The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
100
|
structure length |
100
|
Chain Sequence |
LAFGAIQLDGDGNILQYNAAEGDITGRDPKQVIGKNFFKDVAPCTDSPEFYGKFKEGVASGNLNTMFEYTFDYQMTPTKVKVHMKKALSGDSYWVFVKRV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Photoactive yellow protein
|
| publication title |
The solution structure of a transient photoreceptor intermediate: delta25 photoactive yellow protein
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Halorhodospira halophila
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| molecule tags |
Signaling protein
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| total genus |
12
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| structure length |
100
|
| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JN7 A; 2QKP A; 3IBR A; 4LRY C; 4HNB A; 4BBT A; 3PYP A; 2L0W A; 3T50 A; 2J80 A; 4H6J A; 1WA9 A; 5DKL A; 5HDD A; 5G4Z A; 2V1B A; 1T19 A; 1P97 A; 2ZBB A; 1S4S A; 5HD3 A; 4HHD A; 4EXO A; 4MN5 A; 1V9Z A; 3BY9 A; 3MXQ A; 1UGU A; 3IS2 A; 4GHI B; 2OWH A; 2ZOI A; 2BAS A; 2K7S A; 3SW1 A; 3E4P A; 3E4Q A; 4WN5 A; 3P7N A; 1LSV A; 1GSV A; 3K3D A; 3MFX A; 3NHQ A; 1JNU A; 4R3A A; 1V9Y A; 3ULF A; 3C2W A; 1T1C A; 3LIF A; 4NXF A; 1P0Z A; 3UB9 A; 4HQA A; 1S66 L; 4HY8 A; 4WLA A; 1D7E A; 2QHK A; 1OTA A; 1OJ5 A; 3H82 B; 3C8C A; 1DP6 A; 4KUK A; 5HSQ A; 4BBU A; 4DJ3 A; 3LYX A; 3LIE A; 2W0N A; 1LT0 A; 2Z6D A; 4HJ3 A; 2ZOH A; 3LIC A; 1F98 A; 1UWN X; 3NOT C; 3VE4 A; 3PHY A; 4I38 A; 3BWL A; 2EA9 A; 5J7E A; 2KDK A; 1OTI A; 3F1O B; 3UB6 A; 5F5Y A; 4WF0 A; 1GSX A; 1OT6 A; 4JGQ A; 4HH2 A; 5KIZ A; 2PR6 A; 4F3L B; 4I3I A; 3HJK A; 2PR5 A; 4HI4 A; 5HWV A; 2P7J A; 4R70 A; 4L9E A; 2L1M A; 4LLO B; 4JGP A; 5TBM B; 4WUJ A; 1OTD A; 5J4E A; 5EFW A; 2A24 A; 1NWZ A; 4E04 A; 2INW A; 1VB6 A; 4R6L A; 5DJU A; 1S67 L; 5IS1 A; 2VEA A; 3K3C A; 3LUQ A; 3G6O A; 1GSW A; 3BY8 A; 3H7W A; 4PKY A; 2OOL A; 4NXB A; 4HJ4 A; 3ICY A; 3D72 A; 1G28 A; 3E4O A; 4HOI A; 5HD5 A; 3MQO A; 4H6J B; 1DP9 A; 5IU1 A; 2M1C A; 2YKF A; 3A0S A; 