The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
184
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structure length |
184
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Chain Sequence |
ACTKNAIAQTGFNKDKYFNGDVWYVTDYLDLEPDDVPKRYCAALAAGTASGKLKEALYHYDPKTQDTFYDVSELQVESLGKYTANFKKVDKNGNVKVAVTAGNYYTFTVMYADDSSALIHTCLHKGNKDLGDLYAVLNRNKDAAAGDKVKSAVSAATLEFSKFISTKENNCAYDNDSLKSLLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein functional cycle viewed at atomic resolution: conformational change and mobility in nitrophorin 4 as a function of pH and NO binding
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nitrophorin 4
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| molecule tags |
Ligand binding protein
|
| source organism |
Rhodnius prolixus
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| total genus |
49
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| structure length |
184
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| sequence length |
184
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| ec nomenclature |
ec
1.7.6.1: Nitrite dismutase. |
| pdb deposition date | 2004-08-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02087 | Nitrophorin | Nitrophorin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NLI A; 3WJD A; 4TKB A; 3QKG A; 2R56 A; 1MX8 A; 1LID A; 2G7B A; 4HPA A; 3FA7 A; 1E02 A; 5LJK A; 4GE1 A; 2W2A A; 1PBO A; 5H9L A; 1HMR A; 1E06 A; 5HZ6 A; 1YWC A; 1AVG I; 1IW2 A; 1ZNE A; 3WBG A; 4GET A; 2CBS A; 4I9S A; 1DFV A; 3CBS A; 1YIV A; 2Q2M A; 4ES7 A; 5HA1 A; 2ACO A; 3AKM A; 1EIO A; 2KT4 B; 2AKQ A; 1EUO A; 4IB7 A; 4XMC A; 4Y0Q A; 5EED A; 1A18 A; 4MVI A; 2L67 A; 1BM5 A; 3T1D A; 4BOE A; 2AMM X; 1G85 A; 4M7M A; 3EBK A; 3S26 A; 5H9N A; 1FTP A; 3FEN A; 4HPD A; 2FR3 A; 5IO5 A; 4IBA A; 2WUT A; 4A1Y A; 4YCH A; 3STM X; 3D97 A; 2RD7 C; 3FA6 A; 3FW4 A; 2LFO A; 1PM1 X; 5D4A A; 4XMF A; 1MUP A; 1BSY A; 2ALL X; 3BU1 A; 5HZQ A; 3UEU A; 1ERB A; 2OVE A; 3APX A; 2AT5 X; 3NQ3 A; 1FE3 A; 2OVD A; 3WJC A; 3ZUI A; 4EXZ A; 3HWG A; 4OMX A; 1EXS A; 2FLJ A; 3I0A A; 4EFG A; 4N7C A; 2FS7 A; 4AZR A; 1DZJ A; 1S7D A; 3K3L A; 4UU3 A; 3P6C A; 2RQ0 A; 4YCE A; 1DZK A; 3O2Y A; 1CBR A; 1N0S A; 5HBS A; 2G79 A; 2IFB A; 1X8Q A; 3C78 X; 1BWY A; 2AT0 X; 3SAO A; 1GXA A; 4WFU A; 1KGL A; 5BVT A; 4I3B A; 5H9K A; 5D48 A; 2CM9 A; 4GNY A; 4O9S A; 3NQ9 A; 4GRJ A; 1S44 