1XGUC

Structure for antibody hyhel-63 y33f mutant complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system
molecule keywords antibody kappa light chain
publication title Magnitude of the hydrophobic effect at central versus peripheral sites in protein-protein interfaces
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xguC00
2BQNA 1INUA 1IIZA 3WXUA 2Z12A 3W3EA 1GFTA 1GAYA 1LYYA 132LA 2Y8PA 1UIGA 3WUMA 4DWXA 1MLCE 2I25L 1TEWA 4NSGA 4ETCA 4H92A 2HU3A 4NGVA 4OWAA 3ULRA 3ZEKA 1LOZA 2DQIY 1CKHA 1GBYA 5LINA 1G7IC 1LJIA 2MEAA 1BGIA 1EQ4A 4XADA 4TTDA 4YEMA 1A4VA 1LHHA 1LJJA 4I0CA 2BLYA 5F9XA 2MEHA 4R6CA 4H9AA 1GF8A 1DPWA 3IWRA 1G7LC 1B7PA 1LZGA 1LTMA 4LFPA 3CSQA 4H94A 4OWBA 4CFPA 5LVJA 133LA 1GF4A 4A7DA 2FYCA 1BVXA 1XGRC 5DL9A 2F4AA 4YOPA 5FHWA 1I1ZA 5D5CA 4BADA 3ZVQA 4MSTA 5KXMA 1EL1A 3WPLA 2CJLA 2G4NA 1LSMA 1AT5A 2LYOA 2EQLA 3KAMA 2LHMA 1YL1X 3AGIA 4ML7A 3K3TA 5FSTA 2A7DA 1LMQA 5APDA 4DDAA 5F14A 2BQGA 1BQLY 3D3DA 1XGUC 3WU7A 1GDWA 3CQLA 1LYZA 1FBIX 5F16A 4B4EA 2YVBA 3TXHA 1XSFA 2DQCY 1BWJA 1JPOA 5I4WA 1LJKA 1F0WA 1C45A 4YEOA 1NDGC 1UIEA 4M4OA 1JSEA 153LA 1VDPA 2ZQ3A 1YIKA 1Z55A 3AZ6A 3LYZA 4OWCA 1RJCB 2Q0MX 3J4GA 3CSRA 2MEIA 1LZ9A 5KXRA 1YAMA 4J1AA 2LZTA 4NHIA 4WLDA 4WL6A 1WQOA 4B49A 1REMA 4M6DA 4WM5A 4EMNA 1BB5A 1LHLA 4CGEA 1JKBA 3W6EA 2GV0A 1NBZC 1GBSA 2XJWA 3A6BY 5L3HA 2H9KA 2BQDA 1OUFA 2XTHA 3TMXA 4BAFA 1HHLA 1GBZA 2Z18A 3HBHA 1DKKA 1IR9A 2A7FA 2B5ZA 3G3BB 1IC4Y 3J6KA 2DQFC 1FLWA 5KXYA 1GXXA 1WQPA 5FCPA 1GDXA 1V7SA 1GE3A 4AXTA 1LZ6A 1LZRA 1OUJA 3N9EA 1HEMA 1F6SA 1LZ5A 1LZSA 2HEDA 5JENB 3RZ4A 1LKRA 4R0FA 1ZVYB 1HFXA 4PJ2C 4DYGA 4NGYA 5IDDA 1AM7A 1DKJA 2AUBA 1JKDA 4DD9A 1LZ1A 2BPUA 1JTPL 1LJGA 4HTNA 2YDGA 3WUAA 1LJ3A 1LSPA 5LYZA 4QEQA 5KXTA 1QTKA 4HPEA 1AKIA 1LMTA 1WQRA 1SQ2L 1DI5A 4HSFA 3CB7A 2D6BA 2W1LA 4LYBA 1LSYA 3LYOA 1GB9A 4GLAA 5II3A 4PRQA 2XBSA 1JTTL 1D6PA 4HJVA 3WMKA 2BQAA 3WPKA 1C08C 1IWXA 1B2KA 2C8PA 4G4HA 1HC0A 4GCCA 2C8OA 4IATA 4II8A 135LA 1DZBX 3WH1A 3ATOA 5KY1A 1YKXX 2MEGA 4H9EA 1VATA 4RLNA 2RSCA 3EXDA 1LSAA 2BQEA 