1X5CA

The solution structure of the second thioredoxin-like domain of human protein disulfide-isomerase
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
GSSGSSGPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Protein disulfide-isomerase
publication title The solution structure of the second thioredoxin-like domain of human Protein disulfide-isomerase
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Isomerase
total genus 18
structure length 121
sequence length 121
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2005-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x5cA01
4K6XA 2VL2A 4GCIA 1SD9A 4KDUA 1BAYA 3HVXA 1O73A 3RBTA 4IW9A 5EPFA 3P90A 4KSOA 3M3MA 5A4VA 2WB9A 3F3RA 4EKZA 1GUMA 1AW9A 13GSA 4DSSB 2O89A 2WCIA 2DJ1A 4IGJA 3EMXA 2OA7A 3VURA 4V2LA 5CO3A 3L4NA 2IFQA 3WT1A 3UEMA 3FR6A 1Z7RA 3RHCA 4KW6A 2C0EA 1SJZA 2LUSA 3GTUA 6GSUA 4P3YB 4KH7A 1SK2A 2M72A 4BL7A 4F9ZA 3QFAC 2QGVA 1T00A 1T4ZA 4J56E 2B5EA 1PD21 4NXIA 4BWSA 2NTOA 3M9JA 2YJHA 2P31A 1WIKA 3I6AA 1OKDA 3ZFLA 5HR0A 1PN9A 4XS1A 1B4QA 1PX7A 2L6DA 5FT3A 1F9MA 4HZ2A 2LNSA 4PURA 4GTUA 1ZYQB 1SL1B 3M8NA 1XW6A 2IPAA 2V1MA 1T1VA 4BPYA 4DSQA 1KEBA 3GSSA 3BD2A 1YY7A 3F9UA 3EE2A 1XXUA 4NAXA 5F07A 1SL0B 3VWWA 1PKWA 4LA1A 4AF2A 3KTBA 2B5XA 4I5QA 4NMUA 1W4VA 1H4OA 3M1GA 4ECCA 2C8UA 3IK7A 2F51A 1GSUA 4RI7A 2R4VA 2DJKA 1R5AA 1S3DA 6GSSA 4NWYA 3MAKA 4OO4A 3LEFA 1GWCA 5D9WA 3F6FA 3C7MA 3F4RA 1O8XA 4GSTA 4IQAA 4TN8A 4PQIA 3A3TA 1R26A 3KXOA 4L0UA 1RW1A 3MNGA 1M99A 4WR5A 1XVQA 2DJ3A 3Q6OA 3DVXA 4I2UA 2R3XA 22GSA 2FWFA 4J2FA 5G31A 4XS6A 2H0GA 3IAS2 1F3AA 3FKFA 2B3SA 4IHUA 4IJIA 4KCAA 2R6KA 1WWJA 3PR8A 2E7PA 4FYBA 5CRDA 5G1KA 1YKCA 4YH2A 5AN1A 4IP1A 5E4WA 4GSNA 1YDKA 1FAAA 4IS0A 2H76A 4KE3A 1VF1A 2FUG2 3D21A 1BEDA 2DIZA 4N11A 3C73A 4K0GA 3APOA 5D93A 1F37A 3HVSA 3GURA 3DMLA 1NHYA 1TI3A 2J9HA 4OD7A 5IPGA 2H19A 3GL5A 4TXOA 19GSA 1E2YA 2L6CA 2EIOA 4MF7A 3QD9A 3RPPA 3LXTA 1K0DA 1O8WA 4NHWA 3HHVA 2YPMA 1GUHA 4POMA 4XRDA 4BA7A 4BVXA 3KIJA 1M2DA 3BBYA 