1XE5A

Structure of plasmepsin ii in complex of an pepstatin analogue
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Plasmepsin 2
publication title Structure of plasmepsin II in complex of an pepstatin analogue
rcsb
total genus 82
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2004-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe5A01
3ZL7A 5P0KA 1FMUA 4QJ6A 4U7QA 5OZZA 5SXNA 2R5PA 4QJ8A 3O9AA 1DP5A 3HW1A 1PSOE 2UPJA 3N4LA 2PC0A 3U6AA 4OBDA 2R43A 3BRAA 5OZ0A 3QIHA 5P13A 3OGQA 3SABA 3OUBA 4APRE 1HVIA 2HB2A 3WZ7A 4BFBA 1OEWA 2G27A 3QROA 2WL0A 5P63A 1IIQA 3QBFA 3IXKA 3LITA 2WECA 4DQFA 1OEXA 2AVMA 5P6GA 3CICA 2G26A 4GMIA 2VA5A 5P0LA 3TPPA 5P6YA 3EKQA 1HBVA 5P0EA 5OZLA 5P8BA 5HTZA 4YOAA 4J1EA 4Z50A 3SA5A 5P6XA 5OYQA 2HAHA 5P7TA 3I2LA 4PZWA 4NKKA 4DJQA 2P3BA 4GJ6A 4L1AA 5P1QA 4YCTA 2IGXA 1YTIA 3GI6A 1TCWA 4GJAA 3S56A 3SPKA 4EJDA 5HDZA 5P6SA 5P5RA 3VCMA 5P0ZA 1HTRB 1J71A 3I6OA 1SMRA 3HAWA 4A6BA 4ZSPA 5OZPA 5KR1A 3ST5A 3URIA 4GJBA 2HB3A 5AH8A 5P19A 1RNEA 5T4SA 4EP2A 5JFPA 3OUCA 4Y5CA 1FQ4A 5P1HA 5P4KA 5P6JA 4Z22A 4X2LA 2OHLA 3HVGA 5P8TA 5P8AA 2P4JA 2V16C 1ENTE 2FS4A 2OHUA 3PWMA 2VIJA 2QNPA 5F00A 5P1DA 2QCIA 4PZXA 3OHFA 2ZHTA 4YD4A 3QN8A 5P6DA 3PI0A 2JYSA 1FF0C 5DQ2A 1BWBA 3Q6YA 4HDFA 4EJ8A 5KQZA 2Q3KA 2QZXA 3BGBA 3EL0A 5P7IA 2NR6A 4I8ZA 4HVPA 2WEDA 2IL2A 5P14A 2QZKA 5P5NA 2F80A 2ZJHA 5KR2A 5DR0A 1CZIE 5P11A 5P38A 2NTRA 3D1YA 4ZSQA 2EWYA 5FIVA 5DR3A 5P5JA 3KT5A 1XN3A 4EHCA 1K6CA 4ZE6A 5P6KA 3BVBA 1AJXA 2O4NA 4Y5EA 1ER8E 2ZHSA 3FX5A 5F01A 4OBHA 3NU3A 3PEPA 3BGCA 2QNQA 2P3BB 3R0YA 1DPJA 1M0BA 4L1AB 5SY2A 1META 4LXAA 4WTUA 3O9LB 5AH6A 2FGUA 4A6CA 5OYTA 2VS2A 5AHCA 1DW6C 5P3FA 5P5HA 3M9FA 5HD0A 2AOHA 3EL5A 5HCTA 1EPPE 1BWAA 1ZTZA 4F75A 3DV5A 3KFRA 2G94A 3OY4A 3ZKXA 5P5BA 3OTSA 4Y4GA 1HXBA 4ZPEA 5P2UA 4BELA 1YTHA 3SFCA 1HVKA 4Y3FA 3SM1A 1LYWB 3VUCA 3OWNA 2V13A 1NSOA 4ZPFA 4OD9A 5P20A 3NWXA 5P3AA 1PSNA 5P1JA 2QNNA 3A2OA 5P88A 3T7XA 3LIQA 2Q5KA 2AZ9A 4TVHA 1PPKE 5P2MA 1LEEA 