The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
91
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structure length |
91
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Chain Sequence |
GSSGSSGMSSVSEVNVDIKDFLMSINLEQYLLHFHESGFTTVKDCAAINDSLLQKIGISPTGHRRRILKQLQIILSKMQDIPIYASGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SAM domain of human ARAP2
rcsb |
| molecule keywords |
ARAP2
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
18
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00536 | SAM_1 | SAM domain (Sterile alpha motif) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GLE A; 3HIL A; 1X66 A; 1WWV A; 1LKY A; 1DXS A; 1B4F A; 2DKX A; 2Y9U A; 1SXD A; 3H8M A; 1RG6 A; 2KG5 A; 2KMD A; 3BS5 A; 2DL0 A; 3KKA A; 4NJ8 A; 1X9X A; 5JTI A; 1PK3 A; 2E8M A; 1V38 A; 1SXE A; 2EAP A; 3BQ7 A; 2QAR B; 1X40 A; 2LPE A; 2D3D A; 1SGG A; 1WWU A; 4NL9 A; 2KSO A; 2EAO A; 4IS7 A; 2QKQ A; 2L5Y A; 5J8Y A; 1PK1 A; 2E8P A; 1SV0 C; 2KIV A; 2QB0 A; 2FE9 A; 5JU5 A; 2K60 A; 2EAN A; 3K1R B; 1OXJ A; 5F3X B; 4PZN A; 3SEN A; 3TAC B; 5KNI A; 2LMR A; 2B6G A; 2ES6 A; 1SV4 A; 4MHV A; 3TAD C; 1COK A; 2F3N A; 2EAM A; 1LKY B; 1F0M A; 3BS5 B; 2D8C A; 2F44 A; 1UCV A; 5J8Y C; 4RQN A; 2E8N A; 2QAR A; 1Z1V A; 4PZO A; 2E8O A; 3IDW A; 2QB1 A; 3KKA C; 2Y9T A; 2KE7 A; 5L1M A; 2DKZ A; 1B0X A; 1V85 A; 4RQM A; 2JV3 A; 1SV0 A; 2K4P A; 1OW5 A; 2KSO B; 2ESE A; 1JI7 A; 4NL9 C; 3SEI A; 3BS7 A; 5JRT A; 1PK1 B; 2YTU A; 1KW4 A; 2QB0 B; 3TAD A; 2F8K A; 1UQV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O5C A; 4M0A A; 1X66 A; 1WWV A; 2FJ6 A; 1B4F A; 3AU2 A; 1K5O A; 5KFR A; 2ISP A; 1X2I A; 3RFA A; 5ALE A; 1FFV A; 4Q44 A; 4R66 A; 3WK5 A; 4OJO A; 3Q8S B; 9ICF A; 4R8U A; 4QJF B; 3QEA Z; 2UVW A; 9ICG A; 3PML A; 4A8E A; 4I2F A; 5AM5 A; 3MR3 A; 5AM4 A; 1CI4 A; 1RQL A; 3C21 A; 3ETL A; 2KHQ A; 4PJ0 U; 4QZA A; 3NVZ A; 2WF8 A; 2RHF A; 4IC9 A; 4US9 A; 4F5N A; 4I29 A; 1Q46 A; 3PW0 A; 5IIN A; 5DB6 A; 3H8S A; 4C8M A; 4DOA A; 2HHX A; 3MR2 