1X1PA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-197)-a(28-42)
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGAGAIIGLAVGGVVIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
publication title Structure of amyloid beta fragments in aqueous environments
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 55
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1x1pA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1x1pA01
3OYBA 4CJTA 1RBTA 4CIFA 3TANA 4KPYA 4IFVA 4BE1A 4DLGA 1KVBA 4CJEA 4W5RA 4DS4A 1R0AA 1LAVA 1WSIA 3A2FA 3LP2A 2HVIA 1VSEA 4CEAA 4FLZA 2HNDA 3LWMA 2ZE2A 3VQ6A 4CJKA 4JRPA 4B9UA 3CYMA 4CHYA 4B3OA 4LH4A 3TARA 3L2QA 4HTUA 3K5MA 3LPUA 3TABA 3IS9A 4CFCA 4PQUA 4NYFA 2W42A 3SQ2A 4N56A 3V9ZA 3PO5A 3ZSOA 3QEPA 2F8SA 3VQ9A 1KTQA 4KB1A 1IKVA 1D5AA 1WAJA 3CM6A 1Z25A 3C6UA 3QEWA 4FW2A 1NK9A 3CM5A 4EP5A 3SPZA 3ZSXA 4H4MA 3HYFA 2EX3A 3G10A 5CYMA 2G8KA 2G8UA 3LANA 4DF4A 1QSLA 1VSLA 3QLHA 3ZT2A 3RRHA 4FJIA 1HQUA 3AO2A 3WNFA 2RKIA 1X1PA 3VQ5A 4CECA 2G8FA 2WOMA 2O4IA 2D5RA 4KHWA 5SWMA 3L8BA 4DWIA 4NCAA 4PWDA 1JLQA 4CEFA 1RILA 2VG5A 1NJWA 1IKYA 3THVA 4CK3A 3S3NA 4ID1A 3LAMA 3C95A 2Y1JA 4HCCA 2HHQA 4CEDA 3G0ZA 2XY7A 1TKXA 3I8DA 2G8IA 1UWBA 1LV5A 2EHGA 1HMVA 1LWFA 4CEEA 4FJLA 4FJKA 3DRSA 3RMCA 4OLBA 2BANA 2YV0X 4BDZA 4Z4EA 1CLQA 4Z4FA 4FLUA 5E41A 4CFDA 3RMDA 3HO1A 2JLEA 3SUQA 4E0DA 4KTQA 3VQPA 3LP3A 4RW7A 5HROA 1NK4A 1MU2A 4RW9A 1FXXA 1U47A 3V9UA 1YT3A 1S9EA 2YNFA 3OVNA 2BGGA 2KTQA 4HUFA 4OVLA 4UQGA 2R7YA 3B6OA 5T7BA 4CJ5A 1EKEA 4C8KA 1RTHA 3NDKA 4RW6A 4M3TA 4CEQA 1A5WA 5KGWA 1TKZA 4NCGA 2ITGA 4KKOA 3V1OA 2PY5A 3AO4A 4Z4CA 4CERA 4HHTA 4DMNA 4CJUA 1BIZA 4AHRA 1RTDA 1JLBA 3OYCA 4CJWA 4HUEA 3LZIA 2QKBA 