3IVIA 5P81A 3UDMA 5P0RA 2HPEA 5P8QA 1FG6C 3R1GB 6FIVA 3NXNA 1HIIA 3QRVA 5ER1E 3LIYA 4CMSA 1EC1A 4K8SA 3BUGA 4RZ1A 1BAIA 1XE6A 3S8IA 3G6ZA 2BPVA 5OZ1A 3OGPA 2O4SA 2OHMA 1FIVA 4CPWA 5P8LA 5KAOA 2G1NA 2VA7A 4K9HA 1XN2A 1RV7A 4B0QA 5DGUA 3HVPA 4ZIPA 4YDFA 2VIYA 5P4AA 2HS2A 4RCFA 4OBFA 5IS4A 5OZSA 4Y4XA 2Q64A 3OQ7A 3PBDA 5P27A 5B18A 5P5UA 5P4SA 3SM2A 1HWRA 1GNNA 1HRNA 3VSXA 3KM4A 5DQ4A 3OU4A 4Y3NA 2Z54A 1QRPE 1FQ8A 3D1ZA 3IA9A 4QJ7A 6UPJA 5P8RA 5OZHA 1E5OE 4HE9A 3OQKA 5OZ9A 1W50A 3KDDA 4OBZA 4L7GA 1AXAA 1MUIA 5P8UA 5P0FA 5P29A 4PYVA 5ER2E 4EXGA 5P3TA 5P8FA 4I12A 5P7CA 4Y44A 5P17A 1UH9A 4OBGA 2QI4A 2I4WA 2PSVA 3LHGA 5I3XA 3R2FA 2J9JA 2V12C 2XFJA 1TSUA 5P08A 4OD9B 5P2SA 5P48A 3MSKA 1B5FA 1KJFA 3APPA 1ODXA 3GGVA 4Y54A 4DQCA 4NJTA 5P7RA 3KFSA 1YX9A 4Y5GA 5P7YA 1ZPAA 4FM6A 4GZFA 2ER9E 4CPXA 1ZAPA 5P6ZA 5EZXA 1B11A 2QD6A 1CMSA 3VEUA 1Q9PA 1ZBGA 4Y58A 5I70A 4Y3YA 4GJ7A 3BHEA 5P69A 2G1SA 2P3DA 3MXDA 1KJ7A 4QJ2A 5P0VA 3ZOVA 4Y3GA 1HSGA 4I8WA 3PMUA 1IZHA 5PEPA 4YE3A 5ISJA 5P7HA 1IZEA 1HSIA 4H3GA 5P07A 3FV3A 3UF3A 1FGCC 3GI5A 2FNTA 2G21A 4FIVA 4D85A 4RYCA 2P3CA 5P56A 3QRMA 3CKRA 1QBRA 3NR6A 2O4KA 1IZDA 3NDXA 1EPQE 4HA5A 3VFAA 4LP9A 1IBQA 5OZFA 5P0QA 5P7NA 5OYSA 4BEKA 5P2KA 1SDUA 1HOSA 1APUE 3VLAA 2OF0A 4MC9A 3DCRA 3L5FA 5P67A 4QGIA 4ER1E 3EKYA 2A1EA 4OBZB 2IKUA 5P8OA 2ER7E 2HIZA 1HEFE 3OXWA 2QMFA 3EL4A 3FIVA 5P1MA 5KQYA 1B6PA 2A4FA 3L3AA 3LIXA 3ER5E 1W5YA 3CIBA 2QHZA 2AVVA 4H1EA 5P3ZA 3INFA 3FKTA 2J9JB 3FNUA 4KE0A 3KFNA 5DR7A 5P62A 2FGVA 3CMSA 5P22A 5P3CA 5OZBA 2WF2A 4CPRA 5P2HA 3NDWA 1BXOA 5P2QA 5P2LA 4J54A 4BFDA 1MRWA 2G69A 4XKXA 4DPFA 4DUSA 3LPJA 3SQFA 5P59A 4Y37A 2I4QA 2ZHUA 4CPSA 2OHNA 5P7UA 2PYMA 5P5EA 5HU1A 3OXVA 4L7JA 2NXLA 1G35A 5P5DA 4FRIA 1K6PA 1FB7A 1HEGE 5COPA 3U71A 2G24A 1EBYA 5OYZA 5P6EA 1W5WA 3UDPA 5P4IA 2QI6A 3PB5A 1XE5A 3RTMA 5P2IA 5P1IA 2JXRA 5P7KA 2AQUA 1MERA 3UDQA 5P1GA 1ODYA 5KQFA 2ZJKA 5P50A 4Z4XA 3UQWA 3O9DA 1LYAA 2H6SA 5P3SA 3CYWA 3QI1A 3FNSA 3NSHA 4Y4TA 4EXHA 5P8HA 