A; 1NOM A; 5AI5 A; 2LBO A; 4CF5 A; 7ICE A; 4J03 A; 1ZQI A; 4XQ8 A; 3RJI A; 5KFM A; 3OGU A; 4QZ8 A; 2FI1 A; 3F5A A; 4DEZ A; 1NKB A; 2F77 X; 3NGD A; 2JEG A; 3NRW A; 2ASL A; 5AK6 A; 2DKZ A; 4R8U B; 5KFN A; 1KTQ A; 1X9S A; 2Y0S C; 1D9D A; 4Y2J A; 1OW5 A; 2HDO A; 1Z3E B; 4NLN A; 8ICY A; 5HR7 A; 4Z6C A; 2G08 A; 1ZQX A; 3PV8 A; 3S6J A; 3TAD A; 5CHG A; 2F8K A; 3I28 A; 2YN4 A; 3C2L A; 3SV4 A; 7ICM A; 4ELV A; 5IIK A; 9ICV A; 5AIC A; 2H3Q A; 3WU2 U; 2LYB A; 5IIM A; 2DL0 A; 5III A; 5ALM A; 1L3S A; 3N7R C; 4B9U A; 3OSP A; 5ALN A; 2C2E A; 4XUS A; 1SXE A; 5AM2 A; 4YR2 A; 4DSE A; 3Q8M A; 2WTF A; 1RPL A; 3ONN A; 5KFJ A; 4LZG A; 9ICU A; 2BCR A; 1LB2 B; 4K4H A; 3FC4 A; 2HHU A; 1RDF A; 5J0S A; 4F72 A; 3C23 A; 5ALG A; 1WG8 A; 3D2N A; 4ELU A; 7ICJ A; 1A77 A; 2W9B A; 4M04 A; 3F5E A; 2NRZ A; 2W43 A; 4NM2 A; 3MGH A; 1T8E A; 2W9A A; 2H3I A; 1UHU A; 3K1R B; 4Q45 A; 3D2Q A; 4KTQ A; 5ALR A; 3B9J A; 3I1Y A; 3PVX A; 3PO5 A; 3T79 A; 1U47 A; 2EZX A; 1JN3 A; 3V7J A; 5ALW A; 1UCV A; 3NVW A; 4YR3 A; 4GC7 A; 4O3R A; 1ZD3 A; 2K89 A; 4YCX A; 7ICP A; 2MRL A; 1ZJM A; 2KE7 A; 2HCF A; 2G0A A; 2WF7 A; 3C2M A; 3RB4 A; 3WKE A; 1OUQ A; 3L3F X; 2HHT A; 2H5X A; 4ECS A; 2OM6 A; 3D6J A; 4NLC A; 1D8Y A; 3C5F A; 2W9B B; 3UQ2 A; 2W03 A; 2W04 A; 2ZUB A; 4UB5 A; 5J2I A; 1T3N A; 1KW4 A; 4QW9 A; 3UXN A; 3RRG A; 5AKK A; 5AKI A; 3C28 A; 4KN7 A; 4U7C A; 1L6N A; 3WK4 A; 4BX9 C; 1NK4 A; 2WFA A; 3M9O B; 4NWI A; 1ZQN A; 3B0Y A; 5EE0 A; 4AYB F; 2E8M A; 4R63 A; 4AYB C; 4EEY A; 3SV3 A; 4DL6 A; 1QQ6 A; 4EBC A; 1SL1 A; 8ICA A; 1TKD A; 1V38 A; 3HW8 A; 2Q4T A; 1BPY A; 3N97 B; 4US8 A; 2K8C B; 4QZC A; 2H3V A; 5ALL A; 2UVR A; 4IS7 A; 1ECW A; 1XSN A; 5AIB A; 2QB0 A; 2W7P A; 3DV9 A; 5KFI A; 2E3T A; 2V9W A; 4DL3 A; 1MQ2 A; 5F3X B; 5KL1 B; 3L4P A; 5ALF A; 4RQ7 A; 3L5K A; 4DSL A; 1ZD5 A; 2NV3 A; 2MUT A; 4QZ9 A; 4QZG A; 3RTV A; 1Z4N A; 5KFO A; 3ALR A; 5AI9 A; 2XC9 A; 1TAQ A; 2F2A B; 4RUA A; 2E8N A; 5KFZ A; 4CCH A; 5AKX A; 2E1F A; 2BGW A; 1RXV A; 2CPR A; 4UB2 A; 2YQE A; 4F50 A; 