4DSSA 2H6YA 3UBLA 1XWBA 4KAEA 2PUKC 1OC3A 1FHEA 4RQRA 2K8VA 3VI5A 4NPBA 1XWGA 2DC5A 4EF0A 1LU4A 3ZVJA 1WE0A 3N9JA 5ECNB 2CZ3A 3H1NA 3UL3A 2HSHA 4X1UA 1N8JA 3VLNA 2C0FA 1GSYA 2I4AA 5GSTA 5ECKB 5LD0A 2VLUA 2MMNA 5F06A 1OKTA 1GSEA 2PMTA 1WOUA 2B5YA 1A2JA 2TRXA 3E0UA 2V6KA 3D6IA 5DALB 2ZUPA 4FH8A 1G6YA 4K7IA 5B6NA 5D9VA 2HNLA 1PKZA 3QPMA 3J7Yk 5CRGA 2VCWA 1EEMA 3ZMKA 5HR2A 2OJLA 3WYWA 3UMAA 2WGRA 5FWGA 3HZ8A 1MEKA 4ULXA 3WD6A 2RM5A 3EU4A 3GMFA 3CBUA 3KEBA 2VCVA 1TOFA 1TJDA 4N0VA 1NM3A 4GQFA 4PQHA 5EVOA 4QL7A 1GSQA 3GUSA 5DVBA 3TUEA 2RIIA 2H6XA 3D5JA 2B1KA 2C3TA 2JZSA 1THOA 3APSA 2NPBA 4MZWA 4XIHA 1G7EA 4HU7A 4N0ZA 5COHA 5HFGA 4EXJA 5DJMA 1QK8A 2F8FA 4Q5QA 3RDWA 1TK0B 3J7Yb 1USBA 2G2QA 3MDKA 4G2EA 1DUGA 3GTUB 1A8YA 4CW9A 2LJKA 2FWHA 1XWKA 4TR0A 5KN1A 2X8CA 1GTBA 1TK8B 2H1GA 4YQVA 2PWJA 11GSA 3ERWA 1W89A 4I97A 2CQ9A 4L0WA 2GS3A 4JZQA 1TRUA 5B8AA 2CT6A 1TRSA 5H5QA 3V1WA 4PNFA 2QC7A 5KN3A 4QQ7A 1BX9A 4EC0A 1B48A 2M80A 1J0FA 3TJGA 4JE1A 1FB6A 3TKSE 3ED3A 2L5OA 4LL4B 2HRNA 2FLSA 3IXRA 4NV5A 3P2AA 2PVOC 3BOAA 1EP8A 4BVYA 2LJAA 3UVTA 3TRQA 2FA4A 1XW9A 2KP2A 4K2DA 5HR1A 3DD3A 4MA9A 2B1LA 2AB6A 3GH9A 4QL9A 1PQNA 1Q4JA 1YEXA 2PN8A 4MJEA 4POLA 2IMDA 2VIMA 3QDNA 1M2AA 2DIYA 2XBIA 2V2GA 1T4YA 5B6MA 4N10A 1ST9A 2IMIA 2MBSA 4ML1A 2CVBA 3TOTA 4MK3A 4ZILA 3I43A 2H73A 2VLTA 3FR9A 1WP0A 1ZGNA 1O6JA 4IKHA 2VOCA 1U87A 3HDCA 4HDEA 3WGEA 3GIXA 1DSBA 4F2IA 2XHFA 3IOSA 1X9WB 4OMVA 2VD0A 5ID2B 1URMA 4ILFA 2C1YA 3KCMA 1TTZA 2YP6A 2HE3A 5A5KA 4HS1A 5J41A 4HUAA 5G30A 1QGVA 3BCKA 5AGYA 3L0HA 4EVMA 1VF4A 1AUCA 2JZRA 1JZWA 4X0XA 1RK4A 3HKRA 1EOHA 3ZREA 1G0TA 1XPVA 2LQQA 1U88A 3NZNA 2YANA 4EUYA 4Z7XA 1TW9A 2CX3A 4MF6A 1OAZA 4EL1A 2X8GA 5IMZA 1SENA 3CSJA 1FB0A 1PL2A 4EDYA 1X9SB 3TJBA 1R4WA 2GSTA 14GSA 2FD3A 5IQYA 1WRYA 4OFNA 3D4MA 1TRWA 2OBKA 1TI1A 2FA8A 4I8BA 3GNJA 1K0NA 1THXA 3VWVA 2RLIA 2CV4A 2R2JA 2PBJA 3GYKA 3LXZA 1YEPA 3W8SA 1GTIA 1AAZA 20GSA 3S9FA 2GLRA 1SYXA 1Z7PA 2X8HA 2DJJA 5ELAA 1OVNA 2BMXA 1Q98A 2N5BA 4KUNA 2YCDA 2NDOA 3KTLA 