5C9DA 3GI0A 4Y35A 4GJ9A 5P4DA 3IN3A 2F81A 1SIPA 5P2ZA 2XYEA 2HM1A 3PI5A 4J1FA 3ZKQA 4YBIA 1Z1RA 5P2AA 4J17A 5P0XA 1A94A 3QBHA 5P0CA 3MWSA 5P6FA 5P26A 5P3BA 5P0HA 1SMEA 2WF3A 3KDBA 1IVPA 2PH8A 5P02A 5KR0A 3ZMGA 2BPYA 4M8XA 4D88A 3SLZA 4Z2ZA 1BIMA 5P3JA 2IGYA 3OU3A 4FL8A 5P0BA 1PROA 5P4RA 3TPRA 5P47A 3UDKA 5P25A 1RQ9A 1YM4A 1DAZC 4R92A 2BBBA 4QLHA 3PHVA 5P2NA 3IXOA 4DVFA 4I10A 3HAUA 2PH6A 2Q15A 5DR1A 1QS8A 4RCEA 4YBFA 4Y57A 1FG8C 4GYEA 2NXMA 2AZBA 2AVOA 1Z1HA 5P18A 1FQXA 1T6EX 3KDCA 1ZPKA 2WHHA 3O9IA 3K4VA 4HZTA 2QMDA 1ZJ7A 1APTE 4LBTA 5EZZA 1DIFA 4F74A 3EM3A 4XX4A 3PJ6A 4AA8A 1UH7A 2O4LA 3EL9A 3HZCA 4GJDA 5P1PA 5P65A 5P87A 2XFIA 4K4RA 3K4VC 5P0YA 1W5VA 4KB9A 2VJ6A 4K4PA 1YM2A 3O9LA 3NDUA 4JPCA 2ZYEA 3VV6A 1MRXA 5P5XA 1APVE 5P4QA 3T7PA 2BJUA 4FLGA 5OZCA 1XS7D 5I3YA 3EBZA 1LYAB 2BPWA 1UH8A 3S54A 2OHTA 5P4FA 3SA9A 5P84A 1EBWA 3LIVA 3CKTA 5P5MA 3K5DA 5P7FA 3LPKA 4CPTA 2NMZA 4TRYA 5P3VA 2PWRA 4GJ5A 1G6LA 5P5ZA 5OYRA 2VNNA 1LYWA 2O40A 4DQGA 3L5EA 3NDTA 2F3FA 3KYRA 4L6BA 4NPTA 5P4ZA 4FSEA 2WF4A 4GIDA 3L5CA 5P6MA 1WBMA 3RTHA 5P3OA 2ZE1A 4PHVA 1SGUA 3GGUA 1HIVA 5P4MA 5DR8A 5P8EA 3EM6A 4Y5KA 2VJ9A 2B60A 1BDRA 5P3PA 3LZSA 5CONA 3EKPA 3ZPSA 5P8MA 3INDA 4Y3DA 3T7QA 1EPLE 5OZ7A 1HVJA 2RSPA 3FSMA 4ZSRA 4I0IA 2NNKA 5P0MA 4YCYA 4ZEAA 3SA6A 5P54A 5P35A 1NPWA 5P2RA 3DUYA 2Q11A 3OXXA 4DJRA 2WF1A 4RROA 3UDJA 3CKPA 3NYGA 5P8PA 5P01A 3VSWA 4COEA 1HPSA 1B6LA 3PMYA 5P6BA 3BXRA 4TRZA 1GVTA 2QD7A 4DJPA 3LZUA 3PSGA 5P5WA 1G0VA 4MC2A 5OZYA 3PSUA 1C6ZA 2CENA 5IVSA 4B77A 5C9FA 2BPXA 2UXZA 2G20A 5HE5A 1W51A 2FXEA 5P4CA 3KF0A 3O9HA 3O9BA 1EPRE 2AZCA 4YD5A 4Y5LA 1AAQA 4D89A 1ZSFA 3L59A 2VNMA 3NU5A 5P7XA 3S43B 4D83A 4HDBA 2WEBA 5CLMA 1HPXA 5P70A 5P03A 2NNPA 5P6TA 4R93A 3ZPUA 1ZSRA 4DJWA 1K1TA 3EKVA 1C6XA 1K1UA 5P0OA 5P4XA 1AM5A 1G2KA 5OZ8A 3CIDA 4X7IA 5P1EA 3RVIA 5P41A 5P1SA 4Y3QA 5P3WA 4OC6A 1LV1A 2MIPA 2HPFA 4OBKA 5OZVA 5J25A 3PRSA 3QRSA 1APWE 3OUAA 5P7SA 2SAMA 5P3GA 4LXKA 4LXMA 5P34A 3CYXA 3L5DA 4GJ8A 3RU1A 