4C4R A; 4RQM A; 3H8W A; 1VJ5 A; 2EQY A; 2F1H A; 2KN7 A; 1U49 A; 1X42 A; 4O3Q A; 3QE9 Y; 4KLO A; 3V72 A; 2Y1J A; 4KLI A; 3CRX A; 4QWD A; 2YTU A; 3EWA A; 2QB0 B; 5KFP A; 9ICN A; 1L7M A; 1BPD A; 4DFK A; 3UXP A; 1ZD4 A; 3GIL A; 1BVS A; 2XY7 A; 2ZTC A; 5BOL A; 4NLK A; 2N1R A; 1HUZ A; 2MUT B; 4F4X A; 4FE3 A; 5L1J A; 1SKS A; 1ZQR A; 2B0C A; 1Q3U A; 2KVS A; 1MQ3 A; 1DGJ A; 4C8O A; 4EZ9 A; 1NK7 A; 5KFE A; 3CYM A; 2F76 X; 2AGQ A; 2G09 A; 5L1K A; 5EWE A; 8ICB A; 1ZD2 P; 1RQN A; 3U26 A; 3SR6 A; 4MF2 A; 4DQS A; 2E8P A; 2JR5 A; 3K4G A; 1JIH A; 5AKL A; 2C2D A; 3D2S A; 4UBB A; 3ZDA A; 3I76 A; 4ECX A; 4DWI A; 4I28 A; 3GII A; 2HHW A; 4RNN A; 4MFC A; 4F5Q A; 4PGY A; 4Y2Y A; 1F0M A; 4JUZ A; 1NJW A; 3TAQ A; 3Q8Q B; 5G5G A; 3SAF A; 7ICI A; 8ICI A; 1S0O A; 4RQN A; 1Z1V A; 4QWE A; 4UAU A; 3MAB A; 4RQ5 A; 4UAW A; 5EWF A; 1ZRM A; 5CA7 A; 4ELT A; 1F5S A; 3ETR A; 4F4W A; 1U9L A; 1V85 A; 3N4M B; 3EW9 A; 3T3F A; 4PPX A; 5B5E U; 2CRX A; 1ED1 A; 5KFH A; 9ICB A; 2PI4 A; 4IRD A; 1CUK A; 4NL9 C; 2AGO A; 2IOF K; 8ICG A; 2ZJA A; 1KRP A; 5ALS A; 2W7O A; 1NZP A; 3ISD A; 2YX8 A; 2DPI A; 5ALX A; 3QUC A; 4F8R A; 4DL5 A; 1UQV A; 3EPG A; 2KOB A; 2HW3 A; 2JEF A; 4JV1 A; 2HHS A; 2CXY A; 3ZD8 A; 2Y9U A; 4UAZ A; 4CE6 A; 1X6J A; 4GXJ A; 1HEK A; 4P4P A; 5J0P A; 5KT2 A; 4UW9 A; 1L3V A; 1B22 A; 1JXE A; 2NRT A; 4OJP A; 4K4I A; 3T5L A; 5CRX A; 3SMV A; 2LKY A; 1WWU A; 2KIW A; 2IMW P; 2CN1 A; 1KEJ A; 4F4K A; 4KLL A; 3KHR A; 3NUQ A; 4UB6 U; 1NK6 A; 1ZQG A; 2DGZ A; 3HJE A; 2KJ5 A; 1T94 A; 4JV0 A; 2JH7 A; 9ICJ A; 2XI9 A; 3SAG A; 2K8A A; 4OCZ A; 1L8L A; 5D49 A; 2I6X A; 4RPX A; 2ODG A; 4C8L A; 5DB9 A; 3OTQ A; 4ED8 A; 5KFK A; 3SYZ A; 1ZXI A; 4PL1 A; 1TAU A; 2F3N A; 5ALD A; 3QNM A; 3OSN A; 1RYR A; 4TUQ A; 1JRO A; 4KLM A; 4F91 B; 4EZ6 A; 2PMZ F; 1N2X A; 5KFV A; 3UMC A; 2PMZ C; 3Q8R B; 2G5H B; 2ZG6 A; 2Y9T A; 1N56 A; 2XCA A; 2VA2 A; 3SQI A; 3DEE A; 4LJX A; 1KL9 A; 1XNS A; 3PX6 A; 1J97 A; 2EZZ A; 4DCC A; 3HRD D; 5DDY A; 4KN4 A; 4NXZ A; 1ZQY A; 4F5R A; 1KSP A; 5KTQ A; 