A; 1MDC A; 1KT5 A; 1ZNL A; 1KT4 A; 3F9D A; 5LJH A; 5DG4 A; 1LIB A; 4YDB A; 2WWP A; 1OBP A; 4WBK A; 5DPQ A; 1D3S A; 2KTD A; 3FR5 A; 2MO5 A; 3PED A; 4IB9 A; 3JSQ A; 4XMG A; 2PY1 A; 1LIF A; 1OEE A; 5K06 A; 1KT3 A; 4YDA A; 3KQ0 A; 5KIC A; 2HMB A; 4I3C A; 4QZU A; 1B8E A; 3Q6L A; 1G74 A; 2O62 A; 3TGA A; 3ZUO A; 5LJG A; 2WEX A; 1YP6 A; 3CR6 A; 1URE A; 3O19 A; 1QY0 A; 5LJE A; 5F7G A; 1PEE A; 1BEB A; 5L8N A; 1DV9 A; 3FA9 A; 3WJF A; 5H9A A; 4ZR2 A; 5IO7 A; 3EBW A; 3IFB A; 2A2U A; 1Z24 A; 2ASN X; 1SXU A; 1QY2 A; 4QGV A; 2L68 A; 1GT1 A; 2CM4 A; 2P8G A; 3HK1 A; 3O22 A; 1HBQ A; 3U0D A; 5KID A; 2GJ5 A; 3NX2 A; 4YBP A; 4RUU A; 1X8N A; 2HLV A; 2WSJ A; 4ZCB A; 4D6A A; 1IIU A; 1KXO A; 3KFG A; 1E00 A; 3MBT A; 1NP4 A; 3CQN A; 5EZ2 A; 1LFO A; 4QYP A; 3EMM A; 5F58 A; 1EII A; 5EDC A; 1RBP A; 4ZH9 A; 2DM5 A; 2JU7 A; 3B2K A; 2W2F A; 1HQP A; 5L8O A; 1X8U A; 4PSQ A; 2NNQ A; 4XMH A; 5D45 A; 5B27 A; 1X89 A; 2RCQ A; 3CWK A; 4QGX A; 5CE4 A; 3VG5 A; 3B2I A; 2QO4 A; 4BQU A; 3EM0 A; 1HMT A; 3P6G A; 4A1H A; 1YWA A; 3WXQ A; 4WFV A; 4GNW A; 4MVK A; 1SY1 A; 3RZY A; 1OEK A; 1KQX A; 1LF7 A; 4AZP A; 3D95 A; 3B2J A; 1DF3 A; 1A2D A; 4MVL A; 4NYQ A; 3RSW A; 1TXL A; 1X8P A; 1OBU A; 2AT8 X; 2AT6 X; 4ODD A; 2ACP X; 1OEJ A; 3P6E A; 4LZU A; 3WVM A; 1QFT A; 4ALB A; 3BX7 A; 4ZFX A; 1YWB A; 1ZNK A; 2FR2 A; 4YMY A; 4YGZ A; 5HZ5 A; 4ZHH A; 1ACD A; 1H91 A; 1SY0 A; 1VYG A; 2LBA A; 4YGG A; 3FR2 A; 5IO6 A; 1EW3 A; 1AB0 A; 3FW5 A; 1B4M A; 1FEN A; 2W2B A; 1JZU A; 5HZ8 A; 1LIE A; 2OZQ A; 1AQB A; 1P6P A; 4TJZ A; 1LKE A; 4NNS A; 3BRN A; 3PEC A; 4R0B A; 3AKN A; 3FIQ A; 4IMO A; 3I17 A; 1RLB E; 2K23 A; 3FLL A; 4K19 A; 1A57 A; 3P6F A; 4M6S A; 4DQ3 A; 3HWE A; 1X71 A; 3NP1 A; 4A8Z A; 5EPQ A; 2RCT A; 3APU A; 1SXY A; 2GC9 A; 1S2P A; 3B2L A; 4IMN A; 4YKO A; 3UEW A; 1CJ5 A; 1ZRY A; 3TF6 A; 1NP1 A; 3DTQ A; 3CBC A; 2FS6 A; 5BVQ A; 5HAE A; 2CZU A; 3UEX A; 4Y0P A; 2FT9 A; 5FAZ A; 4AYH A; 2FRS A; 2ANS A; 4UU2 A; 4NLJ A; 4AZM A; 4ZHF A; 1OBQ A; 1BBP A; 5C0N A; 1BJ7 A; 4YFQ A; 4TNN A; 5H8T A; 5F1E A; 2LB6 A; 5JR8 A; 2OFR X; 1JYJ A; 2FTB A; 2R74 A; 1ZND A; 4ORX A; 3HWF A; 2JU8 A; 1GKA A; 1BRQ A; 1L6M A; 2R73 A; 3FEP A; 2HZQ A; 1UZ2 X; 4ZHD A; 2QO5 A; 2Q39 A; 1O8V A; 3STK A; 2WEW A; 3KFH A; 5HCE C; 1LPJ A; 1EPB A; 4HPB A; 3OJY C; 2E4J A; 4I3D A; 5BVS A; 5AQ6 A; 3PPT A; 2A2G A; 2XST A; 1ZNH A; 4EDE A; 3G7X A; 1KOI A; 2QM9 A; 5HWZ A; 2L5P A; 2POA A; 1HMS A; 2F73 