4I0ZA 3EKWA 3G70A 5COKA 1C70A 5P6NA 3O9GA 2VJ7A 5P1RA 5OZDA 7HVPA 8HVPA 5P0JA 1IZIA 3OQFA 4EQ0A 5P8KA 5P73A 3GGXA 3IN4A 2QI5A 3URJA 2IQGA 5P1AA 2OHQA 1N49A 4Y3EA 4J1IA 4AZYA 4YHQA 5AHAA 4APEA 5P86A 1LS5A 3UDNA 1HVRA 2QMGA 1RL8A 2QD8A 3S7LA 5P5PA 4Y48A 1FFIC 5P4GA 1XL5A 4I11A 1BV9A 1NPAA 2BKTA 2PK5A 3IXJA 5P7LA 4FS4A 5E5JA 4N00A 5P5GA 2ASIA 5OYVA 2Q55A 5P36A 3OADA 5P0TA 3TKGA 5P6LA 5P6AA 2QU3A 4U7VA 3GW5A 5P6OA 4RVJA 2PWCA 4DJVA 4ACUA 1MSMA 3LZYA 4MC1A 2FXDA 4GJCA 5P0WA 3Q4BA 5DQCA 5KOSA 5P7EA 4I0DA 5OZTA 2QHYA 5P5OA 2IS0A 1KJ4A 5P1VA 2XFKA 5DQ1A 3N3IA 4Y3ZA 5P1UA 5P7DA 2ZJJA 2WF0A 2WKZA 2G22A 4OC6B 2HC0A 1A9MA 1MVPA 1D4YA 5P6PA 5P76A 4DPIA 2NPHA 1FEJC 5P16A 5P3XA 5P6VA 4E43A 1PPLE 3OOZA 1ZLFA 4Q1NA 4ZLSA 3TTPA 1GNOA 3HDKA 4D8CA 5P1CA 3MSLA 3UDYA 3WZ6A 5AGZA 5AH9A 5P6RA 4OBJA 2I0AA 4NJSA 4LC7A 5P7BA 5P8CA 2P3AA 5I3WA 2ZJNA 3FNTA 1SIVA 4ZSMA 3LPIA 5P2EA 2FLEA 5P74A 4Q1YA 5IVRA 2FNSA 1BXQA 5IVTA 2ER0E 5P7WA 3VYDA 1BVGA 2PMAA 3ZKSA 3K5CA 1K2CA 3TPLA 3BVAA 1NH0A 2F3EA 2I4XA 5P57A 3S45A 5DPZA 2AVSA 1KJHA 4DQEA 4Y41A 5P2VA 5P2YA 3S85A 5P7ZA 1SGZA 2WJOA 4J0YA 3TKWA 1FLHA 5P4HA 4B05A 3H5BA 4Y4WA 3UTLA 4Y5AA 4Y47A 5P0DA 3OADB 5P42A 1QBTA 5P33A 5KR8A 1GNMA 3MSJA 4J0VA 3ER3E 5P1XA 5P6CA 5OYUA 2OHRA 4RCDA 5P8SA 3UFLA 1A30A 2QP8A 5P7AA 3SA7A 4DV9A 3K5FA 5P3EA 2B8LA 5P0SA 3MXEA 2FDEA 3DCKA 3BUHA 4Y6MA 4Y4JA 1SDTA 1HPVA 3LZVA 1MTBA 4R5NA 2V00A 3EKXA 5I3VA 4Y4EA 5HCOA 3L58A 1YTJA 3PCWA 4LAPA 3B80A 3ZKMA 5P5FA 1HVLA 2B8VA 5P79A 5P60A 1MIQA 2AODA 3TPJA 1W6HA 3OTYA 2B7ZA 1LF2A 3SA8A 2JJIA 5P6UA 3JVWA 4Y3WA 1K2BA 3UQRA 4I0JA 3GGAA 1GVXA 3ECGA 3OAGA 3KMYA 5P4TA 1PSAA 2HS1A 2VA6A 1EC3A 3PBZA 5P31A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZL7 A;  5P0K A;  1FMU A;  4QJ6 A;  4U7Q A;  5OZZ A;  5SXN A;  2R5P A;  4QJ8 A;  3O9A A;  1DP5 A;  3HW1 A;  1PSO E;  2UPJ A;  3N4L A;  2PC0 A;  3U6A A;  4OBD A;  2R43 A;  3BRA A;  5OZ0 A;  3QIH A;  5P13 A;  3OGQ A;  3SAB A;  3OUB A;  4APR E;  1HVI A;  2HB2 