4KV8A 4PY5A 2I5JA 3OYEA 4CIEA 1J53A 3TAPA 3MEGA 4O44A 1S6PA 3FFIA 4CEOA 1VSIA 3NHGA 4ZTJA 4ELVA 2LSNA 4XIUA 3KTQA 1BISA 5I3UA 4PUOA 3NCIA 3PV8A 2OPPA 3NBPA 5FDLA 3NF9A 4BWJA 3V6DA 3O4QA 4J2BA 3SUOA 1QQCA 4I7FA 1ITGA 3SPYA 2X78A 2E6LA 4F8RA 5C42A 3DLEA 4O4GA 4CJPA 4DSKA 3QINA 1D9DA 1G15A 1VRUA 1YVUA 1SL1A 3HM9A 4DQIA 5HRRA 5DMRA 4DTNA 1NOYA 3V1RA 1ZBHA 3ZSYA 4OKKA 1NOZA 4HCBA 4Z0UA 1BCMA 2B6AA 4C8NA 1NK5A 3SV4A 1S1XA 1VSKA 4CJLA 3I0SA 4FLTA 4E7LA 1BIUA 5KGXA 1C1AA 5FRNA 3QNOA 3LPTA 1S1WA 2NUBA 4B9TA 3P1GA 1HYSA 4AILC 3MAQA 3ITHA 3IRXA 4TSXA 1U45A 1LWCA 4O55A 1L3TA 3KLIA 3DLRA 4W5TA 2XY5A 4R5PA 3AA2A 4OGEA 5FROA 4CJRA 3RMAA 5J2QA 4CGGA 3V4IA 3NF8A 2F96A 1T8EA 4QCLA 2B5JA 4MFBA 3SQ4A 2PZSA 3AA4A 1CXQA 1EP4A 3KK1A 3U3GA 3HJFA 4OLAA 3MXJA 3VQ8A 4CHPA 3LZJA 4N41A 3QIPA 2YKMA 4AHUA 2IOCA 4CHQA 4DSLA 2PYLA 1XHXA 1RT3A 4CJQA 4Z4HA 4F2RA 5I42A 2IS3A 2OPSA 2FC0A 4FJHA 4EP4A 1U4BA 2AJQA 1BI4A 1LAWA 1CXUA 3AVAA 3DYAA 3HVRA 1RT5A 4E7HA 2HW3A 4I2QA 2OPQA 1KLNA 4FZYA 3H08A 1RBRA 1Y97A 3DRPA 2P1JA 3DMJA 5DK5A 4DU3A 1J5OA 1Q8IA 4KAZA 3ZT1A 3AVNA 2GBZA 3SI6A 1D8YA 3K2PA 1KFDA 2XHBA 3CFOA 2P51A 1LW2A 4CFBA 3OYIA 4ZTFA 1RBUA 4AHVA 2X6NA 4FLWA 1L3VA 3C6TA 1NKCA 3AO5A 1SL0A 4FJNA 4M3WA 4WE1A 1RTJA 4IKFA 3QIOA 1VSHA 3OYFA 3O4NA 1S1TA 3B6PA 3MEDA 3TR8A 4CF2A 4CE9A 3PX0A 3KJVA 2VWKA 1NK7A 4B9MA 1ZBUA 5CYQA 3KIOA 4FJ7A 3HT3A 1ZBLA 4KHYA 3NFAA 4FLVA 4FZXC 3KLFA 1Q9YA 2HHUA 4KTWA 5J2NA 4CK2A 1F21A 1S5JA 3NGIA 1WNSA 2XRIA 3DLBA 2IAJA 1C1BA 3OS0A 3OYMA 3UIQA 1TGOA 2DTUA 5JS1A 3QEIA 2A1RA 4E3SA 4M3ZA 4BE0A 1VK0A 4FM1A 2A1SA 1ZBFA 3ULDA 1RDBA 1EX4A 4CJVA 4CGFA 3SUPA 3IG1A 3QO9A 3KLHA 5KRTA 4DFPA 3F9KA 1EETA 1JL1A 4CJFA 4F3OA 3RTVA 3ALYA 4KB0A 2OA8A 