The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
b'GSSGSSGLNDLKESSNNRKARVLYDYDAANSTELSLLADEVITVFSVVGMDSDWLMGERGNQKGKVPITYLELLNSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Endophilin B1 (Sh3g1b1)
rcsb |
| molecule keywords |
SH3 domain GRB2-like protein B1
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| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| total genus |
9
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| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.1.-: |
| pdb deposition date | 2005-05-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GQI A; 4AG2 C; 2K2M A; 1GBR A; 2RQW A; 1SHG A; 4X1V A; 4LNP A; 1K1Z A; 2EGC A; 1UHC A; 3ULR B; 2XMF A; 1CKB A; 1WXU A; 1YNZ A; 2C0O A; 2GGR A; 3FJ5 A; 1UJY A; 5FWC A; 4Z88 A; 1S1N A; 1WFW A; 3QWX X; 1G2B A; 3REB B; 4LUD A; 3VS1 A; 2D0N A; 1GFD A; 2J05 A; 3RNJ A; 5I22 A; 2OAW A; 2I0N A; 2ENM A; 1X69 A; 1ZX6 A; 1IO6 A; 1U06 A; 2YUO A; 1ZBJ A; 1YWP A; 3EG3 A; 1X6B A; 1RUW A; 5IHN A; 2EKH A; 1PKS A; 1T3L A; 1OOT A; 1W70 A; 1AWO A; 4OML A; 1UJ0 A; 3REA B; 3PE0 A; 1CKA A; 4J9H A; 2A36 A; 3H0H A; 4J9C A; 5IXB A; 1NYF A; 3M0P A; 2CSQ A; 1AD5 A; 1ABQ A; 3VS5 A; 1PRM C; 2DL7 A; 2CT3 A; 3RBB B; 1EFN A; 1RI9 A; 1VYT A; 2KRS A; 1NLO C; 1B3Q A; 1X2Q A; 4J9I A; 3UAT A; 3UF4 A; 3SHW A; 2FPF A; 2O2O A; 2DJQ A; 1AVZ C; 2FRW A; 2DL5 A; 1SEM A; 4RUG A; 4GBQ A; 2ROT A; 2DBM A; 4CC7 A; 2SEM A; 4RTV A; 2GNC A; 1PHT A; 2MOX A; 4QT7 A; 1JU5 C; 1K0S A; 2L3S A; 1T0H A; 2D1X A; 4R0K A; 1ZUY A; 2J6K A; 2DNU A; 1UHF A; 2AZV A; 2DBK A; 1SSH A; 1E7O A; 1GBQ A; 4F16 A; 2A37 A; 1GCQ A; 4RTT A; 4AFU C; 4GLM A; 2EW3 A; 2FG0 A; 2X3X D; 4RTW A; 1UE9 A; 2DIL A; 2EVR A; 4EIK A; 4RTY A; 1GCQ C; 1X2K A; 1UG1 A; 1RLP C; 2CT4 A; 2V1Q A; 1YN8 A; 2CUB A; 1NLP C; 3EG2 A; 4K11 A; 4JPB W; 2BZY A; 1M3A A; 3I5R A; 2W10 A; 4J9F A; 3I5S A; 1JQQ A; 5ECA A; 2IIM A; 5FW9 A; 1T3S A; 2EGA A; 3U23 A; 1JXO A; 2LP5 A; 4HVV A; 1SHF A; 2NWM A; 2M51 A; 2KXD A; 