A;  3WZ7 A;  4BFB A;  1OEW A;  2G27 A;  3QRO A;  2WL0 A;  5P63 A;  1IIQ A;  3QBF A;  3IXK A;  3LIT A;  2WEC A;  4DQF A;  1OEX A;  2AVM A;  5P6G A;  3CIC A;  2G26 A;  4GMI A;  2VA5 A;  5P0L A;  3TPP A;  5P6Y A;  3EKQ A;  1HBV A;  5P0E A;  5OZL A;  5P8B A;  5HTZ A;  4YOA A;  4J1E A;  4Z50 A;  3SA5 A;  5P6X A;  5OYQ A;  2HAH A;  5P7T A;  3I2L A;  4PZW A;  4NKK A;  4DJQ A;  2P3B A;  4GJ6 A;  4L1A A;  5P1Q A;  4YCT A;  2IGX A;  1YTI A;  3GI6 A;  1TCW A;  4GJA A;  3S56 A;  3SPK A;  4EJD A;  5HDZ A;  5P6S A;  5P5R A;  3VCM A;  5P0Z A;  1HTR B;  1J71 A;  3I6O A;  1SMR A;  3HAW A;  4A6B A;  4ZSP A;  5OZP A;  5KR1 A;  3ST5 A;  3URI A;  4GJB A;  2HB3 A;  5AH8 A;  5P19 A;  1RNE A;  5T4S A;  4EP2 A;  5JFP A;  3OUC A;  4Y5C A;  1FQ4 A;  5P1H A;  5P4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2OAH A;  4IVS A;  5P3N A;  5P8N A;  4Y5P A;  2ZHR A;  3SKG A;  1VIK A;  2AOJ A;  3I8W A;  5P39 A;  4CKU A;  2VIE A;  1HIH A;  1FKN A;  1YT9 A;  3VV7 A;  3D3T A;  1XDH A;  1D4S A;  4F76 A;  1TZS A;  1YTG A;  5P23 A;  3OU1 B;  6APR E;  5P4V A;  3OOT A;  1EC2 A;  3PCZ A;  4Y3S A;  3RTN A;  2HB4 A;  4FM8 A;  1D4H A;  5HE4 A;  5P2B A;  3T11 A;  5OZ5 A;  2AZ8 A;  5OZA A;  4J5J A;  5P43 A;  3TL9 A;  5P5Y A;  4Y50 A;  3ZPT A;  4Y5M A;  1JLD A;  5P6H A;  5P3L A;  5TOL A;  1MPP A;  1AJV A;  5P2G A;  4Y3T A;  2ZDZ A;  5JOD A;  5HDU A;  4LL3 A;  1YG9 A;  2JE4 A;  3UPJ A;  1HVH A;  1OHR A;  5P04 A;  5P2O A;  3VV8 A;  4DQB A;  4DJU A;  5P80 A;  1C6Y A;  1ME6 A;  2AID A;  4J1K A;  4LHH A;  3WB4 A;  4I0H A;  5OZE A;  5P3I A;  1DMP A;  1AID A;  2FDP A;  4J0Z A;  5IVQ A;  3PSY A;  2ANL A;  5SY3 A;  1FFF C;  5P5L A;  3UDH A;  1Z8C A;  2QK5 A;  5P8I A;  3R0W A;  5P1T A;  4EQJ A;  2QZL A;  2ZJI A;  3BUF A;  3UHL A;  4U8W A;  4Q1W A;  5OYY A;  4DJY A;  3OUD A;  4IVT A;  5P4L A;  2Z4O A;  5P3Q A;  2R3T A;  4YA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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