI2 T; 3LGF A; 3OBY A; 3VUB A; 1OUL A; 2AKL A; 2IG0 A; 1VQ9 Q; 4OML A; 3MP6 A; 5FW9 A; 2GQV A; 3OYC A; 1UJY A; 2EJG A; 1OPK A; 1YCS B; 3HTR A; 5I22 A; 4HCK A; 3OYH A; 3M0S A; 2DJQ A; 3QJY A; 4LDW A; 3VYH B; 5GAN 7; 2K3B A; 4M78 C; 1Q81 C; 2CP0 A; 4F04 B; 3VJP A; 4JUV A; 2PVO B; 2HSP A; 1NLP C; 4FYX B; 3H41 A; 2A28 A; 2KDS A; 2LNV A; 5KYX B; 2KVQ G; 4LDY A; 1RAG B; 4RUG A; 2DIG A; 3A8H B; 2VXF A; 1I0C A; 2X4W A; 2DK3 A; 2VUB A; 4M7A A; 2YXY A; 1NG2 A; 3EGX B; 1BU1 A; 5IHI A; 4C92 C; 1AOJ A; 4PLL A; 2EYQ A; 1GCQ C; 1ZLM A; 2KQW A; 2KK4 A; 4II1 A; 4LXC A; 1NJI C; 3UA6 A; 5KCO A; 4LUE A; 1NE8 A; 1YNZ A; 4N0A A; 1R8O B; 1YIJ Q; 5D2J A; 2DYI A; 4PJJ A; 1BI1 A; 1Q95 G; 3CCQ Q; 3JV3 A; 3QYG B; 3QDF A; 3JCM g; 4M7A F; 2IIM A; 1OU9 A; 3EG2 A; 2L0A A; 4XTV A; 3OYI A; 2GBQ A; 3G6E Q; 4A54 A; 1PWT A; 4RTX A; 3T9N A; 1CKA A; 2K5F A; 1YIT A; 2R58 A; 1BBZ A; 5IAY A; 5AT1 B; 4GBQ A; 2CH4 A; 5GAN 2; 2P0Q A; 3DLM A; 5GAN d; 4ZNX A; 4PJO C; 3ER0 A; 1KC8 U; 2LC4 A; 5GJV B; 2KRO A; 4C8Q A; 2VC8 A; 4Z89 A; 3RES A; 1MMA A; 2X3X D; 4M77 G; 4BY6 C; 4KRT A; 2DBM A; 2HKN A; 4M7A D; 2PNI A; 2QDL A; 5FWC A; 1VQP T; 2OI3 A; 2DPP B; 2HEQ A; 1XJW B; 1QCN A; 4JZ4 A; 1Y57 A; 4IUV A; 3A8L B; 5KYY B; 2J7I A; 2LQK A; 4KUL A; 5AYF A; 3OYM A; 2DA9 A; 5J26 A; 4A4E A; 2DD5 A; 2YUO A; 3A5Z B; 2RQR A; 2RPN A; 1MMN A; 1K9A A; 1YJN Q; 4V2S A; 4J7I A; 3E2U A; 2CP7 A; 3M56 A; 2DFU A; 5GAN h; 5IHN A; 3UT1 A; 1KQ1 A; 5D6W A; 3C94 A; 2HL5 C; 1NR9 A; 3H0H A; 1X01 A; 4M75 C; 4X34 A; 1W4S A; 5HY6 A; 4E6R A; 1BIB A; 2GF7 A; 3C12 A; 1HD3 A; 4C0D B; 3TEE A; 3UF4 A; 2M0Y A; 2V8I A; 2QA4 A; 3Q1J A; 3REB B; 2DXB A; 2X3W D; 2QGF B; 2E70 A; 1UG1 A; 1YJ9 A; 1X6B A; 2ED0 A; 2EBP A; 3CC2 T; 3DB4 A; 3NHN A; 4MAQ A; 2FVU A; 2YUP A; 1TU0 B; 4XU1 A; 1M30 A; 4OB3 B; 3J81 E; 3D7S B; 2PQW A; 4ESR A; 1G83 A; 4C8Q D; 2DRK A; 2K5L A; 1MHN A; 2V8J A; 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1EZZ B; 3JCM c; 2J6K A; 2AT1 B; 2GQI A; 3TSW A; 4M7D D; 3GNG A; 3L1A A; 1GL5 A; 3JB9 D; 1N8R R; 4PLI A; 4C92 E; 3OYA A; 2EKH A; 2A37 A; 5GMK h; 1VQ7 Q; 2LT1 A; 4PJO F; 4KGZ B; 2L3Q A; 2A7Y A; 2ZPG B; 2E5Q A; 1MND A; 2CUB A; 2F1L A; 3UDC A; 2QTV A; 2LJ1 A; 3M9Q A; 5I21 A; 3MKD A; 1YJ9 T; 1M1K R; 2XMF A; 5FWB A; 3M53 A; 1K0X A; 2PTK A; 1M3B A; 5GAM e; 4RTY A; 1JU5 C; 3ZL7 C; 2G6F X; 1Q86 U; 3M57 A; 2I0N A; 5GMK e; 2DL5 A; 2DET A; 1LOJ A; 3V8K A; 2PZ1 A; 3CCR T; 4QQG A; 3NFC A; 2LX7 A; 1PNJ A; 1M5Q 1; 5GAO n; 4PJO E; 3S6W A; 2Y4X A; 1SF9 A; 3NPF A; 1S1N A; 1KQS A; 1K1Z A; 4M78 G; 4RTU A; 2H8H A; 1M8V A; 4QQ6 A; 3X28 B; 1UB4 A; 4EMG A; 2FZC B; 3TU4 K; 2J06 A; 3EFR A; 1PSF A; 1WNL A; 1KHC A; 2XHC A; 3I35 A; 3I55 A; 4PKC C; 1H8K A; 3PIP A; 1VQ6 T; 1KD1 C; 2COY A; 1B3Q A; 1NEB A; 3NMZ C; 1GFC A; 1WHJ A; 5KYW B; 1YWO A; 1VQK A; 2VV5 A; 4PJM A; 2KY9 A; 1UE9 A; 4M75 E; 4OF1 A; 2A08 A; 3OS2 A; 2DEQ A; 3I5R A; 4Y91 A; 2JM9 A; 4BD3 A; 1UHF A; 3MCA B; 4NOY A; 2R57 A; 1QVG P; 3CPW A; 4MZP A; 4QW2 A; 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