3SEI A; 2RDI A; 2JEJ A; 7ICL A; 4IR1 A; 2KJ8 A; 1ZQV A; 1XSL A; 1TK8 A; 4ECT A; 4M9H A; 1FFU A; 2XIC A; 4KMO B; 2AHO B; 1LKY A; 2KZM A; 4KLT A; 1ZYQ A; 4J9P A; 4XRH A; 1Z19 A; 2LI6 A; 3KKA A; 2HBK A; 4DFM A; 1Z00 A; 2FPM A; 3PR5 B; 8ICS A; 5D46 A; 2ZUC A; 2FPK A; 1HIW A; 2R18 A; 2PI5 A; 1KQQ A; 5CR0 A; 4UAR A; 3IN5 A; 2KIC A; 1A0P A; 4PL2 A; 1YT3 A; 4UQG A; 2OHF A; 1H38 A; 1BNO A; 3AUO A; 5IIO A; 4GIB A; 1X9W A; 4FZL A; 4ECZ A; 1S10 A; 2ZXH A; 2KIV A; 4CRX A; 2ZIV A; 4DQI A; 1V9P A; 3FYH A; 1BNP A; 2EAN A; 2HOQ A; 4IQW A; 1S0V A; 3FM9 A; 4EEN A; 5AM0 A; 4G9B A; 1SV4 A; 1X6I A; 4YFK A; 3HP6 A; 1LKY B; 4KLH A; 3GFK B; 4F4Y A; 5DB8 A; 3UXO A; 2PXI A; 4CF3 A; 4YMN A; 2ZIW A; 1Z00 B; 3UM9 A; 2ZJ5 A; 4K4G A; 7ICV A; 4KIT B; 8ICU A; 5CWR A; 2ZIX A; 4QW8 A; 4J9Q A; 4YQW A; 4Z6F A; 5J0O A; 1D8L A; 4ICA A; 4PGX A; 1XO0 A; 4ED2 A; 2DUY A; 5BOM A; 1NZB A; 4MFF A; 2W3R A; 3IRU A; 4LZD A; 3JPN A; 4RQ8 A; 4F5P A; 3BQT A; 2RRD A; 3JPR A; 2WF5 A; 2ZIV B; 5AI8 A; 3OPX A; 4OJ6 A; 2G07 A; 3MC1 A; 3PSP A; 2KZZ A; 4ZH4 A; 1KFD A; 2LYA A; 3LDA A; 3PSF A; 3H8M A; 3JPQ A; 2PFP A; 2NRV A; 3RJH A; 3PSI A; 4NJ8 A; 2FLL A; 3MFI A; 1T3Q A; 5D4B A; 2YML A; 3SI8 A; 4FO6 A; 2OCE A; 5HHI A; 1QSS A; 2EAP A; 4I2D A; 4RUC A; 2ZIW B; 1A76 A; 9ICL A; 1S0N A; 4RNM A; 3R9K A; 2ZIX B; 3PNC A; 2PFO A; 4NLZ A; 3NAS A; 4GFJ A; 2KHV A; 5ALI A; 2ZTE A; 9ICR A; 4FBU A; 5KFL A; 8ICC A; 3H4D A; 4DF4 A; 3G6V A; 4BGD A; 5AKG A; 2XY6 A; 1OXJ A; 2AQ0 A; 1U45 A; 4EBD A; 3M8R A; 2GO7 A; 4Y2P A; 3H40 A; 1Q3V A; 2B6G A; 4DFP A; 1ZQW A; 5KG6 A; 3TAD C; 2ALZ A; 3RR7 A; 4C7Y A; 3V6J A; 3H0L B; 5HR6 A; 8ICM A; 1NI3 A; 1ZQZ A; 2W9M A; 5B66 U; 2BDP A; 9ICS A; 1QQ7 A; 1WUD A; 3IDW A; 2FLN A; 5KFG A; 3GQC A; 1LVH A; 3CW2 C; 3MGI A; 3F53 A; 3PR4 A; 1TV9 A; 2EZY A; 1JUD A; 2VIX A; 5AI6 A; 1NK9 A; 2BR0 A; 3PW7 A; 4I2J A; 9ICA A; 1J2M A; 4M9N A; 4USA A; 9ICT A; 3ZDC A; 1TE2 A; 3THV A; 2XO7 A; 2FLP A; 2FMP A; 4KLD A; 3M9N B; 5AK3 A; 1C20 A; 3FDS A; 5KFQ A; 1ZQP A; 4IL6 