3MJQ A; 4HJ6 A; 1MZU A; 1F9I A; 5A8B A; 4BBV A; 3UME A; 3IS2 B; 2B02 A; 5F69 A; 3EEH A; 2WKR A; 2VV7 A; 4EEU A; 4I3J A; 2Z6C A; 5J3W A; 1KOU A; 4LPZ A; 5DJT A; 3F1P A; 4K08 A; 1S4R A; 3F1N A; 3KX0 X; 2PD8 A; 1N9N A; 5DKK A; 4L9G A; 3MR0 A; 4HIA A; 5HZH A; 2R78 A; 4GS9 A; 2WKQ A; 4L9F A; 3NOP C; 1Y28 A; 4M4X A; 1OTB A; 3VE3 A; 4EES A; 3B33 A; 3FG8 A; 4JGR A; 4LRZ E; 1T1A A; 1LSW A; 2KX6 A; 4JGO A; 3UB8 A; 2QJ5 A; 3UMD A; 4DJ2 A; 4KUO A; 3GEC A; 1LSX A; 4HP9 A; 3NOU C; 1T1B A; 2V9A A; 1XFQ A; 1XJ3 A; 3UB7 A; 5F68 A; 4I3A A; 2QWS A; 2HV1 A; 4LRX C; 3LI8 A; 4EW7 A; 4GHI A; 4EQ1 A; 1X0O A; 3RH8 B; 1N9O A; 2PD7 A; 4KQD A; 2WKP A; 3OLO A; 4GCZ A; 1TS0 A; 2CMN A; 3LIB A; 4EEP A; 5HDS A; 5AVF A; 1TS7 A; 4EET B; 3A0V A; 1XJ4 A; 1OTE A; 2VV8 A; 5G4Y A; 2VLG A; 3NJA A; 1TS8 A; 5F6A A; 2PYP A; 2L4R A; 3H82 A; 4WL9 A; 3HJI A; 1DRM A; 3CLO A; 1OT9 A; 2JHE A; 3CAX A; 4NXE A; 1XFN A; 2A24 B; 3LI9 A; 4XT2 A; 2H28 A; 5HWW A; 1XJ6 A; 2YKH A; 3GDI A; 2W27 A; 3MQQ A; 3H7W B; 1ODV A; 3LIA A; 2OWJ A; 3FC7 A; 2VV6 A; 3H9W A; 3LID A; 1D06 A; 3A0R A; 2V0W A; 3F1O A; 1BYW A; 5I5L A; 4R38 A; 2V1A A; 4MN6 A; 2D02 A; 4F3L A; 4HP4 A; 4YWZ A; 1N9L A; 2PDR A; 3VOL A; 5HWT A; 3RTY A; 4GW9 A; 4XT2 B; 2PYR A; 2I9V A; 5HDC A; 2QJ7 A; 4RQ9 A; 1EW0 A; 4NXG A; 1S1Z A; 4I39 A; 2GJ3 A; 3CWF A; 1OJG A; 2PHY A; 1LL8 A; 3UE6 A; 3F1P B; 1T18 A; 4I5S A; 1TS6 A; 3F1N B; 1S1Y A; 5TBM A; 4HH3 A; 5AVE A; 4B9O A; 2D01 A; 4GS9 B; 4EER A; 3ZQ5 A; 2V0U A; 1XJ2 A; 1DP8 A; 1UWP X; 4PKY G; 3EWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PHT A; 3IBR A; 5CXW A; 2WGW A; 4BBT A; 1NRJ A; 2HJ9 C; 3BLM A; 5CHJ A; 2V1B A; 4P85 A; 1SDN A; 2ZBB A; 3BM6 A; 3HRE A; 3CPT A; 3NC8 A; 3PBQ A; 3TE8 A; 4MN5 A; 3PBT A; 1KE4 A; 3MXQ A; 4LCL A; 4ZDX A; 4CLC A; 3VP1 A; 3DW0 A; 3Q7V A; 2ZOI A; 3HLG A; 4JXG A; 3WS1 A; 4WN5 A; 1YPR A; 1PYY A; 1LSV A; 3O88 A; 1ERQ A; 1M6K A; 3S7O A; 2RL3 A; 1TDG A; 3QP2 A; 1T1C A; 2Y2Q A; 1YMS A; 1K0K A; 2C6W B; 4JF4 A; 1S66 L; 4HY8 A; 4P6B A; 3LO7 A; 1ES2 A; 1OTA A; 1PFL A; 