A; 3APV A; 2YG2 A; 4ORS A; 1HN2 A; 3VG6 A; 1I05 A; 5LJB A; 1B56 A; 3GAQ A; 2AH7 X; 4GKC A; 1QFV A; 1GM6 A; 1ZNG A; 3IA8 A; 3FA8 A; 1TOU A; 3BU9 A; 2NP1 A; 4ORU A; 1GT4 A; 1U18 A; 2JN3 A; 3P6D A; 1ADL A; 5FEN A; 1SXW A; 3L4R A; 1GT3 A; 1HBP A; 3BS2 A; 1LIC A; 1GX9 A; 1SY2 A; 4OS0 A; 1BSO A; 4OS8 A; 1CBS A; 3CMP A; 2JU3 A; 2Q2P A; 1YP7 A; 1KT7 A; 4XMD A; 1ALB A; 3F8A A; 4XME A; 3VG7 A; 1BRP A; 1KT6 A; 1T68 X; 1A3Y A; 1DZM A; 1KZW A; 1E5P A; 1JYD A; 1O1V A; 1XCA A; 2HZR A; 4CK4 A; 4NYR A; 1TW4 A; 1CBQ A; 3KFI A; 4IB8 A; 4BVM A; 1IKE A; 4ZJ0 A; 5LJD A; 4ZH6 A; 5KHP A; 4LKT A; 4DQ4 A; 4AZQ A; 3WJE A; 1U0X A; 3NAD A; 2LBV A; 3C77 X; 2HNX A; 5HCD C; 3FR4 A; 2AT3 X; 2JOZ A; 3APW A; 4ORW A; 1DC9 A; 4IAW A; 1KQW A; 4N7D A; 3U9P C; 3D96 A; 1X8O A; 1JV4 A; 3B2H A; 3NR3 A; 1PMP A; 3PP6 A; 1VYF A; 1R0U A; 1IFC A; 1JBH A; 2N93 A; 5EDB A; 2A0A A; 1B0O A; 5HTE A; 4TLJ A; 4D6B A; 4EEJ A; 4OMW A; 5HA0 A; 5LKF A; 4ORY A; 3TGC A; 5L8I A; 3HWD A; 2OVA A; 4TQ2 A; 1QG5 A; 1FEM A; 5HTD A; 3BSZ E; 4QZT A; 1AEL A; 4YGH A; 4A60 A; 3BLG A; 2FWV A; 4ARH A; 1JJJ A; 2Q9S A; 3STN A; 2XKL A; 4ORR A; 3VG3 A; 1VPR A; 2A13 A; 5FFH A; 4ZHC A; 5B29 A; 2RA6 A; 1CRB A; 1I4U A; 1ICM A; 3FEL A; 4NNT A; 4QGW A; 1FDQ A; 2HYS A; 2Q4N A; 4QAE A; 3BX8 A; 3VG4 A; 3ELZ A; 3FEK A; 2L9C A; 1ICN A; 3KZA A; 3ZQ3 A; 1BSQ A; 3DSZ A; 4AW8 A; 5F6Z A; 3KFF A; 1KZX A; 1GGL A; 2K62 A; 3NX1 A; 4OS3 A; 3PH5 A; 4AZN A; 1TVQ A; 1GKA B; 1I06 A; 5D8J A; 1SA8 A; 2CZT A; 2BLG A; 4HFO A; 3NPO A; 1ML7 A; 1XKI A; 1EPA A; 2EU7 X; 3WJG A; 2GTF X; 5F6B A; 4QYN A; 4ZHG A; 1O1U A; 4KII A; 4YH0 A; 1T0V A; 5EEE A; 4Y0R A; 1G5W A; 3P6H A; 5LKE A; 4ZGU A; 4YFP A; 3EYC A; 1DZP A; 3ELX A; 3PH6 A; 4TKH A; 1IKJ A; 1OPA A; 3U03 A; 1QWD A; 1MX7 A; 3MVF A; 2QO6 A; 2AL0 X; 1U17 A; 3TGB A; 5D47 A; 1LNM A; 1QQS A; 1T8V A; 2WQ9 A; 2LKK A; 2X46 A; 4LZV A; 1EAL A; 1GT5 A; 1FEL A; 1SXX A; 1YUP A; 2NNE A; 4I9R A; 3JS1 A; 1YWD A; 4YKM A; 4LKP A; 3TZS A; 2A3F X; 3UEV A; 3BY0 A; 4YFR A; 4NP1 A; 3BDR A; 1QAB E; 2X45 A; 1CBI A; 4AZO A; 1JJX A; 1SY3 A; 1MVG A; 1ERX A; 1GX8 A; 2CBR A; 4HPC A; 4IB6 A; 3C76 X; 3FMZ A; 5HCC C; 5HZ9 A; 4RUN A; 2MJI A; 4TKJ A; 4IAX A; 5LJC A; 2G78 A; 4YBU A; 1G7N A; 1OPB A; 4GH7 A; 2WR6 A; 1D2U A; 2OFM X; 1BLR A; 3CQR A; 3VG2 A; 1I04 A; 1QY1 A; 2QOS C; 1EQD A; 2MM3 A; 1NGL A; 3WJB A; 4ALO A; 1TOW A; 2WQA E; 4Y0S A; 2NND A; 