1SV5A 3RR8A 4W5QA 3ZSQA 4DLEA 1HYZA 3OYDA 3L2RA 2G8VA 4M42A 4IFYA 3TAQA 4MQ3A 4CGHA 1CZ9A 1RCHA 1UAXA 3V1QA 3CFRA 2FBVA 1N5YA 4EZ9A 2HHXA 3OJUA 3K58A 4O0IA 4E7IA 5HP1A 3MXMA 1XI1A 3DLGA 3TAFA 3OYNA 3ZT0A 4LY7A 5HRNA 1SUQA 2FBTA 1NJZA 4BWMA 2DFHA 4QOZB 4AH9A 4DTJA 4DFMA 4CF8A 1TK5A 2GUIA 1L5UA 3AO3A 4BDPA 4CJ3A 3OYLA 4CGJA 4E89A 1HNIA 1KRPA 2ATQA 3SJJA 4W5NA 1HNVA 4LD0A 1JXBA 4F2SA 4FYDA 2P5GA 3KK3A 4YNQA 3U3YA 1D9FA 2G8HA 4KHUA 1ASVA 3AVLA 1EXQA 1FK9A 1HRHA 2HB5A 1UOCA 4LSLA 3BDPA 3DOKA 3TI0A 2YNHA 4FVMA 3OYGA 1T03A 4B9SA 1SKSA 3SV3A 3ZSRA 1ASUA 3NF7A 1A5VA 2KFZA 1RT6A 4DSFA 3VQ4A 4CEZA 3SCXA 1X9SA 1BI4B 4DTPA 1S6QA 5KI6A 4AHSA 4KI4A 1QHTA 1WN7A 3K59A 5KTQA 3VA3A 1QSSA 4IG0A 4KHSA 4C8OA 4N5SA 3RWUA 1IH7A 3EZ5A 1BQMA 4K8ZA 4PA1A 4FLXA 1Q9XA 3PO4A 4KREA 3ZT3A 3TAGA 1WSJA 3LAKA 4Q0BA 1JKHA 3SUNA 3HL8A 3S3OA 4FJJA 1J9AA 3OYKA 3L2UA 3K5LA 3CFPA 4M3XA 4L8RB 2WONA 4B9LA 1ZBIA 1O1WA 1IKWA 4OGCA 1K6YA 4CF9A 1X9MA 1JL2A 3WNHA 1VRTA 4ZHRA 3V81A 1B9DA 1RNHA 4DSEA 5HRPA 4ID5A 4FLYA 2P5OA 4H4OA 3OJSA 2ZD1A 2Q3SA 4M45A 3NGZA 3NH2A 4KI6A 3AVCA 4Z4GA 1YTUA 4AHTA 1KSPA 1TK0A 3RMBA 1RT1A 3AA3A 4CGIA 4OPKA 4B08A 4B8CA 3KLEA 1RBVA 4KTZA 5CZ1A 3AVFA 1CZBA 2Y1IA 4ELUA 4J2EA 4RW8A 3VQCA 1RDCA 1WLJA 2GV9A 4FM0A 4E19A 1LWEA 2IDOA 3HPHA 3JSMA 3V9WA 1NKBA 4KHNA 2JGUA 5J2PA 3MEEA 4OKEA 3QEVA 1UA1A 3VA0A 1NJXA 1B92A 4OPJA 4I9LA 5HBMA 1TL3A 4FXDA 3WNEA 4IBNA 1NK6A 4OKJA 5K14A 3L2WA 4O0JA 4RW4A 2O4GA 3ISNC 3OS2A 1C6VA 1TKDA 2D0CA 3KLGA 4KO0A 1NK0A 2HHWA 1C0MA 5KRSA 3MXIA 3HP9A 3AVBA 3LP1A 2VG7A 2VWJA 3SQ1A 3QEXA 1I39A 4CHNA 4BE2A 1JXEA 3SNNA 4FJMA 2QKKA 3QNNA 1NJYA 4B9NA 1SL2A 1JLAA 4H8KA 1WSGA 3AVGA 3VN5A 1NKEA 4CGDA 3M8RA 3VQEA 4IDKA 3NE6A 4J2DA 3S3MA 