3H82 B; 2M7U A; 4YOF A; 3OCL A; 4DXB A; 1K57 A; 3CZD A; 5TR7 A; 4FH4 A; 3LYX A; 5E2G A; 4ZRR A; 3LIE A; 1SDE A; 1ALQ A; 1LT0 A; 1WYC A; 2ZOH A; 1KGE A; 5FL3 A; 2ZQ8 A; 3LY4 A; 1I2S A; 5E2H A; 3QHY A; 3ZVW A; 3NOT C; 4KZB A; 1IYS A; 5FQI A; 4OPY A; 3IXH A; 4Y0O A; 2XLN A; 4DE1 A; 5FQ9 A; 1PZO A; 2WZX A; 3BFG A; 3SS3 A; 4P6Z M; 3F1O B; 1BT5 A; 5FAT A; 2NUT C; 4CLC E; 4UA7 A; 3EGD C; 1DY6 A; 3DTM A; 4Q0I A; 1CJF A; 4DE0 A; 5K5B A; 1K4F A; 1K54 A; 1NJ4 A; 1CEG A; 1NRF A; 2WKH A; 5KSC A; 4HES A; 3IBJ A; 3KSF A; 4Q8I A; 3UPP A; 5FAQ A; 3AGF A; 3FKW A; 2P7J A; 4R70 A; 4L9E A; 3LR5 A; 5F1F A; 1O7E A; 3UPO A; 3LCE A; 1VET B; 1YAX A; 4LLO B; 3R7W B; 5DTT A; 2ZC7 A; 5TBM B; 4DXC A; 4WUJ A; 5J4E A; 4BLM A; 3BW6 A; 4XUZ A; 3BQA A; 2B18 A; 4QHC A; 5EVI A; 4Q0H A; 5DJU A; 4PMA A; 1ZC2 A; 1YQS A; 2FH5 A; 5DFX A; 4KZ8 A; 4EU0 A; 2HP6 A; 2HJE A; 1G28 A; 3N8R A; 3S7Q A; 3VP3 A; 2VGL M; 4H6J B; 1DP9 A; 2Z2L B; 5CGS A; 1NXY A; 2M1C A; 2H5S A; 4RYE A; 4N1H A; 3C7U A; 3G2Z A; 4ETZ A; 4YIN A; 4OVD A; 3EQU A; 3HUN A; 3VP4 A; 1F9I A; 3UME A; 3ZG8 B; 5CTM A; 2B02 A; 5F69 A; 4WEK A; 5EPH A; 1PRQ A; 4Y2F A; 3W4P A; 2W3H A; 1KOU A; 1L0D A; 1C3B A; 2OLV A; 1GHM A; 4QB8 A; 4YFM A; 4LGW A; 4HEF A; 3F1P A; 4GD6 A; 3C30 A; 3UNW A; 3F1N A; 4GLQ A; 1KDS A; 4OKP A; 2WGV A; 1IKG A; 5LBR A; 4L9G A; 1VM1 A; 4JBF A; 1F5M A; 2WKQ A; 1OTB A; 2VZW A; 4EES A; 3FG8 A; 5CER A; 2Y2P A; 4FOF A; 4X68 A; 3LEQ A; 4UQI M; 4KZ7 A; 1LSW A; 1JTG A; 3V39 A; 3IXD A; 2Y2N A; 4K0X A; 2KX6 A; 2Y2H A; 3Q82 A; 3HVF A; 3CUE C; 3LR4 A; 4G3W A; 3RFB A; 1TF1 A; 3G30 A; 3UMD A; 4NKP A; 4DJ2 A; 1H3Q A; 2R9X A; 2J7V A; 1VEU A; 1Q2P A; 5FQJ A; 4EUV A; 4WBG A; 1XA1 A; 2EX6 A; 2HV1 A; 3LI8 A; 4LRX C; 5EOO A; 1PI5 A; 3V5M A; 2XD5 A; 2DRW A; 3OPH A; 3DTE A; 3FYZ A; 3RH8 B; 4LV1 A; 2P04 A; 2PD7 A; 5GLA A; 4B93 A; 3UN7 A; 2O9A A; 2IA2 A; 1SKO B; 2WKP A; 4GCZ A; 2WKE A; 2Y2O A; 2CMN A; 4IBR A; 3NUL A; 3KSG A; 4BEN A; 2EWV A; 2Y2M A; 1H5X A; 5HPI A; 1XJ4 A; 3Q1F A; 1BLP A; 5G4Y A; 3PBN A; 3NJA A; 3Q81 A; 2ZM2 