5JWQB 4CDOA 4LMVA 1M2BA 3GA4A 2OE3A 4FYCA 1QQ2A 4ZB9A 3LGCA 3L9SA 5IMAA 2RUFA 2H1AA 10GSA 4OCFA 2ZNMA 1V9WA 1TU8A 1IYIA 1FO5A 3GX0A 3C8EA 2VCQA 2IL3A 3DIEA 5G5FA 1K0MA 4HQZA 5LNKe 2H6ZA 5D8IA 3G7JA 1LJRA 1YQ1A 5E59A 2LNTA 1DBYA 2A4VA 2IMFA 3KH9A 1X9MB 3QAVA 3ZITA 2WJUA 4ID0A 2IN3A 3VI7A 3VFIA 5A4UA 1Z3EA 1R7HA 2DSAA 4L5LA 3ZZXA 3ZTLA 1PSQA 4MP4A 1X5DA 4RI6A 4XTSA 1OC9B 4KSMA 5CYYA 2O87A 3ERFA 2CZ2A 3TDGA 1XOAA 5J3RA 2I9HA 5EY6A 1RQMA 2N5FA 1WJKA 2YWOA 1GH2A 1X5CA 2DJ2A 3MWHA 4JRRA 1SK0A 4O32A 4Q5FA 1E6BA 3H4KA 2JZTA 3WGDA 1TP9A 1YF1A 2PGTA 1ZOFA 1K0AA 4AJ7A 1PMTA 5H5SA 1IYHA 2VLVA 1GP1A 5A4WA 1JZOA 2XPEA 2P5RA 2BJXA 3H93A 1JLVA 2JSZA 2JACA 4RUVA 1ZZYA 4V1Ap 2GDRA 5ID2A 2JU5A 2OACA 4D73B 2RM6A 3IE3A 5F8BA 1ACVA 3R2QA 4TOPA 2KLXA 3ZRDA 4E8HA 1MDKA 1CQHA 3IPZA 3TOUA 4DEJA 1C72A 5AIVA 3LORA 2VM1A 3QMXA 1MD4A 1K3LA 2C0DA 5CNWA 1TDIA 3LFLA 2ALBA 2OBIA 3C71A 1K0CA 3CSHA 1VRSD 5J4UA 3UOMA 1ZMAA 4KB3A 4V2NA 4WR4A 1NSWA 6GSTA 3CMIA 3DXBA 2MYGA 4XHMA 1V58A 3EMPA 3ZFBA 3FZ4A 3RHBA 4TRXA 2AUVA 4ZBDA 3TKRA 3CRTA 3KGKA 3DKSA 1AQWA 2YWMA 2VL9A 3C1SA 4KX4A 2R37A 5INYA 2V41A 2VCTA 5GAND 3LYKA 1AQXA 2LSTA 3APQA 2J23A 5ECRB 2VO4A 3ZYWA 4TKYA 1V40A 2L5LA 1MTCA 5J5NA 1A24A 4O5RA 4XS4B 1U3AA 1GRXA 2WZ9A 3HVVA 3G7IA 4MH2A 3HYPA 1SK1A 1FW1A 3O6TA 5ELGA 3LSZA 2CVKA 3A2WA 4MLYA 12GSA 5DAKB 4Q5NA 2CA8A 5IM9A 2TIRA 4ZL8A 2WULA 3LQ7A 1B4PA 2HFDA 2MMOA 1B8XA 1M7TA 3FRCA 3ZL5A 3D0ZA 3FK8A 4YQMA 1F6MC 2A2SA 1O7UA 2HRFA 2YWIA 3GKXA 2GQMA 3RPNA 2HZFA 2KHPA 4OFTA 2YV7A 1GLPA 5CRWA 4KDYA 2IWTA 1NW2A 1G6WA 4H86A 1B9YC 3EU3A 2MBTA 2V32A 1EEJA 2MMAA 4WBRD 1SKSB 1Z6NA 1XOBA 4YQUA 4O92A 1K0OA 2IMEA 4EO3A 4POKA 1AQVA 3BCIA 4GRFA 4L5OA 3VWUA 3GH6A 2LRTA 3F3QA 3MSZA 4TW5A 1OC9A 2H66A 3F4TA 3F0IA 1QXHA 1J9BA 5DQSA 3EYTA 5KEJA 2I1UA 4CHSA 2FCHA 6GSVA 3G7YA 3C1RA 3F63A 2DJ0A 1ZYEA 2YZUA 4IN0A 3GN3A 1K0BA 3TJJA 1HD2A 2AAWA 3HZ4A 2I81A 4HQSA 1I9DA 1QMVA 3FZ5A 4HOJA 1ERUA 2P5QA 1SL2B 3CTFA 2YN1A 2FWEA 3GRXA 2R5GA 4PGTA 3I9V2 3SBCA 4L8EA 3VPTA 5KN0A 4MPGA 