U; 1QLN A; 2RLT A; 2YB1 A; 4KLU A; 2HHQ A; 5HMM A; 1KN5 A; 3PW4 A; 2LHT A; 5ALO A; 4FZN A; 4NM1 A; 2WB1 F; 1GO3 F; 2VJ4 A; 5HNK A; 1N60 A; 4I2H A; 3TAR A; 4PHD A; 4MEX A; 3ED5 A; 3C29 A; 3QUB A; 2LPE A; 3IG8 A; 4BUG A; 5KFS A; 2D3D A; 4FFD A; 4C4T A; 2R8I A; 7ICU A; 3O0F A; 1QSY A; 4EX7 A; 1FEZ A; 2A1A A; 4OJ5 A; 3JPP A; 2KZ3 A; 4RQ0 A; 5DLF A; 1VDV A; 3QUT A; 4BJQ A; 2Y1I A; 2V4R A; 5L1I A; 2K60 A; 4DQR A; 1O03 A; 2JRZ A; 5KFT A; 5EOZ A; 1JAL A; 4YVZ A; 3SEN A; 5J2C A; 1DGS A; 2BQ3 A; 2VJ5 A; 2I9G A; 3M7D A; 4RZR A; 3V6H A; 2ZJ8 A; 1ZET A; 4QZF A; 1K1Q A; 5DLG A; 1SKW A; 4J9M A; 1B0X A; 1T7P A; 3G6Y A; 5CP2 A; 3RR8 A; 5J2J A; 5DGB A; 4ACO A; 4BXO A; 4KLS A; 8ICF A; 4EBE A; 2KKV A; 1S77 D; 3HX0 A; 3F2C A; 1ARO P; 2J6U A; 1HJP A; 3HPO A; 3GIK A; 9ICX A; 1N62 A; 3C2K A; 2NO4 A; 4YD1 A; 3JPT A; 2OWO A; 2XCP A; 4UAS A; 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1RG6 A; 4P4M A; 3ZDD A; 2C22 A; 2W8L A; 7ICF A; 3V7K A; 3MGV A; 5JTI A; 1XS9 D; 1ZQB A; 5DQG A; 4O3S A; 2C28 A; 5AI0 A; 4NV0 A; 3H8J A; 4YMO A; 3BQ7 A; 1NK8 A; 4OO1 J; 5AHX A; 2W3S A; 7ICT A; 4MF8 A; 8ICE A; 4DOC A; 3N7P D; 3KBB A; 4DSK A; 3IG5 A; 1DK3 A; 4M6W A; 3H0M B; 1ZQJ A; 3QXG A; 5DQI A; 4Y2U A; 3GV8 B; 2NRX A; 2AQ4 A; 2FE9 A; 5CJ7 A; 3HWT A; 1COO A; 5JU5 A; 3M8S A; 4ED7 A; 3NTU A; 2RDJ A; 3TFS A; 4F5O A; 5KFU A; 3PY8 A; 5J0T A; 5J2B A; 1S5L U; 1L5U A; 1NJY A; 3RJG A; 2JH1 A; 2XVT A; 4JV2 A; 4RPZ A; 5AKJ A; 3IHQ B; 3GIJ A; 3BDP A; 4YXM A; 1PUZ A; 3PX4 A; 1ZQE A; 3ISB A; 3WK7 A; 2XGP A; 4X5V A; 3KOO A; 2R8J A; 5EE9 A; 4GLX A; 5HML A; 2P66 A; 8ICJ A; 1SV0 A; 4PHE A; 2YY6 A; 2R8H A; 1D8B A; 2AXT U; 4C80 A; 4M6W B; 4DFD A; 3RBE A; 1ZQK A; 5DBB A; 3MDA A; 4UAY A; 5ALZ A; 2VAN A; 5AM3 A; 2I5H A; 3K1Z A; 4M9L A; 4ED6 A; 4CDG A; 2EDU A; 4YP3 A; 2MSN A; 4ECQ A; 2K4E A; 1YZ7 A; 2KNJ A; 3E58 A; 3KTQ A; 5AIA A; 4WJ3 B; 2IHN A; 3M1Y A; 3QU2 A; 1UT5 A; 1ZQH A; 3TFR A; 1QTM A; 1IM4 A; 4DL2 A; 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