1AZE A; 1MV3 A; 1W6X A; 4DEX A; 2DE0 X; 1FYN A; 2A28 A; 1WLP B; 2DYB A; 2AK5 A; 1GCP A; 3EHQ A; 1U5S A; 2PZ1 A; 1ZUK A; 1B07 A; 4RTZ A; 3H0F A; 1PNJ A; 1AWX A; 1SPK A; 3VS7 A; 4WCI A; 2FRY A; 1NEG A; 2J6F A; 2YUN A; 1UFF A; 2JMA A; 2PNI A; 2LNH B; 1K9A A; 1UTI A; 3VS4 A; 2CUD A; 2BZ8 A; 3C0C A; 2RN8 A; 2KYB A; 1JO8 A; 5IHK A; 1HJD A; 2JM8 A; 2KRN A; 2EYX A; 4HVW A; 2RMO A; 2OI3 A; 1FMK A; 1PKT A; 2KNB B; 1M3B A; 4JJC A; 2KR3 A; 3H0I A; 3VRZ A; 2KBT A; 2C0I A; 2L2P A; 2SRC A; 2V1R A; 2KXC A; 2QDL A; 3O5Z A; 4HVU A; 2DM1 A; 3GBQ A; 3QWY A; 3H41 A; 2EQI A; 1M30 A; 1E6G A; 1KSW A; 1J3T A; 2X3W D; 1JXM A; 4JZ4 A; 2ABL A; 4F14 A; 4JJB A; 4OMP A; 1I1J A; 5FWB A; 1UDL A; 2ED1 A; 2K7A A; 1X43 A; 2FPE A; 2HDA A; 1PRL C; 3EG0 A; 2DRM A; 2ROL A; 2L3P A; 1Y57 A; 2OJ2 A; 2DVJ A; 1WX6 A; 4LUE A; 4J9D A; 1T0J A; 1WIE A; 3R6N A; 2O88 A; 1AOJ A; 5I11 A; 1ABO A; 1WDX A; 4LN2 A; 2JM9 A; 2EBP A; 4D8K A; 3M0T A; 1NEB A; 2L0A A; 2HEQ A; 3M0R A; 2K6D A; 2LQN A; 2O9V A; 1BBZ A; 4AFS C; 1U3O A; 2KEA A; 1OV3 A; 1SRL A; 3VS0 A; 5HCK A; 1PWT A; 2D8H A; 1QWE A; 2DMO A; 2HBW A; 3CQT A; 3PVQ A; 4ORZ A; 2EYY A; 1I07 A; 2O9S A; 2BTT A; 2GTO A; 5EC7 A; 2JTE A; 4J9E A; 4J9G A; 2JT4 A; 3NPF A; 2DL4 A; 4HCK A; 4E6R A; 1AWJ A; 2E5K A; 2PTK A; 2KRM A; 1KIK A; 2RPN A; 3A98 A; 3M0U A; 3M0S A; 2J6O A; 1OEB A; 4LE9 A; 2J06 A; 2CH4 W; 1RLQ C; 1TUD A; 2HSP A; 3IQL A; 5GJW B; 2RNA A; 1AWW A; 1WXB A; 1HSQ A; 2M0Y A; 1HD3 A; 2EGE A; 2KT8 A; 1Z9Z A; 2VVK A; 3EGU A; 2RQV A; 1X27 A; 4RTX A; 2MCN A; 1LCK A; 3NMZ C; 1TUC A; 1QKX A; 1MUZ A; 1VA7 A; 1N5Z A; 2EYW A; 1JEG A; 1ZSG A; 2RF0 A; 3LH5 A; 1KFZ A; 2KGT A; 3NHN A; 4RTU A; 1Y0M A; 2A08 A; 1BK2 A; 2LJ1 A; 4CC2 A; 2K3B A; 5IHI A; 2D8J A; 1I0C A; 1UGV A; 3UA6 A; 1QCF A; 1YP5 A; 2P4R A; 1QWF A; 3TSW A; 2BZX A; 3VS3 A; 1VYU A; 2H8H A; 4FSS A; 2JS0 A; 2NUZ A; 2DA9 A; 3VRY A; 4JJD A; 4A63 B; 4CC3 A; 2YDL A; 4ESR A; 2LQW A; 4IIM A; 2C0T A; 3SEM A; 2YSQ A; 2VKN A; 2RQR A; 1WI7 A; 2GBQ A; 4D8D A; 