3AYQA 3A3RX 1IWWA 1HEQA 2NWDX 3B0OA 3LHMA 3WYHA 1WTMA 3LYMA 2Z39A 4UWUA 1LJHA 4WG1A 1GB3A 1D9UA 1GEVA 1N4FA 1D0MA 1UIFA 4WLXA 2BAAA 4C5FA 5L3IA 3LYTA 4HV2A 4HTQA 1LAAA 2HU1A 1LMCA 1LZAA 2Z2FA 2LZ2A 2Z38A 4B1AA 1LCNA 1TCYA 5DM9A 4QGZA 4QDNA 4G49A 2FBBA 2ZNXY 2F2NA 4RLMA 1GFHA 1NWGA 1JISA 1LSCA 5KXOA 1HENA 4QY9A 2IHLA 1GF9A 4GCBA 1A2YC 1CJ9A 2CGIA 1FLUA 3P65A 4I8SA 4WO6A 5HMJA 1AZFA 4D9ZA 7LYZA 2HTXA 4IJ4A 1B5UA 5HMVA 1OUEA 1IWTA 1JWRA 4NGWA 1W08A 4NG8A 2W1MA 1LJNA 4DD2A 4XJIA 1B7RA 1VEDA 1YANA 3EBAB 4J0LA 1UICA 1ZVHL 3A34A 3IJVA 2ZYPA 4NSIA 4TWSA 1IVMA 3LZTA 3A93A 4H90A 5IELA 1E8LA 4DT3A 5B05A 4DDCA 4ANRA 1IWZA 2DQAA 4UWVA 5KXNA 1VAUA 3TMWA 3IJUA 3SP3A 4H93A 5LVKA 1DI3A 1XGTC 1UUZC 1BB6A 1GPQC 4NIJA 9LYZA 1H87A 1XFPL 1IC7Y 1MELL 2CDSA 3QY4A 3WVXA 4ET9A 5HNLA 4Z41A 3WPJA 2MEBA 5E9RA 1LYOA 154LA 3TXDA 1GE4A 4ETDA 5KXKA 2HEFA 1IP5A 4U3XB 4HJZA 4N1EI 5E4PA 4NSHA 4UWNA 2H5ZA 3WL2A 1IOSA 3B0IA 3WVYA 4BS7A 1KXWA 4LYCA 2HECA 1B5YA 4XYYA 5LVIA 4H9IA 1G7JC 5LXWA 1LMAA 1VDTA 1LMPA 1JJ3A 1D0KA 1REZA 1NKHA 4GLVA 1GFGA 4NHPA 1TDYA 1HMKA 1GAZA 1UC0A 2D91A 1PS5A 4KPMA 1CJ6A 1LJFA 1GF0A 4NY5A 1GB6A 1YROA 3BKHA 1YKZX 1BB7A 4N5RA 193LA 4H8XA 1IORA 1YKYX 3TXKA 3OK0A 3FI7A 4PHIA 5HQ1A 1F10A 4N8ZA 4G9SA 3P66A 1G7MC 2BQLA 1H6MA 1WVVA 4LZTA 1LSBA 3AB6A 1QSWA 4NGJA 3FE0A 2D4IA 1D6QA 1FLYA 4H9FA 1LHKA 1W6ZA 1VDSA 5C6JA 1IY4A 3A3QA 5ILFA 5F81A 1TAYA 2BQMA 1LHMA 4LYOA 1AT6A 5EBHA 1KIRC 4NEBA 5L9JA 4LT2A 2LYZA 4HPIA 1IWUA 3A95A 4Z98A 1C7PA 4TX7A 4FJRA 4DD0A 2YBJA 2ZQ4A 3M3UA 1HNLA 1OP9B 5LIOA 1UCOA 4ETAA 2VB1A 1JUGA 2ZWBA 4TUNA 1OUBA 1GE1A 1CNSA 1LYSA 3BKVA 5FEKA 3W6CA 207LA 4XJBA 5KXPA 3P64A 1IP1A 3CT0A 4OWEA 1FDLY 1WTNA 1B7SA 5I4XA 4WM6A 3GXRA 4DC4A 1GF7A 4NGZA 3GXKA 1FLQA 1GBXA 1I20A 2YBNA 4H8ZA 1WQMA 1NQIA 1VDQA 5T3FA 2BQIA 5B1GA 1GB7A 4RDSA 4XENA 3WW6A 1YAPA 1CJ7A 4WG7A 4C3WA 1IOTA 1CKFA 1LHJA 1LZTA 3P68A 2H9JA 1HFZA 1LSGA 5KXXA 2DBTA 4N0JA 1IO5A 1DQJC 3T36A 1G7HC 4B0DA 3VWOA 2BQFA 1NMMA 1REXA 1QDRA 1LHIA 5DN4A 2X0AA 4ZFPA 2PC2A 3TMUA 1HEOA 2BLXA 1UACY 1JIYA 2Z19A 