2DFFA 3JYTA 1U04A 2B4JA 1RT7A 4JLHA 1BHLA 5HRSA 1NK8A 5D3GA 1WSFA 3HPGA 3HXMA 4CK1A 4Z4IA 1B9FA 3KK2A 1DLOA 4BACA 5C25A 4F4KA 4NYNA 2FBYA 1KVAA 1QE1A 4LSNA 1C1CA 2YKNA 1I3AA 3CG7A 3VQBA 2D0AA 1W0HA 3V9XA 1U49A 3P83D 3NAEA 4DS5A 3LALA 1WAFA 1KFSA 3RRGA 1RDAA 2Z1IA 2KQ2A 3T19A 4E1NA 3C94A 3OS1A 3K57A 4DFJA 4YFUA 3QESA 3U6FA 3S9HA 4CCHA 4FJGA 3M8SA 4FJXA 1HQEA 3L3VA 1QS4A 3K5NA 1VSFA 1TVRA 4KFBA 4CHZA 3ZCMA 1W9HA 3PX6A 1HJRA 1T05A 1RDDA 1KLMA 4FCYA 1DTTA 1WSEA 3ZT4A 4KRFA 2Z1HA 3AA5X 1TKTA 4AHCA 3OY9A 2RPIA 1GOAA 1REVA 3OYJA 5HLFA 4FK2A 3ASMA 1KCFA 4CHOA 2G8WA 4EZ6A 2IC3A 1FKOA 3AVHA 3DRRA 4GMJB 4J2AA 4QAGA 2DY4A 1GOBA 4C8MA 3I0RA 4C8LA 4G1QA 1T7PA 4CJ4A 3TAEA 3PUFA 1A5XA 3KD1E 1IG9A 4FJ8A 1BGXT 1J54A 5EU7A 2FBXA 4CF1A 3AVJA 1TAUA 4DG1A 2PYJA 2HHSA 2IGIA 4M3UA 2YHBA 4OJRA 1JLEA 3QERA 1S9GA 3NH1A 4I9QA 4FM2A 3HP6A 3O3FA 4JRQA 1FKPA 1VSMA 4HVJA 4DQQA 4DTRA 3HSTB 1TK8A 4DQRA 3NF6A 4JS5A 4B9VA 4CFAA 3IAYA 1SKWA 4DU1A 2RF2A 2E6MA 1TV6A 3HK2A 3VQQA 3T1AA 4FW1A 3EY1A 1YTAA 1X9WA 3LWLA 3DLKA 3K5OA 1VSJA 2KW4A 4W5OA 2HMIA 3EYZA 2HHTA 1IO2A 4DU4A 3LP0A 3HPOA 1L3SA 2OZSA 2XY6A 3HVTA 1JLGA 4M3RA 4DFKA 1JLCA 1HYVA 3E01A 4CJSA 3AV9A 3T3FA 4K8XA 1BL3A 1U48A 3O3GA 3SYZA 5J2MA 5CY4A 2XY8A 3AVKA 2DFEA 1RBSA 3AO1A 3NGYA 4BDYA 1XHZA 2Z1GA 3F73A 4O5BA 4FJ5A 1UA0A 1VSDA 4IG3A 4I2PA 4N47A 2YNIA 4HUGA 3BGRA 3ZSVA 2QXFA 4CF0A 4B8AB 4E7KA 3LDSA 4KHQA 3MECA 3DI6A 3O3HA 3SZ2A 1C0TA 2E4LA 1ASWA 2HVHA 1Z26A 2VG6A 3OYAA 2XO7A 3KKSA 3P5JA 1BQNA 1TAQA 1XC9A 4CESA 2BDPA 3WNGA 3D45A 5C24A 4M3YA 4E1MA 4DQPA 2HHVA 4CEBA 2ETJA 4ICLA 3TWHA 3DLHA 4DSJA 1BCOA 4Y1DA 2ZQBA 5CZ2A 3AVMA 3V9SA 1L3UA 1RT2A 4DTXA 1N6QA 2OYQA 3OYHA 4FZZA 2KFNA 1S1VA 3L3UA 5SZTA 4CIGA 