4AFZ C; 5GJV B; 1NYG A; 1BB9 A; 3JV3 A; 3TVT A; 1GRI A; 4ZNX A; 1YCS B; 1QKW A; 1X6G A; 2LX7 A; 2JS2 A; 3VS6 A; 2FPD A; 4HXJ A; 1E6H A; 3THK A; 3ZL7 C; 4CC4 B; 1H3H A; 2RQU A; 2ESW A; 2O31 A; 2K79 A; 4IIO A; 1M27 C; 1BU1 A; 2YT6 A; 1KJW A; 1ZUU A; 1AEY A; 1ZLM A; 1V1C A; 1H92 A; 2KE9 A; 2L3Q A; 2K9G A; 2HCK A; 1NM7 A; 4JZ3 A; 1VYV A; 2DX1 A; 2ED0 A; 1GL5 A; 4M4Z A; 1K76 A; 1YWO A; 5IH2 A; 1TG0 A; 2DRK A; 5L23 A; 4F17 A; 5IXF A; 2JMC A; 2LJ0 A; 1K4U S; 2KYM A; 2W0Z A; 3I35 A; 2KT1 A; 1WYX A; 1G83 A; 4J9B A; 3KFV A; 3EG1 A; 4OMM A; 1M3C A; 2AKL A; 1XOV A; 2YUQ A; 2EYZ A; 1WXT A; 4AG1 C; 2G6F X; 1SRM A; 1K0X A; 1Z9Q A; 2JW4 A; 3UA7 A; 1AZG B; 2KRO A; 3M0Q A; 1M8M A; 1OPL A; 2FO0 A; 2F2V A; 1QLY A; 3EHR A; 2AKK A; 4Y92 A; 1UEC A; 4Z89 A; 1CSK A; 2CRE A; 3TSZ A; 1A0N B; 1UUE A; 1W1F A; 3PVL A; 4DEY A; 3NGP A; 2DLP A; 2ECZ A; 4AFQ C; 2B86 A; 3I9Q A; 1NG2 A; 4OMQ A; 2FEI A; 2F2X A; 2AZS A; 1MV0 B; 4OMN A; 2F2W A; 2DF6 A; 2LZ6 B; 4KRT A; 2VWF A; 2CSI A; 3VS2 A; 2MIO A; 4OMO A; 1H8K A; 1ARK A; 2RQT A; 2CDT A; 1WA7 A; 2LCS A; 2CH4 A; 2EPD A; 2DL3 A; 2J7I A; 2YUP A; 4Z8A A; 1GFC A; 2LJ3 A; 2JXB A; 1OPK A; 2GTJ A; 2DL8 A; 2LMJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AG2 C; 1I5O B; 1OU9 A; 2OTJ Q; 1SHG A; 5KYU B; 1I5L A; 4LNP A; 1RAA B; 3ULR B; 1YJ9 Q; 1RAC B; 5CKF A; 1VQL Q; 1WXU A; 4JJN K; 2C0O A; 1UJY A; 5FWC A; 4A4K A; 3SD4 A; 2D0Q B; 4LUD A; 3VS1 A; 4A54 A; 2E10 A; 1GFD A; 2RHZ A; 3RNJ A; 3OYD A; 4OMF B; 2OAW A; 4M75 A; 4JRQ A; 1OZ3 A; 3RKX A; 1YIJ A; 1LNX A; 5M9O A; 1IO6 A; 1NJI U; 4E7K A; 2YUO A; 1ZBJ A; 4NS5 A; 2QAZ A; 3I55 Q; 4PJM A; 3Q1J A; 5IHN A; 2R5A A; 2EKH A; 1AWO A; 4OML A; 3REA B; 2DEU A; 4M75 E; 2A36 A; 3H0H A; 4KGX B; 1ZA2 B; 3RMS A; 2CSQ A; 3LLR A; 3VS5 A; 2KRS A; 3P8B B; 5GMK h; 3LWH A; 3QPH A; 2COY A; 2Y4X A; 3A8M B; 4FYY B; 4JS4 A; 3VU3 C; 1NLO C; 5D6W A; 4HT9 A; 2FPF A; 4BY6 B; 1YJW T; 2FRW A; 3OS1 A; 4JUV A; 4RUG A; 3RES A; 4A4F A; 3MEU A; 2GNC A; 2K5I A; 2WSE E; 