4HTKA 4YENA 1NBYC 3T6UA 1IEEA 5KKJA 5AMYA 1DI4A 4G4BA 4GCDA 5HNCA 1B9OA 1GB8A 1J1XY 2ZNWY 2DQGY 3EO5A 2LYMA 1GFKA 2WARA 1GB5A 4P2EA 5D5FA 4TSCA 4NWEA 4MCKA 4X3BA 1GXV2 2D4KA 3AW7A 1GB0A 1B7LA 1GFAA 5I4YA 1B5XA 3F6ZA 1JHLA 2ZILA 4ETBA 1IR7A 1UIBA 1FKVA 1J1OY 2BQKA 2DQEY 4LT1A 4NSJA 5LVGA 2YBIA 4Z3MA 4EOFA 1D0LA 4B4IA 4OW1A 5B59A 1IOQA 1PZYA 4WM4A 5DN5A 1FN5A 4WL7A 2YBMA 4N1CC 3WU8A 2ZIJA 3RT5X 2I6ZA 1GFJA 1KXXA 5B07A 3TMVA 1ZV5L 3RNXA 3AGGG 1B7QA 3WUNA 4OOOA 2D4JA 4NG1A 1NDMC 1FKQA 3MGWA 1LSZA 1SLYA 1HERA 1GF5A 3AZ7A 5LAGA 4AGAA 1JJ0A 1JKCA 1GBWA 3A91A 3A94A 5KXSA 5J7CA 1TBYA 5LYMA 3TXEA 1GWDA 1IWVA 1OUGA 1RFPA 2FYDA 2I26L 2YBLA 1YILA 3B0KA 3P4ZA 1GE2A 2W1YA 3RU5A 4W96A 3W6AA 1KIPC 4HV1A 1CKCA 1QUTA 1JSFA 4L41A 3W6FA 2DQDY 1OUAA 3ZVQB 1HEWA 1XGQC 4PGJB 4NGIA 1JKAA 4XN6A 1OUHA 3LZ2A 4O34A 4WMGA 4WM2A 3TXFA 4DDBA 2BQHA 1GF6A 1DXJA 1LJEA 2YSSC 4TSBA 1HEPA 1GBOA 2FBDA 4WOAA 1IWYA 3E3DA 1YL0X 1OUCA 1LSEA 4NGOA 4NHTA 1YQVY 3M18B 5LVHA 2F30A 1QSAA 3WXTA 4H9BA 5C6LA 1GF3A 2BQBA 1BVKC 2MECA 4H1PA 3A8ZA 3TXGA 1GE0A 1GEZA 1EQEA 2N5ZA 3AW6A 4W94A 1O23A 1UIHA 4XJFA 4OWHA 1B0DA 5KJ9A 1NF5A 3WW5A 5DLAA 5F9UA 1T3PA 2G4QA 4ETEA 1J1PY 1JITA 1LMOA 1RI8B 1XEKA 4GCEA 5FDJA 1OUDA 2EPEA 1C46A 4KL7A 1LSDA 5IHGA 5APEA 5A3EA 1XEJA 3AJNA 5K7OA 4CJ2A 1UIAA 1IC5Y 1OUIA 4LT0A 1WQQA 3WU9A 1REYA 4H8YA 3B6LA 4GN3A 3HBDA 1IR8A 4NHSA 3W6BA 194LA 3QNGA 4ET8A 4YM8A 1GHLA 4LFXA 5ILCA 1XGPC 3N9AA 3CSZA 2ZIKA 4CHXA 1IX0A 2BQOA 5FELA 5A3ZA 1GFEA 5APCA 3TXJA 3N9CA 1NHEA 2MEDA 1WQNA 1OQMA 4GN5C 1QTEA 2G4PA 4DD3A 4NGLA 1C10A 4NGKA 4RW1A 1BHZA 5I5QA 4B4JA 1C43A 1B5VA 3G3AB 1F6RA 3RW8A 1B5WA 1LPIA 1LZNA 4LYMA 1GD6A 1IY3A 4LGKA 1KXYA 1P2CC 5KXZA 4CFOA 3QE8A 4IASA 1B7NA 2XBRA 1LSFA 1HSWA 1IP7A 1CKDA 2HEBA 1DPXA 1XEIA 5LAFA 1V7TA 1WVUA 4XJGA 4XJDA 2HUBA 4WLYA 1YAQA 4MR1A 1BB4A 1GFVA 1EQ5A 5KXWA 4H9HA 3B72A 4GCFA 3OJPA 4YF2A 1IP2A 3TXBA 1JEFA 3A90A 3HBEX 1LMNA 1LZYA 2DQJY 6LYTA 4LT3A 5B06A 1GFRA 6LYZA 4PRUA 1LZDA 1HF4A 2DQHY 4GN4A 4HJYA 5I53A 1RE2A 8LYZA 5LYTA 3HFMY 1UA6Y 3LN2A 1LZEA 3A96A 