3PY8A 4ELTA 4FJ9A 4F3TA 1ZYQA 2KZZA 3QETA 3DOLA 1HPZA 3ZSZA 1QSYA 3VQAA 2YHAA 1S1UA 3KD5E 4LH5A 1GOCA 3DM2A 4JS4A 3ZSWA 3VQDA 4DF8A 2QK9A 1JLFA 4FK0A 1KVCA 3TAMA 2Z1JA 4GVMA 1C0UA 3AVIA 4DTUA 4Y1CA 3NH0A 3L2VA 1DTQA 4DTOA 1QTMA 2OZMA 4DQSA 2KZMA 3VQ7A 1RTIA 4NCBA 2OPRA 4Q5VA 4M41A 3RR7A 5FRMA 2X6SA 3SQ0A 1IKXA 3CQ8A 5JS2A 1SKRA 1XWLA 2HNYA 2YNGA 4GW6A 3PX4A 4DTSA 4DTMA 2HNZA 1LW0A 4RG8A 3KKRA 1TL1A 4DSIA 3D0PA 2BE2A 2RN2A 1RT4A 2D0BA 4E7JA 4N76A 4FK4A 3M8QA 2F8TA 5J1EA 2X74A 1WSHA 3M8PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NUBA 1JTXA 4W5RA 1WSIA 2X6WA 4CVNE 3LWMA 2QKMB 2FOKA 3E7LA 3TARA 4LK1F 4BL0B 4PQUA 2YX7A 1IJJA 3FZLA 2W42A 3SQ2A 1OH8A 3VQ9A 1KTQA 3K4MA 4KB1A 5LGTA 1NK9A 3HYFA 3FX3A 4GFBA 3J81O 3AL0B 1HUXA 2D0PA 4IOCL 1LE8A 2YJFA 4ZYHA 5BMZA 3S3NA 2Y1JA 1IN7A 3ONQA 3EYIA 5AQRA 4Z4EA 3K10A 2QBYB 3M8FA 4XKBA 1HQCA 4CICA 1YXQA 4JKAA 5DM7L 4BJ6C 5J40A 1SZ2A 4DV6K 4BRCA 1Z1DA 2Z16A 1GLEG 1V4SA 3PQKA 2R3SA 2QKBA 2VBXA 2NNWA 2MGQA 2L7ZA 1WI3A 5ICGA 4QTRA 4HLXA 3KTQA 3NCIA 1N78A 5EF6A 5BR9A 4RB0A 3D2FB 1R1UA 4DTNA 2LC2A 3T1BA 4FLTA 3VPRA 1ZRDA 1NK2P 3CZ6A 2QWMA 1E3PA 3CMEN 3GXOA 1JKOC 3MKZA 4E1JA 2WAQA 3K1NA 3ATUA 2LDUA 5EZGA 4NLBA 2DPDA 2Y48A 2PMUA 4GCVA 2K9NA 4ABZA 3JS6A 3CO6C 3JW4A 3KJVA 4B9MA 2K27A 4FJ7A 2QWOA 2ICWG 1NNEA 4L18B 5J2NA 1S5JA 3VEZA 4Y7NJ 2UXNA 5FPEA 2MH2A 2ZNZA 3A5OC 4RMNA 1FOYA 3QO9A 3RR8A 1GLAG 3JTGA 4YG2F 2VWBA 2CJJA 3V1QA 3TTDA 4O0IA 3OL4A 5GTIC 2HBMA 4N4OB 1N75A 2O61A 1L5UA 3FISA 2IBDA 3LSRA 1JXSA 3SJJA 5CJ9A 4W5NA 4FYDA 1QQOA 5AQHA 4G6TB 1WPKA 4D7MA 2P9SB 1Z91A 1OH5A 5LRSA 2QA4I 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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