1NPR A; 4QT7 A; 1K0S A; 3CC2 Q; 5HK3 A; 2P4T A; 2HL3 A; 1U1T A; 5GAO l; 2IPO B; 2DNU A; 1UHF A; 1WHM A; 1MGQ A; 2AZV A; 2DBK A; 1WHH A; 5AT1 B; 1VQO A; 3NFC A; 2CZ6 B; 1BI1 A; 1RAG B; 2R57 A; 3J80 E; 4RTW A; 1UE9 A; 2EVR A; 3G1J A; 4EIK A; 1M1K C; 1ZA1 B; 1UG1 A; 4EDU A; 2P84 A; 1O75 A; 1B34 A; 2CUB A; 3CCM Q; 1M1G A; 4K11 A; 2C06 A; 2M0O A; 1M3A A; 2W10 A; 4J9F A; 3I5S A; 1JQQ A; 2QXF A; 2IIM A; 4P5N A; 3U23 A; 1SHF A; 2NWM A; 2M51 A; 2KXD A; 1AZE A; 1W6X A; 5CKB A; 4DEX A; 1FYN A; 4UC4 A; 3X25 B; 4MMK A; 3CD6 A; 1IXD A; 5LJ3 j; 4JRP A; 4LDX A; 3CPW A; 3EHQ A; 2MF2 A; 1K8A C; 1TUG B; 3V7S A; 3OYN A; 2V8J A; 5DY9 A; 1WHJ A; 2AHJ B; 5GAN 7; 2XKO C; 3A8G B; 3QXE B; 2CS7 A; 4WCI A; 1OI1 A; 1NEG A; 2EQU A; 2O4X B; 4KGV B; 2YUN A; 1UTI A; 3MO8 A; 2CUD A; 3C0C A; 4LDU A; 2RN8 A; 1D1A A; 5KCO A; 1PC0 A; 5IHK A; 3V8J A; 4HVW A; 4KBM B; 2DER A; 4ANJ A; 2E6N A; 1PKT A; 2E4H A; 4C92 B; 2KNB B; 4LD9 K; 4PFO A; 4JJC A; 3H0I A; 3VRZ A; 4XU1 A; 1D09 B; 2L2P A; 2FZG B; 2SRC A; 2DTH A; 1MMA A; 4C92 D; 2KXC A; 3MJX A; 5KE3 A; 4IUQ A; 3RUX A; 5LJ5 h; 3A5Z B; 3H41 A; 2LC4 A; 5LJ3 d; 2DKG A; 3EFO B; 2DTI A; 3JCM X; 3UWN A; 2F5T X; 2ABL A; 3JCM d; 2RHY A; 2HBP A; 1YJW Q; 1K73 R; 4M7D B; 2HDA A; 2RA2 A; 2DRM A; 2ROL A; 3CC7 T; 4C0D C; 1Y57 A; 4M7D D; 2DVJ A; 1N8R R; 4LUE A; 4C8Q G; 1WIE A; 2VGM A; 4IKF A; 1ABO A; 2RJC A; 2QQ9 A; 2JM9 A; 5KYW A; 4MDW A; 1VQ8 T; 3PMT A; 4J7I A; 3NTI A; 2KY9 A; 4C5I A; 2OAU A; 3QJY A; 2YWW A; 1BBZ A; 4AFS C; 5I2S A; 1PWT A; 1KD1 C; 1QWE A; 3JRZ A; 4J8O A; 3CMA A; 1XTD A; 3TQ7 P; 2EYY A; 4XTY A; 2JJ9 A; 2E65 A; 4J9G A; 4M77 E; 2DET A; 2E5K A; 2LQ8 A; 1QVF A; 2WAC A; 3EG9 A; 3M0U A; 4F7U B; 1X01 A; 4LE9 A; 3J81 E; 2J06 A; 2HL5 C; 2ZPI B; 2DO3 A; 1TUD A; 3IQL A; 2CP0 A; 1WXB A; 3EGU A; 4FSX A; 4PJO F; 2DZC A; 5GMK m; 4PFP A; 1MUZ A; 1VA7 A; 3FB9 A; 5CIU A; 4XTV A; 2ZAE A; 2KGT A; 3NHN A; 2H3J A; 4QQG A; 3FC3 A; 1BK2 A; 5AYF A; 1QQJ A; 2K3B A; 4J6X A; 1BI2 A; 1I0C A; 4ZN1 A; 3S3N