1IFB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NLI A; 1LUQ A; 3WJD A; 3WZO A; 4TKB A; 3QKG A; 2R56 A; 1MX8 A; 1LID A; 4CPF A; 2G7B A; 5CHK A; 1EI5 A; 3FA7 A; 1E02 A; 4HPA A; 3ZI8 A; 3RE6 A; 4GE1 A; 5LJK A; 2W2A A; 2RTJ A; 1PBO A; 1VYO A; 3RE5 A; 4O4U A; 3HOE A; 1HMR A; 5H9L A; 3WYP A; 3ZW0 B; 1E06 A; 1HXZ A; 1N9Y A; 5B10 O; 5HZ6 A; 1YWC A; 1AVG I; 1IW2 A; 1ZNE A; 3WBG A; 3UAQ A; 4GET A; 3VPJ E; 2CBS A; 4I9S A; 1DFV A; 3CBS A; 3OD9 A; 1YIV A; 2Q2M A; 1GX3 A; 3SOT A; 2RTQ B; 1SLG B; 2BC3 A; 4HWM A; 4KC7 A; 3MX7 A; 4U8U N; 5CSE A; 4ES7 A; 1NQM A; 2VDF A; 5HA1 A; 2ACO A; 3AKM A; 1EIO A; 2RTG B; 2KT4 B; 2PI3 O; 5B5G A; 2AKQ A; 1EUO A; 3S5V A; 1STS B; 1RST B; 3MG5 A; 4IB7 A; 4XMC A; 4Z27 A; 4Y0Q A; 3JQO A; 3PK2 A; 1UYN X; 5EED A; 4CV7 A; 1A18 A; 4MVI A; 2L67 A; 5AJB A; 3T1D A; 4BOE A; 3RDO A; 4CPI A; 1BM5 A; 2AMM X; 1G85 A; 1RSU B; 4M7M A; 3SLT A; 1K24 A; 3EBK A; 3EW2 A; 3S26 A; 5H9N A; 1FTP A; 3FEN A; 3RWX A; 4BCS A; 4HPD A; 2FR3 A; 4U9C A; 5IO5 A; 4IBA A; 2WUT A; 4A1Y A; 3ZW2 A; 4L1N A; 4YCH A; 3STM X; 3D97 A; 2RD7 C; 3FA6 A; 3FW4 A; 2LFO A; 1PM1 X; 5D4A A; 2X8S A; 4XMF A; 5BYP A; 1MUP A; 1BSY A; 2ALL X; 3BU1 A; 2X34 A; 5HZQ A; 3UEU A; 1ERB A; 2OVE A; 3APX A; 4ML7 B; 2AT5 X; 3NQ3 A; 1FE3 A; 2OVD A; 3WJC A; 3ZUI A; 4EXZ A; 5IXG A; 3HWG A; 4OMX A; 1EXS A; 2FLJ A; 3I0A A; 2OVS A; 5AJC A; 4EFG A; 4N7C A; 2FS7 A; 2GTL O; 4AZR A; 1DZJ A; 1S7D A; 3K3L A; 4UU3 A; 3P6C A; 2RQ0 A; 4YCE A; 1MM9 A; 1SWK A; 2MWH A; 1DZK A; 3HOL A; 3O2Y A; 3EC5 A; 1CBR A; 1N0S A; 1W6F A; 5HBS A; 1KL3 A; 2G79 A; 1RAV A; 2Y3E A; 2IFB A; 1X8Q A; 3C78 X; 1BWY A; 4NW4 A; 3OE3 A; 4BX5 A; 4EKV A; 1RXH A; 2AT0 X; 3SAO A; 4NV7 A; 3VHI A; 1GXA A; 1JJU A; 4GK9 A; 4WFU A; 2MHD A; 1KGL A; 5BVT A; 3SZJ A; 4I3B A; 5H9K A; 5D48 A; 2CM9 A; 4GNY A; 4O9S A; 3NQ9 A; 4GRJ A; 3ZW1 A; 1S44 A; 1PTS A; 3AEH A; 1SWD A; 1MDC A; 1KT5 A; 1ZNL A; 4LQZ A; 1KT4 A; 4CDE A; 2GH7 A; 3F9D A; 5LJH A; 5DG4 A; 2DJG A; 3NQK A; 2JW1 A; 4COT A; 1LIB A; 4YDB A; 2WWP A; 1OBP A; 2CAM A; 4WBK A; 5DPQ A; 4GD9 A; 1D3S A; 2KTD A; 3FR5 A; 4MVE A; 2MO5 A; 3PED A; 2OY1 O; 4IB9 A; 3JSQ A; 5IRA A; 1LCV A; 3VHH A; 4XMG A; 2PY1 A; 3WOV A; 1LIF A; 1OEE A; 3PQS A; 5K06 A; 1KT3 A; 1MOY A; 1SWP A; 4YDA A; 3RBY A; 1JQP A; 3KQ0 A; 4O3Z A; 1VWR B; 2HMB A; 4I3C A; 4IRW A; 4QZU A; 3SZH A; 5KIC A; 1B8E A; 3Q6L A; 1G74 A; 2O62 A; 3RY2 A; 3TGA A; 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