A; 2PAV P; 3CIT A; 2PYP A; 2J9P A; 2EFX A; 5DF8 A; 1BTL A; 1L0G A; 3CLO A; 2O99 A; 3LEZ A; 1YKD A; 1XFN A; 3UDX A; 3SS5 A; 4QPR A; 2ZMF A; 1BUL A; 1STZ A; 1E25 A; 2KLI A; 3WWX A; 4CLC C; 3GDI A; 2W27 A; 1ODV A; 4BL2 A; 1VQQ A; 4Y0U A; 1IEM A; 3FC7 A; 4X69 A; 1FSY A; 4PAU A; 1O07 A; 5FI2 A; 2XFT A; 3AGD A; 2WAD A; 2D02 A; 4Z9Q A; 4MBH A; 3S4X A; 4F3L A; 4HP4 A; 1MBL A; 5FDS A; 1N9L A; 5L09 A; 3ZYT A; 2I9V A; 1K25 A; 5HDC A; 2QJ7 A; 1LL5 A; 4G3K A; 4RQ9 A; 2J3T D; 2DCF A; 1ESI A; 5DVA A; 2G7U A; 2GJ3 A; 3CWF A; 4M3K A; 3KSI A; 3CHW P; 1K57 C; 4GDN A; 3GR2 A; 1TS6 A; 5DF9 A; 3V50 A; 4MLL A; 2BLS A; 5AVE A; 3C4P A; 4ZBE A; 4WZ5 C; 1MKI A; 3M2K A; 2FFF B; 3I7J A; 1XJ2 A; 1DP8 A; 3EWK A; 3G4P A; 4LRY C; 1OPX A; 2IWC A; 2L0W A; 2EWW A; 5G4Z A; 4X56 A; 2DMW A; 1P97 A; 3ZG0 A; 3RJU A; 4OLD A; 1TD5 A; 1IYQ A; 3CMZ A; 5HD3 A; 4EV4 A; 2OSU A; 5KMW A; 4ARZ B; 5TGF A; 3HLF A; 2Y91 A; 4E3M A; 2K31 A; 3EQV A; 1UGU A; 3IS2 A; 5CGX A; 2QYB A; 5FAO A; 1K54 C; 3IWI A; 4OQI A; 2HP9 A; 3IWQ A; 5FQQ A; 2BAS A; 4Y5F A; 5FQK A; 4EBN A; 4GN2 A; 2HF6 A; 1H8Z A; 3E4P A; 3GTC A; 2ZC4 B; 1GSV A; 2Y79 A; 2JBF A; 3K3D A; 3NHQ A; 2JKR I; 1V9Y A; 3O3V A; 1SHV A; 3UE1 A; 5EVI C; 3IX4 A; 4DDS A; 4NXF A; 4WLA A; 1D1J A; 5D3O A; 1YLP A; 1ONG A; 5JYP A; 3A3I A; 3HUO A; 3C8C A; 3B3X A; 4N92 A; 2XSS A; 3TW8 A; 3T12 B; 2HDS A; 3KSH A; 4KUK A; 5HSQ A; 4JF6 A; 1LLB A; 3O87 A; 1QME A; 4FH2 A; 4NK3 A; 1KE0 A; 2Z6D A; 4HJ3 A; 3IF6 B; 4IED A; 1YLJ A; 2ZL1 A; 1ERM A; 4GKU A; 3T1R A; 4YNR A; 3W4O A; 5EOE A; 2XA7 S; 3N4I A; 4G3V A; 4GJ4 A; 1P9R A; 5F1G A; 1PW1 A; 1FCO A; 4X25 A; 5J7E A; 4Y15 A; 2KDK A; 3VOY A; 1RGY A; 1BLC A; 2PRF A; 4WF0 A; 1YMX A; 1GSX A; 1OT6 A; 4JGQ A; 2XQZ A; 1SZV A; 3EGX C; 1FR1 A; 3W4Q A; 3KYZ A; 3CI6 A; 4GB7 A; 2QPN A; 4OOM A; 4H8R A; 4FUW A; 3QNB A; 2Y2J A; 2Y2K A; 5HAR A; 3VSL A; 5CED A; 3G34 A; 5AQ7 A; 1W63 Q; 3RXW A; 3ZDJ A; 2Y2L A; 4B4Z A; 1NYY A; 1K55 A; 3IQA A; 4JGP A; 3T4L A; 5EFW A; 2HDU A; 2A24 A; 4E04 A; 4R6L A; 5IS1 A; 3NCK A; 3G6O A; 1KDW A; 5HAI