3EC3A 3IAM2 4ZBBA 2LS5A 1G7OA 4ZIJA 4LMWA 2GSSA 2YZHA 2P0GA 2H0IA 2MMZA 4WBJA 3IV4A 2C3NA 4EE0A 1EZKA 1GSFA 2VD1A 3LWAA 2ON5A 4D73A 2EC4A 2GTUA 1M0UA 5HFKA 2ON7A 2E2GA 3EWLA 5IMCA 1R5PA 4K0NA 1WPIA 3FY7A 3TJKA 4LL1B 2VUPA 4IELA 2L57A 2HZEB 3GX8A 17GSA 3TKSA 3CRUA 1VF3A 4AJ6A 4JEDA 3KJYA 3KD0A 2KOKA 5ECQB 3M0FA 1XCCA 2H8LA 1XWAA 3U6VA 1ABAA 1HNCA 3HCZA 3JCML 2VCXA 3PGTA 3NOFA 3QAGA 1TRVA 4PXOA 1JZRA 3CYNA 1HYUA 4KGIA 2XBQA 2I3YA 4ZXGA 2JSYA 4O7HA 5IO0A 5HQPA 3HA9A 2X64A 4IP6A 3ZIVA 2GQKA 2KP1A 5JWRB 1QUWA 1EV4A 3SWLA 2VL2C 4AJ8A 4OCEA 2DMLA 2H75A 1YF0A 1EOGA 2AV4A 4F82A 2LTKA 2DMMA 1QFNA 1ZL9A 4XS4A 2GZPA 1PGTA 2HXKA 3DEXA 1Y25A 4K7NA 1BQ7A 5ECSA 1A0FA 1BG5A 4TR3A 2F3MA 3U5RE 1ERVA 3TCOA 4Q5RA 5DJLA 5DAKA 2FNOA 2PU9C 3DYRA 1YJ6A 4K1FA 1TK5B 3ZIJA 3FW2A 1PX6A 1TXXA 3GKNA 5HR3A 2OE0A 5IMFA 1FVJA 2AYTA 3AY8A 3IK9A 1DE1A 2L59A 4IJ3A 1Z6MA 1GL8A 2HLSA 5D9XA 1NHOA 3ERGA 5KN2A 3UJ1A 2H1BA 4HZ4A 4I2TA 2G0FA 4WF4A 3TJFA 4JR6A 3HY2A 3CTGA 3CSIA 6GSWA 8GSSA 2OKAA 5DBQA 3QCPA 4GF0A 4MH3A 1SJ6A 1O81A 4YAPA 2WS2A 3KMOA 2H74A 1M9BA 1A23A 5JWOB 2GT6A 2LEGA 3ME8A 1S3CA 5J9BA 2L4QA 5EL8A 4IQ1A 4XRAA 4PQ1A 1PRXA 3TKPA 3KP8A 4J57E 5G1LA 1PA3A 1AIUA 1A8LA 4JR4A 3UAPA 1WMJA 1SD8A 2PERA 2GQLA 2YOIA 1GNEA 4KA0A 3OR5A 1U6TA 1EGRA 3A5WA 4XCSA 1ZCPA 2E2MA 4OFMA 3W8JA 1SU9A 1UVZA 3TGZA 1Z5YE 3M9KA 2WFCA 2YWNA 3EURA 4LLRA 3IA1A 2M46A 5D96A 1XFLA 3LYPA 1XZOA 4NV2A 1UN2A 2F9SA 5IIZA 3GKMA 1GSSA 3PINA 5ECHB 4AGSA 3QAWA 2H71A 5D73A 1AXDA 3A2VA 5F0GA 1AC1A 3F4SA 4OWYA 5B7CA 2HZEA 3L9UA 4ECBA 2JADA 1XW5A 2C3QA 4GLTA 2B6MA 1ERWA 1JLWA 2QSIA 2YJ7A 3HJMA 5DDLA 1EGOA 2A2RA 3RAZA 4DVCA 2GGTA 3G9BA 4HJ2A 3KH7A 1F2EA 5IOXA 5FHIA 4WEYA 4ML6A 4OO5A 2LQOA 1GNWA 2O8VB 2N5AA 3HJOA 1M9AA 1JHBA 3UIWA 3ZLPA 1EWXA 1Z9HA 2FY6A 2HT9A 5H5RA 2GZZA 1LBKA 1YZXA 4ZB8A 2C0GA 2H1DA 3PH9A 2H0HA 4WXTA 2Z9SA 3IC4A 4PUAA 4K9ZA 4ACSA 7GSSA 4JBBA 4MJBA 1I5GA 4IVFA 4K7OA 2CAQA 2C80A 2IJYA 2CX4A 6GSYA 5IMVA 2ZCTA 1H75A 4G9HA 4MJAA 4HJMA 2CAIA 1HNBA 3IRAA 3QFBC 4TXVA 