A; 4ZGJ B; 2KDS A; 3HFN A; 3VJP A; 1JBM A; 5DLO A; 1VQ7 A; 2BZX A; 3VRY A; 2JS0 A; 3L42 A; 4ESR A; 4QVC A; 4XAX B; 4IIM A; 1I4K 1; 3VKI A; 1VQN T; 9ATC B; 2C0T A; 2HD0 A; 3SEM A; 1WNL A; 2CP5 A; 4M7A B; 1M8V A; 1VQM T; 2GBQ A; 4D8D A; 1RI0 A; 2QGG A; 4HCZ A; 1GRI A; 2E64 A; 1PSF A; 1YCS B; 3QDF A; 4M7A D; 2QK0 A; 1Q7Y C; 5FU7 B; 5I2M A; 2LCL A; 3PT9 A; 4RCC A; 3UDC A; 4CC4 B; 3EGX B; 3G4S A; 1WPY A; 2COZ A; 4PJJ A; 4LDY A; 3M57 A; 1BU1 A; 4C5H A; 1QVG S; 2BKD N; 2KE9 A; 2MI6 A; 2QI2 A; 3I56 A; 3JCM W; 3CC7 Q; 3GOX A; 4JZ3 A; 1WHL A; 3OYM A; 3X26 B; 3D7S B; 1IZ6 A; 4M4Z A; 1K76 A; 2EYQ A; 2HQX A; 1VQ8 Q; 5CQX A; 4F17 A; 4J7F A; 1SKU B; 1YIT T; 4FW1 A; 2DAQ A; 3HKS A; 1G83 A; 1H64 1; 3EG1 A; 3CCJ A; 3NTK A; 1G3S A; 2PVG B; 3QYG B; 3WXM B; 1YFN A; 2RH2 A; 1WXT A; 1Q82 R; 1NPP A; 3CBO A; 3UA7 A; 2KRO A; 3HTR A; 2EIF A; 2B8A A; 3M0Q A; 3X24 B; 1M8M A; 3OYE A; 3CXC S; 2FO0 A; 4O5V A; 3EHR A; 3DB4 A; 3GPL A; 1M1K U; 1ZQ1 A; 2CRE A; 3TSZ A; 3SWN A; 1PD1 A; 3PVL A; 2DVE A; 1PM3 A; 1UEB A; 2E6Z A; 3CME A; 1PG5 B; 3A1P A; 2X4Y A; 4F04 B; 3ZFJ A; 4AFQ C; 3E1S A; 3DLM A; 4OMQ A; 1YI2 A; 4HKE A; 1JB0 E; 2F2W A; 2DF6 A; 2X35 A; 5GAN 3; 2VWF A; 2QYZ A; 3VS2 A; 1W4S A; 3M9Q A; 1KQS S; 4JDS A; 3EFS A; 2FVU A; 2LCS A; 2YUP A; 2QQS A; 2LJ3 A; 4O6J A; 1G3Y A; 2CZ0 B; 7AT1 B; 1YJ9 A; 1M90 R; 4EPC A; 1VQK T; 1VQL A; 2QTX A; 4X1V A; 2VB6 A; 3V7C A; 2D6F A; 1ZSZ B; 1UHC A; 3EH1 A; 1VQN Q; 1KC8 R; 4AMC A; 1D1C A; 3FJ5 A; 1VQM Q; 3RER A; 1M1F A; 2EAY A; 4Z88 A; 2AT1 B; 1WFW A; 3QWX X; 3REB B; 2D0N A; 3JSC A; 3CCL T; 5I22 A; 1S72 T; 4OGC A; 3L2Q A; 1SF9 A; 2YXY A; 3I55 A; 1ZX6 A; 4M78 C; 4FIB A; 1U06 A; 2MK5 A; 4M75 C; 1PKS A; 3RKW A; 4WTO B; 4LXC A; 1UJ0 A; 4R55 A; 1VIF A; 3CBM A; 5LJ5 f; 2VYT A; 5IXB A; 1NYF A; 3M56 A; 1Q86 R; 5KYX B; 4RG8 A; 4GLK A; 1ABQ A; 4FL6 A; 2DL7 A; 1VYT A; 2RD1 A; 1VQ5 T; 3OB9 A; 1B3Q A; 3UAT A; 3OYG A; 3UF4 A; 3SHW A; 1YIT Q; 5GMK j; 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