4FDYA 3AZ4A 1LZBA 1LZ8A 1QDTA 1RCMA 5LA8A 5KXLA 2BQJA 4NHQA 5HLLA 4OOTA 3ATNA 2ZYCA 1QIOA 5APFA 3EMSA 3A92A 2MEFA 1ALCA 1CKGA 2YBHA 3TXIA 1ZMYL 1QUSA 2DKVA 3AZ5A 1LZ4A 4PPOA 4ZEEA 4XJHA 5C6IA 4LYTA 2Z2EA 4J7VA 1KIQC 4Z46A 5LA5A 3WULA 1LZCA 1JTOL 1BWIA 3CT1A 1GB2A 1BWHA 4NFVA 2HEEA 1VFBC 1IP4A 134LA 4HP0A 4KXIA 3CT5A 1UBZA 2HEAA 1UIDA 1B7MA 1HMLA 4WO9A 1LKSA 4H9CA 2IFFY 3A6CY 4H91A 4WLTA 4N9RA 2CWIA 3AGHA 4G4CA 4E3UA 1IP3A 1BB3A 4J1BA 5I54A 1CJ8A 1IP6A 3W6DA 1HSXA 2EKSC 1B7OA 2MEEA 2Z37A 5KKIA 2F4GA 1IOCA 3D9AC 5B1FA 4WM1A 4KT3A 1LJ4A 1QQYA 2EIZC 2W1XA 4RW2A 4DD7A 4DD1A 4WM3A 5M1YA 2BQCA 1YAOA 1T6VL 4BAPA 1HFYA 4NWHA 4ZIXA 1HELA 1JJ1A 1B5ZA 208LA 1LSNA 3A67Y 4LYZA 1I56A 1GFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NYAA 2Z12A 1GAYA 1LYYA 3WUMA 4DWXA 3C8RA 142LA 4OWAA 3ZEKA 1QSQA 1ZWNA 4YEMA 4TTDA 4I0CA 177LA 2MEHA 4R6CA 2B6YA 3IWRA 1B7PA 1LZGA 224LA 218LA 185LA 4A7DA 2FYCA 1XGRC 5DL9A 2F4AA 137LA 4MSTA 174LA 199LA 3D4SA 201LA 1L10A 2OEAX 5FSTA 1L57A 5F14A 3D3DA 1XGUC 3CQLA 1LYHA 4B4EA 4GBRB 1JPOA 1L95A 1LJKA 1F0WA 162LA 1KY1A 1UIEA 1JSEA 3HT6A 1QTVA 119LA 1G07A 130LA 3LYZA 1G0GA 2Q0MX 109LA 1D3JA 160LA 4WLDA 4WL6A 4B49A 1REMA 1KY0A 1PQOA 3A6BY 140LA 2H9KA 1C6NA 1HHLA 144LA 2A7FA 2B5ZA 3J6KA 2DQFC 1PQMA 1FLWA 1L26A 1L83A 1LZ6A 1XJUA 1LZ5A 1LZSA 1ZVYB 5IDDA 1DKJA 1LZ1A 1LJGA 1KW7A 1LI6A 2F2QA 5KXTA 3GUPA 4ARPA 1QSBA 167LA 1SQ2L 3CB7A 1CUPA 3LYOA 4HJVA 2BQAA 4G4HA 2C8PA 4GCCA 4I7JA 135LA 1DZBX 5KY1A 1LGWA 2MEGA 3F9LA 1LSAA 3RUNA 3LHMA 3LYMA 4WG1A 1GEVA 1D0MA 1UIFA 169LA 3LYTA 1LAAA 2Z38A 5DM9A 2OU0X 4QDNA 2FBBA 2LCBA 1LSCA 1HENA 1A2YC 1G0QA 1FLUA 1SSYA 1L07A 244LA 4DQJA 107LA 4NGWA 1LI2A 2W1MA 3LZTA 4H90A 172LA 215LA 4DT3A 3SP3A 4H93A 4NIJA 9LYZA 1XFPL 6LZMA 3QY4A 4ET9A 5HNLA 3WPJA 5E9RA 1LYOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQN A;  1INU A;  1IIZ A;  3WXU A;  2Z12 A;  3W3E A;  1GFT A;  1GAY A;  1LYY A;  132L A;  2Y8P A;  1UIG A;  3WUM A;  4DWX A;  1MLC E;  2I25 L;  1TEW A;  4NSG A;  4ETC A;  4H92 A;  2HU3 A;  4NGV