A; 1GSW A; 4DDY A; 1BUE A; 4FSF A; 3BY8 A; 1I5Q A; 4UA6 A; 1WE4 A; 4NXB A; 3ICY A; 3D72 A; 4S2J A; 3E4O A; 1HD8 A; 1ES5 A; 3MQO A; 5FDH A; 3MXR A; 4OOY A; 4Y7P A; 1ES3 A; 5IU1 A; 3BEB A; 4B88 A; 2YKF A; 4D60 A; 3A0S A; 3MJQ A; 5E2F A; 5CEC A; 5A8B A; 4BBV A; 5EM0 A; 5KSH A; 3ZNT A; 3E2L A; 4OPZ A; 5HFO A; 3K2N A; 5EVI B; 5HW3 A; 1RCJ A; 5GHZ A; 4EEU A; 4I3J A; 1SKF A; 3UE0 A; 2M7V A; 2VGJ A; 4ZJ1 A; 2VJW A; 5DJT A; 2Y8H A; 1JWZ A; 3GSG A; 3BLS A; 1XXM A; 2PD8 A; 5E2E A; 3M6B A; 3VFF A; 3SS4 A; 5DKK A; 4OP5 A; 4XUX A; 5FAS A; 5EM1 A; 4GS9 A; 4L9F A; 3NOP C; 4M4X A; 4WYY A; 3C38 A; 3B33 A; 3IWO A; 2QMI A; 2ZC3 B; 4MNR A; 4JGO A; 4K91 A; 4PM5 A; 1XA7 A; 2Y2I A; 4S2P A; 2V8F A; 3PTE A; 4S2M A; 4X55 A; 2Q9N A; 3GEC A; 3P01 A; 2RCX A; 4HP9 A; 4AFI A; 3LR0 A; 3ITB A; 1T1B A; 3IHA A; 3IX8 A; 4FCF A; 1XFQ A; 3Q7Z A; 4C3Q A; 2ZQA A; 4N9K A; 2P08 A; 2O9B A; 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4LV0 A; 2HDR A; 4QY5 A; 3ISG A; 2EX9 A; 1L0F A; 3ZQ5 A; 3OCN A; 2XEP A; 4PKY G; 2R9W A; 2JN7 A; 1KGF A; 2UV0 E; 1NYM A; 3T50 A; 2J80 A; 4H6J A; 1WA9 A; 2XGN A; 5DKL A; 5HDD A; 5A91 A; 4PPR A; 2OV5 A; 4WMC A; 1T19 A; 5CHU A; 4K0W A; 3VFH A; 4WEJ A; 1S4S A; 2DNS A; 1NY0 A; 1LHY A; 4QU3 A; 3IXG A; 4EXO A; 2OAP 1; 1CEF A; 1IYP A; 1GCE A; 3HLD A; 4GHI B; 1EWZ A; 1JWP A; 4DF6 A; 2ACG A; 4S2N A; 1TEM A; 4OON A; 5M19 A; 4S2L A; 1HZO A; 3D4F A; 4U0X A; 3BFF A; 3T4J A; 3E4Q A; 4ZTK A; 1KVL A; 3UDI A; 2Y55 A; 1KE3 A; 1K55 C; 4BD1 A; 3MBZ A; 2ZQ9 A; 4NG2 A; 4IBX A; 3MFX A; 3OPR A; 4CPK A; 3N6I A; 5IT5 A; 1BLS A; 3C2W A; 3PBS A; 1K6S A; 3KYE A; 3NIA A; 4JXW A; 4UEY A; 5J8X A; 3EEA A; 1P0Z A; 3G32 A; 3UB9 A; 1L0E A; 3LR3 A; 1D7E A; 3ZGA B; 3U4L P; 3D9Y A; 3MZE A; 4LEN A; 2QHK A; 1IOU A; 1OJ5 A; 1DP6 A; 2HDQ A; 2GDN A; 3BRM A; 3ZG7 B; 3ZG9 B; 2ZD8 A; 3BFC A; 5FEF A; 2BTF P; 3CJM A; 1W79 A; 2JC7 A; 1JTD A; 4R1G A; 1YT4 A; 2QZ6 A; 1HLU P; 3LIC A; 1F98 A; 4RX3 A; 5L10 A; 4OPQ A; 4MBK A; 1ERO A; 1UWN X; 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