1MDJA 1O85A 2LJRA 1GTUA 5D9TA 2K6VA 2HYXA 1KTEA 4TR1B 1MD3A 3N5OA 2H70A 1BYEA 3GSTA 5IO2A 4HU9A 3TKQA 2RUEA 2XPDA 1EV9A 1VF2A 1OE8A 3F8UA 1KBNA 5ENUA 4ZBAA 2IMKA 3GV1A 3I69A 1A2MA 2HSYA 4MABA 5C04A 5GZZB 3UBKA 3LG6A 1UC7A 5G2ZA 5G5EA 5DCGA 1ML6A 1ERTA 2OADA 5JCUA 3Q18A 3Q19A 1BJXA 2PVQA 3HXSA 1A0RP 3NIVA 2GSQA 18GSA 4EDZA 2FHEA 3IR4A 4F03A 1SJIA 2GZYA 5AISA 3KM6A 3L78A 4ZL9A 4HEA2 2K8SA 4POBA 2WDUA 1HQOA 3FZAA 3UVHA 1KNGA 3EINA 3P7XA 3E9JB 1N2AA 1B9XC 1T3BA 3O76A 3FYGA 4V1Ag 2IIYA 5GSSA 3UARA 1GSDA 6GSXA 3ME7A 2ES7A 2FGXA 3DVWA 2FWGA 5AIXA 4IBPA 5ECPB 4F0CA 4TR4A 2B7JA 1T8EB 4G10A 5ABRA 4MF5A 1CQGA 5CREA 2DLXA 3WGXA 3F6DA 2B7KA 4PNGA 5CAXA 2H30A 4KDXA 3QOUA 2PPTA 2F8AA 1XIYA 4PX1A 4FO5A 1J08A 5ECLB 1GUKA 2TRCP 4PUFC 3E3EA 2BTOT 2REMA 4MCUA 2JL4A 3TKSC 2H01A 5ECOB 4BWQA 2LKUA 1A2LA 1EP7A 5HFIA 4GSSA 1K3OA 4KCEA 2IFQB 3GL3A 1ILOA 4X43A 1TKDB 4F0BA 1JFUA 3TRXA 5CP1A 2D2ZA 4FIWA 5ECMB 5JCGA 4MJCA 1GULA 2XC2A 3VWXA 4I6XA 2LV3A 1JZDA 2VAFA 1XBSA 3FR3A 4V2MA 1ON4A 2WRTA 3IDVA 4MPFA 4WETA 4RQXA 1X5EA 1U3IA 4N30A 5DQYA 1GLQA 5IMDA 3TB2A 5L71A 2YV9A 3KP9A 2H72A 5CRHA 3QR6A 2HI7A 3LJRA 2CVDA 2NBSA 1XVWA 2K9FA 1VGLA 3HD5A 1PL1A 2O7KA 3L9VA 3Q74A 2DBCA 2AJQB 3DRNA 3KZQA 5LCZA 4MZCA 4E8EA 1FG4A 1V2AA 1S3AA 4JU5A 3ISOA 2V6OA 4ISDA 5C00A 2VM2A 3KMNA 4TR1A 5J9CA 5IPHA 3DGQA 4FYUA 5DCHA 4ECJA 1FVKA 1UA5A 1TU7A 1YKAA 1Y6EA 4TVEA 1OE7A 3VPQA 4GQCA 4HI7A 4YAVA 3K8NA 3FHKA 2VL3A 5ECIB 4NHZA 1K3YA 4WKWA 3CXGA 2LRCA 2O85A 3O3TA 16GSA 2NVLA 2QKEA 5GAPD 3A2XA 4WF5A 3IBHA 1V57A 2MZCA 3US3A 2E0QA 5JCWA 9GSSA 2EIQA 2L4CA 3EVIA 2KUCA 3VK9A 2YNXA 3WT2A 2VCZA 1HNAA 2GVPA 2K18A 3ZMLA 4GXZA 2GT5A 3FEUA 2LRNA 1MDIA 3H79A 4GWRA 3GHAA 4G19A 3P8WA 2X99A 2EIRA 3FZ9A 3GKKA 4MMMA 4ZL7A 4ECIA 4MZBA 5F05A 1T7PB 3HJPA 1X0RA 2OE1A 4ZB6A 3W6GA 2AHEA 1XWCA 3GFKA 1SYRA 3D4TA 4KNDA 1SKWB 2C4JA 1FOVA 2GSRA 4MDCA 1OC8A 5B8BA 3DWVA 5DALA 3D22A 1V98A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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