A;  4OWA A;  3ULR A;  3ZEK A;  1LOZ A;  2DQI Y;  1CKH A;  1GBY A;  5LIN A;  1G7I C;  1LJI A;  2MEA A;  1BGI A;  1EQ4 A;  4XAD A;  4TTD A;  4YEM A;  1A4V A;  1LHH A;  1LJJ A;  4I0C A;  2BLY A;  5F9X A;  2MEH A;  4R6C A;  4H9A A;  1GF8 A;  1DPW A;  3IWR A;  1G7L C;  1B7P A;  1LZG A;  1LTM A;  4LFP A;  3CSQ A;  4H94 A;  4OWB A;  4CFP A;  5LVJ A;  133L A;  1GF4 A;  4A7D A;  2FYC A;  1BVX A;  1XGR C;  5DL9 A;  2F4A A;  4YOP A;  5FHW A;  1I1Z A;  5D5C A;  4BAD A;  3ZVQ A;  4MST A;  5KXM A;  1EL1 A;  3WPL A;  2CJL A;  2G4N A;  1LSM A;  1AT5 A;  2LYO A;  2EQL A;  3KAM A;  2LHM A;  1YL1 X;  3AGI A;  4ML7 A;  3K3T A;  5FST A;  2A7D A;  1LMQ A;  5APD A;  4DDA A;  5F14 A;  2BQG A;  1BQL Y;  3D3D A;  1XGU C;  3WU7 A;  1GDW A;  3CQL A;  1LYZ A;  1FBI X;  5F16 A;  4B4E A;  2YVB A;  3TXH A;  1XSF A;  2DQC Y;  1BWJ A; 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 5KXW A;  4H9H A;  3B72 A;  4GCF A;  3OJP A;  4YF2 A;  1IP2 A;  3TXB A;  1JEF A;  3A90 A;  3HBE X;  1LMN A;  1LZY A;  2DQJ Y;  6LYT A;  4LT3 A;  5B06 A;  1GFR A;  6LYZ A;  4PRU A;  1LZD A;  1HF4 A;  2DQH Y;  4GN4 A;  4HJY A;  5I53 A;  1RE2 A;  8LYZ A;  5LYT A;  3HFM Y;  1UA6 Y;  3LN2 A;  1LZE A;  3A96 A;  4FDY A;  3AZ4 A;  1LZB A;  1LZ8 A;  1QDT A;  1RCM A;  5LA8 A;  5KXL A;  2BQJ A;  4NHQ A;  5HLL A;  4OOT A;  3ATN A;  2ZYC A;  1QIO A;  5APF A;  3EMS A;  3A92 A;  2MEF A;  1ALC A;  1CKG A;  2YBH A;  3TXI A;  1ZMY L;  1QUS A;  2DKV A;  3AZ5 A;  1LZ4 A;  4PPO A;  4ZEE A;  4XJH A;  5C6I A;  4LYT A;  2Z2E A;  4J7V A;  1KIQ C;  4Z46 A;  5LA5 A;  3WUL A;  1LZC A;  1JTO L;  1BWI A;  3CT1 A;  1GB2 A;  1BWH A;  4NFV A;  2HEE A;  1VFB C;  1IP4 A;  134L A;  4HP0 A;  4KXI A;  3CT5 A;  1UBZ A;  2HEA A;  1UID A;  1B7M A;  1HML A;  4WO9 A;  1LKS A;  4H9C A;  2IFF Y;  3A6C Y;  4H91 A;  4WLT A;  4N9R A;  2CWI A;  3AGH A;  4G4C A;  4E3U A;  1IP3 A;  1BB3 A;  4J1B A;  5I54 A;  1CJ8 A;  1IP6 A;  3W6D A;  1HSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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